Refonte d`un système d`information clinique et ressources

Refonte d’un système d’information clinique et ressources biologiques dans un service hospitalier :
Expérience du service de Pneumologie de l’hôpital Tenon (Paris)
PO03-061
F. Morin1, Q. Tran1, P. Boucher2, V. Poulot3, E. Roux3, N. Mathiot3, E. Bertrand3, M. Antoine3, P. Callard3, J. Cadranel3, B. Milleron3
1Intergroupe
2Institut
CPLF 2008
Francophone de Cancérologie Thoracique (IFCT), Paris - France
National du Cancer (INCa), Boulogne Billancourt - France 3APHP - Hôpital Tenon, Paris - France
METHODES
RESUME
De 1999 à 2007, 1383 patients ont été inscrits dans le fichier
de service de Pneumologie après diagnostic de cancer. Le
service s’est doté d'une cryoconservation systématique des
biopsies (723) et des prélèvements chirurgicaux (1278).
Sous l’égide de l’INCa, la Tumorothèque Virtuelle Nationale
(TVN) a pour objectif d'établir une base de données
nationale permettant aux chercheurs d'identifier et de
localiser, par le réseau des tumorothèques françaises, des
échantillons biologiques et annotations cliniques nécessaires
à leurs programmes de recherche. S’appuyant sur l’expertise
en recherche clinique et en bioinformatique de l’IFCT, une
étude est réalisée à l’hôpital Tenon dans le cadre de la
phase pilote TVN, pour permettre la migration de fichiers
existants, la standardisation du recueil des données et le lien
avec le logiciel de tumorothèque.
Le système mis en place comprend un pré-formatage des
informations au Catalogue National, correspondant à 40
critères minimaux de description des échantillons
cryopréservés.
Après migration des données existantes, les annotations
cliniques sont structurées en 4 catégories : diagnostic initial,
primo-traitement, traitement de rechute et suivi.
L’interopérabilité permet l’exportation des données pour
analyses approfondies.
Dans le cadre d’une action structurante à l’échelle nationale
(TVN), des solutions ont été envisagées pour permettre à
l'avenir une réactualisation plus facile des données sur le
dossier clinique et sur les ressources biologiques.
L’expérience pourrait profiter à d’autres services se basant
sur le rapport complet de cette phase pilote IFCT-INCa.
ƒRéalisation de l'application avec échanges fréquents
avec l'équipe Tenon. Mise en place de listes de choix
prédéfinis pour éviter les zones libres de saisie (ex.
nom des drogues).
ƒAudit technique et audit qualité des données de la
Base de service Tenon existante (en FileMaker Pro 5).
ƒRédaction d'un rapport et document d'étude décrivant
l'architecture du nouveau système clinique, dans un
système d'information global (liens avec la
Tumorothèque Tenon).
ƒRéunions de travail IFCT avec tous les intervenants
de Tenon :
ƒMise en place de contrôles de cohérence des
données saisies.
Discussions afin d'établir les items du nouveau
système, en prenant en considération les souhaits et
besoins du service, et les items de la TVN. Ces
derniers seront utilisés dans la Tumorothèque Tenon.
ƒRéalisation d‘un outil (état Access paramétrable)
d'aide à la détection de données manquantes ou
incomplètes, de données de dernières nouvelles trop
anciennes.
Æ Choix collégial technique du nouveau système :
Access
ƒRéalisation d‘un outil d'export de données
paramétrable (sélection des items souhaités).
Interopérabilité Excel, Word.
ƒMigration des données existantes vers Cancer
Bronchique Tenon.
ƒNettoyage des données existantes : détection
anomalies et mise en cohérence, corrections avec
échanges avec l'équipe Tenon.
ƒStructurer les données recueillies pour une
meilleure lecture et leur exploitation
Le filtre spécifique et le module de recherche libre
permettent de retrouver rapidement une fiche. La
combinaison des 2 modes est possible.
Filtre spécifique
Fiche Patient
1-Démographie et diagnostic initial
Recul depuis les dernières nouvelles
Aide pour la classification TNM
Age au
diagnostic
Survie calculée
Message d’aide au survol de la souris sur la zone concernée (ex. Date de diagnostic)
Rapport de données manquantes
Données de référence, exemple des produits
Export de données sous Excel
Environnement commun « tumorothèque Tenon »
Chercheurs
2.2
Fichier clinique
Liens directs Access
https://www.e-cancer.fr/
Extranet INCa
Cancer Bronchique Tenon
Tumorothèque Virtuelle Nationale
TVN
TumoTenon
Base de données INCa
Formats : tab, XML
Application de gestion des prélèvements
congelés « poumon » avec informations
cliniques patient associées.
Fonctionnalité d’export TVN
Commentaires
1.1
Export Cancer Bronchique Tenon
Liens directs Access
1.2
Export Biobase
Export des données « poumon » souhaitées dans un
fichier texte .tab
2.1
Import dans TumoTenon
Intégration des données dans TumoTenon
2.2
Enrichissement données labo
Saisie de données récupérées de fibroscopie,
commentaires, divers…
3
Extraction pour TVN
Constitution et génération automatique du fichier .csv
au format Catalogue National. Alimentation d’un
journal répertoriant les anomalies rencontrées
4
Téléchargement vers TVN
Authentification à l’Extranet INCa pour upload
Schéma du système d’information global Tumorothèque Tenon « Poumon »
Poster en ligne : www.ifct.fr
L’export de données
brutes sous Excel est
prévu. La possibilité est
donnée à l’utilisateur de
sélectionner les fiches
patient, ainsi que les
items souhaités.
CONCLUSIONS
ƒCette expérience réalisée dans le cadre de la phase
pilote TVN a démontré la faisabilité de :
Description
*Application Web AP-HP spécifique regroupant toutes
les congélations réalisées en anapath Tenon
(biopsies chirurgicales et chirurgies tout organe
confondu)
Pour éviter les erreurs dues aux saisies libres, des
listes déroulantes ont été mises en place. Il est
possible de modifier un libellé ou de créer une
référence (code + libellé), ici Produit. Ces données
sont alors mises à jour dans la liste déroulante.
ƒActuellement, 1617 fiches patient (dont celles
nouvellement créées) existent dans le système.
Fichier csv
(Catalogue National)
1.2
Ce rapport permet de repérer rapidement les données à
compléter ou à mettre à jour pour les fiches
sélectionnées.
4
3
2.1
Biobase II*
3-Suivi
ƒMise en exploitation de Cancer Bronchique Tenon en
septembre 2007.
ƒImpliquer le personnel hospitalier dans la mise à
jour des fiches patient
1.1
2-Primo-traitement
Détermination du stade en fonction des valeurs de TNM
ƒRéalisation d’un Manuel Utilisateur.
ƒPrévoir l’intégration cohérente dans le système
de Tumorothèque
Systèmes cloisonnés et hétérogènes
Patients du service de Pneumologie avec
diagnostic de cancer.
ƒRéunion de démonstration de l’application pour le
service à Tenon. Détermination des conventions de
saisie, notamment concernant la notion de diagnostic
INITIAL et les traitements. Recueil des remarques, et
modifications d'après ces remarques.
Æ Les données sont structurées en 4 catégories :
diagnostic initial, primo-traitement, traitement de
rechute et suivi.
ƒPrévoir l’interopérabilité avec d’autres systèmes
d’information
Module de recherche
Ce fichier de service permet de recueillir les informations
de patients du service de Pneumologie, ayant un
diagnostic de cancer thoracique.
ƒRapport des actions réalisées sur les données et
actions restantes nécessitant un arbitrage.
ƒEtude et maquette de la nouvelle application Cancer
Bronchique Tenon : base de données relationnelle
structurée respectant les points validés en réunion
avec l'équipe Tenon.
ƒCréer un outil ergonomique, intuitif et facile
d’utilisation adapté à un service hospitalier public
Liste des fiches patient
APPLICATION CANCER BRONCHIQUE TENON
ƒErgonomie pour la recherche et saisie de fiches
patient.
ƒIntégration des données existantes (base de service
Tenon) dans Access pour faciliter le travail de
nettoyage.
OBJECTIFS
RESULTATS
•Mettre en place un système d’information
structuré et cohérent dans un service hospitalier
public
•Reprendre les données d’un ancien système,
même si cela a nécessité beaucoup de travail
(1383 fiches)
ƒIl est possible de transposer le principe à d’autres
organes, moyennant des modifications notamment
aux interfaces des différents systèmes.
ƒUne base de données structurée permettra plus
aisément d’évoluer vers d’autres technologies si
nécessaire.