Inserm U550

Inserm U550 Cahier des charges Base de données de gestion des prélèvements biologiques L’application de gestion attendue au sein de notre laboratoire devra s’appuyer sur une architecture modulaire, pour garantir l’ajout / le retrait de certains aspects du logiciel en fonction des besoins. Notre laboratoire n’étant pas un Centre de Recherche Biologique, certaines informations, inhérentes à ce type de structure, ne nous seront pas utiles, et donc susceptibles d’être enlevées pour ne pas encombrer les écrans de saisie. Par ailleurs, l’application devra offrir une souplesse de conception afin de pouvoir s’adapter spécifiquement à nos besoins (ajout / retrait d’informations). Elle devra notamment inclure les éléments suivants : Gestion des patients La création d’un patient par le système impose la création d’un identifiant unique avec, en plus des informations identitaires inhérentes à ce type de logiciel, la prise en compte de champs spécifiques à nos besoins (médecins correspondants, phénotype, etc…). Un patient est susceptible d’être « reçu » plusieurs fois : le système doit effectuer un contrôle des patients déjà enregistrés et, en fonction des informations saisies, proposer une liste de patients présentant des similitudes (pas nécessairement une correspondance exacte). Cette liste comprendra les champs d’identification et la date de naissance du sujet. L’utilisateur aura alors le choix de créer un nouveau patient ou bien d’accéder directement à une fiche déjà enregistrée. D’autre part, il est indispensable de prévoir la gestion des données familiales relatives à un patient. Par ailleurs, il est demandé de pouvoir aisément associer des fichiers aux patients (Word, Excel, PDF…). En cas d’erreur constatée sur un patient, il est indispensable que l’administrateur puisse supprimer un patient. Gestion des prélèvements Un prélèvement est considéré comme étant la matière première de nos travaux. Il peut être de différents types, avec une date de réception indispensable. Gestion des échantillons Un échantillon fait l’objet d’un traitement par notre laboratoire. Chaque échantillon dépend d’un type d’échantillon. Un type d’échantillon est configurable via l’interface d’administration pour la prise en compte de nouvelles caractéristiques ou pour modifier les paramètres existants. Un échantillon dispose d’un identifiant unique. Gestion des tubes ou des plaques Chaque tube, ou plaque, fera l’objet d’un enregistrement dans la base pour spécifier : • le modèle du tube ou de la plaque • les caractéristiques de son contenu (description, volume, concentration,…) • une traçabilité (issu d’un prélèvement ou d’un tube parent / valide ou détruit…) • un code à barres automatiquement généré par l’application • un emplacement Chaque tube est susceptible de subir une transformation (ex : extraction d’ADN) et le système doit assurer le suivi de cette transformation (qui, quand, quoi). Le système devra offrir la possibilité d’aliquoter des tubes « fils » à partir d’un tube « parent » avec ou sans dilution, avec un identifiant unique pour chaque nouveau tube créé, et une traçabilité adaptée en conséquence. De même, il est demandé de prévoir une fonction de « pooling » des tubes pour le rassemblement de plusieurs tubes en un seul. Gestion des étiquettes Chaque tube, ou plaque, sera identifiable via son code à barres qui, lors de son scan via une douchette connectée à un ordinateur commun, devra permettre un accès direct aux informations concernant ce tube. Par ailleurs, l’étiquette collée sur le tube ou la plaque devra indiquer, en plus du code à barres, des informations textuelles, afin de permettre une identification visuelle aisée. Gestion du stockage L’application devra fournir un système de gestion graphique de stockage des tubes dans les différents dispositifs de stockage présents au laboratoire (congélateurs, réfrigérateurs, containers à azote, etc…). Un affichage adéquat permettra d’identifier, pour un support donné, les emplacements occupés. Le clic sur un emplacement occupé permet alors de retrouver la fiche du tube concerné. Cela implique également la prise en compte de différents formats de supports : plaque, boîte, rack en camembert, … facilement paramétrables via l’interface d’administration. L’outil devra fournir une aide au stockage et proposer, en fonction du type d’échantillon à stocker, un emplacement disponible pour le tube. Si plusieurs tubes issus de la même expérience sont à stocker, le système devra proposer, dans la mesure du possible, des emplacements contigus. Un tube vide, cédé ou détruit entraînera la libération systématique de son emplacement dans le support de stockage. Requêtes et Rapports L’application devra fournir un moteur de recherche multicritères, et ce sur tous les éléments de la base de données. Cet outil offrira la possibilité d’exporter les résultats dans un fichier clairement lisible par une application extérieure à la base (format CSV pour Excel ou PDF par exemple). Un système de reporting customisable est à envisager pour le suivi des informations de la base, avec un export possible en fichier PDF ou en fichier Excel. Gestion des utilisateurs L’application devra clairement identifier l’utilisateur via un système de connexion par login et mot de passe. Chaque utilisateur appartient à une catégorie qui offre des droits différents sur la base de données : • Utilisateur : consultation des informations • Gestionnaire : consultation + saisie des informations • Administrateur : consultation + saisie des informations + ajout et modification des champs de la base (ex : ajout d’éléments dans une liste déroulante) et création de nouveaux éléments Importation de données Pour faciliter la mise en place de l’application au sein du laboratoire, il est demandé de fournir un outil d’importation d’informations, via un fichier excel et/ou une base de données FileMaker Pro. Sécurité Il est demandé de fournir les outils applicatifs pour garantir un accès sécurisé à l’application, via un système de login et de mot de passe, avec un protocole adéquat (https), depuis n’importe quel poste ayant accès au réseau du laboratoire. Par ailleurs, l’application étant susceptible d’être consultée depuis l’extérieur de notre laboratoire, une connexion à distance sécurisée via un accès VPN est à envisager.