tutorat physique

FACULTE
de
PHARMACIE
TUTORAT UE1 2010-2011 – Biochimie
Séance n°4 – Semaine du 14/10/2010
Les protides
Pr. Lehmann
Séance préparée par Isabelle Bonnet, Anne Bozon, Adrien Peyrac (ATM²)
QCM n°1 : Dans un premier temps, on considère la série des 5 acides aminés suivants :
A)
B)
C)
O
O
OH
OH
HS
D)
E)
OH
OH
O
NH2
S
NH2
H3C
O
NH2
OH
CH3
CH3
CH3
O
OH
NH2
NH2
Dans un deuxième temps, on considère 5 propositions, toutes relatives à l’un des 5 acides
aminés précédents.
1.
2.
3.
4.
5.
Est un acide aminé aromatique.
Est impliquée dans la leucinose.
Est un acide aminé soufré polaire.
Possède deux carbones asymétriques.
Est un donneur de méthyle.
Assigner à chaque acide aminé une de ces 5 propriétés, puis choisir parmi les
propositions suivantes la bonne combinaison (Une seule réponse possible).
a) A-1, B-3, C-5, D-2, E-4
b) A-5, B-3, C-2, D-1, E-4
c) A-3, B-5, C-1, D-2, E-4
d) A-2, B-4, C-3, D-1, E-5
e) A-3, B-2, C-4, D-1, E-5
f) Toutes les combinaisons proposées
sont fausses.
QCM n°2 : Soit un acide aminé absorbant significativement les UV à 280 nm. Parmi les
acides aminés suivants, lequel ou lesquels peuvent correspondre à une telle description ?
a) P
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b) W
c) Y
d) F
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e) H
f) Autre réponse
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QCM n°3 : Soit la molécule représentée ci-dessous et les propositions la concernant.
Quelle(s) est (sont) la (ou les) propositions(s) exactes(s) ?
H
N
H2N (CH 2)2
N
a)
b)
c)
d)
e)
f)
Il s’agit d’un acide aminé protéinogène.
Il s’agit d’une molécule impliquée dans l’hypersensibilité allergique.
Il s’agit d’une molécule induisant une vasoconstriction.
Il s’agit de l’histidine.
Il s’agit de la proline.
Toutes les propositions précédentes sont fausses.
QCM n°4: Généralités concernant les dérivés d’acides aminés. Quelle(s) est (sont) la (ou
les) propositions(s) exactes(s) ?
a) La sérotonine est formée par décarboxylation puis hydroxylation du tryptophane.
b) Dans le traitement de la maladie de Parkinson, on injecte de la dopamine dans le sang pour
compenser la perte des neurones dopaminergiques.
c) Une sécrétion acide au niveau de l’estomac peut être due à l’action de l’histamine sur les
récepteurs H1.
d) La dopamine est formée par décarboxylation de la L-DOPA.
e) La taurine a pour précurseur immédiat la méthionine.
f) Toutes les propositions précédentes sont fausses.
QCM n°5: De la Glutamine (pKa=2.17 ; pKb=8.72) est mise en solution à pH = 9. Quel est le
pourcentage de la forme zwiterionique de cet AA ? (Une seule réponse possible)
a) 66%
f)
b) 10%
c) 34%
d) 52%
e) 74%
Toutes les réponses précédentes s’éloignent d’au moins 5% de la valeur réelle.
QCM n°6: Soit un peptide composé de six résidus Tryptophane (PM = 204 Da). Dans une
solution physiologique de 100 µL, on retrouve 20 ng de ce peptide. Quelle est la
concentration de ce peptide dans la solution ? (Plusieurs réponses sont possibles)
a) 0,30 μM
f)
b) 0,17 μM
c) 130 mM
d) 20.10-6 %
e) 20.10-3 %
Toutes les réponses précédentes s’éloignent d’au moins 5% de la valeur réelle.
QCM n°7: Soit le peptide FPCERYMC, pour lequel il existe un pont dissulfure intracaténaire. L’analyse HPLC en colonne hydrophobe, faisant suite à son traitement préalable
par un ou plusieurs agents protéolytiques, conduit à des résultats non similaires.
Dans quel(s) cas pourrait-on voir apparaitre 2 pics en analyse HPLC dans des conditions
oxydantes?
a) Pas de traitement protéolytique préalable.
b) Traitement à la trypsine.
c) Traitement à la chymotrypsine.
d) Traitement au bromure de cyanogène.
e) Traitement à la trypsine et au bromure de cyanogène.
f) Toutes les propositions précédentes sont fausses.
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QCM n°8 et 9 liés: Soit le peptide représenté ci-dessous.
SH
H2N
NH
HN
NH2
O
H2N
HN
O
NH
HN
O
O
OH
O
NH
O
NH
CH3
HN
CH3
H3C
NH
H3C
O
QCM n°8 : Quelle(s) est (sont) la (ou les) propositions(s) exactes(s) ?
a)
b)
c)
d)
e)
f)
Ce peptide contient au total 4 acides aminés essentiels (chez l’adulte) différents.
Il contient 2 acides aminés ramifiés différents.
A pH=7, la charge globale de ce peptide est proche de +2.
Il n’a subit aucune modification post-traductionnelle.
Le 3e acide aminé de ce peptide est la valine.
Toutes les réponses précédentes sont fausses.
QCM n°9 : Quelle(s) est (sont) la (ou les) propositions(s) exactes(s) ?
a)
b)
c)
d)
e)
f)
Il comporte un total de 6 liaisons peptidiques.
Sa masse moléculaire peut être estimée à 660 Da.
Ce peptide absorbe à 210nm.
Ce peptide est clivable par la chymotrypsine.
Ce peptide est clivable par le bromure de cyanogène.
Toutes les réponses précédentes sont fausses.
QCM n°10: Quelle(s) est (sont) la (ou les) propositions(s) exactes(s) ?
a) Les résidus proline jouent un rôle dans l’établissement des structures secondaires.
b) La cristallographie aux rayons X permet d’obtenir des informations sur la structure secondaire
d’une protéine.
c) Les hélices α sont des structures secondaires ne contenant généralement pas de résidus proline.
d) La présence de cations métalliques peut intervenir dans la structure tertiaire d’une protéine.
e) L’insuline et l’hémoglobine sont des exemples de protides possédant une structure quaternaire.
f) Toutes les propositions précédentes sont fausses.
QCM n°11 : Après hydrolyse acide à 110° pendant 24h d’un peptide KWAHQ, on réalise
une chromatographie anionique à gradient de pH décroissant et on récupère l’éluat. Quel
est l’ordre d’élution des acides aminés ? (Une seule réponse possible)
a) K>H>W>A>Q
f)
b) H>W>K>E>A
c) K>H>A>E
d) E>A>H>K
e) W>Q>A>H>K
Toutes les réponses précédentes sont fausses.
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QCM n°12 : Soit un tétrapeptide composé de 4 acides aminés tous différents, pouvant
subir une myristoylation, une acétylation sur une chaine latérale et une phosphorylation. Il
est clivable par la chymotrypsine, mais pas par la trypsine. Par ailleurs, on sait que son
troisième acide aminé est le plus hydrophobe de tous les acides aminés protéinogènes.
Quelle est la séquence qui correspond à ce peptide ? (Une seule réponse possible)
a)
b)
c)
d)
e)
f)
GKIY
CKFT
CFVK
GYIK
CYIK
Toutes les réponses précédentes sont fausses.
QCM n°13: Soit un peptide de poids moléculaire 250 kDa. Après électrophorèse en
condition dénaturante, puis en conditions réductrices, on obtient le résultat suivant :
En kDa
SDS
SDS + agent réducteur
100
50
25
20
10
Quelle(s) est(sont) la(les) proposition(s) exacte(s) concernant cette protéine?
a)
b)
c)
d)
e)
f)
Cette protéine peut être décamérique.
Cette protéine peut être pentamérique.
Elle possède au moins un pont S-S intercaténaire.
Elle peut posséder plusieurs ponts S-S intracaténaires.
Elle peut posséder plusieurs ponts S-S intercaténaires.
Toutes les propositions précédentes sont fausses.
QCM n°14: Quelle(s) est (sont) la (ou les) propositions(s) exactes(s) ?
a) Le collagène possède une structure secondaire en hélice de pas droit
b) Le collagène est composé d’une forte proportion de cystéine.
c) Le pourcentage d’homologie entre vasopressine et ocytocine est proche de 77% (à 1% près)
d) L’Immunoglobuline G possède des ponts disulfures intra-caténaires
e) Une agrégation de la protéine Prion est à l’origine de la maladie d’Alzheimer.
f) Toutes les propositions sont fausses
QCM bonus n°1 : Généralités sur la chromatographie anionique. Quelle(s) est (sont) la
(ou les) propositions(s) exactes(s) ?
a)
b)
c)
d)
e)
f)
Elle constitue une méthode de choix pour purifier deux peptides de PM très différents.
A un instant t, les molécules de pHi très inférieur au pH du tampon restent dans la colonne.
A un instant t, les molécules de pHi très supérieur du pH du tampon restent dans la colonne.
La résine peut être porteuse de groupements carboxylate.
Au début de la procédure, l’ensemble des éléments à éluer est retenu par la colonne.
Toutes les propositions précédentes sont fausses.
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QCM bonus n°2 : Concernant les pathologies liées aux protides. Quelle(s) est (sont) la
(ou les) propositions(s) exactes(s) ?
a) La consommation d’aspartame est déconseillée chez l’enfant en cas de phénylcétonurie.
b) Le précurseur de la protéine amyloïde (APP) joue un rôle majeur dans la physiopathologie de la
maladie de Parkinson.
c) La leucinose est causée par un défaut du métabolisme des acides aminés ramifiés.
d) Le scorbut touchait autrefois les marins manquant d’agrumes contenant de la vitamine C.
e) Le scorbut est dû à un défaut d’hydroxylation des résidus proline du collagène.
f) Toutes les propositions précédentes sont fausses.
QCM bonus n°3 : On réalise une électrophorèse sur gel de polyacrilamide d’une protéine
de 400kDa en présence de SDS puis en présence de SDS + β-mercaptoéthanol (Agent
réducteur). Les résultats sont les suivants :
En kDa
SDS
SDS + agent réducteur
400
300
200
100
50
Quelle(s) est(sont) la(les) proposition(s) exacte(s) concernant cette protéine ?
a)
b)
c)
d)
e)
f)
Sa structure quaternaire est composée de 3 sous-unités.
Elle peut être composée d’une sous-unité comprenant 3 chaînes peptidiques.
Elle peut être composée d’une sous-unité comprenant 2 chaînes peptidiques.
Les sous-unités qui la composent possèdent toutes au moins 1 pont dissulfure intercaténaire.
Une électrophorèse en conditions non dénaturantes aurait pu permettre d’obtenir des
informations sur son pH isoélectrique.
Toutes les propositions précédentes sont fausses.
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