Les microbes
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Les microbes Microbiologie médicale Professeur Guillaume Arlet Hôpital Tenon, AP-HP Faculté de Médecine, UPMC Cours IFSI 2010 Semestre 1 Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Définition »Micro-organismes • • • • Etres vivants microcopiques Uniquement visible qu’au microscope Premiers êtres vivants sur terre Environ 3 à 4 miliards d’années Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Evolution en millions d’année 4500 3000 2000 1000 0 Archaebactéries Cellule eucaryote 9 E. coli 0,03 Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Classification des microbes • Etres unicellulaires : protistes • La division cellulaire génère deux individus • Protistes eucaryotes (vrai noyau) – Protozoaire – Algues – Champignons et levures • Protistes procaryotes – Bactéries • Acaryotes : virus Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet LES BACTERIES Définition Etre vivant, unicellulaire, de petite taille (généralement 1 micro de diamètre et quelques microns de longueur). Cellule procaryote donc dépourvue d’un véritable noyau : absence de membrane nucléaire, chromosome unique en général. Paroi rigide faite d’un constituant spécifique : peptidoglycane ou mureine. Classification est fondée sur les caractères morphologiques, tinctoriaux, biochimiques, antigéniques Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet génétiques Structure générale Pili sexuel Paroi Flagelles Membrane cytoplasmique Pili communs Chromosome Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Capsule Ribosomes Rôle du peptidoglycane Propriétés du Peptidoglycane forme et rigidité de la bactérie affinité tinctoriale selon l’épaisseur : coloration de Gram sensibilité au lysozyme, aux antibiotiques Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Bactérie à Gram positif Bactérie à Gram négatif Acides téchoiques LPS Membrane externe Porine peptidoglycane espace périplasmique Membrane cytoplasmique Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Autres composants de la paroi bactérienne Membrane externe (Gram -) : lipopolysaccharide (LPS), endotoxine, antigène somatique O Membrane interne (Gram -) ou cytoplasmique (Gram +) : barrière osmotique métabolisme énergétique. Capsule (inconstante) : polysaccharidique, virulence, (opsonisation): S. pneumoniae Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Appendices externes Flagelles : 15 à 20µ de long Mobilité Protéine antigénique : antigène H Implantation Polaire Péritriche Monotriche Lophotriche Pili. : 0,2 à 5 µ de long Structure et fonctions : poils raides, en protéine, sexuels (transfert génétique), Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet communs (adhésion) : Escherichia coli, Neisseria gonorrheae QuickTime™ et un décompresseur TIFF (non compressé) sont requis pour visionner cette image. Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Spore : chez bacilles à gram positif , Bacillus, Clostridium Formation : sporulation (intracytoplasmique) sécheresse, chaleur, appauvrissement du milieu formation de la préspore, maturation, germination Fonction Conservation du patrimoine génétique résistance aux agents physiques et chimiques. Température, chaleur (100°C), UV, Rayons X, agents chimiques Stérilisation : Chaleur humide à 120°C Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet LES CONSTITUANTS INTERNES Cytoplasme Acide désoxyribonucléique : Chromosome, ADN surenroulé Plasmide Réplication sur les deux brins (< 20 min.) Acides ribonucléiques : messager, de transfert, Ribosomal Small ARN Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Morphologie quelques exemples Bacilles gram – mobiles péritriches Coques Gram + en amas Bacilles Gram capsulés Coques Gram + en chainettes Bacille Gram – mobile polaire Diplocoques Gram + capsulés Vibrions, Campylobacter Spirilles Bacilles Gram + sporulés Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Tréponème LA CROISSANCE Conditions physicochimiques - Température bactéries mésophiles - optimum de 20°C à 40°C. certaines bactéries (psychrophiles) cultivent mieux à 4°C. bactéries thermophiles -pH en général optimum de croissance à la neutralité -Pression osmotique saumure (NaCl > 30 %) empêche la croissance Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet LA CROISSANCE - Pression partielle d’02 type respiratoire : Aéro Anaerobie Aérobie Microaérophile Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Anaérobie LA CROISSANCE Quelques exemples de temps de génération Escherichia coli : 17 minutes Staphylococcus aureus : 30 minutes Lactobacillus acidophilus : 75 minutes Mycobacterium tuberculosis : 20 heures Treponema pallidum : 33 heures Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Génétique : Les outils de l’évolution bactérienne • Mutation • Acquisition d’ADN étranger – – – – Transformation Transduction Conjugaison Transposons conjugatifs • Remodelage interne – Séquences d’insertion – transposons Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet CARACTERES DES MUTATIONS 1/ Rareté : 1 individu sur 106-108 2/ Spontanéité La bactérie mutante pré-existe au sein de la population avant même tout contact avec l’agent sélectif 3/ Discontinuité La modification s’effectue en une seule étape selon la loi du tout ou rien, 4/ Stabilité et transmissible à la descendance. Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Plasmides Gènes de résistance Gènes de virulence Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet CONJUGAISON Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Flores bactériennes humaines Pr. Guillaume ARLET UFR de Médecine Université Pierre et Marie Curie Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Homme et bactéries quelques notions Homme : 1013 cellules eucaryotes et 1014 bactéries Nouveaux nés : stériles à la naissance Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Flore humaine quelques définitions • Flore commensale (cum mensa) • Flore saprophyte • Flore transitoire Notion de virulence • Bactérie pathogène stricte • Bactérie pathogène opportuniste Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Les flores humaines Flores humaines • • • • • peau : 102-106/cm2 rhinopharynx 108/ml oropharynx : 108/ml digestive : 102-1011/g vagin : 108/ml Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Le corps humain • Les régions stériles trachée, bronches, poumons • sous la peau • les urines • séreuses et organes Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Flore bactérienne cutanée • La peau est située en première ligne dans la défense visà-vis des infections. • La flore cutanée normale a un rôle de protection contre les infections par plusieurs mécanismes : l’interférence bactérienne, la production d’acides gras, et même par la production de peptides antimicrobiens. • Plus de 200 espèces bactériennes identifiées Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Variation quantitative de la flore cutanée • Régions sébacées : 105-106/cm2 – De part et d’autre des narines, – Régions pileuses – Conduit auditif externe • Régions humides : 106-107/cm2 – – – – Aisselles Périnée Espaces interdigitaux Nombril • Régions sèches : 102/cm2 Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Flore aérienne supérieure Rhinopharynx Oropharynx • • • • Staphylocoque doré (orifices narinaires en particulier) Streptocoques, dont S. pneumoniae Haemophilus, dont H.influenzae Neisseria (éventuellement Neisseria meningitidis dont le portage est transitoire) • Anaérobies, corynébactéries, lactobacilles. Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Flore digestive humaine Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Flore digestive humaine : rôle 1. Commensalité 2. Résistance à l’infection Effet de barrière • • Participation à la digestion alimentaire Synthèse de vitamines (K, folates, B) • Bactériocines • • • Encombrement stérique Métabolites toxiques Déplétion alimentaire Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Effet de barrière Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Flore vaginale • Les lactobacilles acidophiles (bacilles de Döderlein), par leur sécrétion d'acide lactique entretiennent un pH bas qui limite la flore de colonisation et permet la fécondation). • Streptocoque (Streptocoque B essentiellement) • Corynébactéries • Bifidobacterium. • Après la ménopause, les anaérobies et entérobactéries sont plus abondantes. Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Flore bactérienne et antibiotiques • • • • Flore commensale habituellement sensible Flore soumise à pression de sélection Émergence de la résistance Transfert de la résistance – Transformation (acquisition d’ADN nu) – Conjugaison (acquisition de plasmides R) Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Flore bactérienne et système immunitaire • Système immunitaire et flore digestive • La flore digestive permet le développement du système immunitaire digestif et sa stimulation permanente Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Conflit hôte-bactérie notion de virulence • Apport constant de bactéries extérieures • Pas d’implantation dans la très grande majorité des cas • Rarement maladies infectieuses • Origine commensale parfois Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Bactéries pathogènes la tenue de combat Pili sexuels Peptidoglycane Pili communs Flagelles internalines sidérophores cytotoxines LPS Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet capsule Bactéries pathogènes : la tenue de combat Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Conflit hôte-bactéries critères de virulence Infection Propriétés Bactéries virulentes Bactéries opportunistes Immunocompétent Immunodéprimé Rupture des barrières Dose infectante faible forte Pathogénicité forte faible oui non Hôte Persistance Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Conflit hôte-bactérie Bactéries virulentes/doses infectantes Bactérie Maladie Dose infectante Voie de pénétration Salmonella typhi Fièvre typhoïde ≤ 105 orale Shigella dysenteriae Dysenterie bacillaire 10 orale Mycobacterium tuberculosis Tuberculose 1-10 respiratoire Yersinia pestis Peste 1-10 piqûre Rickettsia prowazeki Typhus 1-10 piqûre Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Pouvoir pathogène bactérien • Pénétration dans l’organisme • Multiplication locale • Expression de la pathogenicité • Diffusion dans l’organisme • Résistance au système immunitaire • Persistance dans l’organisme Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Expression du pouvoir pathogène Bactéries « toxiques » « invasives » pénétration Oui Oui multiplication locale +++ + toxines +++ +/- diffusion Non +++ intoxination infection diffuse symptomatique antibiotique tableau traitement Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Les outils de la virulence • Implantation : adhésines, pili • Production de toxines très puissantes • Pénétration intracellulaire : internalines • Destruction tissulaire enzymes : cytotoxines • Résistance à la phagocytose et au complément : capsule et lipopolysaccharide • Captation du fer : sidérophores • Survie intracellulaire Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Les pathogènes opportunistes • Pathogènes car diminution des défenses • « Immunodépréssion » – Maladies du sang, cancer, etc… – Age : NN et personnes agées – Terrain : diabète, alcoolisme, insuffisant respiratoire – Iatrogène : sondage, KT, réanimation – Médicaments : corticoides, AINS Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Le Choléra l’agent pathogène • Vibrio cholerae – Bacille à Gram – halophile – très mobile – vit dans les eaux alcalines salées – Épidémies – Circonstances de survenue Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Le Choléra le tableau clinique • • • • • Diarrhées profuses Selles « eaux de riz » très liquides Déshydratation Décès Traitement par réhydratation Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Le Choléra la physiopathologie NaCl Cl- HCO3- Protéine G kinase ATP AMPc Adénylate cyclase Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Le Tétanos • • • • • Quel est mon nom ? : Qui suis je ? : D’ou viens-je ? : Pourquoi je résiste ? : Que fais-je ? : Clostridium tetani Un bacille gram + anaérobie le cheval est mon ami je sporule je donne le Tétanos Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Le Tétanos • • • • • Plaie cutanée Germination Multiplication locale Elaboration de la toxine Blocage de la transmission des neurotransmetteurs • Paralysie et asphyxie Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Les Salmonelles • Adhésion aux cellules jéjuno-iléales • Invasion par invasine qui reconnaissent les intégrines des cellules • Réarrangement du cytosquelette • Persistance, survie et multiplication dans le phagosome Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Les Shigelles • Pénétration par les cellules M • Invasion par le complexe IpaB-IpaC secrété par un système de sécrétion de type 3 • Ipa (invasion plasmid antigen) • Lyse des phagosomes • Apoptose des macrophages • Pénétration des autres cellules épithéliales Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Les Shigelles Cellule épithéliale Cellule M apoptose Caspase 1 Cours IFSI 2010 S1Macrophage Pr G. Arlet IL-1ßactivé Polynucléaire Les pathogènes opportunistes • Pathogènes car diminution des défenses • « Immunodépréssion » – Maladies du sang, cancer, etc… – Age : NN et personnes agées – Terrain : diabète, alcoolisme, insuffisant respiratoire – Iatrogène : sondage, KT, réanimation – Médicaments : corticoides, AINS Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Staphylococcus aureus • Portage nasal chez 10 à 40% des individus • 103 à 104 / cm2 • 60% des individus sont porteurs de manière intermittente • Durée du portage de plusieurs mois à plusieurs années • Autres sites :vagin, périnée, peau, plaies Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Staphylococcus aureus S. aureus expriment de nombreux facteurs de virulence • 1ère étape colonisation de la peau et des muqueuses – rôle des acides lipoteichoïques – Pénétration par effraction ou brûlure • Colonisation des tissus sous jacents • Résistance à la phagocytose • Élaboration de toxines Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Staphylococcus aureus • Multiplication et Dissémination • Sidérophores en phase post exponentielle de croissance • Coagulase qui se lie à la prothrombine qui se transforme en thrombine activée qui transforme le fibrinogène en fibrine • Staphylokinase qui fragmente le caillot en envoie des micro-embols septiques dans la circulation Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Staphylococcus aureus Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Escherichia coli • E. coli responsables d’infections intestinales – ETEC E. coli enterotoxinogènes • Epidémies enfants pays EVD, diarrhées du voyageur (turista) – EPEC E. coli entéropathogènes pays EVD • Diarrhées aigueset chroniques dans les écoles et les crèches – EIEC E. coli entéroinvasifs • Syndromes dysentériques – EHEC E. coli entérohémmoragiques • Colites hémmorragiques et SHU – EAggEC E. coli entéroaggrégatifs • Diarrhées chez nourrissons et enfants pays EVD – DAEC E. coli Adhésion diffuse Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Escherichia coli infections extraintestinales – Infections urinaires, pyélonéphrites – Méningites néonatales – Cholécystites – Septicémies – Infections suppuratives diverses ExPEC Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Escherichia coli ExPEC : • Adhésion par – – – – • • FimH P fimbriae (opéron pap), S fimbriae Adhésine non fimbriale (Afa) Capsule K1 : résistance à la phagocytose Cytotoxines – Hémolysines A (opéron à 4 gènes) – Toxine dermonécrotique CNF 1 • Sidérophores – aérobactine, – yersiniabactine • Recepteurs de ces sidérophores (IutA, FyuA) Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Transmission des bactéries • Réservoirs • Modalités de transmission – Directe – Indirecte Les infections liées aux soins Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Réservoirs - Strictement humain selon la matière infectante * selles (fièvre typhoïde, diarrhées) * sécrétions génitales (maladie vénérienne, IST) * chancre (maladie vénérienne, IST) * air expulsé (méningococcie, charbon, tuberculose) * accouchement (fièvre puerpérale) - animal - autres * salive (pasteurellose) * délivrance * lait * carcasses (ganglions) * eau (choléra.........) * aliment (TIAC, Listeria........) * ectoparasites (maladies vectorielles) Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Transmission - Voies de contamination . directe * homme à homme - gouttelettes : méningocoque, bacille tuberculeux - main (dysenterie bacillaire, S. aureus, ILS) - contact vénérien - mère à enfant (transmission verticale) * animal à homme - morsure, griffade, léchage - contact direct (maladie professionelle) * ectoparasites - morsure de tiques (borréliose de Lyme) - puces, poux....... . indirecte * eau, aliments (Brucella, Salmonella, Listeria........) * air (Coxiella burnetii.......) * autres (étables.......) Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Syndrome pseudo-grippal + pneumonie atypique Réservoirs animaux Bactérie intracellulaire obligatoire Fièvre Q Coxiella burnetii Variant résistant (spore ?) Petites épidémies spore ? Résistance Transmission aérienne Année 2002 2000 2001 1996 90-95 Source ovine fumier (chèvre) fumier (ovin) ovine ovine Nb. cas 99 10 5 29 289 Principaux signes cliniques Fièvre, céphalées, TRA* Fièvre, céphalées, myalgies Fièvre, céphalées, TRA Fièvre, céphalées, TRA Fièvre, céphalées, TRA * TRA, augmentation des transaminases Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet La transmission manuportée • • • • • Cause de transmission des ILS Malades fragiles Malades en réanimation Transmission en ville Transmission des BMR Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Antibiotiques Modes d’action Mécanismes de résistance Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Définition Agents antibactériens naturels ou obtenus par synthèse ou par semi-synthèse présentant une activité : • • • • • liée à un mécanisme d’action spécifique exercée à de faibles concentrations sur certaines espèces bactériennes (spectre d’activité large ou limite) relativement lente bactériostatique ou bactéricide une toxicité sélectivement dirigée contre les bactéries Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet CLASSIFICATION : • Par famille et la structure chimique de base – ß-lactamines, – aminosides, – quinolones • Par le spectre – Gram +/– Anti-pseudomonas • Par mécanismes d’action – Paroi – Acides nucleiques – Synthèse protéique Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Antibiotiques et Bactéries • • • • • • • • ß-lactamines Aminosides Fluoroquinolones Tetracyclines Trimethoprime & sulfamides Chloramphenicol Rifampicine fosfomycine Gram - • Macrolides • Glycopeptides Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Gram + Cibles potentielles des antibiotiques Porines Membrane externe Peptidoglycane Peptidoglycane PLP Membrane cytoplasmique Pompes efflux ADN ARN Ribosomes Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Protéines MECANISMES D'ACTION DES ATB - CIBLES Mécanisme d'action Familles d'ATB Inhibiteurs de la synthèse de la paroi bactérienne (PG) Inhibiteurs de la synthèse des protéines Inhibiteurs de la synthèse des AN ou du fonctionnement de l’ADN • synthèse des précurseurs • réplication de l'ADN • inhibition de l'ARN polymérase β-lactamines (PBP) Glycopeptides (D-Ala-D-Ala) Fosfomycine (précurseurs) Aminosides Tétracyclines Chloramphénicol Macrolides Sulfamides Quinolones Rifampicine Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Résistance acquise de souche Une bactérie est dite résistante par événement génétique acquis lorsqu’elle peut croître en présence de concentration d’antibiotique plus élevée que la concentration qui inhibe les souches normales de l’espèce Population « normale » Population R Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet SUPPORT GENETIQUE DE LA RESISTANCE ACQUISE CHROMOSOMIQUE Mutation PLASMIDIQUE ou TRANSPOSABLE Spontanée, rare, stable, Spécifique de l’ATB ou d’une famille +/- stable Transmission verticale Transmission verticale horizontale même espèce ou espèces différentes ⇒ Dissémination de la R ⇒ Dissémination de la R = descendance = épidémies de souches = épidémies de souches de plasmides, de gènes Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet MECANISMES DE RESISTANCE ACQUISE AUX ANTIBIOTIQUES →Modification de la cible Défaut de liaison entre ATB et cible = AFFINITÉ → Inactivation de l’ATB = SYSTÈME ENZYMATIQUE → Nouvelle voie de synthèse : by pass → Efflux actif = EXCRÉTION → Défaut de pénétration de l’ATB = IMPERMÉABILITÉ Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet SARM AP-HP Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Enterocoque et R glycopeptides ERV • Colonisation plutôt qu’infection • Épidémie souterraine dans les hôpitaux 2007 Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet 2008 R C3G chez E. coli Prevalence of resistance to extended-spectrum cephalosporins among E. coli isolates from bacteraemias (European Antimicrobial Resistance Surveillance System) 2002 2007 Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Carbapénémases Pip Tic Amx Tz • Fox Cf Ma Ctx Atm Mox Amc Fep Imp Classe A : KPC – New-York, Grece, Israel – K. pneumoniae (50%), E. cloacae, E. coli Caz – Cas d’importation : Paris • Classe B (MBL) : VIM, (IMP), (NDM) • Classe D : OXA-48; OXA-23/-58/40 Tcc – Italie, Grèce, Tunisie – K. pneumoniae, E. coli, P. aeruginosa – Cas d’importation : Paris Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Mise en évidence des bactéries Pr Guillaume Arlet Faculté de Médecine Pierre et Marie Curie, UPMC Hôpital Tenon, AP-HP Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Rôle du laboratoire de Bactériologie médicale • Caractérisation de la bactérie responsable du syndrome infectieux – – – – – – – Méningites Pneumonies Infections urinaires Angines Septicémies Infections gynécologiques Cholécystite Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Origine bactérienne du sepsis ? • Infections virales : – angine, – syndrome grippal, – méningites • Infections parasitaires : – Diarrhées sanglantes – Paludisme Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Infections bactériennes et syndrome inflammatoire • Bactéries: – réaction macrophages et polynucléaires (pus) • Virus – réaction macrophage et lymphocytes • Parasites – réaction à P. oesinophiles Pb des bactéries intracellulaires : réaction lymphocytaire Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Les grandes étapes de l’identification bactérienne • Examen direct au microcope : 1 heure – Cytologie, – coloration de Gram, morphologie • Culture : 24 heures • Identification : 24-48 heures • Etude de la sensibilité aux antibiotiques : 24-48 heures Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Un bon prélèvement • Méningites: LCR par ponction lombaire • Pneumonies : ECBC, Aspiration bronchique • Infections urinaires : ECBU • Sepsis grave : hémocultures • Cholécystite : prélèvement opératoire • Angine : écouvillonage pharyngé Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Un bon prélèvement • Stérilité : ECBU, LCR, Sang • Problèmes des flores normales humaines – ORL – Digestive – Gynécologique – Cutanée • Problème des bactéries fragiles et anaérobies Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Quelques prélèvements Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Rappel sur la paroi bactérienne Bactérie à Gram positif Bactérie à Gram négatif Acides téchoiques LPS Membrane externe Porine peptidoglycane espace périplasmique Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Membrane cytoplasmique Morphologie quelques exemples Bacilles gram – mobiles péritriches Coques Gram + en amas Bacilles Gram capsulés Coques Gram + en chainettes Bacille Gram – mobile polaire Diplocoques Gram + capsulés Vibrions, Campylobacter Bacilles Gram + sporulés Spirilles Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Tréponème ECBU à Escherichia coli Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Hémoculture à Campylobacter Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Méningite à méningocoque Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Endocardite à Streptocoque Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Culture • Différents milieux – Standard – Enrichis (sang frais, sang cuit) – Sélectif • Température – 37, 30, 44 • Atmosphère : – normale, – CO2, – anaérobie Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Les modalités de l’isolement Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Un isolement parfait Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Isolements sélectifs Gélose de Chapman pour S. aureus Gélose de Drigalski pour entérobactéries Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Milieux enrichis Gélose au sang frais Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Gelose Chocolat Identification bactérienne • Méthodes biochimiques – Mise en évidence de métabolites – Fermentation des sucres • Méthodes antigéniques – Mise en évidence d’antigènes de surface • Méthodes moléculaires – PCR Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Identification biochimique Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Identification antigénique Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Antibiogramme 0,25 2 8 32 32 8 2 0,25 0,25 2 8 32 J0 0,25 2 8 32 32 32 8 2 0,25 J+1 8 2 0,25 2 0,25 Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet 8 32 32 8 2 0,25 Antibiogramme BMR AMX CF FEP MOX TIC MA AMC CAZ TZP PIP CXM FOX TCC CTX ATM Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet IPM Apport de la biologie moléculaire à la bactériologie médicale • Identification bactérienne • Mise en évidence de gènes de virulence • Mise en évidence de gènes de résistance • Épidémiologie moléculaire Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet Les grands problèmes actuels • Pays très pauvres – Choléra, Tuberculose, Lèpre – Diarrhées, Pneumonies • Pays riches – Tuberculose, E. coli, S. aureus, P. aeruginosa – Pneumonies, IST – Infections liées aux soins, Légionellose Un problème majeur émergent dans le monde La résistance aux antibiotiques Cours IFSI 2010 S1 Pr G. Arlet
