Mention : Evolution, Patrimoine naturel et Sociétés

M A S T E R « EVOLUTION, PATRIMOINE NATUREL, SOCIETES »
CATALOGUE DES ENSEIGNEMENTS
Table des matières
SPECIALITE : EBE .......................................................................................................................................................................... 15
PAB - Problématiques actuelles en Biodiversité (UPMC, MNHN) ............................................................................................... 15
EFEC-Ecologie fonctionnelle des écosystèmes côtiers naturels et anthropisés ....................................................................... 16
EGVT - Ecosystèmes et Groupements Végétaux Terrestres : dynamique et évolution ........................................................... 17
BIVE - Biodiversité Végétale .............................................................................................................................................................. 18
PAIM - Diversité des milieux terrestres et aquatiques (stage de Paimpont) ........................................................................... 19
CISE - Conservation in situ - Espèces/Espaces (stage en espace protégé) ................................................................................ 20
GPOE - Génétique des Populations et Evolution ............................................................................................................................ 21
BIVE - Biodiversité Végétale .............................................................................................................................................................. 22
SOLT - Ecologie des Sols ..................................................................................................................................................................... 23
BEMA - Biologie et Ecologie des Milieux Aquatiques .................................................................................................................... 24
GEOM - SIG, analyse spatiale et Télédétection ............................................................................................................................... 25
BIOS - Biostatistiques (PSUD) ........................................................................................................................................................... 26
GEVO - Génétique évolutive (PSUD) ................................................................................................................................................. 27
CBCG - Cycles biogéochimiques et changements globaux (UPMC) ............................................................................................. 28
EGVT - Ecosystèmes et groupements végétaux terrestres : dynamique et évolution ............................................................. 29
OANE - Outils d’analyse en écologie (UPMC) .................................................................................................................................. 30
PIDU - Parasitisme et interactions durables (UPMC) ................................................................................................................... 31
CONX - Conservation ex situ (MNHN) ............................................................................................................................................... 32
ECOR - Ecologie de la restauration (UPMC) .................................................................................................................................... 33
GEPE - Gestion des populations et écosystèmes (AgroParisTech) ............................................................................................. 34
PACE - Pratiques agricoles et conservation d’espèces menacées (AgroParisTech) ................................................................ 35
VIAB - Viabilité des populations et méta-populations (UPMC/MNHN) ..................................................................................... 36
BISO - Biodiversité et sociétés (module proposé par UPMC) ...................................................................................................... 37
CHAN - Changements globaux (proposé par U-PSud) ................................................................................................................... 38
TELE - Télédétection spatiale (UPSUD) ........................................................................................................................................... 39
BIOF - Biodiversité et Fonctionnement des écosystèmes (PSUD) .............................................................................................. 40
GEAS - Gestion et analyses des données spatiales (PSUD) ........................................................................................................... 41
ECOE - Ecology in English (PSUD) ..................................................................................................................................................... 42
DYST - Systèmes dynamiques et statistique pour l’écologie: remise à niveau ........................................................................... 1
ECOT - Ecosystèmes tropicaux (UPMC) ............................................................................................................................................. 2
ESOL - Ecologie des sols (UPMC) ......................................................................................................................................................... 3
LAUT - Ecophysiologie des plantes alpines (stage du Lautaret) (PSUD) ..................................................................................... 4
STAV - Statistiques pour l’Ecologie : Approfondissements (AgroParisTech) ............................................................................. 5
ECM1 - Ecologie comportementale : Fondamentaux (UPMC) ........................................................................................................ 6
CM2 - Ecologie comportementale : Approfondissements (UPMC) ............................................................................................... 7
ECYC - Evolution des cycles de vie (UPMC) ....................................................................................................................................... 8
REID - Ecologie et évolution des interactions hôte-parasite (UPMC) .......................................................................................... 9
EMGE - Ecologie moléculaire et génétique évolutive des organismes marins (UPMC) .......................................................... 10
MAEE - Modèles aléatoires en écologie et en évolution (AgroParisTech) ................................................................................ 11
DYAD - Dynamique adaptatives et co-évolution : concepts et modèles (ENS) ......................................................................... 12
STRU - Dynamiquesdespopulations structurées, Applications en Ecologie&Epidémiologie ................................................ 13
DYAV - Systèmes dynamiques en écologie : approfondissement (AgroParisTech) ................................................................ 14
STEM - Analyses des séries temporelles en Ecologie et Dynamique des Populations ............................................................ 15
MODF - Modélisation du fonctionnement des écosystèmes (PSUD) .......................................................................................... 16
MILA - Milieux aquatiques : qualité et gestion (UPMC /PSUD).................................................................................................... 17
EPIC - Enjeux pro Ingénierie écologique et Biologie de la Conservation (UPMC-APT) ........................................................... 18
FOSE - Fonctionnement des Socio-Ecosystèmes (MNHN) ............................................................................................................. 19
INGS - Ingénierie et Services écologiques (UPSUD/AgroParisTech) .......................................................................................... 20
STAP - Statistiques et analyses de Données (UPMC) ..................................................................................................................... 21
BADE - Bases de données pour l’environnement (proposé par UPsud) .................................................................................... 22
SPECIALITE : EDTS ....................................................................................................................................................................... 23
EDTS 1 Comprendre une société (approche socio-anthropologique) ....................................................................................... 23
EDTS 2 Comprendre un environnement ......................................................................................................................................... 24
EDTS 3 Dynamiques contemporaines des relations sociétés-natures ...................................................................................... 25
EDTS 4 Méthodologies en sciences sociales.................................................................................................................................... 26
EDTS 5 Fondements écologiques du concept de biodiversité. .................................................................................................... 27
EDTS 13 Analyse et synthèse bibliographique. .............................................................................................................................. 28
EDTS 6 Fonctionnement et dynamiques de l’hydro, de la litho et de la pédosphère .............................................................. 29
EDTS 7 Système d’information géographique 1 (initiation) ....................................................................................................... 30
EDTS 9 Approche géoarchéologique: paléoenvironnements environnements géohistoire ................................................. 31
EDTS 10 Études et gestion du patrimoine environnemental ...................................................................................................... 32
EDTS 11 Milieux géographiques : aléas, enjeux et risques .......................................................................................................... 33
EDTS 12 Systèmes agricoles et environnement ............................................................................................................................. 34
EDTS 14 Étude intégrée ...................................................................................................................................................................... 35
EDTS 15 Projet de master 2 (R ou P)................................................................................................................................................ 36
EDTS 16 Rapport de stage ou mémoire de recherche .................................................................................................................. 37
EDTS 17 Anthropologie des perceptions sensorielles .................................................................................................................. 38
EDTS 18 Ethnobotanique ................................................................................................................................................................... 39
EDTS 19 Identités culturelles ............................................................................................................................................................ 40
EDTS 20 Anthropologie du corps : santé, maladie, malheurs, guérissage ................................................................................ 41
EDTS 21 Anthropologie maritime .................................................................................................................................................... 42
EDTS 1 Comprendre une société (approche socio-anthropologique) ....................................................................................... 43
EDTS 2 Comprendre un environnement ......................................................................................................................................... 44
EDTS 3 Dynamiques contemporaines des relations sociétés-natures ...................................................................................... 45
EDTS 4 Méthodologies en sciences sociales.................................................................................................................................... 46
EDTS 5 Fondements écologiques du concept de biodiversité. .................................................................................................... 47
EDTS 13 Analyse et synthèse bibliographique. .............................................................................................................................. 48
EDTS 6 Fonctionnement et dynamiques de l’hydro, de la litho et de la pédosphère. ............................................................. 49
EDTS 9 Approche géoarchéologique: paléoenvironnements environnements géohistoire ................................................. 51
EDTS 10 Études et gestion du patrimoine environnemental ...................................................................................................... 52
EDTS 11 Milieux géographiques : aléas, enjeux et risques .......................................................................................................... 53
EDTS 12 Systèmes agricoles et environnement ............................................................................................................................. 54
EDTS 14 Étude intégrée ...................................................................................................................................................................... 55
EDTS 15 Projet de master 2 (R ou P)................................................................................................................................................ 56
EDTS 16 Rapport de stage ou mémoire de recherche .................................................................................................................. 57
EDTS 17 Anthropologie des perceptions sensorielles .................................................................................................................. 58
EDTS 18 Ethnobotanique ................................................................................................................................................................... 59
EDTS 19 Identités culturelles ............................................................................................................................................................ 60
EDTS 20 Anthropologie du corps : santé, maladie, malheurs, guérissage ................................................................................ 61
EDTS 21 Anthropologie maritime .................................................................................................................................................... 62
SPECIALITE : MSCS ....................................................................................................................................................................... 63
MSCS1 : Histoire des musées et épistémologie : approches critiques ....................................................................................... 63
MSCS 2 : Médiation muséale .............................................................................................................................................................. 64
MSCS6-SEP13 : Les collections histoire naturelle .......................................................................................................................... 65
MSCS7 : Méthodologie de la mise en exposition des sciences ..................................................................................................... 66
MSCS10 : Muséologie des Sciences ................................................................................................................................................... 67
MSCS 31 – Etudes de publics : pratiques et méthodes .................................................................................................................. 68
MSCS 32 : Introduction aux approches patrimoniales I : concepts, labels, mise en scène-.................................................... 69
MSCS 34 : Mémoire Bibliographique ................................................................................................................................................ 70
MSCS36-SEP 46 : Épistémologie et histoire des sciences ............................................................................................................. 71
MSCS37 – Collections et Musées de France ..................................................................................................................................... 72
MSCS3-QP20 : Le projet culturel : de la collecte des vestiges archéologiques sur le terrain à leur présentation au public
................................................................................................................................................................................................................ 73
MSCS4 : introduction aux approches patrimoniales II : situations régionales, idéologies et muséologie, aspects
économiques et juridiques ................................................................................................................................................................ 74
MSCS22 : Gestion et Inventaire des collections.............................................................................................................................. 75
MSCS23 : Mise en scène du patrimoine dans les pays du sud ..................................................................................................... 76
MSCS24 : Les métiers de l’exposition ............................................................................................................................................... 77
MSCS26 :Séminaire de recherche : Questions d'actualité en muséologie ................................................................................. 78
MSCS27 : Mise en exposition 3D ....................................................................................................................................................... 79
MSCS28 : Préparation au concours de Conservateur Patrimoine Scientifique Technique et Naturel et d’Assistant de
conservation ......................................................................................................................................................................................... 80
MSCS29 : Conservation-restauration des collections ................................................................................................................... 81
MSCS30 : Immersion professionnelle .............................................................................................................................................. 82
MSCS 33 – Etude des publics : théories et enjeux .......................................................................................................................... 83
SPECIALITE : MVE ......................................................................................................................................................................... 84
MVE2 - Introduction à la biodiversité des microorganismes ...................................................................................................... 84
MVE3 - Régulations hormonales et grandes fonctions en Physiologie comparée ................................................................... 85
MVE4 - Des gènes aux écosystèmes .................................................................................................................................................. 86
MVE5 - Diversité et biologie fonctionnelle des microorganismes .............................................................................................. 87
MVE6 - Molécules de défense et de communication des microorganismes .............................................................................. 88
MVE7 - Réponses aux toxiques des organismes et des populations .......................................................................................... 89
MVE8 - Démarche en pharmacologie : de la molécule à la clinique ........................................................................................... 90
MVE9 - Bases moléculaires des interactions environnement/grandes fonctions .................................................................. 91
MVE10 - Biominéralisations .............................................................................................................................................................. 92
MVE11- Animaux sentinelles – Détection de Toxines / Toxiques / Perturbateurs en écotox .............................................. 93
MVE12 - Biologie in silico .................................................................................................................................................................. 94
MVE13 - Approches comparatives, in vivo et in silico, des régulations transcriptionnelles .................................................. 95
MVE14 - Vidéo microscopie, microscopie confocale et imagerie numérique (MICIN) ........................................................... 96
MVE15 - Stage ....................................................................................................................................................................................... 97
MVE20 - Biodiversité et Ecologie fonctionnelle des microorganismes ..................................................................................... 98
MVE21 - Caractérisation, rôle et valorisation des molécules microbiennes ............................................................................ 99
MVE22- Génomique Environnementale et Applications Biotechnologiques (GENOTECH) ................................................ 100
MVE23 - Qualité des milieux aquatiques et risques microbiologiques (AQUAMICRO) ........................................................ 101
MVE24 - Ecotoxicologie (ECOTOX) ................................................................................................................................................. 102
MVE25 - Valorisation des travaux de recherche & Technologies du Vivant (VALO)............................................................. 103
MVE26 - Transfert de gènes in vivo (TRANSGEN) ........................................................................................................................ 104
MVE27 - MVE14 - Vidéo microscopie, microscopie confocale et imagerie numérique (MICIN) ......................................... 105
MVE28 - Physiologie intégrative des microorganismes (PHYMICRO) ..................................................................................... 106
MVE29 - Ecologie microbienne du Sol et biorémédiation (EMS) .............................................................................................. 107
MVE30 - Isolement et analyse structurale de biomolécules (ISABIO) ..................................................................................... 108
MVE31 - Principes de Bioinformatique Appliqués a l’Écologie Microbienne (PBEM) .......................................................... 109
MVE32 - Risques microbiologiques naturels ou provoqués (RIMINAP) ................................................................................. 110
MVE33 - Production de protéines recombinantes ...................................................................................................................... 111
MVE34 - Valorisation de la recherche – Application à l’industrie et la recherche (UPMC) ................................................. 112
MVE35 - Stage ..................................................................................................................................................................................... 113
MVE36 - Molécules et Cibles Thérapeutiques (MCT) .................................................................................................................. 114
MVE37 - Analyse Scientifique .......................................................................................................................................................... 115
MVE38 - Projet en Biologie Moléculaire et Cellulaire ................................................................................................................. 116
MVE39 - Stage ..................................................................................................................................................................................... 116
MVE40 - UE ouverture: Ciblage d’un gène par ARNi et conséquences ..................................................................................... 118
Fonctionnelles (CIBAR) .................................................................................................................................................................... 118
MVE41- UE ouverture: Protéomique et spectrométrie de masse (PROS) ............................................................................... 119
MVE30 - UE ouverture: Isolement et analyse structurale de biomolécules (ISABIO) .......................................................... 120
MVE26 - UE ouverture: Transfert de gènes in vivo (TRANSGEN) ............................................................................................. 121
MVE27 - UE ouverture: Vidéo microscopie, microscopie confocale et imagerie numérique (MICIN) ............................... 122
MVE50 - UE d'ouverture : Atelier d'Initiation à la Recherche : Laboratoire ........................................................................... 123
SPECIALITE : QUATERNAIRE ET PREHISTOIRE (QP) .............................................................................................. 124
Tronc commun Quaternaire et Préhistoire (TCQP) .................................................................................................................... 124
QP7 - Comportements techniques au Paléolithique inférieur et moyen ................................................................................ 125
QP8 - Comportements de subsistance et territoires au Paléolithique moyen et supérieur ................................................ 126
QP 10 : Peuplements et Préhistoire de l’Amérique ..................................................................................................................... 127
QP11 - Quaternaire et Préhistoire de l’Asie du sud-est ............................................................................................................. 128
QP12 - Quaternaire et préhistoire de l’Afrique méditerranéenne, saharienne et atlantique ............................................ 129
QP13 - Comportements symboliques ............................................................................................................................................ 130
QP 14 : Primates et environnement ............................................................................................................................................... 131
QP16: Les premiers peuplements humains .................................................................................................................................. 132
QP17 - Paléoenvironnements végétaux quaternaires ................................................................................................................ 133
QP18 - Approche archéométrique des matériaux ....................................................................................................................... 134
QP 19 - Méthodes de datation en Préhistoire et en Géologie du Quaternaire........................................................................ 135
QP20-MSCS3 Le projet culturel : de la collecte des vestiges sur le terrain à leur présentation ......................................... 136
QP21 - Sociétés, pratiques et environnement : approches bioarchéologiques...................................................................... 137
QP22 - Diversité anatomique et taxinomique en archéobotanique ......................................................................................... 138
QP 24 - Diversité taxinomique et anatomique en archéozoologie ........................................................................................... 139
QP25 - Éléments d'histoire de l'archéologie préhistorique ...................................................................................................... 140
QP 26 - Collections minérales et ostéologiques dans les sciences de l’Homme ..................................................................... 141
Analyses .............................................................................................................................................................................................. 141
QP27 - Approche stratigraphique des sites préhistoriques ...................................................................................................... 142
QP28 - Milieux sédimentaires et environnements quaternaires ............................................................................................. 143
QP29 - Méthodes d’analyses en paléoanthropologie : du pourquoi au comment ................................................................. 144
QP31- Traitements graphiques et infographiques des données archéologiques ................................................................. 145
QP33 - L'Archéologie, ses Musées et ses Collections ................................................................................................................... 146
QP34 - Techniques de terrain et de laboratoire en Bioarchéologie. ........................................................................................ 147
QP35 - Traitement de la donnée localisée, méthodes d’acquisition ........................................................................................ 148
(topographie....................................................................................................................................................................................... 148
QP36/HMEEP203 Séminaire de technologie osseuse................................................................................................................. 149
QP37 - Bases de données, traitements et présentation des données en bioarchéologie ..................................................... 150
QP38 - Grands mammifères plio-pléistocènes ............................................................................................................................. 151
QP 39-Technologie lithique : théories, méthodes et applications ............................................................................................ 152
QP40 - Ostéologie des homininés fossiles .................................................................................................................................... 153
QP41 - Biologie appliquée à l’archéologie .................................................................................................................................... 154
SPECIALITE : SEP......................................................................................................................................................................... 155
Bases de la taxonomie – SEP 1 ......................................................................................................................................................... 155
Les météorites, briques des planètes et de la vie – SEP 2........................................................................................................... 156
Bases de la phylogénétique - SEP 8 ................................................................................................................................................ 157
Paléontologie des Vertébrés, Invertébrés et Paléobotanique - SEP 11 ................................................................................... 158
Anatomie comparée des vertébrés – SEP 14 ................................................................................................................................ 159
Stage de Paléontologie : du terrain au laboratoire – SEP 17 ..................................................................................................... 160
Micropaléontologie – SEP 23 ........................................................................................................................................................... 161
Bases de données - Modèles de données et langage d'accès - SEP 42 ...................................................................................... 162
Arbres et Bois – SEP 43 ..................................................................................................................................................................... 163
Méthodes de discrimination et d’identification taxinomique – SEP 44................................................................................... 164
Epistémologie et histoire des sciences - SEP 46 ........................................................................................................................... 165
L'origine des espèces - SEP 47 ......................................................................................................................................................... 166
Adaptation et Phylogénie – SEP 49 ................................................................................................................................................. 167
Biochronologie, stratigraphie et mesure du temps géologique – SEP 52................................................................................ 168
Biominéralisations - SEP 53 ............................................................................................................................................................ 169
Initiation aux milieux tropicaux – SEP 56 ..................................................................................................................................... 170
Dessin scientifique - SEP 57 ............................................................................................................................................................. 171
Bases de morphologie fonctionnelle - SEP 59 .............................................................................................................................. 172
Anatomie Comparée – Tronc commun .......................................................................................................................................... 173
Initiation au recueil de données de terrain en milieu littoral .................................................................................................. 174
Diversité anatomo-morphologique et histoire des lignées chlorophylliennes – SEP 4........................................................ 175
Initiation aux techniques de collectes et d’inventaires systématiques – SEP 18 ................................................................... 177
Morphométrie et analyses des formes - SEP 19 ........................................................................................................................... 178
Taxinomie et nomenclature – SEP 20 ............................................................................................................................................ 179
Morphologie cladistique informatisée - SEP 21 ........................................................................................................................... 180
Phylogénie Moléculaire – SEP 22 .................................................................................................................................................... 181
Paléohistologie – SEP 27 .................................................................................................................................................................. 182
Xylologie-Paléoxylologie : Systématique et Paléoécologie - SEP 28......................................................................................... 183
Morphologie fonctionnelle: évolution et adaptation – SEP 30 .................................................................................................. 184
Origines de la vie – SEP 31 ............................................................................................................................................................... 185
Exploration et description de la biodiversité – SEP 33............................................................................................................... 186
Statistiques et Analyses des Données – SEP 36 ............................................................................................................................ 187
Paléo-biogéographie et paléo-biodiversité - SEP 37 ................................................................................................................... 188
Formalisation des connaissances en systématique et paléobiodiversité - SEP 38................................................................ 189
Taphonomie – SEP 39 ....................................................................................................................................................................... 190
Biodiversity Informatics - SEP 41 ................................................................................................................................................... 191
Phylogénie des métazoaires: évolution des plans d’organisation – SEP 45 ........................................................................... 192
Les crises biologiques : connaitre le passé, comprendre l’actuel – SEP 51 ............................................................................. 193
Floristique Tropicale (FLORATROP) – SEP 55 ............................................................................................................................. 194
E2F11 Initiation au recueil des données de terrain .................................................................................................................... 195
5UM06 Réalisation de son projet dans les métiers de l’expertise écologique ....................................................................... 196
NU 957 Partenaires institutionnels, associatifs et privés de la gestion et de la conservation de la biodiversité ........... 197
E2F09 Méthodologie d’échantillonnages, inventaires et analyses de données ..................................................................... 198
5UM00 Initiation au recueil des données de terrain en milieu littoral. .................................................................................. 199
NU 956 Enjeux patrimoniaux économiques et scientifiques de la connaissance des espèces ............................................ 200
5UM23 Gestion des Ecosystèmes COtiers et de la DIVersité (GECODIV) ................................................................................. 201
E2F 08 Initiation aux outils juridiques et réglementaires en matière de protection de la nature .................................... 202
5UM02 Initiation aux outils juridiques et réglementaires en matière de protection de l'environnement marin .......... 203
5UM04 Système d'information géographique ............................................................................................................................. 204
Spécialité : EBE
Parcours : Commun UPMC, MNHN
PAB - Problématiques actuelles en Biodiversité (UPMC, MNHN)
Responsable(s) : François Sarrazin, Régine Vignes-Lebbe
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
3
30
20
10
4
Nb heures
par
semaine
3
Effectifs
maximum
60
Objectifs de l’UE :
L’UE a pour objectif de présenter les problématiques actuelles au cœur des travaux de recherche fondamentale ou
appliquée consacrés à la biodiversité et ce sur un large spectre de la systématique et la paléontologie à l’écologie
des populations, des communautés ou des ecosystèmes et la conservation. Le but n’est pas ici de fournir des
connaissances de base dans tous ces domaines mais de montrer au travers de conférences ou de séminaires
ouvrant au débat les enjeux présents et futurs liés à ces recherches. Cette UE devrait notamment permettre aux
étudiants de mieux structurer leur perception des formations offertes dans les spécialités Systématique Evolution
Paléontologie et Ecologie Biodiversité Evolution.
Mots-clés :
Biodiversité, Écologie évolutive et comportementale, Fonctionnement des écosystèmes, changements globaux,
Interaction durables, Conservation Gestion
Compétences visées :
Expertise sur les enjeux présents et futurs liés à la Conservation de la biodiversité
Pré-Requis :
Licence
Mode de validation :
Contrôle des connaissances :
Ecrit : /60 ; Oral (présentation d’article) /40
Contact(s) :
sarrazin@mn
15
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : Commun
EFEC-Ecologie fonctionnelle des écosystèmes côtiers naturels et anthropisés
Responsable(s) : Pr. Tarik Meziane
Pr. Frédéric Olivier
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
3
8
12
10
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
L’écosystème côtier mégatidal du golfe Normand-Breton, à l’interface entre la terre et la mer, se caractérise
notamment par une très forte productivité biologique permettant l’accueil d’une biocénose abondante et
diversifiée. Le but de ce stage, sur une durée de 5 jours et qui a lieu au CRESCO de Dinard, est de présenter le
fonctionnement écologique de cet écosystème, tout en familiarisant les étudiants aux différents faciès/habitats
(fond de baie, estuaire, rocheux, estran…). Seront également abordés les principaux services écosystémiques, tels
la conchyliculture, la production d'électricité et l’écotourisme.
Mots-clés :
systèmes côtiers, diversité, intertidal, conchyliculture, services écosystémiques
Compétences visées :
Initier les étudiants au fonctionnement des différents faciès des écosystèmes côtiers et estuarien sous influence
des marées et les sensibiliser aux effets à court, moyen et long termes des anthropisations ancienne et nouvelle.
Pré-Requis :
Notions de biologie et/ou d’écologie
Mode de validation :
Examen écrit. Durée 1h30
Contact(s) :
T. Meziane, MNHN, UMR BOREA CNRS 7208 , 61 rue Buffon, Tél. : 01 40 79 31 14, [email protected]
16
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : Commun
EGVT - Ecosystèmes et Groupements Végétaux Terrestres : dynamique et évolution
Responsable(s) : Jean-Yves Dubuisson
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
6
30
26
4
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
40
Objectifs de l’UE :
Cette UE se propose de décrire les différents groupements végétaux de la terre en insistant plus particulièrement
sur certains milieux extrêmes ou marginaux (comme les mangroves, les tourbières, les milieux semi-arides à
arides…) supposant souvent des spécialisations ou adaptations particulières chez les plantes. Le groupement
végétal sera donc abordé sous un angle non seulement descriptif mais aussi via la dynamique de sa diversité
(colonisation, compétition et co-existence infra et inter-spécifique, mutualismes et/ou parasitisme, relation entre
productivité et diversité, évolution des stades de pionniers à « climaciques », formations secondaires,
anthropisation…) et des adaptations des plantes qui le constituent.
Mots-clés :
Ecologie, biomes, adaptations, groupements végétaux
Compétences visées :
Acquérir des bases solides sur les biomes et les principaux groupements végétaux de la terre, sur les principales
adaptations anatomo-morphologiques des plantes, sur la dynamique et l'évolution des communautés végétales
Pré-Requis :
Licence, Bases en écologie générale et en botanique
Mode de validation :
1 examen écrit final (60% de la note) et un mémoire sur un sujet libre en relation avec les thématiques de l'UE
(40% de la note)
Contact(s) :
JY Dubuisson, [email protected]
17
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : Commun
BIVE - Biodiversité Végétale
Responsable(s) : Sophie Nadot
Jean-Yves Dubuisson
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
6
30
0
30
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
Il s’agit d’offrir un enseignement de botanique théorique et appliquée, permettant aux étudiants de consolider et
d’approfondir les bases de systématique botanique et évolutive acquises en Licence. Les relations mutualistes
entre les plantes et d’autres organismes (tels que les pollinisateurs) seront abordées dans cette UE. A l’issu de
cette UE, les étudiants posséderont les compétences nécessaires pour être opérationnels sur le terrain dans le
cadre d’expertises botaniques.
Mots-clés :
Botanique évolutive, floristique, identification, inventaires
Compétences visées :
Inventaire floristique ; Reconnaissance et identification en botanique ; Etude et suivi des communautés végétales ;
Bases et approfondissements en botanique évolutive
Pré-Requis :
Licence, Bases en botanique et évolution
Mode de validation :
une analyse d'article (oral), un mémoire sur un projet personnel, un oral final
Contact(s) :
S Nadot, [email protected]
JY Dubuisson, [email protected]
18
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : commun (module proposé par l'UPMC et PSud)
PAIM - Diversité des milieux terrestres et aquatiques (stage de Paimpont)
Responsable(s) : S. Bazot (UPsud), J.C. Lata (UPMC)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
6
12
8
30
2
Nb heures
par
semaine
25
Effectifs
maximum
30
Objectifs de l’UE :
Permettre aux étudiants de mobiliser des connaissances théoriques dans le cadre d’un projet de terrain en temps
limité. Le site de Paimpont offre en un seul lieu une grande diversité de milieux terrestres et aquatiques et permet
de réaliser un enseignement intégré des différentes méthodes de mesures employées en écologie, de les appliquer
sur le terrain et de lire la bibliographie associée. L’aspect de travail en groupe et d’immersion est fortement
développé. Enfin, de découvrir les particularités des écosystèmes locaux (landes, forêt, étangs, agrosystèmes…).
Mots-clés :
écologie
système foret
sociétés fourmis
qualité eau
stage terrain
pédologie
botanique
Compétences visées :
compréhension du fonctionnement d'un écosystème
travail de terrain
travail de groupe
Pré-Requis :
licence biologie des organismes
Mode de validation :
rapport et compte-rendu oral de stage
Contact(s) :
Stéphane Bazot: [email protected]
Jean-Christophe Lata: [email protected]
19
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : commun (module proposé par l'UPMC et UPsud)
CISE - Conservation in situ - Espèces/Espaces (stage en espace protégé)
Responsable(s) : Francois Sarrazin (UPMC) - Jane Lecomte (UPsud)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
6
30
0
30
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
38
Objectifs de l’UE :
Permettre aux étudiants de mobiliser les connaissances théoriques acquises dans l’ensemble de leurs
enseignements, notamment en écologie, afin de se placer dans le cadre d’applications à la conservation de la
biodiversité vu aussi bien au niveau des espèces que des espaces menacés. Il s’agit ici d’une UE introductive ou la
relation science – gestion sera mise en avant au travers notamment d’ateliers de terrain en espace protégé.
Cette UE est destinée aussi bien aux étudiants motivés par des parcours ‘recherche’ ou ‘professionnel’ qu’ils soient
intéressés directement par les thèmes de la conservation ou souhaitant acquérir une culture générale dans ce
domaine.
Mots-clés :
biodiversité
conservation
espaces protégés
viabilité
restauration
stage de terrain
Compétences visées :
conservation de la biodiversité
Pré-Requis :
licence de biologie des organismes
Mode de validation :
écrit
compte-rendu oral de terrain
Contact(s) :
Francois Sarrazin: [email protected]
Jane Lecomte: [email protected]
20
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : commun (module proposé par UPMC)
GPOE - Génétique des Populations et Evolution
Responsable(s) : Eric BONNIVARD (UPMC)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
6
20
20
10
2
Nb heures
par
semaine
25
Effectifs
maximum
100
Objectifs de l’UE :
Cette UE a pour but de présenter aux étudiants : les différentes forces évolutives et leurs impacts sur la diversité
génétique des populations, la théorie synthétique de l’évolution, et les différents mécanismes de spéciation.
Mots-clés :
génétique des populations
spéciation
théorie synthétique de l'évolution
Compétences visées :
connaissances en évolution
Pré-Requis :
licence de biologie des organismes
Mode de validation :
examen écrit
contrôle continu
Contact(s) :
Eric Bonnivard
21
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : commun (module proposé par UPsud et UPMC)
BIVE - Biodiversité Végétale
Responsable(s) : S. Nadot (UPSud) - J.Y. Dubuisson (UPMC)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
6
20
20
20
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
16
Objectifs de l’UE :
Il s’agit d’offrir un enseignement de botanique théorique et appliqué, permettant aux étudiants de consolider et
d’approfondir les bases de systématique botanique et évolutive acquises en Licence. Les relations mutualistes
entre les plantes et d’autres organismes (tels que les pollinisateurs) seront abordées dans cette UE.
Mots-clés :
botanique
palébotanique
évolution
diversité floristique
syndrome pollinisation
Compétences visées :
expertise botanique
Pré-Requis :
Licence de biologie des organismes
Mode de validation :
analyse d'article
mini projet
Contact(s) :
Sophie Nadot: [email protected]
22
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : commun (module proposé par UPsud et UPMC)
SOLT - Ecologie des Sols
Responsable(s) : J.C. Lata (UPMC) et S. Bazot (UPsud)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
6
24
6
30
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
12
Objectifs de l’UE :
Ce module se propose d’aborder l'écologie des sols en étudiant les interrelations entre biotope et biocénose à la
lumière des méthodologies récentes (moléculaires, traçages, modélisation, …). Les intervenants sont tous de
jeunes chercheurs ou enseignants-chercheurs développant chacun de nouvelles approches dans ce domaine
mouvant, donnant leur propre angle d’attaque dans cette problématique.
Lors de la seconde semaine du module, une mise en pratique sera réalisée sur le terrain à Fontainebleau, sur la
butte Montceau, où seront intégrés végétation, types d’humus, types de sols, profils pédologiques, faune du sol et
physico-chimie.
Mots-clés :
écologie du sol
isotopes
stage de terrain
Compétences visées :
expertise en écologie du sol
Pré-Requis :
licence de biologie des organismes
Mode de validation :
travail personnel
travail de groupe sur le terrain
Contact(s) :
Jean-Christophe Lata: [email protected]
Stéphane Bazot: [email protected]
23
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : commun (module proposé par UPsud)
BEMA - Biologie et Ecologie des Milieux Aquatiques
Responsable(s) : Laure Barthes (UPsud)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
6
30
0
30
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
Le module vise à :
- fournir une formation naturaliste de base dans la reconnaissance et l’identification sur le terrain des espèces
animales et végétales (macro algues et plantes des bords de mer) communes du bord de mer ;
- apporter une connaissance théorique de la biologie et de l’écologie des espèces marines ;
- découvrir de visu et d’un point de vue théorique différents milieux côtiers (milieux rocheux, sableux, vaseux,
prés salés) ;
- enfin étudier les interactions des espèces entre elles et avec leur milieu
Basé sur des approches théoriques et des études de terrain, ce module comporte une partie réalisée à la Station
Biologique de Roscoff et une partie réalisée à la Faculté des Sciences d’Orsay.
Mots-clés :
algologie
écologie
milieu aquatique marin
inventaire
Compétences visées :
expertise faune-flore des zones de balancement des marées
biologie générale des milieux marins
Pré-Requis :
licence de biologie des organismes
Mode de validation :
reconnaissance d'espèces
examen écrit
compte-rendu de terrain
alguier
Contact(s) :
Laure Barthes: [email protected]
24
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : commun (module proposé par UPsud)
GEOM - SIG, analyse spatiale et Télédétection
Responsable(s) : Kamel Soudani, Paul Leadley
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
6
12
24
14
2
Nb heures
par
semaine
25
Effectifs
maximum
30
Objectifs de l’UE :
A/ SIG et analyse spatiale
- Connaissances de base sur le mode d’organisation, la création, la gestion et l’analyse d’une base de données à
références spatiales .
- méthodes géostatistiques et d’analyse spatiale.
- Apprendre à utiliser le logiciel Esri – ArcGIS : application à la création d’une base de données cartographiques
relatives à l’occupation du sol.
B/ Télédétection pour des applications environnementales
- Comprendre les principes de base de la télédétection et les potentialités offertes par cette technique pour des
applications environnementales.
-Apprendre à utiliser les outils de télédétection pour le prétraitement, traitement d’images et extraction de
l’information à partir de données de télédétection.
Mots-clés :
télédétection
analyses spatiales
SIG
Compétences visées :
expertise en SIG et télédection
Pré-Requis :
licence de biologie des organismes
Mode de validation :
projet
Contact(s) :
Kamel Soudani: [email protected]
25
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : Commun PSUD
BIOS - Biostatistiques (PSUD)
Responsable(s) : Domenica Manicacci et Delphine Sicard
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
6
30
20
0
2
Nb heures
par
semaine
25
Effectifs
maximum
60
Objectifs de l’UE :
L’objectif du Module Biostatistiques est de former les étudiants à l’analyse de données biologiques. Ce module a
pour but de montrer comment appliquer les concepts et méthodes d’analyses statistiques à des données
biologiques dans des domaines variés (génomique, génétique, écologie, épidémiologie, biochimie…).
L’objectif est d’apporter aux étudiants quelques notions de statistiques non développées en L, tout en restant dans
les limites de ce qui peut être raisonnablement acquis dans le temps d’un module court, et de leur permettre
d’être autonome en analyse de données grâce à un logiciel simple (Excel, StatBox Pro).
Mots-clés :
Plans d’expérience, populations, échantillons
Analyses multivariées ACP
Corrélation, régression
ANOVA
Compétences visées :
Maîtriser les concepts et méthodes d’analyses statistiques à des données biologiques
Pré-Requis :
Licence
Mode de validation :
Modalités de Contrôle des Connaissances :
1/2 de la note pour l’examen ecrit (2h), 1/4 pour le rapport, 1/4 pour l’oral.
Contact(s) :
Domenica Manicacci
Delphine Sicard
26
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : Commun PSUD
GEVO - Génétique évolutive (PSUD)
Responsable(s) : Béatrice ALBERT
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
6
30
20
0
2
Nb heures
par
semaine
25
Effectifs
maximum
60
Objectifs de l’UE :
L’objectif de cette UE est de permettre aux étudiants d’intégrer les concepts de génétique quantitative et des
populations, pour comprendre l’origine et la dynamique de la biodiversité et appréhender comment les
mécanismes évolutifs rendent possible, mais aussi contraignent, l’adaptation des espèces aux changements de
l’environnement.
Mots-clés :
génétique des populations et quantitative
systèmes de reproduction
adaptation
Génomique écologique
Compétences visées :
Connaissance et expertise en génétique des populations et quantitative
Pré-Requis :
Des connaissances de base en génétique des populations sont préférables mais une révision des principaux
concepts sera effectuée en début d’UE.
Mode de validation :
présentation orale d’analyse d’articles
Contact(s) :
Béatrice ALBERT
27
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : Commun UPMC
CBCG - Cycles biogéochimiques et changements globaux (UPMC)
Responsable(s) : Luc Abbadie, Professeur UPMC et Xavier Raynaud, Maître de Conférences UPMC
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
6
57
0
0
2
Nb heures
par
semaine
28
Effectifs
maximum
40
Objectifs de l’UE :
Cette UE a pour objectif de montrer l’interdépendance qui existe entre les cycles biogéochimiques et la
biodiversité abordés aux échelles du globe et de l’écosystème. On mettra un accent particulier sur la dimension
temporelle de ces interactions : fluctuations climatiques, fluctuations de la chimie de l’atmosphère, variation
spatiale des grands biomes au cours du Quaternaire d’une part ; successions des écosystèmes et des types de
cycles biogéochimiques, réponses des écosystèmes aux perturbations climatiques et anthropiques d’autre part.
L’UE abordera également les résultats récents de la recherche sur la valeur fonctionnelle de la biodiversité et sur
l’impact des espèces clés sur les cycles biogéochimiques.
Mots-clés :
Introduction aux changements globaux
Cycles biogéochimiques
Perturbation par activités humaines
Impact de l’agriculture
Diversité biologique
Compétences visées :
Connaissances sur l'interdépendance entre cycles biogéochimiques et biodiversité, aux échelles du globe et de
l’écosystème
Pré-Requis :
Licence
Mode de validation :
Contrôle des connaissances :
Ecrit /70 ; oral /30
Contact(s) :
[email protected]
28
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : Commun UPMC
EGVT - Ecosystèmes et groupements végétaux terrestres : dynamique et évolution
Responsable(s) : Jean-Yves Dubuisson, Professeur UPMC
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
6
50
0
0
2
Nb heures
par
semaine
25
Effectifs
maximum
40
Objectifs de l’UE :
Cette UE se propose de décrire les différents groupements végétaux de la terre en insistant plus particulièrement
sur certains milieux extrêmes ou marginaux (comme les mangroves, les tourbières, les milieux semi-arides à
arides…) supposant souvent des spécialisations ou adaptations particulières chez les plantes. Le groupement
végétal sera donc abordé sous un angle non seulement descriptif mais aussi via la dynamique de sa diversité
(colonisation, compétition et co-existence infra et inter-spécifique, mutualismes et/ou parasitisme, relation entre
productivité et diversité, évolution des stades de pionniers à « climaciques », formations secondaires,
anthropisation…) et des adaptations des plantes qui le constituent.
Mots-clés :
Diversité et dynamique des groupements végétaux fossiles et actuels, successions végétales, adaptations
écologiques, télédétection, phytogéographie
Compétences visées :
Pré-requis pour les étudiants qui souhaitent afficher une dominante végétale à un cursus en écologie des
écosystèmes et des communautés et écologie et biologie de la conservation, et un pré-requis pour les UE « Forêts :
Dynamique et gestion en régions tempérées et tropicales » et « Arbres et Bois »
Pré-Requis :
Licence biologie
Mode de validation :
Ecrit : /100
Contact(s) :
Jean-Yves Dubuisson
29
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : Commun UPMC
OANE - Outils d’analyse en écologie (UPMC)
Responsable(s) : Julien Gasparini
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
2
16
12
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
60
Objectifs de l’UE :
Le but de cet enseignement est de former les étudiants à l’approche analytique d’une hypothèse écologique. Cette
démarche scientifique est fondamentale pour les écologues car elle constitue la seule méthode scientifique pour
valider une hypothèse. L’idée de cette UE serait donc d’enseigner les différentes étapes clés de cette méthodologie
(question, formulation d’une hypothèse et d’un ensemble de prédictions, définition d’un protocole expérimental
adéquat, mise en place d’un échantillonnage, analyse statistique et diffusion des résultats). Cette UE s’articulera
principalement autour d’un projet personnel au cours duquel les étudiants réaliseront une approche analytique
afin de répondre à une question écologique.
Mots-clés :
Démarche scientifique
Biais et piège dans la mise en place d’un protocole expérimental
Valorisation des résultats
Compétences visées :
développer l’autonomie des étudiants à conduire une analyse scientifique ainsi que leurs esprit critique
Pré-Requis :
Licence biologie
Mode de validation :
L’évaluation se fera sous la forme d’un écrit noté sur 100
Contact(s) :
Julien Gasparini
30
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : Commun UPMC
PIDU - Parasitisme et interactions durables (UPMC)
Responsable(s) : Loïc Elard
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
6
60
0
0
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
30
Objectifs de l’UE :
Les objectifs de cette UE sont de fournir une formation de base en parasitologie pour les étudiants en master de
biologie. L’enseignement a lieu sur deux semaines comprenant des cours théoriques et des travaux dirigés. En
complément de cette formation, une série de conférences de chercheurs travaillant de ce domaine sera organisée.
Les étudiants auront également la possibilité d’appréhender la diversité des parasites sous la forme d’un travail
pratique.
Mots-clés :
stratégies des parasites et des hôtes, co évolution et parasitisme dans le temps et l’espace
Compétences visées :
Connaissances sur le parasitisme et interactions durables
Pré-Requis :
Licence biologie
Mode de validation :
Écrit
Contact(s) :
Loïc Elard
31
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : BCR: Biologie de la Conservation (Recherche)
CONX - Conservation ex situ (MNHN)
Responsable(s) : Nathalie Machon et Michel Saint Jalme
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
10
6
8
1
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
30
Objectifs de l’UE :
Les objectifs de l’UE seront de faire connaître les différents types de conservation ex-situ animaux et végétaux
pour les espèces sauvages, d’expliciter les outils théoriques nécessaires à la constitution des collections, de donner
la description des différentes techniques utilisées et d’envisager la fonction des collections. Les grands thèmes de
recherche seront abordés lors de cours magistraux et d’une séance en groupes d’analyse d’articles avec restitution
orale.
Mots-clés :
Description, historique et rôle des collections ex situ, techniques de conservation, Gestion des collections
Compétences visées :
Connaissance sur les différents types de conservation ex-situ animaux et végétaux pour les espèces sauvages, sur
les outils théoriques nécessaires à la constitution des collections, et sur les techniques utilisées
Pré-Requis :
M1 écologie
Mode de validation :
Analyse d'articles en binômes
Contact(s) :
Nathalie Machon : [email protected]
32
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : BCR: Biologie de la Conservation (Recherche)
ECOR - Ecologie de la restauration (UPMC)
Responsable(s) : SARRAZIN François
FRASCARIA-LACOSTE Nathalie
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
30
0
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
30
Objectifs de l’UE :
Les travaux développés spécifiquement dans un contexte d’écologie de la restauration concernent différents
niveaux d’intégration : population, métapopulation, communautés, écosystèmes. Ces travaux souvent empiriques
par le passé s’appuient de plus en plus sur les connaissances les plus récentes en biologie des populations ou dans
le fonctionnement des écosystèmes. Cette UE est ainsi destiné aussi bien aux étudiants motivés par des parcours
‘recherche’ que des parcours ‘professionnel’ qu’ils soient intéressés directement par les thèmes de la
conservation, ou de l’ingénierie écologique, ou souhaitant acquérir une culture générale dans ce domaine.
Mots-clés :
Réintroduction et renforcements de populations
Fondation des petites populations
Restauration des sols - Restauration des écosystèmes
Compétences visées :
Connaissances en écologie de la restauration
Pré-Requis :
M1 écologie
Mode de validation :
Ecrit : /100
Contact(s) :
SARRAZIN François : [email protected]
FRASCARIA-LACOSTE Nathalie :[email protected]
33
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : BCR: Biologie de la Conservation (Recherche)
GEPE - Gestion des populations et écosystèmes (AgroParisTech)
Responsable(s) : C. Bessa Gomes (MC AgroParisTech), T. Spataro (MC AgroParisTech)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
60
0
0
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
30
Objectifs de l’UE :
Ce module traite essentiellement de diverses formes d’intervention humaine sur le fonctionnement de
populations (et, à un moindre degré, de communautés et d’écosystèmes): populations exploitées, populations
cultivées, populations invasives, habitats préservés.La démarche générale consiste à s’appuyer sur les
connaissances fondamentales en écologie des populations pour les appliquer à des cas concrets. Certains aspects
relatifs à la préservation des espèces menacées pourront être ponctuellement abordés.
Mots-clés :
Fonctionnement de populations, Intervention humaine, Gestion, Optilisation
Compétences visées :
Connaissances en gestion des populations et écosystèmes
Pré-Requis :
M1 écologie
Mode de validation :
Examen écrit final et d’un exposé qu’ils auront à préparer par binômes sur des thèmes proposés par les
encadrants
Contact(s) :
C. Bessa Gomes (MC AgroParisTech), T. Spataro (MC AgroParisTech)
34
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : BCR: Biologie de la Conservation (Recherche)
PACE - Pratiques agricoles et conservation d’espèces menacées (AgroParisTech)
Responsable(s) : François CHIRON
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
48
6
0
2
Nb heures
par
semaine
27
Effectifs
maximum
30
Objectifs de l’UE :
Les enseignements dispensés au cours de ce module chercheront à montrer comment les pratiques agricoles
peuvent constituer des outils efficaces de préservation et de gestion de la biodiversité. Le module démontrera et
illustrera en quoi les approches disciplinaires en écologie, zootechnie et agronomie apportent des points de vue
complémentaires pour éclairer le rôle de l’agriculture dans la conservation de la biodiversité.
Mots-clés :
politique agro-environnementale, processus écologiques, pratiques agro-environnementales
Compétences visées :
Connaissances sur les pratiques agricoles et la conservation d’espèces menacées
Pré-Requis :
M1 écologie
Mode de validation :
Les étudiants seront évalués sur la base de présentation d’articles (6h discussion articles)
Contact(s) :
[email protected]
35
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : BCR: Biologie de la Conservation (Recherche)
VIAB - Viabilité des populations et méta-populations (UPMC/MNHN)
Responsable(s) : SARRAZIN François
COUVET Denis
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
60
0
0
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
30
Objectifs de l’UE :
Les objectifs sont de présenter les développements théoriques et pratiques concernant l’étude de la viabilité des
populations et métapopulations. Les problèmes de conservation se traduisent toujours de manière ultime par le
déclin d’espèces a priori communes. Sous la pression de fluctuations de l’environnement, dues notamment à des
perturbations et dégradations, ces espèces atteignent des statuts qui rendent possible l’action de processus
stochastiques propres aux petites populations. a prise en compte de ces situations de déséquilibre est centrale
pour enrayer ces extinctions et mettre en place des stratégies de restauration, mais aussi pour permettre une
exploitation raisonnée de certaines ressources.
Mots-clés :
Paramètres démographiques, Génétique des populations, Densité dépendance et effets Allee, Modélisation démo
génétique, Aspects spatiaux, CMR
Compétences visées :
Connaissances théoriques et pratiques concernant l’étude de la viabilité des populations et métapopulations
Pré-Requis :
M1 écologie
Mode de validation :
Ecrit : /100
Contact(s) :
SARRAZIN François, sarrazin_at_mnhn.fr
COUVET Denis, couvet_at_mnhn.fr
36
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : BCR: Biologie de la Conservation (Recherche) - PGC: Préservation et Gestion Conservatoire des
systèmes écologiques (Pro)
BISO - Biodiversité et sociétés (module proposé par UPMC)
Responsable(s) : Michel Trommetter
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
10
5
10
1
Nb heures
par
semaine
25
Effectifs
maximum
30
Objectifs de l’UE :
Offrir aux étudiants de Master une initiation aux sciences sociales de l’environnement (dont la biodiversité). Les
mettre en situation de pouvoir travailler facilement avec les SHS, et de lire sans contresens les publications de
SHS.
Mots-clés :
développement durable
économie écologique
éthique environnementale
modélisation multi-agents
Compétences visées :
apercu des relations complexes humains-nature
Pré-Requis :
M1 ecologie
Mode de validation :
écrit
Contact(s) :
michel_at_grenoble.inra.fr
37
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : BFI : Biodiversité et Fonctionnement des Ecosystèmes - Ingénierie écologique (Recherche)
CHAN - Changements globaux (proposé par U-PSud)
Responsable(s) : Claire DAMESIN
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
15
10
0
2
Nb heures
par
semaine
12
Effectifs
maximum
50
Objectifs de l’UE :
Cette UE a pour but la présentation détaillée de recherches menées actuellement sur les changements globaux et
permet de faire le point sur les connaissances scientifiques concernant l’origine et les conséquences des
changements climatiques. Elle est principalement orientée végétation et offre un spectre varié d’études dans le
domaine, que ce soit en terme de cause étudiée (CO2, fertilisation azotée, climat et ozone), d’approches
(expérimentation, modélisation), de techniques (mesures écophysiologiques, télédétection, discrimination
isotopique, cartographie, simulations avec scénarios) et d’échelles (individus, populations, communautés,
écosystèmes, région, globe).
Mots-clés :
effet de serre
changement climatique
ecophysiologie
climats anciens
énergie
Compétences visées :
impacts du changement climatique sur le fonctionnement des écosystèmes
Pré-Requis :
M1 ecologie
Mode de validation :
oral: 50%
écrit: 50%
Contact(s) :
Claire Damesin: [email protected]
38
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : BFI : Biodiversité et Fonctionnement des Ecosystèmes - Ingénierie écologique (Recherche)
TELE - Télédétection spatiale (UPSUD)
Responsable(s) : Kamel Soudani
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
20
20
20
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
- Comprendre les principes de base de la télédétection et les potentialités offertes par cette technique pour des
applications écologiques et environnementales.
- Apprendre à utiliser les outils de télédétection pour le prétraitement, traitement d’images et extraction de
l’information à partir de données de télédétection.
Mots-clés :
- bases physiques de la télédétection
- traitement d'images
- cartographie
Compétences visées :
expertise en télédétection
Pré-Requis :
M1 écologie, connaissances de base en statistiques, physique, manipulation des outils informatiques.
Mode de validation :
projet
Contact(s) :
Kamel Soudani
39
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : BFI : Biodiversité et Fonctionnement des Ecosystèmes - Ingénierie écologique (Recherche)
BIOF - Biodiversité et Fonctionnement des écosystèmes (PSUD)
Responsable(s) : Paul Leadley
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
60
0
0
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
30
Objectifs de l’UE :
L’UE a pour objectif la formation à la recherche dans les domaines à l’interface entre écologie des communautés et
écologie des écosystèmes. L’accent est mis sur les développements récents de nature théorique et expérimentale.
Mots-clés :
Systèmes écologiques, Réseaux trophiques,Réseaux d’interactions non trophiques, Biodiversité, stabilité et
fonctionnement des écosystèmes
Compétences visées :
Connaissances approfondies sur le fonctionnement des écosystèmes
Pré-Requis :
M1 écologie
Mode de validation :
Écrit
Contact(s) :
Paul Leadley
40
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : BFI : Biodiversité et Fonctionnement des Ecosystèmes - Ingénierie écologique (Recherche) - BCR:
Biologie de la Conservation (Recherche)
GEAS - Gestion et analyses des données spatiales (PSUD)
Responsable(s) : Sébastien Ollier (PSUD)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
18
42
0
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
30
Objectifs de l’UE :
Analyse des données spatialisées en écologie. L’UE permet de se familiariser avec des outils SIG comme
QuantumGis et GRASS [variantes gratuites d’ArcGIS] ainsi que le logiciel R.
L’objectif de l’UE est de fournir aux étudiants les notions statistiques clés liées à l’analyse spatiale (stationnarité,
hétérogénéité spatiale) et leur donner des bases suffisantes pour pouvoir appréhender des modèles plus
spécifiques et complexes (modèle de niche, cartographie, géostatistiques, processus ponctuels…). L’étude de cas
concrets permet aux étudiants de se poser les questions pertinentes associées au traitement de ce type de
données et leur donne l’occasion précieuse d’approfondir, par l’expérience, l’apprentissage du logiciel R.
Mots-clés :
SIG
Statistiques spatiales
logiciel R
bases de données
Compétences visées :
Découverte et approfondissement de l’usage des SIG.
Approfondissement de l’usage de R.
Initiation à l’analyse de données.
Découverte des statistiques spatiales. Pratique de la statistique sur des données complexes.
Pré-Requis :
M1 écologie
Mode de validation :
oral (1/3)
analyse de jeu de données (2/3)
Contact(s) :
Sébastien Ollier
41
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : Commun
ECOE - Ecology in English (PSUD)
Responsable(s) : Jacqui SHYKOFF
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
10
50
0
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
16
Objectifs de l’UE :
Se familiariser avec l’Anglais tel qu’il est pratiqué par les chercheurs au niveau international, tant au niveau de
l’écrit que de l’oral, afin de fournir des bases suffisantes pour permettre une progression autonome aux étudiants,
principalement dans le cadre d’un cursus « Recherche ».
Chaque séance est donnée par un enseignant Anglophone ou avec un bon niveau en Anglais. Les enseignements se
feront systématiquement en Anglais et les étudiants participeront en Anglais.
Semaine 1 : cours intensifs d’Anglais au Département des langues
Semaine 2 : alternance de séminaires, de discussions et d’ateliers d’initiation à la rédaction d’articles scientifiques
ou à la présentation orale d’une étude.
Mots-clés :
Anglais
Ecrit, oral
lecture et présentation d'articles
Compétences visées :
Savoir lire et s'exprimer en anglais scientifique
Pré-Requis :
M1 ecologie, Connaissance minimale de l'anglais
motivation
Mode de validation :
exposé
Contact(s) :
Jacqui Shykoff
42
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : Commun
DYST - Systèmes dynamiques et statistique pour l’écologie: remise à niveau
Responsable(s) : Thierry Spataro (MC- AgroParisTech), Marie-Pierre Etienne (MC AgroParisTech)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
0
60
30
30
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
30
Objectifs de l’UE :
Il s’agit :
d’introduire les modèles élémentaires de la dynamique des populations, de la dynamique des interactions, et de
l’écologie des communautés,
de donner une initiation à l’analyse mathématique des systèmes dynamiques,
d’introduire les principes du raisonnement statistique,
d’expliquer l’utilisation des modèles univariés et multivariés simples.
Mots-clés :
Ecologie théorique
Statistiques
Compétences visées :
Elle est destinée aux étudiants dont la formation antérieure présente des lacunes dans les domaines considérés.
Pré-Requis :
M1 écologie
Mode de validation :
Pas de valisation
Contact(s) :
Thierry Spataro : [email protected]
1
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : Commun
ECOT - Ecosystèmes tropicaux (UPMC)
Responsable(s) : Jacques GIGNOUX
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
48
0
0
2
Nb heures
par
semaine
48
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
Le but est d’apprendre à raisonner sur des écosystèmes 1-où s’expriment des mécanismes écologiques différents
de ceux connus en milieu tempéré et 2-où des mécanismes déjà connus s’expriment de façon extrême en raison de
l’environnement physico-chimique différent. L’enseignement s’ancre vers l’écologie de terrain (coordination avec
les écoles thématiques d’écologie tropicale-ETET) et vers l’écologie théorique à travers l’analyse des apports de
l’écologie tropicale à la théorie écologique. L’objectif ultime est de donner une compétence “système” à travers
l’analyse détaillée des écosystèmes tropicaux, valorisable aussi bien pour la rechercheanalyse multifactorielle
d’un système écologique) que pour l’ingénierie écologique.
Mots-clés :
Milieux et contraintes climatiques de la zone tropicale
Processus écophysiologiques
Processus démographiques et structuration spatiale
Compétences visées :
Acquérir une compétence “système” à travers l’analyse détaillée des écosystèmes tropicaux, valorisable aussi bien
pour la recherche que pour l’ingénierie écologique
Pré-Requis :
M1 écologie
Mode de validation :
Ecrit : /100 ; Oral : /100 puis moyenne des 2 notes
Contact(s) :
Jacques GIGNOUX : [email protected]
2
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : Commun
ESOL - Ecologie des sols (UPMC)
Responsable(s) : Sébastien Barot
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
60
0
0
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
30
Objectifs de l’UE :
Le premier but de l’UE est de donner des bases en écologie des sols : quels sont les principaux mécanismes et
processus impliqués ? Quels organismes interviennent ? Quelles sont leurs interactions ? Comment peut-on
utiliser ces connaissances pour répondre à des problèmes concrets comme la dépollution, l’optimisation (durable)
de la croissance des plantes, la revégétalisation ? Quels peuvent être les effets du réchauffement climatique sur les
sols et les services écosystémiques qu’ils rendent ? En second lieu, l’UE a pour but de montrer en quoi l’écologie
des sols est un domaine pertinent et moderne de l’écologie permettant de répondre à de nombreuses questions
théoriques et pouvant déboucher sur des applications.
Mots-clés :
Recyclage, Boucle microbienne, Interactions biotiques & belowground-aboveground, Ecologie évolutive, Feeback
sol-plante,fertilité des sols,agriculture
Compétences visées :
Ces bases sont indispensables pour les étudiants qui se spécialisent en écologie des sols au cours de leur stage de
M2 ou auront à aborder le fonctionnement des écosystèmes ou les relations entre plantes et environnement. Elles
pourront aussi servir pour la culture général pour les autres étudiants.
Pré-Requis :
M1 écologie
Mode de validation :
Oral : /100
Contact(s) :
[email protected]
3
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : Commun
LAUT - Ecophysiologie des plantes alpines (stage du Lautaret) (PSUD)
Responsable(s) : Peter STREB
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
20
0
40
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
10
Objectifs de l’UE :
Le but du stage « écophysiologie des plantes alpines » est de montrer les différentes possibilités qu’ont des plantes
alpines de s’acclimater à un environnement contraignant, et comment ces plantes survivent l’hiver alpin. Plusieurs
méthodes pour travailler sur le terrain et en laboratoire sont montres aux étudiants avancés et aux débutants en
écophysiologie (mesure de microclimat ; fluorescence chlorophyllienne ; échange gazeux ; activités enzymatiques
; détermination de métabolites ; point de congélation ; destruction membranaire).
Mots-clés :
écophysiologie des plantes alpines
Compétences visées :
Connaissances en ecophysiologie des plantes alpines, acquisition des méthodes pour travailler sur le terrain et en
laboratoire
Pré-Requis :
M1 écologie
Mode de validation :
Présentation d’un article, travail pratique, compte rendu, présentation des résultats.
Contact(s) :
Peter STREB - UMR 8079 UPS-CNRS AgroParisTech Ecologie Systématique et Evolution Dept. EV Bât 362 1er étage
91405 ORSAY
4
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : Commun
STAV - Statistiques pour l’Ecologie : Approfondissements (AgroParisTech)
Responsable(s) : Marie-Pierre Etienne
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
18
18
0
2
Nb heures
par
semaine
18
Effectifs
maximum
30
Objectifs de l’UE :
Il s’agit d’approfondir les notions du module de remise à niveau de statistique. On insistera systématiquement sur
la dimension de modélisation, i.e. sur la transcription mathématique de questions biologiques. L’objectif est de
fournir aux étudiants une formation solide sur le modèle linéaire ainsi que des bases suffisantes pour
appréhender des modèles plus complexes.
Mots-clés :
Modèle linéaire gaussien, Modèle linéaire généralisé, Modèle linéaire mixte
Compétences visées :
Maîtrise des modèles linéaires et généralisations à des données non gaussiennes ou non indépendantes
Pré-Requis :
M1 écologie
Mode de validation :
La validation du module se fait par un examen écrit et le rendu d’un projet (par binome)
La note finale obtenue est la moyenne de la note d’examen et de la note de projet.
Contact(s) :
Marie-Pierre Etienne ([email protected])
5
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : EEV : Ecologie EVolutive – milieux terrestres & marins (Recherche)
ECM1 - Ecologie comportementale : Fondamentaux (UPMC)
Responsable(s) : LALOI David, MCF UPMC
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
30
15
15
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
Principaux concepts, théories et méthodes d’étude en écologie du comportement, sous une double approche
évolutive et mécanistique.
Les enseignements présentent les principaux concepts et modes de raisonnement en écologie comportementale.
Les différents thèmes sont abordés en partant des décisions comportementales majeures qui jalonnent la vie d’un
organisme. Les enseignements associent une approche évolutive (la question du « pourquoi » en biologie du
comportement, valeur adaptative, pressions de sélection et contraintes, héritabilité, plasticité du phénotype
comportemental) et une présentation des mécanismes en comportement animal (bases physiologique, génétique,
développement)
Mots-clés :
écologie comportementale
évolution
sélection sexuelle
communication
insectes sociaux
Compétences visées :
connaissances en écologie comportementale
analyse d'article
Pré-Requis :
M1 ecologie
Mode de validation :
présentation d'article: 0.5
TP: 0.5
Contact(s) :
David Laloi
6
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : EEV : Ecologie EVolutive – milieux terrestres & marins (Recherche)
CM2 - Ecologie comportementale : Approfondissements (UPMC)
Responsable(s) : LALOI David, MCF UPMC
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
15
15
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
Les étudiants désirant suivre cette UE devront avoir suivi auparavant l’UE ECM1.
Les enseignements sont basés sur des cours / séminaires et des travaux personnels. Ils aborderont les avancées
récentes autour des grands thèmes de l’écologie comportementale (sélection sexuelle, socialité, choix de l’habitat)
en insistant sur les liens entre l’approche évolutive (valeur adaptative, pressions de sélection et contraintes) et
l’approche mécanistique (bases physiologique et génétique du comportement, développement du phénotype)
dans l’étude du comportement animal. Des thèmes en développement seront aussi abordés: culture animale,
applications et implications de l’écologie comportementale dans les activités humaines.
Mots-clés :
écologie comportementale
culture animale
biologie de la conservation
Compétences visées :
approfondissements en écologie comportementale
Pré-Requis :
M1 ecologie, ECM1 : Ecologie comportementale : Fondamentaux (UPMC)
Mode de validation :
écrit
Contact(s) :
David LALOI
7
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : EEV : Ecologie EVolutive – milieux terrestres & marins (Recherche)
ECYC - Evolution des cycles de vie (UPMC)
Responsable(s) : DESTOMBE Christophe (UPMC)
FRANTZ Adrien (UPMC)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
30
15
15
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
24
Objectifs de l’UE :
L’objectif est de présenter les approches théoriques et expérimentales de l'évolution des cycles de vie, dans ses
déclinaisons majeures : Pourquoi le sexe ? Pourquoi vieillissons-nous ? Pourquoi quitter le domaine vital des
parents avant de se reproduire ? Dans un environnement variable, les stratégies de reproduction plastiques sontelles avantageuses ? Au plan théorique, on mettra l’accent sur les puissantes méthodes issues de la théorie des
jeux. Au plan empirique, on décrira en particulier l’apport des études d’organismes – modèles choisis dans les
mondes marins et microbiens. Une grande importance sera apportée a la mesure des traits d’histoire de vie, par
des méthodes statistiques permettant le test d’hypothèses.
Mots-clés :
evolution
systèmes de reproduction
sénescence
dispersion
Compétences visées :
connaissance de l'évolution des traits d'histoire de vie
Pré-Requis :
M1 ecologie
Mode de validation :
écrit: 0.5
oral: 0.5
Contact(s) :
Christophe Destombes
Adrien Frantz
8
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : EEV : Ecologie EVolutive – milieux terrestres & marins (Recherche)
REID - Ecologie et évolution des interactions hôte-parasite (UPMC)
Responsable(s) : Julien Gasparini
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
30
15
15
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
La majorité des organismes sont impliqués dans des interactions hôte-parasite, qui ont des conséquences
décisives dans l’écologie et l’évolution des organismes.
L’objectif de cet enseignement est d’appréhender le fonctionnement les conséquences de ces interactions, du
point de vue de l’hôte, du parasite ou de l’interaction en elle-même. Vu les récents épisodes d’épidémie de
zoonose (grippe aviaire), comprendre comment fonctionnent et comment évoluent de telles interaction demeure
un enjeu important actuellement.
Mots-clés :
parasitisme
evolution
coévolution
épidémiologie
Compétences visées :
bagage théorique et pratique sur l'évolution des relations hotes-parasites
Pré-Requis :
M1 ecologie
Mode de validation :
oral: 0.5
écrit: 0.5
Contact(s) :
Julien Gasparini
9
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : EEV : Ecologie EVolutive – milieux terrestres & marins (Recherche)
EMGE - Ecologie moléculaire et génétique évolutive des organismes marins (UPMC)
Responsable(s) : DESTOMBE Christophe PR, VIARD Frédérique CR1
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
20
22
18
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
30
Objectifs de l’UE :
L’objectif est de former des étudiants en génétique des populations, génétique évolutive et écologie moléculaire
dans le domaine marin. L’étude des modalités de la dispersion, des barrières entre espèces, des effets de la
fragmentation de l’habitat sur la connectivité entre populations ou encore des variations des systèmes de
reproduction sont au cœur de nombreuses questions abordées dans les recherches fondamentales d’écologie et
d’évolution ainsi que dans des domaines plus appliqués comme la gestion des espaces naturels côtiers. Ce module
présente la double originalité de développer les questions spécifiques au milieu marin et de s’intéresser à la fois
aux modèles animaux et végétaux (invertébrés marins et macroalgues)
Mots-clés :
Concepts d’espèces, phylogéographie en milieu marin, diversité et structure génétique dans des réseaux de
populations
Compétences visées :
Connaissances en écologie moléculaire et génétique évolutive des organismes marins
Pré-Requis :
M1 écologie
Mode de validation :
Ecrit : /40 ; Oral : /30 ; TP/TD : /30
Contact(s) :
DESTOMBE Christophe :[email protected]
VIARD Frédérique : [email protected]
10
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : EEV : Ecologie EVolutive – milieux terrestres & marins (Recherche) - ETM : Ecologie Théorique et
Modélisation (Recherche)
MAEE - Modèles aléatoires en écologie et en évolution (AgroParisTech)
Responsable(s) : Marie-Pierre Etienne
Amaury Lamber
Emilie Lebarbier
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
15
15
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
- Quels phénomènes modélise-t-on par quels objets probabilistes ?
- Comment procède la démarche de modélisation ?
- Quels modèles peuvent être étudiés analytiquement ? Quels sont ceux qui nécessitent le recours à la simulation
numérique ?
Mots-clés :
chaines de Markov
modélisation aléatoire des processus biologiques et évolutifs
Compétences visées :
modélisation mathématique et informatique
Pré-Requis :
M1 ecologie
Mode de validation :
écrit
projet
Contact(s) :
Marie-Pierre Etienne
Amaury Lamber
Emilie Lebarbier
11
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : EEV : Ecologie EVolutive – milieux terrestres & marins (Recherche) - ETM : Ecologie Théorique et
Modélisation (Recherche)
DYAD - Dynamique adaptatives et co-évolution : concepts et modèles (ENS)
Responsable(s) : CLAESSEN David, MC ENS et FERRIERE Régis, PR ENS
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
15
0
15
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
Ce cours présente les méthodes mathématiques les plus efficaces dont les applications ont profondément modifie
notre compréhension des phénomènes d’évolution adaptative et de coevolution des espèces : évolution du
comportement, des traits d’histoire de vie, de la plasticité phénotypique, du dimorphisme sexuel ; origine des
espèces ; origine et dynamique évolution des réseaux trophiques, des interactions hote-parasite, des symbioses ;
réponses adaptatives des communautés et des écosystèmes aux changements globaux. Le contenu des cours
magistraux vise principalement a introduire les méthodes mathématiques.
Mots-clés :
Modèles de dynamiques adaptatives
Analyse numérique
Compétences visées :
Ce module associe l’apprentissage de méthodes de modélisation, l’utilisation de logiciels et l’étude
bibliographique de phénomènes propres à recevoir l’éclairage théorique que permettent ces méthodes
Pré-Requis :
M1 écologie, malgré son orientation générale, le module n’impose aucun pre-requis mathématique mais suppose
un intérêt avéré des participants pour la modélisation.
Mode de validation :
L’évaluation est basée sur la qualité des TPE
Contact(s) :
CLAESSEN David : [email protected]
FERRIERE Régis : [email protected]
12
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : EEV : Ecologie EVolutive – milieux terrestres & marins (Recherche) - ETM : Ecologie Théorique et
Modélisation (Recherche)
STRU - Dynamiquesdespopulations structurées, Applications en Ecologie&Epidémiologie
Responsable(s) : CLAESSEN David, MC ENS
CAZELLES Bernard, PR UPMC
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
33
27
0
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
Les objectifs de l’UE sont les suivants : Comprendre l’importance de la structuration des populations; Formuler
des modèles élémentaires structurée par traits physiologiques; Fournir une introduction en modélisation des
maladies transmissibles; Analyser et simuler de tels modèles utilisant les logiciels pertinents
Mots-clés :
Ecologie des populations structurées,
transmissibles
Evolution des populations structurées,
Epidémiologie des maladies
Compétences visées :
Maîtriser les notions de base et les théories des modèles structurés, en insistant sur la confrontation des modèles
avec des données expérimentales. Familiarisation avec la traduction entre la biologie et les modèles
mathématiques.
Pré-Requis :
M1 écologie
Mode de validation :
L’évaluation est basée sur la qualité du projet personnel (collectif)
Contact(s) :
CLAESSEN David, david.claessen_at_ens.fr
CAZELLES Bernard, cazelles - at - biologie.ens.fr
13
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : ETM : Ecologie Théorique et Modélisation (Recherche)
DYAV - Systèmes dynamiques en écologie : approfondissement (AgroParisTech)
Responsable(s) : Thierry Spataro (MC AgroParisTech) et Bernard Cazelles (Pr. UPMC)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
30
30
0
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
30
Objectifs de l’UE :
Cette UE constitue un approfondissement des modèles théoriques en dynamique des populations, dynamique des
interactions, dynamique des communautés. Les principaux outils méthodologiques utiles à leur analyse y sont
présentés. Les étapes-clés de la modélisation, de la formalisation du problème biologique à l’interprétation des
résultats en passant par l’analyse mathématique du modèle, sont abordées.
Mots-clés :
Dynamique des populations
analyses théoriques
MatLab
Modélisation
Compétences visées :
modélisation de la dynamique des populations et communautés
Pré-Requis :
M1 ecologie
Mode de validation :
écrit
projet
Contact(s) :
Thierry Spataro
14
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : ETM : Ecologie Théorique et Modélisation (Recherche) - BCR: Biologie de la Conservation (Recherche)
STEM - Analyses des séries temporelles en Ecologie et Dynamique des Populations
Responsable(s) : Bernard Cazelles (UPMC - AgroParisTech)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
10
10
10
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
Les systèmes écologiques sont des systèmes peu propices à l'expérimentation. Pour répondre à des questions
aussi importantes que : quelles sont les influences des forçages environnementaux sur la dynamique d’un
écosystème ; quel est le rôle des oscillations climatiques ; le système observé a-t-il changé de régime de
fonctionnement, une grande place est donnée aux analyses rétrospectives en utilisant notamment l’analyse des
séries temporelles.
Durant cette UE, on se propose d’explorer les méthodes classiques d’analyses des séries temporelles (méthodes
corrélatives et analyse spectrale), des méthodes plus récentes (ondelettes et méthodes des phases) et des
méthodes plus exotiques (RP, perte de prédictibilité).
Mots-clés :
modélisation
séries temporelles
écologie
MatLab
Compétences visées :
analyse des séries temporelles en écologie
Pré-Requis :
M1 écologie, bagage statistique
compétences en R, SciLab MatLab
Mode de validation :
écrit
Contact(s) :
Bernard Cazelles : cazelles - at - biologie.ens.fr
15
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : ETM : Ecologie Théorique et Modélisation (Recherche) - BFI : Biodiversité et Fonctionnement des
Ecosystèmes - Ingénierie écologique (Recherche)
MODF - Modélisation du fonctionnement des écosystèmes (PSUD)
Responsable(s) : Nicolas Delpierre
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
30
10
10
2
Nb heures
par
semaine
25
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
Il s’agit d’acquérir les bases théoriques et pratiques permettant de poursuivre ultérieurement et de façon
autonome un travail dans le domaine de la modélisation du fonctionnement des écosystèmes.
Mots-clés :
écologie
modélisation fonctionnelle
cycles biogéochimiques
dynamiques des communautés
Compétences visées :
comprendre comment modéliser le fonctionnement d'un écosystème
Pré-Requis :
M1 ecologie
Mode de validation :
travail personnel
Contact(s) :
Nicolas Delpierre
16
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : IES: Ingénierie Ecologique des Services écosystèmiques (Pro)
MILA - Milieux aquatiques : qualité et gestion (UPMC /PSUD)
Responsable(s) : EDELINE Eric et JARDILLIER Ludwig
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
9
20
0
40
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
16
Objectifs de l’UE :
l’objectif est de donner une compréhension globale du fonctionnement nécessaire à l’étude et à la gestion des
écosystèmes aquatiques d’eau douce: réseaux trophiques, transfert de l’énergie, cycles des nutriments,
interactions écologie-géomorphologie-physicochimie... L’accent est mis sur les techniques d’investigations des
milieux avec une large ouverture sur les aspects appliqués. Un problème concret sera abordé par les
étudiants(travail de terrain et de laboratoire)afin d'acquérir les compétences nécessaires à l’étude et la gestion
des milieux aquatiques.
Mots-clés :
Ecosystèmes aquatiques d’eau douce, réseaux trophiques et transfert de l’énergie, interactions écologiegéomorphologie-physicochimique
Compétences visées :
Connaissances fondamentales
Techniques d’investigations des milieux
Manipulation des outils de mesure du fonctionnement et de la qualité des milieux
Pré-Requis :
M1 écologie
Mode de validation :
Présentation orale d’un sujet de synthèse et Rédaction d’un rapport de travaux pratiques
Contact(s) :
JARDILLIER Ludwig, Maître de conférences, UMR CNRS 8079 ESE, UPS, ludwig.jardillier_at_u-psud.fr
EDELINE Eric, Maître de conférences, UMR CNRS 7618 Bioemco, ENS, UPMC, eric.edeline_at_ens.fr
17
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : IES: Ingénierie Ecologique des Services écosystèmiques (Pro)
Conservatoire des systèmes écologiques (Pro)
- PGC: Préservation et Gestion
EPIC - Enjeux pro Ingénierie écologique et Biologie de la Conservation (UPMC-APT)
Responsable(s) : Nathalie FRASCARIA
François SARRAZIN
Christian KERBIRIOU
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
0
15
15
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
60
Objectifs de l’UE :
Aides à la réflexion pour le projet professionnel en Ingénierie écologique ou Conservation et gestion de la
biodiversité. Un projet, c’est une projection dans le futur. Elaborer un projet professionnel dans ces domaines doit
se faire sur plusieurs étapes depuis la connaissance de soi et de ses compétences vers la connaissance des métiers
et des institutions ou entreprises, la recherche de l’emploi, la construction du CV et de la lettre de motivation
jusqu’à l’entretien de recrutement. Dans ce module, nous vous aiderons à débuter cette construction par le biais
de rencontres avec des professionnels mais aussi par l’élaboration personnelle de documents tels qu’un CV et une
lettre de motivation
Mots-clés :
projet professionnel
aide technique
CV
ingénierie écologique
conservation de biodiversité
Compétences visées :
connaitre les emplois en Ingénierie écologique et conservation/gestion de la biodiversité
Pré-Requis :
M1 ecologie
Mode de validation :
CV-lettre motivation (0.5)
présentation d'un métier(0.5)
Contact(s) :
Nathalie Frascaria
François Sarrazin
Christian Kerbiriou
18
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : IES: Ingénierie Ecologique des Services écosystèmiques (Pro) - PGC: Préservation et Gestion
Conservatoire des systèmes écologiques (Pro) - BFI : Biodiversité et Fonctionnement des Ecosystèmes - Ingénierie
écologique (Recherche) - BCR: Biologie de la Cons
FOSE - Fonctionnement des Socio-Ecosystèmes (MNHN)
Responsable(s) : Denis Couvet
Luc Semal
Anne-Caroline Prévot
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
30
10
10
2
Nb heures
par
semaine
25
Effectifs
maximum
60
Objectifs de l’UE :
Comprendre comment concilier activités humaines et biodiversité pour répondre aux enjeux globaux de
conservation. Une entrée pour cela est de changer de perspective et de réfléchir en termes de socio-écosystèmes.
L’UE veut offrir des outils d’analyse du fonctionnement des socio-écosystèmes (focus sur les systèmes urbains et
agricoles occidentaux), à partir d’approches interdisciplinaires issues de la biologie de la conservation, des
sciences politiques, de la psychologie de la conservation, de la sociologie et de l’économie écologique. Un jeu sur
les échelles permettra de relier les enjeux locaux aux enjeux globaux de conservation de la biodiversité.
Mots-clés :
socio-écosystèmes
sciences de la conservation
approches interdisciplinaires
Compétences visées :
vision systémique des socio-écosystèmes
Pré-Requis :
M1 ecologie
Mode de validation :
écrit
jeu de rôles
Contact(s) :
Luc Semal
Anne-Caroline Prévot
19
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : IES: Ingénierie Ecologique des Services écosystèmiques (Pro) - BFI : Biodiversité et Fonctionnement
des Ecosystèmes - Ingénierie écologique (Recherche)
INGS - Ingénierie et Services écologiques (UPSUD/AgroParisTech)
Responsable(s) : Nathalie FRASCARIA
Florence HULOT
Audrey NIBOYET
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
30
15
15
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
30
Objectifs de l’UE :
Fournir aux étudiants qui se destinent à la gestion de l’environnement ou à la recherche sur la valeur fonctionnelle
de la biodiversité, des connaissances spécialisées sur l’impact de la biodiversité sur un certain nombre de
fonctions des écosystèmes qui présentent une valeur reconnue pour les sociétés humaines.
Identifier et évaluer les conséquences des actions humaines sur les systèmes écologiques, étudier la validité
d’indicateurs caractérisant l’état d’un système écologique, examiner les modes d’action pour faire évoluer un
système écologique vers un état souhaité.
Mots-clés :
restauration écologique
ingénierie écologique
services écosystémiques
études de cas
Compétences visées :
connaitre l'ingénierie écologique
Pré-Requis :
M1 ecologie
Mode de validation :
synthèse
travail de groupe
Contact(s) :
Nathalie Frascaria
Florence HULOT
Audrey NIBOYET
20
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : IES: Ingénierie Ecologique des Services écosystèmiques (Pro) - PGC: Préservation et Gestion
Conservatoire des systèmes écologiques (Pro)
STAP - Statistiques et analyses de Données (UPMC)
Responsable(s) : Christian Kerbiriou
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
15
15
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
30
Objectifs de l’UE :
Apporter des compétences en statistiques pour les professionnels de l'environnement: études d’impact;
évaluation de plans de gestion, de Plans nationaux d’Actions, des programmes européens; rédaction de cahiers
des charges.
L'objectif de cette UE est de permettre aux futurs professionnels de ces structures de développer des approches
scientifiques, c’est-à-dire qui garantissent la reproductibilité des
résultats, et non plus seulement une approche centrée uniquement « sur
dire d’expert ».
Mots-clés :
démarche scientifique
stratégie d'échantillonnage
tests statistiques
analyse de données
Compétences visées :
Statistiques pour professionnels de l'environnement
Pré-Requis :
M1
Mode de validation :
écrit
Contact(s) :
Christian Kerbiriou
21
Table des matières
Spécialité : EBE
Parcours : PGC: Préservation et Gestion Conservatoire des systèmes écologiques (Pro) - IES: Ingénierie
Ecologique des Services écosystèmiques (Pro)
BADE - Bases de données pour l’environnement (proposé par UPsud)
Responsable(s) : Pascal Rigolet
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
9
27
14
2
Nb heures
par
semaine
25
Effectifs
maximum
60
Objectifs de l’UE :
Les bases de données jouent un rôle prépondérant en biologie et trouvent de nombreuses applications en
environnement. Très axé sur la pratique, cet enseignement a pour objectif de donner aux étudiants une réelle
compétence en bases de données. Allant de la réalisation d’une base de données dans le domaine de
l’environnement, à l’interrogation de banques de données interactives comportant plusieurs centaines de milliers
d’informations, ce module intéressera particulièrement les étudiants désirant professionnaliser leurs études,
constituant un réel atout pour le CV.
Mots-clés :
gestion de base de données
modélisation
Access
Internet
banque de données
Compétences visées :
être capable de créer, manipuler et gérer des grosses bases de données en environnement
Pré-Requis :
M1 écologie, maitriser les fonctions de base d’un tableur, tel EXCEL (savoir faire une somme, une moyenne, un
graphe)
Mode de validation :
- réalisation d’une base de données (thématique au choix)
- travail sur une banque de données existante
Contact(s) :
[email protected]
22
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS - Tronc commun EDTS
EDTS 1 Comprendre une société (approche socio-anthropologique)
Responsable(s) : Frédérique Chlous, PR MNHN
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
3
24
0
0
1
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
50
Objectifs de l’UE :
Fournir, quel que soit le cursus antérieur, les bases théoriques en anthropologie.
L’ambition de l’ethnologie est de connaître et de comprendre les sociétés humaines et de rendre compte de leur
diversité. Ce cours propose de dresser un état des lieux de la discipline en retraçant son histoire et en décrivant
ses différents champs conceptuels. Les différents outils méthodologiques et théoriques de compréhension du
monde social fournis par l’ethnologie permettront d’introduire quelques grands principes de fonctionnement des
sociétés humaines et donneront à voir une grande diversité de recherches empiriques.
Mots-clés :
Anthropologie – Ethnologie – Sociétés – Identité – Échanges – Pouvoir – Rituel – Parenté – Nature et surnature
Compétences visées :
Être capable d’intégrer la dimension culturelle et sociale au domaine dans lequel l’étudiant se spécialisera.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Examen écrit
Contact(s) :
Frédérique Chlous – UMR 208 Patrimoines locaux (PALOC) – [email protected]
Rachel Bié – Secrétariat EDTS – [email protected]
23
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS - Tronc commun EDTS
EDTS 2 Comprendre un environnement
Responsable(s) : Richard Dumez, MC MNHN & Delphine Gramond, MCU Paris Sorbonne
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
3
24
0
0
1
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
50
Objectifs de l’UE :
Présenter, quel que soit le cursus antérieur, la complexité de la notion d’environnement dans ses dimensions
sociales, biotiques et abiotiques, notion présente tout au long du master.
La complexité de l’environnement sera abordée selon cinq points de vue propres à la spécialité EDTS : celui de
l’ethnoécologie, celui de la géographie physique et de la biogéographie, celui de l’écologie, celui de l’agronomie (et
plus particulièrement de l’agroécologie) et celui de l’archéologie.
Mots-clés :
Notion d’environnement – Pluri et interdisciplinarité en environnement
Compétences visées :
Être capable d’intégrer la dimension complexe de l’environnement au domaine dans lequel l’étudiant se
spécialisera.
Pré-Requis :
Aucun.
Mode de validation :
Travail collectif par groupes de 2 à 3 étudiants sur articles scientifiques. Evaluation soit rendu écrit, soit sur
présentation oral
Contact(s) :
Richard Dumez – UMR 7206 Éco-anthropologie et ethnobiologie – [email protected]
Delphine Gramond – UMR 8185 Espace, Nature et Culture – [email protected]
Rachel Bié – Secrétariat EDTS – [email protected]
24
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – Parcours AE (Anthropologie de l’environnement)
EDTS 3 Dynamiques contemporaines des relations sociétés-natures
Responsable(s) : Serge Bahuchet, PR MNHN.
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
6
48
0
0
2
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Fournir à travers 2 ECUE, quel que soit le cursus antérieur, les bases théoriques en ethnoécologie et en
anthropologie de l’alimentation, disciplines centrées sur les relations hommes-nature.
EDTS 3.1 Ethnoécologie 1 (4 ECTS)
Concepts et méthodologie. Nomenclatures et lexiques spécialisés. Taxonomies et classifications populaires.
Utiliser et transformer des écosystèmes. Introduction à la notion de savoirs locaux et à l'approche
interdisciplinaire des relations sociétés-environnement.
EDTS 3.2 Anthropologie de l’alimentation (2 ECTS)
Aspects culturels et sociaux de l'alimentation. Acquérir, transformer et consommer des aliments (repas, boissons,
rituels, etc.). Aspects religieux. Transformations des habitudes alimentaires.
Mots-clés :
Ethnoécologie – Alimentation – Relations sociétés-nature – Classification – Chasse, pêche, collecte –
Domestications – Agriculture.
Compétences visées :
Appréhender la complexité des relations entre sociétés et environnement du point de vue des sciences sociales.
Pré-Requis :
Aucun.
Mode de validation :
Examens écrits.
Contact(s) :
Serge Bahuchet – UMR 7206 Éco-anthropologie et ethnobiologie – [email protected]
Rachel Bié – Secrétariat EDTS – [email protected]
25
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – Parcours AE (Anthropologie de l’environnement)
EDTS 4 Méthodologies en sciences sociales.
Responsable(s) : Richard Dumez, MC MNHN & Hélène Artaud, MC MNHN
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
9
24
24
20
4
Nb heures
par
semaine
48
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Aspects théoriques et pratiques de l'ethnolinguistique, dont fondamentaux en phonétique.
Les lexiques sont un des moyens d’accéder aux systèmes de représentation que les populations se font de leurs
environnements naturels et culturels.
EDTS 4.2 Analyses de textes fondamentaux (3 ECTS)
En lien avec l’étude des relations sociétés-nature.
EDTS 4.3 Techniques d’enquêtes. Statut des données en sciences sociales (4 ECTS)
Former aux techniques d’enquête et à la pratique du terrain ethnologique. Aspects théoriques (statut des données,
données qualitatives, éthique de l’enquête). Aspects pratiques : réalisation d’une enquête.
Mots-clés :
Enquête ethnologique – Statut des données en sciences sociales – Ethnolinguistique –
Phonétique.
Compétences visées :
Acquérir une méthodologie de l’enquête de terrain en ethnologie et être capable d’en analyser les données et de
les restituer.
Appréhender l’importance de la langue et des lexiques et disposer de bases en phonétiques.
Posséder une méthodologie d’analyse
Pré-Requis :
Aucun.
Mode de validation :
Examen écrit (EDTS 4.1). Examen oral (4.2). Restitution écrite du travail de l’enquête (4.3).
Contact(s) :
Richard Dumez – UMR 7206 Éco-anthropologie et ethnobiologie – [email protected]
Hélène Artaud – UMR 7206 Éco-anthropologie et ethnobiologie – [email protected]
Rachel Bié – Secrétariat EDTS – [email protected]
26
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – Parcours AE (Anthropologie de l’environnement)
EDTS 5 Fondements écologiques du concept de biodiversité.
Responsable(s) : Denis Couvet, PR MNHN & Emmanuelle Porcher, MC MNHN
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
3
20
0
8
1
Nb heures
par
semaine
1
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Ouvrir au domaine de l'environnement, tenant compte des logiques des sociétés et des principes de l'écologie, par
une initiation aux fondements écologiques du concept de biodiversité, permettant notamment d’identifier les
enjeux liés à son maintien :
Populations : mécanismes de régulation et d’adaptation, métapopulations et écologie du paysage.
Communautés : rôles de la diversité, de la compétition, de la coopération et de la prédation, chaînes
trophiques.
Ecosystèmes : couplage entre cycles biogéochimiques et diversité biologique, résilience, notion de service
écosystémique.
Biogéographie, distribution des espèces et enveloppes climatiques, scénarios.
TP(simulations informatiques et discussions d'articles).
Mots-clés :
Écologie – Biodiversité – Populations – Communautés – Écosystèmes – Biogéographie.
Compétences visées :
Comprendre et identifier les enjeux liés au maintien de la biodiversité.
Pré-Requis :
Aucun.
Mode de validation :
Examen oral.
Contact(s) :
Denis Couvet – UMR 7204 Centre d’Ecologie et de Sciences de la COnservation (CESCO) – [email protected]
Emmanuelle Porcher – UMR 7204 CESCO – [email protected]
Rachel Bié – Secrétariat EDTS – [email protected]
27
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – Parcours AE (Anthropologie de l’environnement)
EDTS 13 Analyse et synthèse bibliographique.
Responsable(s) : Richard Dumez, MC MNHN.
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
12
0
10
0
2
Nb heures
par
semaine
5
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Former les étudiants à la recherche bibliographique, à l’analyse et à la réalisation d’une synthèse bibliographique.
Les thèmes sur lesquels les étudiants réalisent leur travail sont proposés par les chercheurs et enseignantschercheurs associés au Master EDTS avec pour principe que ces thèmes appartiennent à des recherches en cours
ou en projet. L’exercice permet aussi à l’étudiant à prendre contact avec le monde de la recherche.
Le mémoire réalisé constitue le mémoire de fin d’année des étudiants du parcours AE.
Mots-clés :
Mémoire bibliographique.
Compétences visées :
Maîtriser les outils TIC pour la recherche documentaire et mettre en œuvre une veille scientifique.
Capacité synthèse et de mise en forme d’un document de recherche (normes bibliographiques, plan, etc.).
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Production d’un mémoire et soutenance orale.
Contact(s) :
Richard Dumez – UMR 7206 Éco-anthropologie et ethnobiologie – [email protected]
Rachel Bié – Secrétariat EDTS – [email protected]
28
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – parcours GEODEP (Géodynamiques des espaces présents et passés)
EDTS 6 Fonctionnement et dynamiques de l’hydro, de la litho et de la pédosphère
Responsable(s) : Eric Fouache, PR Paris Sorbonne & Christian Giusti, PR Paris Sorbonne
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
6
48
0
0
2
Nb heures
par
semaine
25
Effectifs
maximum
0
Objectifs de l’UE :
Consolider et approfondir les concepts fondamentaux de la géographie physique, sur la base de connaissances
acquises lors du cursus de licence de géographie en géomorphologie, hydrologie, climatologie et biogéographie,
etc. en mobilisant des approches systémiques et multiscalaires. Il s’agit également de placer la discipline d’un
point de vue épistémologique et méthodologique dans le champ scientifique de l’environnement afin de mieux
cerner son positionnement et l’importance de sa transversalité vis-à-vis des disciplines connexes, à savoir les
sciences sociales et les sciences de la nature.
Mots-clés :
Fonctionnement et dynamique des milieux – Approche systémique – géosphères
Compétences visées :
Capacité d'analyse transversale et multi-échelles des territoires grâce à la maîtrise des connaissances spécialisées
en géographie de l'environnement (géographie physique, géomorphologie, hydrologie, climatologie,
biogéographie, analyse des risques, géoarchéologie, écologie du paysage, etc.).
Pré-Requis :
Socle de connaissances en géographie physique.
Mode de validation :
Examen écrit et/ou dossier de synthèse
Contact(s) :
E. Fouache UMR 8185 Esp., Nat. et Cul. [email protected]
C. Giusti UMR 8185 Esp., Nat. et Cul. [email protected]
D. Gramond UMR 8185 Esp., Nat. et Cul. [email protected]
29
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – parcours GEODEP (Géodynamiques des espaces présents et passés)
EDTS 7 Système d’information géographique 1 (initiation)
Responsable(s) : Frédéric Bertrand, PR Paris Sorbonne
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
6
0
48
0
2
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
30
Objectifs de l’UE :
Enseignement méthodologique dont le but est d’apprendre aux étudiants à structurer et hiérarchiser des données
à la fois statistiques et spatiales et ainsi mettre en place un modèle conceptuel de données (MCD) dans une
problématique ciblée. L’enseignement est basé sur une mise en pratique opérationnelle sur logiciel SIG (ArcGIS,
QGIS). Acquisition d’un bagage méthodologique utile à l’étude de processus spatiaux spécifiques, à travers
l’analyse d’images aériennes et satellitaires, par le biais de traitements visuels (zonage, composition colorée, etc.)
et thématiques (indices de végétation, classifications, etc.). Mise en pratique opérationnelle sur logiciel de
télédétection (IDRISI, ENVI ou ERDAS).
Mots-clés :
Analyse spatiale – Base de données – Télédétection - SIG
Compétences visées :
Maîtrise des outils d’analyse spatiale, de la cartographie au SIG.
Acquérir la capacité de réflexion nécessaire à la mise en place d’une géodatabase dans une problématique et pour
des objectifs prédéfinis.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Examen pratique et/ou mini-projet
Contact(s) :
Frédéric Bertrand – UMR 8586 PRODIG - [email protected]
MCF Paris IV (recrutement en cours – UMR 8185 Espace, Nature et Culture.
30
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – parcours GEODEP (Géodynamiques des espaces présents et passés)
EDTS 9 Approche géoarchéologique: paléoenvironnements environnements géohistoire
Responsable(s) : Eric Fouache, PR Paris Sorbonne
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
24
0
0
1
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Présenter l’approche géoarchéologique dans une perspective interdisciplinaire en insistant sur les dynamiques
holocènes et les conséquences de l’anthropisation croissante des milieux. Le cours met tout particulièrement
l’accent sur les questionnements des archéologues aussi bien en archéologie de programme qu’en archéologie de
sauvegarde pour ce qui concerne les thématiques environnementales.
Mots-clés :
Géoarchéologie – Holocène – Anthropisation des milieux
Compétences visées :
Appropriation des concepts et pratiques de la géoarchéologie pour appréhender les dynamiques passées et
présentes des relations sociétés/environnement.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Examen écrit et/ou dossier de synthèse
Contact(s) :
Eric Fouache - UMR 8185 Espace, Nature et Culture – [email protected]
31
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – parcours GEODEP (Géodynamiques des espaces présents et passés)
EDTS 10 Études et gestion du patrimoine environnemental
Responsable(s) : Christian Giusti, PR Paris Sorbonne
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
24
0
0
1
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Présenter les approches géomorphologiques des environnements, en insistant sur les reliefs de la Terre comme
composante statique et facteur dynamique. Enseignement de type cours théorique avec études de cas. Les biens
naturels de la liste UNESCO (critères). L’expérience des géoparcs en Europe et dans le monde. Parcs naturels
nationaux et régionaux en France, DOM-TOM inclus. Bases de données et inventaires.
Mots-clés :
Patrimoine - Géomorphosites Compétences visées :
Elaborer un plan d'actions dans le cadre des réflexions sur la gestion d’un site par l’identification et la
compréhension des dynamiques biophysiques intégrées aux enjeux sociétaux à différentes échelles.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Examen écrit et/ou dossier de synthèse
Contact(s) :
Christian Giusti - UMR 8185 Espace, Nature et Culture – [email protected]
32
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – parcours GEODEP (Géodynamiques des espaces présents et passés)
EDTS 11 Milieux géographiques : aléas, enjeux et risques
Responsable(s) : Frédéric Bertrand, PR Paris Sorbonne
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
24
0
0
1
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Analyser les caractéristiques et de la gestion de quelques risques majeurs. Combinaison de cours magistral et
d’analyses de corpus documentaires. Enseignement réalisé dans la continuité des enseignements assurés en
licence de géographie sur les risques (principalement d’origine naturels : risques hydroclimatiques, risques
sismiques, etc.). Etudes de cas. Comparaison des politiques de gestion dans différentes régions du monde. Les
milieux méditerranéens : analyse des risques liés aux crues et aux inondations. La gestion des risques liés aux
sécheresses. La désertification. Processus, risques, enjeux et gestion. Les littoraux : milieux à risques. Les risques
en montagne et leur gestion.
Mots-clés :
Aléa – Vulnérabilité – Risques – Gestion des risques.
Compétences visées :
Capacité d'analyse transversale et multi-échelles des vulnérabilités des territoires face aux risques
environnementaux (climatiques, volcaniques, etc.)
Pré-Requis :
Licence de géographie
Mode de validation :
Examen écrit et/ou dossier de synthèse
Contact(s) :
Frédéric Bertrand – UMR 8586 PRODIG - [email protected]
33
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – parcours GEODEP (Géodynamiques des espaces présents et passés)
EDTS 12 Systèmes agricoles et environnement
Responsable(s) : Florence Brondeau, MCF Paris Sorbonne
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
24
0
0
1
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Aborder les systèmes de production agricoles traditionnels et leur relation avec l’environnement (approche
géographique) à partir d’études de cas. Programmes d’aménagement hydrauliques agricoles et pastoraux et
gestion des ressources « naturelles ».
Politique de colonisation agricole et gestion des ressources naturelles. Crises environnementales dans les pays du
Sud.
Mots-clés :
Agrosystèmes – Gestion des ressources – Crises environnementales
Compétences visées :
Cerner les enjeux et défis du maintien de systèmes de production dans des contextes de variabilités
environnementales divers. Etre capable d’analyser une situation problématique dans son contexte et de formuler
des plans d’actions adaptés.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Dossier de synthèse et/ou étude de cas
Contact(s) :
Florence Brondeau - UMR 8185 Espace, Nature et Culture – [email protected]
34
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – parcours GEODEP (Géodynamiques des espaces présents et passés)
EDTS 14 Étude intégrée
Responsable(s) : Christian Giusti, PR Paris Sorbonne
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
0
0
0
1
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
0
Objectifs de l’UE :
Mettre en pratique des acquis théoriques par la réalisation d’un stage de terrain encadré par un enseignant. Quel
que soit le type de milieu (montagnes, littoraux, corridors fluviaux, milieux forestiers, espaces péri-urbains…),
l’approche terrain est basée sur l’observation et l’interprétation du milieu dans une problématique
environnementale définie. Ce module vise principalement à l’apprentissage de la recherche par le terrain.
Mots-clés :
Stage encadré – Approche terrain – Mesures – Enquêtes
Compétences visées :
Acquérir des méthodologies de recherche bibliographique (préparatoire au terrain), de collecte de données sur le
terrain (échantillonnage, mesures, etc.), de traitement de l’information (statistiques et cartographiques) et de
rédaction d’une synthèse (mini-rapport de stage).
Pré-Requis :
Licence de géographie
Mode de validation :
Rapport de stage et/ou oral
Contact(s) :
Christian Giusti - UMR 8185 Espace, Nature et Culture – [email protected]
PR Paris IV (recrutement en cours)
35
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – parcours GEODEP (Géodynamiques des espaces présents et passés)
EDTS 15 Projet de master 2 (R ou P)
Responsable(s) : Eric Fouache, PR Paris-Sorbonne
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
9
0
0
0
0
Nb heures
par
semaine
0
Effectifs
maximum
0
Objectifs de l’UE :
Former les étudiants à la recherche bibliographique, à l’analyse et à la réalisation d’une synthèse bibliographique
pour la mise en place d’un projet de mémoire (ou éventuellement de stage) pour le M2.
Mots-clés :
Mémoire de recherche
Compétences visées :
Choix d'un objet d'étude, construction d'une problématique originale à résoudre et formalisation des hypothèses à
vérifier. Conception d'une méthodologie. Mobilisation sélective et synthétique de l'information pertinente.
Pré-Requis :
Licence de géographie ou équivalent
Mode de validation :
Rapport écrit et soutenance orale
Contact(s) :
Eric Fouache - UMR 8185 Espace, Nature et Culture – [email protected]
Frédéric Bertrand – UMR 8586 PRODIG - [email protected]
PR Paris IV (recrutement en cours)
36
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – parcours GEODEP (Géodynamiques des espaces présents et passés)
EDTS 16 Rapport de stage ou mémoire de recherche
Responsable(s) : Delphine Gramond, MCF Paris-Sorbonne
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
12
0
0
0
0
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
0
Objectifs de l’UE :
Réaliser un stage conventionné (d’une durée minimale de deux mois) dans une collectivité territoriale, une
entreprise privée, etc. ou réaliser un mémoire de recherche sous la direction d’un enseignant du M1 EDTS.
Mots-clés :
Stage conventionné – Mise en pratique opérationnelle des compétences acquises.
Compétences visées :
Conduite d'un projet d'étude. Capacité à approfondir un sujet, à l'étudier dans tous ses aspects et à le situer dans
son contexte. Rédaction de rapports d'analyse, d'articles scientifiques et de notes de synthèse, exposé public d'une
réflexion argumentée
Pré-Requis :
Licence de géographie ou équivalent
Mode de validation :
Rapport écrit et soutenance orale
Contact(s) :
Delphine Gramond – UMR 8185 Espace, Nature et Culture – [email protected]
MCF Paris IV (recrutement en cours – UMR 8185 Espace, Nature et Culture.
37
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – UE optionnelles
EDTS 17 Anthropologie des perceptions sensorielles
Responsable(s) : Vincent BATTESTI, CR1 CNRS
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
24
0
0
1
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Développer un enseignement dans un champ de recherche nouveau : l’anthropologie des perceptions sensorielles,
approche innovante pour comprendre, au-delà d’une « vision du monde », la relation intime des sociétés à
l’environnement. En dehors des aspects physiologiques et biochimiques, les perceptions sensorielles sont (i)
propres à l’individu et (ii) socialement et culturellement façonnées par le groupe social. C’est cet aspect particulier
qui est l’objet de ce champ de recherche. À côté des enseignements théoriques et des études de cas, l’UE proposera
une ouverture sur le monde professionnel avec la venue d’intervenants issus de l’industrie et de l’artisanat
(agroalimentaire, parfumerie,…).
Mots-clés :
Catégorisation du monde au travers des sens – Ambiances – Perceptions gustatives – Les sens dans l’acquisition et
la transmission des savoirs.
Compétences visées :
Etre à même de comprendre comment s’articule « l’étude de l’intime » (le sensoriel) au champ général de
l’anthropologie, d’en saisir ses aspects spécifiques et ses implications dans la Recherche & Développement.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Examen écrit
Contact(s) :
Vincent BATTESTI – UMR 7206 Eco-anthropologie et ethnobiologie - [email protected]
Rachel Bié – Secrétariat EDTS – [email protected]
38
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – UE optionnelles
EDTS 18 Ethnobotanique
Responsable(s) : Julien Blanc, MC MNHN & Catherine Hoare, IE MNHN
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
6
30
12
24
2
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
Acquisition des bases théoriques et méthodologiques en ethnobotanique, c’est-à-dire l'étude des relations
hommes-plantes (alimentaires, techniques, médicinales...).
EDTS 18.1 Ethnobotanique 1 (bases théoriques) Histoire et concepts. Classifications vernaculaires. Etudes de cas.
Enjeux contemporains autour de l’ethnobotanique ; Bioprospection. Ouverture à des acteurs du monde
professionnel : bureaux d’études, artisans et industriels de la pharmacopée, de la cosmétique, etc.
EDTS 18.2 Ethnobotanique 2 (travaux pratiques) Taxonomie botanique. Travaux pratiques : réalisation d'un
herbier, travail sur la base de données de l’herbier du Muséum national d'histoire naturelle, montage d’herbier à
partir de matériel de collection.
Mots-clés :
Relations hommes-plantes – Classifications vernaculaires – Aspects cognitifs et sociaux – Mobilisations politiques
de l’ethnobotanique.
Compétences visées :
Etre capable de saisir l’ethnobotanique à la fois comme outil de recherche sur les relations sociétés-nature,
comme objet politisé et mobilisé dans les arènes de gouvernance internationales ou comme support (théoricopratique) pour en faire un métier non-académique. Constituer un herbier.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Examen écrit
Contact(s) :
Julien Blanc – UMR 7206 Eco-anthropologie et ethnobiologie – [email protected]
Rachel Bié – Secrétariat EDTS – [email protected]
39
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – UE optionnelles
EDTS 19 Identités culturelles
Responsable(s) : Sylvie Le Bomin, MC MNHN
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
24
0
0
1
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Le patrimoine culturel (langue, musique, littérature orale, technologies, etc.) est bien souvent le témoin et le
véhicule privilégiés des modes de vie et des transformations subis par les populations au cours de leur histoire. Il
est également un des moyens utilisés par les sociétés pour marquer leur identité et pour le chercheur de
distinguer les populations des unes des autres, ou de les regrouper. En posant la question de l’identité et des
stratégies mises en place par les sociétés traditionnelles pour imposer, adapter ou reconnaître leur identité et
celle des autres, nous aborderons les champs d’étude de l’ethnomusicologie, de la littérature orale et des objets de
la vie quotidienne.
Mots-clés :
Stratégies identitaires – Ethnomusicologie et littérature orale – Patrimoines culturels comme marqueurs des
relations à l'environnement.
Compétences visées :
Etre à même d’aborder la question de l’identité culturelle à travers une diversité de champs d’étude.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Examen écrit
Contact(s) :
Sylvie Le Bomin – UMR 7206 Eco-anthropologie et ethnobiologie – [email protected]
Rachel Bié – Secrétariat EDTS – [email protected]
40
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – UE optionnelles
EDTS 20 Anthropologie du corps : santé, maladie, malheurs, guérissage
Responsable(s) : Alain Epelboin, CR1 CNRS
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
20
0
16
1
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
Par des allers et retour de soi à l’autre, du corps à l’environnement, initiation à une anthropologie du corps, de la
santé, de la maladie, du malheur et du guérissage, s'appuyant sur des savoirs multidisciplinaires. Le cours est basé
sur des analyses de cas, des situations concrètes, des terrains, proposés par l’enseignant ou les étudiants ou la
vidéothèque Santé, maladie, malheur (SMM). Diverses situations d’anthropologie appliquée, touchant des
problèmes de santé individuelle et publique, de développement espéré durable sont présentées. Les questions de
méthodologie d'enquête sont abordées.
Mots-clés :
Anthropologie des déchets corporels et des ordures – Petite enfance et âges de la vie –Malheur et remède –
Anthropo-épidémiologie appliquée.
Compétences visées :
Développer une réflexion à partir de l’analyse croisée de différents types de support (texte, audio, video).
Développer des connaissances méthodologiques en techniques d’enquêtes. Adopter une posture réflexive sur le
rapport à l’autre.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Examen oral ou écrit
Contact(s) :
Alain Epelboin – UMR UMR 7206 Eco-anthropologie et ethnobiologie – [email protected]
Rachel Bié – Secrétariat EDTS – [email protected]
41
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – UE optionnelles
EDTS 21 Anthropologie maritime
Responsable(s) : Hélène Artaud, MC Muséum national d'histoire naturelle
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
20
6
0
1
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
30
Objectifs de l’UE :
L’objectif de ce cours est de donner un aperçu suggestif de la variété des perceptions, des savoirs et usages de la
mer dans des aires géographiques et culturelles variables. Plusieurs entrées circonscrivent des champs d’analyse
communs à l’ensemble des sociétés maritimes et permettent de mettre en évidence des similitudes dans la
diversité des réponses locales : la tenure maritime, l’ethnoichtyologie, les interdits et croyances associés à la mer,
l’étroite coïncidence entre savoirs sensibles et appréhension du milieu maritime, et la convergence des réflexions
menés par l’anthropologie de la mer et l’anthropologie des sens.
Mots-clés :
Anthropologie maritime – Sociétés maritimes et littorales – Ressources naturelles maritimes – Savoirs, usages de
la mer – Espace maritime – Pêcheurs.
Compétences visées :
Être capable d’appréhender la complexité des relations sociétés-environnement du point de vue des sciences
sociales à travers un exemple de sociétés maritimes.
Proposer les méthodes (recherche, recueil, analyse de données) pertinentes et nécessaires à la conduite d’une
étude dans ce domaine.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Examen écrit
Contact(s) :
Hélène Artaud – UMR 7206 Éco-anthropologie et ethnobiologie – [email protected]
Rachel Bié – Secrétariat EDTS – [email protected]
42
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS - Tronc commun EDTS
EDTS 1 Comprendre une société (approche socio-anthropologique)
Responsable(s) : Frédérique Chlous, PR MNHN
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
3
24
0
0
1
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
50
Objectifs de l’UE :
Fournir, quel que soit le cursus antérieur, les bases théoriques en anthropologie.
L’ambition de l’ethnologie est de connaître et de comprendre les sociétés humaines et de rendre compte de leur
diversité. Ce cours propose de dresser un état des lieux de la discipline en retraçant son histoire et en décrivant
ses différents champs conceptuels. Les différents outils méthodologiques et théoriques de compréhension du
monde social fournis par l’ethnologie permettront d’introduire quelques grands principes de fonctionnement des
sociétés humaines et donneront à voir une grande diversité de recherches empiriques.
Mots-clés :
Anthropologie – Ethnologie – Sociétés – Identité – Échanges – Pouvoir – Rituel – Parenté – Nature et surnature
Compétences visées :
Être capable d’intégrer la dimension culturelle et sociale au domaine dans lequel l’étudiant se spécialisera.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Examen écrit
Contact(s) :
Frédérique Chlous – UMR 208 Patrimoines locaux (PALOC) – [email protected]
Rachel Bié – Secrétariat EDTS – [email protected]
43
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS - Tronc commun EDTS
EDTS 2 Comprendre un environnement
Responsable(s) : Richard Dumez, MC MNHN & Delphine Gramond, MCU Paris Sorbonne
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
3
24
0
0
1
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
50
Objectifs de l’UE :
Présenter, quel que soit le cursus antérieur, la complexité de la notion d’environnement dans ses dimensions
sociales, biotiques et abiotiques, notion présente tout au long du master.
La complexité de l’environnement sera abordée selon cinq points de vue propres à la spécialité EDTS : celui de
l’ethnoécologie, celui de la géographie physique et de la biogéographie, celui de l’écologie, celui de l’agronomie (et
plus particulièrement de l’agroécologie) et celui de l’archéologie.
Mots-clés :
Notion d’environnement – Pluri et interdisciplinarité en environnement
Compétences visées :
Être capable d’intégrer la dimension complexe de l’environnement au domaine dans lequel l’étudiant se
spécialisera.
Pré-Requis :
Aucun.
Mode de validation :
Travail collectif par groupes de 2 à 3 étudiants sur articles scientifiques. Evaluation soit rendu écrit, soit sur
présentation oral
Contact(s) :
Richard Dumez – UMR 7206 Éco-anthropologie et ethnobiologie – [email protected]
Delphine Gramond – UMR 8185 Espace, Nature et Culture – [email protected]
Rachel Bié – Secrétariat EDTS – [email protected]
44
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – Parcours AE (Anthropologie de l’environnement)
EDTS 3 Dynamiques contemporaines des relations sociétés-natures
Responsable(s) : Serge Bahuchet, PR MNHN.
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
6
48
0
0
2
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Fournir à travers 2 ECUE, quel que soit le cursus antérieur, les bases théoriques en ethnoécologie et en
anthropologie de l’alimentation, disciplines centrées sur les relations hommes-nature.
EDTS 3.1 Ethnoécologie 1 (4 ECTS)
Concepts et méthodologie. Nomenclatures et lexiques spécialisés. Taxonomies et classifications populaires.
Utiliser et transformer des écosystèmes. Introduction à la notion de savoirs locaux et à l'approche
interdisciplinaire des relations sociétés-environnement.
EDTS 3.2 Anthropologie de l’alimentation (2 ECTS)
Aspects culturels et sociaux de l'alimentation. Acquérir, transformer et consommer des aliments (repas, boissons,
rituels, etc.). Aspects religieux. Transformations des habitudes alimentaires.
Mots-clés :
Ethnoécologie – Alimentation – Relations sociétés-nature – Classification – Chasse, pêche, collecte –
Domestications – Agriculture.
Compétences visées :
Appréhender la complexité des relations entre sociétés et environnement du point de vue des sciences sociales.
Pré-Requis :
Aucun.
Mode de validation :
Examens écrits.
Contact(s) :
Serge Bahuchet – UMR 7206 Éco-anthropologie et ethnobiologie – [email protected]
Rachel Bié – Secrétariat EDTS – [email protected]
45
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – Parcours AE (Anthropologie de l’environnement)
EDTS 4 Méthodologies en sciences sociales.
Responsable(s) : Richard Dumez, MC MNHN & Hélène Artaud, MC MNHN
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
9
24
24
20
4
Nb heures
par
semaine
48
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Aspects théoriques et pratiques de l'ethnolinguistique, dont fondamentaux en phonétique.
Les lexiques sont un des moyens d’accéder aux systèmes de représentation que les populations se font de leurs
environnements naturels et culturels.
EDTS 4.2 Analyses de textes fondamentaux (3 ECTS)
En lien avec l’étude des relations sociétés-nature.
EDTS 4.3 Techniques d’enquêtes. Statut des données en sciences sociales (4 ECTS)
Former aux techniques d’enquête et à la pratique du terrain ethnologique. Aspects théoriques (statut des données,
données qualitatives, éthique de l’enquête). Aspects pratiques : réalisation d’une enquête.
Mots-clés :
Enquête ethnologique – Statut des données en sciences sociales – Ethnolinguistique –
Phonétique.
Compétences visées :
Acquérir une méthodologie de l’enquête de terrain en ethnologie et être capable d’en analyser les données et de
les restituer.
Appréhender l’importance de la langue et des lexiques et disposer de bases en phonétiques.
Posséder une méthodologie d’analyse
Pré-Requis :
Aucun.
Mode de validation :
Examen écrit (EDTS 4.1). Examen oral (4.2). Restitution écrite du travail de l’enquête (4.3).
Contact(s) :
Richard Dumez – UMR 7206 Éco-anthropologie et ethnobiologie – [email protected]
Hélène Artaud – UMR 7206 Éco-anthropologie et ethnobiologie – [email protected]
Rachel Bié – Secrétariat EDTS – [email protected]
46
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – Parcours AE (Anthropologie de l’environnement)
EDTS 5 Fondements écologiques du concept de biodiversité.
Responsable(s) : Denis Couvet, PR MNHN & Emmanuelle Porcher, MC MNHN
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
3
20
0
8
1
Nb heures
par
semaine
1
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Ouvrir au domaine de l'environnement, tenant compte des logiques des sociétés et des principes de l'écologie, par
une initiation aux fondements écologiques du concept de biodiversité, permettant notamment d’identifier les
enjeux liés à son maintien :
Populations : mécanismes de régulation et d’adaptation, métapopulations et écologie du paysage.
Communautés : rôles de la diversité, de la compétition, de la coopération et de la prédation, chaînes
trophiques.
Ecosystèmes : couplage entre cycles biogéochimiques et diversité biologique, résilience, notion de service
écosystémique.
Biogéographie, distribution des espèces et enveloppes climatiques, scénarios.
TP(simulations informatiques et discussions d'articles).
Mots-clés :
Écologie – Biodiversité – Populations – Communautés – Écosystèmes – Biogéographie.
Compétences visées :
Comprendre et identifier les enjeux liés au maintien de la biodiversité.
Pré-Requis :
Aucun.
Mode de validation :
Examen oral.
Contact(s) :
Denis Couvet – UMR 7204 Centre d’Ecologie et de Sciences de la COnservation (CESCO) – [email protected]
Emmanuelle Porcher – UMR 7204 CESCO – [email protected]
Rachel Bié – Secrétariat EDTS – [email protected]
47
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – Parcours AE (Anthropologie de l’environnement)
EDTS 13 Analyse et synthèse bibliographique.
Responsable(s) : Richard Dumez, MC MNHN.
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
12
0
10
0
2
Nb heures
par
semaine
5
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Former les étudiants à la recherche bibliographique, à l’analyse et à la réalisation d’une synthèse bibliographique.
Les thèmes sur lesquels les étudiants réalisent leur travail sont proposés par les chercheurs et enseignantschercheurs associés au Master EDTS avec pour principe que ces thèmes appartiennent à des recherches en cours
ou en projet. L’exercice permet aussi à l’étudiant à prendre contact avec le monde de la recherche.
Le mémoire réalisé constitue le mémoire de fin d’année des étudiants du parcours AE.
Mots-clés :
Mémoire bibliographique.
Compétences visées :
Maîtriser les outils TIC pour la recherche documentaire et mettre en œuvre une veille scientifique.
Capacité synthèse et de mise en forme d’un document de recherche (normes bibliographiques, plan, etc.).
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Production d’un mémoire et soutenance orale.
Contact(s) :
Richard Dumez – UMR 7206 Éco-anthropologie et ethnobiologie – [email protected]
Rachel Bié – Secrétariat EDTS – [email protected]
48
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – parcours GEODEP (Géodynamiques des espaces présents et passés)
EDTS 6 Fonctionnement et dynamiques de l’hydro, de la litho et de la pédosphère.
Responsable(s) : Eric Fouache, PR Paris Sorbonne & Christian Giusti, PR Paris Sorbonne
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
6
48
0
0
2
Nb heures
par
semaine
25
Effectifs
maximum
0
Objectifs de l’UE :
Consolider et approfondir les concepts fondamentaux de la géographie physique, sur la base de connaissances
acquises lors du cursus de licence de géographie en géomorphologie, hydrologie, climatologie et biogéographie,
etc. en mobilisant des approches systémiques et multiscalaires. Il s’agit également de placer la discipline d’un
point de vue épistémologique et méthodologique dans le champ scientifique de l’environnement afin de mieux
cerner son positionnement et l’importance de sa transversalité vis-à-vis des disciplines connexes, à savoir les
sciences sociales et les sciences de la nature.
Mots-clés :
Fonctionnement et dynamique des milieux – Approche systémique – géosphères
Compétences visées :
Capacité d'analyse transversale et multi-échelles des territoires grâce à la maîtrise des connaissances spécialisées
en géographie de l'environnement (géographie physique, géomorphologie, hydrologie, climatologie,
biogéographie, analyse des risques, géoarchéologie, écologie du paysage, etc.).
Pré-Requis :
Socle de connaissances en géographie physique.
Mode de validation :
Examen écrit et/ou dossier de synthèse
Contact(s) :
E. Fouache UMR 8185 Esp., Nat. et Cul. [email protected]
C. Giusti UMR 8185 Esp., Nat. et Cul. [email protected]
D. Gramond UMR 8185 Esp., Nat. et Cul. [email protected]
49
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – parcours GEODEP (Géodynamiques des espaces présents et passés)
Titre du Module : EDTS 7 Système d’information géographique 1 (initiation)
Responsable(s) : Frédéric Bertrand, PR Paris Sorbonne
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
6
0
48
0
2
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
30
Objectifs de l’UE :
Enseignement méthodologique dont le but est d’apprendre aux étudiants à structurer et hiérarchiser des données
à la fois statistiques et spatiales et ainsi mettre en place un modèle conceptuel de données (MCD) dans une
problématique ciblée. L’enseignement est basé sur une mise en pratique opérationnelle sur logiciel SIG (ArcGIS,
QGIS). Acquisition d’un bagage méthodologique utile à l’étude de processus spatiaux spécifiques, à travers
l’analyse d’images aériennes et satellitaires, par le biais de traitements visuels (zonage, composition colorée, etc.)
et thématiques (indices de végétation, classifications, etc.). Mise en pratique opérationnelle sur logiciel de
télédétection (IDRISI, ENVI ou ERDAS).
Mots-clés :
Analyse spatiale – Base de données – Télédétection - SIG
Compétences visées :
Maîtrise des outils d’analyse spatiale, de la cartographie au SIG.
Acquérir la capacité de réflexion nécessaire à la mise en place d’une géodatabase dans une problématique et pour
des objectifs prédéfinis.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Examen pratique et/ou mini-projet
Contact(s) :
Frédéric Bertrand – UMR 8586 PRODIG - [email protected]
MCF Paris IV (recrutement en cours – UMR 8185 Espace, Nature et Culture.
50
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – parcours GEODEP (Géodynamiques des espaces présents et passés)
EDTS 9 Approche géoarchéologique: paléoenvironnements environnements géohistoire
Responsable(s) : Eric Fouache, PR Paris Sorbonne
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
24
0
0
1
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Présenter l’approche géoarchéologique dans une perspective interdisciplinaire en insistant sur les dynamiques
holocènes et les conséquences de l’anthropisation croissante des milieux. Le cours met tout particulièrement
l’accent sur les questionnements des archéologues aussi bien en archéologie de programme qu’en archéologie de
sauvegarde pour ce qui concerne les thématiques environnementales.
Mots-clés :
Géoarchéologie – Holocène – Anthropisation des milieux
Compétences visées :
Appropriation des concepts et pratiques de la géoarchéologie pour appréhender les dynamiques passées et
présentes des relations sociétés/environnement.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Examen écrit et/ou dossier de synthèse
Contact(s) :
Eric Fouache - UMR 8185 Espace, Nature et Culture – [email protected]
51
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – parcours GEODEP (Géodynamiques des espaces présents et passés)
EDTS 10 Études et gestion du patrimoine environnemental
Responsable(s) : Christian Giusti, PR Paris Sorbonne
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
24
0
0
1
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Présenter les approches géomorphologiques des environnements, en insistant sur les reliefs de la Terre comme
composante statique et facteur dynamique. Enseignement de type cours théorique avec études de cas. Les biens
naturels de la liste UNESCO (critères). L’expérience des géoparcs en Europe et dans le monde. Parcs naturels
nationaux et régionaux en France, DOM-TOM inclus. Bases de données et inventaires.
Mots-clés :
Patrimoine - Géomorphosites Compétences visées :
Elaborer un plan d'actions dans le cadre des réflexions sur la gestion d’un site par l’identification et la
compréhension des dynamiques biophysiques intégrées aux enjeux sociétaux à différentes échelles.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Examen écrit et/ou dossier de synthèse
Contact(s) :
Christian Giusti - UMR 8185 Espace, Nature et Culture – [email protected]
52
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – parcours GEODEP (Géodynamiques des espaces présents et passés)
EDTS 11 Milieux géographiques : aléas, enjeux et risques
Responsable(s) : Frédéric Bertrand, PR Paris Sorbonne
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
24
0
0
1
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Analyser les caractéristiques et de la gestion de quelques risques majeurs. Combinaison de cours magistral et
d’analyses de corpus documentaires. Enseignement réalisé dans la continuité des enseignements assurés en
licence de géographie sur les risques (principalement d’origine naturels : risques hydroclimatiques, risques
sismiques, etc.). Etudes de cas. Comparaison des politiques de gestion dans différentes régions du monde. Les
milieux méditerranéens : analyse des risques liés aux crues et aux inondations. La gestion des risques liés aux
sécheresses. La désertification. Processus, risques, enjeux et gestion. Les littoraux : milieux à risques. Les risques
en montagne et leur gestion.
Mots-clés :
Aléa – Vulnérabilité – Risques – Gestion des risques.
Compétences visées :
Capacité d'analyse transversale et multi-échelles des vulnérabilités des territoires face aux risques
environnementaux (climatiques, volcaniques, etc.)
Pré-Requis :
Licence de géographie
Mode de validation :
Examen écrit et/ou dossier de synthèse
Contact(s) :
Frédéric Bertrand – UMR 8586 PRODIG - [email protected]
53
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – parcours GEODEP (Géodynamiques des espaces présents et passés)
EDTS 12 Systèmes agricoles et environnement
Responsable(s) : Florence Brondeau, MCF Paris Sorbonne
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
24
0
0
1
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Aborder les systèmes de production agricoles traditionnels et leur relation avec l’environnement (approche
géographique) à partir d’études de cas. Programmes d’aménagement hydrauliques agricoles et pastoraux et
gestion des ressources « naturelles ».
Politique de colonisation agricole et gestion des ressources naturelles. Crises environnementales dans les pays du
Sud.
Mots-clés :
Agrosystèmes – Gestion des ressources – Crises environnementales
Compétences visées :
Cerner les enjeux et défis du maintien de systèmes de production dans des contextes de variabilités
environnementales divers. Etre capable d’analyser une situation problématique dans son contexte et de formuler
des plans d’actions adaptés.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Dossier de synthèse et/ou étude de cas
Contact(s) :
Florence Brondeau - UMR 8185 Espace, Nature et Culture – [email protected]
54
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – parcours GEODEP (Géodynamiques des espaces présents et passés)
EDTS 14 Étude intégrée
Responsable(s) : Christian Giusti, PR Paris Sorbonne
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
0
0
0
1
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
0
Objectifs de l’UE :
Mettre en pratique des acquis théoriques par la réalisation d’un stage de terrain encadré par un enseignant. Quel
que soit le type de milieu (montagnes, littoraux, corridors fluviaux, milieux forestiers, espaces péri-urbains…),
l’approche terrain est basée sur l’observation et l’interprétation du milieu dans une problématique
environnementale définie. Ce module vise principalement à l’apprentissage de la recherche par le terrain.
Mots-clés :
Stage encadré – Approche terrain – Mesures – Enquêtes
Compétences visées :
Acquérir des méthodologies de recherche bibliographique (préparatoire au terrain), de collecte de données sur le
terrain (échantillonnage, mesures, etc.), de traitement de l’information (statistiques et cartographiques) et de
rédaction d’une synthèse (mini-rapport de stage).
Pré-Requis :
Licence de géographie
Mode de validation :
Rapport de stage et/ou oral
Contact(s) :
Christian Giusti - UMR 8185 Espace, Nature et Culture – [email protected]
PR Paris IV (recrutement en cours)
55
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – parcours GEODEP (Géodynamiques des espaces présents et passés)
EDTS 15 Projet de master 2 (R ou P)
Responsable(s) : Eric Fouache, PR Paris-Sorbonne
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
9
0
0
0
0
Nb heures
par
semaine
0
Effectifs
maximum
0
Objectifs de l’UE :
Former les étudiants à la recherche bibliographique, à l’analyse et à la réalisation d’une synthèse bibliographique
pour la mise en place d’un projet de mémoire (ou éventuellement de stage) pour le M2.
Mots-clés :
Mémoire de recherche
Compétences visées :
Choix d'un objet d'étude, construction d'une problématique originale à résoudre et formalisation des hypothèses à
vérifier. Conception d'une méthodologie. Mobilisation sélective et synthétique de l'information pertinente.
Pré-Requis :
Licence de géographie ou équivalent
Mode de validation :
Rapport écrit et soutenance orale
Contact(s) :
Eric Fouache - UMR 8185 Espace, Nature et Culture – [email protected]
Frédéric Bertrand – UMR 8586 PRODIG - [email protected]
PR Paris IV (recrutement en cours)
56
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – parcours GEODEP (Géodynamiques des espaces présents et passés)
EDTS 16 Rapport de stage ou mémoire de recherche
Responsable(s) : Delphine Gramond, MCF Paris-Sorbonne
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
12
0
0
0
0
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
0
Objectifs de l’UE :
Réaliser un stage conventionné (d’une durée minimale de deux mois) dans une collectivité territoriale, une
entreprise privée, etc. ou réaliser un mémoire de recherche sous la direction d’un enseignant du M1 EDTS.
Mots-clés :
Stage conventionné – Mise en pratique opérationnelle des compétences acquises.
Compétences visées :
Conduite d'un projet d'étude. Capacité à approfondir un sujet, à l'étudier dans tous ses aspects et à le situer dans
son contexte. Rédaction de rapports d'analyse, d'articles scientifiques et de notes de synthèse, exposé public d'une
réflexion argumentée
Pré-Requis :
Licence de géographie ou équivalent
Mode de validation :
Rapport écrit et soutenance orale
Contact(s) :
Delphine Gramond – UMR 8185 Espace, Nature et Culture – [email protected]
MCF Paris IV (recrutement en cours – UMR 8185 Espace, Nature et Culture.
57
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – UE optionnelles
EDTS 17 Anthropologie des perceptions sensorielles
Responsable(s) : Vincent BATTESTI, CR1 CNRS
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
24
0
0
1
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Développer un enseignement dans un champ de recherche nouveau : l’anthropologie des perceptions sensorielles,
approche innovante pour comprendre, au-delà d’une « vision du monde », la relation intime des sociétés à
l’environnement. En dehors des aspects physiologiques et biochimiques, les perceptions sensorielles sont (i)
propres à l’individu et (ii) socialement et culturellement façonnées par le groupe social. C’est cet aspect particulier
qui est l’objet de ce champ de recherche. À côté des enseignements théoriques et des études de cas, l’UE proposera
une ouverture sur le monde professionnel avec la venue d’intervenants issus de l’industrie et de l’artisanat
(agroalimentaire, parfumerie,…).
Mots-clés :
Catégorisation du monde au travers des sens – Ambiances – Perceptions gustatives – Les sens dans l’acquisition et
la transmission des savoirs.
Compétences visées :
Etre à même de comprendre comment s’articule « l’étude de l’intime » (le sensoriel) au champ général de
l’anthropologie, d’en saisir ses aspects spécifiques et ses implications dans la Recherche & Développement.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Examen écrit
Contact(s) :
Vincent BATTESTI – UMR 7206 Eco-anthropologie et ethnobiologie - [email protected]
Rachel Bié – Secrétariat EDTS – [email protected]
58
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – UE optionnelles
EDTS 18 Ethnobotanique
Responsable(s) : Julien Blanc, MC MNHN & Catherine Hoare, IE MNHN
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
6
30
12
24
2
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
Acquisition des bases théoriques et méthodologiques en ethnobotanique, c’est-à-dire l'étude des relations
hommes-plantes (alimentaires, techniques, médicinales...).
EDTS 18.1 Ethnobotanique 1 (bases théoriques) Histoire et concepts. Classifications vernaculaires. Etudes de cas.
Enjeux contemporains autour de l’ethnobotanique ; Bioprospection. Ouverture à des acteurs du monde
professionnel : bureaux d’études, artisans et industriels de la pharmacopée, de la cosmétique, etc.
EDTS 18.2 Ethnobotanique 2 (travaux pratiques) Taxonomie botanique. Travaux pratiques : réalisation d'un
herbier, travail sur la base de données de l’herbier du Muséum national d'histoire naturelle, montage d’herbier à
partir de matériel de collection.
Mots-clés :
Relations hommes-plantes – Classifications vernaculaires – Aspects cognitifs et sociaux – Mobilisations politiques
de l’ethnobotanique.
Compétences visées :
Etre capable de saisir l’ethnobotanique à la fois comme outil de recherche sur les relations sociétés-nature,
comme objet politisé et mobilisé dans les arènes de gouvernance internationales ou comme support (théoricopratique) pour en faire un métier non-académique. Constituer un herbier.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Examen écrit
Contact(s) :
Julien Blanc – UMR 7206 Eco-anthropologie et ethnobiologie – [email protected]
Rachel Bié – Secrétariat EDTS – [email protected]
59
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – UE optionnelles
EDTS 19 Identités culturelles
Responsable(s) : Sylvie Le Bomin, MC MNHN
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
24
0
0
1
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Le patrimoine culturel (langue, musique, littérature orale, technologies, etc.) est bien souvent le témoin et le
véhicule privilégiés des modes de vie et des transformations subis par les populations au cours de leur histoire. Il
est également un des moyens utilisés par les sociétés pour marquer leur identité et pour le chercheur de
distinguer les populations des unes des autres, ou de les regrouper. En posant la question de l’identité et des
stratégies mises en place par les sociétés traditionnelles pour imposer, adapter ou reconnaître leur identité et
celle des autres, nous aborderons les champs d’étude de l’ethnomusicologie, de la littérature orale et des objets de
la vie quotidienne.
Mots-clés :
Stratégies identitaires – Ethnomusicologie et littérature orale – Patrimoines culturels comme marqueurs des
relations à l'environnement.
Compétences visées :
Etre à même d’aborder la question de l’identité culturelle à travers une diversité de champs d’étude.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Examen écrit
Contact(s) :
Sylvie Le Bomin – UMR 7206 Eco-anthropologie et ethnobiologie – [email protected]
Rachel Bié – Secrétariat EDTS – [email protected]
60
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – UE optionnelles
EDTS 20 Anthropologie du corps : santé, maladie, malheurs, guérissage
Responsable(s) : Alain Epelboin, CR1 CNRS
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
20
0
16
1
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
Par des allers et retour de soi à l’autre, du corps à l’environnement, initiation à une anthropologie du corps, de la
santé, de la maladie, du malheur et du guérissage, s'appuyant sur des savoirs multidisciplinaires. Le cours est basé
sur des analyses de cas, des situations concrètes, des terrains, proposés par l’enseignant ou les étudiants ou la
vidéothèque Santé, maladie, malheur (SMM). Diverses situations d’anthropologie appliquée, touchant des
problèmes de santé individuelle et publique, de développement espéré durable sont présentées. Les questions de
méthodologie d'enquête sont abordées.
Mots-clés :
Anthropologie des déchets corporels et des ordures – Petite enfance et âges de la vie –Malheur et remède –
Anthropo-épidémiologie appliquée.
Compétences visées :
Développer une réflexion à partir de l’analyse croisée de différents types de support (texte, audio, video).
Développer des connaissances méthodologiques en techniques d’enquêtes. Adopter une posture réflexive sur le
rapport à l’autre.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Examen oral ou écrit
Contact(s) :
Alain Epelboin – UMR UMR 7206 Eco-anthropologie et ethnobiologie – [email protected]
Rachel Bié – Secrétariat EDTS – [email protected]
61
Table des matières
Spécialité : EDTS
Parcours : M1 EDTS – UE optionnelles
EDTS 21 Anthropologie maritime
Responsable(s) : Hélène Artaud, MC Muséum national d'histoire naturelle
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
20
6
0
1
Nb heures
par
semaine
24
Effectifs
maximum
30
Objectifs de l’UE :
L’objectif de ce cours est de donner un aperçu suggestif de la variété des perceptions, des savoirs et usages de la
mer dans des aires géographiques et culturelles variables. Plusieurs entrées circonscrivent des champs d’analyse
communs à l’ensemble des sociétés maritimes et permettent de mettre en évidence des similitudes dans la
diversité des réponses locales : la tenure maritime, l’ethnoichtyologie, les interdits et croyances associés à la mer,
l’étroite coïncidence entre savoirs sensibles et appréhension du milieu maritime, et la convergence des réflexions
menés par l’anthropologie de la mer et l’anthropologie des sens.
Mots-clés :
Anthropologie maritime – Sociétés maritimes et littorales – Ressources naturelles maritimes – Savoirs, usages de
la mer – Espace maritime – Pêcheurs.
Compétences visées :
Être capable d’appréhender la complexité des relations sociétés-environnement du point de vue des sciences
sociales à travers un exemple de sociétés maritimes.
Proposer les méthodes (recherche, recueil, analyse de données) pertinentes et nécessaires à la conduite d’une
étude dans ce domaine.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Examen écrit
Contact(s) :
Hélène Artaud – UMR 7206 Éco-anthropologie et ethnobiologie – [email protected]
Rachel Bié – Secrétariat EDTS – [email protected]
62
Table des matières
Spécialité : MSCS
Parcours : UE obligatoire/optionnelle
MSCS1 : Histoire des musées et épistémologie : approches critiques
Responsable(s) : F. Galangau Quérat & D. Bergandi
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
1
3
30
TD (h)
TP (h)
Nb
de
semaines
5
Nb heures
par
semaine
6
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
Ce cours, introduit à l’histoire générale des musées scientifiques, aux grandes orientations historiques qui ont pu
suivre l’évolution des sciences et des politiques scientifiques et culturelles. Des Cabinets aux musées bibliothèques
d'objets, puis aux musées scientifiques et techniques contemporains, l'histoire des musées est liée à la genèse des
concepts de culture matérielle et au développement des sciences occidentales. L'exposition et son invention
s'interprètent dans les rapports des communautés savantes à la société, tandis que dans le champ de la
communication ses spécificités la singularisent par rapports aux autres médias. Ce cours fait intervenir plusieurs
enseignants (chercheurs ou enseignants chercheurs qui ont développé une analyse spécifique au sein des musées
scientifiques).
Mots-clés :
histoire musées scientifiques Histoire des musées, épistémologie des sciences, communication, exposition,
visiteur, institution
Compétences visées :
Il s’agit d’amener les étudiants à acquérir une connaissance critique de l’histoire des musées en s’appuyant sur le
contexte social, politique, institutionnel et scientifique qui ont conditionné cette histoire. Les étudiants seront
encouragés à lire de nombreux ouvrages pour enrichir cette approche
Pré-Requis :
aucun
Mode de validation :
Examen final oral
Contact(s) :
F. Galangau-Quérat ([email protected])
D.Bergandi ([email protected])
63
Table des matières
Spécialité : MSCS M1
Parcours : UE obligatoire
MSCS 2 : Médiation muséale
Responsable(s) : Yves Girault
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
3
24
6
0
10
Nb heures
par
semaine
3
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
Présentation des spécificités du média exposition dans le cadre de l’appropriation de savoirs scientifiques.
Approches théoriques issues de la didactique des sciences, des sciences de l’éducation, des sciences de la
communication et des sciences cognitives illustrées par de très nombreux exemples tirés de musées et / ou
d’expositions présentés sous divers continents.
Mots-clés :
médiation muséale et socio-scientifique ; Positionnements épistémologiques et questions didactiques
Compétences visées :
Comprendre les enjeux cognitifs, culturels, épistémologiques, politiques et sociaux de la médiation muséale.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Examen final sous forme dune dissertation de 3h avec accès aux documents
Contact(s) :
Yves Girault ([email protected])
64
Table des matières
Spécialité : MSCS M2
Parcours : UE obligatoire- UE optionnelle SEP
MSCS6-SEP13 : Les collections histoire naturelle
Responsable(s) : Amandine Péquignot et Hervé Lelièvre
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
6
60
0
0
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
Les collections sont la pierre angulaire des activités du MNHN : une « bibliothèque scientifique » du vivant pour
les chercheurs, un support permettant de promouvoir et de diffuser la culture scientifique à un large public et de
former les jeunes chercheurs. Malgré ces implications multiples et incontournables, les collections d’histoire
naturelle sont une thématique peu abordée dans le cursus universitaire, mais que le MNHN se propose
d’enseigner. L’UE module apportera un regard large et neuf sur les collections d’histoire naturelle en abordant
leurs spécificités, leurs rôles dans les différentes thématiques scientifiques et muséologiques propres au Muséum,
et les problèmes qu’elles subissent ou qu’elles engendrent afin que les étudiants qui sont ou seront des
collecteurs, utilisateurs ou chargés de collections potentiels...puissent obtenir une formation réelle et globale.
Cette UE est en lien avec les UE MSCS22, MSCS28, MSCS29, MSCS37.
Mots-clés :
Collection ; Patrimoine scientifique ; Histoire ; Législation
Compétences visées :
Connaissance de la diversité des collections d’histoire naturelle et des bases de données de collections ;
Sensibiliser à l'importance des collections pour les différents domaines de recherche ; Comprendre le contexte
historique et législatif du patrimoine scientifique au sein des institutions muséales ; Acquérir des notions de
gestion et conservation préventive ; Développer une réflexion générale et critique sur le patrimoine scientifique.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Contrôle continu + Examen final écrit
Contact(s) :
Amandine Péquignot ([email protected]) ; Hervé Lelièvre ([email protected])
65
Table des matières
Spécialité : MSCS M1
Parcours : UE obligatoire
MSCS7 : Méthodologie de la mise en exposition des sciences
Responsable(s) : Fabienne Galangau-Quérat, Jean-Guy Michard
Organisation de l’UE :
Semestre
1
ECTS
6
CM (h)
TD (h)
60
TP (h)
0
Nb de
semaines
12
Nb heures
par
semaine
5
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
Cet enseignement est destiné à donner aux étudiants les outils méthodologiques nécessaires à la conception et la
réalisation d’une exposition scientifique et patrimoniale. Il est basé sur une approche théorique et pratique de
l’exposition, les enseignements sont illustrés avec des exemples de réalisation des enseignants tant au Muséum
national d’Histoire naturelle et que dans d’autres lieux institutionnels ou non (en France comme à l’étranger). Les
disciplines scientifiques qui concourent classiquement à l’élaboration du programme de l’exposition d’histoire
naturelle, seront complétées par les interventions de praticiens de l’exposition et de l’action pédagogique et
culturelle au muséum.
Mots-clés :
La conception, l’élaboration, la production et la gestion de l’exposition. Les documents de l’exposition. L’espace et
les supports muséographiques. L’écriture des textes. Les acteurs et les métiers. La prise en compte des publics. Le
cadre institutionnel
Compétences visées :
Connaître l’enchaînement des différentes phases de conception et de réalisation d’une exposition, les acteurs
concernés et les documents à produire. Mise en application jusqu’à la création d’un synopsis d’exposition.
Pré-Requis :
Aucun.
Mode de validation :
Contrôle continu (50%) + Examen final écrit (50%)
Contact(s) :
Jean Guy Michard ([email protected]) Fabienne Galangau-Quérat ([email protected])
66
Table des matières
Spécialité : MSCS M1
Parcours : UE obligatoire
MSCS10 : Muséologie des Sciences
Responsable(s) : F. Galangau-Quérat et A. Péquignot
Organisation de l’UE :
Semestre
1
ECTS
3
CM (h)
18h
TD (h)
12h
TP (h)
Nb de
semaines
6
Nb heures
par
semaine
5
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
Ce cours a pour objectif de présenter les concepts généraux de la muséologie appliquée aux sciences et de donner
aux étudiants les définitions les plus couramment employées dans la discipline.
Le cours présente également l’émergence et l’histoire de la discipline ainsi que les grands courants de la
muséologie (passée et présente). Plusieurs séances de formation à la méthodologie documentaire sont organisées
avec le concours de la bibliothèque centrale du Muséum.
Mots-clés :
Muséologie des sciences, méthodologie de la documentation
Compétences visées :
Connaissances générales en muséologie
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Examen écrit
Contact(s) :
[email protected]
[email protected]
67
Table des matières
Spécialité : MSCS M1
Parcours : UE obligatoire
MSCS 31 – Etudes de publics : pratiques et méthodes
Responsable(s) : Mélanie ROUSTAN
Organisation de l’UE :
Semestre
1
ECTS
3
CM (h)
30
TD (h)
0
TP (h)
0
Nb de
semaines
12
Nb heures
par
semaine
variable
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
Acquérir les bases méthodologiques des enquêtes qualitatives et quantitatives dans le domaine des études de
publics au musée :
- Connaître les techniques d’enquête, savoir les mobiliser et les utiliser
- Savoir concevoir et mener une étude des publics (réaliser une étude simple, rédiger un cahier des charges et
assurer le suivi d’une étude complexe)
- Porter un regard critique sur les études menées auprès de visiteurs de musées, avoir conscience des contraintes
méthodologiques assurant la fiabilité des résultats
Mots-clés :
Muséologie – Méthodologie – Etude des publics – Techniques d’enquête – Qualitatif – Quantitatif
Compétences visées :
Savoir-faire : méthodes d'enquête
Réflexivité et sens critique : quant à l'usage de ces méthodes dans le cadre de l'étude des publics
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Contrôle continu. Réalisation d'une enquête en vraie grandeur
Contact(s) :
[email protected]
68
Table des matières
Spécialité : MSCS M1
Parcours : UE obligatoire
MSCS 32 : Introduction aux approches patrimoniales I : concepts, labels, mise en scèneResponsable(s) : Laure Emperaire et Dominique Guillaud
Organisation de l’UE :
Semestre
1
ECTS
3
CM (h)
21
TD (h)
6
TP (h)
3
Nb de
semaines
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
Dans l’esprit de l’Observatoire des patrimoines de SU (OPUS), le module de M1, qui se poursuit en M2, propose
une approche visant à clarifier les contextes et mécanismes de la construction patrimoniale, ses impacts, ses
enjeux politiques et culturels et ses différents objets et concepts (labellisation, conservation, représentations,
réappropriation d’espaces et d’objets, y compris la biodiversité), ainsi que quelques-uns des champs théoriques
qu'elle mobilise.
Mots-clés :
patrimoine, patrimonialisation, labels, géoparcs, territoires, aires protégées, politiques publiques, communautés
locales, biodiversité, conservation, régimes d’appropriation, musées, objets, musique
Compétences visées :
Acquisition d’un bagage conceptuel concernant les approches du patrimoine.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Contrôle continu
Contact(s) :
[email protected], [email protected]
69
Table des matières
Spécialité : MSCS M1
Parcours : UE obligatoire
MSCS 34 : Mémoire Bibliographique
Responsable(s) : Florence Raulin Cerceau
Organisation de l’UE :
Semestre
2
ECTS
6
CM (h)
TD (h)
90
TP (h)
Nb de
semaines
Nb heures
par
semaine
3
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
L’étudiant(e) doit démontrer qu’il/elle est capable de structurer, d’argumenter et de présenter avec clarté et
rigueur une synthèse bibliographique au service d’un sujet ou d’une question et d’en dégager une problématique
générale.
Mots-clés :
Muséologie, Bibliographie, Auteurs, Mémoire
Compétences visées :
Savoir utiliser et connaître des éléments de bibliographie en vue de la rédaction du mémoire de M2
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Remise du mémoire (une vingtaine de pages) sous forme de fichier électronique et version imprimée
Contact(s) :
Florence Raulin Cerceau : [email protected]
70
Table des matières
Spécialité : MSCS M1
Parcours : UE obligatoire
MSCS36-SEP 46 : Épistémologie et histoire des sciences
Responsable(s) : Donato Bergandi, René Zaragüeta, Silvia de Cesare
Organisation de l’UE :
Semestre
1
ECTS
3
CM (h)
15
TD (h)
15
TP (h)
-
Nb de
semaines
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
-
Objectifs de l’UE :
La finalité première de ce cours est de permettre d'analyser et d'approfondir un large éventail de problématiques
propres à l'histoire et à la philosophie des sciences, de manière à éclairer les étudiants en muséologie,
systématique, evolution, paléontologie et en écologie, sur les enjeux des débats épistémologiques propres à leurs
disciplines, afin de permettre aux étudiants :
- la compréhension des articles traitant de sujets de philosophie de leur propre discipline ;
- les contraintes imposées par les attitudes philosophiques admises : position face au réalisme des sciences,
importance de la composante relativiste, danger de la réification des concepts scientifiques.
Le cours introduit d'abord les grandes tendances de la philosophie des sciences et les principaux concepts utilisés
dans cette discipline. Les principaux résultats et les critiques les plus pertinentes sont ensuite présentés
chronologiquement pour montrer les progrès accomplis par ces recherches ainsi que les difficultés rencontrées
par les philosophes pour caractériser l'entreprise scientifique.
Des conférences thématiques montrent l'application de la démarche philosophique à des cas biologiques concrets.
Mots-clés :
Epistémologie, Philosophie des sciences, Histoire des sciences, Systématique, Ecologie, Cladistique, Objectivité
scientifique, Réalisme scientifique.
Compétences visées :
Le but principal du cours est de permettre la lecture éclairée d'articles d’histoire et philosophie des sciences, de
systématique et d’écologie (au sens large), entre autres. La référence à l’histoire de la philosophie et aux systèmes
philosophiques, permettra aux étudiants de mieux comprendre les différents positionnements philosophiques
présents dans les travaux des chercheurs ainsi que de choisir de manière avisée leur propre positionnement
épistémologique.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Les étudiants doivent présenter une analyse d’ouvrage à partir d’une bibliographie sélectionnée.
Contact(s) :
Donato Bergandi : [email protected]
MNHN, CP 22
UMR 8650 Centre Koyré, 36 rue Geoffroy Saint Hilaire, 75005, Paris
René ZARAGUETA-BAGILS : [email protected]
UMR 7205 ISyEB ; UPMC Univ Paris 06 ; Laboratoire Informatique et Systématique
Bâtiment de Géologie, CP48, Muséum national d'Histoire naturelle
57 rue Cuvier 75005 Paris
Silvia de Cesare : [email protected]
MNHN, CP 22
UMR 8650 36 rue Geoffroy Saint Hilaire, 75005, Paris
71
Table des matières
Spécialité : MSCS M1
Parcours : UE obligatoire
MSCS37 – Collections et Musées de France
Responsable(s) : Amandine Péquignot
Organisation de l’UE :
Semestre
1
ECTS
3
CM (h)
24
TD (h)
6
TP (h)
0
Nb de
semaines
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
Cette UE a pour objectifs la connaissance des grands principes de la protection des biens culturels en France à
travers l’étude approfondie des différents textes réglementaires et législatifs dont notamment le Code du
Patrimoine (2004) et son Livre IV. La manipulation des textes et leur appropriation seront également facilitées
par le traitement d’exemples précis et de faits d’actualité, et la mise en place de jeux de rôles.
L’application de ces textes au sein des musées est abordée en M2 notamment par l’UE MSCS22 (Inventaire et
Gestion des collections) ; l’UE MSCS37 peut être un complément pour la préparation au concours de conservateur
PSTN (MSCS28).
Mots-clés :
Code du Patrimoine ; Protection des biens culturels ; Musée de France.
Compétences visées :
Connaissances des textes sur la protection des biens culturels et plus particulièrement les musées de France.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Contrôle continu + Examen final écrit
Contact(s) :
Amandine Péquignot ([email protected])
72
Table des matières
Spécialité : MSCS et/ou QP
Parcours : UE optionnelle
MSCS3-QP20 : Le projet culturel : de la collecte des vestiges archéologiques sur le terrain à leur présentation au
public
Responsable(s) : Jacqueline Leopold, maître de conférences au MNHN
Organisation de l’UE :
Semestre
3
ECTS
3
CM (h)
18
TD (h)
12
TP (h)
/
Nb de
semaines
1
Nb heures
par
semaine
1
Effectifs
maximum
16
Objectifs de l’UE :
L'objectif est d'aborder les différentes étapes existantes depuis la collecte des vestiges sur le terrain jusqu'à leur
présentation au public au sein d'une structure muséale.
Mots-clés :
législation et gestion du patrimoine archéologique et des musées, modes de collecte; inventaire et récolement,
conservation préventive et restauration, mise en exposition
Compétences visées :
Formation professionnalisante à destination des personnes qui souhaitent s'orienter vers les métiers des musées
et plus particulièrement ceux relatifs au patrimoine archéologique
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Examen écrit et participation orale
Contact(s) :
Jacqueline Léopold ([email protected])
73
Table des matières
Spécialité : MSCS M2
Parcours : UE obligatoire
MSCS4 : introduction aux approches patrimoniales II : situations régionales, idéologies et muséologie, aspects
économiques et juridiques
Responsable(s) : Dominique Guillaud
Organisation de l’UE :
Semestre
3
ECTS
3
CM (h)
21
TD (h)
6
TP (h)
3
Nb de
semaines
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
Dans l’esprit de l’Observatoire des patrimoines de SU (OPUS), et à la suite du module de M1, ce module explicite
les contextes et mécanismes de la construction patrimoniale dans différentes régions du monde (présentations
par des spécialistes du domaine pour l’Afrique du Sud, l’Asie du Sud-Est insulaire, le Brésil), et évoque quelquesunes de ses implications dans des domaines tels que l’archéologie et la muséologie. Il se conclut par une réflexion
sur les dimensions économiques et juridiques liées en particulier à la patrimonialisation de la nature.
Mots-clés :
heritage studies, populations locales, identités, archéologie, écomusées, CDB, Nagoya, propriété intellectuelle.
Compétences visées :
Compréhension des phénomènes de patrimonialisation dans le monde, de leurs enjeux disciplinaires et de leurs
dimensions éthiques et juridiques.
Pré-Requis :
Compréhension de l’anglais
Mode de validation :
Mémoire, soutenance orale
Contact(s) :
[email protected]
74
Table des matières
Spécialité : MSCS M2
Parcours : UE obligatoire
MSCS22 : Gestion et Inventaire des collections
Responsable(s) : Amandine Péquignot
Organisation de l’UE :
Semestre
3
ECTS
3
CM (h)
24
TD (h)
3
TP (h)
3
Nb de
semaines
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
Cette UE aborde les grands domaines liés à la gestion des collections entre autres : l’inventaire et le
récolement ainsi que les normes de marquage, la documentation et les bases de données associées, le
conditionnement des objets, l’élaboration d’un chantier de collection, l’aménagement de réserves, la toxicité des
collections...
Mots-clés :
Patrimoine ; Gestion ; Marquage ; Inventaire et Récolement
Compétences visées :
Connaissances et mise en pratique des principes de gestion du patrimoine au regard de la législation française, et
les conséquences.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Contrôle continu + Examen final écrit
Contact(s) :
Amandine Péquignot ([email protected])
75
Table des matières
Spécialité : MSCS M2
Parcours : UE obligatoire
MSCS23 : Mise en scène du patrimoine dans les pays du sud
Responsable(s) : Yves Girault et Pascale de Robert
Organisation de l’UE :
Semestre
3
ECTS
3
CM (h)
30 h
TD (h)
0
TP (h)
0
Nb de
semaines
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
Organisé comme un séminaire, ce cours permet de rencontrer des chercheurs invités ici à présenter leurs
expériences de valorisation des patrimoines dits « du Sud » menées dans des contextes écologiques, politiques,
économiques et sociaux très différents.
Organisé en 4 journées thématiques :
- Muséologie participative : histoire, enjeux, pratiques
- Populations locales face aux musées: diversité des stratégies
- Patrimoine archéologique et objets ethnographiques en débat
- Usages du musée par les états
Mots-clés :
Muséologie participative – Enjeux du patrimoine - Stratégies locales – Pluridisciplinarité
Compétences visées :
Approches pluridiciplinaires ou/et participatives de la muséologie
Analyse critique d’expositions et muséologies en contexte post-colonial
Contextes (politique, scientifique, économique) de la mise en scène patrimoniale « Sud »
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Mémoire à rédiger à partir d’une des séances du cours
Contact(s) :
[email protected] et [email protected]
76
Table des matières
Spécialité : MSCS M2
Parcours : UE obligatoire
MSCS24 : Les métiers de l’exposition
Responsable(s) : Jean-Guy Michard
Organisation de l’UE :
Semestre
3
ECTS
3
CM (h)
27
TD (h)
0
TP (h)
0
Nb de
semaines
9
Nb heures
par
semaine
3
Effectifs
maximum
16
Objectifs de l’UE :
Cet enseignement vise à donner à ceux qui se destinent à la recherche et aux métiers de la culture scientifique, au
sein de structures de diffusion, les connaissances nécessaires à la conduite d’un projet. Pour cela les étudiants
rencontreront des professionnels du secteur et devront explorer les documents de travail qu’ils auront peut être
eux-mêmes à réaliser un jour, approfondissant ainsi les connaissances acquises en première année.
Mots-clés :
Professionnels de l’exposition
Compétences visées :
Connaissance de différents metiers très en lien avec les musées et les expositions : scénographe, graphiste,
programmiste, concepteur éclairages, droit de l’image, gestion d’un espace culturel, chef de projet, coordinateur
d’exposition
Pré-Requis :
Avoir suivi le MSCS 7 “Méthodologie de la mise en exposition des sciences”
Mode de validation :
Examen final écrit
Contact(s) :
Jean-Guy Michard ([email protected])
77
Table des matières
Spécialité : Muséologie : Science, Cultures et Société (MSCS) M2
Parcours : UE optionnelle
MSCS26 :Séminaire de recherche : Questions d'actualité en muséologie
Responsable(s) : Yves Girault, MNHN et François Mairesse, Paris 3
Organisation de l’UE :
Semestre
3
ECTS
3
CM (h)
3
TD (h)
6
TP (h)
0
Nb de
semaines
8
Nb heures
par
semaine
3
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
Ce séminaire commun à deux formations niveau a pour objet de permettre aux étudiants de se familiariser aux
principales thématiques de recherche en muséologie et aux équipes de recherche françaises et internationales.
Mots-clés :
Etude de publics, exposition, gestion, médiation, musée, numérisation, patrimoine, professionnalisation, PUR, PUS
Compétences visées :
Comprendre un article de recherche y compris écrit en anglais
Savoir formuler une problématique
Savoir présenter une revue de la bibliographie
Savoir faire un résumé d’un article
Savoir analyser un article
Pré-Requis :
Lecture de l'anglais
Mode de validation :
Résumé et analyse d’un article (Note sur 40) ; Co-animation d’une séance de séminaire (Note sur 20) ; Contrôle
continu (Note sur 20)
Contact(s) :
[email protected] et [email protected]
78
Table des matières
Spécialité : MSCS M2
Parcours : UE optionnelle
MSCS27 : Mise en exposition 3D
Responsable(s) : Fabienne Galangau-Quérat, Jean-Guy Michard
Organisation de l’UE :
Semestre
3
ECTS
6
CM (h)
15
TD (h)
0
TP (h)
45
Nb de
semaines
12
Nb heures
par
semaine
variable
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
Cet enseignement optionnel prolonge le MSCS 7 (Méthodologie de la mise en exposition des sciences proposé en
M1). Il est destiné aux étudiants se destinant plus particulièrement aux métiers de la mise en exposition. Son
objectif est de confronter les étudiants aux impératifs de mise en espace d’une exposition scientifique et
patrimoniale, avec la réalisation d’une maquette d’exposition en volume. Le travail des volumes, des ambiances,
des flux de visiteurs, de la répartition des expôts en fonction du découpage de la trame narrative est l’objectif
principal. Ce cours sous forme exclusive de TP est une mise en application directe des enseignements
fondamentaux et pratiques dispensés pendant les deux années de master ; il constitue un projet et une synthèse
de fin d’études dans ce domaine, à l’image des projets rendus dans les écoles d’architectes et se rapproche donc
d’un travail de scénographie sans prétendre à transformer les étudiants en scénographe mais bien en
muséographe. Plus que le savoir-faire de maquettisme (les réalisations sont toutefois très soignées), ici c’est la
démarche conceptuelle des étudiants qui est prise en compte et l’aptitude à travailler en groupe.
Mots-clés :
exposition, conception, espace, flux, ambiances, maquette
Compétences visées :
A partir d’un synopsis, travailler la mise en espace d’une exposition en respectant toutes les contraintes
muséographiques et de sécurité.
Pré-Requis :
Avoir suivi les enseignements MSCS 7, MSCS 24, MSCS 6.
Mode de validation :
Examen oral de presentation du projet sur maquette
Contact(s) :
Fabienne Galangau-Quérat ([email protected]) et Jean Guy Michard ([email protected])
79
Table des matières
Spécialité : MSCS M2
Parcours : UE optionnelle
MSCS28 : Préparation au concours de Conservateur Patrimoine Scientifique Technique et Naturel et d’Assistant de
conservation
Responsable(s) : Fabienne Galangau-Quérat
Organisation de l’UE :
Semestre
3
ECTS
CM (h)
6
TD (h)
60
TP (h)
Nb de
semaines
Nb heures
par
semaine
10
Effectifs
maximum
10
Objectifs de l’UE :
Cet enseignement a pour objectif de fournir à des étudiants possédant une formation solide en sciences de la
nature, les compléments nécessaires à la participation aux épreuves du concours de Conservateur du Patrimoine
scientifique, technique et naturel et aux épreuves d’Assistant de conservation. Il s’agit donc de présentations
théoriques sur ces concours et de travaux dirigés et pratiques. (Techniques de la dissertation, techniques
d'analyses de documents et d'images, techniques de synthèse de textes scientifiques et de vulgarisation, l’oral du
concours).
Mots-clés :
Le patrimoine naturel, scientifique et technique, Dissertation, analyse de documents, écrit, oral
Compétences visées :
Acquisition des techniques nécessaires pour la réussite des concours de la fonction publique.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
contrôle continu, devoirs sur table
Contact(s) :
[email protected]
[email protected]
[email protected]
80
Table des matières
Spécialité : MSCS M2
Parcours : UE obligatoire
MSCS29 : Conservation-restauration des collections
Responsable(s) : Amandine Péquignot
Organisation de l’UE :
Semestre
3
ECTS
3
CM (h)
30
TD (h)
0
TP (h)
0
Nb de
semaines
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
Cette UE a pour objectifs l’acquisition des principes internationaux en matière de conservation-restauration des
biens culturels en abordant les différents facteurs et processus de dégradation, les actions à mener en termes de
conservations préventive et curative, l'histoire et la déontologie de la conservation-restauration, le rôle de la
science dans le domaine de la conservation, et la mise en pratique avec la réalisation d'un constat d'état d'œuvre.
Mots-clés :
Conservation-Restauration ; Histoire ; Science du Patrimoine ; Conservation préventive et curative ; Déontologie ;
Constat d'état
Compétences visées :
Connaissances et mise en pratique des principes de conservation-restauration
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Contrôle continu + Examen final écrit
Contact(s) :
Amandine Péquignot ([email protected])
81
Table des matières
Spécialité : MSCS M2
Parcours : UE optionnelle
MSCS30 : Immersion professionnelle
Responsable(s) : Jean-Guy Michard –Sophie-Eve Valentin-Joly
Organisation de l’UE :
Semestre
3
ECTS
3
CM (h)
6
TD (h)
0
TP (h)
24
Nb de
semaines
1
Nb heures
par
semaine
35
Effectifs
maximum
12
Objectifs de l’UE :
Cette unité d’enseignement est destine à de futurs responsables de structures muséales, médiateurs et
concepteurs d’exposition. Il vise en effet à immerger les étudiant dans la réalité du musée et de ses visiteurs pour
leur faire comprendre la diversité et la complexité de leurs attentes. Pour cela, les étudiants, sous la direction de la
responsable du pôle « accueil des publics », assistent les agents d’accueil dans diverses tâches : accueil, aide à
l’orientation, découverte de lieux méconnus, gestion de l’attente dans files, aide à la préparation d’achat de billets,
informations sur les expositions en cours, sensibilisation à l’aspect patrimonial des collections présentées (y
compris animales et végétales vivantes), recueil de l’avis de visiteurs…
Mots-clés :
Public, visite, accueil
Compétences visées :
Comprendre les préoccupations pratiques des visiteurs lors de leur visite des sites du Muséum et savoir y
répondre.
Pré-Requis :
Avoir suivi le master 1 MSCS du Muséum.
Mode de validation :
Restitution finale des actions sous forme d’oral
Contact(s) :
Sophie-Eve Valentin-Joly ([email protected]) et Jean-Guy Michard ([email protected] )
82
Table des matières
Spécialité : MSCS M2
Parcours : UE obligatoire
MSCS 33 – Etude des publics : théories et enjeux
Responsable(s) : Mélanie Roustan
Organisation de l’UE :
Semestre
3
ECTS
3
CM (h)
30
TD (h)
0
TP (h)
0
Nb de
semaines
12
Nb heures
par
semaine
variable
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
Fournir un panorama des études de publics au musée, en tant que domaine professionnel et en tant que champ
scientifique. Il s’agira de comprendre les origines institutionnelles et académiques des enquêtes menées auprès
des visiteurs de musée, de s’intéresser à la diversité de leurs orientations scientifiques, mais aussi aux enjeux
stratégiques qu’elles représentent en termes de politiques d’établissement.
Mots-clés :
Muséologie – Etude des publics – Théories – Evaluation – Réception
Compétences visées :
Savoirs : généalogie et enjeux théoriques des études de publics, usages institutionnels
Savoir-faire : lecture critique de textes scientifiques, analyse et synthèse
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Contrôle continu
Contact(s) :
Mélanie Roustan ([email protected])
83
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : MVE - M1
MVE2 - Introduction à la biodiversité des microorganismes
Responsable(s) : Delphine Depoix & Alyssa Carré-Mlouka (MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
3
24
3
3
10
Nb heures
par
semaine
3
Effectifs
maximum
18
Objectifs de l’UE :
Ce module a pour objectif de présenter la taxinomie et la biologie des principaux groupes de micro-organismes, en
rapport avec leur écosystème.
Mots-clés :
Microorganismes procaryotes et eucaryotes, biodiversité, environement, écosystèmes.
Compétences visées :
Vision globale de la diversité du monde microbien et des techniques d'identification et d'étude adaptées à chaque
groupe de mico-organismes.
Pré-Requis :
Notions de biochimie, biologie cellulaire et biologie moléculaire de niveau L3.
Mode de validation :
Examen écrit portant sur l’ensemble des cours et conférences (80% de la note finale), compte-rendus de TP (20%
de la note finale).
Contact(s) :
D. Depoix – Tel : 01 40 79 35 11 – Email : [email protected]
A. Carré – Tel : 01 40 79 31 32 – Email : [email protected]
84
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : MVE - M1
MVE3 - Régulations hormonales et grandes fonctions en Physiologie comparée
Responsable(s) : Hervé Tostivint & Amaury de Luze (MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
3
30
0
0
10
Nb heures
par
semaine
3
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
L'objectif de l'enseignement proposé est de présenter les mécanismes de contrôle des grandes fonctions chez
lesvertébrés, en montrant, par une approche comparée, leur unité et leur diversité. L'accent sera mis sur le rôle
joué par les hormones dans la régulation de ces fonctions chez l'adulte ainsi que dans leur mise en place au cours
du développement embryonnaire et post-embryonnaire.
Cet enseignement est un préalable indispensable pour comprendre l'action perturbatrice des facteurs de
l’environnement sur le contrôle des fonctions normales des organismes.
Mots-clés :
Physiologie Comparée, Endocrinologie, Reproduction, Croissance, Métabolisme, Stress.
Compétences visées :
Maîtriser les bases du fonctionnement normal des organismes afin de pouvoir étudier leur perturbation par les
facteurs de l'environnement.
Pré-Requis :
Bases de biochimie, biologie moléculaire et cellulaire et physiologie animale.
Mode de validation :
Session 1:
-présentation orale d'un article (50%)
-Examen écrit (50%)
Session 2:
-interrogation orale
Contact(s) :
Hervé Tostivint: [email protected], 01 40 79 36 19
Amaury de Luze: [email protected], 01 40 79 36 08
85
Table des matières
Spécialité : MVE-EBE
Parcours : MVE - EBE - M1
MVE4 - Des gènes aux écosystèmes
Responsable(s) : Delphine Depoix, Manuela Lopez, Emmanuelle Porcher (MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
6
42
9
9
10
Nb heures
par
semaine
6
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
Rien n’a de sens en biologie, si ce n’est à la lumière de l’évolution » (Dobzhansky, 1970).
L’objectif général de ce cours est de présenter les mécanismes qui contrôlent l’évolution des populations, face
notamment aux changements de leur environnement. L’enseignement porte particulièrement sur les apports de la
génétique et de la génomique pour comprendre les relations entre les organismes et leur environnement physique
et biologique (interactions entre espèces). Ces thèmes, qui sont l’objet d’étude de l’écologie évolutive, seront
illustrés par des exemples issus de l’ensemble du monde vivant.
Mots-clés :
Génétique des populations, diversité génétique, écologie évolutive, fonctionnement des écosystèmes.
Compétences visées :
Savoir lire le fonctionnement des écosystèmes à la lumière de l'écologie évolutive.
Pré-Requis :
Licence de Biologie des Organismes et des Populations, ou Biologie cellulaire et moléculaire.
Mode de validation :
Contrôle continu (comptes-rendus de TP) ;
examen écrit final.
Contact(s) :
Delphine Depoix: [email protected]
Emmanuelle Porcher: [email protected]
86
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : MVE - M1
MVE5 - Diversité et biologie fonctionnelle des microorganismes
Responsable(s) : Delphine Depoix & Séverine Zirah (MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
6
38
0
22
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
Le module MVE5 fait suite au module MVE2 et permet d'approfondir la diversité des microorganismes eucaryotes
et d'appréhender la biologie fonctionnelle des microorganismes procaryotes dans leurs écosystèmes.
Mots-clés :
Microorganismes procaryotes et eucaryotes, biodiversité, biologie fonctionnelle.
Compétences visées :
Acquérir les connaissances et compétences nécessaires à l'identification des microorganismes.
Appréhender la diversité taxonomique et fonctionnelle des microorganismes.
Pré-Requis :
Notions de biochimie, biologie cellulaire et biologie moléculaire de niveau L3.
Mode de validation :
Examen écrit portant sur l’ensemble des cours et conférences (80% de la note finale), compte-rendus de TP (20%
de la note finale).
Contact(s) :
Delphine Depoix, [email protected], 01-40-79-35-11
Séverine Zirah, [email protected], 01-40-79-31-40
87
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : MVE - M1
MVE6 - Molécules de défense et de communication des microorganismes
Responsable(s) : Séverine Zirah & Soizic Prado (MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
18
3
5
1
Nb heures
par
semaine
26
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
Comprendre les mécanismes moléculaires de défense et de communication des microorganismes. Explorer la
diversité moléculaire des métabolites secondaires bactériens.
Mots-clés :
Métabolites secondaires, antibiotiques, peptides antimicrobiens, toxines, facteurs de virulence, quorum sensing,
molécules de réponse au stress.
Compétences visées :
Connaitre les grandes familles de métabolites secondaires microbiens et leurs mécanismes d'action.
Analyser et interpréter un extrait d'article scientifique. Réaliser et interpréter des tests antimicrobiens.
Pré-Requis :
Notions de biochimie (licence de biologie, biochimie ou chimie).
Mode de validation :
80% examen écrit portant sur l’ensemble des cours et conférences + 20% notes de compte-rendu de TP commun
à MVE5-ECUE2 et MVE6.
Contact(s) :
Séverine Zirah, Tél : 01 40 79 31 40, Email : [email protected]
Soizic Prado, Tél : 01 40 79 31 19, Email : [email protected]
88
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : MVE - M1
MVE7 - Réponses aux toxiques des organismes et des populations
Responsable(s) : Katia Comte & Simone Puiseux-Dao (MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
30
0
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
Présentation des contaminants (y compris émergents) d'origine anthropique et leurs effets à différentes échelles
d'observation : molécules, cellules, populations, écosystème. Un volet portera sur l’évaluation et l’analyse des
risques, les réglementations en cours et les modèles de biosurveillance avec des interventions de partenaires
socio-économiques ou d’agences d’évaluation des risques.
Mots-clés :
Contaminants - pollutions environnementales - effets toxique s- évaluation des risques - devenir des polluants
dans les ecosystemes - Règlementation.
Compétences visées :
Bases fondamentales à l'écotoxicologie. Approche pluridisciplinaire de la connaissance et mode d'action des
contaminants (naturels et anthropiques) en milieux aquatiques et terrestres ; évaluation et gestion des risques
liés à ces polluants.
Pré-Requis :
Aucun.
Mode de validation :
Ecrit 3h (analyse d'articles).
Contact(s) :
[email protected]
89
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : MVE - M1
MVE8 - Démarche en pharmacologie : de la molécule à la clinique
Responsable(s) : Soizic Prado (MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
17
9
0
1
Nb heures
par
semaine
26
Effectifs
maximum
16
Objectifs de l’UE :
L’objectif de cette UE est de donner aux étudiants une démarche rationnelle aujourd’hui indispensable au
développement de nouveaux médicaments à partir de molécules naturelles. Sur le plan théorique, cette UE vise à
former les étudiants aux méthodes de sélection d’agents thérapeutiques, à leur conception et à l’isolement des
molécules bioactives ainsi qu’à leur analyse et à leur optimisation chimique ou biologique pour permettre ensuite
leur développement préclinique puis clinique.
Mots-clés :
Substances naturelles, ethnopharmacologie,
médicament, criblage haut débit.
pharmacochimie,
métabolites
secondaires,
pharmacologie,
Compétences visées :
-Connaissances des méthodes de sélection de sources de molécules naturelles,
-Initiation aux techniques de purification des molécules naturelles,
-Introduction aux différentes méthodes spectroscopiques utilisées en analyse structurale,
-Introduction à la pharmacochimie et au criblage haut débi.t
Pré-Requis :
Licence L3.
Mode de validation :
Une analyse d’articles et un examen final sur table sanctionnera la validation des acquis.
Contact(s) :
Soizic Prado, [email protected], Tel 01.40.79.31.19
90
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : MVE - M1
MVE9 - Bases moléculaires des interactions environnement/grandes fonctions
Responsable(s) : Marie-Stéphanie Clerget-Froidevaux & Amaury de Luze (MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
24
6
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
L’objectif de l’enseignement proposé est double : tout d’abord présenter les bases cellulaires et moléculaires de
l’action des hormones dans le contrôle des grandes fonctions ; ensuite montrer comment divers facteurs de
l’environnement (physiques ou chimiques) sont susceptibles de moduler voire perturber ces fonctions, par leur
interaction avec certaines hormones, leurs récepteurs ou les voies de signalisation qu’elles contrôlent.
Cet enseignement constitue la suite logique du module MVE3.
Mots-clés :
Récepteurs, voies de signalisation, transduction, signal hormonal, perturbateurs endocriniens, stress,
reproduction, croissance, métabolisme.
Compétences visées :
Comprendre les voies d'adaptation de l'organisme à son milieu. Connaitre les mécanismes d'action des
perturbateurs endocriniens et les différents niveaux des voies hormonales sur lesquelles ils peuvent agir et
induire des modifications de l'homéostasie de l'organisme.
Pré-Requis :
MVE3.
Mode de validation :
Présentation orale (analyse d'articles) et examen écrit de connaissances.
Contact(s) :
Marie Stéphanie Clerget-Froidevaux, tel: 01 40 79 36 20, mail : [email protected]
Amaury de Luze, tel : 01 40 79 36 08, mail : [email protected]
91
Table des matières
Spécialité : MVE-SEP
Parcours : MVE - SEP - M1
MVE10 - Biominéralisations
Responsable(s) : Stéphanie Auzoux Bordenave (UPMC), Marc de Rafélis (UPMC) & Nadia Améziane (MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
6
26
0
34
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
16
Objectifs de l’UE :
Montrer les interactions entre le "milieu" vivant et son environnement physico-chimique à travers les éléments
minéraux (calcium, silice …) et leurs associations moléculaires rencontrées dans les organismes. Les processus
biologiques/physico-chimiques de l'incorporation des éléments minéraux dans les matrices biologiques
cellulaires et extra cellulaires des animaux comme des végétaux seront spécialement abordés, à l’échelle de
l’organisme.
Mots-clés :
Squelette, calcification, carbonate de calcium, silice, biominéral, interface minéral-organique, matrice
minéralisable, paléobiologie, diagenèse.
Compétences visées :
- appréhender la diversité et l’unité des formations bio-minérales grâce a des démonstrations pratiques sur
différentes espèces communes de nos côtes.
- caractériser les composants organiques et minéraux du squelette à l'aide de techniques variées.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Ecrit (/40), contrôle continu (/30), compte rendu de TP (/30).
Contact(s) :
Stéphanie Auzoux-Bordenave, [email protected], Tél : 02.98.50.42.88,
Marc de Rafélis, [email protected], Nadia Ameziane, [email protected], Tél : 02.98.50.42.80
92
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : MVE - M1
MVE11- Animaux sentinelles – Détection de Toxines / Toxiques / Perturbateurs en écotox
Responsable(s) : Marie Stéphanie Clerget-Froidevaux & Amaury de Luze (MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
12
3
20
1
Nb heures
par
semaine
35
Effectifs
maximum
10
Objectifs de l’UE :
Cet enseignement a pour but de permettre aux étudiants de se familiariser aux diverses approches expérimentales
en écotoxicologie (tests biologiques, outils analytiques), réalisées en condition de laboratoire sur trois modèles
animaux (poissons, amphibiens et mammifères). Cet enseignement abordera par des exemples concrets, les
besoins et les potentialités de valorisation offertes grâce à l’utilisation d’approches moléculaires (transgenèse
germinale et somatique). Les outils d’imagerie seront abordés par l'utilisation de logiciels d’imagerie appliqués à
l'analyse de l’impact sur ces modèles animaux de perturbateurs endocriniens, de déchets chimiques, de polluants
et de toxines.
Mots-clés :
Détection, ecotoxicologie, modèles animaux, transgenèse somatique et germinale,perturbateurs endocriniens,
toxines-toxiques, régulation transcription.
Compétences visées :
Connaitre et utiliser les outils de détection in vivo de toxines, toxiques et perturbateurs endocriniens à l'aide de
modèles animaux ; connaissances des outils d'imagerie.
Pré-Requis :
MVE3.
Mode de validation :
Contrôle écrit des acquis en fin de semaine.
Contact(s) :
Marie Stéphanie Clerget-Froidevaux, tel: 01 40 79 36 20, mail : [email protected]
Amaury de Luze, tel : 01 40 79 36 08, mail : [email protected]
93
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : MVE - M1
MVE12 - Biologie in silico
Responsable(s) : Loic Ponger (MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
0
30
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
12
Objectifs de l’UE :
L'objectif de ce module est d'initier les étudiants à la bioinformatique. Le module présente l'algorithmie et l'usage
des principaux outils associés à l'analyse des séquences nucléiques et protéiques. Le module doit permettre aux
étudiants d'être autonome pour faire des analyses simples, allant de la recherche de séquences dans les bases de
données à la construction d'arbres phylogénétiques.
Mots-clés :
Bioinformatique, analyse de séquences nucléiques ou protéiques, alignement, phylogénie, recherche de motifs.
Compétences visées :
Maitriser les concepts et méthodes liées à l'analyse in silico des séquences nucléiques et protéiques.
Pré-Requis :
Connaître les bases de la biologie moléculaire (gènes, protéines, promoteurs, ...) et de l'usage d'un ordinateur.
Mode de validation :
Rapport basé sur une étude de cas.
Contact(s) :
Loïc Ponger : [email protected]
94
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : MVE - M1
MVE13 - Approches comparatives, in vivo et in silico, des régulations transcriptionnelles
Responsable(s) : Laurent Coen & Nicolas Buisine (MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
6
0
24
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
8
Objectifs de l’UE :
L'objectif est de permettre aux étudiants d’aborder l'étude de la régulation transcriptionnelle par des approches
comparatives et multidisciplinaires : analyses bioinformatique (approche in silico) et fonctionnelle (approche in
vivo). Au cours de cette semaine, les étudiants apprendront à utiliser un certain nombre d’outils bioinformatiques
pour analyser la séquence promotrice d’un gène, prédire des éléments putatifs impliqués dans la régulation
transcriptionnelle. Ils devront par la suite valider ou invalider expérimentalement leurs hypothèses, dans deux
modèles animaux (mammifère et amphibien). Cela permettra en outre d’aborder les notions de régulation positive
et négative de la transcription par une hormone.
Mots-clés :
Bioinformatique, Génomique comparée, Régulation transcriptionnelle, Analyses in silico, Analyses in vivo.
Compétences visées :
- Approches comparées, structurales et fonctionnelles,
- Intégration de données génomiques et expérimentales.
Pré-Requis :
Aucun pré-requis n'est exigé pour suivre cette unité d'enseignement.
Mode de validation :
- Investissement/participation + présentation orale des résultats en fin de semaine
- Compte rendu écrit remis en fin de semaine.
Contact(s) :
[email protected], [email protected],
Laboratoire Evolution des Régulations Endocriniennes - UMR CNRS 7221
Muséum National D'Histoire Naturelle
7 rue Cuvier - CP32, 75231 Paris Cedex 5
95
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : MVE - M1 - M2
MVE14 - Vidéo microscopie, microscopie confocale et imagerie numérique (MICIN)
Responsable(s) : Marc Geze
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
8
6
16
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
18
Objectifs de l’UE :
Le contenu de ce module est essentiellement une approche pratique des outils et méthodes permettant la
visualisation des structures et compartiments cellulaires par microscopie de fluorescence.Une série de cours leur
permettra d’acquérir les notions de bases du domaine.
Au centre de microscopie ils réaliseront différents marquages d’échantillons biologiques (cellules en
culture),observeront différentes préparations sur deux microscopes à fluorescence (champ large avec acquisition
multi-dimentionnelle et confocal) et participeront à l'acquisition des images en 2D et 3D. En salle informatique ils
réaliseront le traitement (y compris la déconvolution)et l’analyse des images avec des logiciels libres sous Linux.
Mots-clés :
Microscopie photonique,Confocal, Fluorescence, Déconvolution, Traitement et analyse d'images, Imagerie
cellulaire.
Compétences visées :
Cet atelier a pour objectif de donner des bases de microscopie de fluorescence et des notions d'imagerie
numérique. Il sera montré,à partir d'exemples, l'ensemble de la chaîne d'acquisition, de traitement et d'analyse
d'images qui va de la préparation d'échantillons biologiques jusqu'au processus.
Pré-Requis :
Aucun pré-requis n'est exigé pour suivre cette unité d'enseignement.
Mode de validation :
Ce module sera évalué par un examen écrit (2 heures) et un rapport écrit à rendre ultérieurement.
Contact(s) :
Marc GEZE, Maître de Conférences
Mel : [email protected]
96
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : MVE - M1
MVE15 - Stage
Responsable(s) : Alyssa Carré-Mlouka (MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
9
0
0
0
7
Nb heures
par
semaine
35
Effectifs
maximum
18
Objectifs de l’UE :
Une série de cours leur permettra d’acquérir les notions de bases du domaine.
Mots-clés :
Stage pratique.
Compétences visées :
Stage pratique dans un laboratoire de recherche ou de R&D d’établissements publics à caractère scientifique et
technologique (ex. CNRS, INRA, IRSTEA, Universités), d’établissements publics à caractère administratif (ex.
ANSES, ONEMA) ou d’entreprises (ex. Véolia, EDF).
Pré-Requis :
Etudiants ayant déjà une formation en biologie/biochimie/biologie moléculaire avec un intérêt pour
l'environnement, l'écotoxicologie, la microbiologie.
Mode de validation :
Rapport écrit et soutenance orale du stage.
Contact(s) :
Alyssa Carré-Mlouka, [email protected]
97
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé
MVE20 - Biodiversité et Ecologie fonctionnelle des microorganismes
Responsable(s) : Isabelle Florent (MNHN) & Julie Leloup (UPMC)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
0
12
0
2
Nb heures
par
semaine
60
Effectifs
maximum
18
Objectifs de l’UE :
Ce module a pour objectifs de présenter une vision globale des microorganismes sur les plans taxinomique,
structural et écologique : archées, bactéries, cyanobactéries et grands phyla eucaryotes (e.g. protistes,
champignons). Les cours porteront sur la diversité moléculaire et fonctionnelle de ces microorganismes ainsi que
sur leurs rôles dans le fonctionnement des écosystèmes et les cycles bio-géochimiques à différentes échelles.
Mots-clés :
Diversité microbienne, Eucaryotes et Procaryotes, taxinomie, milieux aquatique et terrestre
Compétences visées :
Vision globale de la diversité des microorganismes – notions de taxonomie. Répartition des microorganismes dans
les écosystèmes, interactions biotiques et abiotiques, rôle dans le fonctionnement des écosystèmes
Pré-Requis :
Biologie des organismes, grands domaines du vivant, biologie cellulaire, procaryotes, eucaryotes, notions
d’écosystèmes.
Mode de validation :
Examen écrit (40% de la note) et présentation orale d'une analyse scientifique de 2 à 3 articles (60% de la note).
Contact(s) :
[email protected]& [email protected]
98
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé
MVE21 - Caractérisation, rôle et valorisation des molécules microbiennes
Responsable(s) : Soizic Prado & Séverine Zirah (MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
0
9
3
2
Nb heures
par
semaine
60
Effectifs
maximum
18
Objectifs de l’UE :
Ce module s’articule autour d’un volet « molécules microbiennes » portant sur la diversité des métabolites
secondaires d’origine microbienne (antibiotiques, peptides antimicrobiens, toxines) et sur le criblage et la
valorisation de ces composés, et un volet méthodologique dédié aux techniques d’isolement et de caractérisation
structurale (méthodes chromatographiques, spectrométrie de masse résonance magnétique nucléaire).
Mots-clés :
Chimie, métabolites secondaires, écologie chimique, valorisations, méthodes spectroscopiques.
Compétences visées :
- Molécules microbiennes et applications environnementales
- Méthodes d’isolement et de caractérisation structurale des médiateurs chimiques
- Substances naturelles, découverte et applications thérapeutiques
- Écologie chimique, communication et compétitions microbiennes
Pré-Requis :
Master 1 de Chimie, Biochimie ou Biologie.
Mode de validation :
Un examen final sur table sanctionnera la validation des acquis (sans document).
Contact(s) :
Séverine Zirahl : [email protected]
& Soizic Prado : [email protected]
99
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé
MVE22- Génomique Environnementale et Applications Biotechnologiques (GENOTECH)
Responsable(s) : Raphaël LAMI, Maître de Conférences UPMC, Observatoire de Banyuls/Mer
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
0
15
15
2
Nb heures
par
semaine
60
Effectifs
maximum
18
Objectifs de l’UE :
Les approches récentes et haut débit d'analyse de la diversité spécifique et fonctionnelle des microorganismes de
l'environnement est au coeur de nombreux enjeux de recherches fondamentales et appliquées. Dans cette unité
d'enseignement, nous proposons de passer en revue ces outils, leurs méthodes d'applications, et leurs intérêts
pour comprendre la place des microorganismes dans leur environnement: pyroséquençage, métagénomique,
approches bioinformatiques et phylogénétiques pour l'analyse de ces importants jeux de données. Dans une
deuxième étape, nous proposons d'examiner les perspectives d'applications biotechnologiques de ces outils dans
des laboratoires industriels.
Mots-clés :
Biodiversité microbienne
Génomique environnementale
Valorisation des microorganismes
UE de projet
Compétences visées :
Connaissance des approches moléculaires de la microbiologie environnementale et de leurs applications
biotechnologiques.
Pré-Requis :
Pas de pré-requis indispensable.
De bonnes bases en microbiologie et biologie moléculaire sont recommandées.
Mode de validation :
Examen écrit et examen oral, portant sur les cours/TD/TP proposés et par projet
Contact(s) :
Raphaël LAMI [email protected]
100
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé
MVE23 - Qualité des milieux aquatiques et risques microbiologiques (AQUAMICRO)
Responsable(s) : Joux Fabien (MC, UPMC)& Baudart Julia (MC, UMPC)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
0
15
20
2
Nb heures
par
semaine
60
Effectifs
maximum
18
Objectifs de l’UE :
Les milieux aquatiques sont soumis à la pression croissante des pollutions (microbiologiques et chimiques)
générées par les activités anthropiques. Ces pollutions ont de lourdes conséquences sur la qualité écologique du
système (eutrophisation), l’économie touristique (insalubrité, nuisances), les productions aquacoles (mortalités,
interdiction de ventes) et sur la santé humaine (présence de microorganismes opportunistes et pathogènes ou
prolifération d’algues toxiques). Cette unité d'enseignement aborde sous la forme d'ateliers pratiques les
thématiques du dysfonctionnement écologique, de la biodépollution, de l’écotoxicologie microbienne, ainsi que de
la qualité microbiologique des milieux aquatiques.
Mots-clés :
Eutrophisation, biodépollution et écotoxicologie microbiennes
Microorganismes pathogènes, opportunistes ou toxiques, milieux aquatiques
Compétences visées :
Former les étudiants sous la forme d'ateliers pratiques, aux techniques d’étude de la dégradation de polluants,
pour la détection de microorganismes d’intérêt sanitaire par des méthodes innovantes, ainsi qu'à des tests
microbiens écotoxicologiques
Pré-Requis :
Connaissances générales en microbiologie
Mode de validation :
Examen écrit (60 points) et compte rendu de TP (40 points).
Contact(s) :
Fabien Joux : [email protected]
& Julia Baudart: [email protected]
101
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé
MVE24 - Ecotoxicologie (ECOTOX)
Responsable(s) : Katia Comte & Cécile Bernard (MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
0
10
0
2
Nb heures
par
semaine
60
Effectifs
maximum
18
Objectifs de l’UE :
Présentation de la diversité de toxines naturelles produites par les organismes procaryotes et eucaryotes ainsi
que les contaminants liés aux activités humaines. Les effets à différentes échelles du vivant seront abordés
(molécules, cellules, organismes, populations, écosystèmes). Un volet portera sur l’évaluation et l’analyse des
risques, les réglementations en cours et les modèles de biosurveillance avec des interventions de partenaires
socio-économiques ou d’agences d’évaluation des risques.
Mots-clés :
Contaminants, toxines, venins, impacts cellulaires, moléculaires, organismes et écosystèmes, évaluation et gestion
des risques.
Compétences visées :
Aperçu de la multidisciplinarité dans le domaine écotoxicologique. Recherche fondamentale (niveaux
d'investigation) et appliquée (évaluation et gestion des risques)
Pré-Requis :
Aucun obligatoire
Mode de validation :
Ecrit (analyse d'articles + questions de cours) = 3h
Contact(s) :
Katia Comte : [email protected]
& Cécile Bernard : [email protected]
102
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé
MVE25 - Valorisation des travaux de recherche & Technologies du Vivant (VALO)
Responsable(s) : Hélène Salin (MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
0
6
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
18
Objectifs de l’UE :
Les objectifs sont:
- sensibiliser les étudiants à l'importance de valoriser les travaux de recherche;
- leur présenter les différentes possibilités de valorisation et les moyens disponibles pour mettre en œuvre de tels
projets (propriété intellectuelle, dépôt de brevets, transfert de technologie, création de start-up etc);
- leur faire découvrir le monde de l'entreprise lié aux technologies du Vivant et les débouchés professionnels
associés.
Mots-clés :
Valorisation de la recherche, propriété intellectuelle, technologies du vivant, création d'entreprises
Compétences visées :
Mettre en application lors de leur activité de recherche les notions abordées
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Travail personnel à rendre
Contact(s) :
Hélène SALIN : [email protected]
103
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé
MVE26 - Transfert de gènes in vivo (TRANSGEN)
Responsable(s) : Laurent Coen &
Marie-Stéphanie Clerget-Froidevaux (MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
0
6
21
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
18
Objectifs de l’UE :
L'objectif est de permettre aux étudiants d’aborder différents aspects de l'étude de la régulation
transcriptionnelle d'un gène par transfert de gènes in vivo.
Cette étude porte sur les régulations induites par les hormones thyroïdiennes en parallèle chez deux modèles
animaux, la souris (mammifère) et le xénope (amphibien). Nous analyserons, d’une part, l’implication des
hormones thyroïdiennes au cours de la métamorphose chez le têtard et, d’autre part, leur implication dans la mise
en place des régulations chez le nouveau-né de souris. Ces deux modèles nous permettront d’aborder les notions
de régulation positive et négative de la transcription par une hormone.
Mots-clés :
Transfert de gènes somatique in vivo, régulations transcriptionnelles,récepteurs nucléaires, ARN interférence,
hormones thyroidiennes, système intégré
Compétences visées :
Connaissance d'outils d'analyse des régulations transcriptionnelles induites par des hormones; notion de
mécanismes d'action des récepteurs nucléaires (notion de facteurs de transcription) et des autres facteurs
impliqués dans la machinerie transcriptionnelle.
Pré-Requis :
Aucun, une mise à niveau sur les notions nécessaires est faite le 1er jour
Mode de validation :
note de participation (note d'oral)
examen écrit : analyse de résultats semblables à ceux obtenus durant la semaine
Contact(s) :
Laurent COEN : [email protected]
& Marie-Stéphanie CLERGET-FROIDEVAUX : [email protected]
104
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé
MVE27 - MVE14 - Vidéo microscopie, microscopie confocale et imagerie numérique (MICIN)
Responsable(s) : Marc Gèze
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2,3
3
8
6
16
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
18
Objectifs de l’UE :
Le contenu de ce module est essentiellement une approche pratique des outils et méthodes permettant la
visualisation des structures et compartiments cellulaires par microscopie de fluorescence.
Une série de cours leur permettra d’acquérir les notions de bases du domaine.
Au centre de microscopie ils réaliseront différents marquages d’échantillons biologiques (cellules en
culture),observeront différentes préparations sur deux microscopes à fluorescence (champ large avec acquisition
multi-dimentionnelle et confocal) et participeront à l'acquisition des images en 2D et 3D. En salle informatique ils
réaliseront le traitement (y compris la déconvolution) et l’analyse des images avec des logiciels libres sous Linux
Mots-clés :
Microscopie photonique
Confocal
Fluorescence
Déconvolution
Traitement et analyse d'images
Imagerie cellulaire
Compétences visées :
Cet atelier a pour objectif de donner des bases de microscopie de fluorescence et des notions
d'imagerie numérique. Il sera montré,à partir d'exemples, l'ensemble de la chaîne d'acquisition, de traitement et
d'analyse d'images.
Pré-Requis :
Aucun pré-requis n'est exigé pour suivre cette unité d'enseignement.
Mode de validation :
Ce module sera évalué par un examen écrit (2 heures) et un rapport écrit à rendre ultérieurement
Contact(s) :
Marc Gèze : [email protected]
105
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé
MVE28 - Physiologie intégrative des microorganismes (PHYMICRO)
Responsable(s) : Raphaël Lami & Fabien Joux (UPMC)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
0
10
30
2
Nb heures
par
semaine
60
Effectifs
maximum
18
Objectifs de l’UE :
Après avoir exposé les différents intérêts d’étudier des modèles microbiens, nous présenterons les techniques de
transformation, inactivation de gènes, suivi de l’expression de gènes en continu ainsi que les approches de
transcriptomiques et de protéomiques. Ces techniques seront illustrées par différentes études à visée
biotechnologiques, écophysiologique, ou de bioremédiation. En deuxième partie de cette UE, nous aborderons les
mécanismes de la communication cellulaire et les voies de signalisation chez les microorganismes qui sont au
cœur de nombreuses problématiques de recherche en biologie cellulaire et dans les sciences de l'environnement
et possède de nombreux prolongements biotechnologiques.
Mots-clés :
Modèles microbiens, physiologie, communication cellulaire, voies de signalisation
Compétences visées :
Génétique microbienne, écophysiologie, applications biotechnologiques, bioremédiation
Pré-Requis :
Connaissances en microbiologie et génétique
Mode de validation :
Examen écrit (50 pts) / Examen oral (25 pts) / compte-rendu de TP (25 pts)
Contact(s) :
[email protected]& [email protected]
106
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé
MVE29 - Ecologie microbienne du Sol et biorémédiation (EMS)
Responsable(s) : Julie Leloup (UPMC)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
30
0
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
18
Objectifs de l’UE :
Cette UE est une introduction à l’écologie microbienne des écosystèmes terrestres. Les microorganismes jouent un
rôle essentiel dans le fonctionnement des écosystèmes en assurant une part importante de la production de
matière organique et du recyclage des éléments. Cette UE permet d’acquérir de solides connaissances sur la
biodiversité bactérienne dans les sols, le rôle fonctionnel de ces communautés dans le recyclage des nutriments et
dans le fonctionnement de l’écosystème, et les interactions fortes entre les différents compartiments des
écosystèmes terrestres (plantes, champignons, structure du sol et impacts des changements globaux).
Mots-clés :
Biodiversité microbienne terrestre
Impacts changements globaux
Biorémédiation
Interaction Procaryotes-Eucaryotes
Compétences visées :
connaissances sur la biodiversité bactérienne dans les sols, le rôle fonctionnel de ces communautés dans le
recyclage des nutriments et dans le fonctionnement de l’écosystème, et les interactions fortes entre les différents
compartiments des écosystèmes terrestres
Pré-Requis :
Aucun pré-requis n'est exigé pour suivre cette unité d'enseignement.
Mode de validation :
Examen écrit
Contact(s) :
Julie Leloup : [email protected]
107
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MES Microbiologie, Environnement, Santé & M2-MCT
MVE30 - Isolement et analyse structurale de biomolécules (ISABIO)
Responsable(s) : Soizic Prado & Séverine Zirah (MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
3
18
9
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
18
Objectifs de l’UE :
Ce module est consacré aux méthodes séparatives et spectroscopiques permettant l’isolement et la caractérisation
structurale de métabolites secondaires (petites molécules, peptides, protéines).
Mots-clés :
Méthodes séparatives, Méthodes spectrométriques, RMN, MS, Modélisation moléculaire, Caractérisation
structurale
Compétences visées :
- Apprentissage des différentes méthodes séparatives pour la purification de métabolites secondaires (petites
molécules, peptides)
-Analyses de traitement de données obtenues par spectrométries RMN et MS pour la caractérisation structurale
de métabolites secondaires
Pré-Requis :
Master 1 de Chimie, Biochimie ou Biologie.
Mode de validation :
Les participants présenteront à l’oral par binôme, en fin de formation, la description structurale d’un métabolite
secondaire ou d’un peptide à partir
Contact(s) :
Soizic prado : [email protected]& Séverine Zirah : [email protected]
108
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé
MVE31 - Principes de Bioinformatique Appliqués a l’Écologie Microbienne (PBEM)
Responsable(s) : Marcelino Suzuki (UPMC)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
12
18
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
Pour répondre au besoin d’analyse de l’immense quantité de donnés de séquences d'ADN produit par des
techniques de séquençage de nouvelle génération, et aussi pour appliquer ces donnes pour comprendre l’écologie
des microorganismes dans l’environnement, ce cours a comme objectifs d'initier les étudiants aux principes
fondamentaux de l'informatique (système basés sur UNIX, ‘shell’, scripts informatiques ...) et de l'analyse
bioinformatique (récupération de données, ‘parsing’, alignement et comparaison de séquences, analyse de
communautés … ) en se concentrant sur des outils les plus pertinents pour la microbiologie environnementale
Mots-clés :
Bioinformatique
Phylogenie
Ecologie des communautées
Sequençage de Nouvelle Generation
Scripting, UNIX, blast
Qiime, mothur, arb, phylip, Mr Bayes
Compétences visées :
Principes d’informatique, scripts
Alignement récupération et création de bases de données de séquences (arb)
Analyse de données rRNA par séquençage de nouvelle génération
Phylogénie (arb, Phylip Mr Bayes)
Analyse de communautés microbiennes (Qiime)
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Examen écrit
Contact(s) :
Marcelino Suzuki : [email protected]
& Sophie Sanchez Ferandin : [email protected]
109
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé
MVE32 - Risques microbiologiques naturels ou provoqués (RIMINAP)
Responsable(s) : Vincent Maréchal (UPMC)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
60
0
0
2
Nb heures
par
semaine
60
Effectifs
maximum
45
Objectifs de l’UE :
Présenter certains faits marquants concernant l'exposition des populations aux risques microbiens (maladies
émergentes, maladies infectieuses vectorielles, résistance aux antibiotiques, bioterrorisme etc.), les méthodes
d'analyse et de protection (politiques vaccinales, confinement des laboratoires, épidémiologie etc.)
Mots-clés :
Maladies émergentes, virus à transmission vectorielle, bactéries pathogènes, épidémiologie, biosécurité
Compétences visées :
Appréhender les risques microbiens dans leurs multiples dimensions, notamment sociétales, comprendre leur
dynamique et les approches d'évaluation du risque.
Pré-Requis :
Connaissances générales sur les micro-organismes pathogènes (virus, bactéries, parasites et champignons)
Mode de validation :
Examen rédactionnel sur question de cours + résumé d'une conférence
Contact(s) :
Vincent Maréchal : [email protected]
110
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé
MVE33 - Production de protéines recombinantes
Responsable(s) : Sylvie Collin (UPMC)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1,2
3
4
6,5
25,5
1
Nb heures
par
semaine
36
Effectifs
maximum
24
Objectifs de l’UE :
Les objectifs de cette unité d’enseignement sont de familiariser les étudiants avec les différents systèmes
d’expression procaryotes et eucaryotes utilisés à l’heure actuelle, de les familiariser avec les problèmes
rencontrés dans certains cas, en particulier avec les protéines membranaires ou toxiques. Il s’intéresse aux
méthodes qui peuvent être mises en place pour optimiser la production en fonction de l’objectif de la surexpression. Cet enseignement est construit comme une formation « clé-en-main » permettant aux stagiaires de
mettre en place dès la fin de la semaine une stratégie d’expression recombinante adaptée, qui va du choix du
système d’expression à la purification de la protéine.
Mots-clés :
protéine recombinante, Escherichia coli, levure, cellule d'insecte, baculovirus, gateway, étiquette, IMAC, virus,
solubilité, traductibilité, codon
Compétences visées :
Savoir définir un objectif scientifique, évaluer la pertinence des systèmes possibles, choisir une (des) stratégies
d'expression, mettre en place la stratégie de clonage/recodage si nécessaire, réaliser les premiers tests
d'expression, identifier les problèmes, proposer des solutions
Pré-Requis :
Connaître la structure d’un gène, la transcription et ses signaux, l’épissage et la maturation des ARN, la traduction,
la structure des protéines.
Mode de validation :
Examen écrit (/60) et compte-rendu de TP en binôme ou seul (/40)
Contact(s) :
Sylvie COLLIN : [email protected]
111
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé
MVE34 - Valorisation de la recherche – Application à l’industrie et la recherche (UPMC)
Responsable(s) : Alain SÉZEUR (UPMC)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
30
20
10
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
Cette unité d'enseignement a pour but de faire connaître l'environnement social et économique afin de favoriser
la valorisation des recherches, de connaître la réalité du fonctionnement des industries de santé et de la création
d’entreprise innovante. A l'heure des concentrations de l'industrie pharmaceutique et biomédicale, la valorisation
se professionnalise or, souvent, les innovateurs connaissent mal les procédures pour protéger leurs innovations
par des brevets et ont des difficultés à trouver un industriel susceptible de développer leurs inventions. Cette
unité d'enseignement a pour but de professionnaliser les partenariats recherche-entreprise.
Mots-clés :
Environnement socio économique, réglementation biomédicale, valorisation de la recherche , industries de la
santé.
Compétences visées :
Volonté d’intégrer sa future démarche professionnelle en prenant en compte le contexte économique et
réglementaire qu’impose la recherche biomédicale appliquée, volonté de collaborer efficacement à un partenariat
recherche / industrie ou volonté de mieux connaître le monde industriel biomédical
Pré-Requis :
Volonté d’intégrer sa future démarche professionnelle en prenant en compte le contexte économique et
réglementaire qu’impose la recherche biomédicale
Mode de validation :
Obligation de présence à tous les cours de l'enseignement + résumé de 1 conférence dont le thème est donnés à la
fin des cours.
Contact(s) :
Secrétariat : Lydie FERON /Secrétariat DUGBM : [email protected], [email protected]
112
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé
MVE35 - Stage
Responsable(s) : Alyssa Carré-Mlouka (MNHN) & Vincent Maréchal (UPMC)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
4
30
0
0
0
22
Nb heures
par
semaine
0
Effectifs
maximum
18
Objectifs de l’UE :
Le 2ème semestre de M2 sera consacré à un stage pratique (de recherche ou professionnalisant) en cohérence
avec la formation suivie, permettant à l’étudiant de bénéficier d’une meilleure connaissance pratique du
laboratoire, et éventuellement à engager des contacts pour une future insertion professionnelle. Le stage devra
permettre de démontrer les aptitudes de réflexion et les capacités techniques et méthodologiques des étudiants,
confrontés à une question scientifique ou technique inédite.
Mots-clés :
Stage pratique
Compétences visées :
Stage pratique dans un laboratoire de recherche ou de R&D d’établissements publics à caractère scientifique et
technologique (ex. CNRS, INRA, IRSTEA, Universités), d’établissements publics à caractère administratif (ex.
ANSES, ONEMA) ou d’entreprises (ex. Véolia, EDF).
Pré-Requis :
Etudiants ayant déjà une formation en microbiologie avec un intérêt pour l'environnement, le monde industriel et
le domaine de la santé.
Mode de validation :
3 ECTS:rapport et soutenance d’un projet scientifique
27 ECTS: rapport et soutenance finaux du stage
Contact(s) :
MNHN: Alyssa Carré-Mlouka, [email protected] & UPMC :Vincent Maréchal, [email protected]
113
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MCT, Molécules et Cibles Thérapeutiques
MVE36 - Molécules et Cibles Thérapeutiques (MCT)
Responsable(s) : Tula Saison-Behmoaras-MNHN
Chahrazade El-Amri-UPMC
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
12
78
30
12
11
Nb heures
par
semaine
29
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Cette UE s'adresse aux étudiants qui sont intéressés par l'interface chimie/biologie.C'est une initiation à la
recherche, l'identification et l'étude de cibles thérapeutiques et de molécules actives pouvant les cibler. Les
substances naturelles,les approches de chimie combinatoire, le criblage de banques seront abordés dans ce
contexte. Les différentes méthodes physico-chimique d'analyse structurale des cibles et des molécules actives
sont exposées. La recherche de nouvelles cibles s’appuiera sur les exemples des consortiums internationaux de
Mycobacterium tuberculosis ou VIZIER (enzymes de la réplication de virus à ARN) et les projets de génomique
structurale associés utilisant les méthodes à haut débit.
Mots-clés :
Génomique structurale
Substances naturelles
Résistance aux agents thérapeutiques
Vectorisation et activation cellulaire de prodrogues
Thérapie génique
Compétences visées :
La pluridisciplinarité de l'enseignement devrait permettre aux étudiants d'acquérir une capacité d'adaptation aux
divers environnements qu'ils vont rencontrer au cours de leur cursus et de leur vie professionnelle.
Pré-Requis :
Aucun pré-requis n'est nécessaire pour suivre cette UE, cependant une sensibilité pour la recherche transversale
et pluridisciplinaire est souhaitée.
Mode de validation :
Un examen écrit qui porte sur les trois axes (chimie, cibles, acides nucléiques).
Il sera demandé d'analyser un article scientifique récent.
Contact(s) :
Tula Saison-Behmoaras
[email protected]
Chahrazade El-Amri
[email protected]
114
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MCT, Molécules et Cibles Thérapeutiques
MVE37 - Analyse Scientifique
Responsable(s) : Tula Saison-Behmoaras
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
0
0
0
10
Nb heures
par
semaine
6
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Développer les compétences de l'analyse scientifique dans le domaine de la recherche et du développement. A
l'issue de cette unité d'enseignement, les étudiants auront acquis une capacité d'analyse permettant d'identifier
les point importants des données scientifiques publiées et à les exposer clairement. Ils auront également acquis
l'aptitude à résumer et à critiquer des documents scientifiques (articles, projets de recherche, projets de
développement, ...)
Mots-clés :
Analyse scientifique.
Compétences visées :
Les étudiants suivront un cycle de conférences en rapport avec leur parcours puis réaliseront deux analyses
scientifiques.
Pré-Requis :
Aucun pré-requis n'est exigé pour suivre cette unité d'enseignement
Mode de validation :
Deux exposés devant l'équipe pédagogique.
Contact(s) :
Tula Saison-Behmoaras
[email protected]
115
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MCT, Molécules et Cibles Thérapeutiques
MVE38 - Projet en Biologie Moléculaire et Cellulaire
Responsable(s) : Tula Saison-Behmoaras, Chahrazade El-Amri
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
0
0
0
10
Nb heures
par
semaine
6
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Lors de cette unité d'enseignement, les étudiants devront maîtriser l'élaboration d'un document sur lequel euxmêmes ou d'autres pourront s'appuyer pour décider de la faisabilité du projet décrit. Ce projet sera en lien avec le
stage pratique qu'ils vont faire au cours du quatrième semestre.
Mots-clés :
Projet scientifique
Compétences visées :
Faire une étude bibliographique sur un sujet qui est proposé dans le cadre du stage pratique, montrer l'originalité
du projet et préciser les approches expérimentales qui vont être mises en œuvre pour le réaliser dans les délais
qui sont donnés.
Pré-Requis :
Aucun pré-requis n'est exigé pour suivre cette unité d'enseignement.
Mode de validation :
Le manuscrit sera noté par deux rapporteurs ainsi que l'exposé oral et les réponses aux questions lors de la
soutenance devant l'équipe pédagogique.
Contact(s) :
Tula Saison-Behmoaras
[email protected]
Chahrazade El-Amri
[email protected]
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MCT, Molécules et Cibles Thérapeutiques
MVE39 - Stage
Responsable(s) : Tula Saison-Behmoaras-MNHN, Chahrazade El-Amri-UPMC
Organisation de l’UE :
Semestre
116
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
Nb heures
Effectifs
Table des matières
semaines
4
30
0
0
0
22
par
semaine
0
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Le 2ème semestre de M2 sera consacré à un stage pratique de recherche en cohérence avec la formation suivie,
permettant à l’étudiant de bénéficier d’une meilleure connaissance pratique du laboratoire. Le stage devra
permettre de démontrer les aptitudes de réflexion et les capacités techniques et méthodologiques des étudiants,
confrontés à une question scientifique ou technique inédite. Ces stages pourront s’effectuer à l’étranger pour ceux
qui désirent découvrir un environnement différent de celui qu’ils ont pratiqué lors des stages antécédents.
Mots-clés :
Stage pratique
Compétences visées :
Stage pratique dans un laboratoire de recherche ou de R&D d’établissements publics à caractère scientifique et
technologique (ex. CNRS, INRA, INSERM, Universités), Industrie pharmacetique, ou bien Biotecs.
Pré-Requis :
Formation en biologie cellulaire ou moléculaire, chimie des substances naturelles.
Mode de validation :
30 ECTS: rapport et soutenance du projet scientifique et des résultats acquis pendant le stage pratique.
Contact(s) :
Tula Saison-Behmoaras
[email protected]
Chahrazade El-Amri
[email protected]
117
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MCT, Molécules et Cibles Thérapeutiques
MVE40 - UE ouverture: Ciblage d’un gène par ARNi et conséquences
Fonctionnelles (CIBAR)
Responsable(s) : Linda Kohl, MNHN
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
30
2
0
28
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
12
Objectifs de l’UE :
Utiliser différentes méthodes pour générer l’ARN interférence et éteindre l’expression de gènes chez un
organisme modèle, le trypanosome.
Analyser les conséquences de l’extinction des gènes étudiés sur le comportement des cellules, notamment par
microscopie optique et immunofluorescence.
Des connaissances sur les mécanismes des l’ARN interférence sont recommandées.
Mots-clés :
préparation ARN double brin,transfection, phénotype, immunofluorescence, microscopie optique
Compétences visées :
Analyser le phénotype de mutants inconnus
Effectuer une réflexion scientifique
Présenter les résultats
Pré-Requis :
Des connaissances sur les mécanismes de l’ARN interférence sont recommandées.
Mode de validation :
Contrôle continu : 30%
Exposé oral: 40%
Rapport écrit : 30%
Contact(s) :
Réservation uniquement via la responsable de la spécialité MVE : Mme Tula Saison-Behmoaras, Pr MNHN, email:
[email protected].
118
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MCT, Molécules et Cibles Thérapeutiques
MVE41- UE ouverture: Protéomique et spectrométrie de masse (PROS)
Responsable(s) : Anne-Laure Guieysse-Peugeot
Danièle Praseuth
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
0
10
20
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
12
Objectifs de l’UE :
Aborder l'utilisation d'approches globales en biologie par une étude expérimentale du protéome humain.
Ce module se compose
- d'un stage pratique où les étudiants réalisent une électrophorèse bidimensionnelle, les spots sont ensuite
excisés, traités puis analysés en vue de l'identification par spectrométrie de masse. Les résultats obtenus sont
interprétés à l'aide de banques de données sur le web.
- de cours sur la protéomique et la spectrométrie de masse
- d’un TD de spectrométrie de masse
- d'une analyse en équipe d'un article de recherche en anglais, présentée à l'oral à la fin de l'UE.
Mots-clés :
Protéomique, Spectrométrie de masse, électrophorèse bidimensionnelle, analyses globales
Compétences visées :
Connaissances théorique des techniques de protéomique différentielle et de spectrométrie de masse appliquée
aux protéines. Maitrise pratique de électrophorèse 2D et de l'interrogation de banques de données.
Analyse critique et présentation orale d'un article scientifique.
Pré-Requis :
Connaissances de Biologie ou Biochimie de M1
Mode de validation :
Présentation d’une analyse d’article oral préparé au cours de l’UE.
Contact(s) :
[email protected],
[email protected]
119
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MCT, Molécules et Cibles Thérapeutiques
MVE30 - UE ouverture: Isolement et analyse structurale de biomolécules (ISABIO)
Responsable(s) : Soizic Prado & Séverine Zirah (MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
3
18
9
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
18
Objectifs de l’UE :
Ce module est consacré aux méthodes séparatives et spectroscopiques permettant l’isolement et la caractérisation
structurale de métabolites secondaires (petites molécules, peptides, protéines).
Mots-clés :
Méthodes séparatives, Méthodes spectrométriques, RMN, MS, Modélisation moléculaire, Caractérisation
structurale
Compétences visées :
- Apprentissage des différentes méthodes séparatives pour la purification de métabolites secondaires (petites
molécules, peptides)
-Analyses de traitement de données obtenues par spectrométries RMN et MS pour la caractérisation structurale
de métabolites secondaires
Pré-Requis :
Master 1 de Chimie, Biochimie ou Biologie.
Mode de validation :
Les participants présenteront à l’oral par binôme, en fin de formation, la description structurale d’un métabolite
secondaire ou d’un peptide à partir
Contact(s) :
Soizic prado : [email protected]
& Séverine Zirah : [email protected]
120
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MCT, Molécules et Cibles Thérapeutiques
MVE26 - UE ouverture: Transfert de gènes in vivo (TRANSGEN)
Responsable(s) : Laurent Coen &
Marie-Stéphanie Clerget-Froidevaux (MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
3
6
21
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
18
Objectifs de l’UE :
L'objectif est de permettre aux étudiants d’aborder différents aspects de l'étude de la régulation
transcriptionnelle d'un gène par transfert de gènes in vivo.
Cette étude porte sur les régulations induites par les hormones thyroïdiennes en parallèle chez deux modèles
animaux, la souris (mammifère) et le xénope (amphibien). Nous analyserons, d’une part, l’implication des
hormones thyroïdiennes au cours de la métamorphose chez le têtard et, d’autre part, leur implication dans la mise
en place des régulations chez le nouveau-né de souris. Ces deux modèles nous permettront d’aborder les notions
de régulation positive et négative de la transcription par une hormone.
Mots-clés :
Transfert de gènes somatique in vivo, régulations transcriptionnelles,récepteurs nucléaires, ARN interférence,
hormones thyroidiennes, système intégré
Compétences visées :
Connaissance d'outils d'analyse des régulations transcriptionnelles induites par des hormones; notion de
mécanismes d'action des récepteurs nucléaires (notion de facteurs de transcription) et des autres facteurs
impliqués dans la machinerie transcriptionnelle.
Pré-Requis :
Aucun, une mise à niveau sur les notions nécessaires est faite le 1er jour
Mode de validation :
note de participation (note d'oral)
examen écrit : analyse de résultats semblables à ceux obtenus durant la semaine
Contact(s) :
Laurent COEN : [email protected]& Marie-Stéphanie CLERGET-FROIDEVAUX : [email protected]
121
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MCT, Molécules et Cibles Thérapeutiques
MVE27 - UE ouverture: Vidéo microscopie, microscopie confocale et imagerie numérique (MICIN)
Responsable(s) : Marc Gèze
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2,3
3
8
6
16
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
18
Objectifs de l’UE :
Le contenu de ce module est essentiellement une approche pratique des outils et méthodes permettant la
visualisation des structures et compartiments cellulaires par microscopie de fluorescence.
Une série de cours leur permettra d’acquérir les notions de bases du domaine.
Au centre de microscopie ils réaliseront différents marquages d’échantillons biologiques (cellules en
culture),observeront différentes préparations sur deux microscopes à fluorescence (champ large avec acquisition
multi-dimentionnelle et confocal) et participeront à l'acquisition des images en 2D et 3D. En salle informatique ils
réaliseront le traitement (y compris la déconvolution)et l’analyse des images avec des logiciels libres sous Linux
Mots-clés :
Microscopie photonique
Confocal
Fluorescence
Déconvolution
Traitement et analyse d'images
Imagerie cellulaire
Compétences visées :
Cet atelier a pour objectif de donner des bases de microscopie de fluorescence et des notions
d'imagerie numérique. Il sera montré,à partir d'exemples, l'ensemble de la chaîne d'acquisition, de traitement et
d'analyse d'images qui va de la préparation d'échantillons biologiques jusqu'au processus
Pré-Requis :
Aucun pré-requis n'est exigé pour suivre cette unité d'enseignement.
Mode de validation :
Ce module sera évalué par un examen écrit (2 heures) et un rapport écrit à rendre ultérieurement
Contact(s) :
Marc GEZE : geze@mnhn.
122
Table des matières
Spécialité : MVE
Parcours : M2-MCT, Molécules et Cibles Thérapeutiques
M2-MES, Microbiologie, Environnement, Santé
MVE50 - UE d'ouverture : Atelier d'Initiation à la Recherche : Laboratoire
Responsable(s) : Philippe Grellier (MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
34
15
0
0
0
12
Nb heures
par
semaine
0
Effectifs
maximum
5
Objectifs de l’UE :
L'objectif de l’atelier est de proposer une initiation à la recherche de l’étudiant par une immersion directe dans
une des équipes d’accueil de la spécialité Mécanismes du Vivant et Environnement. Cette formation a pour but de
confronter l’étudiant à la réalité de la recherche autour d’un projet qui lui sera proposé et qu’il devra conduire
sous la direction d’un encadrant, s’appuyant sur le/les modèle(s) biologique(s) ou la/les thématique(s)
développés par le laboratoire d’accueil. Ce projet peut recouvrir des champs thématiques larges allant de projets
de biologie fondamentale en microbiologie par exemple à des projets plus appliqués comme par exemple le
développement de nouvelles stratégies thérapeutiques.
Mots-clés :
Formation à la recherche en laboratoire
Compétences visées :
Conduire des travaux de recherche en laboratoire.Acquisition des bonnes pratiques de laboratoire.Respect des
conditions d'hygiène et sécurité.Faire une recherche bibliographique.
Pré-Requis :
L’étudiant devra avoir un niveau de M1/M2 ou équivalent.
Mode de validation :
Rapport scientifique (50% de la note) et présentation orale (50% de la note).
Contact(s) :
Philippe Grellier, UMR 7245 CNRS-MNHN, 61 rue Buffon, 75231 Paris cedex 05, Tél. : 01 40 79 35 10; Fax : 01 40
79 34 99; [email protected]
123
Table des matières
Spécialité : Quaternaire et Préhistoire (QP)
Parcours : tous parcours
Tronc commun Quaternaire et Préhistoire (TCQP)
Responsable(s) : François Sémah, Denis Vialou
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
15
96
24
0
4
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
La période Quaternaire est marquée par des oscillations climatiques induisant des changements
environnementaux majeurs. Dans ce cadre, l’enseignement de tronc commun de la spécialité QP (théorique,
pratique et sur le terrain) permet d’appréhender autant la dynamique que les multiples facettes des relations
Hommes-nature.
Ce tronc commun est orienté autant vers l’acquisition de connaissances que vers la présentation des principales
méthodes mises en œuvre pour mettre au point un cadre chronologique des dépôts, pour étudier l’évolution des
hominidés et de leur cadre environnemental (faune, flore, aspects géodynamiques), ainsi que les comportements
techniques, de subsistance et symboliques des Hommes et de leurs sociétés.
Mots-clés :
Géologie du Quaternaire, Préhistoire, Lignée humaine, paléoenvironnements, Comportements, Peuplements,
Sociétés
Compétences visées :
- Connaissances pluridisciplinaires et thématiques obligatoires pour l’obtention du diplôme « Quaternaire et
Préhistoire ».
- Ouverture à la démarche interdisciplinaire inhérente à une préhistoire naturaliste, à son application à des sites
préhistoriques et paysages (déplacements pédagogiques)
Pré-Requis :
Licence
Mode de validation :
Examen écrit (4h) sur les grandes thématiques enseignées, suivi en cas de succès d’un oral devant un jury
pluridisciplinaire
Contact(s) :
Responsables de la spécialité : Denis Vialou ([email protected]), François Sémah ([email protected])
124
Table des matières
Spécialité : Quaternaire et Préhistoire
Parcours : Commun, Erasmus Mundus
QP7 - Comportements techniques au Paléolithique inférieur et moyen
Responsable(s) : David Pleurdeau, Antony Borel (MNHN), M.Gema Chacón (IPHES), Javier Baena (UAM)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2,3
3
10
10
10
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
Appréhender les différentes approches qui contribuent à la caractérisation des activités anthropiques au sein
d’assemblages paléolithiques : taille de la pierre, méthodes et techniques de la fabrication et d'utilisations des
outils, tracéologie, protocoles expérimentaux …
Mots-clés :
Paléolithique inférieur et moyen, comportements techniques, expérimentation, méthodes, tracéologie
Compétences visées :
Les objectifs de cette UE sont
- d'appréhender les comportements techniques des préhistoriques,
- de connaître les différentes méthodes d’études d’assemblages archéologiques, - d'identifier les différentes
étapes de la mise en œuvre d’un protocole expérimental.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Contrôle continu (Travaux Pratiques) ; examen écrit ou présentation orale
Contact(s) :
[email protected]
125
Table des matières
Spécialité : Quaternaire et Préhistoire
Parcours : tous parcours
QP8 - Comportements de subsistance et territoires au Paléolithique moyen et supérieur
Responsable(s) : Stéphane Péan (MCMU, MNHN), Marylène Patou-Mathis (DR CNRS, MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2,3
3
24
6
6
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
Cet enseignement (QP8) présente les modes d'acquisition et de traitement des grands mammifères (ressource
alimentaire et matière première) au Pléistocène supérieur, à travers les analyses archéozoologiques. Les
modalités d'exploitation du milieu naturel sont abordées en évaluant la part des choix culturels par rapport aux
contraintes écologiques, en particulier chez les Néandertaliens et Homo sapiens du Paléolithique moyen et
supérieur d’Europe occidentale, centrale et orientale. Au-delà, en considérant toutes les données
comportementales (subsistance, technique et symbolique), il s’agit de discuter des notions de territoire
domestique, d’acquisition et d’échange des ressources naturelles et culturel.
Mots-clés :
Archéozoologie, grands mammifères, Pléistocène, comportements de subsistance, territoires, Neanderthal, Homo
sapiens, Paléolithique moyen et supérieur
Compétences visées :
- Approche épistémologique et anthropologique des comportements de subsistance au Paléolithique
- Modes d’exploitation des grands mammifères pléistocènes : acquisition et traitement
- Fonctions des sites, territoires et mobilité
- Subsistance comparée des Néandertaliens et des Homo sapiens en Europ
Pré-Requis :
Modules « Préhistoire-Comportements » et « Méthodes de l’archéozoologie » du Tronc Commun Quaternaire et
Préhistoire
Mode de validation :
Evaluation par un examen écrit de 2 h et/ou un travail personnel de synthèse d’articles
Contact(s) :
Stéphane Péan, Marylène Patou-Mathis, Département de Préhistoire MNHN / UMR 7194 CNRS, I.P.H., 1 rue René
Panhard, 75013 Paris, tél. 01.43.31.62.91, fax 01.43.31.22.79, [email protected], [email protected]
126
Table des matières
Spécialité : "Quaternaire et Préhistoire"
Parcours : Tous parcours
QP 10 : Peuplements et Préhistoire de l’Amérique
Responsable(s) : Agueda Vilhena Vialou et Antoine Lourdeau
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
3
5
15
10
1
Nb heures
par
semaine
27
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Faire découvrir et connaître les peuplements et les cultures préhistoriques du Continent, Amérique du Nord,
Caraïbes et Amérique du Sud par Homo sapiens. Approche chonologique.
Problématiques des peuplements avant la fin du Pléistocène par voie terrestre septentrionale (par la Béringie), et
par voies maritimes (littoral nord pacifique) et au cours de l’Holocène, littoral pacifique et littoral atlantique ; en
relation avec les changements climatiques, les variations de niveaux et courants océaniques.
Modalités des peuplements corrélés aux grands bassins hydrographiques.
Etude comparative des spécificités des sociétés préhistoriques et de leurs cultures technologiques et symboliques.
Mots-clés :
Peuplements. Pléistocène, Holocène. Industries lithiques, art rupestre, paléoindien, Précéramique, Céramique
Compétences visées :
Bonnes connaissances des données culturelles, techniques, sociales, économiques des Sapiens préhistoriques, de
leurs évolutions, de leurs chronologies.
Pré-Requis :
Niveau suffisant en Anglais, éventuellement en Espagnol et/ou portugais pour un bon accès à la bibliographie
recommandée aux étudiants.
Mode de validation :
Rapport écrit préparé à domicile.
Contact(s) :
Agueda Vilhena Vialou [email protected] tel 01 55432735
Antoine Lourdeau [email protected]
127
Table des matières
Spécialité : Quaternaire et Préhistoire
Parcours : tous parcours
QP11 - Quaternaire et Préhistoire de l’Asie du sud-est
Responsable(s) : François Sémah, Anne-Marie Sémah, Anne-Marie Moigne, Florent Détroit
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
3
8
12
12
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
L'UE traite du peuplement de l’Asie du sud-est continentale et insulaire au long du Quaternaire, depuis les plus
anciens Homo erectus devenus les premiers insulaires de l’histoire de l’humanité jusqu'aux migrations
austronésiennes, en passant par la conquête de la région par les Hommes anatomiquement modernes.
L’enseignement, pluridisciplinaire, est dispensé en anglais et demande une participation active des étudiants. Aux
cours généraux sont associés de nombreux séminaires et un contact avec les collections permettant de rendre
compte du développement de questions scientifiques d’actualité, en lien avec des réseaux internationaux (cf.
www.prehsea.mnhn.fr), représentés dans toute la mesure du possible lors de l’UE.
Mots-clés :
Quaternaire, Préhistoire, Asie du sud-est continentale et insulaire
Compétences visées :
Appréhension des liens entre préhistoire, paléoanthropologie et paléoenvironnements dans une zone à
forte dynamique paléobiogéographique
Perception des enjeux patrimoniaux à l’échelle régionale
Compétence en matière d’analyse et de synthèse d’articles scientifiques et séminaires de recherche
Pré-Requis :
Licence
Mode de validation :
Séminaire sur analyse d’article(s) ou présentant des travaux personnels sur la région
Contact(s) :
François Sémah ([email protected])
Département de Préhistoire, UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique
128
Table des matières
Spécialité : Quaternaire et Préhistoire
Parcours : tous parcours
QP12 - Quaternaire et préhistoire de l’Afrique méditerranéenne, saharienne et atlantique
Responsable(s) : Roland Nespoulet & Vincent Lebreton
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
25
0
5
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
Cet enseignement focalise sur la Préhistoire nord-africaine en proposant un panel d’enseignements
pluridisciplinaires abordant les spécificités locales et régionales de la géologie du Quaternaire, des
paléoenvironnements végétaux, de l’évolution des faunes et des Homininés, des cultures matérielles et des
comportements symboliques des peuplements humains. Ce module optionnel vise à transmettre aux étudiants un
enseignement approfondi présentant les résultats des dernières recherches en Quaternaire et Préhistoire dans
cette région du monde aux portes de l’Europe.
Mots-clés :
pollen, palynologie, végétation, paléoenvironnement, Quaternaire
Compétences visées :
Compréhension des grands schémas culturels caractérisant la Préhistoire nord-africaine et les relations Hommesmilieux en domaine bioclimatique semi-aride et aride
Pré-Requis :
M1 QP ayant validé les cours du tronc commun de la spécialité
Mode de validation :
Examen écrit (2h) avec QCMs et une question de synthèse
Contact(s) :
Roland Nespoulet ([email protected])
129
Table des matières
Spécialité : Quaternaire et Préhistoire
Parcours : Tous parcours
QP13 - Comportements symboliques
Responsable(s) : Patrick PAILLET et Denis VIALOU
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2,4
3
24
6
6
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Cette UE optionnelle a pour objectif l'identification et l'analyse des comportements symboliques des hommes
préhistoriques dans leur cadre évolutif. Sont successivement évoqués les comportements liés au corps (vêtements
et parures, modifications corporelles, sépultures, etc.), les systèmes de représentations orales (langage et langues)
au cours de l'évolution (homogénéité anthropique, diversité culturelle), les systèmes de représentations
graphiques et plastiques (arts préhistoriques) (universalité et diversité), ainsi que les modalités d'expression par
l'analyse des thèmes, des techniques et des styles, dans l'art pariétal, l'art rupestre et l'art mobilier.
Mots-clés :
Sépultures, Comportements symboliques, Art, pariétal, mobilier, homme moderne, organisation spatiale,
constructions symboliques
Compétences visées :
Ouverture conceptuelle sur la Préhistoire des symboles à travers le monde et acquisition de connaissances
précises sur la nature et les spécificités des comportements symboliques des hommes de la Préhistoire et
notamment des premiers hommes anatomiquement modernes
Pré-Requis :
UE ouverte aux étudiants de 1ère et 2ème année de Master ayant déjà suivi les cours du tronc commun de la
spécialité
Mode de validation :
L'évaluation est effectuée par un examen écrit sous la forme d'un court dossier de synthèse et de réflexion.
Contact(s) :
Patrick Paillet, UMR7194 (courriel : [email protected]) et Denis Vialou, UMR7194 (courriel : [email protected])
130
Table des matières
Spécialité : "Quaternaire et Préhistoire"
Parcours : Tous parcours
QP 14 : Primates et environnement
Responsable(s) : Brigitte Senut, Pr MNHN, Marc Godinot, DE EPHE
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
3
27
0
3
1
Nb heures
par
semaine
27
Effectifs
maximum
30
Objectifs de l’UE :
Les liens entre les primates et leurs environnements sont d’abord présentés chez les actuels. L’origine des
primates, les radiations éocènes et la phylogénie des grands groupes sont étudiés dans le contexte du climat
global. La diversité des hominoïdes et cercopithécoïdes néogènes est envisagée en particulier sous l’angle des
adaptations locomotrices et du dimorphisme sexuel. Leurs distributions au cours du temps sont mises en relation
avec les paléoenvironnements et donc le climat. Les platyrrhiniens offrent une histoire très différente en
Amérique du Sud. Les subfossiles malgaches permettent de présenter une radiation insulaire et de discuter
l’impact anthropique sur les extinctions.
Mots-clés :
Origine et histoire des primates; adaptations, régime alimentaire, locomotion, dimorphisme sexuel,
environnement, climats Tertiaire
Compétences visées :
Connaissances essentielles sur les primates, leur diversité, leurs adaptations, leur histoire replacée dans celle de la
terre et en particulier des environnements et des climats au tertiaire pour comprendre l’émergence des
hominidés dans un sens large (morphologique et environnemental).
Pré-Requis :
Formation scientifique (licence en ST / SDV) fortement recommandée
Connaissances de base sur les primates et l’anatomie des mammifères (QP2 suivi)
Mode de validation :
Examen écrit portant sur l’ensemble des cours et des travaux pratiques.
Contact(s) :
Brigitte Senut, Département Histoire de la Terre, [email protected]
Marc Godinot, Département Histoire de la Terre, [email protected]
131
Table des matières
Spécialité : Quaternaire et Préhistoire
Parcours :
QP16: Les premiers peuplements humains
Responsable(s) : Dominique GRIMAUD-HERVE, Florent DETROIT (UMR 7194 - Département de Préhistoire)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2,3
3
24
6
6
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
A partir d’exemples choisis en fonction de l’actualité scientifique, le but est de fournir à l’étudiant les
connaissances lui permettant de conduire une réflexion critique et argumentée sur le registre fossile
correspondant aux premiers peuplements humains.
Sont notamment abordés:
- les premiers représentants du genre Homo en Afrique
- les premiers peuplements de l'Europe
- les néandertaliens d'Europe et du Proche-Orient
- les peuplements insulaires pionniers du Pacifique
Mots-clés :
genre Homo, registre fossile, Afrique, Eurasie, Pacifique, évolution, systématique, anatomie comparée, pratiques
funéraires
Compétences visées :
Replacés dans leur contexte géologique et paléoenvironnemental, ces exemples permettent d’aborder les
processus évolutifs correspondant aux différentes espèces du genre Homo dans différentes régions
géographiques.
Pré-Requis :
Cours du "tronc commun" QP, connaissances de base en biologie, ostéologie, préhistoire et géologie du
Quaternaire
Mode de validation :
rédaction d'une synthèse critique de 2 ou 3 articles scientifiques correspondant à l'une des thématiques abordées
dans le module
Contact(s) :
D. Grimaud-Hervé ([email protected])
F. Détroit ([email protected])
132
Table des matières
Spécialité : Quaternaire et Préhistoire
Parcours : Bioarchéologie
QP17 - Paléoenvironnements végétaux quaternaires
Responsable(s) : Vincent Lebreton (MNHN) et Anne-Marie Sémah (IRD)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
20
10
10
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
Ce module optionnel propose un enseignement approfondi de l’outil palynologique pour caractériser les
écosystèmes et leur évolution au Quaternaires en zone tempées (Europe et bassin méditerranéen) et tropicales
(Asie du Sud-Est, zone Pacifique et Océanie, Afrique). Les cours visent à donner aux étudiants des éléments
généraux de lecture paléoenvironnementale leur permettant de déchiffrer ensuite avec pertinence l’information
plus ponctuelle délivrée par les études discontinues entreprises sur les gisements préhistoriques pour
reconstituer l’environnement de l’Homme.
Mots-clés :
pollen, palynologie, végétation, paléoenvironnement, Quaternaire
Compétences visées :
compréhension de la réponse de la végétation aux changements climatiques glaciaires-interglaciaires pendant le
Quaternaire. Spécificités des milieux méditerranéens et tropicaux par comparaison avec les milieux tempérés.
Pré-Requis :
M1 QP ayant validé les cours du tronc commun de la spécialité.
Autres étudiants ayant validé des modules en paléoécologie ou paléobotanique.
Mode de validation :
oral de 10 minutes présentant un article scientifique en relation avec un des cours, suivi de 5 minutes de
questions
Contact(s) :
Vincent Lebreton ([email protected])
133
Table des matières
Spécialité : Quaternaire et Préhistoire
Parcours : tous parcours
QP18 - Approche archéométrique des matériaux
Responsable(s) : Matthieu Lebon
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
0
24
6
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
L'objectif de ce module est de présenter les différentes méthodes de caractérisations physico-chimiques et leur
mise en oeuvre pour l’étude des matériaux archéologiques à travers la présentation de cas d’études. Outre la
présentation des principaux outils de caractérisation physico-chimiques utilisés en archéométrie (analyse
structurale, élémentaire, et isotopique), les principaux thèmes abordés sont l’identification des matières
premières minérales (nature minéralogique, gisements, caractérisation) ; les procédés de transformation des
matériaux par l’Homme (argiles et céramiques, altération thermiques de matières premières etc) ainsi que l’étude
des bio-minéralisations (ossements et dents) et de leurs processus taphonomiques
Mots-clés :
Archéométrie, Matériaux préhistoriques, Matière premières, Transformation, Altérations taphonomiques,
Analyses physico-chimiques
Compétences visées :
Familiarisation aux différentes méthodes de caractérisation, à leur domaine d’utilisation et leurs limites.
Permettre la compréhension des travaux de recherches utilisant des approches archéométriques et développer un
regard critique sur ces travaux.
Pré-Requis :
Validation du tronc commun de Géologie de la spécialité QP
Mode de validation :
Examen écrit
Contact(s) :
Matthieu Lebon ([email protected])
134
Table des matières
Spécialité : Quaternaire et Préhistoire
Parcours : Tous
QP 19 - Méthodes de datation en Préhistoire et en Géologie du Quaternaire
Responsable(s) : Christophe Falguères
François Sémah
Jean-Jacques Bahain
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
3
24
6
6
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
L'émergence des méthodes géochronologiques fondées sur les phénomènes radioactifs et l'essor des méthodes
d'analyses physico-chimiques ont permis de préciser la chronologie des événements géologiques, climatiques et
archéologiques au cours des cinq derniers millions d'années (Pliocène et Quaternaire).
La datation des formations continentales quaternaires fait partie intégrante des recherches en Préhistoire. Aux
côtés de cours généraux introduisant l’importance de l’intercalibration de différentes méthodes et la métrologie,
l’UE présente les principales méthodes utilisées en préhistoire, tant du point de vue méthodologique que
technique ; leurs possibilités et limites sont illustrées par des exemples d'applications.
Mots-clés :
Méthodes de datation, géologie du Quaternaire, préhistoire, radioactivité naturelle, analyses physico-chimiques,
magnétisme des roches
Compétences visées :
- Connaissance des méthodes de datation
- Aptitude au choix des méthodes et échantillons sur un site
- Connaissance de la nature et de la pratique des mesures in situ accompagnant le cas échéant l’échantillonnage
- Aptitude à l’interprétation des analyses fournies par un laboratoire ou publiées
Pré-Requis :
Licence
Mode de validation :
QCM avec correction immédiate et explications des erreurs éventuelles aux étudiants.
Contact(s) :
Christophe Falguères ([email protected])
François Sémah ([email protected])
Jean-Jacques Bahain ([email protected])
Département de Préhistoire, UMR 7194 Histoire naturelle de l'Homme préhistorique
135
Table des matières
Spécialité : Muséologie-Quaternaire préhistoire
Parcours : parcours professionnel
QP20-MSCS3 Le projet culturel : de la collecte des vestiges sur le terrain à leur présentation
Responsable(s) : Jacqueline Leopold
Musée de l'Homme
17, place du Trocadero
76116 Paris Cedex
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
3
30
0
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
30
Objectifs de l’UE :
L'objectif est d'aborder les différentes étapes existantes depuis la collecte des vestiges sur le terrain jusqu'à leur
présentation au public au sein d'une structure muséale.
Mots-clés :
modes de collecte, déontologie, législation et gestion du patrimoine et des musées; inventaire et récolement,
conservation préventive et restauration,
Compétences visées :
Formation professionnalisante à destination des personnes qui souhaitent s'orienter vers les métiers des musées
et plus particulièrement ceux relatifs au patrimoine préhistorique
Pré-Requis :
aucun
Mode de validation :
examen écrit et participation
Contact(s) :
[email protected]
136
Table des matières
Spécialité : Quaternaire et Préhistoire
Parcours : Biodiversités et Archéologie
QP21 - Sociétés, pratiques et environnement : approches bioarchéologiques
Responsable(s) : Sandrine Grouard, Margareta Tengberg et Jean-Denis Vigne
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
60
60
0
0
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
À travers des exemples de recherche en archéozoologie et archéobotanique, choisis dans des contextes chronoculturels et environnementaux très divers, ce module contribue à former les futurs archéologues, généralistes ou
spécialistes, à l'archéologie et à l'histoire des relations entre les sociétés humaines et leur environnement. Il
apporte un éclairage sur la domestication, les stratégies de subsistance et de redistribution, les techniques
d'acquisition, de transformation et de consommation des ressources végétales et animales et l’impact des activités
humaines sur le milieu, de la fin du Pléistocène à la période moderne incluse.
Mots-clés :
Archéozoologie, archéobotanique, biogéochimie, systèmes de subsistance, environnements, pratiques agropastoraux
Compétences visées :
Les enseignements du module visent à stimuler la réflexion des étudiants autour des pratiques de subsistance des
sociétés anciennes en démontrant le potentiel et les limites des approches archéozoologiques et
archéobotaniques.
Pré-Requis :
Le module s'adresse prioritairement aux étudiants du M2. Son suivi nécessite des connaissances de base des
méthodes des disciplines bioarchéologiques.
Mode de validation :
Le module est validé par la rédaction d'un dossier (5-10 pages) traitant d'un sujet au choix, inspiré des
problématiques scientifiques vues en cours.
Contact(s) :
Sandrine Grouard, [email protected], 0140793206
Margareta Tengberg, [email protected], 0140798123
Jean-Denis Vigne, [email protected], 0140793310
137
Table des matières
Spécialité : Quaternaire et Préhistoire
Parcours : Biodiversités et Archéologie
QP22 - Diversité anatomique et taxinomique en archéobotanique
Responsable(s) : Margareta Tengberg (MNHN) & Vincent Lebreton (MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
6
15
0
0
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
16
Objectifs de l’UE :
Le module QP22 s’adresse plus particulièrement aux étudiants souhaitant se spécialiser en archéobotanique ou en
paléobotanique quaternaire. Après un bref rappel des principes généraux de la classification des végétaux, ce
module aborde la taxinomie et les caractéristiques morphologiques et/ou anatomiques des vestiges botaniques
susceptibles d’être rencontrés en contexte archéologique et naturel. Sont présentés à la fois des microrestes
(pollen, spores, phytolithes) et des macrorestes (bois, graines, fruits) végétaux. Quelques catégories de plantes de
valeur économique spécifique (céréales, légumineuses, oléagineuses, espèces fruitières), fréquentes en contexte
archéologique, font l’objet de séances particulières.
Mots-clés :
taxinomie, archéobotanique, pollen, phytolithes, charbons, bois, graines, fruits, végétaux
Compétences visées :
Transmettre des notions fondamentales de morphologie et d’anatomie végétales nécessaires à l’analyse et à
l’identification des restes végétaux ainsi que la terminologie et les techniques d’observations macro- et
microscopiques qui y sont associées.
Pré-Requis :
M1 QP ayant validé les cours du tronc commun de la spécialité.
Autres étudiants ayant validé des modules en paléoécologie ou paléobotanique.
Mode de validation :
Examen oral portant sur l’observation et la description de matériel botanique.
Contact(s) :
Margareta Tengberg ([email protected])
Vincent Lebreton ([email protected])
138
Table des matières
Spécialité : Quaternaire et Préhistoire
Parcours : Biodiversité et archéologie
QP 24 - Diversité taxinomique et anatomique en archéozoologie
Responsable(s) : S. Grouard (MCM UMR7209)
S. Péan (MCM UMR 7194)
J.-D. Vigne (DR CNRS UMR7209)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
6
30
30
30
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
16
Objectifs de l’UE :
Ce module a pour objet de familiariser les étudiants désirant s'initier à l'archéozoologie et l'ostéologie comparée,
avec la diversité zoologique et anatomique des taxons susceptibles d'être conservés dans les sites archéologiques,
préhistoriques ou historiques, principalement en Europe.
Par des travaux dirigés fondés sur les collections de référence holocènes ou pléistocènes, ce module met les
étudiants en présence de pièces squelettiques de groupes variés d'invertébrés et de vertébrés, tout en ouvrant,
pour chaque groupe taxinomique, sur différents aspects de l'utilisation de ces taxons en archéologie : ostéologie,
reconstitution de taille, masse, âge, bio-chronologie, paléo-écologie, relations avec l'homme.
Mots-clés :
Téléostéens, amphibiens, reptiles, oiseaux, mammifères marins, carnivores, périssodactyles, cétartiodactyles,
proboscidiens, rongeurs, lagomorphes, chiroptères
Compétences visées :
En complément avec l'UE SEP14, qui initie à l'anatomie osseuse des vertébrés, il contribue à former les futurs
archéozoologues à l'identification squeletto-archéologique, tant anatomique que spécifique.
Pré-Requis :
aucun
Mode de validation :
Oral devant jury : une sélection de pièces osseuses seront à décrire anatomiquement puis taxinomiquement. La
démarche intellectuelle est retenue.
Contact(s) :
Sandrine Grouard ([email protected])
Stéphane Péan ([email protected])
Jean-Denis Vigne ([email protected])
139
Table des matières
Spécialité : Quaternaire préhistoire
Parcours : tous parcours
QP25 - Éléments d'histoire de l'archéologie préhistorique
Responsable(s) : Arnaud Hurel & Noêl Coye
Noël COYE
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
3
27
3
3
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
L’enseignement se fonde sur un double objectif d’acquisition par les étudiants de connaissances et de
développement d’une approche critique personnelle :
- Replacer dans une perspective historique et épistémologique les cadres théoriques des sciences préhistoriques,
les activités pratiques de terrain et de laboratoire.
- Mettre en contexte les grandes étapes de l’histoire des sciences préhistoriques en mettant en lumière les réalités
et contraintes scientifiques, sociales et culturelles tout au long des XIXe et XXe siècles prioritairement en France.
Mots-clés :
archéologie préhistorique, histoire, histoire des sciences, épistémologie, sources, méthodes, concepts, cadres
institutionnels, patrimoine
Compétences visées :
Capacité d'analyse fondée sur une approche critique et réflexive.
Acquisition de connaissances.
Pré-Requis :
Pas de pré-requis spécifique. Une pratique fluide de la langue française est toutefois nécessaire.
Mode de validation :
Validation en deux temps (exposé oral collectif, travail écrit individuel) permettant de juger des compétences
acquises et des capacités d'analyse.
Contact(s) :
Arnaud HUREL [email protected]
Noël COYE [email protected]
140
Table des matières
Spécialité : "Quaternaire et Préhistoire"
Parcours : tous parcours
QP 26 - Collections minérales et ostéologiques dans les sciences de l’Homme
Analyses
Responsable(s) : Erik GONTHIER
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
1
21
3
3
1
Nb heures
par
semaine
27
Effectifs
maximum
30
Objectifs de l’UE :
Ouvrir le regards sur les transversalités et les responsabilités en Préhistoire
Mots-clés :
Minéralogie, préhistoire, ostéologie, douanes, expertise, collection, art, corps
Compétences visées :
Sciences humaines
Pré-Requis :
aucun
Mode de validation :
Examen oral devant jury
Contact(s) :
[email protected]
141
Table des matières
Spécialité : Quaternaire et Préhistoire
Parcours : Tous parcours
QP27 - Approche stratigraphique des sites préhistoriques
Responsable(s) : Pierre Voinchet, David Pleurdeau & Jackie Despriée
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
0
4
4
1
Nb heures
par
semaine
32
Effectifs
maximum
18
Objectifs de l’UE :
L’objectif de l’UE est de permettre aux étudiants d’observer, d’enregistrer et d’interpréter des dépôts fluviatiles
pléistocènes et d’y reconnaître les indices d’une présence humaine.
Le module est articulé autour de trois ateliers. LES FORMATIONS ALLUVIALES: présentation de la géologie et de
la géomorphologie régionale; relevé de coupes géologiques et interprétation.
APPROCHE DES NIVEAUX PRÉHISTORIQUES: reconnaissance des stigmates d’élaboration d’objets débités ou
façonnés par expérimentation; mise en place des outils de base pour l’étude des niveaux fossiles.
EXPLOITATION DES DONNEES: exploitation des relevés en plan et coupes, des photographies à l’échelle et
croisement avec la base de données(SIG).
Mots-clés :
Environnement géologique, sites préhistoriques,
Compétences visées :
Au terme de cet enseignement les étudiants doivent pouvoir reconnaitre l’environnement géologique d’un site,
pouvoir retracer les grandes phases de sa mise en place et savoir restituer un maximum d’informations
permettant de caractériser l’implantation humaine dans cet environnement.
Pré-Requis :
Inscription en Master, M1 ou M2.
Mode de validation :
L'évaluation est faite au cours du module sous la forme de relevés de coupes stratigraphiques et de fiches
d’identification d’artefacts lithiques
Contact(s) :
Pierre Voinchet, Département de Préhistoire du MNHN, 1 rue R. Panhard 75013 Paris ([email protected])
142
Table des matières
Spécialité : Quaternaire et Préhistoire
Parcours : Tous parcours
QP28 - Milieux sédimentaires et environnements quaternaires
Responsable(s) : Nicole Limondin-Lozouet, Pierre Antoine, Jean-François Pastre
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
3
24
6
6
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
Fournir un aperçu complet des paléoenvironnements quaternaires continentaux et des approches
pluridisciplinaires qui permettent de les étudier (sédiments, sols, bio-indicateurs, datation, géochimie). Les cours
présentent plusieurs types de contextes sédimentaires (fluviatile, lacustre, périglaciaire, karstique, volcanique) et
de méthodes d’approche des paléoenvironnements qui permettent de reconstituer avec précision l’évolution des
paysages en relation avec le forçage climatique et l’impact anthropique. L’étude des processus géomorphologiques
et de l’évolution des milieux a pour but de comprendre les interactions entre sociétés humaines et
environnements depuis la Préhistoire jusqu’à la fin de l’Antiquité
Mots-clés :
Paléoenvironnement, géomorphologie, bioindicateurs, géochimie, stratigraphie, pédologie, Pléistocène, Holocène,
Europe, Préhistoire
Compétences visées :
Fournir les clés de connaissance permettant de comprendre les contextes morphologiques des sites
archéologiques et d’évaluer la pertinence des reconstitutions paléoenvironnementales. Comment s’orienter vers
des collaborations bien choisies lors d’une approche de terrain. Ouvrir des perspectives poin
Pré-Requis :
Notions sur la chronologie du Quaternaire, la cyclicité du climat, la géologie du Quaternaire, les cultures
préhistoriques
Mode de validation :
Dossier de 15 pages maximum sur un sujet choisi dans une liste et faisant appel aux connaissances acquises et à
l’analyse de documents
Contact(s) :
[email protected];
[email protected];
Jean-Franç[email protected]
143
Table des matières
Spécialité : Quaternaire et Préhistoire
Parcours : tous parcours
QP29 - Méthodes d’analyses en paléoanthropologie : du pourquoi au comment
Responsable(s) : Florent Détroit
Martin Friess
Antoine Balzeau
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
24
0
0
2
Nb heures
par
semaine
15
Effectifs
maximum
12
Objectifs de l’UE :
L’objectif de ce module est de fournir aux étudiants les connaissances théoriques et pratiques sur les principales
méthodes d’analyses utilisées en paléoanthropologie. Mises en regard des principaux concepts et champs d’étude
de la paléoanthropologie (dans son sens le plus large, de l’étude des fossiles à celle des populations actuelles), les
méthodes d’analyse sont détaillées, notamment par la présentation d’exemples concrets d’applications dans le
groupe des hominidés.
Mots-clés :
Biologie évolutive; systématique; analyse des formes; imagerie; anatomie fonctionnelle; hominidés; homininé;
caractère; variation; génétique
Compétences visées :
approfondissement des connaissances théoriques sur les concepts centraux en biologie de l'évolution en général
et en paléoanthropologie en particulier; apprentissage théorique et pratique des principales "méthodes d'analyse"
utilisées en paléoanthropologie; mise en œuvre de protocoles analytiques
Pré-Requis :
inscription en M1 ou M2; connaissances de base en biologie, anatomie et statistiques
Mode de validation :
synthèse d'articles portant sur une problématique de recherche paléoanthropologique et mettant en œuvre une
ou plusieurs des méthodes abordées
Contact(s) :
F. Détroit: UMR 7194, Dép. de Préhistoire, [email protected]
M. Friess: UMR 7206, Dép. Hommes, Nature, Sociétés, [email protected]
A. Balzeau: UMR 7194, Dép. de Préhistoire, [email protected]
144
Table des matières
Spécialité : Quaternaire et Préhistoire
Parcours : tous parcours
QP31- Traitements graphiques et infographiques des données archéologiques
Responsable(s) : Patrick PAILLET
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1,4
3
9
6
6
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
12
Objectifs de l’UE :
Techniques de la photographie, du relevé (oeuvre d'art, bâti, architecture, etc.), du dessin manuel et de
l'infographie appliqués à l'archéologie et plus particulièrement à ses structures et ses artefacts (faune, industries
lithique et osseuse, céramiques, objets et oeuvres d'art, etc.). Il s'agit d'une initiation soutenue par de nombreux
exercices pratiques qui mettent l'accent sur la normalisation et les contraintes du dessin archéologique et par
quelques cours théoriques qui soulignent les spécificités et l'intérêt des traitements graphiques ainsi que leur
évolution dans le temps et l'apport des nouvelles technologies.
Mots-clés :
Dessin archéologique, photographie, relevés, faune, industrie lithique, industrie osseuse, céramique
Compétences visées :
Parfaire l'observation et la connaissance des objets par la pratique du dessin et l’apprentissage des normes et
codifications du traitement graphique des os (animaux ou humains), des artefacts en matières dures animales, de
l’industrie lithique (silex et autres matières premières), de la céramique
Pré-Requis :
UE ouverte aux étudiants de 1ère année de Master ayant déjà suivi les cours du tronc commun de la spévcialité
Mode de validation :
L'évaluation associe une note de participation aux travaux pratiques et une examen écrit sous la forme d'une
analyse critique de documents.
Contact(s) :
Patrick Paillet, MNHN, Département de Préhistoire, UMR 7194, Bâtiment 140, 43 rue Buffon - 75005 Paris
(jusqu'en Octobre 2014) (après octobre 2014 au Musée de l'Homme). Tél.: 01.40.79.35.19, Courriel :
[email protected]
145
Table des matières
Spécialité : Quaternaire et Préhistoire
Parcours : tous parcours
QP33 - L'Archéologie, ses Musées et ses Collections
Responsable(s) : Patrick PAILLET
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1,4
3
30
0
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
25
Objectifs de l’UE :
L’Archéologie est au centre des objectifs de ce module. Elle y est déclinée dans la diversité technique et
méthodologique de ses pratiques de terrain (archéologie programmée vs archéologie préventive), dans ses grands
principes juridiques (régime juridique de l’archéologie, statut des collections, protection du patrimoine
archéologique) et dans les différentes modalités de sa valorisation et de sa diffusion (musées, collections,
médiation). Les aspects liés à la gestion des territoires de l'archéologie sont également évoqués, ainsi que le rôle,
l'action et les compétences des services de l'Etat (DRAC-SRA) et des services territoriaux (services
départementaux et communaux)
Mots-clés :
Archéologie, musées, collections, droit, territoire, patrimoine, médiation
Compétences visées :
Par ses approches théoriques et méthodologiques diversifiées, intéressant tous les champs et toutes les pratiques
de l'Archéologie, du terrain au Musée, cette UE entend fournir une large panoplie d'outils d'analyse et de réflexion
sur le rôle de l'Archéologie métropolitaine, son potentiel, ses référ
Pré-Requis :
UE ouverte aux étudiants de 1ère année de Master ayant déjà suivi les cours du tronc commun de la spécialité
Mode de validation :
L'évaluation est effectuée par un examen écrit sous la forme d'un court dossier de synthèse et de réflexion sur une
thématique transversale.
Contact(s) :
Patrick Paillet, MNHN, Département de Préhistoire, UMR 7194, Bâtiment 140, 43 rue Buffon - 75005 Paris
(jusqu'en Octobre 2014). Tél.: 01.40.79.35.19, Courriel : [email protected]
146
Table des matières
Spécialité : Quaternaire et Préhistoire
Parcours : Archéologie et Biosiversités
QP34 - Techniques de terrain et de laboratoire en Bioarchéologie.
Responsable(s) : Aurélie Salavert
Stéphane Frère
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
12
21
15
15
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
12
Objectifs de l’UE :
Ce module vise à initier les étudiants aux différentes techniques de terrain et de laboratoire liées à la collecte, au
traitement, à l'étude, et à la conservation des macro- et microrestes animaux et végétaux issus des fouilles
archéologiques. Les enseignements sont délivrés par des chercheurs, des ingénieurs et techniciens excercant dans
des laboratoires publics ou privés. Le module est composé de cours théoriques présentant des études de cas
largement illustrées, d'exercices pratiques, et de démonstrations de matériaux bioarchéologiques dans le cadre de
visites de laboratoires et de bases archéologiques abritant une activités de recherche en bioarchéologie.
Mots-clés :
Bioarchéologie, sclérochronologie, entomologie, parasitologie, palynologie, conservation/traitement des
matériaux, tamisage, prélèvements, INRAP
Compétences visées :
La finalité professionnelle des enseignements est largement mise en avant. L'étudiant sera capable de dialoguer
avec les différents spécialistes de la recherche bioarchéologique, afin d'établir les meilleurs protocoles, des
prélèvements sur le terrain à l'analyse en laboratoire.
Pré-Requis :
Une expérience de terrain est appréciée.
Mode de validation :
Examen écrit. La présence en cours et la participation active aux visites et TP rentrent également en compte dans
la notation finale.
Contact(s) :
Salavert Aurélie, MNHN-UMR 7209, CP56, 55 rue Buffon 75005 Paris, 01 40 79 34 62, [email protected]
147
Table des matières
Spécialité : Quaternaire et Préhistoire (QP)
Parcours : Tous parcours
QP35 - Traitement de la donnée localisée, méthodes d’acquisition
(topographie
Responsable(s) : Jean-Roch Houllier
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
30
20
20
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
14
Objectifs de l’UE :
- donner les bases théoriques du domaine concerné (définition, historique, domaines d'application, etc.);
- présenter les grands axes de connaissance relatifs au domaine (incluant les données et leurs différents types
les modalités de leur stockage et de leur exploitation par exemple dans le cas des SGBD et des SIGs) ;
- donner les bases utiles aux étudiants pour leur permettre de mieux appréhender ce même domaine et
d'envisager son utilisation dans le cadre de leurs activités de recherche. En particulier, en leur donnant la
possibilité via les TP de « manipuler concrètement » certains de ces outils.
Mots-clés :
- Acquisition : topographie ;
- Stockage : Systèmes de Gestion de Bases de Données (SGBD) ;
- Exploitation : les Systèmes d'Information Géographiques
Compétences visées :
Etre capable:
-d'acquérir via la topographie,
puis,
-de stocker dans un SGBD,
enfin,
-d'exploiter des informations archéologiques hétérogènes dans un SIG
Pré-Requis :
Pas de pré-requis. Idéalement, l'étudiant aura déjà quelques connaissances informatiques de base.
Mode de validation :
Examen écrit (QCM)
Contact(s) :
Monsieur Eric Robert
([email protected])Monsieur Patrick Paillet([email protected])
Monsieur Jean-Roch Houllier
([email protected]).
148
Table des matières
Spécialité : Quaternaire et Préhistoire
Parcours : Tous parcours
QP36/HMEEP203 Séminaire de technologie osseuse
Responsable(s) : E. David (UMR 7055)
C. Vercoutère (MNHN/UMR 7194)
D. Liolios (UPO/UMR 7055)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
14
14
14
1
Nb heures
par
semaine
35
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
Former les étudiants à l’analyse technologique des objets en matières dures d’origine animale (os, bois de cervidé,
coquilles, dents, ivoire …), qui permet de caractériser les connaissances et savoir-faire des sociétés pré- et protohistoriques.
Mots-clés :
Technologie osseuse ; Préhistoire ; Archéozoologie ; Typologie ; Tracéologie ; Expérimentation
Compétences visées :
Cet enseignement, à l’interface de l’archéozoologie, la technologie lithique et osseuse, la typologie, la tracéologie,
les recherches fonctionnelle et expérimentale, est largement ouvert aux échanges scientifiques. Le module se
décline en trois volets: théorique, appliqué et expérimental.
Pré-Requis :
Ce module s’adresse en priorité aux étudiants de Master (M1 et M2). Il est aussi ouvert aux doctorants dans la
limite des places disponibles.
Mode de validation :
Un oral pendant le module et un rapport écrit à rendre dans un délai d'un mois suivant le module.
Contact(s) :
Pour le MNHN : Carole Vercoutère, Dpt de préhistoire du MNHN, IPH, 1 rue René Panhard 75013 PARIS, 01 55 43
27 55, 01 43 31 22 79, [email protected]
149
Table des matières
Spécialité : Quaternaire et Préhistoire
Parcours : Biodiversité et Archéologie
QP37 - Bases de données, traitements et présentation des données en bioarchéologie
Responsable(s) : S. Grouard (MCM UMR7209)
F. Détroit (MCM UMR 7194)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
15
15
15
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
16
Objectifs de l’UE :
Ce module a pour but de donner aux étudiants un minimum méthodologique commun après la phase d’acquisition
des données brutes en archéozoologie, archéobotanique et anthropologie.
Ainsi, seront abordées les enregistrements informatisés, les bases de données, la précision des données
quantitatives, les spectres et diagrammes taxinomiques, les occurrences et richesses spécifiques, l’analyse des
données quantitatives et qualitatives, les représentations graphiques …
L’accent sera porté sur la bonne adaptation des méthodes d’analyses aux problématiques posées par le matériel,
le contexte et le site, voire la période chronologique.
Mots-clés :
enregistrements des données, données quantitatives et qualitatives, spectres et diagrammes taxinomiques,
richesses spécifiques, indices, graphiques
Compétences visées :
L’étudiant pourra acquérir une autonomie face à ses données bioarchéologiques. Il saura utiliser les bonnes
méthodes et outils selon les problématiques posées, tout en restant critique par rapport à ceux-ci. Il saura
également choisir la meilleur présentation de ses résultats.
Pré-Requis :
aucun
Mode de validation :
écrit
Contact(s) :
Sandrine Grouard ([email protected])
Florent Détroit ([email protected])
150
Table des matières
Spécialité : Quaternaire et Préhistoire
Parcours : tous parcours
QP38 - Grands mammifères plio-pléistocènes
Responsable(s) : Stéphane Péan (MCMU, MNHN), Marylène Patou-Mathis (DR CNRS, MNHN
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2,3
3
24
3
3
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
Cet enseignement présente la systématique et la taxinomie des grands mammifères, principalement d’Europe,
dont les vestiges sont trouvés en contexte paléolithique, afin de dresser leur cadre évolutif depuis la fin du
Néogène jusqu’au Pléistocène final. Les méthodes de reconstitution des caractéristiques paléobiologiques (p.ex.
modalités de croissance, dimorphisme sexuel), paléoécologiques (p.ex. adaptations locomotrices et alimentaires)
et paléoéthologiques (p.ex. comportements grégaires ou migrateurs) des espèces disparues sont exposées
(notamment par la squelettochronologie, la biogéochimie isotopique ou l’analyse des micro-usures dentaires), en
montrant l’intérêt et les limites des modèles actualistes.
Mots-clés :
Grands mammifères, Pliocène, Pléistocène, évolution, paléoécologie, archéozoologie, Paléolithique
Compétences visées :
A l’issue de cet enseignement, il est attendu une compréhension de l’évolution des ressources animales
disponibles pour les chasseurs-cueilleurs paléolithiques et, au-delà, des interactions Homme-animal.
Pré-Requis :
Modules « Préhistoire-Comportements » et « Méthodes de l’archéozoologie » du Tronc Commun Quaternaire et
Préhistoire
Mode de validation :
Evaluation par un examen écrit de 2 h et/ou un travail personnel de synthèse d’articles
Contact(s) :
Stéphane Péan, Marylène Patou-Mathis, Département de Préhistoire MNHN / UMR 7194 CNRS, I.P.H., 1 rue René
Panhard, 75013 Paris, tél. 01.43.31.62.91, fax 01.43.31.22.79, [email protected], [email protected]
151
Table des matières
Spécialité : QP Quaternaire et Préhistoire
Parcours : tous parcours
QP 39-Technologie lithique : théories, méthodes et applications
Responsable(s) : Hubert Forestier, Pr MNHN
Antoine Lourdeau, MC MNHN
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
3
24
6
6
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
Les grands principes de l’analyse technologique sont proposés dans ce module. Quels sont les moyens d’étudier
une collection de pierres taillées ? Comment lire, décrire, interpréter les chaînes opératoires ? Quels sont les
critères qui permettent de nommer un objet taillé ou un mode de production depuis les plus anciennes industries
connues jusqu’à celles de l’Epipaléolithique ?
Une initiation pratique au dessin dynamique et structural complètera l’approche théorique générale.
Cet enseignement présente les fondements théoriques et pratiques de la technologie ou « science des activités
humaines » en préhistoire s’en se détourner de l’intention finale des tailleurs : l'outil.
Mots-clés :
technologie, typologie, pierre taillée, débitage, façonnage, percussion, lame, éclat, outil, Paléolithique
Compétences visées :
Savoir identifier/décrire : le géofact de l'artefact, les différents produits du débitage/façonnage (éclats, lames,
lamelles), les nucléus, les différentes méthodes et techniques de taille (simples et complexes), les principaux outils
du Paléolithiques, les règles du dessin préhistorique.
Pré-Requis :
Etudiants de Master
Mode de validation :
examen oral avec lecture de pièce lithique et dessin/schéma sur table
Contact(s) :
[email protected]
[email protected]
152
Table des matières
Spécialité : Quaternaire et Préhistoire
Parcours : tous parcours
QP40 - Ostéologie des homininés fossiles
Responsable(s) : Dominique Grimaud-Hervé
Florent Détroit
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
15
0
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
12
Objectifs de l’UE :
Approfondissement des connaissances et initiation aux études pratiques du squelette humain, complétant les
cours du tronc commun QP et les modules QP16 (Paléoanthropologie: les premiers peuplements) et QP29
(Méthodes d'analyses en paléoanthropologie). Une large part des enseignements se déroulent sous forme de TP,
permettant aux étudiants d'approfondir leurs connaissances sur l'anatomie osseuse des différents sousensembles anatomiques du squelette des Homo sapiens actuels et des homininés fossiles, dans une approche
comparative et fonctionnelle.
Mots-clés :
Paléoanthropologie, homininés, Homo, Australopithecus, Paranthropus, ostéologie, anatomie comparée, anatomie
fonctionnelle, variabilité morphologique
Compétences visées :
Connaissance de l'anatomie osseuse des homininés fossiles et actuels, de sa variabilité intra-spécifique et
interspécifique et de ses implications fonctionnelles. Apprentissage des démarches de reconnaissance et de
détermination d'ossements humains fragmentaires (i.e. dérivés de fouilles)
Pré-Requis :
Inscription en M1 ou M2, connaissances de base en anatomie comparée ("générale" et humaine en particulier)
Mode de validation :
une courte épreuve pratique et évaluation des dossiers personnels des étudiants constitués durant les travaux
pratiques
Contact(s) :
Dominique Grimaud-Hervé ([email protected])
Florent Détroit ([email protected])
Dep. de Préhistoire - UMR7194 du CNRS
153
Table des matières
Spécialité : Quaternaire et Préhistoire
Parcours : Archéologie et Biodiversités
QP41 - Biologie appliquée à l’archéologie
Responsable(s) : Elise Dufour
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
6
30
12
12
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
L'UE aborde 1) les différents niveaux d’organisation du vivant : composants élémentaires (molécules, cellules,
tissus, organes), systèmes et organismes animaux et végétaux et niveau populationnel, 2) les liens entre les
structures, la forme et la fonction des organes, 3) le rôle joué par l’adaptation aux contraintes écologiques dans la
diversification du vivant 4) les différentes techniques analytiques. La contribution à différents domaines de
l’archéologie et de la bioarchéologie (détermination botanique et zoologie, paléogénétique, des régimes
alimentaires, etc.) sera présentée à partir de la lecture critique de documents scientifiques et de la visite d’une
plateforme technique.
Mots-clés :
Biologie ; Archéologie ; Anatomie comparée ; Morphologie ; Fonctions ; Cellule ; Macromolécules Isotopes ;
Hérédité ; Phylogénie ; Evolution
Compétences visées :
Introduction à la spécialisation "Archéologie et Biodiversités". But : acquérir une base de connaissances
théoriques et pratiques en biologie, anatomie, et techniques analytiques pour d'interpréter les restes biologiques
trouvés en contexte archéologique. Regard critique sur la littérature.
Pré-Requis :
aucun
Mode de validation :
Contrôle continu et examen écrit se déroulant à la fin de la deuxième semaine d'enseignement.
Contact(s) :
[email protected]
154
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : Commun
Bases de la taxonomie – SEP 1
Responsable(s) : Régine Vignes-Lebbe
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
6
30
27
3
5
Nb heures
par
semaine
14
Effectifs
max
50
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Exposer des idées, principes et méthodes propres à la systématique et présentation des étapes du travail
taxonomique, de la collecte des spécimens, à l’identification et la classification.
Mots-clés : (300 caractères max)
Taxon, systématique, collecte, collection, nomenclature, caractère, identification.
Compétences visées : (300 caractères max)
Acquisition des concepts clés de la taxonomie.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Base de biologie générale.
Mode de validation : (150 caractères max)
Contrôle continu et examen final écrit.
Contact(s) : (220 caractères max)
Régine Vignes-Lebbe : [email protected]
155
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : Commun
Les météorites, briques des planètes et de la vie – SEP 2
Responsable(s) : Matthieu Gounelle
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
18
6
6
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
25
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
L’objectif de ce cours est de retracer l’histoire de la Terre depuis sa formation à partir des météorites les plus
primitives jusqu’à l’apparition des premiers organismes vivants et de la géodiversité.
Mots-clés : (300 caractères max)
Météorites, origine de la vie, formation planètes, formation étoiles
Compétences visées : (300 caractères max)
Généralités sur les météorites ; Les impacts de météorites et leurs effets sur la biosphère; Travaux pratiques :
comment reconnaître une météorite – observations au microscope ; Météorites et origine de la vie ; Histoires de
météorites ; Formation de la Terre et de la Lune ; Mars.
Pré-Requis : (150 caractères max)
La formation initiale doit être scientifique (chimie, biologie, physique, géologie…). Aucune connaissance
mathématique au-delà du lycée n’est requise.
Mode de validation : (150 caractères max)
Examen oral et/ou rendu de lecture d’article.
Contact(s) : (220 caractères max)
Matthieu Gounelle : [email protected]
156
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : Commun
Bases de la phylogénétique - SEP 8
Responsable(s) : Véronique Barriel
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
6
47
13
0
6
Nb heures
par
semaine
10
Effectifs
max
50
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Expliquer ce qu'est la phylogénétique. Donner les bases des différentes méthodes de construction des arbres
phylogénétiques.
Mots-clés : (300 caractères max)
Arbre, phylogénie, phylogénétique.
Compétences visées : (300 caractères max)
Maîtrise des concepts phylogénétiques de base et savoir les appliquer, à toutes fins biologiques nécessitant un
contexte de pattern évolutif.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Licence de biologie (ou de géologie).
Mode de validation : (150 caractères max)
Examen écrit ; contôle continu.
Contact(s) : (220 caractères max)
Véronique Barriel : [email protected]
157
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : SE, PAL
Paléontologie des Vertébrés, Invertébrés et Paléobotanique - SEP 11
Responsable(s) : Isabelle Rouget
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
2
6
36
6
TP (h)
Nb de
semaines
3
Nb heures
par
semaine
12
Effectifs
max
20
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Exposer les grandes phases paléontologiques dans l’évolution des animaux et des plantes et l'intérêt de montrer
les champs d'application de l'étude des fossiles en paléontologie. Les thèmes abordés sont : la radiation
ordovicienne, les conquêtes du milieu terrestre, les milieux continentaux du Permo-Trias et du Mésozoïque
(émergence des lignées mammaliennes et des angiospermes), les radiations cénozoïques.
Mots-clés : (300 caractères max)
Evolution, systématique, radiations, innovations évolutives, adaptations environnement et paléoécologie.
Compétences visées : (300 caractères max)
Avoir des points de repères assez précis sur les grandes phases de l'évolution et les associer à des contextes
géologiques. Des notions d'histoire des sciences pour un avoir du recul sur les connaissances.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Connaissances de base (niv. Licence) en géosciences et/ou en sciences de la nature et de la vie.
Mode de validation : (150 caractères max)
Travail personnel (analyse d'article, document relevés pendant les séances) / 30. Examen écrit / 70.
Contact(s) : (220 caractères max)
Isabelle Rouget : [email protected]
158
Table des matières
Spécialité : SEP ; QP
Parcours : Commun
Anatomie comparée des vertébrés – SEP 14
Responsable(s) : Géraldine Véron & Sandrine Grouard
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
12
9
9
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
16
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
L’objectif est de donner aux étudiants une formation élémentaire en ostéologie comparée, dans une perspective
évolutive. L’architecture du squelette, du crâne et des dents, suivie sur la longue durée des ères géologiques et
inscrite dans son contexte fonctionnel (musculature, notamment) sera détaillée pour les différents groupes de
vertébrés. Les enseignements, essentiellement pratiques, s’appuieront sur les collections de paléontologie et
d’anatomie comparée du Muséum, ainsi que sur des séances de dissection.
Mots-clés : (300 caractères max)
Anatomie comparée, vertébrés, squelette, systématique.
Compétences visées : (300 caractères max)
Observation et identification de squelettes actuels et/ou fossiles.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Aucun pré-requis pour les étudiants de SEP ; avoir suivi le QP24 pour les étudiants de QP.
Mode de validation : (150 caractères max)
Examen oral.
Contact(s) : (220 caractères max)
Géraldine Véron : [email protected]
Sandrine Grouard : [email protected]
159
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : SE, PAL
Stage de Paléontologie : du terrain au laboratoire – SEP 17
Responsable(s) : Isabelle Rouget
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
2
3
3
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
26
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
11
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Ce module a pour but de former les étudiants à des méthodes et techniques de travail en paléontologie sur le
terrain (levé de log, échantillonnage...) et au traitement des échantillons en laboratoire (extraction par lavages,
frottis, lames minces, attaques aux acides, détermination, observations macro et microscopiques). L’objectif est
également de sensibiliser les étudiants aux problèmes des biais d’analyses dans l’étude d’un problème
paléontologique.
Le travail repose sur l’étude d’un cas concret : l’estimation et l’interprétation de la biodiversité du gisement de
Grignon d’âge Lutétien (Bassin de Paris). L’interprétation des paléofaunes et paléoflores en terme de
paléoenvironnement est également abordée.
Mots-clés : (300 caractères max)
Terrain, collecte, fossiles, biodiversité, fossilisation.
Compétences visées : (300 caractères max)
Savoir faire : un levé de coupe géologique, un échantillonnage pertinent sur le terrain, faire des lavages, estimer la
biodiversité fossile d'un gisement (calculs d'indices de diversité, raréfaction), décrire les caractéristiques
taphonomiques d'un échantillon, critique des données.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Connaissances de base (niveau Licence) en géosciences et/ou en sciences de la nature et de la vie.
Mode de validation : (150 caractères max)
Rapport écrit en fin de stage.
Contact(s) : (220 caractères max)
Isabelle Rouget : [email protected]
160
Table des matières
Spécialité : SEP et Géosciences
Parcours : Commun
Micropaléontologie – SEP 23
Responsable(s) : Delphine Desmares
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
10
20
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
20
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
L’UE a pour but de donner aux étudiant(e)s un aperçu des outils micropaléontologiques (faune et flore)
indispensables pour dater les roches sédimentaires et (ce sera l'axe principal de cette UE) reconstituer les
paléoenvironnements, les paléogéographies et les paléoclimats au cours de l'ensemble du Phanérozoïque.
Mots-clés : (300 caractères max)
Micropaléontologie, paléoenvironnements, paléobiodiversité, foraminifères, radiolaires, nannofossiles calcaires,
ostracodes, dinoflagellés.
Compétences visées : (300 caractères max)
Donner aux étudiant(e)s un aperçu des différents groupes de microfossiles pour qu'ils acquièrent des
compétences de base (paléoécologie et paléogéographie des microorganismes, répartition stratigraphique).
Pré-Requis : (150 caractères max)
Licence ST ou biologie (cette UE s'adresse aux parcours Géosciences et SEP).
Mode de validation : (150 caractères max)
Le contrôle des connaissances est un oral : analyse et présentation orale critique d'un article de
micropaléontologie et questions de cours.
Contact(s) : (220 caractères max)
Delphine Desmares : [email protected]
161
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : Commun
Bases de données - Modèles de données et langage d'accès - SEP 42
Responsable(s) : Régine Vignes-Lebbe
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
2
3
15
15
TP (h)
Nb de
semaines
2
Nb heures
par
semaine
15
Effectifs
max
20
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Les bases de données sont les outils incontournables de modélisation, de représentation et de gestion des
connaissances. Au-delà de la simple consultation de données, tirer parti au mieux des bases de données nécessite
d’en connaître les principes, les modèles, la conception, la mise en œuvre et les limites. Les SGBD (Systèmes de
gestion de bases de données) sont aujourd’hui facilement accessibles et tout jeune naturaliste, chercheur et
gestionnaire en environnement, trouveront dans l’utilisation de ces logiciels et la conception d’application, des
méthodes puissantes de structuration et d’analyse des données. Ce bagage conceptuel et pratique veut apporter à
la formation des biologistes une ouverture vers un domaine de l’informatique omniprésent dans la pratique
scientifique, et dans tout programme national ou international sur la biodiversité.
Mots-clés : (300 caractères max)
SGBD, MySQL, MS-Access, modèle relationnel, modèle entités-associations, SQL, modélisation.
Compétences visées : (300 caractères max)
SGBD et niveaux d’abstraction. Conception d’une base de données (principes et étapes). Modèles de données
(modèles conceptuels entité-association, modèle logique relationnel). Langage d’accès et d’interrogation, le SQL.
L'intégrité et la cohérence des données. Réalisation d’une base de données.
Standards internationaux d’échange de données de biodiversité. Bases de données et recherche scientifique.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Aucun.
Mode de validation : (150 caractères max)
Contrôle continu : 40/100. Travail sur projet : 60/100.
Contact(s) : (220 caractères max)
Régine Vignes-Lebbe : [email protected]
162
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : Commun
Arbres et Bois – SEP 43
Responsable(s) : Dario de Franceschi et Anaïs Boura
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
6
33
4
19
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
20
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Cette UE comprend des aspects concernant l’organisation des arbres et de leur fonctionnement, à différents
niveaux d’intégration : niveau des biomes, des écosystèmes, des organismes et de leur structure anatomique.
L’objectif est d’apporter aux étudiants les bases de connaissances systématiques, biologiques et écologiques
indispensables à toute étude en sciences forestières et/ou en xylologie.
Mots-clés : (300 caractères max)
Dynamique et gestion forestière, identification des arbres, télédétection, méristèmes et cambium, bois,
organismes xylophages et ravageurs.
Compétences visées : (300 caractères max)
Connaissance des forêts (française, tempérées, boréales et montagnardes, tropicales), connaissance des
opérations de gestion sylvicole en milieu tempéré et tropical, télédétection, notions de base de l'expertise
xylologique, expertise sur les ravageurs des arbres et du bois.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Bases de la biologie végétale.
Mode de validation : (150 caractères max)
Évaluation par un examen écrit, l'analyse de matériel biologique et/ou de documents.
Contact(s) : (220 caractères max)
Dario De Franceschi : [email protected]
Anaïs Boura : [email protected]
163
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : Commun
Méthodes de discrimination et d’identification taxinomique – SEP 44
Responsable(s) : Régine Vignes-Lebbe
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
18
8
0
1
Nb heures
par
semaine
26
Effectifs
max
20
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Former les futurs professionnels sur la biodiversité à la connaissance, l’utilisation et la maîtrise des méthodes
modernes, informatisées, d’aide à l’identification des spécimens. L’UE aborde les différents types de caractères :
moléculaires, phénotypiques, morphométriques, acoustiques, analyse d’images. Réalisation de clés d’identification
informatisées.
Mots-clés : (300 caractères max)
Identification, clés, barcoding, morphométrie, Xper, concept d'espèce.
Compétences visées : (300 caractères max)
Connaissance des méthodes et caractères utiles pour l'identification taxonomique. Maitriser l'informatisation d'un
groupe taxonomique pour proposer une aide à l'identification.
Pré-Requis : (150 caractères max)
aucun
Mode de validation : (150 caractères max)
Contrôle continu (30/100), travail personnel de ré alisation d’une clé informatisé e (50/100) et présentation orale
du travail personnel (20/100).
Contact(s) : (220 caractères max)
Régine Vignes-Lebbe : [email protected]
164
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : Commun
Epistémologie et histoire des sciences - SEP 46
Responsable(s) : René Zaragüeta et Donato Bergandi
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
20
10
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
60
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
La finalité première de ce cours est de permettre d'analyser et d'approfondir un large éventail de problématiques
propres à l'histoire et à la philosophie des sciences, de manière à éclairer les étudiants en systématique, évolution,
paléontologie et écologie, sur les enjeux des débats épistémologiques propres à leurs disciplines, afin de
permettre aux étudiants d’appréhender :
- des articles traitant de sujets de philosophie de leur propre discipline ;
- les contraintes imposées par les attitudes philosophiques admises : position face au réalisme des sciences,
importance de la composante relativiste, danger de la réification des concepts scientifiques.
Mots-clés : (300 caractères max)
Philosophie des sciences, épistémologie, réalisme, testabilité, hypothético-déduction, paradigme, métathéorie.
Compétences visées : (300 caractères max)
Compréhension des références philosophiques des articles scientifiques. Application des contraintes de validité
des raisonnements au travail, en particulier scientifique. Prise en compte du besoin de rigueur. Amélioration de la
capacité d'argumentation scientifique.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Aucun
Mode de validation : (150 caractères max)
Analyse d’ouvrage à partir d’une bibliographie sélectionnée.
Contact(s) : (220 caractères max)
René Zaragüeta : [email protected]
Donato Bergandi : [email protected]
165
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : Commun
L'origine des espèces - SEP 47
Responsable(s) : Pierre-Henri Gouyon
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
2
3
30
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
50
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Ce cours a plusieurs objectifs : D’une part, aider ceux qui le suivent à lire et comprendre le livre fondateur de
Darwin sur un plan à la fois historique et contemporain. D’autre part, développer une série de concepts
fondamentaux en biologie en explicitant la démarche qui a conduit à l’état actuel des idées. Enfin, promouvoir la
discussion dans le groupe concernant les développements actuels des questions abordées. L’idée est qu’à la suite
de ce module, les étudiants qui l’ont suivi acquièrent une vision dynamique de la pensée en biologie en général et
de l’évolution en particulier ; et qu’ils sachent situer les concepts qui leur ont été enseignés dans le contexte d’une
pensée en mouvement.
Mots-clés : (300 caractères max)
Darwin, origin of species, évolution, histoire, biologie.
Compétences visées : (300 caractères max)
Dimension historique du développement des sciences et de l’évolution en particulier. Bases scientifiques qui
fondent notre connaissance de l’évolution, arguments qui ont amené à abandonner une vision créationniste.
Conséquences sur ce que devrait être une vision scientifique de la biodiversité.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Les participants devront se présenter au module en ayant lu et annoté (pris des notes) "L’Origine des Espèces" au
moins dans la traduction française.
Mode de validation : (150 caractères max)
Chaque participant choisit un sujet concernant un point discuté dans l’ouvrage et écrit un rapport court sur ce
sujet.
Contact(s) : (220 caractères max)
Pierre-Henri Gouyon : [email protected]
166
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : Commun
Adaptation et Phylogénie – SEP 49
Responsable(s) : Yves Desdevises et Sophie Sanchez-Ferandin
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
6
18
42
0
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
30
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Familiariser les étudiants avec les concepts et méthodes en reconstruction phylogénétique (données
morphologiques et moléculaires), ainsi que les applications que l'on peut faire des arbres phylogénétiques : test
d'hypothèses d'adaptation (aperçu des méthodes d'analyse comparative), datation et évolution moléculaire,
reconstruction de caractères ancestraux, étude de cospéciation. Les étudiants sont aussi initiés à l’utilisation des
bases de données en ligne afin d’en extraire des données moléculaires.
Mots-clés : (300 caractères max)
Phylogénie, méthode comparative, adaptation, optimisation de caractères, datation, cophylogénie.
Compétences visées : (300 caractères max)
Savoir élaborer des phylogénies à partir de données et méthodes variées, savoir utiliser ces phylogénies pour
tester des hypothèses, être capable de choisir les méthodes adaptées aux diverses situations, savoir communiquer
ses résultats de façon claire et argumentée.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Connaissances en biologie générale, notions de biologies moléculaire, notion de statistiques : corrélation,
régression, tests d'hypothèse.
Mode de validation : (150 caractères max)
Présentation orale d'article scientifique et élaboration et présentation orale d'un projet utilisant les concepts et
méthodes acquises.
Contact(s) : (220 caractères max)
Yves Desdevises : [email protected]
Sophie Sanchez-Ferandin : [email protected]
167
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : Commun
Biochronologie, stratigraphie et mesure du temps géologique – SEP 52
Responsable(s) : Annachiara Bartolini et Silvia Gardin
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
2
3
10
20
TP (h)
Nb de
semaines
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
20
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Ce module est centré sur les méthodologies conduisant à l’établissement de l’échelle des temps géologiques et sur
la mesure du temps géologique. Nous tenterons de répondre à deux questions fondamentales pour qui s’intéresse
à l’histoire de la Terre : Comment dater une série sédimentaire, et les événements qui y sont enregistrés ?
Comment estimer la durée des événements ayant laissé une trace dans les sédiments ? Nous insisterons
également sur les méthodes de corrélations, et à ce titre une large part sera donnée à la biochronologie.
Mots-clés : (300 caractères max)
Echelle des temps géologiques, échelle chronologique globale, stratigraphie, biostratigraphie, biochronologie,
géochronologie, stratotypes, GSSP.
Compétences visées : (300 caractères max)
Analyser la fiabilité de l’échelle chronologique globale actuellement utilisée. Connaître les potentialités et les
limites des différentes méthodes d’analyse biochronologique, cyclostratigraphique, chimiostratigraphique,
géochronologique.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Connaissances de base (niveau Licence) en sciences de la nature et de la vie et/ou géosciences.
Mode de validation : (150 caractères max)
Évaluation par un examen écrit de 3 h.
Contact(s) : (220 caractères max)
Annachiara Bartolini : [email protected]
Silvia Gardin : [email protected]
168
Table des matières
Spécialité : SEP et UDV
Parcours : Commun
Biominéralisations - SEP 53
Responsable(s) : Stéphanie Auzoux-Bordenave, Marc de Rafélis et Nadia Améziane
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
2
6
26
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
34
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
16
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Montrer les interactions entre le "milieu" vivant et son environnement physico-chimique à travers les éléments
minéraux (calcium, silice…) et leurs associations moléculaires rencontrées dans les organismes. Les processus
biologiques/physico-chimiques de l'incorporation des éléments minéraux dans les matrices biologiques
cellulaires et extra-cellulaires des animaux comme des végétaux seront spécialement abordés, à l’échelle de
l’organisme.
Mots-clés : (300 caractères max)
Squelette, calcification, carbonate de calcium, silice, biominéral, interface minéral-organique, matrice
minéralisable, paléobiologie, diagenèse.
Compétences visées : (300 caractères max)
Appréhender la diversité et l’unité des formations bio-minérales grâce à des démonstrations pratiques sur
différentes espèces communes de nos côtes, caractériser les composants organiques et minéraux du squelette à
l'aide de techniques variées.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Aucun
Mode de validation : (150 caractères max)
Examen écrit : 40 points ; CC (analyse d'article) : 30 points ; Compte-rendu TP : 30 points.
Contact(s) : (220 caractères max)
Stéphanie Auzoux-Bordenave : [email protected]
Marc de Rafélis : [email protected]
Nadia Améziane :[email protected]
169
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : BEVT
Initiation aux milieux tropicaux – SEP 56
Responsable(s) : Anne Fournier, Bernard Riéra et Jean-Yves Dubuisson
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
3
30
0
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
15
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Ce module introduit, autour de l’idée de biome, quelques grand thèmes qui éclairent les particularités des régions
tropicales auxquelles se réfèreront tous les enseignements de la spécialité Biodiversité Végétale Tropicale. Ces
thèmes sont illustrés par une approche théorique et des études de cas présentées dans un esprit concret et
multidisciplinaire.
Mots-clés : (300 caractères max)
Biomes, végétation, climat, sols, gestion et exploitation.
Compétences visées : (300 caractères max)
Mise en perspective d'acquis précédents, analyse critique de textes scientifiques, aisance dans les travaux de
réflexion et de rédaction en groupe, aisance dans un groupe international.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Maîtrise suffisante de la langue française, formation incluant des enseignements en biologie végétale et/ou
écologie.
Mode de validation : (150 caractères max)
Synthèse bibliographique écrite en groupe sur sujets imposés et analyse critique individuelle écrite du travail en
groupe.
Contact(s) : (220 caractères max)
Anne Fournier : [email protected]
Bernard Riéra : [email protected]
Jean-Yves Dubuisson : [email protected]
170
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : Commun
Dessin scientifique - SEP 57
Responsable(s) : Jean-François Dejouannet, Bernard Duhem et Didier Geffard-Kuriyama
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
0
30
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
12
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Transmettre les bases techniques nécessaires à une autonomisation des participants dans leurs réalisations
iconographiques corollaires à leurs études et à la recherche scientifique.
Mots-clés : (300 caractères max)
Normes de représentation scientifique et techniques de dessin d’étude et d’observation, de dessin au trait,
d'encrage, de présentation des figures.
Compétences visées : (300 caractères max)
Les exercices pratiques proposés permettent aux participants de s’approprier les principales techniques du dessin
scientifique et de réaliser, étape par étape, une illustration conforme et adaptée aux besoins d’une finalité
scientifique : mémoire, publication, poster ou présentation.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Aucun pré-requis artistique, technique ou informatique n’est demandé.
Mode de validation : (150 caractères max)
Cette unité sera validée sur finalisation du travail demandé, sans critère qualitatif majeur.
Contact(s) : (220 caractères max)
Jean-François Dejouannet : [email protected]
Bernard Duhem : [email protected]
Didier Geffard-Kuriyama : [email protected]
171
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : Commun
Bases de morphologie fonctionnelle - SEP 59
Responsable(s) : Rémi Hackert
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
6
30
6
24
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
20
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
La forme d'une structure dépend de l'histoire évolutive de la structure (héritage phylogénétique), de la relation de
cette structure avec son environnement (aspects fonctionnels), et des briques à partir desquelles est réalisée cette
structure (aspects structuraux).
Ce module adresse l’étude de ces aspects fonctionnels et de structures. L’objectif est de montrer que replacer une
structure dans son environnement en étudiant notamment ses interactions avec les structures voisines permet de
mieux en comprendre la forme, la fonction, et aussi certaines performances de l’organisme tout entier.
Mots-clés : (300 caractères max)
Anatomie descriptive, échange de force, formes, fonctions, adaptation, mouvement, performance, evolution,
adaptation.
Compétences visées : (300 caractères max)
Description de l'interaction physique entre l'environnement et l'animal. Notion de contrainte mécanique.
Elaboration d'un modèle biomécanique pour estimer une performance (ex : force de morsure) à partir de données
anatomiques ou liées au mouvement.
Pré-Requis : (150 caractères max)
L'étudiant pourra avantageusement parcourir un livre de physique de première ou terminale pour y lire ou relire
les notions de masse, énergie, force.
Mode de validation : (150 caractères max)
Controle continu (CR de TP) + examen (1H).
Contact(s) : (220 caractères max)
Rémi Hackert : [email protected]
172
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : Commun
Anatomie Comparée – Tronc commun
Responsable(s) : Vincent Bels
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
1
3
30
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
10
Nb heures
par
semaine
3
Effectifs
max
25
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Comprendre une série de concepts fondamentaux et leur histoire en Anatomie Comparée et Fonctionnelle.
Développer une série de cas d’études illustrant l’évolution des formes d’organismes de tout type et leur
développement au sein d’une approche comparative et évolutive. Intégrer les aspects comparatifs de la
morphologie dans une vision dynamique de l’évolution et de ses mécanismes.
Mots-clés : (300 caractères max)
Morphologie, biologie comparative, évolution.
Compétences visées : (300 caractères max)
Atteindre des bases scientifiques permettant d’aborder, de manière rigoureuse l’anatomie comparée dans un
contexte intégratif et dans les courants de pensée actuels en biologie. Atteindre une vision rigoureuse des
mécanismes sous-jacents à l’évolution de la diversité passée et présente.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Connaissances en biologie.
Mode de validation : (150 caractères max)
Un questionnaire écrit (questions ouvertes). Un examen de rattrapage oral.
Contact(s) : (220 caractères max)
Vincent Bels : [email protected]
173
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : Commun
Initiation au recueil de données de terrain en milieu littoral
Responsable(s) : Tarik Meziane et Frédéric Olivier
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
2
3
8
12
8
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
12
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Cette UE a pour objectif principal d’initier et de sensibiliser les étudiants à l’inventaire des organismes et
populations des milieux littoraux avec un objectif d’évaluation de l’état de santé, de suivi et, si nécessaire, de
préservation de ces populations et de leur environnement. Lors du stage terrain, ils échantillonneront (collecte
et/ou observations) à la fois dans des communautés marines et terrestres (algues, phanérogames, invertébrés...)
lors de sorties encadrées par des spécialistes de ces biotopes. Les étudiants se familiariseront aux plans et
techniques d’échantillonnages puis s'appuieront sur les caractéristiques taxinomiques, biologiques et écologiques
des organismes pour leurs inventaires.
Mots-clés : (300 caractères max)
Inventaire, milieux littoraux, optimisation des données de terrain, habitats.
Compétences visées : (300 caractères max)
Notion de communauté, distribution des espèces, identification morphologique, clés d'identification
informatisées, standardisation et informatisation de données, analyse de données, notion de mesure
conservatoire.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Connaissances en biologie et intérêt pour les inventaires naturalistes de terrain.
Mode de validation : (150 caractères max)
Evaluation au travers d’un examen final et/ou d’un rapport.
Contact(s) : (220 caractères max)
Tarik Meziane : [email protected]
174
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : BEVT, SE, PAL
Diversité anatomo-morphologique et histoire des lignées chlorophylliennes – SEP 4
Responsable(s) : Jean-Yves Dubuisson et Dario de Franceschi
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
30
10
20
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
20
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Cette UE se propose de préciser dans un cadre historique et évolutif l'organisation des principaux phylums d'«
algues » et de plantes terrestres (Embryophytes) et les événements clés qui ont caractérisé cette évolution.
Dans un cadre épistémologique, les différentes classifications (systèmes artificiels, classifications naturelles
traditionnelles, gradistes ou cladistiques) seront exposées et comparées. La formation pratique intégrera la
recherche des homologies, la caractérisation des différents organes, les différentes méthodes d'identification des
organismes végétaux et les bases de la floristique.
Mots-clés : (300 caractères max)
Cyanobactéries, endosymbioses, ovule, Embryophytes, Monilophytes, Spermatophytes, floristique, Angiospermes,
analyse florale.
Compétences visées : (300 caractères max)
Acquisition des connaissances de base des grands groupes de végétaux actuels et fossiles, de la diversité de leurs
plans d'organisation, des critères et méthodes utilisés pour les regroupements en systématique.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Pas de pré-requis, mais des connaissances de bases en biologie végétale sont recommandées.
Mode de validation : (150 caractères max)
Contrôle continu et examen final sur les enseignements théoriques et pratiques (3h).
Contact(s) : (220 caractères max)
Jean-Yves Dubuisson : [email protected]
Dario de Franceschi : [email protected]
175
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : PAL, SE
Structure et histoire paléontologique des grands clades de Métazoaires – SEP 5
Responsable(s) : Gaël Clément
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
30
0
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
20
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Ce module aborde, par des études de cas choisies dans les divers grands clades des organismes métazoaires, les
principaux problèmes rencontrés et les méthodes utilisées en biologie comparative, phylogénie et systématique.
Des clades majeurs ont été choisis notamment pour illustrer l'impact des fossiles sur les phylogénies, ceci en
raison de l'information que portent les caractères morphologiques de leurs représentants fossiles.
Mots-clés : (300 caractères max)
Phylogénie, paléontologie, métazoaires, histoire évolutive.
Compétences visées : (300 caractères max)
Considérations de l'importance des fossiles pour les interprétations phylogénétiques, systématiques, écologiques
et biogéographiques.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Bonnes notions de systématique animale, bases en phylogénie.
Mode de validation : (150 caractères max)
Évaluation par un examen écrit de 3 h
Contact(s) : (220 caractères max)
Gaël Clément : [email protected]
176
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : Tous
Initiation aux techniques de collectes et d’inventaires systématiques – SEP 18
Responsable(s) : Jean-Yves Dubuisson et Christine Rollard
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
0
30
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
25
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Stage de terrain : initiation aux différentes techniques de collectes et d’inventaires dans des milieux variés
ainsi qu’à l’identification à partir de matériel collecté.
Mots-clés : (300 caractères max)
Zoologie, paléontologie, géologie, botanique, écologie, inventaires, identification, systématique.
Compétences visées : (300 caractères max)
Mettre en place un protocole d'inventaires et de collectes de données sur le terrain ; Collecter et conserver du
matériel (botanique, zoologique, géologique) ; Utiliser les outils d'identification.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Bases en biologie des organismes, systématique et/ou paléontologie.
Mode de validation : (150 caractères max)
Rapport écrit sur un sujet libre en relation avec les thématiques du stage.
Contact(s) : (220 caractères max)
Jean-Yves Dubuisson : [email protected]
Christine Rollard : [email protected]
177
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : SE, PAL
Morphométrie et analyses des formes - SEP 19
Responsable(s) : Michel Baylac
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
12
9
0
1
Nb heures
par
semaine
21
Effectifs
max
20
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Acquérir les connaisances théoriques et pratiques sur :
- les méthodes de base en morphométrie classique et géométrique
- la signification et le traitement des ratios, formes et conformations, espaces des conformations (shape space)
- les différents types d'allométrie et leur calcul
- les types de données morphométriques, points-repères, sliding landmarks
- savoir décrire les formes et les caractériser (techniques et outils d'acquisition)
- connaître et utiliser les principaux logiciels de la série des TPS.
- lecture critique d'articles
L'enseignement comprend la totalité des étapes d'une analyse morphométrique de la définition des données, à
leur analyse et la restitution des résultats.
Mots-clés : (300 caractères max)
Morphométrie multivariée classique, distances, morphométrie géométrique, points-repères, contours,
ratios, allométries.
Compétences visées : (300 caractères max)
Savoir caractériser par des descripteurs métriques les plus adaptés les formes biologiques étudiées, les analyser,
interpréter les résultats et savoir les restituer dans le but d'une publication.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Une connaissance des principales méthodes d'Analyses Multivariées est conseillée (ACP, ANOVA, MANOVA, AFD) :
UE SEP 36 par exemple.
Mode de validation : (150 caractères max)
Analyse d'un jeu de données imposé et évaluation orale avec mini-soutenance.
Contact(s) : (220 caractères max)
Michel Baylac : [email protected]
178
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : Tous
Taxinomie et nomenclature – SEP 20
Responsable(s) : Annemarie Ohler
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
24
6
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
20
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Approfondir les connaissances sur la nomenclature et la taxinomie zoologique et botanique ; comprendre les
règles qui agissent les attributions et validations des noms dans les différents systèmes ; Phylocode, nomenclature
supra-familiale.
Mots-clés : (300 caractères max)
Nomenclature, taxinomie, approches théorique et pratique, nouveaux propositions, phylocode.
Compétences visées : (300 caractères max)
Pouvoir comprendre, analyser et produire des classifications et des listes de synonymies en systématique
zoologique et botanique ; savoir utiliser les règles du code de nomenclature, connaitre les termes techniques
relatif à ce domaine scientifique.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Aimer la logique, être soigneux, s'intéresser à la systématique.
Mode de validation : (150 caractères max)
Examen écrit comportant des questions théoriques et des exercices pratiques concernant la nomenclature
zoologique et botanique.
Contact(s) : (220 caractères max)
Annemarie Ohler : [email protected]
179
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : PAL, SE
Morphologie cladistique informatisée - SEP 21
Responsable(s) : Véronique Barriel
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
15
15
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
20
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
L’objectif de ce module est d’assurer aux étudiants une formation, la plus complète possible, sur la reconstruction
phylogénétique assistée par ordinateur dans le cadre de la méthode cladistique (systématique phylogénétique).
Les différents principes de la méthode sont présentés associés à une utilisation du logiciel PAUP. Les différentes
étapes de la méthode cladistique sont abordées d’un point de vue théorique et pratique : établissement d’une
matrice morphologique (d’amniotes) après observation de caractères anatomiques, analyse de la matrice, retour
aux caractères sur l’arbre de parcimonie, mesures associées, discussion des relations de parenté, etc.
Mots-clés : (300 caractères max)
Cladistique, parcimonie, caractères, taxons, matrice, anatomie, amniotes, arbres, consensus, homologie,
homoplasie, indices, PAUP, TNT.
Compétences visées : (300 caractères max)
Maitrise de l'analyse clastique et des logiciels dédiés.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Bases de la phylogénétique (SEP 8).
Mode de validation : (150 caractères max)
Examen écrit de 2h et rapport à rendre sur l'exercice amniotes (5 pages).
Contact(s) : (220 caractères max)
Véronique Barriel : [email protected]
180
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : principalement SE
Phylogénie Moléculaire – SEP 22
Responsable(s) : Nicolas Vidal
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
24
24
10
2
Nb heures
par
semaine
29
Effectifs
max
15
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Présentation des bases théoriques de la reconstruction phylogénétique à l’aide de l’outil moléculaire et
apprentissage de la pratique depuis l’extraction d’ADN jusqu’à l’interprétation des arbres phylogénétiques à l’aide
d’un jeu de données obtenu pendant l’UE.
Mots-clés : (300 caractères max)
ADN, PCR, alignement, analyses phylogénétiques, distances, parcimonie, approches probabilistes, robustesse,
fiabilité.
Compétences visées : (300 caractères max)
Maîtrise des manipulations de laboratoire (extraction d'ADN, PCR, séquençage). Maîtrise de la reconstruction
phylogénétique et de l'interprétation des arbres.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Aucun.
Mode de validation : (150 caractères max)
Rapport écrit.
Contact(s) : (220 caractères max)
Nicolas Vidal : [email protected]
181
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : PAL, SE
Paléohistologie – SEP 27
Responsable(s) : Jorge Cubo Garcia
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
15
15
0
2
Nb heures
par
semaine
15
Effectifs
max
20
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Cette UE est particulièrement recommandée pour les étudiants intéressés par la paléontologie, la paléobiologie,
les paléo-environnements. Elle a pour objectif de présenter une synthèse sur les relations structuro-fonctionnelles
des tissus squelettiques (méso et microstructures) des vertébrés actuels et fossiles et leur évolution. Les
applications qui en découlent (restitution des traits d'histoire de vie, des stratégies de croissance et de
développement, données paléo-biologiques et paléo-environnementales) seront abordées.
Mots-clés : (300 caractères max)
Paléontologie, évolution, systématique, paléohistologie, squelette, Vertébrés, paléobiologie.
Compétences visées : (300 caractères max)
Acquérir une formation solide en inférence paléobiologique utilisant l’architecture fine du tissu osseux.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Aucun.
Mode de validation : (150 caractères max)
Examen écrit.
Contact(s) : (220 caractères max)
Jorge Cubo Garcia : [email protected]
182
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : BEVT, SE, PAL
Xylologie-Paléoxylologie : Systématique et Paléoécologie - SEP 28
Responsable(s) : Anaïs Boura et Dario de Franceschi
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
16
4
10
2
Nb heures
par
semaine
15
Effectifs
max
15
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Mise en évidence des caractères microscopiques du bois utilisés en systématique, phylogénie et écologie.
Reconnaissance micro et macroscopique des principales espèces ligneuses tempérées et exemples de taxons
tropicaux. Application de la xylologie aux bois fossiles, subfossiles ou aux restes archéologiques pour la
reconstruction des paléoflores et des paléoenvironnements ou la datation.
Mots-clés : (300 caractères max)
Expertise xylologique, xylothèque, caractères anatomiques, descriptions, reconstitution paléo-environnements,
dendrochronologie, anthracologie.
Compétences visées : (300 caractères max)
Connaissance du matériau bois, Principes et applications de l'expertise en xylologie, Gestion d’une xylothèque,
Connaissance de la variabilité anatomique, Évolution des caractères et phylogénie, Bases de la dendrochronologie
& anthracologie.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Connaissances de base en botanique et anatomie végétale.
Mode de validation : (150 caractères max)
Évaluation par un contrôle continu et un examen écrit + une analyse pratique de bois (au microscope) et/ou de
documents.
Contact(s) : (220 caractères max)
Anaïs Boura : [email protected]
Dario De Franceschi : [email protected]
183
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : SE, PAL
Morphologie fonctionnelle: évolution et adaptation – SEP 30
Responsable(s) : Vincent Bels
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
3
3
30
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
15
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Comprendre une série de concepts fondamentaux et les théories actuellement proposées pour établir les liens
fonctionnels entre les structures, les comportements et la fitness. Développer une série de cas d’études illustrant
les relations entre les formes, abordées à différentes échelles (de la molécule à l'organisme) et leurs implications
dans les réponses comportementales des organismes pour promouvoir les discussions au sein d’une approche
comparative et évolutive. Intégrer les aspects fonctionnels dans une vision dynamique de l’évolution et de ses
mécanismes afin de disposer d’outils permettant d’aborder les relations forme-fonction dans un contexte
intégratif.
Mots-clés : (300 caractères max)
Morphologie, écologie comportementale, éthologie, biomécanique, physiologie, phylogénie, évolution, adaptation,
biologie comparative.
Compétences visées : (300 caractères max)
Atteindre des bases scientifiques permettant d’aborder, de manière rigoureuse, les réponses fonctionnelles des
organismes aux contraintes de l’environnement dans un contexte de biologie comparative et évolutive.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Connaissances de base en biologie.
Mode de validation : (150 caractères max)
Défense d'articles sous la forme d'un séminaire en fin d’UE.
Contact(s) : (220 caractères max)
Vincent Bels : [email protected]
184
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : Tous
Origines de la vie – SEP 31
Responsable(s) : Marie-Christine Maurel
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
15
15
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
15
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Initiation de niveau M2 aux thèmes liés aux origines de la vie dans le Système Solaire. Les objectifs sont d'assurer
une culture scientifique de base et de bon niveau sur ces sujets en rapport avec des enjeux très actuels sur la
biologie de synthèse, l'origine et l'importance de la photosynthèse dans les problèmes liés à l'environnement et à
l'écologie, les OGMs, etc. Manipuler, fabriquer la vie ? Planétologie et exploration spatiale seront également
présentées dans ce contexte environnemental.
Mots-clés : (300 caractères max)
Origines de la vie, biologie de synthèse, photosynthèse et environnement, OGMs, fabriquer la vie ?, système
solaire; Mars.
Compétences visées : (300 caractères max)
Les objectifs de l'UE sont d'assurer une culture scientifique de base et de bon niveau sur des sujets en rapport
avec des enjeux environnementaux et éthiques très actuels.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Forte motivation et une curiosité scientifique aigue pour acquérir de solides connaissances sur des thèmes peu
abordés dans les cursus "classiques".
Mode de validation : (150 caractères max)
Évaluation par un contrôle continu écrit et une présentation orale d'analyse d'article.
Contact(s) : (220 caractères max)
Marie-Christine Maurel : [email protected]
185
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : Tous
Exploration et description de la biodiversité – SEP 33
Responsable(s) : Philippe Bouchet et Nicolas Puillandre
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
20
0
0
1
Nb heures
par
semaine
20
Effectifs
max
20
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Le débat fait rage dans la communauté scientifique et dans toute la société sur le futur de la biodiversité. Mais où
en est-on de l'inventaire des espèces d'animaux, de champignons, de plantes de la planète ? Que reste-t-il à
découvrir, et où ? Où et comment sont publiées les descriptions de nouvelles espèces ? Que font les systématiciens
pendant la "6ème extinction" ?
Mots-clés : (300 caractères max)
Taxonomie, description d'espèces, exploration, biodiversité, systématique, 6ème extinction.
Compétences visées : (300 caractères max)
Acquérir des connaissance sur la magnitude, l'exploration et la description de la biodiversité.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Connaissance générale en taxonomie.
Mode de validation : (150 caractères max)
Travail personnel de l'étudiant qui tiendra lieu de contrôle continu.
Contact(s) : (220 caractères max)
Philippe Bouchet : [email protected]
Nicolas Puillandre : [email protected]
186
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : Tous
Statistiques et Analyses des Données – SEP 36
Responsable(s) : Michel Baylac et Sandrine Pavoine
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
3
3
20
10
TP (h)
Nb de
semaines
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
20
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Fournir les connaissances et outils nécessaires à la pratique de l’analyse des données multivariées. Le module
inclut une introduction au logiciel R, environnement graphique et statistique puissant, largement utilisé en
recherche et disponible gratuitement sur la plupart des plateformes informatiques. Un rappel des principales
notions vues lors d’un cursus universitaire standard sera fait. Avant toute pratique, le module sera illustré par de
nombreux exemples. Des fichiers pdf reprenant l’ensemble des diapositives illustrant les cours seront disponibles
sur le serveur du Muséum pour les participants inscrits.
Mots-clés : (300 caractères max)
Statistiques multivariées, analyses en composantes principales, analyse factorielle des correspondances, analyse
des correspondances multiples, analyses discriminantes, classifications hiérarchiques, partitions, mélanges
Gaussiens, analyses sur tableaux de distances, test de Mantel, langage R.
Compétences visées : (300 caractères max)
Maîtriser les différentes techniques d’analyse, sélectionner les méthodes adaptées aux données, produire des
graphiques adaptés et de qualité, résumer et synthétiser les résultats en vue de publication, maîtriser les fonctions
ad hoc de R.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Variances, covariances, corrélations.
Mode de validation : (150 caractères max)
Analyse d’un jeu de données nouveau, rapport sous forme de diapositives et soutenance orale.
Contact(s) : (220 caractères max)
Michel Baylac : [email protected]
Sandrine Pavoine : [email protected]
187
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : Principalement PAL
Paléo-biogéographie et paléo-biodiversité - SEP 37
Responsable(s) : Loïc Villier et René Zaragüeta
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
15
15
0
2
Nb heures
par
semaine
15
Effectifs
max
30
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Le premier objectif est d’acquérir les principes et les méthodes employés en biogéographie par les biologistes et
les paléontologues, notamment les outils de comparaison et de reconstitution de l’histoire biogéographique
(indices de similitude des associations taxonomiques, approches historiques, méthodes cladistiques).
La distribution de la biodiversité à la surface du globe et son histoire sont intimement liées à l’histoire de la
géographie physique et à l’écologie des espèces. Le second objectif est d’illustrer cette relation (endémisme,
relation surface/biodiversité, influence de la conformation des continents et des conditions environnementales,
etc.) à travers les exemples d’organismes continentaux ou marins.
Mots-clés : (300 caractères max)
Biogéographie, biodiversité, phylogénétique, paléontologie, environnements continentaux et océaniques.
Compétences visées : (300 caractères max)
Connaissance des concepts et des méthodes d’analyse de la biogéographie. Intégration de la paléo-biogéographie
dans les modèles d’analyse de la biodiversité actuelle et fossile.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Connaissances minimales (niveau Licence) en biodiversité, phylogénétique et tectonique des plaques.
Mode de validation : (150 caractères max)
Évaluation par examen écrit de 2h.
Contact(s) : (220 caractères max)
Loïc Villier : [email protected]
René Zaragüeta : [email protected]
188
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : Tous
Formalisation des connaissances en systématique et paléobiodiversité - SEP 38
Responsable(s) : René Zaragüeta et Régine Vignes-Lebbe
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
30
0
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
0
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
La formalisation des connaissances est au coeur de toute démarche méthodologique. Cet enseignement a pour
objectif de présenter les objets mathématiques et informatiques au travers desquels sont ensuite présentés et
discutés les concepts de la systématique, et des méthodes d'analyse phylogénétique.
Mots-clés : (300 caractères max)
Formalisation, modèle, représentation informatique, caractère, homologie.
Compétences visées : (300 caractères max)
Acquisition des bases formelles permettant de représenter un large éventail de problématiques, capacité
d'identification de problèmes particuliers comme instances de classes de problèmes, capacité de synthèse.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Bases de biologie, concepts phylogénétiques.
Mode de validation : (150 caractères max)
Présentation écrite et orale d'un travail personnel sur analyse bibliographique d'au moins 2 articles.
Contact(s) : (220 caractères max)
René Zaragüeta : [email protected]
Régine Vignes-Lebbe : [email protected]
189
Table des matières
Spécialité : SEP ; QP
Parcours : SEP : Principalement PAL
Taphonomie – SEP 39
Responsable(s) : Christiane Denys et Marylène Patou-Mathis
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
28
2
0
2
Nb heures
par
semaine
15
Effectifs
max
22
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Comprendre et assimiler les concepts et méthodes de la taphonomie constituent les premiers objectifs de ce
module. Cette discipline est à l’interface de la géologie et de la biologie et a pour but de reconstituer les étapes et
les conditions environnementales de la formation des sites et des assemblages paléontologiques et
archéologiques, de comprendre la diagénèse des éléments organiques et minéraux dont l’ADN, de déterminer le
rôle de l’homme par rapport aux animaux dans les accumulations. A l’aide de différents exemples les implications
paléoécologiques, biostratigraphiques et archéozoologiques des études taphonomiques seront présentées.
Mots-clés : (300 caractères max)
Taphonomie, diagénèse, fossilisation, paléoécologie.
Compétences visées : (300 caractères max)
Devenir taphonomiste et paléoenvironnementaliste, ou géochimiste.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Avoir une bonne connaissance de l'anatomie des vertébrés. Avoir participé à des chantiers de fouilles
paléontologiques et/ou archéologiques.
Mode de validation : (150 caractères max)
Examen écrit (3h) comportant deux questions de cours à traiter en 2h et une question basée sur des documents
photographiques ou échantillons osseux.
Contact(s) : (220 caractères max)
Christiane Denys : [email protected]
Marylène Patou-Mathis : [email protected]
190
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : IAB, BEVT
Biodiversity Informatics - SEP 41
Responsable(s) : Régine Vignes-Lebbe
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
15
20
20
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
15
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Acquérir une maîtrise de l’outil informatique pour la recherche scientifique. Connaître les grands programmes
d’information sur la biodiversité, les enjeux et problèmes informatiques actuels dans ce domaine. Acquérir les
compétences techniques permettant de comprendre l’architecture des projets et d’y contribuer.
Mots-clés : (300 caractères max)
Web, diffusion des connaissances, bases de données, programmation PHP.
Compétences visées : (300 caractères max)
Initiation aux langages du web pour la modélisation et la diffusion des connaissances naturalistes : Bases de
données, SQL, HTML, CSS, programmation PHP. Organisation et gestion de projets.
Outil de modélisation (bases UML).
Pré-Requis : (150 caractères max)
Bases de programmation et connaissances de base sur les SGBD.
Mode de validation : (150 caractères max)
Contrôle continu sur projet collectif : 30/100. Projet personnel encadré : 70/100.
Contact(s) : (220 caractères max)
Régine Vignes-Lebbe : [email protected]
191
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : Principalement SE
Phylogénie des métazoaires: évolution des plans d’organisation – SEP 45
Responsable(s) : Michael Manuel
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
10
9
11
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
20
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Cette UE envisage la diversité des animaux pluricellulaires (métazoaires) à haut niveau taxonomique (au-dessus
de l’embranchement). Il est proposé une synthèse critique de la littérature récente sur la phylogénie et l’évolution
des métazoaires : aspects consensuels et questions encore non résolues ; interprétation phylogénétique des
caractères morpho-anatomiques et embryologiques ; problèmes méthodologiques ; contribution relative des
données morphologiques, paléontologiques, moléculaires et évo-dévo. L'histoire des idées à propos de l'évolution
animale (depuis le début XIXème) est également abordée. L’intérêt au plan évolutif des embranchements dits «
mineurs » est souligné et discuté.
Mots-clés : (300 caractères max)
Phylogénie, évolution, métazoaires, animaux, anatomie comparée, zoologie.
Compétences visées : (300 caractères max)
Appréhender une problématique scientifique complexe et la replacer dans un cadre historique ; analyser un
article scientifique, le résumer et le discuter d'une manière critique ; comprendre comment les concepts et
méthodes de la systématique moderne sont mis en oeuvre dans un cadre empirique.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Connaissances de base (niveau L1-L3) sur les plans d’organisation des grands embranchements de métazoaires.
Mode de validation : (150 caractères max)
Examen écrit (en janvier).
Contact(s) : (220 caractères max)
Michael Manuel : [email protected]
192
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : Principalement PAL
Les crises biologiques : connaitre le passé, comprendre l’actuel – SEP 51
Responsable(s) : Silvia Gardin et Annachiara Bartolini
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
20
10
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
20
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Qu’est-ce qu’une crise ? Comment reconnaître une crise dans l’enregistrement fossile ? Existe-t-il des différences
entre crises et extinctions ? Comment en mesure-t-on l’ampleur ? Les crises du passé ont-elles des traits communs
? Y a-t-il une cause unique ou plusieurs ? Ce module a pour but de faire le point des connaissances autour des
crises du passé, mais aussi de s'intéresser à celle du présent.
Mots-clés : (300 caractères max)
Crises, extinctions, radiations, évolution, paléoécosystèmes, bio-calcification, patterns, causes, conséquences.
Compétences visées : (300 caractères max)
Evénements évolutifs (déclin de la biodiversité, processus de récupération, spéciation,...) et analyse
environnementale. Taphonomie et biais d'enregistrement fossile. Contrainte temporelle.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Connaissances de base (niveau Licence) en sciences de la Terre et de la Vie.
Mode de validation : (150 caractères max)
Evaluation orale.
Contact(s) : (220 caractères max)
Silvia Gardin : [email protected]
Annachiara Bartolini : [email protected]
193
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : Principalement BEVT
Floristique Tropicale (FLORATROP) – SEP 55
Responsable(s) : Jean-Yves Dubuisson et Bernard Riéra
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
22
4
4
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
max
20
Objectifs de l’UE : (730 caractères max)
Cette UE se propose d’exposer sous forme d’une série de conférences les grandes problématiques actuelles en
biodiversité végétale et botanique tropicale, en incluant les principales méthodes d’investigation, de collection et
d’analyse de cette biodiversité. Des spécialistes de divers groupes taxonomiques tropicaux représentatifs («
Cryptogames » et Spermatophytes) présenteront l’historique, les projets en cours et les perspectives de la
recherche sur ces taxons afin d’illustrer les diverses approches qui sont développées actuellement en floristique
tropicale. Des rappels sur les bases de la floristique seront également dispensés en début d’UE.
Mots-clés : (300 caractères max)
Floristique, botanique, tropiques.
Compétences visées : (300 caractères max)
Acquisition du corpus de connaissances de base en diversité botanique tropicale, incluant la méthodologie et les
divers niveaux d’étude et d’analyse de cette diversité.
Pré-Requis : (150 caractères max)
Bases en botanique et floristique.
Mode de validation : (150 caractères max)
Examen écrit final.
Contact(s) : (220 caractères max)
Jean-Yves Dubuisson : [email protected]
Bernard Riéra : [email protected]
194
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : E2F
E2F11 Initiation au recueil des données de terrain
Responsable(s) : Bruno de Reviers
(PR MNN)H ,Christine Rollard (MC MNHN), Frédéric Hendoux (Dir. Du CBNBP)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
8
30
0
2
Nb heures
par
semaine
30 semaine
1, 8
semaine 2
Effectifs
maximum
15
Objectifs de l’UE :
Former au diagnostic de terrain en employant les méthodes d'inventaires et les outils d'évaluation du patrimoine
naturel. Comprendre l'organisation et le fonctionnement des milieux naturels (gradients, dynamique végétale) à
partir d'un diagnostic des communautés végétales en y associant la faune et la flore caractéristique. Identifier les
enjeux de conservation et être capable de définir les modes de gestion du site à mettre en place en fonction des
cibles de conservation. Être capable de restituer de façon synthétique ses observations et les hiérarchiser.
Mots-clés :
odonates, chiroptères, ornithologie, arachnologie, botanique, phytosociologie, habitats naturels, diagnostic
écologique, bioévaluation
Compétences visées :
Acquisition des méthodes d'inventaire de terrain pour différents groupes
Reconnaissance des espèces caractéristiques de différents milieux naturels
Compréhension de l'organisation des habitats naturels sur le terrain (gradient, dynamique végétale)
Pré-Requis :
Connaissances naturalistes de base
Fonctionnement des écosystèmes
Bases de la classification et de la taxonomie (faune et flore)
Mode de validation :
Rapport de synthèse
Contact(s) :
Bruno de Reviers, Christine Rollard [email protected], Frédéric Hendoux [email protected] 01.40.79.35.55
195
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : E2F
5UM06 Réalisation de son projet dans les métiers de l’expertise écologique
Responsable(s) : Bruno de Reviers et Dominique Richard
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
60
0
0
2
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
Dans le domaine privé, un des principaux débouchés pour un expert taxinomiste est le bureau d’étude en
environnement ou l’expertise conseil en tant que consultant indépendant. Face aux nombreux cadrages législatifs,
européens ou nationaux visant à la conservation des espèces et des habitats, se multiplient les besoins d’études
d’impact de grands travaux (autoroutes, zones d’urbanisation, passage de lignes haute tension etc., plateformes
pétrolières…), de propositions de restauration de milieux, de définition de priorités de protection dans un schéma
d’aménagement régional etc. En outre, avec la mise en œuvre du réseau européen NATURA 2000 de sites
protégés, de nombreux besoins s’expriment pour l’établissement de plans de gestion tenant compte, au cas par
cas, de l’environnement propre au site et aux conditions nécessaires à la conservation des espèces et des habitats
visés. Le présent enseignement a pour objet de faire connaître aux étudiants, à travers des cas très concrets, le
rôle et les activités développés par différents bureaux d’étude sur ces thématiques, mais aussi d'apprendre à
gérer, dans le cadre de leur fonction, la communication avec des interlocuteurs très divers (politiques,
journalistes, opposants à leur action) ; apprendre à mettre sur pied un projet, chercher des financements ou créer
une entreprise (et en comprendre le fonctionnement) ; faire un bilan de compétences pour appréhender au mieux
leur recherche d’emploi et leur future carrière.
Mots-clés :
métiers de l'expertise écologique/ prospection/ comptabilité et gestion d’une entreprise/ communication/
bureau d’études/ consultant indépendant
Compétences visées : (300 caractères max)
Connaissance de l’organisation et des missions d’un bureau d’étude spécialisé en écologie.
Savoir valoriser les travaux d’inventaires faunistiques et floristiques dans le cadre de dossiers d’expertise à
l’attention de décideurs.
Connaissance de l’implication des cadres règlementaires européens et nationaux sur les dossiers.
Savoir rédiger un plan de gestion des milieux.
Découverte des possibilités de projet dans un secteur
Eléments de comptabilité ; Comment monte-t-on un projet ? Comment créé-t-on son entreprise ?
Recherche de financements
Pré-Requis :
Aucun.
Mode de validation :
L'UE sera sanctionnée par la remise d’un rapport
Contact(s) :
Bruno de Reviers, courriel : [email protected]
196
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : E2F
NU 957 Partenaires institutionnels, associatifs et privés de la gestion et de la conservation de la biodiversité
Responsable(s) : Dominique Richard (Directrice du CTE-DB)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
30
0
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
15-20
Objectifs de l’UE :
L’objectif de cette UE est de situer le besoin d’expertise taxinomique par rapport à différents employeurs
potentiels ou générateurs indirects d’emplois, institutionnels, associatifs et privés. De nombreux acteurs sont
ainsi demandeurs d’une expertise sur la connaissance des espèces et de leurs milieux. Ceci s’exprime au niveau
international dans le cadre de la Convention sur la Diversité Biologique ; au niveau européen, en soutien à la mise
en oeuvre des Directives communautaires mais également pour un suivi de la biodiversité à l’échelle de l’Europe;
dans un cadre national (Ministère en charge de l’Ecologie) ou déconcentré (DREAL) pour la mise en œuvre de
politiques et de stratégies de gestion et de conservation du patrimoine naturel ou encore dans des collectivités
territoriales, des organismes spécialisés publics ou associatifs concernés au quotidien par la gestion d’espèces et
de leurs milieux. Les besoins d’expertise naturaliste dans le domaine privé sont en expansion
Mots-clés :
gestion de la biodiversité, acteurs, expertise naturaliste, employeurs
Compétences visées :
Dans le cadre de cette UE les étudiants ont l’occasion de rencontrer des professionnels impliqués à divers niveaux
dans la gestion opérationnelle de la biodiversité et ainsi de se familiariser avec leur contexte de travail, leurs
besoins ainsi que les contraintes spécifiques auxquels ils sont confrontés au quotidien. Dans la perspective du
Master professionnel cette UE permet aux étudiants de mieux comprendre auprès de quelles structures ils
pourront valoriser professionnellement leur expertise naturaliste.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
L’UE sera sanctionnée par un examen de type QCM
Contact(s) :
Dominique Richard, [email protected]
197
Table des matières
Spécialité : SEP
Parcours : E2F
E2F09 Méthodologie d’échantillonnages, inventaires et analyses de données
Responsable(s) : Isabelle Le Viol (MCF MNHN) & Christian Kerbiriou (MCF UPMC)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
30
22
8
2
Nb heures
par
semaine
semaine 1:
15 H de
cours, 7
TD, 8 TP,
semaine 2:
15 H de
cours, 15
TD
Effectifs
maximum
15-20
Objectifs de l’UE :
Permettre aux étudiants de mettre en place des plans et des protocoles d’échantillonnage adaptés aux questions
posées, d’avoir envie et d’être en mesure d’analyser leurs données (et dans les cas les plus pointus de trouver les
sources et contacts qui leur permettront de les analyser). Développer leur regard critique et leur rigueur
scientifique lors de l’interprétation des résultats d’études, inventaires
Mots-clés :
Méthodes d’échantillonnage, protocoles, analyses de données -modèles linéaires, analyses multivariées
Compétences visées :
- Démarche expérimentale (par rapport à des applications concrètes sur le terrain rencontrées par des
professionnels de l’environnement) - Connaissances des différentes méthodes d’échantillonnages selon les
groupes taxonomiques ciblés (vertébrés, invertébrés, plantes) - Réalisation et évaluation de plans
d’échantillonnage et protocoles adaptés à une question posée (différents groupes taxonomiques), et/ou à la mise
en place de suivis de biodiversité (observatoires);- Analyses de données faunistiques, floristiques,
environnementales (analyses exploratoires, tests non paramétriques, modèles linéaires, analyses multivariées –
ACP, AFC, CCA, RDA, Hillsmith- notions : détectabilité, dynamique de populations, modélisation de niche –
analyses sous logiciel R); - Hiérarchisation des résultats, restitution, valorisation-vulgarisation
Pré-Requis :
Notions de base en analyses de données
Mode de validation :
L'UE sera sanctionnée par des évaluations sous forme - d’exercices lors des enseignements (plan
d’échantillonnage) - d’un rapport restituant la démarche scientifique adoptée (problématique, méthodologie
d’échantillonnage et d’analyses de données, résultats, discussion) dans le cadre d’un projet d’étude réalisé au
cours du S3 (projet commun à plusieurs étudiants) - d’une restitution orale relative à ce projet
Contact(s) :
Isabelle Le Viol, [email protected]
198
Table des matières
Spécialité : SEP et OEM
Parcours : E2F
5UM00 Initiation au recueil des données de terrain en milieu littoral.
Responsable(s) : Tarik Meziane (MC MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
8
10
12
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
15-20
Objectifs de l’UE :
Cette UE a pour objectif principal d’initier et de sensibiliser les étudiants à l’inventaire des organismes et
populations des milieux littoraux avec un objectif d’évaluation de l’état de santé, de suivi et, si nécessaire, de
préservation de ces populations et de leur environnement. Lors du stage terrain (5 jours pleins), ils
échantillonneront (collecte et/ou observations) à la fois dans des communautés marines et terrestres (algues,
phanérogames, invertébrés, oiseaux...) lors de sorties encadrées par des spécialistes de ces biotopes. Les étudiants
se familiariseront aux plans et techniques d’échantillonnages puis s'appuieront sur les caractéristiques
taxinomiques, biologiques et écologiques des organismes pour leurs inventaires. Les habitats et espèces
remarquables dont la présence peut conduire à des mesures conservatoires seront détaillés et une attention
particulière sera portée à la conservation de la nature ordinaire.
Mots-clés :
inventaire / milieux littoraux / optimisation des données de terrain / habitats
Compétences visées :
- Notion de communauté - Distribution des espèces - Identification morphologique, clés d'identification
informatisées -Standardisation et informatisation de données -Analyse de données -Etat Ecologique (AMBI etc…) Notion de mesure conservatoire
Pré-Requis :
Connaissances en biologie et intérêt pour les inventaires naturalistes de terrain.
Mode de validation :
L'UE sera sanctionnée par une évaluation au travers d’un examen final et/ou d’un rapport.
Contact(s) :
Tarik Meziane, [email protected]
199
Table des matières
Spécialité : SEP et OEM
Parcours : E2F
NU 956 Enjeux patrimoniaux économiques et scientifiques de la connaissance des espèces
Responsable(s) : Patrick Haffner (Chef du pôle Espèces, SPN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
30
0
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
15-20
Objectifs de l’UE :
L'émergence, il y a une dizaine d'années, du mot biodiversité a donné une nouvelle dimension à la connaissance
des faunes et des flores. En quittant le champ naturaliste pour investir le domaine politique et juridique, la
biodiversité est désormais l'objet d'enjeux patrimoniaux (conservation des espèces et des espaces, esthétique des
paysages) et économiques (molécules biologiquement actives, ressources génétiques, écotourisme) qui
prolongent et amplifient les enjeux scientifiques (inventaire des espèces, relations phylogénétiques,
biogéographie). L'objectif de cette UE est de sensibiliser les étudiants à l'ensemble de ces problèmes.
Mots-clés :
Compétences visées :
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
Evaluation par un devoir écrit.
Contact(s) :
Patrick Haffner [email protected]
200
Table des matières
Spécialité : OEM
Parcours : E2F
5UM23 Gestion des Ecosystèmes COtiers et de la DIVersité (GECODIV)
Responsable(s) : Ann ANDERSEN, Pascal RIERA
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
24
6
30
3
Nb heures
par
semaine
Fonction
des marées
et donc de
la
répartition
des 18H de
terrain
Effectifs
maximum
20
Objectifs de l’UE :
Connaître la typologie des habitats marins et son application à la cartographie; connaître les règles de définitions
des aires marines protégées et l'évaluation de leur efficacité; évaluer la qualité du milieu à partir de différents
indicateurs; évaluer les conséquences de l'artificialisation des milieux littoraux.
Mots-clés :
habitats marins, aires marines protégées, qualité du milieu, gestion du milieu, biens et services écosystémiques
Compétences visées :
Etre opérationnel sur les objectifs indiqués.(i) savoir typer les habitats marins selon la typologie EUNIS et Natura
2000 ; ( i i ) savoir comment évaluer l'Etat Ecologique (BEE) des ecosystèmes côtiers en égard à l'eutrophisation
et aux polluants organiques persistants (POP: TBT...) ; (iii) connaître les facteurs et conséquences des marées
vertes, eaux colorées et blooms de microalgues toxiques ; (iv) nalyser l'impact des constructions anthropiques sur
les espèces de l'estran ; (v) connaître les pré-requis pour établir une Aire Marine Protégée (AMP) fonctionnelle
pour le maintien de la biodiversité.
Pré-Requis :
M1 d'Océanologie, bonne connaissance des écosystèmes marins
Mode de validation :
Contact(s) :
Ann Andersen [email protected]
201
Table des matières
Spécialité : SEP et OEM
Parcours : E2F
E2F 08 Initiation aux outils juridiques et réglementaires en matière de protection de la nature
Responsable(s) : Bruno de Reviers (PR MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
30
0
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
15-20
Objectifs de l’UE :
Donner aux étudiants les connaissances suffisantes pour être opérationnel dans un premier emploi dans les
métiers ouverts par E2F et être capable de chercher l'information complémentaire aux connaissances de bases
acquises.
Mots-clés :
Compétences visées :
Le droit et le droit de l’environnement, nature des textes. Le droit français sous l'impact du droit communautaire
et international : un historique et une perspective. Les intervenants en matière de droit de l'environnement
(pouvoir régalien : état, collectivités, pouvoir judiciaire : tribunaux). Présentation des outils de protection des
espèces. Présentation des outils de protection des espaces. L'étude d'impact : un outil de transversalité. Des
inventaires fondés sur des inventaires et des réseaux. Droit de la mer, exemples de réalisation de sanctuaires.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
L'UE sera sanctionnée par un devoir écrit.
Contact(s) :
Bruno de Reviers, [email protected]
202
Table des matières
Spécialité : SEP et OEM
Parcours : E2F
5UM02 Initiation aux outils juridiques et réglementaires en matière de protection de l'environnement marin
Responsable(s) : Bruno de Reviers (PR MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
3
30
0
0
1
Nb heures
par
semaine
30
Effectifs
maximum
15-20
Objectifs de l’UE :
L'objectif est de donner aux étudiants une connaissance du cadre juridique et des acteurs institutionnels liés à la
mise en œuvre du droit de la mer à travers des interventions faites par des personnalités ayant une connaissance
opérationnelle de ce cadrage ainsi que de ses applications concrètes dans la gestion du milieu marin. Les thèmes
abordés seront les suivants. Mise en œuvre des directives Habitat et Cadre sur le Milieu Marin. Conventions
marines régionales OSPAR, Barcelone HELCOM (Helsinki), Carthagène. Problématique et grands enjeux des Zones
Marines Protégées et les grands enjeux, dont celui de la couverture Natura 2000. Compensation des préjudices
environnementaux. Dimension internationale : gouvernance internationale de la mer, les débats de RIO + 20,
l’absence de gouvernance internationale en haute mer. Les ressources génétiques de la mer profonde - sujet
d’intérêt majeur pour la communauté scientifique ainsi que pour l'industrie y compris pharmaceutique et qui a
déclenché un débat parmi les gouvernements ayant mené à la réouverture de la Convention sur la Loi de la Mer.
Mots-clés :
outil réglementaire / protection / sanctuaire / environnement / espèces
Compétences visées :
Etre opérationnel pour offrir une expertise sur la gestion du milieu marin en tenant compte du cadrage juridique
et réglementaire en matière de protection de l'environnement marin.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
L'UE sera sanctionnée par un devoir écrit.
Contact(s) :
Bruno de Reviers, [email protected]
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Table des matières
Spécialité : SEP et OEM
Parcours : E2F
5UM04 Système d'information géographique
Responsable(s) : Bruno de Reviers (PR MNHN)
Organisation de l’UE :
Semestre
ECTS
CM (h)
TD (h)
TP (h)
Nb de
semaines
3
6
0
60
0
2
Nb heures
par
semaine
30 semaine
1, 30
semaine 2
Effectifs
maximum
15-20
Objectifs de l’UE :
Dans une perspective de gestion et de conservation, l'analyse des composants de la biodiversité passe en
particulier par une approche spatiale. Il s'agit de surimposer avec la distribution d'une espèce, en vue d'une
analyse intégrée, des informations concernant des espaces protégés avec des aires de distribution de certaines
espèces ou la délimitation d'habitats qui les hébergent, ou encore des informations concernant les
caractéristiques de l'usage des sols (zones agricoles, zones urbanisées, zones forestières etc.), et donc
éventuellement des pressions sur le milieu. Par les possibilités qu'il offre en matière de présentations
cartographiques et de scénarios visuels, le Système d'Information Géographique est un outil d'usage courant en
aménagement du territoire. Les cours présenteront leurs usages fréquents par les collectivités territoriales et les
illustreront par des applications en vraie grandeur accessibles à l'utilisateur sous forme de travaux pratiques.
Seront abordés : la structuration d’un SIG, la création des tables et bases de données associées, la digitalisation, le
géocodage et le géopositionnement ; les analyses thématiques, par croisements de tables et de données ; les
requêtes SQL ; les fenêtres graphiques ; le document (*wor) : travail sur la gestion des fichiers de mise en page ;
les légendes des cartes ; analyse statistique et représentation graphique. Rappel sur la sémiologie graphique et sa
transcription. ODBC : principes, exercice d'application. Présentation des outils complémentaires pour la
programmation. Le logiciel utilisé est Mapinfo. Les logiciels Arcview, Autocad et QGIS (logiciel libre) sont
présentés. L'objectif est de rendre les étudiants opérationnels à l'issue des deux semaines.
Mots-clés :
géocodage / géopositionnement / sources de données / analyses thématiques
Compétences visées :
Etre opérationnel pour les usages fréquents des SIG. Analyse historique de l'évolution d'un territoire
(urbanisation, perte de milieux ouverts, progression de la forêt etc.). Elaboration de scénarios d'évolution
possibles. Analyse de l'adéquation entre les dispositions de protection des milieux et le contexte environnemental
général. Savoir construire un SIG complexes avec des données issues de différentes sources : les informations
attributaires, les formats de données, les structures des tables, les sources de données mobilisables et les
conversions. Savoir élaborer un SIG pour les DOCOB (Documents d'Objectifs) ; principes et composants structure
à formaliser, réalisation à partir de données réelles. Savoir utiliser un SIG comme outil d'analyse, de prospective,
mais aussi de représentation graphique. Des exercices d'application des apprentissages seront effectués pour
évaluer les compétences déjà acquises.
Pré-Requis :
Aucun
Mode de validation :
L'UE sera sanctionnée par une épreuve pratique sur une application SIG.
Contact(s) :
Bruno de Reviers, reviers@mnhn.
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