Etablissement d`une carte génomique pour l`espèce canine

Etablissement d’une carte
génomique pour l’espèce canine
Plan
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Description du projet.
Origines du projet.
Intérêt d el’espèce canine.
Intérêt de la cartographie.
Matériel et méthodes.
Bibliographie.
Description du projet
• Collaboration de trois centres de
recherche américains:
– Université de Californie (Berkeley) ;
– Université d’Oregon;
– Centre de recherches sur le cancer Fred
Hutchinson
• But : production d’une carte de tous
les chromosomes chez le chien.
Description du projet
• Variations morphologiques et
comportementales bien plus
importantes chez le chien que chez
aucune autre espèce sur Terre.
• Intérêt : localisation des gènes :
– À la base de maladies ;
– Régulant la morphologie et le
comportement.
Description du projet
• Espoir de découverte de la base
génétique tant du développement que
du comportement des mammifères…
Origines du projet
• Gregor Mendel : par croisement de
deux individus différant par un
caractère et en observant la
répartition de celui-ci dans les
générations suivantes, il découvre
l’existence et les propriétés du gène
responsable.
Origines du projet
• Charles Darwin : le premier à
découvrir que la sélection naturelle
est le moteur de l’évolution.
• De légères variations surviennent
entre individus par de faibles
mutations.
• La plupart des mutations sont
mortelles.
Origines du projet
• Les quelques mutations induisant un
changement favorable se propagent
dans la population de par le plus grand
taux de survie des individus porteurs.
• L’accumulation des mutations à long
terme mène à la création d’une
nouvelle espèce.
Origines du projet
• Les effets de la sélection naturelle sont
identiques à ceux de la sélection artificielle
mise en œuvre par les éleveurs.
• Seule l’intensité de la pression de sélection
artificielle permet d’obtenir en peu de
temps (150 ans) de telles différences
entre sous-groupes dans les races de chien.
Intérêt de l’espèce canine
• Environ 150 races reconnues.
• Création par les éleveurs de races aux
différences étonnantes :
– Poids d’un Pékinois et d’un Irish
Wolfhound variant d’un facteur 50 ;
– Caractère d’un Labrador aux antipodes
de celui d’un Doberman.
Intérêt de l’espèce canine
• Toutes les races peuvent être
croisées entre elles et donner des
descendants viables et fertiles.
• Le chien peut même être accouplé à
espèces différentes, telles loups,
chacals et coyotes.
Intérêt de l’espèce canine
• L’analyse de l’espèce canine offre
donc :
– La possibilité d’extraire les bases
génétiques de la morphologie et du
comportement des mammifères;
– Un accès expérimental aux processus de
l’évolution.
Intérêt de la cartographie
• Il est établi que dans de nombreuses
races pédigrées les maladies se
propagent au sein des familles.
• Il s’agit de cancer, épilepsie, troubles
de la coagulation, dégénérescence
rétinienne, malformations
squelettiques, etc.
Intérêt de la cartographie
• Chez l’homme, la cartographie du
génome a permis un diagnostic
précoce de certaines maladies, bien
avant les premiers symptomes.
• L’approche moléculaire des
pathologies mène au développement
de nouvelles thérapies.
Intérêt de la cartographie
• Une telle démarche chez le chien
apportera une pareille explosion en
Médecine Vétérinaire, permettant
des sélections plus efficaces et la
suppression de pathologies presque
inhérentes à certaines races.
Matériel
• Clonage de SSR (Simple Sequence Repeats)
agissant comme repères dans la
construction de la carte.
• Localisation de ces marqueurs par FISH
(Fluorescent In Situ Hybridization).
• Génération de lignées cellulaires hybrides
ne contenat qu’un seul chromosome canin.
Matériel
• Développement de nouvelles
techniques permettant l’identification
plus rapide des gènes pathogènes:
CAPS (Cleaved Amplified Polymirphic
Sequence technique).
• Clonage de très longs brins de DNA
dans de minichromosomes, gràce aux
YACs (Yeast Artificial Chromosomes)
Matériel
• L’utilisation de la table des
fréquences de codons permet de
trouver les versions canines de gènes
déjà clonés de l’Homme et de la
souris.
Bibliographie
• http://mendel.berkeley.edu/dog.html
• http://tiberius.fhcrc.org/home/dog.html