bases de microbiologie
publicité
BASES DE MICROBIOLOGIE Anie RAOULT Biologiste Centre Hospitalier D’HYERES Septembre 2010 IFSI Toulon Hyères 1 EUCARYOTES ET PROCARYOTES Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 2 LES DIFFERENTS TYPES DE MICROORGANISMES Les bactéries Les virus Les champignons Les parasites Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 3 LES BACTERIES Structure des bactéries Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 4 STRUCTURE DES BACTERIES Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères (1) 5 STRUCTURE DES BACTERIES (2) LES ENVELOPPES 1. La capsule 2. Le glycocalyx 3. La paroi 4. La membrane plasmique LES CONSTITUANTS DU CYTOPLASME LA SPORE BACTÉRIENNE Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 6 LA CAPSULE Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 7 LE GLYCOCALYX Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 8 FIMBRIAE ou PILI Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 9 LA PAROI Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères (1) IFSI Toulon Hyères 10 LA PAROI Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères (2) IFSI Toulon Hyères 11 LA PAROI Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères (3) IFSI Toulon Hyères 12 COLORATION DE GRAM Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 13 AUTRES TYPES DE COLORATION Coloration simple en un temps au BLEU de METHYLENE Coloration de ZIEHL- NEELSEN Autre coloration : IMPREGNATION ARGENTIQUE Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 14 COLORATION au BLEU de METHYLENE Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 15 IMPREGNATION ARGENTIQUE Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 16 COLORATION DE ZIEHL- NEELSEN Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 17 EXEMPLES DE PRODUITS PATHOLOGIQUES Cocci GRAM + Bacille GRAM - Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères Bacille GRAM + IFSI Toulon Hyères 18 LA MEMBRANE PLASMATIQUE Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 19 LES CONSTITUANTS DU CYTOPLASME Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 20 LA SPORE Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 21 MORPHOLOGIE ET COLORATION Bacilles GRAM + et GRAM - Cocci GRAM + et GRAM - Forme spiralée BAAR Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 22 METABOLISME BACTERIEN Métabolisme respiratoire • Aérobie stricte • Microaérophile • Aéro-anaérobie facultative • Anaérobie stricte Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 23 CLASSIFICATION DES BACTERIES Famille : Entérobactéries Genre : Salmonella Espèce : S.enteritidis Nom vulgaire : Salmonelle Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 24 DIFFERENCIATION AU SEIN D ’UNE ESPECE BIOTYPES SEROTYPES LYSOTYPES ANTIBIOTYPES TYPAGE MOLECULAIRE Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 25 LES RELATIONS HOTE – BACTERIE Symbiose Commensalisme Parasitisme Saprophytisme Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 26 FLORES COMMENSALES Septembre 2010 IFSI Toulon Hyères 27 FLORES NORMALES Flore cutanée Flore oropharyngée Flore intestinale Flore vaginale Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 28 FLORE CUTANEE Visage : cocci et diphtéroides • Staphylococcus aureus et staphylocoque blancs • Corynébacterium sp. Glandes sébacées • Propionibacterium acnes Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 29 Partenaire constant du site Présence fréquente sur le site Présence occasionnelle sur le site Rarement rencontré Staphylococcus epidermidis Staphylococcus hominis Staphylococcus haemolyticus Staphylococcus capitis Staphylococcus auricularis Staphylococcus aureus multirésistants (méti R) Enterococcus spp. Enterobacteriaceae (dont bactéries multirésistantes) Pseudomonas spp. Corynébactéries diverses Propionibacterium acnes Acinetobacter spp. Anie RAOULT CH Hyères Hôpital IFSI Toulon Hyères Dans le cas de patients hospitalisés et couchés, la flore périnéale a tendance a s'étendre vers le bas (jambes), mais aussi vers le haut dans le dos. Le pli sous-mammaire est aussi le lieu de développement d'une flore plus abondante (sur la figure, il est mentionné sur un hémi-thorax) Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères Partenaire constant du site Présence fréquente sur le site Staphylococcus epidermidis Staphylococcus hominis Staphylococcus haemolyticus Staphylococcus capitis Staphylococcus auricularis Staphylococcus aureus Présence occasionnelle sur le site Clostridium Enterococcus Enterobacteriaceae (non résidents) Rarement rencontré Tout germe d'origine fécale Tout germe de l'environnement en fonction de la profession ou des activités Corynébactéries diverses Propionibacterium acnes Acinetobacter spp. Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères Hôpital Staphylococcus aureus multirésistants (méti R) Enterococcus spp. Enterobacteriaceae (dont bactéries multirésistantes) Pseudomonas spp. FLORE OROPHARYNGEE Bouche • Streptocoques (plaque dentaire) • Neisseria saprophytes • Flore riche, écosystème constant Appareil respiratoire • Stérile Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 33 Partenaire constant du site Présence fréquente sur le site Présence occasionnelle sur le site Corynébactéries diverses Streptocoques oraux Moraxella catarrhalis Haemophilus spp. Haemophilus parainfluenzae Staphylococcus epidermidis Staphylococcus aureus Neisseria spp. Haemophilus influenzae Stomatococcus mucilaginosus Streptococcus pneumoniae Streptococcus pyogenes Neisseria meningitidis Enterobacteriaceae (dont bactéries multirésistantes) Staphylococcus aureus multirésistants (méti R) Acinetobacter spp. Enterococcus spp. Pseudomonas spp. Ces bactéries sont des hôtes habituels et ne sont pas en situation pathogène dans ce cas Taux de portage de bactéries hospitalières augmente rapidement pendant le séjour Rarement rencontré Explications : il s'agit de vestiges d'une composition floristique cutanée (visage) à laquelle s'ajoute des bacteries caractéristiques adaptées Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères Hôpital FLORE INTESTINALE Flore gastrique • Faible colonisation, acidité Flore duodénojéjunale • Streptocoques et lactobacilles Flore iléale • S ’enrichit en anaérobies (Bacteroides) Flore colique et fécale • Population anaérobie +++, plus de 100 types de bactéries (anaérobies GRAM -) Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 35 Evolution de la flore intestinale selon la position anatomique Notez l'importance croissante des anaérobies. La flore fécale atteint 10^12 germes par gramme de selles. La flore intestinale résidente est essentiellement anaérobie et minoritairement (100 fois plus faible) aérobie ou anaérobie facultative. La flore de transit provenant des aliments ou de la bouche (Streptocoques, Bacillus, Pseudomonas) disparaît presque entièrement lors du passage dans l'estomac du fait du pH très acide. La remontée du pH (anti-acides) permet la survie de bactéries (bouche, aliments) et le passage de l'estomac. Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères FLORE VAGINALE Périnée • Microcoque et diphtéroides, staphylocoques • Bacilles GRAM -, entérobactéries Vagin • Lactobacillus, flore de Doderlein • Corynebacterium, Clostridium • Entérobactéries , chez femme enceinte Utérus • Stérile Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 37 Partenaire constant du site Présence fréquente sur le site Staphylococcus epidermidis Staphylococcus hominis Staphylococcus haemolyticus Staphylococcus capitis Staphylococcus auricularis Présence occasionnelle sur le site Rarement rencontré Pseudomonas aeruginosa Staphylococcus aureus Toutes Enterobacteriaceae d'origine fécale dont Escherichia coli et Proteus divers Corynébactéries diverses Propionibacterium acnes Acinetobacter spp. Clostridium dont Clostridium perfringens Enterococcus En fait tout germe d'origine fécale Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères Hôpital Staphylococcus aureus multirésistants (méti R) Enterococcus spp. Enterobacteriaceae (dont bactéries multirésistantes) Pseudomonas spp. VARIATIONS DES FLORES Renouvellement cutané Age Modifications de l ’environnement Variations du régime alimentaire Brûlure Antibiotiques et antseptiques Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 39 BACTERIES PATHOGENES SPECIFIQUES La bactérie est la cause d’une maladie spécifique La maladie infectieuse ne peut se produire en l ’absence de la bactérie La bactérie est pathogène chez les sujets sains le traitement ATB entraîne la guérison définitive L ’éradication de cette bactérie entraîne l ’éradication de la maladie Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 40 BACTERIES PATHOGENES OPPORTUNISTES Ce sont de banales bactéries commensales des flores humaines ou du milieu extérieur Elles n ’infectent pas les sujets aux défenses antibactériennes efficaces Elles n ’affectent que les sujets dont les défenses locales ou générales sont diminuées La suppression des bactéries infectantes par les ATB ne supprime pas le risque de récidive avec cette bactérie ou une autre Elles ne détermine pas d ’infections Septembre 2010 Anie RAOULT spécifiques mais des infections pyogènes IFSI Toulon Hyères CH Hyères 41 POUVOIR PATHOGENE DES BACTERIES SUR L’HOTE Dépend de 2 facteurs • Agressivité de la bactérie • Réceptivité de l’ hôte Est du à 2 mécanismes principaux : • Virulence, multiplication de la bactérie chez l’hôte • Toxinogénèse, la production de toxine par la bactérie Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 42 VIRULENCE Définition • Aptitude qu ’a un microorganisme de se développer dans les tissus de l’ hôte et de produire des troubles Facteurs de virulence • Facteurs liés à la bactérie • Facteurs liés à l’hôte et à l’environnement Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 43 FACTEURS LIES A LA BACTERIE Facteurs de surface • Les pilis (fixation sur les cellules) E.coli • La capsule (résistance à la phagocytose) Pneumocoque Production d’ enzymes • Collagénase, Clostidium perfringens • Coagulase, Staphylocoque • Hyaluronidase, Staphylocoque • Kinase, Streptocoque du groupe A Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 44 FACTEURS LIES A LA BACTERIE Modification de la virulence Atténuation • Vieillissement de la souche • Repiquage de la souche • Application : BCG obtenu par Calmette et Guerin (repiquage sur milieu particulier) Conservation • Spore bactérienne si variation température, ou épuisement du milieu nutritif Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 45 TOXINOGENESE ENDOTOXINE • PAROI des bactéries GRAM • Peptidoglycane • Action leucopéniante et toxique (troubles vasculaires pouvant aller jusqu’à une CIVD • Peut produire des chocs endotoxiniques • Un traitement ATB trop brutal peut provoquer ce type de choc Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 46 TOXINOGENESE EXOTOXINE • Secrétée par la bactérie dans le milieu extérieur • Protéine • Pouvoir toxique en général très élevé • Tétanos, diphtérie, botulisme • Parfois responsable de toxi-infection • Possibilité de détoxification = ANATOXINE • Perte du pouvoir toxique • Vaccination antitétanique Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 47 FACTEURS LIES A L’HOTE Notion de terrain • Age • Altération de l’état général • Maladies sévères associées • Traitement immunosuppresseur Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 48
