diapos pour formation anapath mai 2015 [Lecture seule] [Mode de
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GENECAN ATELIER 3 : GENECAN Prise en charge des tests moléculaires sur la plateforme GENECAN J. Bonneau (plateforme d’extraction) N. Richard (Service de génétique – CHU) D. Vaur (Laboratoire de biologie et de génétique du Cancer-CFB) GENECAN Plates-formes hospitalières de génétique moléculaire des cancers 28 plates-formes retenues lors des appels à projets INCa 2006 et 2007. GENECAN OBJECTIFS • offrir à l'ensemble des patients de la région BasseNormandie, un égal accès aux tests moléculaires face au cancer • optimiser la prise en charge thérapeutique • assurer des tests de qualité GENECAN GENECAN • Associe les laboratoires du CHU et du Centre François Baclesse Anatomie-pathologique (CHU) Anatomie-pathologique (CFB) Génétique (CHU) Laboratoire de biologie et de génétique du cancer (CFB) Hématologie biologique (CHU) • Est adossé à la tumorothèque Caen Basse-Normandie • Coordonnée par le Pr Kottler ML, co-coordonnée par le Dr Vaur D. GENECAN GENECAN : Qui fait quoi? SERVICE D’ANATOMIE PATHOLOGIQUE CHU-Côte de Nacre Réception, Contrôle morphologique, copeaux Poumon : HER2, ALK, ROS, RET Mélanome : BRAF, CKIT, NRAS SERVICE DE GENETIQUE CHU-Clemenceau Poumon : EGFR, KRAS, BRAF Oncohémato: Caryotype LABORATOIRE D’HEMATOLOGIE BIOLOGIQUE CHU-Côte de Nacre Oncohémato : BCR/ABL, JAK2… SERVICE D’ANATOMIE PATHOLOGIQUE Centre François Baclesse Réception, Contrôle morphologique, copeaux PLATEFORME D’EXTRACTION LABORATOIRE DE BIOLOGIE ET DE GENETIQUE DU CANCER Centre François Baclesse Cancer Colorectal : KRAS, NRAS, BRAF, MSI GENECAN En pratique Comment procéder pour faire une demande de biologie moléculaire sur tumeur solide pour l’accès aux thérapies ciblées ? GENECAN Formulaire de demande d’examen (Tumeurs solides) • Un formulaire de demande d’examen Genecan • Disponible sur site internet du réseau Onco Basse-Normandie www.oncobassenormandie.fr • Unique • A remplir par le prescripteur de l’examen et/ou le pathologiste responsable du diagnostic initial • A transmettre à l’un des deux services d’anatomie pathologique, avec le matériel et une copie du Compte Rendu GENECAN Formulaire de demande d’examen GENECAN Formulaire de demande d’examen GENECAN Procédure de demande d’examen CLINICIEN Prescripteur = clinicien/radiologue Prescription Bon de demande d’examen PATHOLOGISTE RESPONSABLE DU DIAGNOSTIC INITIAL Prescripteur = pathologiste Désarchivage, sélection, expédition Bon de demande d’examen + Matériel (bloc de paraffine) + Copie du compte-rendu ANATOMIE PATHOLOGIQUE – CHU / CFB Repérage zone tumorale, évaluation cellularité, préparation des copeaux (macrodissection) PLATEFORME D’EXTRACTION Extraction d’ADN, saisie, transmission de l’ADN LABORATOIRES DE GENOTYPAGE Analyses, Rendu de résultats GENECAN Circuit au sein de la plateforme JOUR 1 : Préparation des copeaux Repérage de la zone tumorale et évaluation des pourcentages de cellules tumorales (par le médecin du service) Réalisation de coupes de 10µm d’épaisseur au microtome -Macrodissection à l’aide d’un scalpel - Mise en tube de 1 à 5 coupes Transmission sur la plateforme pour extraction d’ADN GENECAN Circuit au sein de la plateforme JOUR 1 (suite) : •Déparaffinage (traitement xylène/éthanol) •Digestion du tissu par lyse enzymatique (Protéinase K) à 56°C sur la nuit JOUR 2 : •Purification de l’ADN et élution (Étape automatisée - QIAcube) •Dosage des ADN pour quantifier et qualifier (Nanovue) •Saisie informatique des données dans la base (Databiotec) •Transmission d’un aliquot au laboratoire réalisant le génotypage •Conservation de l’ADN restant à -20°C 2 cycles d’extraction d’ADN par semaine (Lundi/Mardi-Jeudi/Vendredi) GENECAN Circuit au sein de la plateforme • Différentes techniques sont utilisées sur la plateforme avec des sensibilités différentes. • Seuil de sensibilité : limite de détection de la technique correspondant à un pourcentage de cellules tumorales • Examen non contributif si pourcentage de cellules tumorales < seuil de sensibilité de la technique • Algorithme décisionnel (mutations exclusives) Exemple : Cancer colorectal KRAS EXON 2 Non Muté KRAS EXON 3,4 NRAS EXONS 2,3 et 4 BRAF EXON 15 Muté STOP GENECAN Cas particuliers Certaines analyses sont réalisées par FISH (Hybridation In Situ en Fluorescence) et/ou par IHC (Immuno-Histo-Chimie): - Translocations ALK, ROS, RET dans le CBNPC - Pas d’extraction d’ADN - Sur lames blanches GENECAN En conclusion La très grande majorité des futures innovations thérapeutiques en oncologie s’accompagnera de la recherche de biomarqueurs (tests compagnons) La qualité des tests : un impact majeur pour la prise en charge thérapeutique du patient GENECAN Localisation de la plateforme d’extraction CHU Plateforme GENECAN Centre François Baclesse Adresse : 3 avenue du Général Harris - 14076 Caen Cedex05 GENECAN Merci de votre attention. GENECAN GENECAN Jessica BONNEAU Clarisse DUVAL Techniciens de laboratoire Plateforme GENECAN 3, avenue du Général Harris 14076 Caen cedex 5 Tel : 02-31-45-40-73 / Fax: 02-31-45-40-74 [email protected]
