TS www.pichegru.net 21 novembre 2016 C3 : Molécules organiques Lorsqu’il possède deux doublets : géométrie linéaire Plan du chapitre Rappels des classes antérieures Couches électroniques Géométrie des doublets Isomérie Représentations de molécules Formule brute Formules semi-développée et développée Représentation de Lewis Représentation de Cram Formule topologique Nomenclature systématique Familles de composés organiques Alcanes Alcènes Alcools Aldéhydes Cétones Amines Acides carboxyliques Esters Amides Stéréoisomérie Chiralité Carbone asymétrique Stéréoisomères Énantiomères Diastéréoisomères Conformation Propriétés biologiques et stéréoisomérie tétraédrique trigonal plane linéaire En matière de géométrie, une double liaison ou une triple liaison ne compte que comme un seul doublet. Exercice 2 Géométrie de molécules simples Isomérie Deux molécules différentes ayant la même formule brute sont appelées isomères. Exercice 3 Isomères R Reepprréésseen nttaattiioon nss ddee m moollééccuulleess Nous travaillerons dans tout ce paragraphe avec le même exemple : l’alanine. Qu’est-ce qu’une molécule « organique » ? L'étymologie du terme « organique » est historique. La chimie organique était, au début, la chimie des substances formées par les organismes vivants. Une caractéristique du carbone consiste en l’aptitude qu’ont ses atomes à s’enchaîner les uns aux autres, par des liaisons covalentes, d’une façon presque indéfinie, pour former des chaînes carbonées d’une grande diversité. Ces enchaînements carbonés constituent le squelette des composés organiques. Modèle de l’alanine Formule brute Tout composé contenant au moins l’élément carbone et un ou plusieurs des éléments suivants : hydrogène, halogènes, oxygène, soufre, phosphore, silicium ou azote, à l’exception des oxydes de carbone (CO et CO2) et des carbonates (CO32-) et bicarbonates (ou hydrogéno-carbonate HCO3–) inorganiques (c’est-à-dire associé à un cation inorganique). Formule brute de l’alanine : C3H7O2N On énumère les éléments présents dans l’entité en indiqué en quel quantité ils sont présents. Cette formule n’a aucun intérêt, si ce n’est de permettre un calcul rapide de la masse molaire. Formules semi-développée et développée R Raappppeellss ddeess ccllaasssseess aan nttéérriieeuurreess O H3 C Couches électroniques CH C NH2 Les électrons sont répartis en différentes couches, appelées K, L, M. H OH H H C C H N O C H O H H Formules semi-développée et développée de l’alanine Chaque couche peut contenir un nombre maximum d’électrons : K → 2 ; L → 8 ; M → 8. Une couche remplie est dite saturée. Ces formules permettent de voir l’essentiel de la structure de la molécule. La formule semi-développée regroupe les atomes d’hydrogène sur l’atome qui les porte. Trouver la structure électronique d’un atome • Savoir combien d’e– a l’atome ou l’ion. • Remplir chaque couche dans l’ordre (K, L, M). Chaque couche doit être saturée avant de passer à la suivante. Remarque : La formule développée n’est quasiment jamais utilisée car elle a tendance à être plus confuse que la formule semi-développée sans apporter d’information supplémentaire. Structure électronique à connaître: H (1 e–) : (K)1 C (6 e–) : (K)2(L)4 N (7 e–) : (K)2(L)5 O (8 e–) : (K)2(L)6 Représentation de Lewis Elle est identique à la formule développée, mais les doublets non-liants sont représentés par des tirets. H H O – La couche externe est la dernière couche qui contient des e . C’est elle qui définit la géométrie de la répartition des doublets (liants et non liants) autour de l’atome. Couches électroniques H Exercice 1 Structure électronique C C H N C H O H H Géométrie des doublets Formule de Lewis de l’alanine Lorsqu’un atome possède 4 doublets (liants ou non liants) sur sa couche externe, ces doublets adoptent un géométrie tétraédrique. La visualisation des doublets non liant permet de connaître géométrie de la molécule (entre autre, nous y reviendrons dans un chapitre ultérieur). Lorsqu’il possède trois doublets : géométrie trigonale plane -1- TS www.pichegru.net 21 novembre 2016 FFaam miilllleess ddee ccoom mppoossééss oorrggaan niiqquueess Représentation de Cram Utiliser la représentation de Cram Associer un groupe caractéristique à une fonction dans le cas des alcools, aldéhydes, cétones, acides carboxyliques, esters, amines et amides. La représentation de Cram illustre la structure 3D d’un ou de deux atomes de carbone au maximum (après cela devient plus confus qu’autre chose). H C H3C Connaître les règles de nomenclature de ces composés ainsi que celle des alcanes et alcènes. NH2 COOH Utiliser le nom systématique d’une espèce chimique organique pour en déterminer les groupes caractéristiques et la chaîne carbonée. Représentation de Cram de la (S)-alanine Les composés chimiques d’une même famille (c’est-à-dire comportant les mêmes groupes fonctionnels ou fonction chimique) ont des propriétés chimiques comparables. Les conventions de représentation sont les suivantes : • Liaison représentée par un trait = dans le plan de la feuille • Liaison représentée par un triangle plein = en avant • Liaison représentée par un triangle hachuré = en arrière Alcanes Attention : il faut respecter (à peu près) les angles entre les liaisons. Groupe fonctionnel : Aucun. Constitués seulement de C et de H, sans double ni triple liaison. Cette représentation permet de mettre en évidence la répartition spatiale des 4 groupes liés au carbone centrale. Elle permet de différencier des stéréoisomères (voir la suite du chapitre). Nomenclature : • Racine du nom : Trouver la chaîne carbonée la plus longue. Prendre la racine correspondante et lui ajouter le suffixe -ane (méthane, éthane, etc.). Représentation de Cram Si la molécule est ramifiée (ce qui sera souvent le cas), c’est-à-dire qu’un ou plusieurs groupes alkyles (–CH3 = méthyle ; –CH2–CH3 = éthyle ; etc) sont liés à sa chaîne carbonée principale Formule topologique Utiliser la représentation topologique des molécules organiques • Ajouter un préfixe indiquant le type de ramification (méthyl, éthyl, etc), avec éventuellement le pré-préfixe di, tri, tétra, penta s’il y a plusieurs ramification du même type. C’est la formule la plus utilisée pour les molécules organiques. Ne figurent dans cette formule, ni les C, ni les H portés par les C. On représente : toutes les liaisons sauf C–H et tous les autres atomes. • Devant ce préfixe, indiquer la position de chaque ramification, s’il peut y avoir un doute sur cette position. Vous devez choisir le sens de numérotation de la chaîne carbonée de manière à ce que ces positions soient les plus petites possibles. OH H2N O • Classer les préfixes dans l’ordre alphabétique sans tenir compte d’un éventuel di, tri, tétra, etc : « éthyl » s’écrit avant « méthyl » (ou « diméthyl » ou triméthyl »), qui lui-même s’écrit avant « propyl ». Formule topologique de l’alanine Attention : Pour une question de clarté, il est nécessaire de faire figurer un angle entre deux liaisons C–C. Sinon, il est impossible de savoir si un trait représente une ou plusieurs liaison C–C. propane méthylpropane 3-méthylpentane Formule topologique du 2,2 diméthylhexane Exercice 4 Différentes formules Exercice 5 Formules topologiques 2,3-diméthylpentane 3,3,4-triméthylhexane N Noom meen nccllaattuurree ssyyssttéém maattiiqquuee Parce qu’il existe un quantité incalculable de composés organiques, l’IUPAC (International Union of Pure and Applied Chemistry) a défini une règle de nomenclature (attribuation d’un nom) systématique (qui découle d’un système de règles). 3-éthyl-3,4,4,5-tétraméthylheptane Le nom IUPAC pour un composé organique contient deux parties : Attention aux virgules et aux tirets ! Ils ne doivent pas être remplacés par un autre caractère, ni oublié. • Une racine indique combien d’atomes de carbone sont présents dans la chaîne carbonée ; Nombre de C 1 2 3 4 5 Racine méthéthpropbutpent- Nombre de C 6 7 8 9 10 Si vous savez nommer un alcane, il faudra peu de choses pour que vous sachiez nommer les autres composés, car leur nomenclature en dérive. Racine hexheptoctnondéc- Réactivité : Rien de spécial. Ils sont assez peu réactifs, sauf en présence de chaleur et d’un comburant (O2) → Boum ! Alcènes • Un préfixe et/ou un suffixe indique la famille à laquelle il appartient. Groupe fonctionnel : présence d’une double liaison carbone-carbone. Remarque : ces règles ont changé au cours du temps, certains emballages ont toujours une étiquette avec des noms obéissant à d’anciennes nomenclature. De plus beaucoup de composés courants possède un « nom usuel » qui est toujours utilisé. Nomenclature : remplacer le « -ane » des alcanes par « -ène », avec position de la double liaison si nécessaire. La chaîne doit être numérotée de manière à attribuer le plus petit nombre possible à cette liaison. Attention à la présence éventuelle d’une isomérie Z ou E. Méthylpropan-2-ol (nom actuellement en vigueur), tertiobutanol, méthylpropanol-2, tert-butanol, Alcool tert-butylique, triméthylcarbinol, 2méthyl-2-propanol : tous ces noms désigne la molécule ci-dessous. propène CH3 H3 C C but-1-ène 3-méthylbut-1-ène CH3 OH (E)-but-2-ène -2- (Z)-but-2-ène TS www.pichegru.net Réactivité : due à la double liaison qui peut s’ouvrir pour fixer d’autres réactifs (réactions d’addition, chapitre C12). 21 novembre 2016 Acides carboxyliques Groupe caractéristique : carboxyle ci-dessous. Il se situe forcément en bout de chaîne. Exercice 6 Nomenclature des alcanes et alcènes O Alcools C Groupe caractéristique : –OH (hydroxyle) lié à un carbone (appelé carbone fonctionnel, car c’est lui qui porte la « fonction » alcool), qui n’est lui-même lié qu’à des H et/ou des C par des liaisons simples. O Nomenclature : alcan- + terminaison en -ol, avec position du groupe hydroxyle si nécessaire. acide méthylpropanoïque Réactivité : Ce sont tous des acides plus ou moins faibles. Généralement, plus la chaîne carbonée est longue, plus ce sont des acides faibles (et moins ils sont solubles dans l’eau). OH propan-2-ol secondaire Esters méthylpropan-2-ol tertiaire Groupe caractéristique : groupe ester ci-dessous. O Réactivité : complexe et variée. R1 Aldéhydes Nomenclature : alcan- + terminaison en -al. O Nomenclature : elle est composée de deux parties. L’acide à l’origine de l’ester et le groupe R2 venu se subsituer à l’H de l’acide de départ. Prendre le nom de la base conjuguée de l’acide de départ (méthanoate, éthanoate, etc.) et le ajouter « de + nom de l’alkyle. propanal et variée. S’oxyde facilement en O acide C H Cétones O O CH2 CH3 méthanoate d'éthyle Groupe caractéristique : C=O (carbonyle) pas en bout de chaîne. Nomenclature : alcan- + terminaison en -one, avec position du groupe carbonyle si nécessaire. H3 C Nomenclature : le groupe fonctionnel est forcément en bout de chaîne. Prendre le nom de l’alcane et ajouter le suffixe « amide ». En cas d’amides secondaires ou tertiaires, faire apparaître le préfixe (méthyl, éthyl) précéde de la lettre N pour montrer qu’il est lié à l’azote. O NH2 Nomenclature : Dans le cas des amines primaires (possèdant un groupe – NH2), alcan- + terminaison -amine. Indiquez la position du groupe amino si nécessaire. Si l’amine est secondaire (elle est lié à deux groupes alkyles (terme général pour désigner les groupes méthyle, éthyle, etc.), le groupe le plus petit est considéré comme une ramification sur le N (et portera donc le « numéro » N). Pareil en cas d’amine tertiaire. méthanamine (primaire) H3 C N méthanamide O O NH CH3 N-méthyléthanamide N-méthylméthanamine (secondaire) CH3 R2 R1, R2 et R3 peuvent être des H ou des groupes alkyle. R1 est considéré comme le squelette de la molécule, R2 et R3, si ce sont des groupes alkyles, sont considérés comme des ramification. Groupe caractéristique : un atome d’azote lié à un ou plusieurs groupes alkyle (méthyle, éthyl, etc) et des H si nécessaire. Le groupe –NH2 est appelé groupe amino. NH N R1 Amines H3 C R3 C hexan-2-one NH2 CH3 Groupe caractéristique : groupe amide ci-dessous. Réactivité : la réactivité des deux familles précédentes possèdent des similitudes. Elle est complexe et variée. Les cétones s’oxydent beaucoup moins facilement que les aldéhydes car cette oxydation nécessite une rupture de la chaîne carbonée. H3 C O éthanoate de méthyle O butanone C Amides O O C O R2 R1 peut représenter un groupe alkyle ou un H, le groupe R2 est forcément un groupe alkyle (méthyle, éthyle, etc.) Groupe caractéristique : C=O (carbonyle) en bout de chaîne (donc inutile d’indiquer sa position, c’est sans équivoque). Réactivité : complexe carboxylique. OH OH acide éthanoïque HO propan-1-ol primaire O O Classe d’un alcool (1ère S) : si le C fonctionnel est lié à aucun ou un seul autre carbone, l’alcool est dit primaire. si le C fonctionnel est lié à deux autres carbone, l’alcool est dit secondaire. Vous devinez pour « alcool tertiaire » ? OH H Nomenclature : acide alcan-oïque, ou « alcan » désigne le nom de l’alcane correspondant. N N,N-diméthyléthanamide Exercice 7 Autres nomenclatures Exercice 8 NH La chaptalisation Groupe fonctionnel et groupe caractéristique Un groupe fonctionnel est un groupe d’atomes qui déterminer la famille à laquelle appartient la molécule. CH3 N,N-diméthylméthanamine (tertiaire) Un groupe caractéristiques est un groupe fonctionnel qui comporte au moins un hétéroatome (c’est-à-dire un atome autre que C ou H). N,3-diméthylbutan-2-amine (secondaire) La double liaison C=C est donc un groupe fonctionnel mais n’est pas un groupe caractéristique. Réactivité : complexe et variée. Elles sont souvent toxiques et sentent mauvais ! Il est important de savoir faire cette distinction pour ne pas faire de horssujet dans un exercice. -3- TS www.pichegru.net 21 novembre 2016 Pour ceux qui voudraient aller plus loin Règles complètes de l’IUPAC (article) NH2 NH2 C C H H CH 2 OH HOH 2 C HOOC SSttéérrééooiissoom méérriiee COOH Les deux énantiomères de la sérine TP C3.1 : Stéréoisomérie Propriétés physico-chimiques Visualiser, à partir d’un modèle moléculaire ou d’un logiciel de simulation, les différentes conformations d’une molécule. Des énantiomères ont les (presque) mêmes propriétés physiques (température de changement d’état, indice de réfraction). Objectif : Découvrir à l’aide de modèles moléculaires les notions de chiralité, de carbone asymétrique, d’énantiomères et de diastéréoisomères. Deux énantiomères ont les mêmes propriétés chimiques, sauf lorsqu’il réagissent avec un réactif ou un catalyseur chiral, ce qui est très souvent le cas dans les réactions biochimiques. Déroulement du TP : • Faire deux formes différentes (en même temps) de l’alanine. Même question pour la glycine. Identifier la cause de l’apparition de ce type d’isomérie. OH OH Mélange racémique Définition : Mélange en quantité égale de deux énantiomères. Exercice 12 Énantiomérie Exercice 13 Énantiomères d’acides aminés H2 N O H2 N Alanine O Glycine • Stéréoisomères du 2,3 dichloropentane et 2,3 dichlorobutane. Repérer les énantiomères, les diastéréoisomères et la chiralité ou pas de ces molécules. Exercice 14 L’anesthésie Exercice 15 Les dangers de l’alcool Diastéréoisomères • Conformation de l’éthane. Définition Chiralité À partir d’un modèle moléculaire ou d’une représentation, reconnaître si des molécules sont identiques ou énantiomères ou diastéréoisomères Reconnaître des espèces chirales à partir de leur représentation. Un objet est dit chiral s’il n’est pas superposable à son image dans un miroir (il n’a pas de plan de symétrie). Pratiquer une démarche expérimentale pour mettre en évidence des propriétés différentes de diastéréoisomères Le contraire de chiral est achiral. Des diastéréoisomères sont des stéréoisomères qui ne sont pas des énantiomères. Exemples Carbone asymétrique H3 C Identifier les atomes de carbone asymétrique d’une molécule donnée C La chiralité d’une molécule organique est liée à la présence ou non de carbone asymétrique(s). H Comment les reconnaître : un C asymétrique possède 4 liaisons simple (il est tétravalent) vers 4 atomes ou groupes d’atomes différents. Il est généralement noté C*. O * H3C CH C NH2 CH3 C OH CH3 C C H H3 C H Diastéréoisomères Z et E H H H3C Cl H et H H et C C Cl CH3 H3C Cl CH3 Cl Diastéréoisomères ayant 2 C* C C D’autres types de diastéréoisoméries sont possibles. Si une molécule possède un seul C*, alors elle est chirale ; si elle en possède deux, elle peut être chirale… ou pas. Propriétés physico-chimiques Une molécule chirale ne possède pas de plan de symétrie. Exercice 9 Molécules chirales et C* Deux diastéréoisomères ont des propriétés physiques et chimiques différentes. Exercice 10 Composition d’un vin Exercice 16 Énantiomères, diastéréoismoères ou identiques ? Exercice 11 Arôme de vanille Exercice 17 Stéréoisomères Un exemple de chimie verte : synthèse de l’ibuprofène Conformation Deux stéréoismoères sont deux molécules différentes ayant une même formule développée ou semi-développée. Ce type de formules ne tient pas compte des angles entre les liaisons et de la répartition des atomes dans l’espace. Il peut y avoir une rotation des atomes autour d’une liaison simple. Cela implique qu’il existe plusieurs conformations possibles pour une même molécule Les différentes conformations n’ont pas la même énergie : certaines sont plus stables que d’autres. Ils ne diffèrent que par leur structure 3D. Ils font donc les représenter en 3D (Cram ou autres représentations) pour les différencier. Énantiomères Définition Deux énantiomères sont des stéréoisomères image l’un de l’autre dans un miroir. Deux molécules sont énantiomères si elles respectent ces 2 conditions : (a) Elles sont l’image l’une de l’autre dans un miroir (b) Elles ne sont pas superposables Éthane en conformation éclipsée et décalée Conformations Exercice 18 Conformation du fluoroéthanol -4- TS www.pichegru.net TP 3.2 : Chemsketch Objectif : savoir utiliser les fonctions de base de Chemsketch. Propriétés biologiques et stéréoisomérie Extraire et exploiter des informations sur : - les propriétés biologiques des stéréoisomères - les conformations de molécules biologiques pour mettre en évidence l’importance de la stéréoisomérie dans la nature. Propriétés biologiques des stéréoisomères : Elles peuvent être très différentes, car les réactions biochimiques sont, la plupart du temps, stéréospécifiques, c’est-à-dire qu’elles ne se déroulent qu’avec un type d’énantiomère. Ainsi, une molécule chirale peut avoir un énantiomère qui peut servir de médicament, et un autre qui est sans effet, ou pire, qui peut avoir des effets néfastes importants. Conformations des protéines : Les protéines adoptent une conformation qui leur confère leurs propriétés spécifiques. La stabilité de ces conformations est assurée par des liaisons faibles de type van der Waals ou liaison hydrogène. Un changement de pH ou de température peut facilement affecter ces liaisons et donc changer la conformation des protéines. Article pas trop compliqué sur la structure des protéines -5- 21 novembre 2016