Titre : La séroprévalence du virus de l`hépatite C en Afrique : une

UNIVERSITE PARIS-EST CRETEIL
FACULTE DE MEDECINE DE CRETEIL
********************
Année 2016
N°
THESE
POUR LE DIPLOME D’ETAT
DE DOCTEUR EN MEDECINE
Discipline : Santé Publique et Médecine sociale
présentée et soutenue publiquement le 6 avril 2016
à l’Université Pierre et Marie Curie, site de Saint-Antoine, Paris
par
Julien RIOU
né le 7 juin 1987 à Montpellier (Hérault)
Titre : La séroprévalence du virus de
l’hépatite C en Afrique : une revue systématique
avec méta-analyse
PRESIDENT DE THESE
PR. PIERRE-MARIE GIRARD
LE CONSERVATEUR DE LA
BIBLIOTHEQUE UNIVERSITAIRE
DIRECTEUR DE THESE
PR. ARNAUD FONTANET
Signature du
Président de thèse
Cachet de la bibliothèque
universitaire
Je dédie cette thèse à mes quatre grands-parents, Laure et René, Odile et feu
Jack, en souvenir de leur chaleur, de leur dévouement et des moments partagés.
2
Remerciements
Cette thèse a été réalisée à l’Unité d’Epidémiologie des Maladies Emergentes de
l’Institut Pasteur de Paris. Je tiens à remercier chaleureusement l’ensemble des
personnes qui ont participé à cette étude, en premier lieu Arnaud Fontanet qui a
su diriger et orienter ce travail de manière précise et bienveillante, Mohand Aït
Ahmed qui a été un excellent compagnon sur le terrain et a toujours fait preuve
de courage et d’abnégation devant les tâches ingrates, Alexandre Blake qui a
partagé le fardeau de la revue systématique avec entrain, et Pierre-Yves Boëlle
qui a découvert et m’a patiemment expliqué la méthodologie à suivre pour
parvenir aux résultats.
J’aimerais aussi remercier l’ensemble des personnes qui ont partagé leur temps,
leurs connaissances scientifiques et techniques, et leur expérience du terrain avec
nous, en particulier Serge Eholié qui nous a invité à rencontrer de nombreux
acteurs des maladies infectieuses en Afrique de l’Ouest lors d’un séminaire au
Bénin en 2013, et Pierre-Marie Girard et Karine Lacombe qui nous ont introduit
à de nombreux médecins Africains. L’ensemble des personnes ayant contribué à
la collecte des données est détaillé dans l’annexe 5.
Je remercie enfin les personnes qui ont accepté de donner de leur temps pour
participer au jury de cette thèse, Pierre-Marie Girard (PU-PH, Université Pierre
et Marie Curie), Olivier Bouchaud (PU-PH, IMEA/Université Paris 13), JeanClaude Desenclos (Directeur scientifique de l'Institut de Veille Sanitaire), Karine
Lacombe (MCU-PH, Université Pierre et Marie Curie) et Gilles Raguin
(Directeur général du GIP Esther).
3
Table des matières
Remerciements............................................................................................................3
Table des matières......................................................................................................4
Table des figures.........................................................................................................6
Liste des tableaux.......................................................................................................7
Abréviations et acronymes.......................................................................................8
Introduction ...............................................................................................................9
Partie 1.Problématiques et éléments de contexte..........................................11
1.1 Les origines de la pandémie de VHC..............................................11
1.1.1 Les méthodes de l’épidémiologie historique.........................................11
1.1.2 Les deux niveaux de diversité génétique du VHC..............................12
1.1.3 La globalisation de l’épidémie du VHC au XXème siècle..................14
1.1.4 La circulation endémique ancienne du VHC.......................................21
1.1.5 L’origine de l’infection chez l’humain....................................................23
1.2 Le VHC en Afrique aujourd’hui.......................................................24
1.2.1 La transmission du VHC sur le continent Africain............................24
1.2.2 Nouveaux traitements et accès...............................................................26
1.2.3 Informations disponibles sur la prévalence du virus de l’hépatite C
en Afrique......................................................................................................................27
1.3 Conclusion..............................................................................................30
Partie 2. La séroprévalence du virus de l’hépatite C en Afrique : une
revue systématique avec méta-analyse..............................................................32
2.1 Introduction...........................................................................................32
2.2 Matériels et méthodes.........................................................................33
2.2.1 Revue de la littérature.............................................................................33
2.2.2 Sélection des études pertinentes............................................................34
2.2.3 Extraction des informations....................................................................36
2.2.4 Méta-analyse..............................................................................................36
2.2.5 Analyses de sensibilité.............................................................................38
2.3 Résultats..................................................................................................38
2.3.1 Résultats de la revue systématique.......................................................38
2.3.2 Résultats de la méta-analyse..................................................................41
2.4 Discussion...............................................................................................48
2.4.1 Mise en perspective des résultats principaux.....................................48
2.4.2 Différences avec les estimations antérieures......................................49
2.4.3 Limites.........................................................................................................51
2.5 Conclusion..............................................................................................53
4
Références...................................................................................................................54
Annexe 1. Liste des points utilisés pour l’estimation de la séroprévalence
du VHC par pays........................................................................................................67
Annexe 2. Détails supplémentaires concernant l’analyse statistique......71
Annexe 3. Analyses de sensibilité.........................................................................78
Annexe 4. Questionnaire utilisé pour le recueil des informations auprès
des praticiens locaux...............................................................................................81
Annexe 5. Contributeurs.........................................................................................83
5
Table des figures
Figure 1. Arbre phylogénétique de la famille des Flaviviridae, montrant sa
division en quatre genres principaux, dont Hepacivirus ....................................... 13
Figure 2. Arbre phylogénétique des sept principaux génotypes du VHC et leur
distribution géographique initiale .......................................................................... 14
Figure 3. Nombre estimé global d’infections par le VHC de sous-types 1a et 1b
au XXème siècle ....................................................................................................... 15
Figure 4. Nombre estimé global d’infections par le VHC de génotype 6 depuis
l’an mille ................................................................................................................... 16
Figure 5. Estimations publiées de la séroprévalence du VHC dans les
populations d'usagers de drogues intraveineuses en Europe ................................ 17
Figure 6. Séroprévalence estimée du VHC en 1960 chez les sujets âgés de 10 à
50 ans en Egypte ...................................................................................................... 18
Figure 7. Nombre estimé global d’infections par le VHC au Cameroun au XXème
siècle ......................................................................................................................... 19
Figure 8. Nombre estimé de traitements contre les tréponématoses au
Cameroun et en Afrique Equatoriale Française, 1920-1960 ................................. 20
Figure 9. Estimation de la date d’émergence des génotypes 4 et 6 à partir de
l’analyse des séquences génétiques des gènes NS5 et E1 de virus actuels........... 22
Figure 10. Analyse phylogénétique de la région NS3 des virus connus du genre
Hepacivirus mis en relation avec l’arbre phylogénétique des espèces atteintes .. 23
Figure 11. Nombre annuel d'injections et de procédures médicales invasives en
Egypte ....................................................................................................................... 25
Figure 12. La séroprévalence du VHC par région GBD en 2005 (Mohd Hanafiah
et al, 2013) ................................................................................................................ 27
Figure 13. Séroprévalence du VHC par pays (Gower et al, 2014) ....................... 29
Figure 14. Génotype prédominant par pays (Messina et al, 2015)...................... 30
Figure 15. Processus de sélection des études rapportant la séroprévalence du
VHC en Afrique lors de la revue systématique ...................................................... 39
Figure 16. Carte de la séroprévalence estimée du VHC par pays sur le continent
Africain. .................................................................................................................... 42
6
Liste des tableaux
Tableau 1. Caractéristiques des études incluses par pays. ................................. 40
Tableau 2. Association entre séroprévalence et cofacteurs dans le modèle de
méta-régression ........................................................................................................ 42
Tableau 3. Estimations de la séroprévalence et du fardeau du VHC par pays .. 43
Tableau 4. Comparaison entre les estimations de séroprévalence du VHC de
cette étude et les publications antérieures. ............................................................ 46
7
Abréviations et acronymes
EIA/ELISA : méthode immuno-enzymatique (de l'anglais enzyme immunoassays,
enzyme-linked immunosorbent assay)
RCA : République Centrafricaine
RDC : République Démocratique du Congo
UDI : usager de drogues intraveineuses
VHC : virus de l’hépatite C
VIH : virus de l’immunodéficience humaine
8
Introduction
L’infection par le virus de l’hépatite C (VHC) est la cause d’un fardeau majeur
sur les populations de nombreux pays. Sa transmission se fait principalement par
voie parentérale : transfusion sanguine, injection intraveineuse de drogues,
utilisation de matériel médical contaminé et tatouage. La transmission sexuelle
ou périnatale est très peu efficace. L’infection par le virus se traduit par
l’hépatite C aiguë, symptomatique dans seulement 15 à 25% des cas [1]. Environ
70% des individus exposés développent une infection chronique [2], dont 3 à 11%
développeront une cirrhose hépatique dans les 20 années suivantes [3], avec des
risques associés d’insuffisance hépatique et de carcinome hépatocellulaire.
Si le virus existe à l’état endémique depuis plusieurs centaines d’années dans
certaines régions du monde, sa propagation chez l’humain a été potentialisée par
l’émergence de l’utilisation de la voie parentérale au XXème siècle à des fins
médicales ou d’injection de drogues [4]. Le caractère aspécifique et très souvent
asymptomatique de l’infection aiguë et le délai important avant l’apparition de
répercussions sur la santé des malades ont permis la propagation silencieuse de
l’épidémie. Quand en 1989 le génome viral est reconstitué pour la première fois, il
est déjà présent dans le monde entier.
Pour ces mêmes raisons, l’épidémiologie de l’infection reste relativement mal
connue de nos jours. Les données de prévalence et plus encore d’incidence de
l’infection à VHC sont insuffisantes pour de nombreux pays, en particulier les
pays à moyens et bas revenus du continent Africain. Malgré ces lacunes, la
séroprévalence globale du VHC a été estimée entre 115 et 185 millions
d’individus, soit environ 2 à 3% de la population mondiale [5–7]. La seule revue
systématique se concentrant sur l’Afrique Subsaharienne a été réalisée en 2002,
avec un nombre d’individus porteurs d’anticorps anti-VHC estimé à 18 millions
[8]. D’autres revues globales avec méta-analyse ont été réalisées, avec des
estimations variant entre 28 et 38 millions pour l’ensemble du continent Africain,
9
mais se basant sur des moyennes régionales et avec une faible couverture au
niveau national, contrepartie de critères d’inclusion stricts [5–7].
Jusqu’à une période récente, la prise en charge de l’hépatite C chronique était
basée sur des traitements longs et souvent mal supportés incluant l’interféron α,
avec des taux de réponse de 40 à 50% [9,10]. D’énormes efforts de recherche ont
permis le développement récent de nouveaux traitements antiviraux oraux et
sans interféron. Ces nouveaux traitements permettent d’atteindre des taux de
guérison de plus de 90% [11], permettant d’envisager le traitement des
populations à grande échelle et même, selon certains auteurs, l’éradication du
virus [12]. A l’occasion de la 67ème Assemblée mondiale de la santé en mai 2014,
une nouvelle résolution a été adoptée, appelant Etats membres à prendre des
actions immédiates pour répondre à l’épidémie mondiale du VHC, notamment
par l’augmentation des efforts de prévention et d’accessibilité aux traitements
[13].
Dans ce contexte, l’amélioration des connaissances épidémiologiques de
l’infection est très importante pour guider les politiques nationales de prévention,
de prise en charge et de négociation de l’accès au traitement, en particulier dans
les pays à bas et moyens revenus. Sur le continent Africain, ces connaissances
restent insuffisantes. Cette thèse a pour objet l’épidémiologie de l’infection à VHC
sur le continent Africain. Dans une première partie, nous dressons un état des
connaissances sur l’émergence et l’état actuel de la pandémie de VHC, en se
concentrant sur le continent Africain. Puis dans une deuxième partie nous
présentons une revue systématique avec méta-analyse des données de
séroprévalence du VHC en Afrique. Comparée aux autres études de ce type
publiées dans les dernières années [6,7], notre approche a été d’obtenir plus
d’informations en élargissant nos critères d’inclusion aux études de plus faible
taille, ainsi qu’aux données issues de la littérature grise. Nous avons ensuite
utilisé des méthodes statistiques pour contrôler l’hétérogénéité des données, et
obtenir des estimations de séroprévalence au niveau national.
10
Partie 1. Problématiques et éléments de contexte
Dans cette première partie, nous nous proposons dans un premier chapitre de
dresser un état des connaissances sur l’émergence du VHC et les facteurs ayant
contribué à sa propagation mondiale. Puis dans un deuxième chapitre, nous
décrirons les particularités de l’épidémie de VHC dans une région particulière du
monde, l’Afrique.
1.1 Les origines de la pandémie de VHC
1.1.1
Les méthodes de l’épidémiologie historique
En l’absence d’échantillons historiques, l’étude de l’histoire de l’émergence du
VHC fait largement appel à des techniques génétiques, utilisant l’analyse des
différences génomiques entre les variants du virus existant aujourd’hui pour
reconstruire a posteriori des modèles de son évolution. Dans la théorie
darwinienne classique, l’évolution représente le processus d’adaptation par lequel
les organismes vivants modifient leur phénotype (leurs caractéristiques
physiques mais aussi comportementales) en réponse à une pression de sélection
externe, issue de la compétition avec d’autres organismes pour des ressources
limitées dans un environnement commun [14]. Des mutations aléatoires dans le
code génétique, issues d’erreurs de copie ou de damages externes (radiations,
radicaux libres) permettent parfois et entièrement par hasard d’améliorer
l’adaptation du phénotype de l’organisme à son environnement, conférant à cet
organisme un avantage reproductif, et donc entraînant la propagation de cette
mutation jusqu’à éventuellement sa domination si l’avantage qu’elle confère est
important. Selon ce modèle, l’entièreté de la diversité existant entre les
différentes espèces vivantes résulte d’un nombre élevé de modifications
incrémentielles du phénotype associées à des niveaux d’adaptation croissants aux
environnements successifs dans lesquels la vie s’est développée.
11
Toutefois, cette explication darwinienne peine à expliquer l’ampleur de la
diversité génétique entre organismes quand elle est mesurée au niveau de l’ADN
ou de l’ARN : dans les années 1960, on démontre que la grande majorité des
modifications de séquence génétique entre et à l’intérieur des espèces n’a pas
d’influence sur le phénotype [15]. Des modifications qui se produisent dans des
séquences nucléotidiques non-codantes, ou dans des séquences codantes mais
avec un faible effet sur le phénotype échappent à la pression de sélection, et se
fixent donc dans certaines populations par hasard. Ce type de mutations,
appelées « neutres », fait que des populations isolées entre elles peuvent devenir
très différentes génétiquement, tout en conservant un phénotype semblable. Il est
possible de prédire la fréquence de survenue de ces mutations neutres, ce qui
permet d’associer des différences génétiques entre deux variants à une
chronologie précise de divergence à partir d’un ancêtre commun [16].
1.1.2
Les deux niveaux de diversité génétique du VHC
Le VHC est un virus à ARN du genre Hepacivirus, appartenant à la famille
Flaviviridae (Figure 1). La variabilité génétique du virus est très importante, et
résulte d’un nombre important d’erreurs de réplication de l’ARN viral, couplée à
des niveaux élevés de réplication in vivo [17]. Cette variabilité génétique se
retrouve à deux niveaux [18]. Le plus évident est sa division en sept génotypes
(notés de 1 à 7). Les différents génotypes du VHC diffèrent d’environ 30 à 35% au
niveau nucléotidique. Malgré ces différences importantes de séquence, tous les
génotypes partagent la même structure génomique, qui code pour une seule
polyprotéine qui est par la suite clivée par des enzymes du virus et de l’hôte en
plusieurs protéines matures. Les différents génotypes ont ainsi un phénotype très
similaire quant à leurs mécanismes de transmission, de persistance dans l’hôte et
de développement. Un deuxième niveau de variabilité existe à l’intérieur de
chacun de ces génotypes, où sont retrouvés un nombre variable de sous-types
identifiés par des lettres. Les sous-types diffèrent typiquement entre eux de 20 à
25% au niveau nucléotidique.
12
L’analyse d’une part de la distribution démographique et géographique du
VHC, et d’autre part de sa variabilité génétique à ces deux niveaux (génotype et
sous-type) permet de reconstruire un modèle historique de sa dissémination.
Ainsi, certains sous-types du VHC ont des caractéristiques très spécifiques sur le
plan épidémiologique. Le sous-type 3a est associé aux usagers de drogues
intraveineuses (UDI) européens, tandis que le sous-type 4a est plus souvent
retrouvé au Moyen-Orient. Les sous-types 1b, 2a et 2b sont au contraire plus
fréquents chez les populations plus âgées d’Europe et d’Amérique du Nord, et
souvent associés à une transmission iatrogène survenue dans les années 1950 à
1980. Dans tous ces cas, la diversité génétique au sein d’un même type de
population est relativement faible. Ces observations suggèrent une propagation
épidémique explosive et relativement récente du VHC à de nouveaux groupes à
risque.
Figure 1. Arbre phylogénétique de la famille des Flaviviridae,
montrant sa division en quatre genres principaux, dont Hepacivirus
(Simmonds, 2013).
13
La relation entre variabilité génétique et distribution géographique est
différente dans certaines parties d’Afrique et d’Asie du Sud-Est. On retrouve
dans ces zones une forte association entre un génotype particulier et une vaste
région du monde (Figure 2). Dans ces cas, au contraire, la distance génétique
entre deux variants du VHC retrouvés dans une même population est souvent
très élevée, ce qui suggère une présence beaucoup plus ancienne.
La mise en relation des informations génétiques, épidémiologiques et
historiques permet donc de retracer la présence ancienne de foyers endémiques
en Afrique et en Asie du Sud-Est, et la propagation explosive du virus au monde
entier pendant le XXème siècle [4,19].
1.1.3
La globalisation de l’épidémie du VHC au XXème siècle
Dès le milieu des années 1970, les cliniciens et épidémiologistes s’inquiètent
d’une augmentation des cas d’hépatite chronique non-A, non-B, souvent associés
à la transfusion sanguine ou aux traitements médicaux utilisant des seringues
non-stérilisées [20]. En 1989, grâce à des méthodes moléculaires innovantes, le
VHC est découvert [21] et identifié comme agent causal de la majorité des cas
Figure 2. Arbre phylogénétique des sept principaux génotypes du
VHC et leur distribution géographique initiale (Simmonds, 2013).
14
d’hépatite non-A, non-B [22]. Ces avancées permettent le développement de tests
diagnostiques, qui permettent d’appréhender l’étendue de l’épidémie en cours : à
la fin des années 1990, l’OMS estime qu’il existe plus de 170 millions de porteurs
chroniques dans le monde [23].
Le VHC ne se transmet pas de manière efficace en dehors d’un nombre limité
de situations : la contamination iatrogène (lors d’une transfusion sanguine ou
d’un traitement par des produits dérivés du sang, de l’utilisation de seringues
non-stérilisées ou d’un accident d’exposition au sang pour les soignants), et le
partage de seringues contaminées lors de l’usage de drogues par voie
intraveineuse [24]. Il est crucial de noter qu’aucune de ces procédures n’était
courante avant la seconde guerre mondiale. Cela permet de relier le début de
cette phase de propagation au développement de la médecine moderne dans les
années 1930-1950, avec l’augmentation de l’usage de drogues intraveineuses se
surajoutant à partir des années 1960. Ce scénario est supporté par les analyses
génétiques qui mettent en évidence une augmentation exponentielle du nombre
d’infections entre les années 1940 et 1980 (Figures 3 et 4) [25].
Figure 3. Nombre estimé global d’infections par le VHC de
sous-types 1a et 1b au XXème siècle (bayesian skyline plot, la
zone grisée représente la région de plus forte densité a
posteriori à 95%, Magiorkinis et al, 2009).
15
Figure 4. Nombre estimé global d’infections par le VHC de
génotype 6 depuis l’an mille (bayesian skyline plot, la zone
grisée représente la région de plus forte densité a posteriori à
95%, Pybus et al. 2009).
De manière globale, c’est d’abord la contamination par voie iatrogène qui a
permis la propagation foudroyante du VHC au sein des populations du monde
entier. Dans les pays occidentaux, la contamination lors de transfusions
sanguines a longtemps été prépondérante. Le taux d’infection par le VHC au
cours d’une transfusion sanguine reflétait la prévalence du virus chez les
populations de donneurs de sang, et atteignait 11% en Espagne et 13% en Grèce
au début des années 1990, mais ne dépassait pas 0,5% en France ou au RoyaumeUni [24,26]. Le défaut de sélection des donneurs de sang a été mis en cause pour
expliquer ces différences, en particulier l’utilisation de donneurs payés ou ayant
des comportements à risque. Parallèlement à la transfusion proprement dite,
l’utilisation
de
produits
dérivés
du
sang
a
entraîné
de
nombreuses
contaminations, en particulier lorsque ces produits était issus du mélange de
plusieurs dons de sang. Ont été particulièrement touchées les populations de
patients hémophiles traités par facteurs de coagulation, ainsi que certains
groupes de femmes enceintes ayant reçu des immunoglobulines en prévention de
l’allo-immunisation fœto-maternelle [27–29]. Au-delà de la transfusion, d’autres
soins médicaux ou dentaires ont conduit à la propagation du VHC, en général par
l’utilisation de dispositifs contaminés à usage multiple (machines d’hémodialyse,
instruments chirurgicaux, endoscopes ou encore flacons de perfusion ou
16
d’anesthésiant) [30–32]. De rares cas de contamination de patients par des
chirurgiens ont aussi été décrits [33]. Le ralentissement de l’extension de
l’épidémie observé à partir des années 1980, c’est-à-dire avant la première
description du virus, peut être expliqué par les mesures de contrôle nonspécifiques du risque iatrogène mises en place à la suite de l’épidémie de VIH,
comme le contrôle et filtrage des donneurs de sang, le développement de
techniques d’inactivation et l’utilisation de dispositifs médicaux à usage unique
[4]. Par la suite, la généralisation du dépistage du VHC chez les donneurs de
sang (par des tests ELISA et RIBA puis par des tests de détection de l’ARN viral)
a permis l’éradication presque complète du risque d’hépatite C posttransfusionnelle dans les pays à revenus élevés, qui est par exemple estimé à 1
pour 1 935 000 aux Etats-Unis [34].
Dans les pays à revenus élevés, c’est dans les communautés d’usagers de
drogues intraveineuses que le VHC continue de se propager, ce qui pose des
problèmes de nature différente. Dans ces populations, on retrouve des
séroprévalences extrêmement élevées, atteignant 30 à 98% des sujets (Figure 5)
[35]. La transmission apparaît aussi exister chez les usagers de drogues nonintraveineuses, comme l’héroïne, la cocaïne ou le crack administrés par voie
Figure 5. Estimations publiées de la séroprévalence du VHC dans les
populations d'usagers de drogues intraveineuses en Europe (Roy et
al., 2002).
17
nasale, qui partagent souvent les pailles et dont les muqueuses nasales abîmées
saignent fréquemment [36]. Les interventions les plus efficaces pour contrôler ce
type de transmission semblent être basées sur le principe de réduction des
dommages pour les sujets ayant des comportements à risque (« harm reduction »),
comme la promotion de l’usage de traitements de substitution aux opiacés,
l’échange des seringues, l’encadrement de la prise de drogues dans des lieux
spécifiques médicalisés, ou encore le traitement ciblé des usagers de drogues
actifs et porteurs du VHC afin de réduire le risque de transmission à leur
entourage [37,38].Dans d’autres régions du monde, où ni la transfusion sanguine
ni l’usage de drogues intraveineuses n’étaient courants avant la fin du XXème
siècle, la propagation du VHC a été initiée par des campagnes massives de
traitement ou de prévention. C’est par exemple le cas en Egypte, où on retrouve
aujourd’hui la plus forte prévalence d’anticorps anti-VHC au monde, avec 14,7%
des adultes porteurs [39]. Cette prévalence exceptionnellement élevée a été reliée
aux politiques de lutte contre la schistosomiase conduites au milieu du XXème
siècle. La schistosomiase est une maladie endémique depuis l’Antiquité en
Figure 6. Séroprévalence estimée du VHC en 1960 chez les
sujets âgés de 10 à 50 ans en Egypte (Frank et al, 2000).
18
Egypte, où elle est exacerbée par les travaux d’irrigation menés autour du Nil. A
partir des années 1950, des campagnes de traitement d’ampleurs très
importantes par tartrate d’antimoine et de potassium par voie intraveineuse ont
été mises en place, qui utilisaient des seringues et des aiguilles réutilisables et
insuffisamment stérilisées. A la suite de ces campagnes, qui ont perduré jusque
dans les années 1980, trois à cinq millions de personnes furent infectées par
l’hépatite C en majorité de génotype 4, particulièrement en milieu rural où les
prévalences atteignent parfois aujourd’hui plus de 50% chez les sujets âgés de
plus de 40 ans (Figure 6) [40]. Des analyses phylogénétiques suggèrent que le
VHC de génotype 4 serait originaire d’Afrique centrale [41].
Plus tôt, dès les années 1930, la propagation du VHC de génotype 4 en
Figure 7. Nombre estimé global d’infections par le VHC au
Cameroun au XXème siècle (bayesian skyline plot, les pointillés
représentent la région de plus forte densité a posteriori à 95%,
Njouom et al. 2007).
19
Figure 8. Nombre estimé de traitements contre les
tréponématoses au Cameroun et en Afrique Equatoriale
Française, 1920-1960 (Pépin et Labbé, 2008)
Afrique subsaharienne a été associée à des campagnes de traitement à grande
échelle contre les tréponématoses et d’autres maladies tropicales par injections
intraveineuses répétées instituées par les autorités coloniales. Des évènements
de ce type ont été mis en évidence dans les régions correspondant aujourd’hui au
Cameroun, au Gabon, à la République Centrafricaine et à la République
Démocratique du Congo (Figures 7 et 8) [42–47]. Le caractère disparate et
arbitraire de ces interventions, dépendant de la volonté politique des autorités
coloniales locales, peut expliquer l’aspect parcellaire et hétérogène de l’épidémie
de VHC en Afrique aujourd’hui, avec des prévalences très élevées dans certaines
zones et relativement faibles dans d’autres régions voisines. D’autre part, ces
mêmes interventions pourraient aussi avoir contribué à la dissémination précoce
du VIH-1 dans les populations humaines en RDC à la même période [48]. Ces
phases de contamination massive ont conduit à la formation d’un effet cohorte,
avec des prévalences de VHC extrêmement élevées dans certaines classes d’âges,
infectées depuis plus de 30 ans. Le délai de progression de l’hépatite chronique
fait que les conséquences de l’infection sont devenues évidentes beaucoup plus
tard.
L’ensemble des données historiques, démographiques et des reconstructions
phylogénétiques produisent un récit convaincant de la globalisation de l’épidémie
de VHC au cours du XXème siècle, montrant une évolution parallèle -- quoique
plus ancienne et plus discrète -- à la propagation explosive du VIH à partir de
20
l’Afrique dans les années 1980 menant à l’épidémie actuelle de sida. Mais
préalablement à son extension au monde entier, le VHC semble avoir été présent
chez l’humain de façon endémique depuis bien plus longtemps que le VIH-1, dont
l’émergence chez l’humain a été datée aux alentours de 1920 [48].
1.1.4 La circulation endémique ancienne du VHC
Alors que la majorité des sujets infectés par le VHC sont porteurs d’un
nombre limité de sous-types très spécifiques (i.e. 1a, 1b, 3a et 4a), montrant une
forte prévalence dans certaines populations et une variabilité génétique faible,
ceux-ci ne représentent qu’une petite partie de la diversité du VHC. La
distribution géographique des génotypes (Figure 2) ne peut pas être entièrement
reliée à la globalisation de l’épidémie au XXème siècle. Si on ignore les
introductions récentes discutées au paragraphe précédent, on retrouve de larges
zones couvrant plusieurs pays dominées par un seul génotype : l’Afrique de
l’Ouest est dominée par le génotype 2, alors qu’en Afrique Centrale on retrouve
une prédominance des génotypes 1 et 4, et qu’en Inde et en Asie du Sud-Est-ce
sont respectivement les génotypes 3 et 6 qui sont typiquement retrouvés [49].
Dans ces cas, la diversité génétique est marquée, et contraste avec la relative
homogénéité retrouvée dans les populations contaminées plus récemment par
voie parentérale.
Ainsi, une étude conduite au Ghana a retrouvé une sérologie positive au VHC
de génotype 2 chez 20 de 23 donneurs de sang inclus, mais la variabilité
génétique était telle que chacun de ces individus était porteur d’un sous-type
différent et encore jamais décrit [50]. Des résultats similaires ont été obtenus
dans d’autres pays d’Afrique de l’Ouest [51,52]. L’analyse approfondie de ces
différences à l’intérieur d’un même génotype permet d’estimer la durée écoulée
depuis le dernier ancêtre commun aux variants actuels, et ainsi de reconstruire
une chronologie d’émergence beaucoup plus ancienne. Par exemple, l’émergence
du génotype 4 a été datée au XVIIème siècle, tandis que le génotype 6 aurait
émergé aux environs du XIIIème siècle (Figure 9) [19]. D’autres analyses menées
à partir d’échantillons collectés en Asie du Sud-Est ont permis de reconstruire la
21
courbe épidémique du VHC de génotype 6 dans le dernier millénaire (Figure 4)
[53].
Figure 9. Estimation de la date d’émergence des génotypes 4 et 6 à
partir de l’analyse des séquences génétiques des gènes NS5 et E1 de
virus actuels (Pybus et al, 2001).
Ces caractéristiques évoquent une présence et une circulation endémique très
ancienne et une diversification au sein de populations d’Afrique et d’Asie du SudEst bien avant l’explosion de l’épidémie du XXème siècle [19]. On retrouve aussi
des traces de propagation ancienne à distance en lien avec des déplacements de
population. On a ainsi pu relier la dissémination du VHC de génotype 2 vers les
Caraïbes à la déportation de populations originaires du Ghana et du Bénin
durant la traite des esclaves aux XVIIIème et XIXème siècles [54].
Les caractéristiques de cette circulation de type endémique restent peu
connues, notamment les voies de transmission permettant la transmission du
virus dans les populations avant l’apparition des techniques modernes de
transfusion et de perfusion. Les différentes hypothèses incluent une transmission
sexuelle ou materno-fœtale qui pourrait être plus efficace dans certaines
situations (maladies sexuellement transmissibles), des pratiques traditionnelles
impliquant des plaies (circoncision, excision, scarifications, tatouage) ou encore
une éventuelle transmission vectorielle, si on considère que de nombreux autres
22
flavivirus comme les virus de la dengue, du Nil occidental ou de la fièvre jaune
sont eux transmis par des arthropodes [55–57].
Les recherches actuelles suggèrent donc la présence du VHC chez l’homme
depuis plusieurs centaines d’années en Afrique subsaharienne et en Asie du SudEst, avec une circulation de faible intensité médiée par des voies de transmission
peu efficientes, menant à la très importante diversification génétique du virus.
Depuis ces réservoirs, certaines souches du virus (possiblement les plus adaptées
aux nouvelles voies de transmission) se seraient propagées de façon explosive à
l’ensemble du monde avec l’apparition et l’essor de modes de transmission plus
efficaces au XXème siècle.
1.1.5
L’origine de l’infection chez l’humain
Figure 10. Analyse phylogénétique de la région NS3 des virus connus du
genre Hepacivirus (à gauche) mis en relation avec l’arbre phylogénétique des
espèces atteintes (à droite) (Scheel et al, 2015).
23
La question de la source de l’infection à VHC chez l’humain et de l’origine de
la divergence entre les génotypes reste très discutée. L’hypothèse prédominante
depuis deux décennies implique un ou plusieurs évènements de transmission
zoonotique à l’humain depuis un primate. Ce modèle est cohérent avec le fait que
les zones d’endémie ancienne sont aussi celles où cohabitent les populations
d’humains et de grands singes, et est aussi largement influencé par l’analogie
avec le VIH-1, dont l’origine chez le chimpanzé commun (Pan troglodytes) a été
démontrée [58]. Mais cette hypothèse restait limitée par l’absence d’isolement
d’un virus similaire au VHC chez les grands singes, contrairement au cas du
VIH-1. Toutefois, alors que jusqu’en 2011 on ne connaissait que deux virus du
genre Hepacivirus (le VHC et le GBV-B), la récente découverte de nouveaux virus
du même genre chez le chien, le cheval, la chauves-souris et certains rongeurs et
primates a relancé l’intérêt sur l’origine du VHC (Figure 10) [59].
Les derniers développements concernant ces nouveaux hépacivirus appuient
l’hypothèse d’une origine zoonotique ancienne du VHC (plus probablement depuis
les rongeurs ou les chauves-souris), qui aurait ensuite circulé et se serait
diversifié chez l’humain [59]. La proximité entre le VHC et le NPHV (NonPrimate HepaciVirus) équin a aussi fait émerger l’hypothèse d’un lien entre
l’émergence du VHC chez l’homme et la domestication du cheval autour de 3500
avant l’ère commune [59]. Toutefois, de nombreux points doivent encore être
éclaircis, tels que les voies de transmission du virus chez les animaux réservoirs,
en particulier la possibilité d’une transmission vectorielle. Alternativement, il se
pourrait que le VHC n’ait pas d’ « origine », mais que, tels les herpèsvirus, il ait
été présent chez les humains tout au long de leur évolution [4].
1.2 Le VHC en Afrique aujourd’hui
1.2.1
La transmission du VHC sur le continent Africain
Le premier bénéfice clinique obtenu grâce à l’identification moléculaire du
VHC en 1989 a été le développement de tests détectant les anticorps anti-VHC
sériques et l’ARN viral, permettant l’identification des patients infectés et le
24
dépistage des produits dérivés du sang. Dès le début des années 1990, le
dépistage à grande échelle et la mise en place de mesures de contrôle des dons du
sang a permis une diminution sensible de l’incidence de l’infection dans les pays à
hauts revenus [60]. Toutefois, cela n’a pas permis d’enrayer l’épidémie même
quand la transmission iatrogène est contrôlée à cause de la transmission par le
partage de seringues chez les UDI [24].
La situation est différente sur le continent Africain, où le contrôle du risque
de transmission iatrogène reste insuffisant. Si les campagnes de traitement par
voie intraveineuse ayant initialement permis la propagation explosive du virus
dans les populations de nombreuses zones du continent ont été arrêtées au plus
tard dans les années 1980 (voir paragraphe 1.1.3), leurs répercussions se font
encore sentir aujourd’hui. En effet, l’absence d’effet immédiat sur la mortalité
associée à l’infection par le VHC a entraîné la création de cohortes d’âge avancé
particulièrement touchées par le virus, à partir desquelles l’infection se diffuse au
reste de la société, principalement par voie iatrogène. Sont particulièrement en
cause les injections avec du matériel réutilisable, la chirurgie et les actes
Figure 11. Nombre annuel d'injections (A) et de procédures
médicales invasives (B) en Egypte (Breban et al, 2014).
25
dentaires [61]. Les progrès dans ce domaine sont limités par le manque de
moyens attribués au dépistage par des tests de haute qualité, à la prévention en
milieu de soins et à l’éducation des populations. En plus de ces mesures, le
traitement à grande échelle des individus atteints d’hépatite C chronique est une
option attrayante qui permettrait d’agir à la fois sur les conséquences de
l’infection et de prévenir la transmission. A cet égard, l’émergence de nouveaux
traitements oraux très efficaces pourrait lever les barrières liées aux traitements
classiques utilisant l’interféron et la ribavirine. Des modèles mathématiques
suggèrent d’ailleurs qu’une majorité de la transmission est rendue possible par le
comportement d’un faible nombre de sujets très consommateurs de soins (Figure
11), et qu’un ciblage de ces sujets lors des campagnes de prévention et de
traitement pourrait permettre d’améliorer le contrôle de l’épidémie [62].
1.2.2
Nouveaux traitements et accès
Historiquement, le traitement de l’infection par le VHC consiste en
l’association de l’interféron (ou le peginterféron) alpha et de la ribavirine,
administrée pendant plusieurs mois. Ce traitement est souvent mal toléré
(syndrome grippal lié à l’administration d’interféron), et est associé à de
nombreux effets secondaires graves comme l’anémie, la neutropénie, la
thrombocytopénie et parfois les troubles psychiatriques menant à l’arrêt du
traitement dans environ 15% des cas [63]. L’efficacité varie entre 50% pour les
génotype 1 et 4 et 80% pour les génotypes 2 et 3 [64]. De plus, le traitement
nécessite un bilan initial extensif comprenant la détermination du génotype du
VHC, l’estimation du degré de fibrose et un suivi régulier comprenant de
nombreuses analyses biologiques. Ce poids très important constitue un frein
considérable au traitement des patients infectés par le VHC dans les pays à
revenus faibles et intermédiaires, en particulier ceux où le génotype 4 est
prédominant comme l’Egypte. L’introduction de nouveaux traitements ayant une
activité antivirale directe (DAA pour direct-acting antivirals) est en train de
révolutionner la prise en charge du VHC. Ces traitements administrés par voie
orale pendant des durées plus courtes montrent une efficacité supérieure à 95%
indépendamment du génotype [11,65]. Ces avancées, associées à des effets
26
secondaires limités, permettraient de diminuer les coûts liés au diagnostic et à la
surveillance et au suivi du traitement, et de rendre ainsi la généralisation du
traitement de l’hépatite C dans le monde entier un objectif atteignable.
1.2.3
Informations disponibles sur la prévalence du virus de
l’hépatite C en Afrique
La
quantité
et
la
qualité
des
données
disponibles
concernant
la
séroprévalence de l’hépatite C en Afrique sont hautement disparates. Des études
nationales représentatives de grande ampleur, qui fournissent les informations
ayant le plus haut niveau de preuve, n’ont été réalisées que dans deux pays :
l’Egypte et la Libye. Des études similaires sont en cours au Cameroun et au
Burkina Faso. Dans d’autres pays, l’épidémiologie de l’hépatite C est assez bien
connue, grâce à des études de qualité réalisées en population générale. C’est
notamment le cas au Nigéria, en Ethiopie ou au Ghana.
Dans le reste du continent, les informations disponibles restent très limitées.
Les tailles d’échantillon sont souvent faibles, et la qualité des méthodes utilisées
est inégale. Les études retrouvées sont généralement transversales, et concernent
souvent des populations particulières dont la représentativité vis-à-vis de la
population générale est faible. Même lorsque l’échantillon est issu de la
population générale, les conditions de sélection des patients ne permettent
Figure 12. La séroprévalence du VHC par région GBD en 2005 (Mohd Hanafiah
et al, 2013).
27
souvent pas la représentativité, en particulier concernant l’âge, qui est
particulièrement associé au risque d’infection par le VHC.
L’estimation de la séroprévalence du VHC a déjà fait l’objet de plusieurs
revues systématiques. Les premières études menées par l’OMS à partir de 1997
ont permis de donner des résultats qualitatifs au niveau global [5,66,67].
Madhava et al. (2002) ont par la suite publié une étude à visée exploratoire se
concentrant sur l’Afrique Subsaharienne [8]. Toutes les études recensées dans
MEDLINE présentant la séroprévalence du HCV et le type de test utilisé étaient
inclues, et des estimations au niveau national étaient calculées par simple
moyenne pondérée. La nature préliminaire de ces résultats était une conséquence
directe de la faiblesse des données disponibles pour le continent Africain. Par la
suite, à la suite d’une augmentation sensible des informations disponibles, deux
revues systématiques de grande ampleur et utilisant des méthodes avancées ont
été publiées sur la séroprévalence du VHC au niveau global, incluant l’Afrique
[6,7].
Dans Mohd Hanafiah et al. (2013), la revue incluait 232 études publiées sur
la période 1980-2007, la portée des résultats était limitée par le fait que les
estimations étaient rapportées seulement au niveau régional (Figure 12). Gower
et al. (2014) saisissait bien l’importance d’estimations au niveau national, et
incluait 4901 études sur la période 2000-2014. Si les résultats de cette étude dans
d’autres parties du monde sont incontestablement de très bonne qualité, des
critères d’inclusion très stricts (études utilisant des échantillons d’au moins 1000
sujets) faisaient qu’une majorité des pays Africains n’avaient pas d’estimation
directe (Figure 13A). Dans ces cas, une estimation était calculée à partir des
données disponibles dans les pays voisins (Figure 13B). Cette dernière méthode
apparaît difficilement justifiable quand on reconnaît le caractère parcellaire de
l’épidémie, particulièrement au regard des résultats obtenus en Afrique de
l’Ouest, où les estimations sont supérieures à 5% dans tous les pays sans donnée
recueillie.
28
La détermination du génotype chez les patients infectés par le VHC est un
élément majeur de la prise en charge. En effet, les infections par les génotypes 1
et 4 répondent moins bien au traitement par interféron que les génotypes 2 et 3
[9,68]. Cette importance a cependant diminué avec l’avènement des nouveaux
traitements antiviraux directs, dont l’efficacité semble être moins influencée par
le génotype [11]. Les données concernant la distribution géographique des
différents génotypes du VHC a également fait l’objet de nombreuses études, qui
mettent en évidence la prépondérance du génotype 1 au Maghreb, au Nigéria et
en Afrique de l’Est, celle du génotype 2 en Afrique de l’Ouest, celle du génotype 4
en Egypte et en Afrique Centrale et enfin celle du génotype 5 en République SudFigure 13. Séroprévalence du VHC par pays (Gower et al, 2014). Le panneau A
représente les estimations nationales directes tandis que le panneau B inclut
les estimations calculées par région GBD pour les pays sans estimation directe.
29
Africaine (Figure 14) [49].
Figure 14. Génotype prédominant par pays (Messina et al, 2015)
1.3 Conclusion
L’hépatite C est un fardeau majeur pour les pays du continent Africain. Si le
virus a circulé dans cette région de façon endémique depuis plusieurs siècles, il
s’y est propagé de façon épidémique au XXème siècle par voie iatrogène lors de
campagnes de traitements de maladies tropicales usant de seringues et
d’aiguilles réutilisables. Aujourd’hui, par manque de moyens de contrôle, le VHC
continue de se transmettre par voie iatrogène, et les conséquences de l’infection
chronique, longtemps asymptomatique, commencent à se faire sentir. Alors que
de nouveaux traitements oraux, très efficaces, et ayant peu d’effets secondaires
arrivent sur le marché, l’Assemblée Mondiale de la Santé a adopté une résolution
reconnaissant les hépatites virales comme un défi global, et réaffirmant la
nécessité d’améliorer les interventions publiques visant à la surveillance, à la
prévention
et à l’accès au dépistage et au traitement dans tous les états
membres [13]. Dans ce but, l’amélioration des connaissances épidémiologiques
concernant le VHC au niveau national est une étape primordiale, afin de mieux
planifier les stratégies gouvernementales et de négocier l’accès au traitement. En
dehors des pays où des enquêtes nationales ont été menées comme l’Egypte et la
Libye, les données disponibles sont pauvres et disparates, et doivent être
30
intégrées par des revues systématiques et méta-analyses. Or, les revues
disponibles sont soit anciennes [5,8], agrégées au niveau régional [6], ou limitées
à un petit nombre de pays dans lesquels des études de grande taille ont été
réalisées [7]. D’un point de vue pratique, afin d’obtenir une estimation de la
séroprévalence du VHC au niveau national, il est nécessaire d’utiliser un plus
large éventail d’informations. C’est l’objet de la deuxième partie de cette thèse,
qui présente une revue systématique avec méta-analyse de la séroprévalence du
VHC en Afrique ayant pour objectif d’obtenir des estimations au niveau national
dans le plus grand nombre de pays possibles.
31
Partie 2. La séroprévalence du virus de l’hépatite C en
Afrique : une revue systématique avec méta-analyse
Dans cette deuxième partie, nous présentons une revue systématique avec
méta-analyse de la séroprévalence du VHC en Afrique. Un premier chapitre sera
consacré à la justification de l’étude et des méthodes utilisées. Ensuite, nous
décrirons la méthodologie suivie pour la revue systématique, puis pour la métaanalyse. Enfin, nous présenterons les résultats obtenus et discuterons de leurs
implications.
2.1 Introduction
La définition des critères d’inclusion des articles est un élément fondamental
de toute revue systématique, et a des conséquences directes sur la portée des
résultats. Le choix est particulièrement délicat dans le cas de la séroprévalence
de l’hépatite C en Afrique. Une méta-analyse serait futile si des études de qualité
et représentatives de la population générale étaient disponibles dans tous les
pays, comme c’est le cas en Libye ou en Egypte [39,69]. En l’absence de ce type de
données, l’utilisation de méthodes de méta-analyse à partir d’informations ayant
un niveau de qualité inférieur permet de donner des estimations, dont la qualité
est limitée par celle des informations recueillies. Les critères d’inclusion ont ainsi
un impact majeur sur les résultats. N’inclure que les études de haute qualité
amène à ne pas pouvoir rendre d’estimation directe dans de nombreux pays, ce
qui oblige les chercheurs à changer d’échelle et à utiliser des estimations au
niveau régional [6,7]. Hors, l’utilité des estimations régionales est discutable
quand on reconnaît le caractère très parcellaire de la prévalence du VHC, en lien
avec l’histoire de l’épidémie. De plus, c’est au niveau national que les
informations sont les plus utiles aux décideurs.
Alors que les négociations sur l’accès des populations Africaines aux
nouveaux traitements contre le VHC sont en cours, une position plus
32
pragmatique paraît justifiée, visant à utiliser au maximum les informations
disponibles pour rendre des estimations au niveau national. Dans cette étude,
nous avons choisi des critères d’inclusion élargis pour les études de
séroprévalence, permettant l’intégration de nombreuses informations délaissées
par les précédentes revues. Dans un second temps, nous avons utilisé des
méthodes de méta-régression pour prendre en compte l’hétérogénéité des
résultats recueillis en lien avec la diversité des échantillons (en particulier
concernant l’âge et le type de population), et rendre des estimations de la
séroprévalence en population générale au niveau national.
2.2 Matériels et méthodes
2.2.1
Revue de la littérature
L’identification des études susceptibles de fournir des données exploitables
sur la séroprévalence du VHC s’est appuyée sur plusieurs bases de données, en se
limitant aux études en langue anglaise ou française publiées entre janvier 2000
et juillet 2014. Nous avons d’abord mené une recherche sur la base MEDLINE en
utilisant les mots-clefs suivants : « nom du pays » (en anglais et dans les langues
officielles du pays) ; « hepatitis C » ou « HCV » ; et un troisième mot-clef qui
pouvait être « incidence », « prevalence », « mortality », « viremia », « genotype »,
« diagnosis », « treatment » ou « sustained virological response ». Ces choix ont été
inspirés par une revue similaire effectuée sur le continent Européen [70]. Nous
avons aussi utilisé la base de données African Journals Online (AJOL). Dans ce
dernier cas, considérant le nombre réduit de journaux indexés, les critères ont été
élargis en utilisant seulement le mot-clef « hepatitis » ainsi que le nom du pays en
question. Nous avons aussi inspecté les listes de références des articles afin de
retrouver des études complémentaires. De plus, afin d’accéder à d’éventuels
articles non-indexés et à la « littérature grise », nous avons contacté un grand
nombre
de
personnes
susceptibles
de
nous
fournir
ce
type
d’informations (praticiens Africains dans le champ de l’hépatologie et des
maladies
infectieuses,
médecins
généralistes,
responsables
d’instituts
de
33
transfusion sanguine) et leur avons envoyé un questionnaire (voir annexe 4)
permettant d’identifier les articles, thèses, rapports et mémoires pouvant
contenir des informations pertinentes. Deux pays, l’Egypte et la Libye, n’ont pas
été inclus dans la revue systématique du fait de l’existence de cohortes nationales
représentatives [39,69].
2.2.2
Sélection des études pertinentes
Les résumés de tous les articles et documents identifiés ont été évalués
indépendamment par deux co-auteurs. Ont été considérés comme éligibles pour
la revue du texte complet les publications qui fournissaient des données
originales sur la prévalence des anticorps anti-VHC et la taille d’échantillon dans
un des 52 pays Africains inclus. Les études étaient exclues si : (1) la collecte des
données réalisée avant 1995 – une limite arbitraire ayant pour but d’omettre les
études sur échantillons historiques ; (2) la population consistait seulement
d’enfants ; (3) l’échantillon était sélectionné sur des caractéristiques fortement
associées à l’exposition au VHC et qui risquaient ainsi de produire une
estimation biaisée pour la population générale : sujets souffrant de maladies en
lien avec les hépatites virales (p. ex. hépatite aiguë symptomatique, lichen plan,
carcinome
hépatocellulaire),
sujets
ayant
subi
de
multiples
injections
parentérales (p. ex. usagers de drogues par voie intraveineuse, multiples
transfusions
sanguines
pour
cause
d’hémophilie
ou
de
drépanocytose,
insuffisance rénale terminale sous dialyse, diabète insulino-dépendant) et
populations ayant un risque d’exposition au VHC anormalement haut
comparativement à la population générale (p. ex. professionnels de santé,
manutentionnaires de déchets médicaux, prisonniers, familles de personnes
infectées, militaires). Quand les résumés n’étaient pas disponibles, le texte
complet a été récupéré afin de vérifier l’application des critères d’éligibilité.
Les publications inclues comprenaient donc d’abord des estimations basées
sur des échantillons sélectionnés sur des caractéristiques sans ou avec un très
faible lien avec l’exposition au VHC, et qui permettent donc d’obtenir une
estimation de la séroprévalence représentative de celle de la population générale
(p. ex. sujets tirés au sort dans la population générale, patient consultant à un
34
hôpital pour des raisons sans lien avec l’hépatite C et recrutés pour une étude
épidémiologique ou comme témoin pour un essai clinique).
Nous avons de plus considéré qu’au vu de la rareté des données disponibles de
ce type dans certaines régions, les études conduites dans des populations de
donneurs de sang, de femmes enceintes et de sujets VIH-positifs devraient être
incluses comme possibles sources supplémentaires d’informations sur la
séroprévalence du VHC. Cependant, la prévalence dans ces groupes pourrait ne
pas correspondre à celle de la population générale du pays en question. Afin de
prendre en compte ce possible biais, nous avons conçu un modèle d’ajustement
statistique afin d’obtenir une estimation non-biaisée en population générale. Il
existe plusieurs raisons de penser que les sujets inclus dans les échantillons de
donneurs de sang et de femmes enceintes ont des caractéristiques spécifiques qui
pourraient être associées à une séroprévalence du VHC plus faible (p. ex. pour
des raisons de bonne santé perçue, de plus haut niveau socio-économique associé
à la prise en charge hospitalière principalement citadine ou encore de l’existence
de contacts avec le système de santé pouvant être associé à une plus grande
chance de dépistage antérieur) ou au contraire plus élevée (p. ex. la même
existence de contacts plus fréquents avec le système de santé peut aussi être un
facteur de risque d’infection par voie iatrogène). Toutefois, comme la plupart des
études ne faisaient pas de différence entre les différents types de donneurs de
sang (volontaires, de remplacement, rémunérés) ou de femmes enceintes (en ville
ou en milieu rural), ces études ont été classées en deux grandes catégories.
Concernant l’infection par le VIH, il existe une association forte avec l’infection
par le VHC principalement dans les populations d’usagers de drogues
intraveineuses. Cependant, si le VIH et le VHC partagent la voie de transmission
parentérale, le lien entre les deux virus est vraisemblablement beaucoup plus
faible en Afrique Sub-Saharienne, où le VIH est principalement transmis par la
voie sexuelle et où l’usage de drogues intraveineuses est faiblement répandu [71].
Suivant cette logique, nous avons décidé d’inclure les études portant sur des
échantillons de patients VIH-positifs en Afrique Sub-Saharienne, mais de ne pas
inclure les études conduites en Afrique du Nord, où l’injection de drogues
intraveineuses est une source significative d’infection à VIH et à VHC [72].
35
2.2.3
Extraction des informations
Les informations extraites comprenaient les métadonnées de publication, la
méthode d’échantillonnage, la stratégie et le type de tests anti-VHC utilisés, la
taille d’échantillon, l’estimation de séroprévalence du VHC, la médiane ou la
moyenne d’âge de l’échantillon, et la proportion de femmes dans l’échantillon. Ces
données ont été extraites indépendamment par deux co-auteurs en utilisant des
questionnaires standardisés. Quand une étude utilisait plusieurs échantillons
séparés (p. ex. plusieurs types de populations ou provenant de pays différents),
les estimations de séroprévalences dans chaque échantillon étaient considérées
comme des points de données différents.
D’autre part, comme l’infection par le VHC est fortement associée à l’âge,
l’information sur la structure d’âge de l’échantillon était méticuleusement
recherchée. La priorité était donnée à l’âge médian, qui était directement extrait
si disponible, ou calculé à partir des informations disponibles dans l’étude. Quand
il n’était pas possible d’obtenir l’âge médian, l’âge moyen était utilisé en
remplacement. Quand aucune information sur l’âge n’était disponible, nous avons
directement contacté les auteurs de l’étude pour l’obtenir (41 auteurs ont été
contactés et 16 ont fourni des informations sur l’âge). Les études pour lesquelles
aucune donnée sur l’âge n’a pu être obtenue ont été exclues, considérant que la
séroprévalence ne pouvait être correctement interprétée sans cette information.
Les stratégies de détection des anticorps anti-VHC ainsi que les tests utilisés
ont été évaluées par un expert et classifiées en cinq types : (1) seulement un test
rapide ; (2) seulement un test ELISA/EIA ; (3) un test rapide confirmé par un test
ELISA/EIA ; (4) plusieurs tests ELISA/EIA ; (5) stratégie comprenant au moins
un test RIBA (recombinant immunoblot assay).
2.2.4
Méta-analyse
Afin d’obtenir une estimation de la séroprévalence en population générale au
niveau national, nous avons pris en compte plusieurs facteurs d’hétérogénéité
dans les données de séroprévalence. D’abord, considérant que le risque
d’exposition au VHC est fortement lié à l’âge, les estimations de séroprévalence
36
ont été ajustées sur l’âge de l’échantillon. De plus, comme décrit précédemment,
l’ajustement sur le type de population dont est issu l’échantillon est aussi
nécessaire. Pour cela, nous avons conduit une analyse de méta-régression, en
modélisant l’estimation de la séroprévalence du VHC πij retrouvée dans l’étude j
conduite dans le pays i grâce à un modèle de régression logistique mixte
(Equation 1) :
logit 𝜋'( = 𝛽+ log 𝑎'( + 𝛽./ 𝑏𝑑'( + 𝛽23 𝑝𝑤'( + 𝛽678 ℎ𝑖𝑣'( + 𝑢' + 𝑣(
(1)
où aij est l’âge median ou moyen de l’échantillon βA l’effet de l’âge ; bdij, pwij et
hivij indiquent le type de population (donneurs de sang, femmes enceintes et
patients porteurs du VIH) ; βBD, βPW et βHIV les effets correspondants
relativement à la population générale ; 𝑢' ~𝑁 0, 𝜎CD est un intercept aléatoire par
pays etvF ~N 0, σDI est un intercept aléatoire par étude.
Il s’agit donc d’un modèle hiérarchisé, avec une ordonnée à l’origine aléatoire
par pays et une ordonnée aléatoire nichée pour chaque étude réalisée dans un
même pays. Ce modèle a été estimé par la méthode du maximum de
vraisemblance. On peut noter qu’une des implications de ce modèle est que la
relation entre la prévalence et les cofacteurs est la même dans chaque pays. Par
exemple, l’odds-ratio (OR) de la prévalence dans les échantillons de donneurs de
sang par rapport à la population générale est le même dans chaque pays. Nous
avons vérifié cette hypothèse dans des analyses de sensibilité en introduisant une
pente aléatoire, et n’avons pas trouvé de preuve d’hétérogénéité de l’association
entre la prévalence et les cofacteurs entre pays (voir annexe 3).
Nous avons utilisé ce modèle pour obtenir les meilleurs prédicteurs
empiriques [73] de prévalence par pays pour l’âge médian du pays en question
(obtenu sur le site de la division Population de l’Organisation des Nations-Unies
[74]). Cette méthode permet d’obtenir une estimation non-biaisée de la
séroprévalence du VHC pour la population générale de chaque pays étudié,
supprimant l’effet de l’hétérogénéité en lien avec les différences de type de
population et d’âge d’échantillon dans les études incluses. Les intervalles de
prédiction à 95% ont ensuite été obtenus par une technique de bootstrap à deux
niveaux [75,76]. Les estimations de nombre absolu d’adultes infectés sont basées
37
sur les données de population de l’ONU [74]. Plus d’informations sur ce modèle
sont disponibles dans l’annexe 2.
2.2.5
Analyses de sensibilité
Afin de vérifier les différentes hypothèses soutenant les critères d’inclusion et
l’analyse de méta-régression, une série d’analyses de sensibilité ont été conduites.
Elles ont permis d’examiner la robustesse des estimations de séroprévalence à
respectivement (1) l’inclusion des études pour lesquelles l’âge était manquant
après imputation ; (2) l’inclusion des études mesurant la séroprévalence du VHC
chez les sujets porteurs du VIH en Afrique du Nord ; (3) l’exclusion des études
utilisant seulement des tests rapides anti-VHC ; (4) l’introduction d’un effet
d’interaction entre le pays et le type de population, afin de vérifier si l’hypothèse
d’une association constante entre la séroprévalence et les cofacteurs entre les
pays. Plus de détails concernant ces analyses de sensibilité sons disponibles dans
l’annexe 3.
2.3 Résultats
2.3.1
Résultats de la revue systématique
Nous avons identifié 775 études uniques rapportant la séroprévalence du
VHC dans les 52 pays inclus, parmi lesquelles 262 (34%) ont été considérées
comme éligibles pour la relecture en texte intégral. Après application des critères
d’exclusion, la méta-analyse a été basée sur 206 points de données provenant de
184 estimations nationales de prévalence d’anticorps anti-VHC (Figure 15, plus
de détails sur les études incluses sont disponibles dans l’annexe 1). Les
principaux critères d’exclusion ont été : information manquante sur l’âge malgré
la prise de contact avec les auteurs ; collecte des données effectuée avant 1995 ;
échantillon issu d’une population à haut risque d’exposition au VHC ; échantillon
déjà utilisé dans une autre étude incluse ; et texte complet indisponible. Aucune
étude n’a pu être incluse pour 14 pays (Cap-Vert, Comores, Erythrée, Guinée
Equatoriale, Libéria, Mauritanie, Maurice, Sahara Occidental, Sao Tomé-et
38
Principe, Sierra Léone, Soudan du Sud, Swaziland, Tchad, et Togo) représentant
4% de la population totale du continent Africain.
Figure 15. Processus de sélection des études rapportant la séroprévalence du
VHC en Afrique lors de la revue systématique
Le tableau 1 présente une description des études incluses par pays. Les 206
estimations de séroprévalence retenues étaient basées sur un total de 854 894
sujets (soit 0,2% de la population adulte totale des pays inclus), parmi lesquels
21 186 étaient porteurs d’anticorps anti-VHC. Parmi ces 206 points d’estimation,
53 (26%) étaient basés sur des échantillons provenant de la population générale,
70 (34%) de donneurs de sang, 28 (14%) de femmes enceintes et 55 (27%) de
sujets porteurs du VIH. L’âge médian ou moyen rapporté dans les études variait
de 18 à 70 ans, avec une médiane de 30 et un intervalle interquartile de 27-35. Le
sexe était rapporté dans 86% des cas, et dans ces études les femmes
représentaient 30% des individus étudiés. Les femmes étaient particulièrement
sous-représentées dans les études de donneurs de sang (9%) comparativement
aux autres types d’échantillons (35% pour les échantillons issus de la population
39
générale et 39% pour les études de sujets porteurs du VIH). Parmi les 206 points
d’estimation, 166 (81%) rapportaient précisément la stratégie et le type de test
utilisé pour la détermination du statut anti-VHC des sujets : (1) dans 19 cas
(11%), la stratégie incluait seulement un test rapide ; (2) dans 73 cas (44%), un
seul test ELISA/EIA était utilisé ; (3) dans 14 cas (8%), un test rapide était
confirmé par un test ELISA/EIA ; (4) dans 33 cas (20%), la stratégie employait
plusieurs test ELISA/EIA ; et dans 27 cas (16%), au moins un test RIBA entrait
en jeu.
Tableau 1. Caractéristiques des études incluses par pays.
Résultats de la revue
systématique
Identifiés
AFRIQUE DU NORD
ALGERIE
9
EGYPTE*
LIBYE*
MAROC
50
MAURITANIE
3
SAHARA
7
OCCIDENTAL
SOUDAN
35
TUNISIE
66
AFRIQUE DE L’OUEST
BENIN
25
BURKINA FASO
20
CAP-VERT
0
COTE D’IVOIRE
7
GAMBIE
18
GHANA
33
GUINEE
17
GUINEE-BISSAU
3
LIBERIA
2
MALI
11
NIGER
31
NIGERIA
113
SENEGAL
12
SIERRA LEONE
2
TOGO
7
AFRIQUE CENTRALE
ANGOLA
2
BURUNDI
2
CAMEROUN
40
REP.
5
CENTRAFRIC.
REP. DU CONGO
15
REP. DEM. DU
5
CONGO
(années,
amplit.)
Taille
d’échantillon
(nombre,
amplit.)
Séroprévalence
rapportée
(%,
amplit.)
31-58
250-3044
0,6-8,4
27-45
529-169605
0,2-7,7
Age
médian
Eligibles
Inclus
Points
3
12
0
3
6
0
3
7
0
0
0
0
7
9
5
5
5
5
26,1-35
24-46,9
50-423
100-11507
0,0-4,0
0,5-1,3
2
16
0
3
5
12
1
1
0
7
2
48
5
0
0
1
14
0
2
4
10
1
1
0
4
2
29
4
0
0
1
17
0
4
5
12
1
1
0
5
2
30
4
0
0
26
22-33,2
283
108-37647
7,4
0,5-10,7
23-28
20-35
18-37,4
28
61,5
206-501
190-2598
138-51100
10740
1347
0,8-3,4
0,5-19,4
0,2-9,4
0,3
5,1
25,2-62,1
24-29,6
23-47,62
27,7-38
231-25543
2962-3213
96-33379
362-3001
0,2-6,5
1,2-1,4
0,4-18,3
0,3-1,6
2
1
23
2
1
16
2
1
16
24,7-28
28
25-70
40-431
5569
169-5008
5,0-8,1
8,2
0,6-56,0
1
1
1
60
905
10,5
2
2
2
30-41,8
480-887
2,0-5,6
6
2
2
26-28
1015-1079
0,2-3,8
40
Résultats de la revue
systématique
Identifiés
Eligibles
Inclus
Age
médian
Points
(années,
amplit.)
Taille
d’échantillon
(nombre,
amplit.)
GUINEE EQU.
2
0
0
0
GABON
17
8
5
5
24-47
319-25844
RWANDA
4
4
3
3
23-34,6
373-37000
SAO TOME
0
0
0
0
PRINCIPE
TCHAD
1
0
0
0
AFRIQUE DE L’EST
COMORES
2
0
0
0
DJIBOUTI
1
1
1
1
31
8057
ERITHREE
3
1
0
0
ETHIOPIE
23
16
14
17
18-38,9
126-6361
KENYA
20
11
6
8
22-39,5
237-518
MADAGASCAR
5
2
2
2
29,1-33,3 2169-47510
MALAWI
9
8
5
7
25-36,4
100-2041
MAURICE
3
0
0
0
MOZAMBIQUE
5
2
2
2
27-32,8
679-2887
OUGANDA
26
9
7
10
22-38
122-8835
SOMALIE
9
1
1
1
26
256
SOUDAN DU
0
0
0
0
SUD
TANZANIE
24
11
8
8
26,6-39,9 208-1597
AFRIQUE AUSTRALE
AFRIQUE DU
65
11
6
6
29-40
100-1937
SUD
BOTSWANA
5
2
2
2
35,8-37
50-250
LESOTHO
1
1
1
1
40
205
NAMIBIE
1
1
1
1
31,6
24761
SWAZILAND
0
0
0
0
ZAMBIE
3
2
2
2
37-37
323-352
ZIMBABWE
6
3
3
4
24-52
124-1591
*Utilisation des résultats des enquêtes nationales représentatives en Egypte et en Libye
Séroprévalence
rapportée
(%,
amplit.)
2,1-20,7
2,5-5,7
0,3
0,2-19,0
1,0-11,3
0,7-1,6
0,1-7,3
0,0-1,5
0,7-13,4
2,3
1,0-18,1
0,0-6,4
0,0-0,8
0,5
0,6
1,2-1,5
0,0-9,1
2.3.2 Résultats de la méta-analyse
Les estimations de séroprévalence variaient entre 0 et 56%. Le tableau 2
présente les résultats du modèle de méta-régression. Comparativement à la
population générale, les échantillons de donneurs de sang et de femmes enceintes
avaient une séroprévalence légèrement plus faible, alors que les échantillons de
sujets porteurs du VIH avaient une prévalence plus élevée. La séroprévalence
observée augmentait aussi avec l’âge médian ou moyen de l’échantillon étudié (p.
ex. on retrouvait un OR de 1,49 [1,36 ; 1,64] pour une augmentation de l’âge
médian de 25 à 30 ans, et de 1,40 [1,30 ; 1,52] pour une augmentation de 30 à 35
ans). Le tableau 3 rapporte les prédictions de séroprévalence du VHC pour la
41
population générale adulte de chaque pays inclus obtenues grâce au modèle de
méta-régression.
Tableau 2. Association entre séroprévalence et cofacteurs dans le modèle de
méta-régression
Modèle mixte
multivarié*
(odds-ratio [intervalle de
confiance à 95%])
Type d’échantillon
Population générale
Donneurs de sang
Femmes enceintes
Sujets porteurs du VIH
Age médian ou moyen (par augmentation de 1 log)
Référence
0,65 [0,56; 0,76]
0,80 [0,56 ; 1,15]
1,41 [1,18; 1,69]
9,20 [5,49; 15,42]
*Modèle logistique mixte incluant un effet aléatoire sur le pays et
l’étude.
Figure 16. Carte de la séroprévalence estimée du VHC par pays sur le
continent Africain.
42
Tableau 3. Estimations de la séroprévalence et du fardeau du VHC par pays
Séroprévalence
estimée (%
[IP95%])
AFRIQUE DU NORD
ALGERIE
EGYPTE*
LIBYE*
MAROC
SOUDAN
TUNISIE
AFRIQUE DE
L’OUEST
BENIN
BURKINA FASO
COTE D’IVOIRE
GAMBIE
GHANA
GUINEE
GUINEE-BISSAU
MALI
NIGER
NIGERIA
SENEGAL
AFRIQUE CENTRALE
ANGOLA
BURUNDI
CAMEROUN
REP. CENTRAFRIC.
REP. DU CONGO
REP. DEM. DU
CONGO
GABON
RWANDA
AFRIQUE DE L’EST
DJIBOUTI
ETHIOPIE
KENYA
MADAGASCAR
MALAWI
MOZAMBIQUE
OUGANDA
SOMALIE
TANZANIE
AFRIQUE AUSTRALE
AFRIQUE DU SUD
BOTSWANA
LESOTHO
NAMIBIE
ZAMBIE
ZIMBABWE
TOTAL
2,0 [0,1; 6,0]
14,7* [13,9; 15,5]*
1,2* [1,1; 1,3]*
1,6 [0,0; 7,5]
1,7 [0,1; 5,4]
1,8 [0,1; 5,9]
Nombre estimé
d'adultes
porteurs
(milliers [IP95%])
Niveau de
preuve
478 [26; 1 475]
Intermédiaire
6 886 [6 511; 7 261]*
46 [43; 50]*
335 [9; 1 534]
Elevé
318 [12; 1 019]
Intermédiaire
126 [4; 416]
Intermédiaire
3,8 [0,7; 9,2]
6,1 [1,3; 14,2]
2,2 [0,3; 6,1]
2,4 [0,0; 9,7]
3,2 [0,5; 8,1]
1,5 [0,5; 9,5]
1,8 [0,0; 8,0]
1,9 [0,3; 10,6]
2,4 [0,1; 7,9]
3,1 [0,1; 10,0]
1,0 [0,0; 4,6]
190 [36; 456]
475 [98; 1 107]
224 [26; 612]
20 [0; 82]
426 [64; 1 092]
83 [29; 540]
15 [0; 68]
131 [19; 720]
177 [6; 573]
2575 [95; 8 222]
70 [1; 309]
Faible
Elevé
Intermédiaire
Intermédiaire
Elevé
Faible
Faible
Intermédiaire
Faible
Elevé
Intermédiaire
3,9 [0,6; 10,1]
3,1 [0,2; 9,1]
4,9 [0,9; 11,9]
2,3 [0,1; 11,2]
2,9 [0,0; 11,7]
370 [52; 958]
150 [11; 439]
525 [98; 1 263]
54 [3; 260]
Faible
Faible
Elevé
Faible
Faible
2,1 [0,4; 12,0]
647 [130; 3 743]
Faible
4,9 [1,0; 11,5]
3,1 [0,3; 9,0]
41 [8; 96]
175 [15; 502]
Intermédiaire
Intermédiaire
1,3 [0,0; 5,7]
2,7 [0,1; 9,2]
2,8 [0,4; 7,3]
1,7 [0,0; 7,7]
2,0 [0,0; 7,0]
1,3 [0,1; 6,9]
2,7 [0,4; 7,0]
2,6 [0,1; 8,5]
2,7 [0,2; 7,8]
6 [0; 28]
1 206 [28; 4 025]
601 [80; 1 587]
183 [5; 844]
145 [1; 516]
158 [15; 826]
439 [67; 1 123]
119 [3; 393]
604 [44; 1 776]
Faible
Elevé
Elevé
Faible
Intermédiaire
Faible
Elevé
Faible
Elevé
1,1 [0,1; 5,8]
1,1 [0,3; 6,7]
1,1 [0,3; 6,7]
1,6 [0,0; 7,3]
1,1 [0,0; 3,7]
1,6 [0,0; 5,9]
341 [40; 1 841]
13 [3; 80]
13 [3; 76]
20 [0; 91]
72 [2; 243]
113 [1; 411]
18 631
Intermédiaire
Faible
Faible
Faible
Faible
Intermédiaire
*Utilisation des résultats des enquêtes nationales représentatives en Egypte
et en Libye. Niveau de preuve élevé : ≥8 points; intermédiaire : 3-7 points ; faible :
1-2 points. Abréviations : IP95% intervalle de prédiction à 95%.
43
Afrique du Nord. L’Afrique du Nord se caractérise par l’écart entre
l’ampleur unique de l’épidémie en Egypte et la relativement faible prévalence
retrouvée dans les autres pays. Comme indiqué précédemment, nous avons
directement utilisé les résultats de deux récentes enquêtes nationales
représentatives de très bonne qualité conduites dans deux pays d’Afrique du
Nord, l’Egypte et la Libye. L’Egypte est le pays avec la plus forte épidémie de
VHC au monde, avec 14,7% [13,9 ; 15,5] des adultes porteurs ce qui correspond à
près de 7 millions d’individus [39]. La séroprévalence du VHC est au contraire
très faible dans la Libye voisine, avec 1,2% [1,1 ; 1,3] [69]. Plus à l’ouest, dans le
Maghreb, la prévalence estimée de portage d’anticorps anti-VHC est aussi faible,
avec 2,0% [0,1 ; 6,0] en Algérie, 1,6% [0,0; 7,5] au Maroc et 1,8% [0,1; 5,9] en
Tunisie. Ces estimations sont en accord avec une récente revue systématique
s’étant concentrée sur ces pays (Tableau 4). Dans le reste de cette région, nous
retrouvons une estimation de 1,7% [0,1 ; 5,4] au Soudan, mais aucune estimation
au Sahara Occidental ou en Mauritanie. Dans ce dernier cas, l’estimation de
Gower et al [7] est basée sur une autre revue de la littérature centrée sur
l’Afrique du Nord publiée par Ezzikouri et al [77], elle-même basée sur une étude
de donneurs de sang réalisée en 1998 et qui rapportait une prévalence d’anticorps
anti-VHC de 1,1% [78]. Cette revue d’Ezzikouri et al a également servi de base à
l’estimation de la séroprévalence en Algérie par Gower et al. Cette région met
aussi en évidence les limites de l’estimation de Mohd Hanafiah et al [6], qui
rapportait une séroprévalence de 3,6% [3,2; 4,1] pour l’ensemble des pays
d’Afrique du Nord et du Moyen-Orient.
Afrique de l’Ouest. La séroprévalence de l’hépatite C dans cette région est
particulièrement disparate. La prévalence la plus élevée est retrouvée au
Burkina Faso, avec une estimation de 6,1% [1,3 ; 14,2] basée sur 17 points de
données. Des niveaux de séroprévalence relativement élevés sont aussi vus au
Bénin (3,8% [0,7 ; 9,2]), au Ghana (3,2% [0,5; 8,1]) et au Nigéria (3,1% [0,1; 10,0]).
Les estimations sont plus faibles (inférieures à 3%) dans le reste de la région
comme en Gambie, en Côte d’Ivoire, au Mali, en Guinée et au Sénégal. Ces
résultats sont partiellement en accord avec les estimations précédentes (Tableau
4). Les estimations précédentes de Lavanchy [5] et Madhava et al [8] s’accordent
44
sur le cas particulier du Burkina Faso au sein de l’Afrique de l’Ouest, avec des
prévalences estimées autour de 5% alors qu’elles sont généralement plus faibles
dans les pays alentour. Ces études rapportaient également une prévalence élevée
en Guinée, que nous n’avons pas mise en évidence. Toutefois, nos estimations
divergent de celles de Gower et al [7], en particulier au Nigéria où notre
estimation est de 3,1% (basée sur 29 études) contre 8,4% pour Gower et al (basée
sur 12 études). Parmi les études incluses dans Gower et al, 5 ont été également
incluses dans notre analyse [79–83] et 7 ont été exclues (5 à cause d’un défaut
d’information sur l’âge de l’échantillon [84–88], 1 parce qu’elle incluait des
couples consultant pour défaut de fertilité [89], et 1 parce qu’elle incluait des
patients ayant des facteurs de risque familiaux de diabète [90]). Nous pensons
que dans le cas du Nigéria, le plus grand nombre de données ainsi que
l’ajustement sur l’âge rend notre estimation plus robuste, au-delà du fait que les
estimations antérieures de Madhava et al et Lavanchy [5,8] rapportaient des
chiffres de séroprévalence plus faibles de 2,1%. Au Bénin, notre estimation de
3,8% est plus élevée que celles de Madhava et al et de Lavanchy (1,6%), mais en
accord avec l’estimation de Gower et al (3,6%). Toutefois, cette dernière est basée
sur 2 études conduites au Nigéria [84,91] ce qui apparaît comme involontaire
dans au moins un cas [91] et semble venir d’une confusion avec Bénin City, une
ville du Nigéria distante de plus de 300 km de la frontière avec le Bénin.
Afrique Centrale. On retrouve des niveaux relativement élevés de
séroprévalence dans en Afrique Centrale, notamment au Cameroun (4,9% [0,9;
11,9]), au Gabon (4,9% [1,0; 11,5]) et en Angola (3,9% [0,6; 10,1]). Dans les autres
pays ont des estimations plus faibles, par exemple de 3,1% [0,2; 9,1] au Burundi,
de 2,9% [0,0; 11,7] en République du Congo, de 3,1% [0,3; 9,0] au Rwanda et de
2,1% [0,4; 12,0] en République Démocratique du Congo (RDC). C’est dans cette
région que les écarts entre nos estimations et les précédentes sont les plus
importants (Tableau 4). Si Mohd Hanafiah et al [6] rapportent une estimation
globale pour la région de 2,3% [1,6; 3,1], les autres études publiées s’accordent
sur des niveaux de séroprévalence beaucoup plus élevés, de 12 à 14% au
Cameroun, 11% au Burundi et 9 à 11% au Gabon. Au Cameroun, notre
estimation de 4,9% est basée sur 16 études, dont fait partie l’unique étude [92]
45
sur laquelle s’appuie l’estimation de 11,6% de Gower et al [7]. Au Gabon, notre
estimation de 4,9% est basée sur 5 études, dont les 2 [45,93] sur lesquelles
s’appuient l’estimation de 11,2% de Gower et al. Dans ces deux pays il existe une
extrême variabilité des séroprévalences rapportées par les études réalisées sur le
terrain qui rendent délicate d’interprétation les estimations nationales. Cela
pourrait refléter l’hétérogénéité de l’épidémie du VHC au sein des populations
nationales selon les lieux ou les types de population considérés, comme suggéré
dans certaines études [92,93].
Afrique de l’Est. La séroprévalence du VHC apparaît comme intermédiaire
dans la corne de l’Afrique, avec 2,7% [0,1; 9,2] en Ethiopie et 2,6% [0,1; 8,5] en
Somalie. Des estimations similaires sont retrouvées au Kenya (2,8% [0,4; 7,3]), en
Tanzanie (2,7% [0,2; 7,8]) et en Ouganda (2,7% [0,4; 7,0]), mais semblent être
plus faibles vers le sud de la région, à Madagascar (1,7% [0,0; 7,7]), au Malawi
(2,0% [0,0; 7,0]) et au Mozambique (1,3% [0,1; 6,9]). Ces estimations sont
conformes aux publications précédentes (Tableau 4).
Afrique Australe. La séroprévalence du VHC semble faible dans l’ensemble
de cette région, avec 1,6% [0,0; 7,3] en Namibie, 1,1% [0,1; 5,8] en Afrique du Sud,
1,1% [0,0; 3,7] en Zambie et 1,6% [0,0; 5,9] au Zimbabwe. Là aussi, ces
estimations sont assez conformes aux publications précédentes (Tableau 4).
Tableau 4. Comparaison entre les estimations de séroprévalence du VHC de
cette étude et les publications antérieures.
Autres estimations publiées (%)
Séroprévalence
Mohd
estimée (%
Lavanchy Madhava Ezzikouri
Hanafiah
[IP95%])
2011 [5]
2002 [8] 2013 [77]
2013 [6]
AFRIQUE DU
NORD
ALGERIE
EGYPTE*
LIBYE*
MAROC
MAURITANIE
SAHARA
OCCIDENTAL
SOUDAN
TUNISIE
AFRIQUE DE
L’OUEST
BENIN
Gower
2014 [7]
3,6 [3,2;
4,1]‡
2,0 [0,1; 6,0]
0,2
14,7* [13,9; 15,5]*
14
1,2* [1,1; 1,3]*
1,6 [0,0; 7,5]
1,6
1,9
1,1
1,4
1,1
1,5
1,3
1,9
1,4 [0,2; 2,5]
14,7 [10,3;
18,0]
1,2 [1,2; 2,3]
1,6 [0,6; 1,9]
1,9 [1,1; 10,7]
1,2
1,3 [0,3; 2,5]
3,0
1,7 [0,1; 5,4]
1,8 [0,1; 5,9]
2,8
1,2
2,8
2,8 [2,4; 3,3]
3,8 [0,7; 9,2]
1,6
1,6
3,6 [3,6; 12,8]
46
Autres estimations publiées (%)
Séroprévalence
Mohd
estimée (%
Lavanchy Madhava Ezzikouri
Hanafiah
[IP95%])
2011 [5]
2002 [8] 2013 [77]
2013 [6]
BURKINA
FASO
CAP-VERT
COTE
D’IVOIRE
GAMBIE
GHANA
GUINEE
GUINEEBISSAU
LIBERIA
MALI
NIGER
NIGERIA
SENEGAL
SIERRA
LEONE
TOGO
AFRIQUE
CENTRALE
ANGOLA
BURUNDI
CAMEROUN
REP.
CENTRAFRIC.
REP. DU
CONGO
REP. DEM. DU
CONGO
GUINEE EQU.
6,1 [1,3; 14,2]
5,2
4,9
3
2,2 [0,3; 6,1]
3,3
3,3
2,4 [0,0; 9,7]
3,2 [0,5; 8,1]
1,5 [0,5; 9,5]
1,7
5,5
1,7
5,5
1,8 [0,0; 8,0]
4,7
1,9 [0,3; 10,6]
2,4 [0,1; 7,9]
3,1 [0,1; 10,0]
1,0 [0,0; 4,6]
3
3,3
3,2
2,1
3
3,3 [0,8; 12,8]
1,8
2,1
2,2
8,4 [3,9; 12,8]
2
3,3
3,9
2,3 [1,6; 3,1]
3,9 [0,6; 10,1]
3,1 [0,2; 9,1]
5
11,3
11,3
4,9 [0,9; 11,9]
13,8
13,8
1,7
1,7
11,6 [4,3;
29,7]
2,3 [0,1; 11,2]
2,9 [0,0; 11,7]
2,1 [0,4; 12,0]
GABON
4,9 [1,0; 11,5]
9,2
9,2
RWANDA
SAO TOME
PRINCIPE
TCHAD
AFRIQUE DE
L’EST
COMORES
DJIBOUTI
ERITHREE
ETHIOPIE
KENYA
MADAGASCAR
MALAWI
MAURICE
MOZAMBIQUE
OUGANDA
SOMALIE
SOUDAN DU
SUD
TANZANIE
3,1 [0,3; 9,0]
4,9
4,1
Gower
2014 [7]
11,2 [2,1;
20,7]
1
5
4,8
2,0 [1,6; 2,4]
1,3 [0,0; 5,7]
1,3 [0,1; 6,9]
2,7 [0,4; 7,0]
2,6 [0,1; 8,5]
0,3
1,9
1,9
0,9
1,7
6,8
2,1
3,2
6,6
1
2,7 [0,2; 7,8]
3,2
2,7 [0,1; 9,2]
2,8 [0,4; 7,3]
1,7 [0,0; 7,7]
2,0 [0,0; 7,0]
1,9
1,9
0,9
2,1
0,7
1,3 [0,7; 5,8]
1,2 [0,8; 1,7]
2,8
6,6
1,5
3,2
47
Autres estimations publiées (%)
Séroprévalence
Mohd
estimée (%
Lavanchy Madhava Ezzikouri
Hanafiah
[IP95%])
2011 [5]
2002 [8] 2013 [77]
2013 [6]
AFRIQUE
AUSTRALE
AFRIQUE DU
SUD
BOTSWANA
LESOTHO
NAMIBIE
SWAZILAND
ZAMBIE
Gower
2014 [7]
2,1 [1,7; 2,5]
1,1 [0,1; 5,8]
1,7
0,1
1,6
1
0,9
1,5
1,1 [0,0; 3,7]
1,5
0,2
ZIMBABWE
1,6 [0,0; 5,9]
2
2
*Utilisation des résultats des enquêtes nationales représentatives en Egypte et en Libye.
‡Inclut le Moyen-Orient.
1,7 [1,0; 2,5]
1,1 [0,3; 6,7]
1,1 [0,3; 6,7]
1,6 [0,0; 7,3]
1,6 [1,0; 9,1]
2.4 Discussion
2.4.1
Mise en perspective des résultats principaux
Ce travail est une revue systématique avec méta-analyse centrée sur
l’estimation de la séroprévalence nationale du VHC s’étant concentrée sur le
continent Africain. En partant d’un large éventail d’estimations locales (variant
de 0 à 56%) basées sur des échantillons hétérogènes, cette analyse permet de
montrer que la séroprévalence adulte est comprise entre 1,0 et 14,7% en Afrique,
et identifie comme foyers d’épidémie l’Afrique centrale, certains pays d’Afrique de
l’ouest et l’Egypte, confirmant des estimations précédentes réalisées à différentes
échelles (Tableau 4). Après l’Egypte, les plus hauts niveaux de séroprévalence ont
été retrouvés au Burkina Faso, au Gabon, au Cameroun, en Angola et au Bénin
(Tableau 3, Figure 16). Dans certains pays, notre approche amène à des
estimations inférieures à celles précédemment rapportées, en particulier au
Cameroun (4,9% au lieu de 11-14%) et au Gabon (4,7% au lieu de 9-11%). Les
intervalles de prédiction larges de nos estimations illustrent la rareté et
l’hétérogénéité des données disponibles dans certains pays. Au niveau du nombre
absolu de porteurs d’anticorps anti-VHC, on peut noter que certains pays très
peuplés comme l’Ethiopie et le Nigéria se classent derrière l’Egypte avec
respectivement plus de 1 et 2 millions d’individus, alors que les niveaux de
séroprévalence estimés sont relativement faibles (respectivement 2,7 et 3,1%). Le
48
fardeau global du VHC pour le continent est estimé à 19 millions de porteurs, ce
qui est aussi inférieur aux estimations précédentes (28 millions pour
Lavanchy [5] ; 18 millions pour l’Afrique Sub-Saharienne seule pour Madhava et
al [8] ; 18 millions pour l’Afrique Sub-Saharienne seule et 33 millions en incluant
l’Afrique entière et le Moyen-Orient pour Mohd Hanafiah et al [6] ; 28,5 millions
pour l’Afrique Sub-Saharienne seule et 43 millions en incluant l’Afrique entière
et le Moyen-Orient pour Gower et al [7]).
Ce travail souligne aussi l’extrême variabilité de la séroprévalence du VHC
entre les pays d’une même région, ce qui fait que les estimations au niveau
régional apportent peu d’informations exploitables au niveau national. Dans
certains pays comme le Gabon ou le Cameroun, on observe même une très forte
variabilité à l’intérieur des frontières. Cette hétérogénéité pourrait refléter des
différences historiques dans l’exposition à la transmission par voie iatrogène. Par
exemple, la prévalence très élevée observée en Egypte a pu être reliée aux
campagnes massives de traitement parentéral anti-schistosomiase aux pratiques
de stérilisation peu fiables menées dans ce pays dans les années 1960-1970 [40].
Plus tôt encore, dans les années 1930-1950, la propagation du VHC de génotype 4
a été associée aux campagnes de traitement contre les tréponématoses et le
paludisme menées par les autorités coloniales dans les régions correspondant au
Cameroun, au Gabon, à la
République Centrafricaine et à la
République
Démocratique du Congo (voir paragraphe 1.1.3). La nature disparate de ces
interventions pourrait expliquer en partie l’hétérogénéité de l’épidémie dans ces
régions en particulier.
2.4.2
Différences avec les estimations antérieures
Plusieurs raisons pourraient expliquer les estimations plus faibles à la fois de
séroprévalence et de nombre de sujets porteurs souvent retrouvées dans cette
analyse (Tableau 4). Des changements historiques de prévalence associés à
l’extinction des cohortes de sujets âgés et très exposées durant leur jeunesse, et à
l’utilisation de tests de dépistages plus spécifiques (ELISA/EIA de 3ème
génération) à partir des années 2000 pourraient expliquer les différences avec les
estimations de Madhava et al, qui incluait des études conduites dans les années
49
1990 [8]. En ce qui concerne les revues plus récentes, les disparités sont en lien
avec les différences méthodologiques. De façon similaire au travail présenté ici, la
revue de Mohd Hanafiah et al [6] incluait des études utilisant différents types
d’échantillons (population générale, femmes enceintes et donneurs de sang mais
pas de sujets porteurs du VIH) et utilisait des méthodes d’ajustement sur l’âge.
Des estimations de séroprévalence étaient alors produites pour chacune des 5
régions GBD (pour global burden of disease) qui constituent le continent Africain
(Afrique du Nord et Moyen-Orient, Afrique de l’Ouest, Afrique Centrale, Afrique
de l’Est et Afrique Australe), en faisant donc l’hypothèse que ces régions sont
« épidémiologiquement homogènes de fait qu’il est possible d’extrapoler les
informations provenant d’études détaillées menées dans un pays à d’autres pays
de la région ». Bien que nous pensions que cette méthode soit très utile dans de
nombreuses situations, nous pensons qu’elle n’est pas adaptée à l’étude de la
séroprévalence du VHC en Afrique, dont nous avons montré l’extrême
hétérogénéité géographique. Cette méthode produit en outre des résultats
inappropriés, à l’image de l’estimation de 3,6% [3,2 ; 4,1] pour l’ensemble de la
région Afrique du Nord et Moyen-Orient, recouvrant des situations aussi diverses
que l’Egypte et la Libye où des enquêtes nationales ont rapporté des
séroprévalence de respectivement 14,7% et 1,2% [39,69].
L’autre récente revue publiée par Gower et al [7] incluait seulement des
études réalisées après 2000 à partir de certains types d’échantillons (population
générale, donneurs de sang, femmes enceintes, patients hospitaliers, soldats et
professionnels de santé) de taille supérieure à 1000. Ces critères ont conduit à
l’inclusion de seulement 33 observations dans 15 pays en plus de l’Egypte et de la
Libye, y compris 12 études pour le seul Nigéria alors que les estimations dans les
autres pays étaient basées sur 1 à 3 observations. Au-delà des limitations liées au
très faible nombre d’études utilisées (dont nous avons détaillé l’impact sur
l’estimation au Cameroun, voir paragraphe 2.3.2), les critères d’inclusion très
stricts soulèvent le problème d’un éventuel biais de publication, les études de
grande ampleur étant plus susceptibles d’être conduites dans les régions où le
fardeau du VHC est le plus élevé. Ce dernier point pourrait contribuer à
expliquer les estimations plus élevées rapportées dans cette étude. De plus, nous
50
avons pu mettre en évidence des erreurs factuelles dans l’estimation de la
séroprévalence au Bénin (inclusion de deux études réalisées à Bénin City,
Nigéria) et en Algérie et en Mauritanie (estimation basée sur les résultats d’une
autre revue systématique [77] qui n’avait pas les mêmes critères d’inclusion).
2.4.3
Limites
Notre travail repose sur une méthodologie spécifique qui a une influence
importante sur les résultats obtenus. La méthode d’ajustement statistique
utilisée est simple et basée sur les données disponibles. Les facteurs d’ajustement
utilisés sont cohérents avec les études précédentes menées en Egypte, un pays où
la séroprévalence du VHC a été largement étudiée : on retrouve une prévalence
inférieure à celle de la population générale dans les groupes de donneurs de sang
et dans une moindre mesure chez les femmes enceintes [94]. De même, les tailles
d’effet retrouvées pour les facteurs d’ajustement (Tableau 2) sont similaires à
ceux rapportés dans une revue indépendante de la séroprévalence du VHC à
l’échelle continentale, qui retrouvait une séroprévalence poolée de 2,7% [2,5 ; 2,8]
dans les cohortes de sujets à faible risque contre 3,0% [2,2 ; 3,8] dans les groupes
de femmes enceintes ; 2,0% [1,9 ; 2,1] chez les donneurs de sang et de 5,7% [4,9 ;
6,6] dans les groupes de sujets porteurs du VIH [95]. Nous avons aussi retrouvé
une forte association entre la séroprévalence du VHC et l’âge de l’échantillon, ce
qui est une caractéristique classique pour les maladies infectieuses à histoire
naturelle longue et a été mis en évidence à de nombreuses reprises dans le cadre
spécifique de l’hépatite C en Afrique [39,44,45,93]. Par ailleurs, nous avons pu
montrer par des analyses de sensibilité que les estimations obtenues étaient
robustes aux hypothèses sous-jacentes (voir annexe 3).
Aucune information utilisable concernant la séroprévalence du VHC n’a pu
être retrouvée dans 14 pays (Cap-Vert, Comores, Erythrée, Guinée Equatoriale,
Libéria, Mauritanie, Maurice, Sahara Occidental, Sao Tomé-et-Principe, Sierra
Léone, Soudan du Sud, Swaziland, Tchad, et Togo). Dans d’autres pays (Angola,
Burundi, Botswana, Bénin, République Centrafricaine, République du Congo,
Djibouti, Guinée, Guinée-Bissau, Lesotho, Madagascar, Mozambique, Namibie,
Niger, Somalie, et Zambie), les estimations ont été basées sur un faible nombre
51
d’études, ce qui augmente le risque d’imprécision et de biais. En particulier, un
biais de publication pourrait altérer les résultats si on considère que les études
sont plus susceptibles d’être conduites et publiées dans les zones où le VHC est
un problème majeur, menant à une surestimation des estimations. Les enquêtes
nationales représentatives à grande échelles, déjà conduites en Egypte et en
Libye et en cours au Cameroun et au Burkina Faso, restent l’approche de choix
pour obtenir des estimations valides de la séroprévalence du VHC à l’échelle
nationale.
D’un point de vue clinique, il est important de garder à l’esprit que le portage
d’anticorps anti-VHC ne constitue pas la preuve d’une infection chronique
évolutive. En effet, il généralement admis que la proportion de virémiques parmi
les individus porteurs d’anticorps varie entre 54 et 86% [96]. Toutefois, le portage
reste l’information la plus facilement accessible pour juger de la sévérité de
l’épidémie dans une population, en particulier dans les pays à faibles revenus où
les tests basés sur l’ARN viral sont peu utilisés. Nous suggérons donc de
considérer qu’approximativement deux tiers des sujets porteurs d’’anticorps antiVHC sont infectés de façon chronique, de façon parallèle au chiffre de 67,7%
observé dans l’enquête nationale Egyptienne [39]. Plus utile encore que
l’estimation de la prévalence d’infections chroniques serait de connaître la
distribution des sujets infectés par stage de fibrose, afin de pouvoir évaluer le
nombre de patient nécessitant un traitement d’urgence (stages F3 et F4
compensé sur l’échelle METAVIR). Malheureusement cette information n’est
pratiquement jamais disponible, et nécessiterait l’utilisation de tests spécifiques
(Fib-4 ou élastométrie) dans des échantillons représentatifs de sujets infectés
chroniquement [97,98]. Enfin, notre dernière préoccupation concerne la
possibilité de faux positifs liée à l’utilisation de tests ayant une faible spécificité,
comme décrit dans plusieurs études en Afrique Sub-Saharienne [99,100]. C’est en
partie afin de prévenir ce risque que n’ont été inclues que les études publiées
après 2000, et que la stratégie de test utilisée a été recueillie. Le détail des tests
utilisés pour chaque étude est disponible dans l’annexe 1. De plus, nous avons
réalisé une analyse de sensibilité pour quantifier cet effet, mais ne pouvons
exclure que certaines estimations aient pu être biaisées de cette façon.
52
2.5 Conclusion
Ces résultats ont une grande importance au moment où les gouvernements
préparent leurs stratégies contre l’hépatite C, et que les nouveaux traitements
deviennent disponibles. Des meilleures estimations du nombre de sujets à traiter
permettent de mieux planifier les ressources nécessaires et de mesurer de façon
plus précise l’impact des futures interventions de prévention et de traitement.
Des modèles de financement innovants doivent être mis en place pour permettre
l’accès au traitement dans les pays à faibles et moyen revenus, et ces estimations
de séroprévalence et du nombre de sujets à traiter pourraient contribuer aux
négociations en cours entre gouvernements, organisations internationales et
firmes pharmaceutiques. En ce sens, la signature récente d’un accord entre le
gouvernement Egyptien et la compagnie Gilead pour fournir le traitement par
sofosbuvir pendant 12 semaines pour 900 US$ est un pas dans la bonne direction
[101]. Toutefois, le traitement subventionné, déjà utilisé dans le cas du sida, du
paludisme et de la tuberculose par le biais de donneurs internationaux (Fonds
Mondial, le programme PEPFAR), sera la prochaine et nécessaire étape pour
permettre l’accès au traitement, puisque des coûts de 500 à 1000 US$ par
traitement resteraient hors de portée pour de nombreux gouvernements et
patients dans les pays Africains.
53
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263.
264.
265.
266.
267.
268.
269.
270.
66
Annexe 1. Liste des points utilisés pour l’estimation de la
séroprévalence du VHC par pays
Région
Pays
AFRIQUE
CENTRALE
ANGOLA
BURUNDI
CAMEROUN
RCA
RDC
GABON
AFRIQUEDE
L’EST
REP.CONGO
RWANDA
DJIBOUTI
ETHIOPIE
KENYA
MADAGASCAR
MALAWI
Premierauteur
STRAND[102]
GUIMARAES
NEBENZAHL[103]
NTAGIRABIRI[104]
NDJOMOU[52]
NJOUOM[105]
NJOUOM[106]
MBANYA[107]
NERRIENET[92]
NJOUOM[108]
LAURENT[109]
LAURENT[110]
TAGNY[111]*
PEPIN[42]
FOUPOUAPOUOGNIGNI[112]
FOUELIFACKYMELE[113]
FELDT[114]
NOUBIAP[115]
MOUKOKO[116]
TAGNY[117]
NJOUOM[43]
NZAJI[118]
KABINDA[119]
NDONG-ATOME[45]
NDONG-ATOME[120]
OUWE-MISSI-OUKENBOYER[121]
NJOUOM[93]
RERAMBIAH[122]
TAGNY[111]*
CANTALOUBE[123]
STEVENS[124]*
TAGNY[111]*
RUSINE[125]
DRAY[126]
BEHRE[127]
DIRO[128]
TIRUNEH[129]
TESSEMA[130]
ABREHA[131]*
ABREHA[131]*
ALEMAYEHU[132]*
ALEMAYEHU[132]*
YAMI[133]
ALI[134]
RAMOS[135]
HADUSH[136]*
HADUSH[136]*
MULU[137]
TAYE[138]
WONDIMENEH[139]
MANYAZEWAL[140]
BLANTON[141]
KARURU[142]*
KARURU[142]*
HARANIA[143]
STEVENS[124]*
STEVENS[124]*
NJERU[144]
MURIUKI[145]
RAMAROKOTO[146]
RANDRIAMA-NTANY[147]
MAIDA[148]*
Année
Typede
†
pop. Stratégie
‡
detest 40
431
25
28
100
61
Séropré-
valence
(%)
5
8.1
TR+EIA
2+EIA
2+EIA
1EIA
TR
1EIA
1EIA
IB
IB
TR+EIA
2+EIA
1EIA
5,569
482
1,494
409
204
1,434
5,008
476
169
2,887
451
346
28
30
26
32
26
25
26
34
35
26
70
25
52
48
100
56
24
NA
100
53
67
28
63
NA
8.2
11.6
1.9
17.1
3.9
11.6
1.8
21
16.6
3.9
56
0.6
D
V
D
D
D
G
D
D
G
F
G
NS
1EIA
TR
1EIA
IB
2+EIA
NS
NS
IB
1EIA
IB
4,641
279
543
467
1,998
905
1,015
1,079
319
947
319
28
38
32
30
29
60
28
26
38
24
38
7
66
18
20
17
NA
5
28
57
100
57
1.4
2.5
4.8
1.3
3.1
10.5
0.2
3.8
20.7
2.1
19.1
G
D
D
D
G
D
V
D
G
D
F
D
G
V
G
V
D
G
G
G
V
V
V
V
V
G
G
V
V
G
G
D
V
G
D
D
1EIA
1EIA
TR
IB
1EIA
TR+EIA
1EIA
2+EIA
2+EIA
TR
TR
1EIA
1EIA
1EIA
1EIA
1EIA
1EIA
TR
1EIA
TR+EIA
TR+EIA
1EIA
TR
TR
TR+EIA
1EIA
1EIA
1EIA
1EIA
1EIA
1EIA
NS
1EIA
IB
TR
2+EIA
4,042
25,844
480
887
373
37,000
402
8,057
1,707
600
480
6,361
1,220
734
400
400
6,063
300
556
126
174
269
387
400
500
237
518
458
378
362
296
400
300
2,169
47,510
100
47
41
30
42
27
23
35
31
18
28
25
25
27
32
27
32
27
27
30
29
29
35
39
32
37
33
35
33
40
38
27
22
34
29
33
27
54
23
9
48
50
12
75
1
47
NA
100
12
NA
NA
52
62
21
43
40
NA
NA
49
47
70
51
50
52
57
45
49
44
32
57
62
20
NA
11.2
2.8
2
5.6
2.5
3.1
5.7
0.3
1.3
5.8
1.3
0.7
1.7
6.8
6
10.5
0.2
3.3
0.2
1.6
9.2
19.0
6.5
5.0
3.6
11.3
4.4
3.7
1.3
1.0
7.6
1.0
10.0
1.6
0.6
4.0
2003
2013
F
G
1EIA
1EIA
2014
2003
2003
2003
2005
2005
2005
2007
2009
2009
2010
2011
G
V
F
G
D
G
F
G
V
D
G
G
2012
2013
2013
2014
2014
2009
2013
2014
2008
2008
2011
2012
2013
2009
2010
2008
2009
2013
2005
2007
2008
2008
2010
2011
2011
2011
2011
2011
2012
2012
2013
2013
2013
2013
2013
2014
2002
2005
2005
2008
2008
2008
2009
2013
2008
2012
2000
Taille
(n)
Age
(y)
Femmes
(%)
Région
Pays
AFRIQUEDU
NORD
AFRIQUE
AUSTRALE
MALAWI(2)
MOZAMBIQUE
SOMALIE
TANZANIE
UGANDA
ALGERIE
MAROC
SOUDAN
TUNISIE
BOTSWANA
LESOTHO
NAMIBIE
AFRIQUEDUSUD
AFRIQUEDE
L’OUEST
ZAMBIE
ZIMBABWE
BENIN
BURKINAFASO
Premierauteur
MAIDA[148]*
MAIDA[148]*
NYIRENDA[149]
MOORE[150]
CHASELA[151]
ANDREOTTI[152]
CUNHA[153]
STOKX[154]
NUR[155]
STARK[156]
TESS[157]
MATEE[158]
MSUYA[159]
CROCE[160]
NAGU[161]
MUGUSI[162]
FRANZECK[163]
HLADIK[164]
STEVENS[124]*
STEVENS[124]*
WALUSANSA[165]
SEREMBA[166]*
SEREMBA[166]*
KALYESUBULA[167]
FUNK[168]
MULLIS[99]*
MULLIS[99]*
AIDAOUI[169]
ROUABHIA[170]
BAHRI[171]
CACOUB[172]
BENOUDA[173]
BELBACHA[174]
ZOHOUN[175]
LAOUINA[176]
BAHA[177]*
BAHA[177]*
EBOUMBOU[178]
ELSHEIKH[179]
MUDAWI[180]
ELFAKI[181]
ABOU[182]
MASTOURI[183]
MEJRI[184]
KAABIA[185]
HANNACHI[186]
HANNACHI[187]
WESTER[188]
PATEL[189]
RABENAU[190]
MAVENYENGWA[191]
LODENYO[192]
SKELTON[193]
AMIN[194]
PARBOOSING[195]
BARTH[196]
HOFFMAN[197]
STEVENS[124]*
KAPEMBWA[198]
MADZIME[199]
KALLESTRUP[200]*
KALLESTRUP[200]*
MOYO[201]
DEPASCHALE[202]
SIMPORE[203]*
SIMPORE[203]*
SIMPORE[204]
COLLENBERG[205]*
COLLENBERG[205]*
SERME[206]
SIMPORE[207]
TAGNY[111]*
Année
2000
2000
2008
2010
2012
2014
2007
2011
2000
2000
2000
2006
2006
2007
2008
2012
2013
2006
2008
2008
2009
2010
2010
2011
2012
2013
2013
2008
2009
2011
2000
2009
2012
2012
2012
2013
2013
2005
2007
2007
2008
2009
2005
2005
2009
2011
2011
2006
2011
2010
2014
2000
2000
2004
2008
2011
2012
2008
2011
2000
2003
2003
2009
2014
2004
2004
2005
2006
2006
2006
2006
2009
Typede
†
pop. G
G
G
V
V
V
D
D
D
G
G
D
F
D
V
V
V
D
G
G
V
G
V
V
V
G
V
F
G
G
G
G
G
D
D
D
G
G
F
G
D
D
D
G
G
D
F
V
V
V
D
V
D
V
G
V
V
V
V
F
G
V
G
F
V
F
F
D
F
F
F
D
Stratégie
‡
detest 2+EIA
2+EIA
TR+EIA
IB
IB
2+EIA
1EIA
TR+EIA
IB
IB
1EIA
1EIA
2+EIA
1EIA
2+EIA
1EIA
1EIA
1EIA
1EIA
1EIA
TR
TR+EIA
TR+EIA
TR
NS
1EIA
1EIA
1EIA
NS
1EIA
1EIA
2+EIA
1EIA
2+EIA
1EIA
2+EIA
2+EIA
1EIA
1EIA
2+EIA
TR
1EIA
1EIA
2+EIA
1EIA
2+EIA
1EIA
1EIA
1EIA
1EIA
2+EIA
1EIA
2+EIA
1EIA
1EIA
2+EIA
TR
1EIA
1EIA
2+EIA
2+EIA
2+EIA
1EIA
IB
TR
TR
IB
IB
IB
1EIA
NS
TR+EIA
Taille
(n)
127
206
202
300
2,041
309
2,887
679
256
208
516
1,597
382
309
260
473
272
2,592
194
333
122
186
194
240
8,835
500
500
3,044
580
250
783
8,326
529
19,801
14,071
169,605
41,269
50
423
410
260
400
912
11,507
1,315
100
404
50
250
205
24,761
100
988
211
1,937
248
981
352
323
1,591
125
124
493
283
108
321
547
191
492
200
336
30,364
Age
(y)
29
28
35
36
25
27
33
27
26
32
29
31
27
29
37
40
38
23
22
31
34
38
38
35
31
37
38
31
50
58
40
42
43
27
32
36
45
26
27
35
27
33
24
27
47
31
30
36
37
40
32
35
33
34
38
40
29
37
37
24
30
32
52
26
25
25
26
26
26
27
26
22
Femmes
(%)
NA
0
62
61
100
100
20
10
NA
100
57
11
100
NA
70
57
63
18
50
44
34
NA
NA
67
63
67
67
100
60
39
25
38
0
NA
26
NA
30
40
100
55
0
0
17
0
68
39
100
NA
84
74
47
48
NA
22
65
74
88
52
NA
100
81
86
61
100
100
100
100
11
100
100
100
20
Séropré-
valence
(%)
3.1
4.4
4.5
7.3
0.1
2.9
1.5
0.0
2.3
7.2
1.2
1.5
1.0
5.5
18.1
2.5
4.0
4.1
4.5
9.1
3.3
11.8
13.4
3.3
0.7
6.2
9.0
0.6
8.4
4.4
7.7
1.9
1.7
0.2
0.7
0.6
1.6
4.0
0.7
2.2
0.0
1.0
1.3
0.8
0.6
1.0
0.5
0.0
0.8
0.5
0.6
1.0
0.0
1.9
6.4
0.8
0.1
1.5
1.2
1.6
0.0
0.8
9.1
7.4
10.7
5.6
3.3
0.5
2.2
8.5
5.4
3.2
68
Région
Pays
BURKINA
FASO(2)
GAMBIE
GHANA
GUINEE
GUINEE-BISSAU
COTED’IVOIRE
MALI
NIGER
NIGERIA
SENEGAL
Premierauteur
NAGALO[208]
NAGALO[209]
ZEBA[210]*
ZEBA[210]*
OUEDRAOGO[211]
ZEBA[212]
KANIA[213]
TAO[214]
KIRAKOYASAMADOULOUGOU[215]
MBOTO[216]
JOBARTEH[217]*
JOBARTEH[217]*
MBOTO[218]
PETO[219]
CANDOTTI[220]*
CANDOTTI[220]*
SARKODIE[221]*
SARKODIE[221]*
AMPOFO[222]
CANDOTTI[50]
LASSEY[223]
APEA-KUBI[224]
ALLAIN[225]
ALLAIN[226]
NKRUMAH[227]
SAGOE[228]
LOUA[229]
PLAMONDON[230]
COMBE[231]*
COMBE[231]*
ROUET[100]*
ROUET[100]*
DIARRA[232]
TAGNY[111]*
KONE[233]
BOUARE[234]*
BOUARE[234]*
TAGNY[111]*
MAYAKI[235]
EGAH[236]
EJILEMELE[237]
FORBI[238]
LADEP[239]
OGUNRO[83]
FASOLA[240]
JEREMIAH[241]
OTEGBAYO[242]
ADEWOLE[243]
BUSERI[244]
DURU[80]
ONAKEWHOR[245]
ADESINA[246]
AKINBAMI[247]
BUSERI[248]
MBOTO[249]
OPALEYE[250]
ADEKUNLE[251]
AGBAJI[252]
DIRISU[253]
JEREMIAH[254]
OBIENU[81]*
OBIENU[81]*
UGBEBOR[91]
BALOGUN[255]
TREMEAU-BRAVARD[256]
LADEP[257]
OKUSANYA[79]
MOTAYO[258]
OPALEYE[259]
ETARD[260]
DIEYE[261]
Année
Typede
†
pop. Stratégie
‡
detest Taille
(n)
Age
(y)
Femmes
(%)
2011
2011
2011
2011
2012
2012
2013
2013
2014
D
D
V
F
D
D
G
D
D
1EIA
1EIA
TR
TR
NS
1EIA
IB
1EIA
TR+EIA
31,405
4,520
378
229
115
462
218
551
37,647
24
24
28
28
29
33
30
25
25
9
24
100
100
28
48
63
16
NA
Séropré-
valence
(%)
6.2
8.7
2.4
1.8
2.6
3.9
2.3
3.3
6.6
2005
2010
2010
2010
2014
2001
2001
2001
2001
2002
2003
2004
2006
2009
2010
2011
2012
2010
2007
2001
2001
2004
2004
2009
2009
2012
2013
2013
2009
2013
2007
2007
2007
2007
2007
2008
2008
2008
2009
2009
2009
2009
2010
2010
2010
2010
2010
2011
2011
2011
2011
2011
2011
2011
2012
2012
2013
2013
2014
2014
2003
2006
D
V
G
G
G
D
D
D
D
D
D
F
F
D
D
D
V
D
G
G
V
V
F
D
D
D
G
F
D
D
D
V
V
V
F
D
D
V
V
D
F
F
V
V
F
F
D
V
V
D
D
G
V
F
D
V
V
F
D
V
D
D
IB
IB
IB
1EIA
1EIA
2+EIA
2+EIA
IB
IB
IB
IB
1EIA
TR
TR+EIA
TR+EIA
TR
2+EIA
1EIA
2+EIA
2+EIA
2+EIA
2+EIA
2+EIA
2+EIA
1EIA
TR
IB
IB
1EIA
1EIA
1EIA
NS
1EIA
1EIA
1EIA
1EIA
TR+EIA
NS
1EIA
TR+EIA
TR
2+EIA
NS
TR
TR+EIA
TR+EIA
TR
TR
1EIA
TR
TR+EIA
1EIA
1EIA
TR
1EIA
TR
1EIA
TR
1EIA
1EIA
IB
IB
460
190
382
1,500
2,598
1,569
1,169
1,772
1,492
808
4,984
638
517
51,100
11,000
2,773
138
10,740
1,347
206
223
501
501
25,543
25,543
1,883
231
1,000
2,962
3,213
258
129
180
1,044
272
33,379
300
1,779
260
1,410
200
269
721
267
1,000
506
624
273
491
427
266
180
180
5,760
334
443
17,882
205
500
96
1,081
1,565
28
35
31
30
20
32
18
33
18
28
29
27
30
30
21
30
37
28
62
28
28
25
23
36
32
32
62
25
24
30
23
48
28
39
29
34
32
34
36
36
29
30
29
36
27
28
34
36
39
30
29
37
36
27
40
35
34
29
33
35
36
30
NA
70
70
62
66
10
35
10
36
6
NA
100
100
NA
28
8
71
NA
66
100
100
100
100
NA
13
NA
100
100
20
20
0
36
54
NA
100
NA
12
67
69
15
100
100
100
73
100
100
20
71
60
41
8
49
56
100
96
55
NA
100
4
50
19
23
1.1
19.4
6.7
2.1
0.5
2.4
0.3
2.6
0.7
8.4
1.3
2.5
5.2
0.4
0.2
9.4
3.6
0.3
5.1
3.4
3.1
1.2
0.8
3.3
3.2
0.5
6.5
0.2
1.4
1.2
4.3
0.8
18.3
8.6
9.2
3.7
5.0
4.8
3.5
6.0
5.0
1.9
1.9
3.4
0.5
0.4
3.0
0.7
11.8
5.6
1.5
4.4
6.7
3.6
2.1
2.9
11.3
3.9
0.8
2.1
0.8
0.2
69
Région
Pays
Premierauteur
Année
Typede
†
pop. Stratégie
‡
detest Taille
(n)
Age
(y)
Femmes
(%)
Séropré-
valence
(%)
1.6
0.5
SENEGAL(2)
DIOP-NDIAYE[262]
2008 V
IB
362
38
55
DIOP[263]
2009 D
1EIA
3,001
28
20
†Type de population : G –population générale ; D –donneurs de sang ; F – femmes enceintes ; V – individus porteurs du VIH.
‡Stratégie de test des anticorps anti-VHC: TR – seulement test rapide ; TR+EIA – test rapide confirmé par un test ELISA/EIA ; 1EIA –
seulement un test ELISA/EIA ; 2+EIA – plusieurs tests ELISA/EIA ; IB: inclut un test immunoblot ; NS – non spécifié.
*Plusieurs points de données issus d’une même publication.
Abréviations: RCA: République Centrafricaine ; RDC : République Démocratique du Congo.
70
Annexe 2. Détails supplémentaires concernant l’analyse statistique
Afin d’obtenir une estimation de la séroprévalence en population générale au niveau national, nous
avons pris en compte plusieurs facteurs d’hétérogénéité dans les données de séroprévalence. D’abord,
considérant que le risque d’exposition au VHC est fortement lié à l’âge, les estimations de
séroprévalence ont été ajustées sur l’âge de l’échantillon. De plus, l’ajustement sur le type de
population dont est issu l’échantillon est aussi nécessaire. Pour cela, nous avons conduit une analyse
de méta-régression, en modélisant l’estimation de la séroprévalence du VHC πij retrouvée dans l’étude
j conduite dans le pays i grâce à un modèle de régression logistique mixte (Equation 1) :
logit 𝜋'( = 𝛽+ log 𝑎'( + 𝛽./ 𝑏𝑑'( + 𝛽23 𝑝𝑤'( + 𝛽678 ℎ𝑖𝑣'( + 𝑢' + 𝑣(
(1)
où aij est l’âge median ou moyen de l’échantillon βA l’effet de l’âge ; bdij, pwij et hivij indiquent le
type de population (donneurs de sang, femmes enceintes et patients porteurs du VIH) ; βBD, βPW et βHIV
les effets correspondants relativement à la population générale ; ui ~ N{0,σ²U} est un effet aléatoire par
pays etv~N 0, σDJKLMN vj ~ N{0,σ²V} est un effet aléatoire par étude.
Il s’agit donc d’un modèle hiérarchisé, avec une ordonnée à l’origine aléatoire par pays et une
ordonnée aléatoire nichée pour chaque étude réalisée dans un même pays. Ce modèle a été estimé par
la méthode du maximum de vraisemblance, en utilisant le package R lme4 [264]. Les résultats du
modèle ont confirmé l’influence exercée par le type de population et l’âge de l’échantillon sur les
estimations de séroprévalence :
Modèle mixte
multivarié*
(odds-ratio [intervalle de
confiance à 95%])
Type d’échantillon
Population générale
Référence
Donneurs de sang
0,65 [0,56; 0,76]
Femmes enceintes
0,80 [0,56 ; 1,15]
Sujets porteurs du VIH
1,41 [1,18; 1,69]
Age médian ou moyen (par augmentation de 1
9,20 [5,49; 15,42]
log)
*Modèle logistique mixte incluant un effet aléatoire sur le pays et l’étude.
Nous avons ensuite utilisé ce modèle pour obtenir les meilleurs prédicteurs empiriques [73] de
séroprévalence du VHC par pays pour un âge de 30 pour tous les pays (permettant une comparaison
directe entre pays) ; et l’âge médian de la population adulte (15-59) de chacun des pays (qui est la
meilleure estimation de la séroprévalence adulte nationale). Les intervalles de prédiction ont été
obtenus par la méthode de bootstrap à deux niveaux décrite par Chatterjee et Lahiri [75], en utilisant
une méthode de calibration du risque α inspire de Hall et Maiti [76].
Les figures suivantes permettent de visualiser les effets du modèle de méta-régression pour chaque
pays. Dans chaque figure, chaque point de donnée inclut est tracé en fonction de l’âge médian ou
moyen (en abscisses) et de la séroprévalence rapportée (en ordonnées). Les barres d’erreur
représentent l’intervalle de confiance à 95% de la séroprévalence rapportée. La taille du point est
proportionnelle au logarithme de la taille d’échantillon. Les formes représentent le type d’échantillon
étudié (disques pour la population générale, carrés pour les donneurs de sang, triangles pour les
femmes enceintes et losanges pour les sujets porteurs du VIH). Sur le panneau de droite sont
présentés les résultats de trois méthodes d’estimation de la séroprévalence du pays à partir des
données. Pour l’estimation (A), nous avons utilisé la méthode classique de méta-analyse avec effets
71
aléatoires de DerSimonian et Laird (en utilisant le package R meta) [265,266]. L’estimation (B)
correspond à la prédiction du modèle pour un âge médian de 30 ans, et l’estimation (C) à la prédiction
du modèle pour l’âge médian de la population adulte (15-59) du pays. Les lignes pointillées verticales
montrent les deux cibles d’âge par pays : 30 ans pour la prédiction (B) en bleu et l’âge médian de la
population adulte du pays pour la prédiction (C) en rouge. La ligne grise montre la prédiction de
séroprévalence du modèle dans le pays en population générale en fonction de l’âge.
72
73
74
75
76
77
Annexe 3. Analyses de sensibilité
Comme les différentes hypothèses supportant les critères de sélection ainsi que la construction du
modèle de méta-régression peuvent être discutés, nous avons conduit une série d’analyses de
sensibilité afin de quantifier l’influence de certaines hypothèses sur les résultats.
Premièrement, les critères d’exclusion comportaient l’absence d’information concernant l’âge de
l’échantillon étudié, considérant que la séroprévalence d’un échantillon n’est pas interprétable sans
cette information. De plus, cela peut être considéré comme un critère de qualité de l’étude. En analyse
de sensibilité, ces études ont été inclues dans l’analyse après avoir imputé de l’âge médian à l’aide
d’une méthode d’imputations multiples par équations chaînées [267]. Cela a permis l’inclusion de 42
études supplémentaires dans l’analyse. Les résultats concernant l’estimation de séroprévalence en
population générale adulte étaient généralement similaires, en particulier dans les études avec un
grand nombre d’études (Tableau A1). Dans certains pays, l’exclusion des études sans mention de l’âge
de l’échantillon ont pu causer une sous-estimation de la séroprévalence nationale dans nos résultats.
Cela pourrait être notamment le cas au Cameroun, au Malawi et au Mali.
Tableau A1. Modification des estimations de séroprévalence
nationale après inclusion des études ne rapportant pas l’âge de
l’échantillon étudié.
Pays
BENIN
BURKINA FASO
CAMEROUN
RDC
GABON
GHANA
KENYA
MALAWI
MALI
MAROC
NIGERIA
RWANDA
AFRIQUE DU
SUD
SOUDAN
TANZANIE
TUNISIE
OUGANDA
Nombre
d’études
additionnelles
1
2
2
1
1
2
1
3
3
3
14
1
3.8
6.1
4.9
2.1
4.9
3.2
2.8
2
1.9
1.6
3.1
3.1
Estimation en
analyse de
sensibilité (%)
4.6
6.4
5.8
2.1
4
3.4
2.3
3
3.7
0.9
3.1
3.3
Différence
absolue
(%)
+0.8
+0.3
+0.9
0
-0.9
+0.2
-0.5
+1
+1.8
-0.7
0
+0.2
2
1.1
0.7
-0.4
1
3
1
1
1.7
2.7
1.8
2.7
1.7
2.3
1
2.7
0
-0.4
-0.8
0
Estimation
initiale (%)
Deuxièmement, les articles mesurant la séroprévalence du VHC dans des échantillons de sujets
porteurs du VIH en Afrique du Nord ont été exclus. La justification de ce choix était que les voies de
transmission du VHC et du VIH pourraient se recouper plus largement dans cette région que dans le
reste du continent. En Afrique Sub-Saharienne, le VIH est principalement transmis par voie sexuelle
et le nombre d’usagers de drogues intraveineuses est limité, ce qui rend le lien entre VIH et VHC
faible [71]. En Afrique du Nord au contraire, l’usage de drogues intraveineuses est une importante
voie de transmission du VHC et du VIH, et l’inclusion d’études de patients porteurs du VIH dans cette
région pourrait mener à une surestimation de la séroprévalence du VHC [72]. En analyse de
sensibilité, trois études supplémentaires étudiant la séroprévalence du VHC chez des individus
porteurs du VIH en Tunisie [268,269] et au Maroc [270] ont été incluses. Les nouvelles estimations de
séroprévalence nationales dans ces pays étaient en conséquence faiblement inférieures au Maroc et
faiblement supérieures en Tunisie (Tableau A2). La séroprévalence plus élevée dans l’étude menée au
78
Maroc (5,4%), et fortement élevées dans les deux études menées en Tunisie (39,7% et 26,4%) semble en
effet indiquer qu’un lien plus fort existe entre les épidémies de VIH et de VHC dans ces pays, en lien
avec un plus fréquent usage de drogues intraveineuses.
Tableau A2. Modification des estimations de séroprévalence
nationale après inclusion des études mesurant la séroprévalence
du VHC chez les sujets porteurs du VIH en Afrique du Nord.
Pays
MAROC
TUNISIE
Nombre
d’études
additionnelles
1
2
Estimation
initiale (%)
1.6
1.8
Estimation en
analyse de
sensibilité (%)
1.2
2.3
Différence
absolue
(%)
-0.4
+0.5
Troisièmement, afin d’augmenter le nombre de points de données utilisables, les études utilisant
des stratégies de test non-optimales ou ne rapportant pas de détails sur le type de tests utilisés ont été
inclues dans l’analyse principale. Cependant, l’utilisation de tests de spécificité faible pourrait mener à
une surestimation des estimations de séroprévalence. En analyse de sensibilité, nous avons restreint
les critères d’inclusion en utilisant seulement les 168 estimations basées sur des stratégies incluant
seulement des tests ELISA/EIA ou de type immunoblot. Les résultats des estimations de ce modèle
restreint étaient globalement proches des résultats principaux, sauf dans certains pays où subsiste
déjà une forte hétérogénéité comme le Cameroun (Tableau A3). Nous n’avons pas trouvé d’élément en
faveur d’une surestimation de la séroprévalence du VHC liée à l’utilisation d’estimations basées sur
les tests rapides.
Tableau A3. Modification des estimations de séroprévalence
nationale après exclusion des estimations basées sur des stratégies
de test n’incluant pas des tests ELISA/EIA ou de type immunoblot.
Pays
BOTSWANA
BURKINA
FASO
CAMEROUN
ETHIOPIE
GAMBIE
GHANA
KENYA
MALAWI
MALI
NIGERIA
AFRIQUE DU
SUD
SOUDAN
TANZANIE
OUGANDA
1.1
Estimation en
analyse de
sensibilité (%)
1.8
Différence
absolue
(%)
+0.7
4
6.1
6.3
+0.2
6
8
1
6
2
1
1
4
4.9
2.7
2.4
3.2
2.8
2
1.9
3.1
3.8
2.5
2.4
4
3.2
2.3
2.2
3.8
-1.1
-0.2
0
+0.8
+0.4
+0.3
+0.3
+0.7
1
1.1
1.4
+0.3
1
1
1
1.7
2.7
2.7
2.1
2.8
2.9
+0.4
+0.1
+0.2
Nombre d’études
additionnelles
Estimation
initiale (%)
1
Enfin, notre méthode d’analyse principale présuppose que la relation entre prévalence et le type
d’échantillon est la même dans tous les pays. Nous avons évalué la robustesse de cette hypothèse en
introduisant un terme d’interaction entre pays et type de population dans le modèle. Cette analyse de
sensibilité n’a pas permis de mettre en évidence une hétérogénéité de l’association (p=0,13, test de
rapport de vraisemblance). De plus, les estimations de séroprévalence obtenues à partir de ce modèle
plus complexe étaient très similaires aux résultats principaux (Tableau A4).
79
Tableau A4. Modification des estimations de séroprévalence
nationale après introduction d’un terme d’interaction entre
pays et type d’échantillon.
Pays
ALGERIE
ANGOLA
BENIN
BOTSWANA
BURKINA FASO
BURUNDI
CAMEROUN
REPUBLIQUE
CENTRAFRICAINE
RDC
DJIBOUTI
ETHIOPIE
GABON
GAMBIE
GHANA
GUINEE
GUINEE BISSAU
COTE D’IVOIRE
KENYA
LESOTHO
MADAGASCAR
MALAWI
MALI
MAROC
MOZAMBIQUE
NAMIBIE
NIGER
NIGERIA
REPUBLIQUE DU CONGO
RWANDA
SENEGAL
SOMALIE
AFRIQUE DU SUD
SOUDAN
TANZANIE
TUNISIE
OUGANDA
ZAMBIE
ZIMBABWE
Estimation
Estimation en analyse de
initiale (%)
sensibilité
(%)
2
2.2
3.9
4
3.8
4.1
1.1
1.3
6.1
6.2
3.1
3.3
4.9
5.2
Différence
absolue (%)
+0.2
+0.1
+0.3
+0.2
+0.1
+0.2
+0.3
2.3
2.6
+0.3
2.1
1.3
2.7
4.9
2.4
3.2
1.5
1.8
2.2
2.8
1.1
1.7
2
1.9
1.6
1.3
1.6
2.4
3.1
2.9
3.1
1
2.6
1.1
1.7
2.7
1.8
2.7
1.1
1.6
2.3
1.5
2.9
5.1
2.7
3.4
1.7
2.1
2.5
3
1.4
1.8
2.2
2.2
1.8
1.5
1.8
2.6
3.5
3.2
3.3
1.2
2.8
1.3
1.8
3
1.9
3.1
1.4
1.9
+0.2
+0.2
+0.2
+0.2
+0.3
+0.2
+0.2
+0.3
+0.3
+0.2
+0.3
+0.1
+0.2
+0.3
+0.2
+0.2
+0.2
+0.2
+0.4
+0.3
+0.2
+0.2
+0.2
+0.2
+0.1
+0.3
+0.1
+0.4
+0.3
+0.3
80
Annexe 4. Questionnaire utilisé pour le recueil des informations
auprès des praticiens locaux
81
82
Annexe 5. Contributeurs
Nous tenons à remercier toutes les personnes ayant contribué à ce travail de revue de la
littérature et de méta-analyse, listés ci-après.
AKINBAMI, AA, Department of Haematology and Blood Transfusion, Lagos State
Univsersity, College of Medicine, Lagos, Nigeria; ANDRIEUX-MEYER, I, MSF/Médecins Sans
Frontières Access Campaign, Geneva, Switzerland; BERKANE, S, Service de Médecine
Interne et d’Hépato-gastroentérologie, Hôpital Bologhine, Alger, Algeria; CANDOTTI, D,
National Reference Center for HBV, HCV, HIV in Transfusion, Institut National de la
Transfusion Sanguine, Paris, France; COHN, J, MSF/Médecins Sans Frontières Access
Campaign, Geneva, Switzerland; DIARRA, AA, Centre national de transfusion sanguine,
Bamako, Mali; DIRISU, J, Department of Medical Microbiology, University of Benin Teaching
Hospital, Benin City, Nigeria; DJOBA SIAWAYA, JF, Unité de Recherche et de diagnostics
spécialisés, Laboratoire National de Santé Publique, Libreville, Gabon; DORE, G, National
Centre in HIV Epidemiology and Clinical Research (NCHECR), The University of New South
Wales, Sydney, Australia; ERHABOR, O, Department of Medical Laboratory Sciences, Niger
Delta University Ammasoma Bayelsa State, Nigeria; FASOLA, F, Department of
Haematology, Medical Statistics and Environmental Health, College of Medicine, University
of Ibadan, Ibadan, Nigeria; GIULIANO, M, Department of Drug Research and Evaluation,
Istituto Superiore di Sanita, Rome, Italy; HURAUX, JM, Virology Unit, Pitié Salpétrière
Hospital, APHP, Pierre et Marie Curie University, Paris, France; KATABIRA, E, Mulago
Hospital, Makerere University, Kampala, Uganda; LAPERCHE, S, Department for the Study
of Blood-borne Agents, Institut National de la Transfusion Sanguine, Paris, France;
LEFRERE, JJ, Department for the Study of Blood-borne Agents, Institut National de la
Transfusion Sanguine, Paris, France; MODUPE, T, Department of Medicine, Ladoke Akintola
University of Technology, Osogbo, Nigeria; MURPHY, E, University of California, Blood
Systems Research Institute, San Francisco, USA; NIYONGABO, T, Centre HospitaloUniversitaire de Kamenge, Bujumbura, Burundi; NJOUOM, R, Centre Pasteur du Cameroun,
Reseau International des Instituts Pasteur, Yaounde, Cameroon; NWOGOH, B, Department
of Hematology and Blood Transfusion, University of Benin Teaching Hospital, Benin City,
Nigeria; OCAMA, P, Department of Medicine, Clinical Research Building Makerere
University College of Health Sciences, Kampala, Uganda; OGUNRO, P, Department of
Chemical Pathology, College of Health Sciences, Ladoke Akintola University of Technology,
Osogbo, Nigeria; OPALEYE, Y, Department of Medical Microbiology and Parasitology, College
83
of
Health
Sciences,
Ladoke
Akintola
University
of
Technology,Osogbo,
Nigeria;
PARBOOSING, R, Department of Virology, University of KwaZulu-Natal, Durban, South
Africa; PRICE, M, International AIDS Vaccine Initiative, New York, USA; ROBERTS, T,
MSF/Médecins Sans Frontières Access Campaign,
Geneva, Switzerland; SEYDI, M,
Department of Infectious Diseases, Centre Hospitalier Universitaire Fann, Cheikh Anta Diop
University, Dakar, Senegal; TAYOU-TAGNY, C, University Hospital Center, Haematology
and Blood Bank Service, Yaoundé, Cameroon and Faculty of Medicine and Biomedical
Sciences, University of Yaoundé I, Cameroon; TRAORE, HA, Centre Hospitalier Universitaire
du Point G, Bamako, Mali; ZOHOUN, C, Centre de Transfusion Sanguine Hôpital Militaire
d'instruction Mohamed V, Rabat, Maroc.
84
ANNEE : 2016
NOM ET PRENOM DE L’AUTEUR : Julien RIOU
PRESIDENT DE THESE : Pr. Pierre-Marie GIRARD
DIRECTEUR DE THESE : Pr. Arnaud FONTANET
TITRE DE LA THESE :
La séroprévalence du virus de l’hépatite C en Afrique : une revue
systématique avec méta-analyse
RESUME :
L’introduction de nouveaux traitements plus efficaces et mieux tolérés
contre le virus de l’hépatite C (VHC) rend nécessaire l’amélioration des
connaissances épidémiologiques de l’infection à VHC au niveau national,
afin de permettre aux décideurs de baser sur des informations fiables leurs
choix concernant les stratégies nationales de santé publique et d’allocation
des ressources. Nous présentons ici une revue systématique des estimations
de séroprévalence du VHC chez les adultes des pays d’Afrique entre 2000 et
2014. Ont été inclues les études réalisées en population générale, chez les
donneurs de sang, chez les femmes enceintes et chez les sujets atteints par
le VIH. Des analyses de méta-régression ont permis le calcul d’estimations
ajustées de la séroprévalence du VHC en population générale adulte au
niveau national, prenant en compte la variabilité liée aux structures d’âge
et aux types de population des échantillons inclus. Nous avons identifié 775
études parmi lesquelles 184 ont été inclues. Des estimations de
séroprévalence ont été produites pour 38 pays. Après l’Egypte, qui reste un
cas particulier, de hauts niveaux de séroprévalence ont été retrouvés en
Afrique Centrale (Cameroun, Gabon, Angola) et dans certains pays
d’Afrique de l’Ouest (Burkina Faso, Bénin). Le Nigeria, l’Ethiopie et la RDC
sont les pays où on retrouve le plus grand nombre de sujets infectés par le
VHC. Cette étude met en évidence la diversité de l’épidémiologie du VHC
sur le continent Africain, où le VHC reste un fardeau majeur et nécessite
des efforts importants pour promouvoir des interventions efficaces de
prévention et de traitement.
MOTS-CLES :
Afrique ; épidémiologie ; hepacivirus; revue de la littérature; méta-analyse
ADRESSE DE L’U.F.R. :
8, rue du Général Sarrail 94010 Créteil