Partie 1 : Evaluer la concordance d`un test diagnostique
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MMEDB283 : TP tests diagnostiques Partie 1 : Evaluer la concordance d’un test diagnostique La trypanosomiase Contexte Les trypanosomiases sont des infections dues aux parasites trypanosomes. Les trypanosomiases humaines sont endémiques dans 2 régions du monde : l’Afrique (maladie du sommeil) et l’Amérique du Sud (maladie de Chagas). Elles sont en général transmises par des piqures d’animaux hématophages : punaises nommées réduves (en Amérique latine), glossine surnommée mouche tsé-tsé (en Afrique). Caractéristiques du test diagnostique Le diagnostic de certitude de la maladie du sommeil repose sur la mise en évidence des trypanosomes par l’examen au microscope de différents liquides biologiques. Il existe également des tests sérologiques parmi lesquels on retrouve les tests CATT. Ces tests consistent à faire réagir une goutte de sang sur un réactif placé sur un support. Un de ces tests, le CATT-R250, est vendu en kit dans lequel un mélange doit être reconstitué pour la réalisation du test. Une fois reconstitué, le mélange ne peut pas être conservé à température ambiante et est donc peu stable. Un nouveau format du test diagnostique a donc été développé : le CATT-D10. Dans le but d’ évaluer la fiabilité de ce nouveau test diagnostique, des échantillons provenant d’ individus sains ou malade ont été envoyés en laboratoire. Deux techniciens différents ont réalisé ce nouveau test sur les échantillons. Données Technicien 2 + Technicien 1 + - 15 1 16 3 21 25 18 22 40 Questions D’après les données dont vous disposez, analysez la concordance entre les diagnostics des deux techniciens. La mesure de l’activité tumorale Contexte Pour certains cancers traités par radiothérapie, les patients sont parfois amenés à passer un scanner (PET scan) avant et après traitement afin d’évaluer l’effet de celui-ci sur l’activité tumorale. Les données de l’imagerie sont ensuite analysées par des logiciels appropriés afin de déterminer le volume et l’activité tumorale. Test diagnostique Dans ce contexte, une étude est menée afin de voir si les mesures d’activité tumorale données par deux logiciels différents sont bien concordantes. Les images réalisées par PET scan de patients traités sont analysées avec les deux logiciels. Questions Les mesures fournies par les deux logiciels sont-elles concordantes ? Données patient n* 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 Activité tumorale mesurée par logiciel A logiciel B 17 19 17 17 3 3 7 4 10 12 15 15 6 6 2 3 5 9 3 3 11 11 7 8 13 17 13 14 6 6 16 23 11 12 10 10 3 3 12 15 4 4 18 19 5 5 12 12 6 7 7 9 16 17 5 5 4 9 11 13 Partie 2 : Evaluer la fiabilité d’un test diagnostique Le cancer du Côlon Contexte Le cancer du côlon se développe à partir de la muqueuse du gros intestin ou côlon. Les cancers du côlon et du rectum (dernière partie du colon) étant assez semblables, on les regroupe sous le terme de cancer colorectal. C'est le troisième cancer chez l'homme (après le cancer du poumon pour les fumeurs, et celui de la prostate), ces derniers étant plus touchés que les femmes. Il s'agit essentiellement d'un cancer de l'âge mûr, près de 85 % des cas survenant après 65 ans. En Belgique, on recense chaque année 7 000 nouveaux cas de cancers colorectaux. La mortalité de cette maladie est assez élevée. Cependant, ce cancer est lent à se développer. S’il est diagnostiqué à un stade précoce, une simple chirurgie suffit à obtenir une guérison dans une majorité des cas. Généralement, le cancer se développe à partir d’excroissances bénignes appelées polypes dont la formation est attribuable à une prolifération trop rapide des cellules qui tapissent la paroi du colon. Ces polypes peuvent évoluer vers un cancer dans les 5 à 10 ans. Test diagnostique Un des tests diagnostiques est le test immunologique qui recherche la présence de sang occulte dans les selles. Il détecte la présence d’hémoglobine humaine grâce à des anticorps spécifiques anti-globine humaine (la globine étant la partie protéique de l’hémoglobine). Ce test donne pour chaque patient la concentration en sang dans les selles (en ng d'hémoglobine/ ml de selles). Le test immunologique a été effectué chez des individus malades et chez des individus sains. Questions 1) Evaluez ce nouveau test diagnostique quantitatif avec les outils appropriés 2) Identifiez le meilleur seuil pour discriminer les patients malades des individus sains 3) Décrivez la fiabilité de ce test diagnostique (rendu binaire) en calculant et interprétant les paramètres fondamentaux ou résumés qui vous semblent pertinents. 4) Quand cela est possible, calculez et interprétez les intervalles de confiance de ces paramètres. Données 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 Etat Sain Sain Sain Sain Malade Sain Sain Malade Sain Malade Sain Sain Sain Sain Malade Sain Malade Sain Sain Sain Sain Sain Sain Sain Malade Malade Sain Malade Malade Malade Malade Malade Malade Malade Malade Malade Malade Malade Malade Malade Concentration 3 7 8 9 10 12 14 16 21 26 41 42 42 44 45 47 49 51 59 65 72 74 77 85 90 90 103 109 112 129 133 147 166 173 176 221 250 251 271 339 Figure 1: Représentation de la concentration en Hémoglobine dans les selles (ng/ml) selon l'état du patient: malade (gauche) ou sain (droite). Tableau 1: Statistiques descriptives Malades Sains Moyenne 140 44 Variance (S2) 8430 878
