Outils méthodologiques et astuces pour la thèse de médecine Les sources de données Dr Emmanuel Chirpaz, DIM, CHU-FG Multiples et diverses >> finalité >> structure >> nature >> …. Dans ce cadre, se présentent 2 situations (et surtout beaucoup plus….) la moins favorable : rien …. la plus favorable : tout Si y’a tout, c’est à dire rien à faire en fait, reste encore beaucoup à faire: > adéquation des données / objectifs > qualité des données … On ne peut de toutes façons pas traiter des données sans les connaitre !!! En fait, en pratique….. Si l’on met à part les recueils ad-hoc, 3 grandes caractéristiques des bases de données « à disposition » dont il faut tenir compte: >> Bases de données «institutionnalisées», avec recueil standardisé/obligatoires… ou non >> Bases de données donnant l’accès à des données nominatives….ou non >> Bases de données à objectif épidémiologique….ou non Bases de données « institutionnelles » Multiples et variées: – maladies à déclaration obligatoire – causes de décès – réseaux sentinelles – registres de population – réseaux régionaux soins – Données de la CNAMTS – PMSI –… Bases de données issues de la recherche épidémiologique • Etudes de cohorte • Données nationales ou internationales provenant d’études cliniques • …. Et puis les autres à l’hôpital • Le dossier patient • Les « fichiers excels de service » • Le PMSI Le dossier patient • Source de recueil de données ++ • Mais avec son informatisation, c’est aussi une source de « recensement de patients » – Dossiers de spécialité Services – Examens de laboratoire Les « fichiers excels de service » • Recueils « organisés » sur une problématique par un/des praticiens • Théoriquement la situation la plus confortable (recueil et saisie réalisés sur un/des objectifs précis) • Mais attention à la qualité, l’exhaustivité des données, leur adéquation à l’objectif de l’étude +++ Le PMSI = Programme de Médicalisation des Systèmes d’Information = Source de données majeure pour « l’épidémiologie hospitalière » Le PMSI • Avantages: – Exhaustivité: concerne toutes les hospitalisation dans tous les établissements – Recueil de données standardisé (pathologies, actes, IGS2, PDN, SA, …), national – Informatisé, avec données depuis début des années 1990 (1991 au CHFG) Le PMSI • Limites: – Outil à objectif « médico-économique » et non épidémiologique – Investissement des médecins (qualité du codage) – Ne concerne pas l’activité externe PMSI: informations accessibles > Données administratives: DMS, Code postal de résidence,…. > Données démographiques: Age, sexe > Motifs de prise en charge: - Codés en CIM X (pas forcément précision voulue) - Règles de hiérarchisation de l’information (DP, DS..) - Pathologies ou motifs de recours, conditions socioéconomiques, causes externes de morbidité…. PMSI: informations accessibles > Données des prestations réalisées: - Actes médico-techniques (diagnostiques ou thérapeutiques) réalisés pendant le séjour - Codés en CCAM > Données complémentaires: -IGS2 en réanimation et soins Continus -Poids à l’entrée en néonatologie -SA à la maternité La pratique épidémiologique du PMSI En tenant compte des limites précitées: Utilisable en épidémiologie descriptive pour l’activité d’hospitalisation: > RUN: on l’utilise pour décrire l’activité en cancérologie pour la région (part hospitalière) > Au niveau National: va être utilisé pour déterminer les taux de mortinatalité et de mortalité périnatale (plus calculables par l’état civile depuis 2008 et obligatoire pour les état de la communauté Européenne) – Utilisable pour la surveillance épidémiologique ciblée – Moyen de « recensement » de dossiers a aller décortiquer ensuite (+++) La pratique épidémiologique du PMSI En tenant compte des limites précitées: Utilisable pour la surveillance épidémiologique ciblée: > RUN: utilisé en 2006 pour la surveillance de l’épidémie du Chik > PMSI urgences utilisé dans le cadre du réseau OSCOUR (leptospirose,…..) La pratique épidémiologique du PMSI En tenant compte des limites précitées: Moyen de « recensement » de dossiers a aller décortiquer ensuite (+++): > Demande de liste de patients ayant été hospitalisés dans le service X pendant la période Y pour la prise en charge de la pathologie Z La pratique épidémiologique du PMSI – En tenant compte des limites précitées: Utilisable pour la surveillance épidémiologique ciblée