semestre

semestre
nom
3
EMM : Ecologie microbienne
marine avancée
3
ACLAP : Apprentissage
classification et prévision
3
AERME1 : Approche
Ecosystème ressource Marine
exploitée I
3
AERME2 : Approche
Ecosystème ressource Marine
exploitée II
3
PROT 1: Protection
restauration Gestion Durable
1
3
PROT 2: Protection
restauration Gestion Durable 2
3
CONT : Hydrocarbures et
contaminants organiques :
devenir et impact
3
SDME : Système dynamique
en écologie
3
SPAT : Statistique spatiale
Bref descriptif
.-La boucle microbienne. Apport de la métagénomique dans la
compréhension des acteurs écologique microbiens marins
-Impact des éléments génétiques en écologie microbienne
Communauté et éléments nutritifs (oligotrophie, Carence
nutritionnelle, Etat viable/non viable-actifs/non actifs -Impact de la
nature du carbone (labile/récalcitrant)
- intervention d’enzyme extracellulaire pour la mobilisation des
éléments nutritifs Impact des conditions environnementales sur
l’activité et la présence des microorganismes
-présence/absence d’oxygène (particule, OMZ, sédiment)
-remaniement sédimentaire
-les nouveaux métabolismes marins impliquant l’énergie lumineuse
-l’impact de la pression
-l’impact de la température
Notion de distance entre objets. Arbre de régression, arbre
phylogénétique, SVM,
Classification supervisée et non-supervisée, moindres carrés, plus
proche voisin,
bootstrap, prédicteurs agrégés, mesure d’incertitude, erreur de
prévision
Enjeu et contexte des approches écosystémiques des ressources
marines et de leur exploitation. Ecologie trophique et quantification
des interactions trophiques par microchimie et analyses
isotopiques. Modéliser les interactions trophiques dans les
écosystèmes marins. Interactions ressources et environnement :
dynamique spatio-temporelle du recrutement des poissons.
Interactions ressources et environnement : régime shift et
alternance d'espèces. Effets de la pêche et du climat sur la
dynamique des écosystèmes hauturiers. Modélisation spatiale des
interactions ressources pêche- environnement en dynamique des
populations hauturières.
Interactions spatiales ressources-environnement : approches
géostatistiques.
Le développement durable, dans un contexte de conflits entre
usages et protection ; biodiversité et protection des espèces.
Instruments de protection du milieu marin : conventions
internationales, législation, AMP, ZNIEFF, Natura 2000, contrôle
des rejets solides et liquides, etc. 3. Les instruments et les
pratiques de gestion : réseaux de surveillance, bioindicateurs, biomarqueurs. Eléments généraux sur les effets de la pêche et de
l’aquaculture sur les milieux marins.
Génétique de la conservation. Les aires marines protégées et les
récifs artificiels. . Les stratégies de restauration. . Gestion intégrée
des espaces et des usages
- Contaminants organiques (origine, nature, caractéristiques
physico-chimiques, taux de contamination des écosystèmes
marins) ;- Devenir en mer : processus abiotiques et biotiques
régissant leur devenir en mer ;- Impact sur la structure et le
fonctionnement des écosystèmes marins (transferts au sein des
réseaux trophiques, écotoxicologie) ;- Impact sur les activités
anthropiques (exploitation des ressources marines, tourisme,
santé) ;- Moyens de lutte (physique, chimiques et biologique) ;Groupes microbiens (Bacteria, Archaea, Fungi) impliqués dans les
processus de transformation et de dégradation des contaminants
organiques ;- voies métaboliques et gènes impliqués dans la
transformation et la dégradation des hydrocarbures (aérobiose et
anaérobiose) ;- bioremédiation des écosystèmes marins
contaminés ;- Etude de cas (travail étudiant personnel d’analyse
critique portant sur des cas de pollution d'écosystèmes marins par
les contaminants : cause, impact, devenir de la pollution et moyens
de lutte employés).
Nous présentons ici : les attracteurs d’un système dynamique, la
sensibilité aux conditions initiales, l’exposant de Lyapunov, la
section de Poincaré, notions de théorie des bifurcations, stabilité
structurelle, dynamique symbolique, exemples de modèles de
dynamiques des populations présentant des comportements
dynamiques complexes. Toutes les notions vues en cours seront
également appliquées au cours de séances sur ordinateur
1.Panorama des méthodes de statistiques spatiales et des
recherches dans le domaine; hypothèses et modèles en
géostatistique; étude variographique de données spatiales ; les
différents krigeages (KS, KO, KU, KDE) et leur mise en oeuvre.
Introduction rapide à la géostatistique multivariable (cokrigeage).
Crédits
ECTS
6
3
3
3
3
3
6
3
3
3
EVACO : Evolution adaptation
et co- évolution
3
INV : Invasions biologiques
marines
ECOPE Ecologie des
paysages
Ecotox : Ecotoxicologie
3
Macroevolution et
environnement
Evolution des génomes, outils
bio informatiques
3
4
stage
Introduction aux processus ponctuels (modèles de PP, fonctions K
et L, tests de type MC, interaction entre 2 PP).
Modèles de dynamiques adaptatives. Adaptation par variationselection de caractères quantitatifs sujets à mutations de faible
effet. Modélisation de la valeur sélective. Equation canonique des
dynamiques adaptatives. Notion de singularité évolutive et
classification de leurs propriétés. Conséquences des mutations à
grands effets. Réponses aux changements globaux : analyse des
bifurcations. Autres méthodes de modélisation : Théorie des jeux,
Génétique quantitative, IBMs.
Analyse numérique.Etude numérique des fonctions de fitness, de
l'équation canonique, des singularités évolutives. Analyse de
bifurcations. Simulations individus-centrées.
Applications.Radiation adaptative chez E. coli, co-évolution d’un
système mutualiste, co-évolution de la prédation, diversification
évolutive, suicide évolutif, dynamiques "reine rouge.
Les invasions biologiques (transfert d'espèces par l'homme, vers de
nouveaux écosystèmes et régions et les transferts biologiques
correspondent à des phénomènes similaires.. Définitions et
concepts.
Causes des invasions et transferts biologiques.
. Facteurs de succès des invasions et transferts.
Conséquences écologiques, économiques et sur la santé.
Prévention et contrôle des invasions et transferts.
L’analyse de l’organisation spatiale et de la connectivité des
habitats sous-marins est déterminante pour l’étude des processus
multi-échelles qui gouvernent la distribution, la dynamique et la
biodiversité des espèces marines. Seront abordées les concepts de
métapopulation, de dispersion et de connectivité entre fragments
d’habitat. Des développements en écologie théorique ainsi que
dans le domaine de la gestion des ressources marines et de la
restauration des écosystèmes côtiers seront abordées ;
Biomarqueur en ecotoxicologie
Application à la sureveillance de l’environnement marin/
Evolution du concept de bio surveillance, et de biomarqueur.
Devenir des Xénobiotique dans l’organisme, récapitulation de la
biotransformation. Biomarqueur de défense (enzyme de la phase I,
II, metallothionéines, systèmes anti-oxydant. Biomarqueur de
dommage (acétylcholinestérase, stabilité de la membrane
lysosomale, TBARS, vitallogénines) Exemples d’application
-Definition de l'evo-devo. Historique et grandes questions (chez les
plantes et métazoaires) ou l'utilisation d' outils et concepts
modernes au service de l'évolution et de l'anatomie comparée.
-une discipline récente l'éco-dévo ou identifier l'influence de
l'environnement sur les processus développementaux
-les liens entre évo-dévo et éco-dévo: changements
environnementaux et conséquences potentielles à court et long
terme sur l'évolution des organismes
TD/TP: quelques exemples illustrant liens entre territoire
d'expression de gènes et structures morpho anatomiques; exposés
sur analyse d'articles, TP sur effets de produits chimiques sur
processus du développement
-Taille et composition des génomes: composition, codon (et usage),
séquences
codantes/non
codantes,
introns,
séquences
régulatrices, junk DNAprincipaux mécanismes d'évolution des
génomes: modifications de séquence, duplications, évolution
concertée/divergence,
transferts
horizontaux,
éléments
transposables, translocation/recombinaison, domain shuffling, taux
d'évolution
-rappels sur les techniques d'acquisition de séquences et
présentation des outils bioinformatiques pour l'étude des génomesExemples pratiques d'utilisations et débouchés
-recherche/rapatriements/alignements de séquences; comparaison
de séquences (composition, codon usage bias, taux d'évolution...),
détermination d'amorces pour PCR, séquençage..., prédictions de
sites, ORF et domaines...
Stage dans un laboratoire de recherche de 4 mois minimum
6
3
3
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