semestre nom 3 EMM : Ecologie microbienne marine avancée 3 ACLAP : Apprentissage classification et prévision 3 AERME1 : Approche Ecosystème ressource Marine exploitée I 3 AERME2 : Approche Ecosystème ressource Marine exploitée II 3 PROT 1: Protection restauration Gestion Durable 1 3 PROT 2: Protection restauration Gestion Durable 2 3 CONT : Hydrocarbures et contaminants organiques : devenir et impact 3 SDME : Système dynamique en écologie 3 SPAT : Statistique spatiale Bref descriptif .-La boucle microbienne. Apport de la métagénomique dans la compréhension des acteurs écologique microbiens marins -Impact des éléments génétiques en écologie microbienne Communauté et éléments nutritifs (oligotrophie, Carence nutritionnelle, Etat viable/non viable-actifs/non actifs -Impact de la nature du carbone (labile/récalcitrant) - intervention d’enzyme extracellulaire pour la mobilisation des éléments nutritifs Impact des conditions environnementales sur l’activité et la présence des microorganismes -présence/absence d’oxygène (particule, OMZ, sédiment) -remaniement sédimentaire -les nouveaux métabolismes marins impliquant l’énergie lumineuse -l’impact de la pression -l’impact de la température V Michotey, C Cuny, C Militon, , C Tamburini, G Gregori, F Wambeke, A Barani, M Garel Notion de distance entre objets. Arbre de régression, arbre phylogénétique, SVM, Classification supervisée et non-supervisée, moindres carrés, plus proche voisin, bootstrap, prédicteurs agrégés, mesure d’incertitude, erreur de prévision- D Nérini Enjeu et contexte des approches écosystémiques des ressources marines et de leur exploitation. Ecologie trophique et quantification des interactions trophiques par microchimie et analyses isotopiques. Modéliser les interactions trophiques dans les écosystèmes marins. Interactions ressources et environnement : dynamique spatio-temporelle du recrutement des poissons. Enseignement à Sête Interactions ressources et environnement : régime shift et alternance d'espèces. Effets de la pêche et du climat sur la dynamique des écosystèmes hauturiers. Modélisation spatiale des interactions ressources pêche- environnement en dynamique des populations hauturières. Interactions spatiales ressources-environnement : approches géostatistiques. Enseignement à Sête Le développement durable, dans un contexte de conflits entre usages et protection ; biodiversité et protection des espèces. Instruments de protection du milieu marin : conventions internationales, législation, AMP, ZNIEFF, Natura 2000, contrôle des rejets solides et liquides, etc. 3. Les instruments et les pratiques de gestion : réseaux de surveillance, bioindicateurs, biomarqueurs. Eléments généraux sur les effets de la pêche et de l’aquaculture sur les milieux marins. D Banru + Intervenant ext Génétique de la conservation. Les aires marines protégées et les récifs artificiels. . Les stratégies de restauration. . Gestion intégrée des espaces et des usages ; Banru + Intervenant ext - Contaminants organiques (origine, nature, caractéristiques physico-chimiques, taux de contamination des écosystèmes marins) ;- Devenir en mer : processus abiotiques et biotiques régissant leur devenir en mer ;- Impact sur la structure et le fonctionnement des écosystèmes marins (transferts au sein des réseaux trophiques, écotoxicologie) ;- Impact sur les activités anthropiques (exploitation des ressources marines, tourisme, santé) ;- Moyens de lutte (physique, chimiques et biologique) ;Groupes microbiens (Bacteria, Archaea, Fungi) impliqués dans les processus de transformation et de dégradation des contaminants organiques ;- voies métaboliques et gènes impliqués dans la transformation et la dégradation des hydrocarbures (aérobiose et anaérobiose) ;- bioremédiation des écosystèmes marins contaminés ;- Etude de cas (travail étudiant personnel d’analyse critique portant sur des cas de pollution d'écosystèmes marins par les contaminants : cause, impact, devenir de la pollution et moyens de lutte employés).P Cuny et C Militon Nous présentons ici : les attracteurs d’un système dynamique, la sensibilité aux conditions initiales, l’exposant de Lyapunov, la section de Poincaré, notions de théorie des bifurcations, stabilité structurelle, dynamique symbolique, exemples de modèles de dynamiques des populations présentant des comportements dynamiques complexes. Toutes les notions vues en cours seront également appliquées au cours de séances sur ordinateur JC Poggiale 1.Panorama des méthodes de statistiques spatiales et des Crédits ECTS 6 3 3 3 3 3 6 3 3 3 EVACO : Evolution adaptation et co- évolution 3 INV : Invasions biologiques marines 3 ECOPAYS Ecologie des paysages 3 Ecotox : Ecotoxicologie 3 Macroevolution et environnement Evolution des génomes, outils bio informatiques 3 4 stage recherches dans le domaine; hypothèses et modèles en géostatistique; étude variographique de données spatiales ; les différents krigeages (KS, KO, KU, KDE) et leur mise en oeuvre. Introduction rapide à la géostatistique multivariable (cokrigeage). Introduction aux processus ponctuels (modèles de PP, fonctions K et L, tests de type MC, interaction entre 2 PP).P Monestier Modèles de dynamiques adaptatives. Adaptation par variationselection de caractères quantitatifs sujets à mutations de faible effet. Modélisation de la valeur sélective. Equation canonique des dynamiques adaptatives. Notion de singularité évolutive et classification de leurs propriétés. Conséquences des mutations à grands effets. Réponses aux changements globaux : analyse des bifurcations. Autres méthodes de modélisation : Théorie des jeux, Génétique quantitative, IBMs. Analyse numérique.Etude numérique des fonctions de fitness, de l'équation canonique, des singularités évolutives. Analyse de bifurcations. Simulations individus-centrées. Applications.Radiation adaptative chez E. coli, co-évolution d’un système mutualiste, co-évolution de la prédation, diversification évolutive, suicide évolutif, dynamiques "reine rouge.M Gauduchon Les invasions biologiques (transfert d'espèces par l'homme, vers de nouveaux écosystèmes et régions et les transferts biologiques correspondent à des phénomènes similaires.. Définitions et concepts. Causes des invasions et transferts biologiques. . Facteurs de succès des invasions et transferts. Conséquences écologiques, économiques et sur la santé. Prévention et contrôle des invasions et transferts.CF Boudouresque L’analyse de l’organisation spatiale et de la connectivité des habitats sous-marins est déterminante pour l’étude des processus multi-échelles qui gouvernent la distribution, la dynamique et la biodiversité des espèces marines. Seront abordées les concepts de métapopulation, de dispersion et de connectivité entre fragments d’habitat. Des développements en écologie théorique ainsi que dans le domaine de la gestion des ressources marines et de la restauration des écosystèmes côtiers seront abordées ; D Muths Biomarqueur en ecotoxicologie Application à la sureveillance de l’environnement marin/ Evolution du concept de bio surveillance, et de biomarqueur. Devenir des Xénobiotique dans l’organisme, récapitulation de la biotransformation. Biomarqueur de défense (enzyme de la phase I, II, metallothionéines, systèmes anti-oxydant. Biomarqueur de dommage (acétylcholinestérase, stabilité de la membrane lysosomale, TBARS, vitallogénines) Exemples d’application. Intervenant Exterieurs -Definition de l'evo-devo. Historique et grandes questions (chez les plantes et métazoaires) ou l'utilisation d' outils et concepts modernes au service de l'évolution et de l'anatomie comparée. -une discipline récente l'éco-dévo ou identifier l'influence de l'environnement sur les processus développementaux -les liens entre évo-dévo et éco-dévo: changements environnementaux et conséquences potentielles à court et long terme sur l'évolution des organismes TD/TP: quelques exemples illustrant liens entre territoire d'expression de gènes et structures morpho anatomiques; exposés sur analyse d'articles, TP sur effets de produits chimiques sur processus du développement -Taille et composition des génomes: composition, codon (et usage), séquences codantes/non codantes, introns, séquences régulatrices, junk DNAprincipaux mécanismes d'évolution des génomes: modifications de séquence, duplications, évolution concertée/divergence, transferts horizontaux, éléments transposables, translocation/recombinaison, domain shuffling, taux d'évolution -rappels sur les techniques d'acquisition de séquences et présentation des outils bioinformatiques pour l'étude des génomesExemples pratiques d'utilisations et débouchés -recherche/rapatriements/alignements de séquences; comparaison de séquences (composition, codon usage bias, taux d'évolution...), détermination d'amorces pour PCR, séquençage..., prédictions de sites, ORF et domaines... Stage dans un laboratoire de recherche de 4 mois minimum , période janvier-15 juin 6 3 3 3 3 6 30