texte de la publicite

TEXTE DE LA PUBLICITE
Titre :
Séquençage haut-débit en lecture Paired-End de 10 génotypes de riz sauvages pour DIAPC-Montpellier
Objet détaillé :
Séquençage haut-débit en lecture Paired-End de 2 fois 75 nucléotides (minimum) pour 1 canal de Flow Cell selon la
technologie Illumina/Solexa. Analyse de séquences de cDNA obtenus à partir de 10 génotypes de riz sauvages
Unité administrative :
1097 – DIAPC
Code référentiel inter EPST :
52.54 : services de séquençage
Caractéristiques du besoin (description, lieu d’exécution, durée, volume, etc.) :
L’UMR DiAPC souhaite faire réaliser une expérience de séquençage de fragments d’ADN selon la technologie
Illumina/Solexa
- Réalisation de 10 banques de cDNA, indexation des 10 banques et séquençage en mélange des cDNA selon la technologie
Illumina.Solaxa.
- Lecture Paired-End de 2 fois 75 bases minimum par fragment de cDNA séquencé.
- Livraison garantie de 30 millions (15 millions de paires) de séquences
Description : Réalisation de 10 banques de cDNA, indexation des 11 banques et séquençage en mélange des cDNA selon la
technologie IlluminSolaxa. Lecture Paired-End de 2 fois 75 bases minimum par fragment de cDNA séquencé.
Construction des 10 banques de cDNA
Cette étape concerne 10 génoypes de plantes (riz sauvages)
Envoi par l’UMR DiAPC à la société de prestation de séquençage de 1 à10 μg d'ARN total non dégradé (RIN>8) par génotype, transmis en
colis carboglace, fournis avec données de quantification et profil Bioanalyzer.
Pour chaque génotype : fabrication d’une banque de cDNA (à partir des mRNA polyA+) selon des protocoles compatibles avec un
séquençage haut débit Illumina/Solexa.
Indexation des 10 banques en vue d’un séquençage haut débit Illumina/Solexa
Séquençage
Séquençage de la banque totale de cDNA obtenue par mélange en équi-proportion des 10 banques de cDNA indexées.
Utilisation d’1 canal de Flow Cell Illumina
Utilisation d’un séquenceur GenomeAnalyser II ou HiSeq2000 Illumina.
Lecture « Paired-Ecd » de 2 fois 75 nucléotides (minimum)
Quantité de séquences lues garantie : 30 millions (15 millions de paires).
Prestations de Bio-Informatique
Analyse des données à l’aide du pipeline bioinformatique Illumina (ou similaire) incluant obligatoirement le base calling.
Démultiplexage des banques en 10 fichiers fastq séparés, un par banque initiale.
Livraison des données brutes et analysées (sauf fichiers images) sur disque dur externe ou liaison Internet sécurisée.
Lieu de livraison : UMR DIAPC, Centre INRA de Montpellier, 2 place Viala, 34060 Montpellier Cedex 1
Date souhaitée pour la livraison : fin novembre 2010
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Adresse où l’on peut retirer un dossier (le cas échéant) :
Le texte de la publicité, la lettre de candidature et la déclaration du candidat (DC1 et DC2 à remplir et à joindre à l’offre) sont
joints à la présente.
Remise des candidatures/offres (à préciser) et date limite de remise :
L'adresse où doivent parvenir les offres est la suivante :
UMR DIAPC, Bat.33, Centre INRA de Montpellier, 2 place Viala, 34060 Montpellier Cedex 1
Date limite de remise des offres : 18/10/2010 avant 12H 00.
Critères de sélection :
Valeur technique (40%) note sur 20
Délai de livraison ou d’exécution (10%) note sur 20
Prix (50%) note sur 20
Contact principal :
D’ordre technique : Sylvain SANTONI - Tél : 04.99.61.27.45 – Fax : 04.67.04.54.15 – Courriel :
[email protected]
Autre contact (nom, prénom, adresse, tel, fax, courriel) :
D’ordre administratif : Annie DEMICHEL – Tél : 04.99.61.20.03 – Fax : 04.99.61.30.48 – Courriel : [email protected]
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