LES AGENTS INFECTIEUX Dr H. MANDIN – 20/10/2016 CLASSIFICATION DU VIVANT Organismes cellulaires : Procaryotes (unicellulaires) ► Bactéries Eucaryotes : Organismes acellulaires : =Nécessité d’1 cellule hôte pour se multiplier Parasites Pluricellulaires : Mycètes Végétaux Animaux Présence d’acides nucléiques : Unicellulaires ► Protozoaires Virus Absence d’acides nucléiques : Prions BACTERIES DEFINITION Procaryote unicellulaire d’~ 1µm Ubiquitaire : Environnement Chez l’homme quantité de bactéries 10X > quantité de cellules Reproduction par scissiparité (division binaire) FORMES POSSIBLES Sphéroïde = cocci Cocci gram positif : En amas : Staphylococcus spp Staphylococcus aureus = Staphylocoque doré Staphylocoques blancs En chaînettes : Streptocoques spp Streptococcus pyogenes = Strepto A Streptococcus agalactiae = Strepto B Streptococcus pneumoniae = Pneumocoque En diplocoques : Enterococcus spp Enterococcus faecalis Enterococcus faecium Sphéroïde = cocci Cocci gram négatif : Neisseria meningitidis = méningocoques > méningites Neisseria gonorrhoeae = gonocoque > IST Bâtonnets = bacilles : Bacilles gram négatifs : Entérobactéries Escherichia coli Salmonella spp. Pseudomonas aeruginosa (=Pyo) Bacilles gram positifs : Corynébactéries Listeria monocytogenes Lactobacillus Bactéries spiralées = spirochètes : Treponema pallidum (=Syphilis) Leptospirose (endémique aux Antilles+++) Bactéries incurvées : Campylobacter spp. Bactéries fuselées : Fusobacterium (angine de Vincent) STRUCTURE : éléments constants ADN chromosomique Membrane cytoplasmique interne bicouche de phospholipides Paroi STRUCTURE : éléments inconstants Membrane externe : LPS (lipopolysaccharide) Lipide A ► Endotoxine : TA, hyperthermie, leucopénie… Antigène O ► spécificité antigénique = sérotypage Ex : Salmonella typhi (Fièvre typhoïde) / Salmonella entéritidis (GE) Adhésines : Adhérence aux cellules Formation de biofilms sur matériel étranger (KT, prothèses…) Porines : Passage de molécules hydrophiles (ex : ATB) COLORATION DE GRAM GRAM POSITIF (bleu) Membrane interne Paroi épaisse Pas membrane externe GRAM NEGATIF (rose) Membrane interne Paroi peu épaisse Membrane externe Coloration de gram +/- ADN plasmidique Ex : gènes de résistance aux ATB Capsule : Résistance à la bactéricidie sérique ► facteur de pathogénicité Ex : Klebsielle > BMR Antigène de capsule K ► sérotypage Ex : Méningocoque A/B/C Pili : Pili sexuels : Pili communs : Conjugaison des bactéries ► transmission de matériel génétique Ex : gènes de résistance ATB production d’adhésine ► adhérence aux cellules / matériel Flagelles : mobilité des bactéries Antigène flagellaire H► sérotypage Cytoplasmique ► synthèse protéique : Toxines Ex : choléra, E.coli entérotoxinogène (turista), Staph doré (exfoliations, choc toxique, TIAC…) Permettant la pénétration intra-cellulaire : Ex :mycobactéries (tuberculose), Légionelles Molécules de résistance : Aux réactions immunitaires de l’hôte + ATB RELATION HÔTE / AGENT INFECTIEUX Espèces commensales ► Flores Espèces pathogènes Normalement présentes = résidentes Rôle protecteur Jamais pathogènes ou pathogènes opportunistes dans certaines conditions Systématiquement responsables d’infections Différentes localisations, différents mode de transmission Espèces saprophytes Environnement +++ Habituellement inoffensives Pathogènes opportunistes dans certaines conditions Espèces commensales = Flores Flore cutanée (102 à 106/cm2) : Propionibactrium acnes Staphylocoque blanc (=coagulase négative) Corynébactéries Autres espèces (Entérobactéries…) > flore transitoire Flore voies aériennes supérieures (108/ml de sécrétion pharyngée) : Streptocoque : αhémolytique, S. pneumoniae Neisseria : saprophytes, meningitidis Haemophilus : parainfluenzae, influenzae Flore digestive (1011-1012 bactéries/gr selle) : Aérobies (entérobactéries (E.coli), entérocoques,…) Anaérobies (Bactéroïdes fragilis, Clostridium…) ↓ en descendant ↑ en descendant Flore vaginale (108-109 bactéries/ml sécrétions) : Anaérobies +++ Lactobacillus ++ Autres espèces : Gardnerella vaginalis / Atopobium vaginae / Mobiluncus Ureaplasmes / Mycoplasmes Streptocoque B/ Staphylocoque / Entérobactéries… Espèces pathogènes Localisations humaines et environnementales ► Pathogénicité liée au mode de transmission Tellurique : Clostridium tetani ► tétanos Clostridium perfringens ► gangrène gazeuse Bacillus anthracis ► anthrax Listeria monocytogenes ► infections NN Hydrique : Vibrio cholerae ► choléra Leptospirose (urines des rats) Légionellose (tours réfrigérées, bras morts…) Agents strictement humains : Chlamydia trachomatis : 1èr agent d’IST bactérienne Neisseria gonorrhoeae chez l’homme (blennoragie) : 2ème agent d’IST bactérienne Bordetella pertussis : agent de la coqueluche Espèces saprophytes Habituellement inoffensives Environnement Chez l’homme (flore, portage asymptomatique) Environnement : Pseudomonas aeruginosa (=Pyo) tropisme hydrique Surinfections de plaies / Otites… Acinetobacter baumannii Stenotrophomonas maltophilia Pathogènes opportunistes Quand ? : baisse d’immunité surinfection altération des muqueuses…. Notion de seuils établis par des référentiels différencie : Colonisation Infection AU LABORATOIRE QUALITE DU PRELEVEMENT +++ Respect des conditions d’asepsie ► contamination flore Respect des modalités de prélèvements : Ex : hémocultures positives à SCN Ex : urines contaminées par la flore vaginale et cutanée Ex : IST Chlamydia ► 1er jet urinaire car germe intracellulaire Respect des conditions d’acheminement Ex abcès, épanchement, digestif…: si écouvillon : avec milieu de transport ► anaérobies † avec l’air Ex prélèvement urétral : délai d’1 heure ► gonocoque † car fragile +++ Démarche de l’examen bactériologique Examen direct J0 ► germes, cellules…: Etat frais : Présence de bactéries, levures, trichomonas… Numération : leucocytes, hématies… Coloration de Gram : Forme : cocci, bacille… Coloration : gram +, gram - Cultures J1: Milieux solides : boîtes de Pétri Milieux liquides Fonction des besoins nutritionnels, sélectifs… Identification des germes J2 : Caractères biochimiques, sucres… Galeries d’identification : API Techniques automatisées Antibiogramme J3 : Sensibilité aux ATB Milieux liquides Milieux solides (disques, CMI) Autres techniques : Sérologies : recherche d’anticorps dans le sang Ex : Syphilis Recherche d’antigènes dans les sites infectés Toxine Ex : Clostridium difficile Sérotypage Ex : Salmonelles, Méningocoques Amplification génique PCR ATB : mécanisme d’action 1) ß-lactamines, glycopeptides, fosfomycine 2) Colistine, Daptomycine 3) Aminosides, tétracyclines, macrolides et apparentés (MLSK), acide fusidique, phénicolés 4) Fluoroquinolones, rifampicine, nitroimidazolés 5) Sulfamides + Triméthoprime (inhibition synthèse des folates) Pourquoi tester les ATB ? Antibiothérapie probabiliste : Infection non documentée Spectre large ► plusieurs ATB Pression de sélection de résistance Antibiothérapie curative : Infection documentée Spectre restreint ► suppression d’ATB, mode d’action ciblé RESISTANCE AUX ATB Résistance naturelle : Sur le chromosome bactérien → transmission verticale Caractéristique d’un genre ou d’une espèce Phénotype « sauvage » Résistance acquise Espèce naturellement sensible 1ou plusieurs mécanismes de résistance Acquisition de gènes 80-90% Transmission horizontale Éléments génétiques mobiles Ex : plasmides Mutation chromosomique 10-20% Transmission verticale Modes de résistances Imperméabilité membranaire : Efflux actif : Ex : Betalactamase (BLSE+++) ► BMR Modifications de la cible Protéines transmembranires > pompes Inactivation enzymatique ► hydrolyse des ATB Résistance naturelle (taille) ou acquise (porine) Ex : substitution de la cible SAUR SARM ► BMR Résistance croisée contre plusieurs familles d’ATB ► BMR Les ATB, c’est pas automatique Utilisation des bons ATB aux bonnes posologies sinon : Acquisition de résistance +++ BMR = Bactérie Multi-Résistantes Impasse thérapeutique Infections nosocomiales Définition : Infection contractée dans un établissement de santé Nosocomiale si absente à l’entrée dans l’établissement Délais (statut infectieux non connu à l’admission) : Après 48h d’hospitalisation Site opératoire : 30 jours Sur matériel in situ : 1 an 3500 décès/an seraient directement imputables aux IN Prévalence des patients infectés +/- 5,3% (2012) Facteurs de risque : 1. 2. 3. 4. Age (personnes âgées, préma…) Pathologie (immunodépression, brûlés, trauma…) Traitements (déséquilibre flore, chimio…) Actes invasifs (sonde, intubation, KT…) Services : 1. 2. 3. Réanimation 26% Chirurgie 6% Services médecine 6% Sites infectieux : Germes : Mode de transmission : Infections exogènes : Manuportage +++ (personnel/patient ou patient/patient) Contamination de l’environnement (eau, air, matériel…) Infection endogène : Acte invasif Fragilité particulière MOYENS DE LUTTE Buts : Dispositifs : Réduire le nombre d’IN Réduire la fréquence des BMR aux ATB Comité de Lutte contre les Infections Nosocomiales (CLIN) Equipe Opérationnelle d’Hygiène Hospitalière (EOHH) Actions : Recommandations nationales de référence, bonnes pratiques.. Surveillance et signalement Formation, prévention et sensibilisation du personnel hospitalier +++