Cours L2 - Epidémiologie et transmission des maladies infectieuses
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COURS L2 11/02/2013 « Epidémiologie et transmission des maladies infectieuses » Didier Raoult Marseille - France [email protected] www.mediterranee-infection.com L’HOMME EST UN ECOSYSTEME COMPLEXE Gènes viraux (> 10 %) Gènes bactérie Mitochondrie Cellule humaines 30 x 103 gènes x 10 bactéries x 100 gènes X 1000 virus Gènes d’archea 2 RAPPORT HOMME MICROBE Commensaux Synergie (digestion, modulation infection) Parasites (dangereux) - invasion - intoxication (tétanos, botulisme, staphylocoque) - inflammation - transformation (cancer) 3 PRIX NOBELS EN MEDECINE DE 1901 à 2011 Année 1901 Lauréat(s) Emil Adolf von Behring Nationalité Allemagne Travaux récompensés Diphtérie 1902 Sir Ronald Ross Royaume-Uni Paludisme 1905 Robert Koch Allemagne Tuberculose. 1907 Charles Louis Alphonse Laveran Ilya Ilitch Metchnikov Paul Ehrlich France Paludisme Russie L'immunité des maladies infectieuses 1919 Jules Bordet Belgique 1928 Charles Jules Henri Nicolle Gerhard Domagk Reich France L'immunité des maladies infectieuses Le typhus (une richettsiose) Allemagne Antibiotiques. 1908 1939 4 Année 1945 1948 1951 1952 1954 1960 1965 1966 1969 Lauréat(s) Alexander Fleming Ernst Boris Chain Howard Walter Florey Paul Hermann Müller Max Theiler Selman Waksman John Enders Thomas Weller Frederick Robbins Sir Frank Macfarlane Burnet Nationalité Royaume- Uni Royaume-Uni Australie Suisse Union d'Afrique du Sud États-Unis États-Unis Travaux récompensés Antibiotiques. Australie France Découverte de la tolérance immunologique acquise.(fièvre Q, une rickettsiose) Génétique États-Unis Virus cancérigènes. Allemagne de l'Ouest/ États-Unis États-Unis États-Unis Virus. Jacques Lucien Monod François Jacob André Lwoff Peyton Rous Max Delbrück Alfred D. Hershey Salvador Luria 5 DDT. La fièvre jaune. Antibiotiques. Poliomyélite. Année 1975 1976 1983 1989 1997 2002 Lauréat(s) David Baltimore Renato Dulbecco Howard Martin Temin Baruch S.Blumberg Daniel Carleton Gajdusek Barbara McClintock J. Michael Bishop Harold Varmus Stanley Prusiner Sidney Brenner John E. Sulston et Robert Horvitz Nationalité États-Unis Italie/ États-Unis États-Unis États-Unis États-Unis États-Unis États-Unis États-Unis États-Unis Afrique du Sud 6 Travaux récompensés Virus cancérigènes. Dissémination des maladies infectieuses Transposons. Rétrovirus cancérigènes Prions. Découvertes concernant la régulation génétique du développement d’un organisme et la programmation de la mort cellulaire Année 2005 Lauréat(s) Barry J. Marshall J. Robin Warren Nationalité Australie 2006 Andrew Z. Fire Craig C. Mello Harald zur Hausen États-Unis Allemagne Françoise Barré-Sinoussi Luc Montagnier France France 2008 France États-Unis 2011 Jules Hoffmann Bruce Beutler Canada Ralph Steinman 7 Travaux récompensés Helicobacter pylori et de son rôle dans les gastrites et les ulcères de l'estomac(cause des cancers de l'estomac) ARN interférents. Papillomavirus humains responsables de cancers du col de l'utérus. SIDA pour leurs travaux sur le système immunitaire inné pour ses travaux sur le système immunitaire adaptatif Hotez PJ., et al. Control of Neglected Tropical Diseases. N Engl J Med. 2007;357:1018-27. 8 INFECTIONS AU XXIÈME SIÈCLE Infections dans le monde : 17 millions de morts - 30% - Les 3 grands : HIV - TB - Paludisme - Infections respiratoires - Infections digestives - Infections prévenues par vaccinations - Infections nosocomiales - Infections émergentes - Cancer 9 QU’EST-CE QU’UNE MALADIE INFECTIEUSE? TERRAIN MICROBE -Génétique - Sexe - Age - Immunodepression - Microbiote - Coinfection - Toxiques QUI? RENCONTRE : -Voie - inoculation - Contexte saison humidité froid OU? QUOI? 10 AGE : ELEMENTS DE TERRAIN Nouveau-né - Filière génitale - Protection maternelle Nourrisson - Seul ou collectivité Enfant jeune Adulte Sujet âgé 11 U R SEXE : Facteurs anatomiques, hormonaux, culturels Masculin Féminin - Pré pubère - Age fertile - Enceinte - Ménopausée Explique le sexe ratio 12 IMMUNODEPRESSION: HIV + à T4 normaux SIDA cirrhose diabète splénectomie granulopenie cancer lymphome chimiothérapie traitement anti rejet traitement anti TNF et autres MAb corticothérapie 13 MATERIEL ET GREFFE greffe d’organe prothèse vasculaire prothèse cardiaque prothèse ostéoarticulaire autre 14 INTOXICATION : Tabac alcool drogue intraveineuse sucre 15 LES MALADIES INFECTIEUSES ET L’HÔPITAL • • • • Patients vulnérables Traumatismes Source : - patient - soin : eau (Legionnella, Pseudomonas) - main (entérobacteria, staphylococcus) Bactéries multirésistantes - main / alcool - habits - durée d’hospitalisation - contrôle d’antibiotiques 12.000 morts par an en France par bactériémie! 16 AP-HM 100 DC/ Bactériémie /an 1033 Bactériémies E.coli (20%) S.aureus (16%) Cathter S.epidermidis (9%) Klesbiella pneumoniae (8 %) Enterococcus (7.5 %) 120.000 admissions (1% ont une bactérie dont 10 % meurent) 17 TRANSMISSION: NOUVELLES TECHNOLOGIES • • • • • • • Aérosol, air conditionné: maladie du Légionnaire Seringues : inoculation, infections des drogués Bronchoscopie Transfusion (VMC, VIH, Hépatites B,C,E) Chirurgie: infections nosocomiales Transplantation Xénogreffes 18 Microbiote - Population muqueuse - Antibiotiques Coinfection - Virus et bactéries - Virus entre eux 19 VOIES ENTREES Oreilles Yeux HORIZONTAL air solide liquide (lentilles) Nez Bouche respiratoire (aerosol) buccale digestive Peau piqûres Traumatisme Vecteur arthropode insecte Tique Mite Autres? Transfusion Sexe Anus VERTICAL Mère Enfant 20 QU’EST-CE QU’UNE MALADIE INFECTIEUSE? TERRAIN MICROBE -Génétique - Sexe - Age - Immunodepression - Microbiote - Coinfection - Toxiques QUI? RENCONTRE : -Voie - inoculation - Contexte saison humidité froid OU? QUOI? 21 SAISON - (Influenza) - (arthropodes, moustiques) - (Soleil?) Froid/Chaud Géographie - (voyages, tropiques) Coutumes - (aliments crus) Socialisation - Baisers - Toucher - Collectivités 22 ELEMENTS D’EXPOSITION Contact: sexuel sujet malade (médecin sentinelle) voyage piqûre d’arthropode hospitalisation animaux - Familiers - Ferme 23 METIER : contact avec les animaux (vétérinaires, zoonoses) collectivités (maladies contagieuses) activité de soins (maladies contagieuses) 24 EVENEMENT ANORMAL : Alimentation (cru, gibier) Baignade eau douce Soins dentaires 25 ENVIRONNEMENT : ANIMAUX • • • • • • • Bétail Chiens et chats Chiens de prairies Poissons Oiseaux Muridés (rat, souris) Arthropodes vecteurs - Tiques - Poux - Moustiques 26 Maladie de Lyme Bartonella quintana Aedes, dengue et fièvre jaune, Westnile Chikungunya NOURRITURE : LA CONSERVATION • La chaleur (préserve, cuit) • Le froid (chaîne du froid, congélation) • Hyperosmolarité (sel, jambons) 27 LA NOURRITURE • Contamination animale, pas cuit : trichinose, cuit : Creutzfeldt Jacobs • Œufs et poulets : Salmonella, Campylobacter • Hamburger : E. coli 0157-B7 • Porc : Listeria, hépatite E, trichinose (bactérie des réfrigérateurs) • Fruits et légumes : Salmonella, hépatite A (fraises), Cyclospora cayetanensis (framboises) • Poissons crus : anisikiases 28 QU’EST-CE QU’UNE MALADIE INFECTIEUSE? TERRAIN MICROBE -Génétique - Sexe - Age - Immunodepression - Microbiote - Coinfection - Toxiques QUI ? RENCONTRE : -Voie - inoculation - Contexte saison humidité froid OU ? QUOI ? 29 AGENTS INFECTIEUX Virus Bactéries Archae - Microsporidies - Protistes Eucaryotes - Champignons - Helminthes - Arthropodes Prions 30 CAS CLINIQUE EN MALADIES INFECTIEUSES 1- Cadre nosologique 2- Terrain 3- Exposition 4- Éléments biologiques non spécifiques 5- Autres éléments paracliniques 6- Diagnostic étiologique 7- Conclusion - direct - indirect - infectieux . Bactérien . Viral . Fongique . Parasitaire - Non infectieux 31 Voir Ph.Brouqui! 32 33 34 35 INFECTION ET SYNDROME : expression qui détermine les symptômes organe atteint • Voies d’entrée • Spécificité du microbe • Spécificité de l’hôte - nouveau né - E.coli K1 - Proteus méningite abcès cérébral - HLA-B27 arthrite - Déficit génétique et méningocéphalite herpétique 36 MANIFESTATIONS GENERALES: Inoculum Microbe Hôte SPECTRE: Asymptomatique - Clinique – Sévère – Mortel 37 MÉNINGITES exemples Nouveau né - E.coli - Streptocoque B - Listéria Nourrisson - Méningocoque - Hémophilus B (vaccin) - Pneumocoque (vaccin) Jeunes et adultes - Méningocoque (B-C: vaccin) - Herpès virus (MST) - Entérovirus (épidermique) - HIV Sujets âgés - Pneumocoque Femmes enceintes - Cryptocoque - Listéria Nosocomial - Staphylocoque - Propionibacterium - Enterobacter 38 COMMUN AU CABINET - PREMIÈRES CAUSES Angine Sinusite Otite Infections respiratoires Infections cutanées Infections urinaires MST 39 COMMUN AUX URGENCES Bronchites Pneumonies Infections urinaires Eruptions fébriles Méningites – Encéphalites Fièvre retour de voyage Diarrhée fébriles VIH fébriles Infections ORL Ectoparasitose (gale/poux) 40 HOSPITALISATION AP-HM (2 300 / an) Infections Infections respiratoires: 33 % Infections urinaires : 15 % Infections cutanées : 10 % Parasitose : 10 % Fièvre ? : 3% Os : 3% MST ♂ : 3% Septicémie : 3% Viroses : 2% MST ♀ : 1% HIV : 1% 41 RETOUR TROPIQUE Fièvre Paludisme Rickettsioses Arboviroses Diarrhée Ambiase Turista Shigella Salmonella 42 NOSOCOMIALES LES PLUS COMMUNES DANS LE MONDE Staphylocoque Clostridium difficile Norovirus 43 GRAVES Choc septique Méningoencéphalite Endocardite Septicémie Péritonite 44 45 46 INFECTIONS BACTÉRIENNES Infections des yeux Méningite bactérienne Sinusite Otites Infections respiratoire de la région supérieure Pneumonie Gastrite Intoxication alimentaire Infections de la peau Maladies sexuellement transmissibles Infections de l’appareil urinaire 47 Encéphalite/ Méningite Rhume de cerveau INFECTIONS VIRALES Infections des yeux Parotite Pharyngite Pneumonie Gingivite Cardio-vascilaire Hépatites Myélite Infections de la peau Gastroentérite Maladies sexuellement transmissibles Pancréatite 48 CAS CLINIQUE EN MALADIES INFECTIEUSES 1- Cadre nosologique 2- Terrain 3- Exposition 4- Éléments biologiques non spécifiques 5- Autres éléments paracliniques 6- Diagnostic étiologique 7- Conclusion - direct - indirect - infectieux - Non infectieux . Bactérien . Viral . Fongique . Parasitaire 49 ELEMENTS BIOLOGIQUES NON SPECIFIQUES Cadre nosologique Eléménts biologiques non spécifiques • - FNS • - GB – – – – – Hyperleucocytose Leuconeutropénie Lymphopénie Hypereosinophilie Syndrome mononucléosique • Plaquettes – Thrombopénie – Thrombopénie sévère – Thrombocytose • Bilan Hépatique – Transaminases modérément augmentées (x 2 à 10) – Transaminases très augmentées > x 10 50 U R CAS CLINIQUE EN MALADIES INFECTIEUSES 1- Cadre nosologique 2- Terrain 3- Exposition 4- Éléments biologiques non spécifiques 5- Autres éléments paracliniques 6- Diagnostic étiologique 7- Conclusion - direct - indirect - infectieux - Non infectieux . Bactérien . Viral . Fongique . Parasitaire 51 DIAGNOSTIC SPECIFIQUE EN MALADIES INFECTIEUSES DIRECT • • • • • • Détection des microorganismes Méthodes Morphologie (microscope, coloration) Culture (banale, spéciale, sur cellule) Antigène (Immunodetection) Acides nucléiques (PCR) Prélèvement Sang Autres en fonction du tableau clinique (LCR, Biopsie) 52 U R DIAGNOSTIC SPECIFIQUE EN MALADIES INFECTIEUSES INDIRECT Sérologie : détection des anticorps Méthodes • Immunofluorescence • ELISA • ± Western blot Prélèvements • 2 sérums à 10 jours d'intervalle Résultat • Positif si séroconversion entre les 2 sérums (négatif à positif) • Augmentation des Ac entre les 2 sérums U • Présence d'IGM R 53 LISTE DES CODES ANALYSES DU POINT OF CARE 24.02.2012 PATHOLOGIES ANGINE ANALYSES Recherche Streptocoque A Mononucléose infectieuse Grippe Grippe par PCR VRS PNEUMOPATHIES Mycoplasma pneumoniae Coqueluche Coxielle burnetii Staphylococcus aureus Légionnelles Pneumocoque Pneumocystis 54 PRELEVEMENTS Gorge Sang Aspiration naso-pharyngée ou mouchage Aspiration naso-pharyngée ou mouchage Aspiration naso-pharyngée ou mouchage Aspiration naso-pharyngée Aspiration naso-pharyngée Aspiration naso-pharyngée LBA, combicath, aspiration bronchique Urines Urines LBA, aspiration bronchique PATHOLOGIES MENINGITES ANALYSES PRELEVEMENTS Cytologie LCR LCR Enterovirus LCR Herpes simplex virus LCR Varicelle Zona virus LCR Meningocoque LCR Pneumocoque LCR Cryptocoque LCR 55 PATHOLOGIES GASTRO-ENTERITES DIARRHEES FIEVRE TROPICALE ANALYSES PRELEVEMENTS Rotavirus Adenovirus Selle Norovirus Selle Clostridium difficile Selle ou écouvillon rectal Paludisme Sang total Dengue Sang 56 PATHOLOGIES AES GYNECOLOGIE OBSTRETIQUE FIBRO-DIGESTIF TETANOS DETECTION DE LA PROCALCITONINE ANALYSES PRELEVEMENTS HIV Sang HIV Sang Atopobium vaginae Vagin Strepto B Vagin Hélicobacter Selle ou écouvillon rectal Détection des Ac du tétanos Sérum ou plasma Procalcitonine Sérum 57 Le dictionnaire des maladies infectieuses est disponible sur le site de la faculté 58 CONCLUSION « Primum non nocere » N’infectez pas vos malades Vaccinez-vous contre les maladies contagieuses Passez-vous les mains à l’alcool avant de toucher un patient hospitalisé Ne pesez pas de cathéter inutile 59
