Master STS - mention MABS - UFR SVT

Université Paul Sabatier
UNITE DE FORMATION ET DE RECHERCHE
DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA TERRE (UFR SVT)
Bâtiment IV R 3 - 118 route de Narbonne - 31062 Toulouse Cedex 9
05.61.55.67.20 ou 05.61.55.81.88 Resp.Adm. : 05.61.55.69.30
MAJ : jJuillet 2010
SYLLABUS
MASTER SCIENCES, TECHNOLOGIES
ET SANTE
Mention MICROBIOLOGIE
AGROBIOSCIENCES (MABS)
Année universitaire 2010/2011
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
1
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
2
SOMMAIRE
Master Première année MABS ………………
Page 05
Master 2R spécialité Biosciences Végétale…… Page 23
Master 2R spécialité Diagnostic Microbiologique :
Approches Innovantes …………………………………… Page 29
Master 2P spécialité Microbiologie …………..
Page 39
Master Agrofood Chain……………………………..….
Page 43
AVERTISSEMENT
Les informations données dans le présent syllabus sont susceptibles d’être modifiées sans préavis (mises à jour des coordonnées des
enseignants responsables, corrections d’erreurs, prise en compte d’un changement d’habilitation, …)
En cas de doute, il est conseillé de consulter la dernière version du syllabus (disponible sur le site internet de l’Université
Paul Sabatier - www.ups-tlse.fr à la page consacrée à l’UFR SVT), de se rapprocher des enseignants responsables ou des
secrétariats pédagogiques.
En cas de constatation d’erreurs, vous pouvez envoyer un mel à l’adresse suivante : [email protected].
Merci de votre compréhension.
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
3
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
4
Université Paul Sabatier
UNITE DE FORMATION ET DE RECHERCHE
DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA TERRE (UFR SVT)
Bâtiment IV R 3 - 118 route de Narbonne - 31062 Toulouse Cedex 9
05.61.55.67.20 ou 05.61.55.81.88 Resp.Adm. : 05.61.55.69.30
SYLLABUS
Master 1
Microbiologie-Agrobiosciences
(MABS)
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
5
Master 1ère année, mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS)
Enseignant Responsable : Bernard MARTIN
: LMGM-Bât IBCG, 118 route de Narbonne 31062 Toulouse Cedex 9
: 05 61 33 59 77 : [email protected]
Secrétariat pédagogique : Nicole PEREZ : LMGM-Bât IBCG, 118 route de Narbonne 31062 Toulouse Cedex 9
: 05 61 33 58 98 : [email protected]
Conditions d'admission :
Accès de plein droit aux étudiants titulaires d'une Licence mention Sciences de la Vie et de la Santé de l’Université Paul
Sabatier. Pour tout autre cursus, l’inscription sera soumise à l’approbation de la commission de validation mandatée par
l’équipe de pilotage de la mention.
Schéma des études : 3 parcours sont proposés, à choisir selon l’orientation M2 souhaitée.
SEMESTRE 7
UE OBLIGATOIRES
Parcours 1 : Microbiologie Génétique
3M7MA1M
Génomique des plantes et des microorganismes
6 ECTS
3M7MA5M
Ingénierie moléculaire des microorganismes
6 ECTS
3M7MA6M
Cycle Cellulaire, Développement et Communautés Bactériennes
6 ECTS
3M7BT11M
Biochimie et Physiologie Microbienne
6 ECTS
Parcours 2 : Biologie et Biotechnologie Végétales
3M7MA1M
Génomique des plantes et des microorganismes
6 ECTS
3M7MA7M
Biologie du développement des plantes
6 ECTS
3M7MA8M
Interaction plantes microorganismes
6 ECTS
3M7MA9M
Génomique fonctionnelle végétale
6 ECTS
Parcours 3 : Qualité et sécurité des aliments
3M7MA1M
Génomique des plantes et des microorganismes
6 ECTS
3M7MA5M
Ingénierie moléculaire des microorganismes
6 ECTS
3M7MA13M
Diagnostics moléculaires des microorganismes
6 ECTS
UE A CHOIX SELON LES PARCOURS
Parcours 1 (1 U.E. obligatoire parmi)
3M7MA13M
Diagnostics moléculaires des microorganismes
6 ECTS
3M7MA14M
Les levures : modèles en biologie santé, outils en biotechnologie
6 ECTS
Autre UE de semestre 7 du domaine STS de l'UFR SVT (sous réserve d'autorisation)
6 ECTS
Parcours 2 (1 U.E. obligatoire parmi)
3M7MA10M
Approches pluridisciplinaires de l'adaptation des végétaux
6 ECTS
Autre UE de semestre 7 du domaine STS de l'UFR SVT (sous réserve d'autorisation)
6 ECTS
Parcours 3 (2 U.E. obligatoires parmi)
3M7MA6M
3M7MA14M
Cycle Cellulaire, Développement et Communautés Bactériennes
6 ECTS
Les levures : modèles en bio santé, outils en biotechnologie
6 ECTS
Autre UE de semestre 7 du domaine STS de l'UFR SVT (sous réserve d'autorisation)
6 ECTS
SEMESTRE 8
U.E. OBLIGATOIRES pour les 3 parcours
3M8MA4M
Stage d'initiation à la recherche
3M8MALM
UE de Langue (anglais scientifique)
12 ECTS
3 ECTS
U.E. OBLIGATOIRES selon parcours
3M8MA2M
Stratégies infectieuses des microorganismes (pour les parcours 1 & 2)
6 ECTS
UL6GA3M
Nutrition et alimentation (pour le parcours 3)
6 ECTS
U.E. d'ouverture conseillée pour les 3 parcours
3M8MA3M
Elaboration et conduite de projet scientifique
3 ECTS
1 UE OBLIGATOIRE A CHOIX
Parcours 1 : Microbiologie Génétique
3M8MA11M
Signalisation et régulation génique chez microorganismes et les plantes
6 ECTS
3M8MA12M
Régulation génique, modèlisation et bases de données
6 ECTS
3M8ELK
Ecologie microbienne et applications environnementales
6 ECTS
Autre UE de semestre 8 du domaine STS de l'UFR SVT (sous réserve d'autorisation)
6 ECTS
Parcours 2 : Biologie et Biotechnologie Végétales
3M8MA11M
3M8ELS
Signalisation et régulation génique chez microorganismes et les plantes
6 ECTS
Microorganismes parasites et symbiotes des végétaux
6 ECTS
Autre UE de semestre 8 du domaine STS de l'UFR SVT (sous réserve d'autorisation)
6 ECTS
Parcours 3 : Qualité et sécurité des aliments
3M8BT14M
3M8ELM
Biochimie analytique et quantitative
6 ECTS
Ecotoxicologie et évaluation des risques
6 ECTS
Autre UE de semestre 8 du domaine STS de l'UFR SVT (sous réserve d'autorisation)
6 ECTS
Débouchés en deuxième année de Master à l'U.P.S.:
Le M1 MABS propose 7 débouchés masters M2 : 3 Masters Professionnels et 4 Masters Recherche. Consulter l'ensemble
des M2R et M2P sur le site spécifique de la mention : http://www.mabs.ups-tlse.fr/
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
6
MODALITES DE CONTROLES DES CONNAISSANCES
HABILITATION 2007-2010 - MCC DIPLOME
Année universitaire 2009/2010
CODE APOGEE DU DIPLOME: 3MBIM0/71
RESPONSABLE: Bernard Martin
INTITULE DU DIPLOME: M1 SVS mention : Microbiologie-Agrobiosciences
Code Apogée
Type
UE
Libellé
UE
Unité Enseignement
(1)
Nom du
Responsable
ECT
S
(2)
PREMIERE SESSION
CC
(%)
CP (%)
SECONDE SESSION
CT (%) TOTAL
CC (%)
CP (%)
CT (%) TOTAL
SEMESTRE 7 (3MBIM7I)
3M7MA1M
Génomique des plantes et des microorganismes
Ob
JP Galaud
6
20
20
60
100
20
20
60
100
3M7MA13M
Diagnostics moléculaires des microorganismes
Op
P Ritzenthaler
6
20
20
60
100
20
20
60
100
3M7MA14M
Les levures : modèles en biologie-santé, outils en biotechnologies
Op
JP Gelugne, P Belenguer
6
50
50
100
50
50
100
3M7MA5M
Ingénierie moléculaire des microorganismes
Op
P Ritzenthaler
6
20
20
60
100
20
20
60
100
3M7MA6M
Cycle Cellulaire, développement et communautés bactériennes
Op
K Cam, B Martin
6
20
20
60
100
20
20
3M7MA7M
Biologie du développement des plantes
Op
D Aldon
6
20
80
100
20
60
100
80
100
80
100
60
100
3M7MA9M
Génomique fonctionnelle végétale
Op
S Rochange
6
20
30
50
100
20
3M7MA10M
Approche pluridisciplinaire de l'adaptation des végétaux
Op
C Teulières
6
20
20
60
100
20
3M7BT11M
Biochimie et physiologie microbienne
3M8MA2M
Stratégies infectieuses des microorganismes
Ob
M Arlat, C Roux
6
20
80
100
20
80
100
UL6GA3M
Nutrition et Alimentation
Ob
A Périquet
6
20
80
100
20
80
100
3M8MA3M
Elaboration et conduite de projet scientifique
Ob
K Cam, V Cotelle
3
20
20
60
100
20
20
60
100
3M8MA4M
Stage d'initiation à la recherche
Ob
K Cam, V Cotelle
12
20
20
60
100
20
20
60
100
Op
A Vercellone
SEMESTRE 8 (3MBIM8I)
6
20
cf fiche MCC dans le dossier de la mention BBT
3M8MA8M
Interaction plantes-microorganismes : génétique et physiologie
Op
C. Jacquet
6
20
80
100
20
80
100
3M7MA11M
Signalisation et régulation génique chez les microorganismes et les plantes
Op
C Gutierrez
6
20
80
100
20
80
100
3M8MA12M
Régulation génique,modélisation et bases de données
Op
K Cam, G Fichant
6
50
100
25
50
100
Ecologie microbienne et applications environnementales
Op
F Garabétian
6
3M8ELMM
Ecotoxicologie et évaluation du risque
Op
L Gauthier
6
80
100
3M8ELSM
Microorganismes parasites et symbiotes des végétaux : du gène aux
populations
Op
P Jargeat, C Roux
6
3M8BT14M
Biochimie analytique quantitative
Op
JD Marty
6
3M8MALM
anglais scientifique
Ob
MC Noailles-Pizzolato
3
3M8ELKM
25
25
25
cf fiche MCC dans le dossier de la mention Ecologie
20
80
100
20
Cette UE comprenant 3 sous UE, se référer au fichier descriptif de
l'UE
20
20
60
100
20
20
60
cf UFR Langues
(1) Obligatoire, Optionnel, Facultatif. (2) Les coefficients sont strictement proportionnels aux ECTS.
Remarques:
Le responsable du diplôme
Le Président de l'Université Paul Sabatier
B Martin
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
Professeur Gilles FOURTANIER
7
100
3M7MA1M - Génomique des plantes et des microorganismes
Enseignant Responsable : Jean-Philippe Galaud
UMR 5546 CNRS-UPS, Pôle de Biotechnologie végétale, 24 chemin de Borde-Rouge, BP 42617, 31326
Auzeville
05 34 32 38 28 [email protected]
Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected]
Coordonnées de l’enseignant responsable :
Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS
Cours
TD
30 h
30 h
TP
Equipe pédagogique : Gwennaele Fichant, Elodie Gaulin, Matthieu Arlat, Pierre Ferrer
Descriptif de l’UE
Cours
Historique, organisation et objectifs des programmes de génomique chez les plantes et les microorganismes
Méthodes d’analyses des génomes
- Structure physique, Structure génétique
- Analyse d’expression des génomes
- Protéomique, métabolomique
- Analyse informatique
- Métagénomique
Organisation, évolution et données de génomique
- chez les micro-organismes
- chez les plantes
- chez l’homme et les animaux
- Comparaison des génomes
TD
- Illustration des approches exposées en cours par l'analyse de problématiques biologiques.
- séances de TD sur ordinateur visant à illustrer les approches et démarches bioinformatiques décrites en
cours, notamment: annotation de fragments génomiques procaryotes et eucaryotes, méthodes de clustering
appliquées à l'analyse des biopuces, initiation à l'évolution moléculaire
Modalités de contrôle des connaissances :
Nature
Epreuve
Première session (en %)
Ecrit
CC
TP
Oral
20
CP
20
CT
40
20
Seconde session (en %)
TOTAL
Report*
TOTAL
20
Oui
>= 0/20
20
20
Oui
>= 0/20
20
60
Ecrit
40
TP
Oral
20
60
Total
100
100
* Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20)
ou d'un report sous condition (note >= 10/20).
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
8
3M7MA5M - Ingénierie moléculaire des microorganismes
Enseignant Responsable : Ritzenthaler Paul
LMGM, 118 route de Narbonne, Bât. IBCG
05.61.33.58.25 [email protected]
Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected]
Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS
TD
16 h
Cours
24 h
TP
20 h
Equipe pédagogique : M.L. Mingot-Daveran, M. Lautier, P. Ritzenthaler, M.P. Castanie-Cornet.
Objectif : sensibiliser les étudiants aux potentialités des microorganismes recombinants ou non dans les
bio-productions et les familiariser avec les méthodologies permettant leur programmation génétique.
Cours :
Seront abordés les systèmes microbiens où les connaissances physiologiques et génétiques sont les
plus développées, essentiellement chez les bactéries à Gram positif : bactéries lactiques, actinomycètes,
bacillacées et clostridies. L’impact de la génomique fonctionnelle et comparative sur l’étude de ces bactéries
sera développé, de même que les outils génétiques disponibles dans chaque système. Les concepts et les
bases moléculaires sous-jacents aux propriétés biotechnologiques spécifiques à chaque système seront
détaillées, en particulier :
Interactions phages-bactéries, bactériocines et quorum sensing, protéolyse et nutrition
azotée, métabolisme des sucres et répression catabolique, réponses adaptatives aux stresses, exportation
et compartimentation des protéines, propriétés probiotiques, interactions avec la flore intestinale et le
système immunitaire mucosale et applications dans le domaine de la santé pour les bactéries lactiques.
Génétique des toxines insecticides chez les bactéries pathogènes d’insectes et leurs
applications
Ingénierie métabolique pour les métabolites primaires chez les Corynebactéries et
Clostridies .
Biosynthèse des antibiotiques chez les Streptomyces et développement de nouveaux
agents antibactériens
Bioconversions - Biofilms.
Biodégradation des xénobiotiques chez les Pseudomonas.
Enseignements Pratiques et dirigés :
Les TP prennent principalement comme système modèle les bactéries lactiques et concernent la
construction d’un vecteur d’expression, les transferts de gènes, la production de bactériocines, la lysogénie
et la résistance aux phages. Une partie des T.D. comprend l’analyse de publications scientifiques en langue
anglaise.
Modalités de contrôle des connaissances :
Nature
Epreuve
Première session (en %)
Ecrit
TP
CC
Oral
20
CP
20
CT
60
Total
Seconde session (en %)
TOTAL
Report*
TOTAL
20
Oui
>= 0/20
20
20
Oui
>= 0/20
20
60
Ecrit
TP
Oral
60
60
100
100
* Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20)
ou d'un report sous condition (note >= 10/20).
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
9
3M7MA6M - Cycle Cellulaire, Développement et Communautés Bactériennes
Enseignant Responsable : Kaymeuang CAM et Bernard MARTIN
IPBS, 205 route de Narbonne,
LMGM/IBCG, 118 route de Narbonne,
05.61.17.59.78/05.61.33.59.77 [email protected], [email protected]
Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected]
Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS
COURS
TD
30 h
30 h
Equipe Pédagogique : M. Prudhomme, F. Pasta, B. Martin, C. Gutierrez, K. Cam, G. Fichant
Programme
Mots clés : cycle cellulaire, biofilm, cannibalisme, quorum sensing
Modèles d’étude : Bactéries (E. coli, B. subtilis, P. aeruginosa, S. pneumoniae, C. crescentus…)
Objectif pédagogique : donner une vision intégrée et moléculaire de la vie bactérienne à l’échelle cellulaire
et communautaire
Cours :
Cet enseignement présentera dans un première partie une vision intégrée, dynamique et moléculaire du cycle
cellulaire bactérien. Une deuxième partie sera consacrée à l’analyse génétique et moléculaire du
développement bactérien, expression prise dans son sens le plus large. En particulier seront abordés l’étude
des communautés bactériennes (les biofilms, un problème majeur pour la santé publique et l’économie), le
rôle de l’hétérogénéité à l’intérieur des populations bactériennes (état bistable, cannibalisme…) et
l’importance des systèmes de transduction du signal.
Travaux Dirigés :
Les travaux dirigés viendront compléter le cours par des discussions portant sur l’analyse de publications
scientifiques ou de sujets d’examen les plus pertinents.
Conditions d’admission : Il est fortement conseillé d’avoir suivi les enseignements de génétique moléculaire
bactérienne en L3
Modalités de contrôle des connaissances :
Nature
Première session (en %)
Epreuve
Ecrit
TP
Oral
Seconde session (en %)
TOTAL
Ecrit
TP
Oral
Report*
TOTAL
20
20
CC
20
20
Oui >=
0/20
CP
20
20
Oui >=
0/20
CT
60
60
60
60
Total
100
100
* Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20)
ou d'un report sous condition (note >= 10/20).
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
10
3M7MA7M - Biologie du Développement des plantes
Enseignant responsable : Didier Aldon
UMR CNRS UPS 5546 – Pôle de Biotechnologie Végétale BP42617 Auzeville – 31326 Castanet-Tolosan
05 34 32 38 43 [email protected]
Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected]
Cours
30 h
Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS
TD
16 h
TP
14 h
Equipe pédagogique : D. Aldon, A.M. Boudet, C. Digonnet, L. Hoffmann, S. Rochange, R. Pont-Lezica.
Le développement des plantes comprend, à partir d’une cellule initiale, la croissance qui donnera au
végétal sa forme, sa taille définitive et la différenciation qui va conduire à la spécialisation de tissus et
d’organes. Ces différents évènements, qui se déroulent au cours du cycle de développement, permettent à la
fois une vie autonome et une capacité de propagation de l’espèce.
L’objet de se module est d’approfondir le déterminisme de ces étapes à l’échelle moléculaire et cellulaire en
les replaçant au niveau de l’organisme entier et en soulignant l’influence du milieu qui joue un rôle crucial
dans le développement du végétal.
Les contrôles génétiques qui sous-tendent les transitions du développement seront présentées et les rôles
des signaux hormonaux et des photorécepteurs seront particulièrement abordés en insistant sur les
spécificités de l’organisme végétal et sur les interactions croisées (cross-talk) entre différentes voies de
signalisation.
Les grandes transitions dans la vie du végétal germination, dormance, floraison, fécondation, sénescence de
même que les facteurs les contrôlant seront décrites à la lumière des avancées technologiques récentes
(mutants, transgenèse…). Ces données seront finalement intégrées dans le cadre des objectifs de la
production végétale.
Travaux Dirigés
Ils concerneront :
(i)
Des approfondissements thématiques et méthodologiques : Reproduction ; approches
génétiques du développement, Développement et milieu …
(ii)
Des exposés « guidés » des étudiants sur des problèmes d’interface entre avancées
scientifiques liées au module et problèmes concrets à impacts économiques et sociétaux.
Modalités de contrôle des connaissances :
Nature
Première session (en %)
Epreuve
Ecrit
CC
TP
20
Oral
Seconde session (en %)
TOTAL
Ecrit
20
TP
Oral
Report*
TOTAL
Oui >=
0/20
20
CP
CT
80
80
80
80
Total
100
100
* Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20)
ou d'un report sous condition (note >= 10/20).
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
11
3M7MA9M - Génomique Fonctionnelle Végétale
Enseignante Responsable : Soizic ROCHANGE
UMR UPS/CNRS 5546, Pôle de biotechnologie végétale, 24 chemin de Borderouge, 31326 Castanet
05 34 32 38 31 [email protected]
Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected]
Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS
TD
24h
Cours
24h
TP
12h
Equipe pédagogique : S. Rochange, J.P. Galaud, V. Pacquit, V. Cotelle
Descriptif de l’UE
ENSEIGNEMENTS THEORIQUES :
. Les approches de mutagenèse :
Création de mutants.
Analyse fonctionnelle en génétique "forward" (du phénotype vers le gène) et "reverse" (du gène
vers la fonction). Méthodes de validation.
Clonage positionnel, TILLING.
Utilisation de banques de mutants et d'autres banques d'insertion.
. Mécanismes épigénétiques de régulation de l'expression génique :
Silencing, RNAi
ARNs non codants : miRNA, siRNA
Les travaux dirigés permettront d'illustrer les approches développées en cours et leur intégration dans les
stratégies de recherche. Ils seront basés sur des questions biologiques concrètes (ex perception et
transduction de signaux, résistance aux stress, développement, interactions avec des micro-organismes et
virus), à travers l'analyse de publications.
ENSEIGNEMENTS PRATIQUES :
Mise en oeuvre de la RT-PCR quantitative pour l'analyse de mutants chez Arabidopsis thaliana.
Modalités de contrôle des connaissances :
Nature
Première session (en %)
Epreuve
Ecrit
CC
CP
30
CT
30
Seconde session (en %)
TP
Oral
TOTAL
10
10
20
Report*
TOTAL
20
Oui >=
0/20
20
30
Non
50
Ecrit
60
TP
Oral
20
80
Total
100
100
* Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20)
ou d'un report sous condition (note >= 10/20).
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
12
3M7MA10M - Approche pluridisciplinaire de l’adaptation des végétaux (APAV)
Enseignante Responsable : Chantal TEULIERES
UMR 5546 Pôle Biotechnologie Végétale, Auzeville,
[email protected]
Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected]
Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS
TD
TP
12 h
12 h
COURS
30 h
Enseignement délocalisé
6h
Equipe Pédagogique : D. Aldon, C. Andalo, G. Bécard, A. Graziana, T. Lamaze, C. Marque, C. Teulières, C.
Thébaud.
Cours :
Ce module fait intervenir plusieurs disciplines complémentaires du domaine végétal pour disséquer, à
partir d'un modèle, des stratégies adaptatives. L'analyse sera conduite du niveau des populations au
niveau moléculaire à la fois sous l'aspect écologique, évolutif, physiologique, biophysique et moléculaire.
La démonstration s'articule autour d'un thème central : adaptation des plantes à la sécheresse :
-
approche écologique de l’adaptation à la sécheresse
notions de stress et de résistance : diversité des adaptations aux stress
différents types de résistance à la sécheresse
chronologie des effets conduisant à l'évitement
adaptation de la photosynthèse
production de mycorhizes
de la perception du signal aux gènes impliqués dans la réponse adaptative
évolution des génomes dans les stratégies adaptatives
Travaux Dirigés :
Ils sont basés essentiellement sur l’analyse de publications scientifiques récentes ou importantes illustrant
le cours. L’accent est mis sur la compréhension des techniques utilisées et l’interprétation de résultats
expérimentaux.
Travaux Pratiques :
L’enseignement est illustré par une sortie sur le terrain (1 journée) pour l’aspect éco-physiologique et 1,5
jours d’expériences en salle (dont une analyse bioinformatique) pour l’aspect moléculaire de ces réponses
adaptatives.
Modalités de contrôle des connaissances :
Nature
Epreuve
Première session (en %)
TOTAL
Report*
TOTAL
CC
20
20
Oui >= 0/20
20
CP
20
20
Oui >= 0/20
20
60
Total
TP
Seconde session (en %)
Oral
CT
Ecrit
60
Ecrit
TP
Oral
60
60
100
100
* Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20)
ou d'un report sous condition (note >= 10/20).
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
13
3M7MA13M - Diagnostics Moléculaires des Microorganismes
Enseignant Responsable : Ritzenthaler Paul
LMGM, 118 route de Narbonne, Bât. IBCG
05.61.33.58.25 [email protected]
Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected]
Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS
TD
16 h
Cours
24 h
TP
20 h
Equipe pédagogique : M.L. Mingot-Daveran, M. Lautier, P. Ritzenthaler, intervenants extérieurs
Objectif : initier les étudiants aux principes et applications des techniques de diagnostic microbiologique
moléculaire dans les domaines de la santé, agroalimentaire et environnement. Ce module s’adresse aux
étudiants intéressés par un cursus professionnalisé.
Cours :
Les concepts et les propriétés des principales méthodes rapides de détection et d’identification
moléculaire des microorganismes seront développés et comparés aux techniques conventionnelles de
microbiologie (diagnostic phénotypique).
Génomique des microorganismes les plus fréquemment recherchés en bactériologie médicale et
alimentaire. Apport de la génomique microbienne dans le domaine du diagnostic
Hybridation moléculaire : préparation et marquage des sondes, FISH, dot blot inverse, puces à
ADN,
Amplification génique : PCR qualitative, PCR quantitative en temps réel
Typage moléculaire à haute résolution : RFLP, PFGE, RAPD, AFLP, MLST, SNP, etc
Techniques physico-chimiques : impédancemétrie, spectrophotométrie, cytométrie en flux,
ATPmétrie.
Techniques immuno-enzymatiques : ELISA de type sandwich ou compétition.
Des exemples d’applications seront pris dans les domaines de la santé, agroalimentaire et environnement.
Enseignements Pratiques
Détection et identification de microorganismes dans des échantillons biologiques par voie immunoenzymatique et au niveau génomique par REA, RFLP, RAPD, PFGE et PCR.
Modalités de contrôle des connaissances :
Nature
Première session (en %)
Epreuve
Ecrit
TP
CC
20
CP
CT
Oral
20
60
Seconde session (en %)
TOTAL
Report*
TOTAL
20
Oui >=
0/20
20
20
Oui >=
0/20
20
60
Ecrit
TP
Oral
60
60
Total
100
100
* Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20)
ou d'un report sous condition (note >= 10/20).
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
14
3M7MA14M - Levures : modèles en Biologie-Santé, outils en Biotechnologies
Enseignant Responsable : J-P Gélugne ; P. Bélenguer
J-P Gélugne : LBME/CNRS, IBCG, 118 Rte de Narbonne 05 61 33 58 00, [email protected]
P. Belenguer : LBCMCP, Bat. 4R3, UPS 118 Rte de Narbonne 05 61 55 62 38 [email protected]
Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected]
COURS
30 h
TD
12 h
Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS
Projet Tutoré
TP
6
8h
Enseignement délocalisé
4h
Equipe pédagogique : P. Belenguer, J-P Gélugne, L. Pelloquin, C. Roux
Les cours feront intervenir également des intervenants chercheurs spécialistes des thèmes illustrés et des
intervenants extérieurs utilisant les levures en biotechnologies agroalimentaires ou pharmaceutiques. Les
TD seront essentiellement consacrés à des analyses d’articles et l’élaboration d’un exposé thématique
tutoré par un enseignant chercheur ou un chercheur.
Descriptif de l’UE
Objectifs et programme : Grâce aux multiples outils, en particulier génétiques, développés pour les
levures Saccharomyces cerevisiae et Schizosaccharomyces pombe, celles-ci ont constitué, et constituent,
des modèles clés pour l’analyse des processus et structures moléculaires et cellulaires chez les organismes
eucaryotes. La profonde conservation de ces processus et structures dans le monde eucaryote permet
d’extrapoler les données acquises par l’étude des levures modèles à la définition des fonctions des gènes
des eucaryotes supérieurs. Le développement très récent des analyses postgénomiques globales utilisant S.
cerevisiae ont renforcé le statut de « super modèle » de cet organisme. Par ailleurs depuis l’antiquité les
levures sont les microorganismes utilisés (spontanément ou volontairement) dans les « technologies »
agroalimentaires (aliments et boissons fermentées). Leur utilisation biotechnologique s’est également
amplifiée plus récemment grâce aux mêmes outils qui ont permis les avancées dans les études des processus
biologiques fondamentaux.
Les enseignements illustreront les apports de l’étude de modèles levuriens dans ces divers aspects :
1/Les levures organismes eucaryotes modèles :
- dans l’élucidation des processus fondamentaux au niveau cellulaire et moléculaire : cycle cellulaire,
cytosquelette, régulation de l’expression génique et épigénétique, division asymétrique, vieillissement
cellulaire etc…
- dans l’analyse de processus pathologiques : pathologies mitochondriales, prions …
- modèles de pathogènes invasifs chez les animaux (Candidoses…) et les végétaux (Ustilago…)
- pionniers pour les analyses postgénomiques à grande échelle et leur intégration : transcriptome, proteome,
interactomes, métabolome
2/ Les levures outils en biotechnologies
- agro-alimentaire : pain, bière et vin. Métabolisme, choix et élaboration des souches.
- production de composés pharmacologiques : modification et canalisation du métabolisme,
- production de protéines/peptides hétérologues.
- criblage de composés pharmacologiquement actifs, étude de leur mode d’action (levures modèles).
Modalités de contrôle des connaissances :
Nature
Première session (en %)
Epreuve
Ecrit
CC
30
TP
Seconde session (en %)
Oral
TOTAL
20
50
Ecrit
TP
Oral
Report*
TOTAL
Oui >=
0/20
50
CP
CT
50
50
60
50
Total
100
100
* Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20)
ou d'un report sous condition (note >= 10/20).
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
15
3M8MA2M Stratégies Infectieuses des Micro-organismes
Enseignants Responsables : Matthieu Arlat, Christophe Roux
Matthieu Arlat LIPM CNRS-INRA Auzeville, 31326 Castanet Tolosan
05 61 28 50 47 [email protected]
Christophe Roux SCSV UMR 5546 Auzeville, BP 42617, 31326 Castanet Tolosan
05 34 32 38 04 [email protected]
Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected]
Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS
TD
8
Cours
36
TP
16
Equipe pédagogique
Matthieu Arlat, Gilles Etiennes, Martine Lautier, Alain Vercelonne
Arnaud Bottin, Elodie Gaulin, Christophe Jacquet, Christophe Roux
Pour certains cas d’étude, l’équipe pédagogique sera complétée d’intervenants extérieurs.
Descriptif de l’UE
Cette UE a pour objectif de présenter la diversité des stratégies infectieuses mises en place par les
microorganismes pour envahir leurs hôtes, tant animaux que végétaux.
La spécificité infectieuse des différents groupes de microorganismes, virus bactérie et eucaryote, sera
décrite depuis les stades pré-infectieux jusqu’à la mise en place de l’interaction.
Une attention particulière sera donnée à l’analyse des mécanismes du pouvoir infectieux
Concernant les microorganismes procaryotes et les virus, nous essaierons d’analyser les mécanismes mis en
place par ces agents pour infecter leurs hôtes. Nous aborderons plusieurs phases critiques du cycle
infectieux: la reconnaissance, l’attaque, le détournement des défenses de l’hôte… Nous comparerons pour
cela, les stratégies de plusieurs agents pathogènes importants en pathologie humaine et animale, mais aussi
en pathologie végétale. Nous essaierons aussi de replacer ces connaissances en terme d’évolution des
mécanismes d’interaction en nous appuyant, par ailleurs, sur l’analyse d’interactions symbiotiques.
Concernant les microorganismes eucaryotes (Eumycètes, Oomycètes), 4 thèmes principaux seront abordés :
i) la signalisation précoce ii) les outils d’infection iii) les mécanismes de manipulation de la cellule hôte iv) la
physiologie de l’interaction (biotrophie, nécrotrophie).
Les travaux dirigés mettront en exergue les derniers concepts ou exemples publiés sur les mécanismes
d’infection des microorganismes.
Les travaux pratiques seront organisés en 4 séances de 4 heures pour illustrer les similitudes et
spécificités des stratégies infectieuses développées pour les bactéries et les champignons.
Modalités de contrôle des connaissances :
Nature
Epreuve
Première session (en %)
Ecrit
CC
TP
Oral
20
Seconde session (en %)
TOTAL
Ecrit
TP
Oral
20
Report*
TOTAL
Oui >= 0/20
20
CP
CT
60
20
80
60
20
80
Total
100
100
* Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20)
ou d'un report sous condition (note >= 10/20).
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
16
3M8MA3M - Elaboration et conduite de projet scientifique
Enseignants Responsables : Kaymeuang CAM et Valérie COTELLE
K. Cam IPBS, 205 route de Narbonne
05.61.17.59.78 [email protected]
V. Cotelle Pôle de Biotechnologie végétale, 31326 Auzeville
05 34 32 38 06 [email protected]
Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected]
COURS
4h
Enseignement de Semestre 8 - 3 ECTS
TD
26 h
Equipe Pédagogique : V. COTELLE, K. CAM
Cet enseignement sera suivi au 2nd semestre en préambule du module « stage d’initiation à la recherche ».
L’objectif de cet enseignement est de former l’étudiant aux règles, techniques et méthodes utilisées dans
les métiers de la recherche scientifique.
L’enseignement portera sur l’hygiène et la sécurité en laboratoire (produits chimiques, radioactivité,
organismes génétiquement modifiés) et sur les pratiques de base de manipulation (utilisation des pipettes,
préparation de solutions, etc…).
Une formation spécifique portera sur la tenue du cahier de laboratoire.
L’étudiant sera également formé au niveau de l’analyse bibliographique et des techniques de communication
scientifique (présentation orale, rédaction de rapport et de publication).
Modalités de contrôle des connaissances :
Nature
Epreuve
Première session (en %)
Ecrit
CC
Oral
20
CP
CT
TP
20
60
Seconde session (en %)
TOTAL
Ecrit
TP
Oral
20
Report*
TOTAL
Oui >=
0/20
20
20
60
60
20
80
Total
60
100
100
* Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20)
ou d'un report sous condition (note >= 10/20).
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
17
3M8MA4M – Formation à la méthodologie expérimentale : Stage d’initiation à la recherche
Enseignants Responsables : Kaymeuang CAM et Valérie COTELLE
K. Cam IPBS, 205 route de Narbonne
05.61.17.59.78 [email protected]
V. Cotelle Pôle de Biotechnologie végétale, 31326 Auzeville
05 34 32 38 06 [email protected]
Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected]
Enseignement de Semestre 8 - 12 ECTS
TD
44 h
COURS
0h
TP
70 h
Equipe Pédagogique : V. COTELLE, K. CAM
Cet enseignement est l’équivalent de 2 UE. Il sera suivi au 2nd semestre.
L’objectif de cet enseignement est d’initier l’étudiant à la recherche scientifique en lui proposant un
véritable projet scientifique qu’il mènera sous la direction d’un directeur de recherche. Le stage
s’effectuera sur une période de 2 à 3 mois (début avril à mi-juin) durant laquelle l’étudiant sera libéré de
tout autre enseignement. Il pourra être prolongé après la fin du semestre.
Modalités de contrôle des connaissances :
Nature
Epreuve
Première session (en %)
TOTAL
CC
20
20
CP
20
20
60
TP
Seconde session (en %)
Oral
CT
Ecrit
60
Ecrit
60
TP
Oral
Report*
TOTAL
Oui >=
0/20
20
20
80
Total
100
100
* Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20)
ou d'un report sous condition (note >= 10/20).
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
18
3M8MA8M – Interaction Plantes-Microorganismes : génétique et physiopathologie
Enseignante Responsable : Christophe JACQUET
Pôle de Biotechnologie végétale - UMR 5546 UPS-CNRS 24 ch. de Borde rouge, BP 42617 Auzeville 31326
Castanet-Tolosan,
05 34 32 38 14 mel : [email protected]
Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected]
Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS
TD
10
Cours
34
TP
16
Equipe pédagogique : M.T. Esquerre-Tugayé, C. Jacquet
Descriptif de l’UE
Cours et Travaux Dirigés :
Le thème de cette UE est à l'interface des enseignements de Physiologie Végétale, Microbiologie, Biologie
Cellulaire et Génétique.
L'étude cellulaire et moléculaire des interactions plantes/microorganismes parasites ou symbiotes
(champignons, bactéries) et plantes/virus est centrée sur l'analyse des gènes et des signaux qui soustendent :
- La spécificité des interactions : gènes de résistance des plantes, gènes d'avirulence des
microorganismes, reconnaissance de leurs produits respectifs.
- Le système de défense des plantes : nature des gènes de défense, induction par les éliciteurs,
régulation, cascades de signalisation.
- Le pouvoir pathogène des microorganismes : toxines, enzymes et le génie génétique afférant.
Ces aspects intègrent les domaines les plus actuels de la phytopathologie moléculaire. Dans chacun d'eux,
l'accent est mis sur les approches de génomique fonctionnelle ainsi que sur les retombées biotechnologiques
issues de cette connaissance : organismes transgéniques (plantes, champignons), méthodes prédictives, lutte
biologique, amélioration pour la résistance des plantes aux maladies.
Travaux Pratiques :
Ces thèmes constituent le support des enseignements pratiques (éliciteurs, molécules de défense, enzymes
d'attaque, marqueurs moléculaires), ainsi que de l'analyse sous forme d'ateliers bibliographiques.
Modalités de contrôle des connaissances :
Nature
Epreuve
Première session (en %)
Ecrit
CC
TP
Oral
Seconde session (en %)
TOTAL
20
Ecrit
TP
Oral
20
Report*
TOTAL
Oui >=
0/20
20
CP
CT
60
20
80
60
20
80
Total
100
100
* Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20)
ou d'un report sous condition (note >= 10/20).
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
19
3M8MA11M: Signalisation et régulation génique chez les micro-organismes et les plantes
Enseignant Responsable : Claude Gutierrez
Université Paul Sabatier – CNRS
Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires (UMR5100) Bât IBCG
118 route de Narbonne F31062 - Toulouse cedex 9
: 05 61 33 58 72
Fax: 05 61 33 58 86
: [email protected]
Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected]
Cours
30 h
Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS
TD
30 h
TP
Equipe pédagogique : Cam, K; Galaud, JP; Gaulin, E; Martin, B; Sivadon, P
Mots-Clés: Expression génique, transcription, traduction, régulation, transduction des signaux.
Objectifs:
Cet enseignement présente les mécanismes moléculaires de l'expression génique et de sa régulation
chez les micro-organismes (bactéries, virus et champignons) et les plantes. On insistera sur les approches
expérimentales de génétique moléculaire et de génomique mises en œuvre pour analyser les régulations
présentées.
Cours et Travaux Dirigés, Principaux points abordés:
1) Outils de l'analyse génétique chez les micro-organismes et les plantes: mutations de gènes et signaux
régulateurs, fusions de gènes, outils de la génomique, bases de données et logiciels spécialisés.
2) Modalités de l'expression génique et de sa régulation: ARN polymérase, promoteurs, facteurs de
transcription, chromatine, stratégies de régulation positive et négative.
3) Perception et transduction des signaux régulateurs, récepteurs membranaires, régulations
dépendantes du calcium, systèmes de phospho-relais.
4) Des exemples de programmes de régulation intégrés pris chez les bactéries, les champignons et les
plantes seront détaillés.
Cours et Travaux Dirigés, organisation:
(i) Les TD comprennent l'analyse de publications en langue anglaise et leur présentation orale. Ces
articles apporteront des éléments complémentaires aux cours et une formation à l'anglais scientifique.
(ii) Une partie des enseignements sera assurée sous forme de conférences par des chercheurs ou
enseignants chercheurs qui présenteront une introduction générale et l'état de la recherche actuelle sur
leur domaine
Modalités de contrôle des connaissances :
Nature
Epreuve
Première session (en %)
Ecrit
CC
TP
Oral
20
Seconde session (en %)
TOTAL
Ecrit
20
TP
Oral
Report*
TOTAL
Oui >=
0/20
20
CP
CT
80
80
80
80
Total
100
100
* Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20)
ou d'un report sous condition (note >= 10/20).
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
20
3M8MA12M - Régulation Génique, Modélisation et Bases de Données
Enseignants Responsables : Kaymeuang CAM & Gwennaele FICHANT
IPBS, 205 route de Narbonne
LMGM/IBCG, 118 route de Narbonne,
05.61.17.59.78 [email protected]
05 61 33 58 26 [email protected]
Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected]
Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS
TD
25 h
COURS
25 h
TP
10 h
Equipe Pédagogique : G. Fichant, K. Cam.
Programme
Mots clés : bases de données, régulation, réseau
Modèles d’étude : Procaryote et Eucaryote
L’objectif de cet enseignement est de former les étudiants à la création et gestion de banques de données
et à une approche quantifiée et synthétique de la régulation génique et de la réponse cellulaire.
La moitié de l’enseignement sera consacrée à l’élaboration de bases de données, impliquant la maîtrise de
l’outil informatique. L’autre moitié, sera consacrée à l’étude des systèmes de régulation génique et à leur
modélisation. La logique biologique derrière cette régulation sera testée expérimentalement chez la
bactérie Escherichia coli comme modèle et en utilisant des systèmes rapporteurs de l’expression génique
analysables par microscopie à fluorescence (à l’échelle de la cellule unique) et par fluoromètre (à l’échelle de
la population). La modélisation des résultats in silico sera réalisée avec des programmes adaptés. Quelques
notions rudimentaires de mathématiques seront nécessaires. Des experts en dehors de l’équipe
pédagogiques interviendront.
Conditions d’admission : Il est fortement conseillé d’avoir suivi les enseignements de génétique procaryote
en L3
Modalités de contrôle des connaissances :
Nature
Epreuve
Première session (en %)
Ecrit
TP
CC
25
CP
CT
Oral
25
50
Seconde session (en %)
TOTAL
Report*
TOTAL
25
Oui >=
0/20
25
25
Oui >=
0/20
25
50
Ecrit
TP
Oral
50
50
Total
100
100
* Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20)
ou d'un report sous condition (note >= 10/20).
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
21
Université Paul Sabatier
UNITE DE FORMATION ET DE RECHERCHE
DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA TERRE (UFR SVT)
Bâtiment IV R 3 - 118 route de Narbonne - 31062 Toulouse Cedex 9
05.61.55.67.20 ou 05.61.55.81.88 Resp.Adm. : 05.61.55.69.30
SYLLABUS
Master 2 Recherche Mention MABS
Spécialité : Biosciences Végétales
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
22
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
23
Semestre 9
3A9BSV1M Préparation à la recherche en biologie des plantes et des
microorganismes
Cours
40
TD
116
TP
36
Total : 200 h eq TD
30 ECTS
Semestre 10
3A10BSV2M Stage de Recherche
Eq 300 h de présence des étudiants
30 ECTS
Total :
40 h cours, 116 h TD, 36 h TP : 200 heures
équivalent-TD
60 ECTS
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
24
3A9BSV1M Préparation à la recherche en biologie des plantes et des
microorganismes
30 ECTS
Enseignant Responsable : Christophe Roux
Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez UPS Bât.IBCG118, route de Narbonne31062 Toulouse
Cedex 9
05 61 33 58 98
[email protected]
Coordonnées de l’enseignant responsable : [email protected]
Equipe pédagogique
E Gaulin, C Mathé, H San Clemente, P Winterton, ingénieurs, chercheurs et enseignants
chercheurs des équipes de recherche en appui du M2R
Descriptif de l’UE
*Les outils de communication :
-de la production à la diffusion des résultats scientifiques
-Anglais, outil de communication scientifique
*Hygiène et sécurité : règles de fonctionnement dans un laboratoire de biotechnologie
*Insertion professionnelle :
-organisation de la recherche publique (des EPST à l’ANR…)
-les métiers de la recherche publique – stratégies de carrière
-le secteur industriel de la recherche végétale et en biotechnologie – les stratégies
d’embauche
*Organisation de la recherche en Biotechnologie : les plateformes techniques
*Bioanalyse : de l’analyse des séquences à la gestion des banques de données.
*Analyse scientifique (3 ateliers). Compréhension du contexte scientifique et enjeux du stage
pratique
Cours
40
Code
Apogée
Enseignement de Semestre 9 TD
116
Libellé
Sous-UE
Sous-UE
3A9BSV1M
Préparation à la
recherche en biologie
des plantes et des
microorganismes
ECTS
ou
Coef
Cap.
(O/N)*
*
Nature
Epreuve
30 ECTS
TP
36
PREMIERE SESSION (en %)
Ecrit
TP
Ora
l
TOTAL
4
4
SECONDE SESSION (en %)
Ecrit
TP
Oral
Report**
*
TOTAL
4
Oui >=
0/20
4
30
Matières :
* Anglais, Outils de
3A9BSV12 communication
3A9BSV11 *Bioanalyse
*Analyse scientifique.
Compréhension du
contexte scientifique,
enjeux du stage pratique
3A9BSV13
2
CC
5
CC
23
CC
10
50
10
36
TOT
AL
86
10
50
36
Oui
>=
0/20
10
Oui >=
0/20
86
100
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
25
3A10BSV2M Stage de Recherche
Enseignant Responsable : Christophe Roux
Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez UPS Bât.IBCG118, route de Narbonne31062 Toulouse
Cedex 9
05 61 33 58 98
[email protected]
Coordonnées de l’enseignant responsable : [email protected]
Enseignement de Semestre 10 -
30 ECTS
Equipe pédagogique :
Chercheurs et enseignants chercheurs des équipes de recherche en appui du M2R
Descriptif de l’UE
Réalisation de travaux de recherche, rédaction et exposé du contexte scientifique, des résultats
acquis et des perspectives de travaux.
Code
Apogée
Libellé
Sous-UE
Sous-UE
3AABSV2M
Stage de
Recherche
ECTS
ou
Coef
30
Cap.
Nature
PREMIERE SESSION (en %)
(O/N)**
Epreuve
Ecrit
CC
CP
CT
TP
Oral
TOTAL
SECONDE SESSION (en %)
Ecrit TP Oral
Report**
*
TOTAL
Oui
>=
0/20
10
90
100
10
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
90
26
100
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
27
Université Paul Sabatier
UNITE DE FORMATION ET DE RECHERCHE
DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA TERRE (UFR SVT)
Bâtiment IV R 3 - 118 route de Narbonne - 31062 Toulouse Cedex 9
05.61.55.67.20 ou 05.61.55.81.88 Resp.Adm. : 05.61.55.69.30
SYLLABUS
Master 2 Professionnel Mention MABS
Spécialité : Diagnostic Microbiologique :
Approches innovantes
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
28
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
29
Master 2 Professionnel Mention MABS
Spécialité : Diagnostic Microbiologique : approches innovantes
Localisation de la formation : UPS (Université Paul Sabatier)
Responsable de la Formation :
Marie-Line DAVERAN-MINGOT, [email protected]
Tel : 05 61 33 58 47 Fax : 05 61 33 58 86
Co-responsable :
Pascal LE BOURGEOIS, [email protected]
Tel : 05 61 33 58 80
Secrétariat Pédagogique :
Nicole PEREZ, [email protected], [email protected]
Tel : 05 61 33 58 98
Adresse URL du site de la formation :
http://www.m2p-microbio.ups-tlse.fr
Recrutement : sur dossier et entretien
Objectifs :
L’objectif de ce M2P est de former des étudiants capables de développer et
mettre en œuvre des méthodes innovantes pour la détection et l’identification des
microorganismes (procaryotes, eucaryotes, virus) dans les domaines de la santé, de
l’agro-alimentaire et de l’environnement. Elle répond à une demande forte de ces
secteurs de faire évoluer les techniques traditionnelles d’analyse microbiologique vers
des méthodes miniaturisées de diagnostic rapide mises au point à partir d’une approche
pluridisciplinaire.
Compétences développées:
Les enseignements sont répartis comme suit :
M2S9 : Disciplines enseignées :
UE1 : Vers le monde de l’entreprise
UE2 : Approches méthodologiques et instrumentation
UE3 : Cibles d’identification des microorganismes
UE4 : Ateliers thématiques
UE5 : Travaux pratiques à initiatives
M2S10 : Stage en entreprise (6 mois)
Débouchés :
Laboratoires
des
industries
agro-alimentaire,
pharmaceutique,
cosmétique et environnementale, impliqués dans les domaines de la sécurité alimentaire,
du contrôle qualité, de la traçabilité, des contrôles de stérilité, de l’eau et de
l’environnement.
Start-up de service pour le contrôle microbiologique industriel ou le
diagnostic médical, vétérinaire ou végétal.
Organismes de recherche interprofessionnels en agro-alimentaire :
Centre ou institut technique, CRITT.
Entreprises assurant le développement de matériel utilisé en diagnostic
moléculaire – Technico-commercial
Organismes certificateurs et cabinets d’expertises et de conseil, services
de police scientifique
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
30
MODALITES DE CONTROLES DES CONNAISSANCES
HABILITATION 2007-2010 - MCC DIPLOME
Année universitaire 2009/2010
CODE APOGEE DU DIPLOME: 3SDIM0/71
DAVERAN-MINGOT MarieLine
RESPONSABLE:
INTITULE DU DIPLOME: M2P Diagnostic Microbiologique : Approche Innovante
Règle d'obtention du diplôme:
SEMESTRE 9
Code Apogée
Libellé
Type UE
ECTS
Nature
UE
Unité Enseignement
(1)
(2)
(3)
CM
TD
Ob
6
UE
65
55
120
100
UE
40
20
60
100
UE
25
35
60
100
20
40
60
100
120
100
3S9DI1M
3S9DI2M
3S9DI3M
Vers le monde de l'entreprise
Approches méthodologiques et instrumentation
Cibles d'identification des microorganismes
Ob
6
Ob
6
3S9DI4M
Ateliers thématiques
Ob
3
UE
3S9DI5M
Travaux Pratiques à initiatives
Ob
9
UE
ECTS
Nature
Volume Horaire
TP
120
SESSION UNIQUE
Total
CC (%)
CP (%)
CT (%)
TOTAL
SEMESTRE 10
Code Apogée
Libellé
UE
3SADI1M
Unité Enseignement
Stage en entreprise (6 mois minimum)
Type UE
(1)
Ob
(2)
30
(3)
Volume Horaire
CM
TD
TP
SESSION UNIQUE
Total
CC (%)
CP (%)
0
CT (%)
100
(1) Obligatoire, Optionnel, Facultatif.
Le Président
(2) Les coefficients sont strictement proportionnels aux ECTS.
de l'Université Paul Sabatier
(3) UE, Module, Matière
Le responsable du diplôme
Marie-Line DAVERAN-MINGOT
Professeur Gilles FOURTANIER
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
31
TOTAL
3S9DI1M
-
Vers le monde de l’entreprise
Enseignant responsable : Marie-Line DAVERAN-MINGOT
Université Paul Sabatier CNRS-LMGM-UMR5100, Bât IBCG, 118 route de Narbonne
31062 Toulouse cedex 04
: 05 61 33 58 47
[email protected]
Secrétariat Pédagogique : Nicole PEREZ
: Université Paul Sabatier, Bât IBCG, 118 route de Narbonne 31062 Toulouse cedex 04
: 05 61 33 58 98
[email protected], [email protected]
Enseignement de Semestre S9 -
6 ECTS
Matières
CM
Connaissances de l’entreprise
Communication, projet personnel
Anglais
41h
24h
TD
Total
45h
10h
86h
10h
24h
Equipe pédagogique : H. DOLGOPOLOFF, M. DURAND-BARTHEZ, M.L DAVERAN-MINGOT
P. BRIDONNEAU, E. PEROCHON, F. CARTA et conférenciers extérieurs
Programme du cours et des TD
L’entreprise : structure et législation
- Les différents types d’entreprises
- Législation et Droit du travail
- L’organisation de l’entreprise : La R&D, la production, les affaires règlementaires, les
ressources humaines, le marketing etc..
- Les types de management
La gestion de projet
- Un langage commun pour toute l’entreprise.
- Une aide à la construction d’un budget
- Etude de cas
La propriété industrielle
- Les étapes d’obtention d’un brevet
- Valorisation de la propriété industrielle
Les normes qualité et les réglementations applicables aux outils de diagnostic
- Les instances nationales et internationales de réglementation et de normalisation
- Les normes de qualité : ISO 9001, 17014, 13485, …, AFNOR,
- Les textes réglementaires : BPL, BPF, marquage CE, …
- L’Assurance Qualité
- Le Contrôle Qualité et la Validation
Le marché du Diagnostic Microbiologique dans le monde
Communication, projet personnel
- Etat des lieux des compétences et connaissances des étudiants.
- Formaliser un cv, une lettre de motivation, une présentation orale
- Etablir une « cartographie ciblée » des entreprises du marché à viser
- Préparer l’entretien de recrutement
- Méthodologie du plan d’action
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
32
3S9DI2M
-
Approches méthodologiques et instrumentation
Enseignant responsable : Pascal LE BOURGEOIS
Université Paul Sabatier CNRS-LMGM-UMR5100, Bât IBCG, 118 route de
Narbonne 31062 Toulouse cedex 04
: 05 61 33 58 80
Pascal. [email protected]
Secrétariat Pédagogique : Nicole PEREZ
: Université Paul Sabatier, Bât IBCG, 118 route de Narbonne 31062 Toulouse
cedex 04
[email protected], [email protected]
: 05 61 33 58 98
Enseignement de Semestre S9
Matières
-
6 ECTS
CM
TD
TP
Enseignement
délocalisé
Total
40h
20h
-
-
60h
Equipe pédagogique : F. BENOIT-MARQUIE, P. LE BOURGEOIS, J.M. FRANCOIS, P.E.
GLEIZES, M.L DAVERAN-MINGOT
Programme du cours et des TD
- Méthodes de microbiologie classique (rappel)
- Amplification PCR qualitative et quantitative en temps réel, RT-PCR
- Techniques d’hybridation et biopuces
- Techniques de microscopie, traitement de l'image
- Electrophorèse en champs pulsés
- Techniques de séquençage (pyroséquençage, haut débit…)
- Validation de méthodes et plans d’expériences
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
33
3S9DI3M
-
Cibles d’identification des microorganismes
Enseignant responsable : Marie-Line DAVERAN-MINGOT
Université Paul Sabatier CNRS-LMGM-UMR5100, Bât IBCG, 118 route de
Narbonne 31062 Toulouse cedex 04
: 05 61 33 58 80
[email protected]
Secrétariat Pédagogique : Nicole PEREZ
: Université Paul Sabatier, Bât IBCG, 118 route de Narbonne 31062 Toulouse
cedex 04
[email protected], [email protected]
: 05 61 33 58 98
Enseignement de Semestre S9
-
6 ECTS
CM
TD
TP
Enseignement
délocalisé
Total
Architecture des génomes microbiens
10h
5h
-
-
15h
Bio-statistiques
5h
10h
-
-
15h
Stratégies bio-informatiques en diagnostic 10h
20h
-
-
30h
Matières
Equipe pédagogique : S. BERTAGNOLI, P. LE BOURGEOIS, M. ARLAT, K. CAM, G.
FICHANT, Y. QUENTIN, M.L. DAVERAN-MINGOT
Programme du cours et des TD
Architecture des génomes microbiens
- Structure et évolution des génomes viraux
- Diversité, plasticité et évolution des génomes bactériens (génomique
comparative, alignements de génomes, pan-genome…)
- Métagénomique
Bio-statistiques
-Tests paramétriques, non paramétriques
-Test de T, analyse de variance (ANOVA)
- Régression
Stratégies bioinformatiques en diagnostic
- Conception de sondes spécifiques
- Structure, organisation et évolution des génomes microbiens
- Evolution moléculaire : méthodes de reconstruction phylogénétique (parcimonie,
distance, maximum de vraisemblance)
- Méthode de classification et d’analyses multivariées appliquées à l’analyse des
résultats des méthodes de typage
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
34
3S9DI4M
-
Ateliers thématiques
Enseignant responsable : Marie-Line DAVERAN-MINGOT
Université Paul Sabatier CNRS-LMGM-UMR5100, Bât IBCG, 118 route de
Narbonne 31062 Toulouse cedex 04
: 05 61 33 58 80
[email protected]
Secrétariat Pédagogique : Nicole PEREZ
: Université Paul Sabatier, Bât IBCG, 118 route de Narbonne 31062 Toulouse
cedex 04
[email protected], [email protected]
: 05 61 33 58 98
Enseignement de Semestre S9
Matières
-
6 ECTS
CM
TD
TP
Enseignement
délocalisé
Total
20h
40h
-
-
60h
Equipe pédagogique : S. BERTAGNOLI, P. LE BOURGEOIS, M. ARLAT, K. CAM, M.L
DAVERAN-MINGOT, F. GARABETIAN
Intervenants extérieurs : J.J GODON, X
Programme du cours et des TD
Plusieurs thèmes seront proposés aux étudiants. Ils couvriront les 2 axes cités ci-après ;
- Identification, typage de microorganismes pathogènes ou non
-Analyse d’écosystèmes complexes
Au cours de ces ateliers, les étudiants auront à répondre à un problème de diagnostic
donné. Pour cela, ils devront faire une analyse bibliographique, choisir les stratégies les plus
appropriées pour répondre au problème posé. Ce travail fera l’objet d’un rapport écrit et d’un
exposé oral auquel assisteront l’ensemble des étudiants et des invités du monde de l’entreprise .
Une très large part de l’enseignement sera réalisée par les étudiants.
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
35
3S9DI5M -
Travaux Pratiques à initiatives
Enseignant responsable : Pascal LE BOURGEOIS
Université Paul Sabatier CNRS-LMGM-UMR5100, Bât IBCG, 118 route de
Narbonne 31062 Toulouse cedex 04
: 05 61 33 58 80
Pascal. [email protected]
Secrétariat Pédagogique : Nicole PEREZ
: Université Paul Sabatier, Bât IBCG, 118 route de Narbonne 31062 Toulouse
cedex 04
[email protected], [email protected]
: 05 61 33 58 98
Enseignement de Semestre S9
Matières
-
9 ECTS
CM
TD
TP
Enseignement délocalisé
Biopuces
-
-
30h
q-PCR
-
-
30h
-
30h
FISH et cytométrie de flux
-
-
30h
-
30h
TGGE
-
-
30h
-
30h
Plateforme Biopuces (INSA)
Total
30h
Equipe pédagogique : P. LE BOURGEOIS, J.M. FRANCOIS, V. LE BERRE, F. GARABETIAN,
Y. NICAISE, P.E. GLEIZES
Programme du cours et des TD
3 grands thèmes seront abordés :
• Biopuces
• PCR quantitative en temps réel
• Fluorescence In Situ hybridization (FISH) et cytométrie de flux
• Temperature Gradient Gel Electrophoresis (TGGE)
Au cours de ces TP, les étudiants auront à élaborer des protocoles expérimentaux à partir
des analyses bioinformatiques faites dans l’UE3, et à mettre en œuvre concrètement les
expériences.
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
36
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
37
Université Paul Sabatier
UNITE DE FORMATION ET DE RECHERCHE
DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA TERRE (UFR SVT)
Bâtiment IV R 3 - 118 route de Narbonne - 31062 Toulouse Cedex 9
05.61.55.67.20 ou 05.61.55.81.88 Resp.Adm. : 05.61.55.69.30
SYLLABUS
Master 2 Recherche Mention MABS
Spécialité : Microbiologie
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
38
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
39
Master 2 R : Microbiologie
Enseignant responsable à l'UPS : Claude GUTIERREZ
✉ : Université Paul Sabatier, LMGM-Bât IBCG, 118 route de Narbonne, 31062 Toulouse CEDEX 4
✆ : 05 61 33 59 72
E-mail: [email protected]
Secrétariat pédagogique : ✉ : IBCG, 118, route de Narbonne, 31062 Toulouse✆ : 05 61 33 58 98
E-mail: [email protected]
Site web du M2R: http://www-m2r-microbio.biotoul.fr/M2R%20Microbiologie/Accueil.html
Conditions d'admission:
Le M2R Microbiologie est ouvert aux titulaires d'une première année de master de l’université,
aux titulaires d'un diplôme étranger justifiant d'un niveau équivalent, aux élèves ingénieurs des
INSA et des grandes écoles, aux étudiants des disciplines médicales, pharmaceutiques et
vétérinaires.
L'inscription à la formation est subordonnée à l'acceptation par le responsable, à la suite d'un
examen par un comité de sélection des dossiers de candidature (Pré-inscription obligatoire sur le
site web de l'UPS: www.ups-tlse.fr), et éventuellement d'un entretien.
Schéma des études:
La formation théorique (30 ECTS) repose sur 3 ateliers bibliographiques, 2 au S9 et un
au S10.
Les ateliers ont lieu tous les vendredis. Les rapports oraux ou écrits sont corrigés et notés par
un jury.
- Le premier atelier (10 ECTS) se termine par une présentation orale des articles étudiés.
- Le second atelier (10 ECTS) est clôturé par la remise d’un rapport écrit sous la forme d’une
mini-revue, rédigée comme une publication.
- Le troisième atelier (10 ECTS) donne lieu à la rédaction d'un projet de recherche, de type
projet de thèse sur 3 ans.
La formation pratique (30 ECTS) repose sur un stage en laboratoire, au sein d'une des
équipes d'accueil participantes (~30 EADs), sous la direction d'un chercheur confirmé. Au cours
du S9, le stage donne lieu à un exposé oral où chaque étudiant devra présenter le contexte
bibliographique de son sujet (10 ECTS). En fin de S10, le stage donne lieu à la rédaction d'un
rapport écrit (10 ECTS) et d'une soutenance orale, suivie de questions sur le sujet et son
contexte scientifique (10 ECTS).
Débouchés professionnels
La poursuite en thèse est le débouché naturel de cette formation, dont les équipe
d'accueil (EAD) sont réparties au sein de deux Ecoles Doctorales Toulousaines ["Biologie – Santé
– Biotechnologie" (BSB; ED 151, DS 5) et "Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et
Bioingénieries" (SEVAB; ED 458, DS 10)]. La poursuite en thèse peut se faire dans d'autres
formations doctorales nationales ou internationales.
Des formations de type "double compétences" (marketing, droit et vivant, propriété
intellectuelle…) sont accessibles aux titulaires du M2R.
Outre la préparation aux carrières de la recherche publique ou privée, la formation reçue
permettra une insertion professionnelle dans les secteurs industriels de l’agro-alimentaire, de
l’environnement et des industries pharmaceutiques.
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
40
MODALITES DE CONTROLES DES CONNAISSANCES
HABILITATION 2007-2010
-
MCC DIPLOME
Année universitaire 2009/2010
CODE APOGEE DU DIPLOME:
3AMIC0/71
INTITULE DU DIPLOME:
RESPONSABLE: Claude GUTIERREZ
Master 2 Recherche, Mention: Microbiologie - Agrobiosciences
/ Spécialité: Microbiologie
Règle d'obtention du diplôme:
SEMESTRE 9
Code Apogée
Libellé
CNU
UE
Unité Enseignement
3A91MIM
Atelier Bibliographique 1:
exposé de publication
653
3A92MIM
Atelier Bibliographique 2:
minirevue
653
653
3A93MIM
Stage en laboratoire:
présentation de la bibliographie
du stage
Type UE
ECTS
(1)
(2)
Ob
10
Ob
10
Ob
10
Nature
(3)
Volume Horaire
CM
TD
TP
Total
PREMIERE SESSION
CC
(%)
CP
(%)
50
50
SECONDE SESSION
CT
(%)
TOTAL
100
CC
(%)
CP
(%)
CT
(%)
TOTAL
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
SEMESTRE 10
Code Apogée
Libellé
CNU
UE
Unité Enseignement
3AA4MIM
Atelier Bibliographique 3:
projet de recherche
653
3AA5MIM
Stage en laboratoire: rapport
écrit de fin de stage
653
3AA6MIM
Stage en laboratoire: oral de
fin de stage
653
Type UE
ECTS
(1)
(2)
Ob
10
Ob
10
Ob
10
Nature
(3)
Volume Horaire
CM
TD
50
TP
Total
PREMIERE SESSION
CC
(%)
CP
(%)
SECONDE SESSION
CT
(%)
TOTAL
100
CC
(%)
CP
(%)
CT
(%)
TOTAL
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
(1) Obligatoire, Optionnel, Facultatif. (2) Les coefficients sont strictement proportionnels aux ECTS. (3) UE, Module,
Matière
Le responsable du diplôme
Claude GUTIERREZ
Le Président de l'Université Paul Sabatier
Professeur Gilles FOURTANIER
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
41
Université Paul Sabatier
UNITE DE FORMATION ET DE RECHERCHE
DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA TERRE (UFR SVT)
Bâtiment IV R 3 - 118 route de Narbonne - 31062 Toulouse Cedex 9
05.61.55.67.20 ou 05.61.55.81.88 Resp.Adm. : 05.61.55.69.30
SYLLABUS
Master 1 et 2 Recherche Mention
MABS
Spécialité : AgrofoodChain
Contacter l’enseignant responsable du
diplôme :
Christian CHERVIN
05.62.19.35.73 - [email protected]
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
42
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
43
MODALITES DE CONTROLES DES CONNAISSANCES
HABILITATION 2007-2010 - MCC DIPLOME
Année universitaire 2009/2010
CODE APOGEE DU DIPLOME: 3MAFC0/71
INTITULE DU DIPLOME: M1 AGROFOOD CHAIN
Seul le résultat final sera communiqué
RESPONSABLE: Christian CHERVIN
Code Apogée
Libellé
SEMESTRE 7
Type
CNU
UE
ECTS
UE
Unité Enseignement
(1)
(2)
Volume
Horaire
Nature
CT (%)
TOTAL
3
21
21
20
80
100
100
100
3M7AF2M
Physics and Chemistry
3
14
14
40
60
100
100
100
3M7AF3M
Basic concepts in plant physiology and molecular biology
3
14
14
40
60
100
3M7AF4M
Langue et Civilisation Françaises
14
16
60
40
100
100
100
3M7AF5M
Communication Skills in Scientific English
14
16
80
20
100
100
100
3M7AF6M
Quantitative Economics
3
12
16
40
60
100
100
100
3M7AF7M
Ecology, territories and Communities
3
12
16
60
40
100
100
100
3M7AF8M
Experimental Methodology
3
12
16
40
60
100
100
100
3M7AF9M
Agricultural Systems management
3
12
16
40
60
100
100
100
3M7AFAM
Optimization and Modelling
3
12
16
40
60
100
100
100
Libellé
UE
Unité Enseignement
(1)
(2)
TD
Volume
Horaire
Nature
(3)
TP
CM
TD
18
20
CC (%)
CT (%)
TOTAL
SECONDE SESSION
Applied Mathematics and Bioinformatics
Code Apogée
CM
PREMIERE SESSION
3M7AF1M
SEMESTRE 8
Type
CNU
ECTS
UE
(3)
CC (%)
100
PREMIERE SESSION
TP
CC (%)
CT (%)
TOTAL
SECONDE SESSION
CC (%)
CT (%)
TOTAL
3M8AF1M
Molecular Basis for Plant and Animal Improvement
4
20
80
100
100
100
3M8AF2M
Microbiological Engineering
3
12
16
40
60
100
100
100
3M8AF3M
Food Safety
4
22
12
40
60
100
100
100
3M8AF4M
Chemical and Biochemical Transformation of Biomass
4
20
20
40
60
100
100
100
3M8AF5M
Sustainability: from the Field to the Territory
5
24
24
40
60
100
100
100
3M8AF6M
Environmental Economics
4
20
16
30
70
100
100
100
3M8AF7M
Tutored individual project
6
4
12
100
100
100
(1) Obligatoire, Optionnel, Facultatif. (2) Les coefficients sont strictement proportionnels aux ECTS.
Remarques :
Nom et Signature du Responsable du diplôme
Le Président de l'Université Paul Sabatier : Professeur Gilles FOURTANIER
Christian CHERVIN
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
44
MODALITES DE CONTROLE DES CONNAISSANCES
HABILITATION 2007-2010
-
MCC DIPLOME
Année universitaire 2009/2010
CODE APOGEE DU DIPLOME: 3AAFC0/71
RESPONSABLE : C. CHERVIN
INTITULE DU DIPLOME : Master 2 Recherche SVS AGB Agrofood Chain
Règle d'obtention du diplôme :
Compensation selon les règles de l'UPS. Admission globale au M2R sur la base des notes cumulées des 2 semestres
Type
Code Apogee
Libellé
Unité
Nom du
ECTS
UE
UE
d'Enseignement
Responsable
(2)
CM
(1)
SEMESTRE 9
PREMIERE SESSION
TD
TP
CNU
CC%
CT%
TOTAL
DEUXIEME SESSION
CC%
CT%
TOTAL
3A9AF1M
Quality Control
O
C. PETIT
2
14
6
64
20%
80%
100%
100%
100%
3A9AF2M
Agricultural policy
O
Z. BOUAMRA
2
16
6
67
20%
80%
100%
100%
100%
3A9AF3M
Consumers requests
O
C. PETIT
2
12
66
20%
80%
100%
100%
100%
3A9AF4M
Industrial organisation of the food insdustry
Integration of sectorial approches in the Agrofood chain :
case study
Agrobiosciences seminars
O
V. REQUILLART
3
16
66
20%
80%
100%
100%
100%
O
O
A.M. BOUDET
C.CHERVIN
3
3
10
67
67
100%
100%
100%
100%
100%
100%
100%
100%
15
20
20
67
20%
80%
100%
100%
100%
15
24
60
66
20%
80%
100%
100%
100%
30
4
100%
100%
3A9AF5M
3A9AF6M
14
14
(TER)
30
1 UE Obligatoire au choix
3A9AF7M
Food safety, agrofood and public health
X
C. PETIT
3A9AF8M
Productions, territories and sustainable development
X
J.L. HEMPTINNE
3A9AF9M
Non-Food valorisation
X
3A9AFAM
Food safety, agrofood and public health
X
3A9AFBM
Agrogenomics
X
3AAAF1M
Master internship and thesis (STAGE)
O
36
SEMESTRE 10
67
(1) Obligatoire, Optionnel, Facultatif. (2) Les coefficients sont strictement proportionnels aux ECTS.
Remarques :
Pour le stage, le mémoire écrit et la soutenance orale contribueront également à la note (50% oral, 50% mémoire)
Nom et Signature du Responsable du diplôme
Le Président de l'Université Paul Sabatier : Professeur Gilles FOURTANIER
Christian CHERVIN
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
45
Report notes de 1ère session
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
46