master 2 « sciences, technologies, sante - ENT

MASTER 2 « SCIENCES, TECHNOLOGIES, SANTE »
MENTION « NUTRITION ET SCIENCES DES ALIMENTS »
(NSA)
Porteur : Université d’Auvergne
Partenaires : Université Blaise Pascal, ENV Lyon, ISARA Lyon
2 spécialités au choix :
Nutrition Humaine et Santé (Co-Responsable : Dr. Didier ATTAIX)
Sciences des Aliments (Co-Responsable : Pr. André LEBERT)
LISTE DES PROPOSITIONS DE STAGES ANNEE 2015/2016
SPECIALITE NUTRITION HUMAINE ET SANTE
No
du
stage
1
2
3
4
5
Nom du responsable du stage
Intitulé du stage
Etude des mécanismes d’adaptation
à un stress nutritionnel : rôle du
facteur TFEB dans la régulation de
l’expression des gènes de
l’autophagie lors d’une carence en
acides aminés
Alain BRUHAT.
Tél. : 04 73 62 41 50
[email protected]
Directeur du laboratoire
Marc
FERRARA
Expression de la Myostatine et de
l'Activine A musculaire dans la
cachexie des cancers ORL
Yves BOIRIE
Stéphane WALRAND
Tél. : 04 73 60 82 76
[email protected]
Marc
FERRARA
Effets des acides gras polyinsaturés
n-3 sur les conséquences délétères de
la septicémie sévère dans les
mitochondries cardiaques
Rôle de la voie de signalisation
GCN2/p-eIF2α/ATF4 dans le
maintien de l’homéostasie
mitochondriale au cours d’une
carence en acide aminé indispensable
Luc DEMAISON
Tél. : 04 73 60 82 52
[email protected]
Marc
FERRARA
Impact des fibres alimentaires dans
le dialogue microbiote, tube digestif
et foie au cours de l’installation de
l’insulino-résistance.
Isabelle SAVARY
[email protected]
Tél. : 04 73 62 47 32
Anne-Catherine MAURIN
Tél. : 04 73 62 41 43
[email protected]
Marc
FERRARA
Marc
FERRARA
6
7
8
9
10
11
12
13
14
Caractérisation du profil lipidique
par lipidomique dans le rhumatisme
psoriasique et évolution sous
traitement antiTNFα : profil en
acides gras totaux, séparation des
sous-classes de lipoprotéines et étude
de leur composition en acides gras
Interactions lipides alimentaires /
récepteurs membranaires :
contribution du GPR120 dans la
physiologie ostéo-articulaire.
Jean-Louis SEBEDIO
Tél. : 04 73 60 82 65
[email protected]
Anne TOURNADRE
Tél. : 04 73 75 14 88
[email protected]
Caractérisation du dialogue
adipocytes – cellules endothéliales :
impact de composés bio-actifs antiangiogéniques.
Impact du tissu adipeux viscéral sur
le statut oxydatif et le métabolisme
des cellules épithéliales mammaires
Florence CALDEFIE-CHEZET
Tél. : 04 73 17 79 71
[email protected]
Impact du microenvironnement
adipeux sur la fonctionnalité des
cellules myoépithéliales en situation
d’obésité
Elaboration d’un modèle in vitro de
simulation du microbiote intestinal
humain pour l’étude du métabolisme
d’un précurseur intestinal proathérogène d’origine alimentaire
Laetitia DELORT
Tél. : 04.73.17.79.70
[email protected]
Yohann Wittrant
[email protected]
Tél. : 04 73 62 47 87
Adrien ROSSARY
Tél. : 04 73 17 84 50
[email protected]
Jean-François BRUGERE
Tél. : 04 73 17 83 91
[email protected]
Eric BEYSSAC
Evaluation des potentialités de
Tél. : 04 73 17 79 62
mannoproteines de levures pour
améliorer la biodisponibilité orale de [email protected]
nutriments
Rôle de l’histone acétyl transférase
TIP 60 dans le cancer du sein
Dominique BERNARD-GALLON
Tél. : 04 73 17 83 58
[email protected]
Rôle de JMJD3 dans le cancer de la Dominique BERNARD-GALLON
prostate
Tél. : 04 73 17 83 58
[email protected]
Marc
FERRARA
Marc
FERRARA
Marie-Paule
VASSON
Marie-Paule
VASSON
Marie-Paule
VASSON
Monique
ALRIC
Monique
ALRIC
Yves-Jean
BIGNON
Yves-Jean
BIGNON
STAGE N°2
PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION, SANTE, ALIMENTS
SPECIALITE : NUTRITION HUMAINE ET SANTE
POUR L’ANNĒE 2015-2016
Titre du stage : Expression de la Myostatine et de l'Activine A musculaire dans la cachexie des
cancers ORL
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Laboratoire d’accueil : UMR 1019 – Unité de Nutrition Humaine
*Directeur du Laboratoire : Marc Ferrara
*Directeur du stage et coordonnées précises : Yves Boirie
[email protected]
0473608274/8255
[email protected]
0473608276
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Titre du stage proposé :
La perte musculaire induite par le cancer est responsable de nombreuses complications, d’une fragilité vis à vis des
infections, d’une augmentation de la durée d’hospitalisation et globalement d’un surcoût de santé. La cachexie,
caractérisée par une perte importante de la masse musculaire squelettique, est la conséquence d’un déséquilibre
entre la protéolyse et la protéosynthèse. Des facteurs de régulation libérés par la tumeur et encore peu connus
jouent un rôle majeur dans la survenue de cette perte musculaire, en particulier la Myostatine et l’Activine A, deux
membres de la superfamille des TGFβ. De nombreux modèles animaux chez la souris ont permis de mettre en
évidence leurs surexpressions dans la cachexie cancéreuse et d’établir leur voie de transduction cellulaire dans les
tissus musculaires squelettiques. L’objectif principal de l’étude est de mettre en évidence une surexpression du
gène de la Myostatine au niveau de tissu musculaire de patients présentant un cancer ORL.
• Lokireddy S, Wijesoma IW, Bonala S, Wei M, Sze SK, Mcfarlane C, Kambadur R, Sharma M. Myostatin is
a novel tumoral factor that induces cancer. Biochem J (2012), 446, 23–36
• Schiaffino S, Dyar KA, Ciciliot S, Blaauw B, Sandri M. Mechanisms regulating skeletal muscle growth and
atrophy. FEBS Journal (2013), 280, 4294–4314
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Travaux du Laboratoire :
•
•
•
•
Tardif N, Salles J, Guillet C, Tordjman J, Reggio S, Landrier JF, et al. Muscle ectopic fat deposition
contributes to anabolic resistance in obese sarcopenic old rats through eIF2alpha activation. Aging cell.
2014. Epub 2014/08/21.
Gryson C, Ratel S, Rance M, Penando S, Bonhomme C, Le Ruyet P, et al. Four-month course of soluble
milk proteins interacts with exercise to improve muscle strength and delay fatigue in elderly participants. J
Am Med Dir Assoc. 2014;15(12):958 e1-9. Epub 2014/12/03.
Salles J, Chanet A, Giraudet C, Patrac V, Pierre P, Jourdan M, et al. 1,25(OH)2 -vitamin D3 enhances the
stimulating effect of leucine and insulin on protein synthesis rate through Akt/PKB and mTOR mediated
pathways in murine C2C12 skeletal myotubes. Mol Nutr Food Res. 2013;57(12):2137-46. Epub
2013/08/10.
Moreau K, Walrand S, Boirie Y. Protein redistribution from skeletal muscle to splanchnic tissue on fasting
and refeeding in young and older healthy individuals. J Am Med Dir Assoc. 2013;14(9):696-704. Epub
2013/09/10.
Techniques utilisées :
Analyses biochimiques (ELISA)
Extraction, amplification ARNm (RT-PCR)
Purification, séparation, identification protéique (électrophorèses)
STAGE N°3
PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION, SANTE, ALIMENTS
SPECIALITE : NUTRITION HUMAINE ET SANTE
POUR L’ANNĒE 2015-2016
Titre du stage : Effets des acides gras polyinsaturés n-3 sur les conséquences délétères de la septicémie sévère
dans les mitochondries cardiaques
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Laboratoire d’accueil : UNH/UMR 1019
*Directeur du Laboratoire : Marc Ferrara
*Directeur du stage et coordonnées précises : Luc Demaison
(Tél. et mail notamment) :
[email protected]
06.84.22.83.86
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Titre du stage proposé : Effets des acides gras polyinsaturés n-3 sur les conséquences délétères de la septicémie
sévère dans les mitochondries cardiaques
La septicémie sévère provoque une atteinte multi-organe qui peut se traduire par la mort des patients. Elle altère
le fonctionnement du coeur et de ses mitochondries. Les modifications de la fonction énergétique du cœur
pourraient être modulées par les acides gras polyinsaturés n-3. L’objectif du travail consiste donc à évaluer les
effets des acides gras polyinsaturés n-3 (acides alpha-linolénique et éicospentaénoique) sur le fonctionnement
des mitochondries cardiaques. Les rats seront nourris pendant 5 semaines avec un régime contenant ou non les
acides gras polyinsaturés n-3. Les mitochondries cardiaques seront ensuite extraites et leur fonctionnement
(oxydation phosphorylante, production d’ATP, libération de radicaux libres et activité des complexes de la
chaîne respiratoire et de certaines enzymes du cycle de Krebs) sera déterminé.
Mani V, Hollis JH, Gabler NK. Dietary oil composition differentially modulates intestinal endotoxin transport and postprandial
endotoxemia. Nutr Metab (Lond). 2013 Jan 10;10(1):6.
Flynn A, Chokkalingam Mani B, Mather PJ. Sepsis-induced cardiomyopathy: a review of pathophysiologic mechanisms. Heart
Fail Rev. 2010 Nov;15(6):605-11.
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Travaux du Laboratoire :
1) Mourmoura E, Couturier K, Hininger-Favier I, Malpuech-Brugère C, Azarnoush K, Richardson M, Demaison L. Functional
changes of the coronary microvasculature with aging regarding glucose tolerance, energy metabolism, and oxidative stress.
Age (Dordr). 2014;36(4):9670.
2) Mourmoura E, Chaté V, Couturier K, Laillet B, Vial G, Rigaudiere JP, Morio B, Malpuech-Brugère C, Azarnoush K,
Demaison L. Body adiposity dictates different mechanisms of increased coronary reactivity related to improved in vivo cardiac
function. Cardiovasc Diabetol. 2014 Feb 27;13:54.
3) Suranadi IW, Demaison L, Chaté V, Peltier S, Richardson M, Leverve X. An increase in the redox state during reperfusion
contributes to the cardioprotective effect of GIK solution. J Appl Physiol (1985). 2012 Sep 1;113(5):775-84.
4) Demaison L, Moreau D, Clauw F, Vergely C, Rochette L. Mitochondrial basis of the anti-arrhythmic action of lidocaine and
modulation by the n-6 to n-3 PUFA ratio of cardiac phospholipids. Fundam Clin Pharmacol. 2013 Aug;27(4):373-86.
Techniques utilisées : Soin et alimentation des animaux ; Prélèvement du cœur ; Extraction des
mitochondries cardiaques ; Dosage des protéines ; Mesure de la consommation d’oxygène sur les
mitochondries ; Mesure de la production d’ATP ; Mesure de la production des radicaux libres ;
Enzymologie
STAGE N°4
PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION, SANTE, ALIMENTS
SPECIALITE : NUTRITION HUMAINE ET SANTE
POUR L’ANNĒE 2015-2016
Titre du stage : Rôle de la voie de signalisation GCN2/p-eIF2α/ATF4 dans le maintien de
l’homéostasie mitochondriale au cours d’une carence en acide aminé indispensable
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Laboratoire d’accueil : Equipe Gènes/Nutriments, Unité de Nutrition Humaine, INRA Centre de
Clermont-Ferrand/Theix, 63122 Saint-Genès Champanelle
*Directeur du Laboratoire : Marc Ferrara
*Directeur du stage et coordonnées précises : Anne-Catherine MAURIN
(Tél. et mail notamment) : [email protected]
tel : 04 73 62 41 43
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Titre du stage proposé :
Rôle de la voie de signalisation GCN2/p-eIF2α dans le maintien de l’homéostasie mitochondriale au
cours d’une carence en acide aminé
Chez les mammifères, les carences en acides aminés indispensables (AAI) constituent un stress nutritionnel
important. Pour faire face à de telles situations, l’organisme doit s’adapter en modulant certaines fonctions
physiologiques, par exemple en induisant une protéolyse par autophagie au niveau hépatique. Ceci repose
notamment sur la modulation au niveau cellulaire des voies de signalisation régulées par les protéines kinases
GCN2 et mTOR. Nos données montrent que le déficit en AAI induit rapidement une autophagie par le biais de
l’activation de GCN2 uniquement. Parallèlement, nous avons constaté par observation en MET que la carence en
AAI provoque des anomalies au niveau mitochondrial : les mitochondries sont gonflées et/ou présentent des
vacuoles. Deux hypothèses peuvent être dressées dans notre modèle: soit les mitochondries sont ciblées par
l’autophagie (mitophagie) (réf. 1), et nous avons quelques données moléculaires allant dans ce sens, soit les
mitochondries sont mises à mal car elles fournissent les membranes nécessaires à la formation des autophagosomes
(réf. 2). Compte-tenu de l’importance de l’homéostasie mitochondriale dans le métabolisme cellulaire, notre
objectif est 1) de caractériser les effets mitochondriaux générés par le déficit en un AAI, 2) de déterminer les rôles
respectifs des voies de signalisation impliquant GCN2 et mTOR dans ces effets.
Références en rapport avec le sujet : 1) Egan DF et al. Sciencexpress report 2010 ; 2) Hailey DW et al. Cell 2010
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Travaux du Laboratoire :
Maurin et al. Cell Rep 2014 ; B’chir et al. Nucleic Acids Res 2013 ; Carraro et al. PloS One 2010 ;
Chaveroux et al. Biochimie 2010
Techniques utilisées :
Cultures de fibroblastes embryonnaires de souris, transfection de siRNA, protocole nutritionnel chez des
souris sauvages et GCN2 knock-out, prélèvement d’organes (foie et cœur), extractions de protéines et
d’ARN, western-blotting, RT-qPCR, imagerie par fluorescence.
STAGE N°5
PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION, SANTE, ALIMENTS
SPECIALITE : NUTRITION HUMAINE ET SANTE
POUR L’ANNĒE 2015-2016
Titre du stage :
Impact des fibres alimentaires dans le dialogue microbiote, tube digestif et foie au cours de
l’installation de l’insulino-résistance.
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Laboratoire d’accueil :
Unité de Nutrition Humaine (UMR 1019). Clermont Ferrand
*Directeur du Laboratoire :
Marc Ferrara
*Directeurs du stage et coordonnées précises :
Isabelle Savary-Auzeloux
Sergio Polakof
Unité de Nutrition Humaine
CRNH Auvergne
F-63000 CLERMONT-FERRAND
Email : [email protected]
Tel : 04 73 62 47 32
Titre du stage proposé :
Impact des fibres alimentaires dans le dialogue microbiote, tube digestif et foie au cours de
l’installation de l’insulino-résistance.
Le présent projet vise à déterminer le rôle des acides gras à chaîne courte (AGCC) (modulés à la fois chez
les obèses mais aussi lors de l’ingestion de fibres), sur le dialogue métabolique entre tissus et organes et
le développement de l’insulino-résistance (IR). Des données récentes de la littérature suggèrent en effet
un rôle signal majeur de ces molécules dans le maintien de l’homéostase énergétique de l’organisme qui
pourrait expliquer le rôle bénéfique connu mais mal expliqué des fibres alimentaires dans la lutte contre
l’IR et le diabète (Cotillard et al., 2013; Endo et al., 2013). Des mini-porcs (modèle physiologiquement et
métaboliquement très proche de l’homme) cathétérisés en artère et veine porte (n=12) seront nourris avec
un régime riche en graisses et sucres induisant une IR chez les animaux (n=6) ou avec ce même régime
mais supplémenté en fibres (n=6) afin de favoriser la production des AGCC par le microbiote. Les tissus
de l’axe tube digestif-microbiote-foie-muscle seront caractérisés métaboliquement (activités
enzymatiques en particulier pour ce stage) avant (sur biopsies) et après (euthanasie) l’ingestion des
régimes expérimentaux.
En parallèle, l’apparition des nutriments en veine porte (sortie vasculaire du tube digestif) et en veine sus
hépatique (en sortie de foie) sera mesurée et les flux métaboliques de nutriments ciblés (nutriments
énergétiques et azotés) seront calculés également au cours du stage.
Cotillard, A., Kennedy, S. P., Kong, L. C., Prifti, E., Pons, N., Le Chatelier, E., Almeida, M.,
Quinquis, B., Levenez, F., Galleron, N. et al. (2013). Dietary intervention impact on gut microbial gene
richness. Nature 500, 585-8.
Endo, H., Niioka, M., Kobayashi, N., Tanaka, M. and Watanabe, T. (2013). Butyrateproducing probiotics reduce nonalcoholic fatty liver disease progression in rats: new insight into the
probiotics for the gut-liver axis. PLoS One 8, e63388.
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Travaux du Laboratoire :
Barbe, F., Menard, O., Le Gouar, Y., Buffiere, C., Famelart, M. H., Laroche, B., Feunteun,
S. L., Remond, D. and Dupont, D. (2014). Acid and rennet gels exhibit strong differences in the kinetics
of milk protein digestion and amino acid bioavailability. Food Chem 143, 1-8.
Dardevet, D., Remond, D., Peyron, M. A., Papet, I., Savary-Auzeloux, I. and Mosoni, L.
(2012). Muscle wasting and resistance of muscle anabolism: the "anabolic threshold concept" for adapted
nutritional strategies during sarcopenia. ScientificWorldJournal 2012, 269531.
Polakof, S., Diaz-Rubio, M. E., Dardevet, D., Martin, J. F., Pujos-Guillot, E., Scalbert, A.,
Sebedio, J. L., Mazur, A. and Comte, B. (2013). Resistant starch intake partly restores metabolic and
inflammatory alterations in the liver of high-fat-diet-fed rats. Journal of Nutritional Biochemistry.
Polakof, S., Rémond, D., Rambeau, M., Pujos-Guillot, E., Sébédio, J.-L., Dardevet, D.,
Comte, B. and Savary-Auzeloux, I. (2014). Postprandial metabolic events in mini-pigs: new insights
from a combined approach using plasma metabolomics, tissue gene expression, and enzyme activity.
Metabolomics, 1-16.
Techniques utilisées :
- Participation à une étude sur mini-porcs multicathétérisés : aide aux prélèvements, traitement des
échantillons avant analyse.
- Dosages de métabolites plasmatiques par utilisation d’un automate de biochimie ou par dosage
« classique » en microplaques (dosages UV-Fluorimétrie).
- Dosages d’hormones plasmatiques par ELISA
- Mesures d’activités enzymatiques impliquées dans le métabolisme des nutriments énergétiques majeurs
sur le tube digestif, le foie et le muscle (par spectrophotométrie).
STAGE N°6
PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION, SANTE, ALIMENTS
SPECIALITE : NUTRITION HUMAINE ET SANTE
POUR L’ANNĒE 2015-2016
Titre du stage : Caractérisation du profil lipidique par lipidomique dans le rhumatisme psoriasique et
évolution sous traitement antiTNFα : profil en acides gras totaux, séparation des sous-classes de
lipoprotéines et étude de leur composition en acides gras.
Laboratoire d’accueil :
Equipe CLHEO, UNH UMR 1019
*Directeur du Laboratoire : Marc Ferrara
*Directeur du stage et coordonnées précises :
(Tél. et mail notamment) :
- Jean Louis SEBEDIO [email protected]; Tél. : 04 73 60 82 65
- Anne TOURNADRE [email protected]; 04.73.75.14.88
Titre du stage proposé :
Caractérisation du profil lipidique par lipidomique dans le rhumatisme psoriasique et évolution sous
traitement antiTNFα : profil en acides gras totaux, séparation des sous-classes de lipoprotéines et étude de
leur composition en acides gras.
Le rhumatisme psoriasique est un rhumatisme inflammatoire chronique caractérisé par une forte
prévalence des comorbidités cardiovasculaires et métaboliques. Outre les facteurs de risque
cardiovasculaires traditionnels, l’inflammation systémique associée à ces rhumatismes contribue à un
processus d’athérosclérose accélérée et à une augmentation du risque cardiovasculaire de 50 à 70 % par
rapport à des sujets sains. Le syndrome métabolique y est fréquemment associé (40 %), en particulier
l’hyperglycémie à jeun, la baisse du HDL cholestérol et l’hypertriglycéridémie (1). En plus des
anomalies quantitatives lipidiques, des altérations qualitatives et fonctionnelles des lipoprotéines peuvent
contribuer à l’excès de risque cardiovasculaire (2). L’objectif de ce travail est de caractériser dans une
cohorte de patients suivis pour un rhumatisme psoriasique les différentes classes lipidiques (profil en
acides gras totaux), et les fractions lipoprotéiques par une approche lipidomique afin d’identifier des
variations dans les profils pro ou anti-athérogeniques en tenant compte de l’impact des traitements
immunomodulateurs ciblés par antiTNFα.
1.
Mok CC, Ko GTC, Ho LY, Yu KL, Chan PT, To CH. Prevalence of atherosclerotic risk factors
and the metabolic syndrome in patients with chronic inflammatory arthritis. Arthritis Care Res. févr
2011;63(2):195‑202.
2.
Rosso LG, Lhomme M, Meroño T, Sorroche P, Catoggio L, Soriano E, et al. Altered lipidome and
antioxidative activity of small, dense HDL in normolipidemic rheumatoid arthritis: relevance of
inflammation. Atherosclerosis. déc 2014;237(2):652‑60.
Travaux du Laboratoire :
1. Tournadre A et al. Application of the European Society of Cardiology, Adult Treatment Panel III
and American College of Cardiology/American Heart Association guidelines for cardiovascular
risk management in a French cohort of rheumatoid arthritis. Int J Cardiol. 2015 Mar 15
2. Gayet-Boyer C, Tenenhaus-Aziza F, Prunet C, Marmonier C, Malpuech-Brugère C, Lamarche B,
Chardigny JM. Is there a linear relationship between the dose of ruminant trans-fatty acids and
cardiovascular risk markers in healthy subjects: results from a systematic review and metaregression of randomised clinical trials. Br J Nutr. 2014 Dec;112(12):1914-22. doi:
10.1017/S0007114514002578
3. Morio, B, Comte B, Martin J.F, Chanseaume E, Alligier M, Junot C, Lyan B, Boirie Y, Vidal H,
Laville M, Pujos-Guillot R, Sebedio J.L, 2015. Metabolomics reveals differential metabolic
adjustments of normal and overweight subjects during overfeeding, metabolomics, doi
10.1007/s11306-014-0750-y.
4. Benoit B, Plaisancié P, Awada M, Géloën A, Estienne M, Capel F, Malpuech-Brugère C, Debard
C, Pesenti S, Morio B, Vidal H, Rieusset J, Michalski MC. High-fat diet action on adiposity,
inflammation, and insulin sensitivity depends on the control low-fat diet. Nutr Res. 2013
Nov;33(11):952-60.
Techniques utilisées :
Les lipides sont extraits selon la méthode de Moilanen and Nikkari avec du chloroforme et du méthanol.
Les différentes classes de lipides sont séparées sur silice (chromatographie sur couche mince ou cartouche
SPE) puis celles-ci sont transméthylées selon la technique décrite par Morrison & Smith en présence de
trifluorure de bore (BF3).
Les esters méthyliques sont analysés par CPG à l’aide d’un GC Trace (Thermo Fischer Scientific,
Courtaboeuf, France), équipé d’un injecteur automatique, d’une colonne capillaire de haute polarité
(100m), d’un détecteur FID et en mode splitless, selon la methode de Jaudszus. L’identité des esters
méthyliques est obtenue par comparaison avec des standards de référence commercialisés par Supelco™
(MIX 37 Component Fatty Acid Methyl Esters Mix and Menhaden Oil; Sigma Aldrich, St Quentin
Fallavier, France) et chez Nu-Chek-Prep (Elysian, MN, USA). Les résultats de la composition en acides
gras sont exprimés en pourcentages relatifs.
STAGE N°7
PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION, SANTE, ALIMENTS
SPECIALITE : NUTRITION HUMAINE ET SANTE
POUR L’ANNĒE 2015-2016
Titre du stage : Interactions lipides alimentaires / récepteurs membranaires : contribution du
GPR120 dans la physiologie ostéo-articulaire.
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Laboratoire d’accueil : UMR1019 de Nutrition Humaine
*Directeur du Laboratoire : Marc Ferrara
*Directeur du stage et coordonnées précises : Yohann Wittrant – UMR1019 de Nutrition Humaine
INRA/UDA – Centre de Recherche INRA de Theix – 63122 Saint Genès Champanelle –
[email protected] – 06 82 29 72 71
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Titre du stage proposé :
Interactions lipides alimentaires / récepteurs membranaires : contribution du GPR120 dans la
physiologie ostéo-articulaire.
Les approches mécanistiques de la régulation du métabolisme osseux et cartilagineux par les acides
gras ont révélé un grand intérêt pour certains récepteurs membranaires dont le GPR40 (récepteur
membranaire couplé aux protéines G ayant pour ligands naturels les acides gras à moyenne et longue
chaine). Récemment, nous avons pu montrer pour la première fois dans une approche translationnelle
que la stimulation du GPR40 contribue à prévenir la perte osseuse dans différents modèles pré-cliniques
d’altération du squelette (carence oestrogénique, régime obésogène). Sur le plan fondamental, ce rôle
protecteur est du à une inhibition de la résorption ostéoclastique Nf-kB-dépendante. Néanmoins, le
GPR40 n’est pas le seul récepteur intéressant. Le GPR120 est également impliqué dans le sensing des
lipides alimentaires et notamment du DHA. Grâce à une collaboration avec l’Université de Kyoto (Japon)
et l’Université de Bourgogne, nous venons de recevoir la souche de souris invalidée pour le récepteur
GPR120. Le stage repose sur l’utilisation de cet outil afin d’approfondir nos investigations sur les
relations lipides / appareil locomoteur dans le cadre de nos approches originales récepteurs / ligands.
GPR120 is an omega-3 fatty acid receptor mediating potent anti-inflammatory and insulin-sensitizing
effects. Oh DY, Talukdar S, Bae EJ, Imamura T, Morinaga H, Fan W, Li P, Lu WJ, Watkins SM, Olefsky
JM. Cell. 2010 Sep 3;142(5):687-98.
The fish oil ingredient, docosahexaenoic acid, activates cytosolic phospholipase A₂ via GPR120 receptor
to produce prostaglandin E₂ and plays an anti-inflammatory role in macrophages. Liu Y, Chen LY,
Sokolowska M, Eberlein M, Alsaaty S, Martinez-Anton A, Logun C, Qi HY, Shelhamer JH. Immunology.
2014 Sep;143(1):81-95.
_____________________________________________________________________________________
Travaux du Laboratoire :
WAUQUIER F, LEOTOING L, PHILIPPE C, SPILMONT M, COXAM V, WITTRANT Y. Pros and cons of
fatty acids in bone biology. Prog Lipid Res. 2015 Mar 30. pii: S0163-7827(15)00014-4. doi:
10.1016/j.plipres.2015.03.001. Progress in Lipid Research. 2015. (Référentiel Noria, IF 12,963;
classement exceptionnel).
MONFOULET LE, PHILIPPE C, MERCIER S, COXAM V, WITTRANT Y. Deficiency of GPR40, a lipidactivated receptor, heightens in vitro- and in vivo- induced murine osteoarthritis. Exp Biol Med
(Maywood). 2015 Jan 13. pii: 1535370214565078. [Epub ahead of print]. PMID:25585625( Référentiel
Noria, IF 2,226, classement correct).
PHILIPPE C, WAUQUIER F, LEOTOING L, COXAM V, WITTRANT Y. GW9508, a free fatty acid
receptor agonist, specifically induces cell death in bone resorbing precursor cells through increased
oxidative stress from mitochondrial origin. Exp Cell Res. 2013 Nov 15;319(19):3035-41. doi:
10.1016/j.yexcr.2013.08.013. Epub 2013 Aug 22.PMID:23973666 (Référentiel Noria, IF 3,372,
classement excellent).
WAUQUIER F, PHILIPPE C, LEOTOING L, MERCIER S, DAVICCO MJ, LEBECQUE P, GUICHEUX J,
PILET P, MIOT-NOIRAULT E, POITOUT V, ALQUIER T, COXAM V, WITTRANT Y. The free fatty acid
receptor GPR40 protects from bone loss through inhibition of osteoclast differentiation. J Biol Chem.
2013 Mar 1;288(9):6542-51. doi: 10.1074/jbc.M112.429084. Epub 2013 Jan 18.PMID:23335512
(Référentiel Noria, IF 4, 600, classement excellent).
Techniques utilisées :
Biologie cellulaire: microscopie inversée, vidéomicroscopie, cultures de cellules primaires et issues de
lignées
Biologie moléculaire : western blot, RT-PCR, TLDA, invalidation génique et surexpression de gène,
souris GPR120-/-
STAGE N°8
PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION, SANTE, ALIMENTS
SPECIALITE : NUTRITION HUMAINE ET SANTE
POUR L’ANNEE 2015-2016
Titre
du stage : CARACTERISATION DU DIALOGUE ADIPOCYTES ENDOTHELIALES : IMPACT DE COMPOSES BIO-ACTIFS ANTI-ANGIOGENIQUES.
CELLULES
Equipe d’accueil : Equipe ECREIN (Pr MP. Vasson), UMR 1019 UNH INRA-UdA (M Ferrarra), CRNH
Auvergne
Directeur d’équipe : Pr MP Vasson
Directeur du stage et coordonnées précises : Pr F Caldefie-Chézet
Laboratoire SVFp, Equipe ECREIN, Faculté de Pharmacie, 28 place Henri-Dunant, 63000 Clermont-Fd
[email protected] Tel : 04-73-17-79-71 Fax : 04-73-17-84-38
Titre du stage proposé :
CARACTERISATION DU DIALOGUE ADIPOCYTES - CELLULES ENDOTHELIALES : IMPACT DE
COMPOSES BIO-ACTIFS ANTI-ANGIOGENIQUES.
L’obésité est un facteur de risque d’apparition du cancer du sein chez les femmes ménopausées, mais
également d’apparition de métastases et de récidive. Une influence des sécrétions adipocytaires, telles
que la leptine et l’adiponectine, dans le développement du cancer du sein et ses récidives est
documentée. Nous avons établi que la leptine est pro-proliférative et augmente les processus
d’angiogenèse et d’invasion tumorale alors que l’adiponectine apparaît anti-proliférative et antiangiogénique1,2. Aussi, l’objectif de ce stage est de caractériser in vitro le dialogue entre cellules
endothéliales et adipocytes provenant de femmes minces et de femmes obèses, et d’évaluer l’impact de
composés bio-actifs anti-angiogéniques (anti-VEGF, polyphénols d’intérêt).
1-Jardé T, Caldefie-Chézet F, Goncalves-Mendes N, Mishellany F, Buechler C, Penault-Llorca F, Vasson MP. Involvement of adiponectin and
leptin in breast cancer: clinical and in vitro studies. Endocr Relat Cancer. 2009 Dec;16(4):1197-210. doi: 10.1677/ERC-09-0043. Epub 2009
Aug 6.
2- Dubois V, Delort L, Billard H, Vasson M-P, Caldefie-Chezet F. Breast Cancer and Obesity: In Vitro Interferences between Adipokines and
Proangiogenic Features and/or Antitumor Therapies? PLoS ONE. 2013: 8(3): e58541. doi:10.1371/journal.pone.0058541
___________________________________________________________________________
Travaux du Laboratoire :
-Dubois V, Jardé T, Delort L, Billard H, Bernard-Gallon D, Berger E, Geloen A, Vasson MP, Caldefie-Chezet F. Leptin
induces a proliferative response in breast cancer cells but not in normal breast cells. Nutr Cancer. 2014;66(4):64555.
-Dubois V, Delort L, Billard H, Vasson M-P, Caldefie-Chézet F. Breast Cancer and Obesity: In Vitro Interferences
between Adipokines and Proangiogenic Features and/or Antitumor Therapies? PLoS ONE. 2013: 8(3): e58541.
doi:10.1371/journal.pone.0058541
-Delort L, Lequeux C, Dubois V, Dubouloz A, Billard H, Mojallal A, Damour O,Vasson MP, Caldefie-Chézet F.
Reciprocal interactions between breast tumor and its adipose microenvironment based on a 3D adipose
equivalent model. PLoS One.2013 Jun 4;8(6):e66284
-Jardé T, Perrier S, Vasson MP, Caldefie-Chézet F. Molecular mechanisms of leptin and adiponectin in breast
cancer. Eur J Cancer. 2011 Jan;47(1):33-43.
Techniques utilisées :
Culture cellulaire (cellules épithéliales, cancéreuses, endothéliales et adipocytes), cultures 2D et 3D ;
Immunohistochimie (cellules et biopsies humaines) ; Fluorescence et luminescence (microplaques,
Fluoroskan ascent Fl®); Western-Blot ; PCR et qRT-PCR (microplaques, Stepone®) ; Exploration de
l’angiogenèse (tests in vitro) ; Cytométrie en flux ; Microscopie optique et microscopie fluorescence.
STAGE N°9
PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION, SANTE, ALIMENTS
SPECIALITE : NUTRITION HUMAINE ET SANTE
POUR L’ANNĒE 2015-2016
Titre du stage :
Impact du tissu adipeux viscéral sur le statut oxydatif et le métabolisme des cellules épithéliales
mammaires.
_____________________________________________________________________________________
Laboratoire d’accueil :
Laboratoire de Biochimie, Biologie Moléculaire et Nutrition, Equipe ECREIN, UMR 1019 INRA-UDA,
UFR de Pharmacie, 28 place Henri Dunant, 63000 Clermont-Ferrand cedex 01
*Directeur du Laboratoire : Vasson Marie-Paule
*Directeur du stage et coordonnées précises : Rossary Adrien
(Tél. et mail notamment) :
LB2MN, Equipe ECREIN, UMR 1019 INRA-UDA, UFR de Pharmacie, 28 place Henri Dunant, 63000
Clermont-Ferrand cedex 01 ; [email protected] ; Tel +33 4 73 17 80 50
_____________________________________________________________________________________
Titre du stage proposé :
Impact du tissu adipeux viscéral sur le statut oxydatif et le métabolisme des cellules épithéliales
mammaires.
L’excès de tissu adipeux est un facteur de risque pour de nombreuses pathologies chroniques. Les
règles hygiéno-diététiques en cas de surpoids ou d’obésité sont de favoriser l’activité physique en
parallèle de la réduction des apports caloriques. Cet excès de tissu gras entraine des perturbations
hormonales modifiant le métabolisme cellulaire. A partir d’un modèle de souris C57/bl6, recevant un
régime hyperlipidique (4,9 kcal/g, 45% de l’Apport Energétique Total sous forme de lipides) et placé en
environnement enrichi favorisant les relations sociales et l’activité physique spontanée, nous nous
focaliserons sur les modifications métaboliques du tissu adipeux viscéral en lien avec la modulation de
leur statut oxydatif au cours de la ménopause (ovariectomie). En parallèle, les effets des sécrétions de
ce tissu adipeux sur la prolifération des cellules épithéliales mammaires seront évalués in vitro en coculture suivi par l’analyse en cytométrie de flux, et le profil d’expression génique.
Andò S, Catalano S. The multifactorial role of leptin in driving the breast cancer microenvironment. Nat Rev
Endocrinol. 2012 May;8(5):263–75.
Jardé T, Caldefie-Chézet F, Damez M, Mishellany F, Penault-Llorca F, Guillot J, et al. Leptin and leptin receptor
involvement in cancer development: a study on human primary breast carcinoma. Oncol. Rep. 2008
Apr;19(4):905–11.
_____________________________________________________________________________________
Travaux du Laboratoire :
Nachat-Kappes R, Pinel A, Combe K, Lamas B, Farges MC, Rossary A, Goncalves-Mendes N, Caldefie-Chezet F,
Vasson MP, Basu SPLoS One. 2012;7(12):e51525. doi: 10.1371/journal.pone.0051525.
Lamas B, Goncalves-Mendes N, Nachat-Kappes R, Rossary A, Caldefie-Chezet F, Vasson MP, Farges MC. J Cell
Physiol. 2013 Jun;228(6):1202-9. doi: 10.1002/jcp.24273. IF 4,22
Lamas B, Goncalves-Mendes N, Nachat-Kappes R, Rossary A, Caldefie-Chezet F, Vasson MP, Farges MC. J Cell
Physiol. 2013 Jun;228(6):1202-9. doi: 10.1002/jcp.24273.
Vasson MP, Farges MC, Goncalves-Mendès N, Talvas J, Ribalta J, Winklhofer-Roob B, Rock E, Rossary A.
Immun Ageing. 2013 Sep 6;10(1):38. doi: 10.1186/1742-4933-10-38.
Techniques utilisées :
Culture cellulaire, expérimentation animale, HPLC, fluorimétrie, cytométrie de flux, expression génique
STAGE N°10
PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION, SANTE, ALIMENTS
SPECIALITE : NUTRITION HUMAINE ET SANTE
POUR L’ANNĒE 2015-2016
Titre du stage :
Impact du microenvironnement adipeux sur la fonctionnalité des cellules myoépithéliales en
situation d’obésité
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Laboratoire d’accueil :
Equipe ECREIN, UMR 1019 INRA-Université d’Auvergne
28 place Henri Dunant, 63000 Clermont-Ferrand
Directeur du Laboratoire :
Pr Marie-Paule VASSON
Directeur du stage et coordonnées précises :
Laetitia Delort
04.73.17.79.70
[email protected]
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Titre du stage proposé :
Impact du microenvironnement adipeux sur la fonctionnalité des cellules myoépithéliales en
situation d’obésité
L’obésité est un facteur de risque convaincant d’apparition du cancer du sein chez la femme ménopausée.
La compréhension du rôle du microenvironnement adipeux dans cette pathologie apparait donc
primordiale.
Parmi l’ensemble des types cellulaires retrouvés au niveau de la glande mammaire, les cellules
myoépithéliales, présentes au niveau des canaux galactophores, constituent une barrière physique
continue entre les cellules épithéliales mammaires et le stroma. Elles sont décrites comme des cellules
aux propriétés suppressives de tumeurs1 et des modifications majeures ont été observées au niveau du
comportement de ces cellules lors de la cancérogenèse mammaire2.
Ainsi, les objectifs de ce stage seront 1) d’identifier les relations entre cellules myoépithéliales et cellules
adipeuses (cellules souches adipeuses, pré-adipocytes, adipocytes matures) à l’aide de plusieurs modèles
de cultures in vitro et 2) d’évaluer l’impact de l’obésité dans l’orientation de ces interactions.
1.Polyak K, Hu M. Do myoepithelial cells hold the key for breast tumor progression? J Mammary Gland Biol Neoplasia. 2005;
10: 231-47.
2.Cowell CF, Weigelt B, Sakr RA, Ng CK, Hicks J, King TA, Reis-Filho JS. Progression from ductal carcinoma in situ to
invasive breast cancer: revisited. Mol Oncol. 2013; 7: 859-69.
___________________________________________________________________________
Travaux du Laboratoire :
•
•
•
•
Dubois V, Jarde T, Delort L, Billard H, Bernard-Gallon D, Berger E, Geloen A, Vasson MP, CaldefieChezet F. Leptin induces a proliferative response in breast cancer cells but not in normal breast cells.
Nutr Cancer. 2014; 66: 645-55
Delort L, Lequeux C, Dubois V, Dubouloz A, Billard H, Mojallal A, Damour O, Vasson MP, CaldefieChezet F. Reciprocal interactions between breast tumor and its adipose microenvironment based on a
3D adipose equivalent model. PLoS One. 2013; Jun 4;8(6):e66284
Dubois V, Delort L, Billard H, Vasson MP, Caldefie-Chezet F. Breast Cancer and Obesity: In Vitro
Interferences between Adipokines and Proangiogenic Features and/or Antitumor Therapies? PLoS
One. 2013; 8: e58541
Jarde T, Caldefie-Chezet F, Damez M, Mishellany F, Perrone D, Penault-Llorca F, Guillot J, Vasson
MP. Adiponectin and leptin expression in primary ductal breast cancer and in adjacent healthy
epithelial and myoepithelial tissue. Histopathology. 2008; 53: 484-7
Techniques utilisées :
-Biologie cellulaire : co-cultures (cellules myoépithéliales-cellules adipeuses) ; culture tridimensionnelle
avec formation de sphéroïdes ; mesure de prolifération (Fluoroskan Ascent Fl© ; iCELLigence©)
-Biologie moléculaire : extraction ARN, q-RT-PCR
-Microscopie confocale
STAGE N°11
PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION, SANTE, ALIMENTS
SPECIALITE : NUTRITION HUMAINE ET SANTE
POUR L’ANNĒE 2015-2016
Titre du stage : Elaboration d’un modèle in vitro de simulation du microbiote intestinal humain
pour l’étude du métabolisme d’un précurseur intestinal pro-athérogène d’origine alimentaire
Laboratoire d’accueil :
EA 4678 CIDAM – 5e CBRV, UFR Médecine-Pharmacie
Place Henri Dunant – 63000 Clermont-Ferrand
*Directeur du Laboratoire :
Pr. Monique ALRIC
*Directeur du stage et coordonnées précises :
Jean-François Brugère
04-73-17-83-91
[email protected]
Titre du stage proposé :
Elaboration d’un modèle in vitro de simulation du microbiote intestinal humain pour l’étude du
métabolisme d’un précurseur intestinal pro-athérogène d’origine alimentaire.
De nombreux aliments (contenant notamment de la choline, de la phosphatidylcholine ou de la Lcarnitine) sont à l’origine d’oxyde de triméthylamine plasmatique (TMAO) pro-athérogène. Ce dernier est
issu de l’oxydation par le foie de la triméthylamine (TMA) provenant du métabolisme anaérobie du
microbiote intestinal [1]. Prévenir la production et/ou l’absorption intestinale de la TMA permettraient de
limiter ce risque cardiovasculaire. Nous avons mis en évidence dans le microbiote intestinal des
microorganismes particuliers, capables d’utiliser les méthylamines. Il s’agit d’archées méthanogènes
jusqu’alors inconnues [2] qui pourraient diminuer la quantité de ce précurseur impliqué dans les maladies
cardio-vasculaires et dans une maladie rare (triméthylaminurie). Une utilisation à moyen terme comme
probiotique est envisagée, vu l’absence de tout autre traitement.
Dans ce cadre, le sujet propose de développer un modèle in vitro permettant l’étude de ces archées et du
métabolisme de la TMA dans un microbiote intestinal humain.
[1] Rak K, Rader DJ. (2011). Cardiovascular disease: the diet-microbe morbid union. Nature. 472(7341): 40-1.
[2] Borrel G, O’Toole PW, Peyret P, Brugère J-F, Gribaldo S (2013). Phylogenomic data support a seventh
order of methylotrophic methanogens and provide insights into the evolution of methanogenesis. Genome Biol.
Evol. 5(10): 1769-1780.
___________________________________________________________________________
Travaux du Laboratoire :
En relation avec le sujet proposé :
-
Brugère J.-F., Borrel G., Gaci N., Tottey W., O’Toole P.W., Malpuech-Brugère C. (2014)
Archaebiotics: proposed therapeutic use of archaea to prevent trimethylaminuria and cardiovascular
disease. Gut Microbes. 5(1): 5-10.
-
Feria-Gervasio D., Tottey W., Gaci N., Alric M., Cardot J.-M., Peyret P., Martin J.-F., Pujos E.,
Sébédio J.-L., Brugère J.-F., (2014) Three-stage continuous culture system with a self-generated
anaerobia to study the regionalized metabolism of the human gut microbiota. J. Microbiol. Methods 96(1):
111-118.
-
Gaci N., Borrel G., Tottey W., O’Toole P.W., Brugère J.-F. (2014) Archaea and the human gut: New
beginning of an old story. World J. Gastroenterol. 20(43): 16062-16078.
-
Borrel G., Parisot N., Harris H.M., Peyretaillade E., Gaci N., Tottey W., Bardot O., Raymann K.,
Gribaldo S., Peyret P., O'Toole P.W., Brugère J.-F. (2014) Comparative genomics highlights the unique
biology of Methanomassiliicoccales, a Thermoplasmatales-related seventh order of methanogenic archaea
that encodes pyrrolysine. BMC Genomics. 15(1):679.
Techniques utilisées :
En relation avec le sujet proposé :
Fermentations de type « Batch » et « continue » pour simulation et entretien de microbiotes intestinaux
humains, biopuces ADN (HuGChip) et/ou analyses de séquençages massifs du marqueur 16S pour
détermination de la diversité microbienne de microbiotes intestinaux, techniques courantes de biologie
moléculaire (PCR, qPCR, qRT-PCR…) et de microbiologie anaérobie, techniques analytiques de
biochimie (CpG).
STAGE N°12
PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION, SANTE, ALIMENTS
SPECIALITE : NUTRITION HUMAINE ET SANTE
POUR L’ANNĒE 2015-2016
Titre du stage : Evaluation des potentialités de mannoproteines de levures pour améliorer la
biodisponibilité orale de nutriments
Laboratoire d’accueil : EA CIDAM
*Directeur du Laboratoire : Monique Alric
*Directeur du stage et coordonnées précises : Eric Beyssac
Faculté de Pharmacie
CBRV
28 place Henri Dunant
63000 Clermont-Ferrand
Tel : 04 73 17 79 62
Fax : 04 73 17 79 59
Mail : [email protected]
Titre du stage proposé :
Evaluation des potentialités de mannoproteines de levures pour améliorer la biodisponibilité orale
de nutriments
Des microparticules composées de polymères naturels, protéines de lait et alginate, ont été
précédemment, développées au laboratoire par extrusion/gélification. La formulation de
microparticules d’insuline a mis en évidence une augmentation de biodisponibilité liée à
plusieurs mécanismes dont : (i) une mucoadhésion et une action probable sur l’ouverture des
jonctions serrées. Afin d’accroitre la promotion d’absorption de ces microparticules nous avons
choisi d’associer dans la formulation des mannoprotéines de levures. L’ajout de ces
polysaccharides pourrait permettre d’améliorer à la fois la solubilisation mais surtout la
perméabilité de nutriments dont la biodisponibilité est limitée. Des nutriments présentant une
faible solubilité et/ou perméabilité seront incorporée dans des matrices d’administration
associant des polymères d’origine naturelle et les polysaccharides de levure et étudiées in vitro.
Déat-Lainé E, Hoffart V, Garrait G, Beyssac E. Whey protein and alginate hydrogel microparticles for
insulin intestinal absorption: evaluation of permeability enhancement properties on Caco-2 cells. Int J
Pharm. 2013 Sep 10;453(2):336-42.
Déat-Lainé E, Hoffart V, Garrait G, Jarrige JF, Cardot JM, Subirade M, Beyssac E. Efficacy of
mucoadhesive hydrogel microparticles of whey protein and alginate for oral insulin delivery. Pharm Res.
2013 Mar;30(3):721-34.
Travaux du Laboratoire :
Déat-Lainé E, Hoffart V, Cardot JM, Subirade M, Beyssac E. Development and in vitro characterization
of insulin loaded whey protein and alginate microparticles. Int J Pharm. 2012 Dec 15;439(1-2):136-44.
Garrait G, Beyssac E, Subirade M. Development of a novel drug delivery system : chitosan nanoparticles
entrapped in alginate microparticles. J. Microencaps. 2014;31(4):363-72
Diarrassouba F, Garrait G, Remondetto G, Alvarez P, Beyssac E, Subirade M. Increased stability and
protease resistance of the β-lactoglobulin/vitamin D3 complex. Food Chem. 2014;145:646-52.
Blanquet-Diot S, Denis S, Chalancon S, Chaira F, Cardot JM, Alric M. Use of artificial digestive
systems to investigate the biopharmaceutical factors influencing the survival of probiotic yeast
during gastrointestinal transit in humans. Pharm Res. 2012;29(6):1444-53.
Techniques utilisées :
-
Développement de formes multiparticulaires par gélification ionotropique
Etude de dissolution in vitro : simulation de l’environnement digestif
Etudes de perméabilité in vitro : culture cellulaire de cellules Caco-2
Etude de bioadhésion sur muqueuse intestinale
Microscopies électronique et confocale
Tehniques analytiques (UV, HPLC)
STAGE N°13
PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION, SANTE, ALIMENTS
SPECIALITE : NUTRITION HUMAINE ET SANTE
POUR L’ANNĒE 2015-2016
Titre du stage : Rôle de l’histone acétyl transférase TIP 60 dans le cancer du sein
_____________________________________________________________________________________
Laboratoire d’accueil :
Département d’Oncogénétique du Centre Jean Perrin, EA 4677, CBRV, 28 Place Henri Dunant, 63001
Clermont-Ferrand
*Directeur du Laboratoire : Pr Yves -Jean Bignon
*Directeur du stage et coordonnées précises : Mme Dominique Bernard-Gallon
Tél 04 73 17 83 58,
[email protected]
_____________________________________________________________________________________
Titre du stage proposé :
Le cancer du sein est la cause la plus importante de décès par cancer chez la femme dans le monde. D’un
point de vue génétique, cela se traduit par une dérégulation de l’expression des gènes. Au niveau de
l’ADN, les modifications épigénétiques des histones telles que les acétylations sont nécessaires pour
réguler l’expression de ces gènes. Ainsi dans le cancer sporadique du sein, ces modifications sont
dérégulées.
L’une des marques d’acétylation capable de réprimer ou d’activer l’expression des gènes est la marque
H3K4ac. Le dépôt de cette marque, diminuée dans le cancer sporadique du sein, est assuré par un
homologue de Tip60 chez la levure, lui-même sous-exprimé dans le cancer du sein. Cette étude a pour but
de déterminer si l’histone acétyl transférase Tip60 est capable d’interagir avec la marque H3K4ac sur
différents gènes dérégulés dans le cancer sporadique du sein (ERα, ERβ, PGR, AR, EZH2, SRC3, P300 et
BRCA1) à l’aide de sh RNA de TIP60 in vitro et suivi d’une CHIP –QPCR et RT-QPCR.
On utilisera aussi un inhibiteur de TIP 60 dans des lignées continues de cellules correspondant aux
différents sous types de cancer du sein, notament luminal ( MCF7) et basal (MDA-MB 231) et une lignée
contrôle (MCF10a).
_____________________________________________________________________________________
Travaux du Laboratoire :
Epigenetic mechanisms of breast cancer: an update of the current knowledge.
Karsli-Ceppioglu S, Dagdemir A, Judes G, Ngollo M, Penault-Llorca F, Pajon A, Bignon YJ, BernardGallon D.
Epigenomics. 2014;6(6):651-64
The association between histone 3 lysine 27 trimethylation (H3K27me3) and prostate cancer:
relationship with clinicopathological parameters.
Ngollo M, Lebert A, Dagdemir A, Judes G, Karsli-Ceppioglu S, Daures M, Kemeny JL, Penault-Llorca F,
Boiteux JP, Bignon YJ, Guy L, Bernard-Gallon D.
BMC Cancer. 2014 Dec 23;14:994.
Techniques utilisées : Culture de cellules en lignées continues, Sh RNA, RT-QPCR
Immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) suivie d’une QPCR,
Western
blot.
STAGE N°14
PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION, SANTE, ALIMENTS
SPECIALITE : NUTRITION HUMAINE ET SANTE
POUR L’ANNĒE 2015-2016
Titre du stage : Rôle de JMJD3 dans le cancer de la prostate.
_____________________________________________________________________________________
Laboratoire d’accueil : Département d’Oncogénétique, EA 4677, CBRV, 28 Place Henri Dunant,
63000 Clermont-Ferrand
*Directeur du Laboratoire : Pr Yves -Jean Bignon
*Directeur du stage et coordonnées précises : Pr Laurent Guy & D. Bernard-gallon
Tél :04 73 17 83 58
[email protected]
_____________________________________________________________________________________
Titre du stage proposé :
La méthylation des histones est l'une des modifications épigénétiques essentielle pour la régulation de
plusieurs processus cellulaires. La triméthylation de la lysine 27 de l’histone H3 (H3K27) semble être
d'une importance particulière, car elle est associée à la répression des gènes. En effet l’histone
methyltransférase EZH2 catalyse cette triméthylation. La méthylation a été considérée comme
irréversible jusqu'à l'identification d'un grand nombre d’histones déméthylases témoignant du rôle
important des déméthylases dans la dynamique des modifications des histones. Actuellement, deux
classes de déméthylases spécifiques de H3K27, JMJD3 (KDM6B) et UTX (KDM6A) ont été identifiés.
En effet, JMJD3 et UTX peuvent déméthylées aussi bien H3K27me2 et H3K27me3. JMJD3 et UTX
sont des protéines contenant un domaine JmjC et catalysent l'élimination de la méthylation en utilisant
une réaction d'hydroxylation avec un atome de fer et l'alpha-cétoglutarate comme co-facteurs. Des études
antérieures ont montré que JMJD3 posséderait des fonctions oncogéniques potentiels (Hübner and
Spector, 2010). En effet, JMJD3 est amplifié dans le cancer de la prostate (Xiang et al., 2007). Puisque les
niveaux H3K27me3 sont déterminés par l'équilibre entre la méthylation et la déméthylation des histones,
nous émettons l'hypothèse que la déméthylation H3K27 est également un processus important dans la
progression du cancer de la prostate. Le but de notre étude est donc d’étudier le rôle possible de la
déméthylase JMJD3 dans les lignées continues de cancer de prostate. Nous examinerons également les
niveaux de JMJD3 dans les tissus de prostate. Ainsi des molécules inhibant JMJD3 pourraient être
important et donc utiliser comme outils thérapeutiques contre le cancer de la prostate.
Travaux du Laboratoire :
The association between histone 3 lysine 27 trimethylation (H3K27me3) and prostate cancer:
relationship with clinicopathological parameters.
Ngollo M, Lebert A, Dagdemir A, Judes G, Karsli-Ceppioglu S, Daures M, Kemeny JL, Penault-Llorca F,
Boiteux JP, Bignon YJ, Guy L, Bernard-Gallon D.
BMC Cancer. 2014 Dec 23;14:994.
Techniques utilisées : Culture de cellules en lignées continue, RT-QPCR
Immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) suivie d’une
QPCR,
Western
blot
PROPOSITION DE STAGE DE MASTER M2 NUTRITION, SANTE, ALIMENTS
SPECIALITE : NUTRITION HUMAINE ET SANTE
POUR L’ANNĒE 2015-2016
Titre du stage :
Etude des mécanismes d’adaptation à un stress nutritionnel : rôle du facteur TFEB dans la régulation de
l’expression des gènes de l’autophagie lors d’une carence en acides aminés.
___________________________________________________________________________Laboratoire d’accueil :
UMR 1019, Unité de Nutrition Humaine, INRA de Clermont-Theix, 63122 Saint Genès Champanelle.
*Directeur du Laboratoire : Marc Ferrara
*Directeur du stage et coordonnées précises :
Alain Bruhat (DR2 INRA), UMR 1019, Unité de Nutrition Humaine, INRA de Clermont-Theix, 63122 Saint
Genès Champanelle.
Tél.: 04 73 62 41 50
Mail : [email protected]
___________________________________________________________________________
Titre du stage proposé :
Etude des mécanismes d’adaptation à un stress nutritionnel : rôle du facteur TFEB dans la régulation de l’expression des gènes
de l’autophagie lors d’une carence en acides aminés.
Chez les mammifères, les carences nutritionnelles telles qu’un déficit en acides aminés indispensables constituent un stress nutritionnel
important. Pour faire face à ces situations, l’organisme dispose de processus cellulaires adaptatifs tels que l’autophagie. Au niveau
cellulaire, plusieurs voies de signalisation sont impliquées dans la régulation de ces processus qui permettent la survie cellulaire lors de
différentes conditions de stress environnementaux. En particulier, nous avons récemment montré que la voie GCN2/eIF2α/ATF4 joue un
rôle clé dans la régulation de la transcription de gènes impliqués dans l’autophagie en réponse à une carence en acides aminés
indispensable (1).
Le facteur de transcription TFEB a été décrit comme étant un facteur de transcription jouant un rôle majeur dans la régulation de gènes
lysosomaux et de certains gènes impliqués dans le processus autophagique en réponse à un stress cellulaire (2). Par conséquent, l’objectif
de ce stage est d’étudier : (i) le rôle de ce facteur dans la survie cellulaire notamment dans la régulation de la transcription des gènes de
l’autophagie et aussi de l’apoptose lors d’une carence en acides aminés, (ii) l’interaction possible que pourrait avoir ce facteur avec la
voie GCN2/eIF2α/ATF4. Ce projet va ainsi contribuer à mieux comprendre les mécanismes d’adaptation cellulaire à un stress
nutritionnel.
(1) B'chir W et al, The eIF2α/ATF4 pathway is essential for stress-induced autophagy gene expression. Nucleic Acids Res. 2013
Sep;41(16):7683-99.
(2) Settembre C et al, (2011) TFEB links autophagy to lysosomal biogenesis. Science 332: 1429-1433.
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Travaux du Laboratoire :
B’chir W, Chaveroux W, Carraro V, Averous J, Maurin AC, Jousse C, Muranishi Y, Parry L, Fafournoux P and Bruhat A. Dual role for
CHOP in the crosstalk between autophagy and apoptosis to determine cell fate in response to amino acid deprivation. Cell Signal 2014
26: 1385-1391.
B'chir W, Maurin AC, Carraro V, Averous J, Jousse C, Muranishi Y, Parry L, Stepien G, Fafournoux P, Bruhat A. The eIF2α/ATF4
pathway is essential for stress-induced autophagy gene expression. Nucleic Acids Res. 2013 Sep;41(16):7683-99.
Carraro V, Maurin AC, Lambert-Langlais S, Averous J, Chaveroux C, Parry L, Jousse C, Ord D, Ord T, Fafournoux P, Bruhat A.
Amino acid availability controls TRB3 transcription in liver through the GCN2/eIF2α/ATF4 pathway. PLoS One. 2010 Dec 21;5(12).
Techniques utilisées :
Culture cellulaire, RT-qPCR, western-blot, Immunoprécipitation de la Chromatine, Immunocytochim