Prédiction des gènes Réalisé Par : - Ben hamida yasser - Medjaaf abbes) - Alloune moustapha Disposition de titre et de contenu avec liste • Introduction • Définition de prédiction des gènes • Problématique • Définition d'une gène • Prédiction de gènes à partir d’une plateforme informatique • Approches existantes en bio-informatique pour la détection de gènes. • Cadre de lecture ouvert • Exemple. • Utilisation possible. • Conclusion. introduction: • Le projet du génome humain ‘The Human Genome Project‘ (HGP) débutât dans les années 1990, et consistait à déterminer la séquence complète du code génétique (ADN) chez l’homme. La première carte génétique de l’homme a été publiée par Schuler et coll. en 1996. Plus de 2000 scientifiques, et au-delà de 20 instituts provenant de six pays collaboraient à la première ébauche du génome humain [L’achèvement du projet de séquençage du génome humain a bénéficié de l’utilisation des installations de séquençage ainsi que de ses ressources considérable afin d’effectuer des projets encore plus ambitieux Un exemple d'un tel projet a pour objectif de séquencer la totalité 2 des microbes du corps humain permettant une vue de l’homme comme étant un super organisme. Définition de prédiction des gènes: • En bioinformatique , la prédiction de gènes consiste à identifier les zones de l'ADN qui correspondent à des genes . • la prédiction de gènes sont d’une importance considérable pour la santé humaine et la médecine. Les gènes, qui ont une importance cruciale dans la fabrication des protéines, font l’objet de nombreuses recherches pour différencier les régions codantes de celles non codantes de l’ADN. Depuis le projet du génome humain, plusieurs chercheurs croient qu'il est possible d'effectuer la prédiction de gènes à partir d'une plateforme informatique Problématique: • à quoi sert • l’information contenue dans un gène?. et • A à quoi sert La prediction des genes? Définition d'une gène: • Un gène, en génétique, est une unité de base d'hérédité qui en principe prédétermine un trait précis de la forme d'un organisme vivant, tel que défini en 1909 par Wilhelm Johannsen. Au point de vue physique, un gène est un fragment du locus déterminé d'une séquence d'ADN. gène Prédiction de gènes à partir d’une plateforme informatique: • La fin du 20e et le début du 21e siècle furent témoins d’extraordinaires découvertes en sciences fondamentales et plus particulièrement en biologie moléculaire et en informatique. Les dérivés de l’informatique sont devenus des outils quotidiens. De nos jours, plusieurs centres de recherche séquencent des génomes de façon régulière. Cette masse d’information qui afflue sans cesse justifie un besoin de développer des outils informatiques pour l’analyse de ces séquences. Outre son intérêt dans la communauté scientifique, la génomique et la prédiction de gènes sont d’une importance considérable pour la santé humaine et la médecine. Les gènes, qui ont une importance cruciale dans la fabrication des protéines, font l’objet de nombreuses recherches pour différencier les régions codantes de celles non codantes de l’ADN. Depuis le projet du génome humain, plusieurs chercheurs croient qu'il est possible d'effectuer la prédiction de gènes à partir d'une plateforme informatique. Approches existantes en bio-informatique pour la détection de gènes: • Prédiction par similitude: Les méthodes par similitudes, aussi appelées méthodes par homologie ou méthodes extrinsèques, consistent à utiliser des informations extérieures au génome pour trouver les gènes. Plus précisément, ces méthodes consistent à comparer la séquence étudiée avec des séquences connues, rassemblées dans les bases de données. Par exemple les séquences associées à des marqueurs de séquence exprimée ou des ARN messagers sont utilisées. • Prédiction Ab Initio: sont des méthodes qui ne travaillent que sur la séquence elle-même. De façon générale il y a deux propriétés qui permettent de trouver un gène : • les signaux, qui sont des séquences particulières caractéristiques des gènes, par exemple les promoteurs et les codon-stop Cadre de lecture : • L’ARN messager est constitué d’une succession de nucléotides, dont seule la lecture selon un cadre précis aboutit à la fabrication d’une protéine. Ce cadre de lecture consiste en : • une lecture des nucléotides 3 par 3 (codon par codon) ; • une séquence de 3 nucléotides (codon d'initiation) indique le point de départ de la fabrication de la protéine ; • un codon stop (une autre séquence de trois nucléotides) signifie l’arrêt de la fabrication de la protéine. Exemple: • Recherche d’un triplet donné TAG ATT GCT TAC TAG AAT CGT ACG GGT ACG TAA ATC GTA TTC CGA TAG ATT GCT TAC TAG AAT CGT ACG GGT ACG TAA ATC GTA TTC CGA Exemple: La fonction NextStopCodon: Utilisation possible: • La manipulation génétique est utilisée dans plusieurs domaines: • dans la médecine: Créer des médicaments, • dans l’alimentation: Des fruits capables de se conserver plus longtemps • dans l’élevage: Des vaches produisant plus de lait Etc... conclusion: • Grâce au génie génétique et la prédiction des genes, nous sommes en mesure de créer de nouveaux organismes en changeant un seul gène. Par ce processus, nous pouvons produire des microbes modifiés.
