Référentiel de Biologie Moléculaire

REFERENTIEL REGIONAL
Biologie Moléculaire
Actualisation Mai 2014
Version 3.1

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Sommaire
CHAPITRE 1- INTRODUCTION 5
1.1 PRESENTATION DU REFERENTIEL 6
1.2 GROUPE DE TRAVAIL BIOLOGIE MOLECULAIRE 7
CHAPITRE 2- GENERALITES SUR LES METHODES D’ANALYSE DES ANOMALIES GENOMIQUES 8
2.1 LES ANOMALIES DE STRUCTURES CHROMOSOMIQUES : LES TRANSLOCATIONS 9
2.1.1 METHODES PAR EXTRACTION DES ACIDES NUCLEIQUES 9
2.1.2 METHODES IN SITU 9
2.2 AMPLIFICATION/DELETION GENIQUE 9
2.2.1 METHODES PAR EXTRACTION DES ACIDES NUCLEIQUES 10
2.2.2 METHODES IN SITU 10
2.3 LES ANOMALIES DES GENES : LES MUTATIONS 10
2.3.1 METHODES PAR EXTRACTION DES ACIDES NUCLEIQUES 10
2.3.2 METHODES IN SITU 10
CHAPITRE 3- PRESCRIPTION EN PRATIQUE 11
CHAPITRE 4- ESSAIS DE THERAPIE CIBLEE EN LIEN AVEC LA PLATEFORME DE GENETIQUE DES TUMEURS 14
4.1 PROGRAMME DE DETECTION PROSPECTIVE DES BIOMARQUEURS EMERGENTS 15
4.2 PROTOCOLE VE-BASKET 16
4.3 PROGRAMME ACSE 17
CHAPITRE 5- GYNECOLOGIE 19
5.1 INFECTIONS HPV 20
5.2 CANCER DE L’ENDOMETRE ET SYNDROME DE LYNCH 21
5.2.1 CANCER DE L’ENDOMETRE DANS LE CADRE D’UN DEPISTAGE DU SYNDROME HNPCC (OU SYNDROME DE LYNCH) 21
5.2.2 TABLEAU DE SYNTHESE DU TEST 23
5.3 SARCOME DU STROMA ENDOMETRIAL DE BAS GRADE 24
CHAPITRE 6- HEMATOLOGIE 25
6.1 SYNDROMES MYELOPROLIFERATIFS 26
6.1.1 LEUCEMIE MYELOÏDE CHRONIQUE (LMC) 26
6.1.2 LA POLYGLOBULIE PRIMITIVE OU MALADIE DE VAQUEZ 28
6.1.3 LA THROMBOCYTEMIE ESSENTIELLE (TE) 28
6.1.4 LA MYELOFIBROSE PRIMITIVE OU SPLENOMEGALIE MYELOÏDE CHRONIQUE 29
6.2 LA LEUCEMIE LYMPHOÏDE CHRONIQUE (LLC) 29
6.2.1 LEUCEMIES AIGUËS MYELOÏDES (LAM) 29
6.2.2 LEUCEMIES AIGUËS LYMPHOBLASTIQUES (LAL) 31
6.3 SYNDROMES LYMPHOPROLIFERATIFS 31
6.3.1 LE MYELOME MULTIPLE (MM) 31
6.3.2 ETABLISSEMENT DE LA CLONALITE LYMPHOÏDE 32
6.3.3 RECHERCHE DE REARRANGEMENTS CHROMOSOMIQUES SPECIFIQUES 32
CHAPITRE 7- MELANOME 34
7.1 MELANOME METASTATIQUE 35
7.1.1 THERAPIE CIBLEE DES MELANOMES METASTATIQUES : GENOTYPAGES BRAF/NRAS/KIT 35
7.1.2 TABLEAUX DE SYNTHESE DES TESTS 37
7.1.2.1 GENOTYPAGE BRAF 37
7.1.2.2 GENOTYPAGE NRAS 38
7.1.2.3 GENOTYPAGE KIT 39

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CHAPITRE 8- NEUROLOGIE 40
8.1 GENOTYPAGE UTILE A VISEE THERAPEUTIQUE, DIAGNOSTIQUE ET PRONOSTIQUE 41
8.1.1 LA RECHERCHE DE LA CO-DELETION 1P19Q A VISEE THERAPEUTIQUE 41
8.1.2 LA RECHERCHE DE LA CO-DELETION 1P19Q A VISEE DIAGNOSTIQUE ET PRONOSTIQUE 41
CETTE RECHERCHE PEUT S’AVERER UTILE DANS PLUSIEURS CAS : 41
8.2 GENOTYPAGE UTILE A VISEE PRONOSTIQUE ET EVENTUELLEMENT THERAPEUTIQUE : METHYLATION DU GENE MGMT 43
8.3 AUTRES EXAMENS UTILES 44
CHAPITRE 9- ORL 45
CHAPITRE 10- PATHOLOGIE DIGESTIVE 46
10.1 CANCER COLORECTAL 47
10.1.1 DIAGNOSTIC DU SYNDROME HNPCC OU SYNDROME DE LYNCH : TEST MSI /GENOTYPAGE BRAF/ METHYLATION
PROMOTEUR MLH1 47
10.1.2 TRAITEMENT ADJUVANT DES CANCERS COLORECTAUX DE STADE II : TEST MSI 49
10.1.3 THERAPIE CIBLEE DES CANCERS COLORECTAUX METASTATIQUES : GENOTYPAGE RAS/BRAF 50
10.1.4 PROGRAMME INCA DE DETECTION PROSPECTIVE DES BIOMARQUEURS EMERGENTS DANS LE CANCER COLORECTAL 51
10.1.5 LE PROGRAMME ACSE 51
10.1.5.1 TRANSLOCATION DE ALK 51
10.1.5.2 AMPLIFICATION DE MET 51
10.1.5.3 MUTATION DE MET 52
10.1.6 POLYPOSE 52
10.1.7 TABLEAUX DE SYNTHESE DES TESTS 53
10.1.7.1 TEST MSI 53
10.1.7.2 GENOTYPAGE BRAF 54
10.1.7.3 METHYLATION PROMOTEUR MLH1 55
10.1.7.4 GENOTYPAGE RAS 56
10.1.7.5 GENOTYPAGE MET 57
10.2 GIST 58
10.2.1 GENOTYPAGE KIT /PDGFRA A VISEE DIAGNOSTIQUE 58
10.2.2 GENOTYPAGE KIT/ PDGFRA ET TRAITEMENT PAR IMATINIB 58
10.2.2.1 TRAITEMENT PAR IMATINIB DES GIST METASTATIQUES 58
10.2.2.2 TRAITEMENT ADJUVANT PAR IMATINIB DES FORMES DE HAUT RISQUE EVOLUTIF 58
10.2.3 TABLEAUX DE SYNTHESE DES TESTS 59
10.2.3.1 MUTATION KIT ET PDGFR ALPHA 59
10.3 CANCERS GASTRIQUES 60
10.3.1 A VISEE THERAPEUTIQUE 60
10.3.2 LE PROGRAMME ACSE 61
10.3.3 TABLEAU DES TESTS 62
10.4 CANCERS ŒSOPHAGE, CANAL ANAL 63
10.5 CANCER DU FOIE 63
10.5.1 CHOLANGIOCARCINOME ET LE PROGRAMME ACSE 63
10.5.2 CANCER DU FOIE ET LE PROGRAMME ACSE 63
10.5.2.1 AMPLIFICATION DE MET 63
10.5.2.2 MUTATION DE MET 63
10.6 TUMEUR BENIGNE DU FOIE 64
10.6.1 GENOTYPAGES UTILES A LA CLASSIFICATION DES ADENOMES HEPATOCELLULAIRES 64
10.7 CANCER DU PANCREAS 64
10.8 TUMEURS ENDOCRINES 64
10.9 LYMPHOMES DIGESTIFS 64
10.10 SARCOMES (AUTRES QUE GIST) 64
CHAPITRE 11- PNEUMOLOGIE 65
11.1 A VISEE THERAPEUTIQUE 66
11.1.1 PRESCRIPTION D’INHIBITEURS DE TYROSINE KINASE D’EGFR 66
11.1.2 PRESCRIPTION D’INHIBITEURS DE ALK ET MET : CRIZOTINIB (XALKORI) 68
11.2 A VISEE DIAGNOSTIQUE ET PRONOSTIQUE 70

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11.3 LES PROGRAMMES EN COURS 70
11.3.1 PROGRAMME DE DETECTION PROSPECTIVE DES BIOMARQUEURS EMERGENTS DANS LE CANCER DU POUMON 70
11.3.1.1 MUTATIONS DE KRAS : 70
11.3.1.2 MUTATIONS DE BRAF : 71
11.3.1.3 MUTATIONS DE HER2 : 71
11.3.1.4 MUTATIONS DE PI3KCA : 72
11.3.2 LE PROGRAMME ACSE (ACCES SECURISE A DES THERAPIES CIBLEES INNOVANTES) 73
11.3.2.1 AMPLIFICATION DE MET : 73
11.3.2.2 AMPLIFICATION D’ALK : 73
11.3.2.3 TRANSLOCATION DE ROS1 74
CHAPITRE 12- SARCOME 75
12.1 TABLEAUX DE SYNTHESE DES TESTS REALISES SUR LA PLATEFORME DE GENETIQUE DES CANCERS DE MIDI-PYRENEES 76
12.1.1 REARRANGEMENT DE SYT 76
12.1.2 AMPLIFICATION DU GENE MDM2 77
12.1.3 TRANSLOCATION T(17 ;22)(Q22 ;Q23) 78
12.1.4 AMPLIFICATION DE C-MYC 79
12.1.5 SARCOMES DU STROMA ENDOMETRIAL 80
12.1.5.1 GENOTYPAGE KIT /PDGFRA 81
12.1.5.2 GENOTYPAGE KIT/PDGFRA A VISEE DIAGNOSTIQUE 81
12.1.5.3 GENOTYPAGE KIT/ PDGFRA ET TRAITEMENT PAR IMATINIB 81
 TRAITEMENT PAR IMATINIB DES GIST METASTATIQUES 81
 TRAITEMENT ADJUVANT PAR IMATINIB DES FORMES DE HAUT RISQUE EVOLUTIF 81
12.2 TABLEAUX DE SYNTHESE DES TESTS REALISES A L’INSTITUT BERGONIE 83
CHAPITRE 13- SENOLOGIE 85
13.1 A VISEE THERAPEUTIQUE 86
13.1.1 PRESCRIPTION DE THERAPIE CIBLEE ANTI-HER2 86
13.2 GENOTYPAGE UTILE AU DIAGNOSTIQUE 88
13.3 GENOTYPAGE UTILE AU TRAITEMENT 89
CHAPITRE 14- THYROIDE 90
14.1.1 LE PROGRAMME ACSE 91
14.1.1.1 TRANSLOCATION DE ALK 91
14.1.1.2 MUTATION DE ALK 91
14.1.1.3 MUTATION DE MET 91
CHAPITRE 15- UROLOGIE 92
15.1 CANCERS DU REIN 93
15.2 CANCERS DE VESSIE 93
15.3 CARCINOMES UROTHELIAUX DES VOIES EXCRETRICES 93
15.4 CANCERS DE PROSTATE 94
CHAPITRE 16- ANNEXES 95
16.1 TABLEAU RECAPITULATIF DES EXAMENS DE BIOLOGIE MOLECULAIRE 96
16.2 CHARTE GRAPHIQUE DES ARBRES DECISIONNELS 100
16.3 TABLES DES ILLUSTRATIONS 101
16.3.1 ARBRES DECISIONNELS 101
16.3.2 TABLEAUX 101
16.3.3 FIGURES 101
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