descripteurs de l`IPGRI, AVRDC

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Biotech2008
XIes Journées Scientifiques du réseau
"Biotechnologies végétales / Amélioration des plantes
et sécurité alimentaire"
de l’Agence universitaire de la Francophonie
Biotechnologies végétales et gestion
durable des résistances face à des
stress biotiques et abiotiques
30 juin-3 juillet 2008, Agrocampus Rennes. Rennes, France

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Etude de l'impact de la qualité des ARN dans l'analyse de
l'expression génique par PCR en temps réel.
Dr Hervé Chaulet, Agilent Technologies
La PCR en temps réel est une méthode hautement sensible pour analyser l’expression des
gènes dans de nombreux systèmes biologiques.
Utiliser des ARN intacts et une validation poussée du test sont des facteurs clefs pour obtenir
des données solides et sûres.
Afin de démontrer l’avantage et l’utilité du Bioanalyser pour valider un couple d’amorces,
pour déterminer la meilleure méthode de priming pour la RT et pour évaluer l’impact de la
dégradation des ARN, l’expérience suivante a été réalisée :
y L’ARN a été extrait de cellules HEK avec le Absolutely RNA® MiniPrep kit.
y Des aliquots de la prep d’ARN ont été dégradés par incubation à 70°C pendant des
temps différents pour obtenir une dégradation plus ou moins sévère.
y La dégradation des différents aliquots a été analysée avec le bioanalyzer 2100 et les
puces RNA 6000 Nano.
y Les ARN ont ensuite été rétro transcrits grâce a l’enzyme AffinityScript et amorcés
soit par oligo –dT soit par random priming.
y Trois gènes cibles ont ensuite été étudiés par QPCR : Glyceraldehyde-3-phosphate
dehydrogenase (GAPDH), Hypoxanthine-guanine phosphoribosyl transferase
(HPRT1), et la Protein kinase C inhibitor protein 1 (YWHAZ).
L’expérience réalisée démontre que la qualité des ARN est un facteur critique pour obtenir de
bons résultats en QPCR. En effet, la dégradation des ARN affecte fortement la quantification
des ARN des trois cibles étudiées. De plus nous montrons que ces variations sont séquence –
(donc gène-) dépendants. Ainsi le bioanalyzer est un outil indispensable pour le contrôle
qualité des ARN et pour s’assurer de résultats fiables en PCR en temps réel.

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Sommaire
Mot de bienvenue 1
Comités d'organisation, de réseau et scientifique 3
Résumés 5
Conférences plénières 7
Session 1: Conservation, évaluation et régénération des ressources génétiques
Conférences introductives 11
Communications orales 14
Posters 24
Session 2 : Résistance des plantes aux bioagresseurs
Conférences introductives 61
Communications orales 64
Posters 75
Session 3 : Mécanismes de résistance des plantes aux contraintes abiotiques
Conférences introductives 110
Communications orales 112
Posters 127
Session 4 : Stratégies et outils de sélection pour l'amélioration de la qualité
Conférences introductives 157
Communications orales 159
Posters 163
Session 5 : Développement d'outils biotechnologiques
Conférences introductives 170
Communications orales 172
Posters 184
Session 6 : Valorisation des acquis par la création de variétés adaptées
Conférences introductives 210
Posters 212