unexpected importance of potential parasites

UNEXPECTED IMPORTANCE OF
POTENTIAL PARASITES IN THE
COMPOSITION OF THE FRESHWATER
SMALL-EUKARYOTE COMMUNITY
LEPÈRE C, DOMAIZON I, DEBROAS D.APPL ENVIRON MICROBIOL. 2008
MAY;74(10):2940-9. DOI: 10.1128/AEM.01156-07. EPUB 2008 MAR 21.

CONTEXTE
PICOPLANCTON :- RÔLE FONDAMENTAL DANS LE FONCTIONNEMENT DES
ÉCOSYSTÈMES AQUATIQUES (PRODUCTEURS PRIMAIRES).
- MAIS PEU DE CARACTÉRISTIQUES MORPHOLOGIQUES QUI
PEUVENT ÊTRE IDENTIFIÉES EN MICROSCOPIE
DONC UTILISATION DE TECHNIQUES MOLÉCULAIRES POUR IDENTIFIER ET
DÉCRIRE LA DIVERSITÉ DU PICOPLANCTON EUCARYOTE DANS LES ENVIRONNEMENTS
AQUATIQUES.
CEPENDANT LA DIVERSITÉ, LA DISTRIBUTION ET L’ABONDANCE NATURELLE DU
PICOPLANCTON EUCARYOTE ONT ÉTÉ TRÈS PEU ÉTUDIÉES EN EAU DOUCE.
DES ÉTUDES RÉCENTES RÉVÈLENT UNE GRANDE DIVERSITÉ EN ARN 18S DANS LES LACS.

OBJECTIFS
IDENTIFICATION DES PRINCIPAUX GROUPES PHYLOGÉNÉTIQUES EUCARYOTES
PRÉSENTS DANS L’ÉPILIMINNION DU LAC DU BOURGET (LAC MÉSOTROPHE). VIA
DEUX MÉTHODES MOLÉCULAIRE DISTINCTES (CLONAGE/SÉQUENÇAGE ET TSA-
FISH)
DESCRIPTION DE LA COMPOSITION ET DE L’ÉVOLUTION DES COMMUNAUTÉS
EUCARYOTES DU PICOPLANCTON (0.2 À 5µM) À DEUX DATES DIFFÉRENTES:
AOÛT ET MAI.

MATÉRIEL ET MÉTHODES
HYBRIDATION IN SITU COUPLÉE À UNE AMPLIFICATION DU SIGNAL TYRAMIDE
TSA-FISH.
CLONAGE TOPO TA/SÉQUENÇAGE.
COMPARAISON AUX BANQUES DE DONNÉES.
ANALYSE PHYLOGÉNÉTIQUE.

ECHANTILLONNAGE
PRÉLÈVEMENTS ENTRE 100 ET 120 ML D’EAU DU LAC.
DEUX FILTRATIONS SUR FILTRE DE POLYCARBONATE (PORES DE 5µm PUIS PORES DE 0.2µm).
FIXATION DES BACTÉRIES AU FORMALDÉHYDE (1%).
FIXATION DES PROTISTES AU GLUTARALDÉHYDE (4%).
FIXATION DU MÉTAZOOPLANCTON AU SUCROSE/FORMALDÉHYDE (6/4%).
COMPTAGE DU MICROPHYTOPLANCTON ET DU MÉTAZOOPLANCTON À L’INRA.