RAPPORT N° 577 S É N A T

N° 577
SÉNAT
SESSION ORDINAIRE DE 2015-2016
Enregistré à la Présidence du Sénat le 4 mai 2016
RAPPORT
FAIT
au nom de la commission de l'aménagement du territoire et du développement
durable (1) sur le projet de loi, ADOPTÉ AVEC MODIFICATIONS PAR L 'A SSEMBLÉE
NATIONALE EN DEUXIÈME LECTURE , pour la reconquête de la biodiversité, de la nature
et des paysages,
Par M. Jérôme BIGNON,
Sénateur
(1) Cette commission est composée de : M. Hervé Maurey, président ; MM. Guillaume Arnell, Pierre Camani, Gérard
Cornu, Ronan Dantec, Mme Évelyne Didier, M. Jean-Jacques Filleul, Mme Odette Herviaux, MM. Louis Nègre, Rémy Pointereau,
Charles Revet, vice-présidents ; MM. Jean-François Longeot, Gérard Miquel, secrétaires ; MM. Claude Bérit-Débat, Jérôme
Bignon, Mme Annick Billon, M. Jean Bizet, Mme Nicole Bonnefoy, MM. Patrick Chaize, Jacques Cornano, Michel Fontaine, Alain
Fouché, Benoît Huré, Mme Chantal Jouanno, MM. Jean-Claude Leroy, Philippe Madrelle, Didier Mandelli, Jean-François Mayet,
Pierre Médevielle, Louis-Jean de Nicolaÿ, Cyril Pellevat, Hervé Poher, David Rachline, Michel Raison, Jean-François Rapin, Jean-
Yves Roux, Mme Nelly Tocqueville, MM. Michel Vaspart, Paul Vergès.
Voir le(s) numéro(s) :
Assemblée nationale
(
14
ème
législ.) : Première lecture :
1847
,
2064
et T.A.
494
Deuxième lecture : 3442, 3564 et T.A. 706
Sénat
: Première lecture :
359
,
549
,
581
,
607
,
608
(2014-2015) et T.A.
69
(2015-2016)
Deuxième lecture : 484, 569 et 578 rectifié (2015-2016)

- 3 -
S O M M A I R E
LES CONCLUSIONS DE LA COMMISSION....................................................................... 11
AVANT-PROPOS .................................................................................................................... 13
EXPOSÉ GÉNÉRAL ................................................................................................................. 15
I. L’ÉTAT D’ESPRIT DU SÉNAT EN PREMIÈRE LECTURE : À LA RECHERCHE
D’UN ÉQUILIBRE ENTRE RECONQUÊTE D’UNE BIODIVERSITÉ
DYNAMIQUE ET MISE EN VALEUR DES USAGES .................................................... 15
A. UNE PRISE DE CONSCIENCE GÉNÉRALISÉE, UN MOMENT POUR AGIR ................ 15
B. LE SÉNAT A FAIT VALOIR UN ÉQUILIBRE MODERNE ENTRE RECONQUÊTE
RÉALISTE ET VALORISATION DYNAMIQUE DE LA BIODIVERSITÉ PARTAGÉ
PAR L’ENSEMBLE DES ACTEURS .................................................................................... 16
C. LE PRAGMATISME DU SÉNAT EN EXEMPLES .............................................................. 17
II. LE TEXTE ADOPTÉ PAR L’ASSEMBLÉE NATIONALE EN DEUXIÈME
LECTURE : UN PREMIER PAS VERS LE COMPROMIS............................................... 18
A. TITRE I : DES MODIFICATIONS PONCTUELLES SUR LES PRINCIPES
GÉNÉRAUX ......................................................................................................................... 19
B. TITRE II : VERS UN ÉQUILIBRE SUR LA GOUVERNANCE DE LA BIODIVERSITÉ .... 22
C. TITRE III : UN PARTENARIAT RENFORCÉ ENTRE LA FUTURE AGENCE
FRANÇAISE POUR LA BIODIVERSITÉ ET L’OFFICE NATIONAL DE LA
CHASSE ET DE LA FAUNE SAUVAGE ............................................................................ 22
D. TITRE III BIS : UNE RÉFORME DE LA GOUVERNANCE DE L’EAU
PROGRESSIVEMENT MISE EN ŒUVRE .......................................................................... 24
E. TITRE IV : ENTRE CONSOLIDATION DES APPORTS DU SÉNAT ET
FRAGILISATION DU DISPOSITIF D’ACCÈS AUX RESSOURCES GÉNÉTIQUES
ET DE PARTAGE DES AVANTAGES ................................................................................ 24
F. TITRE V : UNE TENTATIVE DE CONCILIER DÉVELOPPEMENT ÉCONOMIQUE
ET PROTECTION DE LA BIODIVERSITÉ ......................................................................... 25
G. TITRE VI RELATIF AUX PAYSAGES : DES MODIFICATIONS À LA MARGE .............. 37
III. LA POSITION DE VOTRE COMMISSION ................................................................... 38
A. TITRE I
ER
: UNE CONSOLIDATION DU DISPOSITIF DE RÉPARATION DU
PRÉJUDICE ÉCOLOGIQUE ................................................................................................ 38

- 4 - R ECONQUÊTE DE LA BIODIVERSITÉ , DE LA NATURE ET DES PAYSAGES
B. TITRE II : LE MAINTIEN DE L’ÉQUILIBRE TROUVÉ SUR LA GOUVERNANCE
DE LA BIODIVERSITÉ ........................................................................................................ 39
C. TITRE III : PRÉCISION DES MISSIONS DE L’AGENCE FRANÇAISE DE LA
BIODIVERSITÉ ..................................................................................................................... 40
D. TITRE III BIS : DES RÈGLES DE DÉONTOLOGIE POUR LES MEMBRES DU
CONSEIL D’ADMINISTRATION DES AGENCES DE L’EAU ......................................... 40
E. TITRE IV : UNE SÉCURISATION JURIDIQUE DU DISPOSITIF D’APA ......................... 40
F. TITRE V : DES INSTRUMENTS DE PROTECTION DE LA BIODIVERSITÉ
COMPATIBLES AVEC LES ACTIVITÉS HUMAINES ...................................................... 41
EXAMEN DES ARTICLES ...................................................................................................... 47
• TITRE I
ER
PRINCIPES FONDAMENTAUX ................................................................... 47
• Article 1
er
(article L. 110-1 du code de l’environnement) Définition de la
biodiversité ............................................................................................................................... 47
• Article 2 (article L. 110-1 du code de l’environnement) Consécration de la
connaissance de la biodiversité comme action d’intérêt général, et de cinq
nouveaux principes : le principe d’action préventive, le principe de solidarité
écologique, le principe de l’utilisation durable, le principe de complémentarité
entre l’environnement, l’agriculture, l’aquaculture et la gestion durable des forêts
et le principe de non-régression ............................................................................................. 48
• Article 2 bis (articles 1386-19 à 1386-25 [nouveaux], article 2226-1 [nouveau] et
article 2232 du code civil, articles L. 152-1 et L. 164-2 [nouveau] du code de
l’environnement) Inscription de la notion de préjudice écologique dans le code
civil ............................................................................................................................................ 52
• Article 3 ter (articles L. 411-1 A [nouveau] et L. 411-5 du code de l’environnement)
Modalités de réalisation de l’inventaire du patrimoine naturel, des inventaires
locaux et territoriaux et des atlas de la biodiversité ............................................................. 58
• Article 4 (articles L. 110-3 [nouveau] et L. 414-9 du code de l’environnement)
Stratégies nationale et régionales pour la biodiversité........................................................ 60
• Article 4 bis (article L. 611-19 du code de la propriété intellectuelle) Non
brevetabilité des produits obtenus par procédés essentiellement biologiques ................ 62
• Article 4 ter (articles L. 613-2-2 et L. 613-2-3 du code de la propriété intellectuelle)
Limitation de la protection conférée par un brevet relatif à une matière biologique ...... 63
• Article 4 quater (article L. 412-1-1 du code de l’environnement) Absence
d’autorisation préalable pour les échanges de semences à destination d’utilisateurs
non professionnels sans but commercial............................................................................... 64
• TITRE II GOUVERNANCE DE LA BIODIVERSITE ................................................... 65
• Article 5 (articles L. 134-1, L. 134-2 et L. 134-3 du code de l’environnement)
Comité national de la biodiversité et Conseil national de protection de la nature .......... 65
• Article 6 (article L. 371-2 du code de l’environnement) Intégration des missions
du Comité national « trames verte et bleue » dans le futur Comité national de la
biodiversité ............................................................................................................................... 67
• Article 7 (articles L. 371-3 et L. 213-13-1 du code de l’environnement)
Transformation des comités régionaux « trames verte et bleue » en comités
régionaux de la biodiversité ................................................................................................... 68
• Article 7 ter A Rapport sur l’opportunité d’un transfert de la compétence
« Espaces naturels sensibles » aux régions ............................................................................ 70
• TITRE III AGENCE FRANÇAISE POUR LA BIODIVERSITÉ.................................... 71

- 5 -
• Article 9 (articles 131-8 à 131-13 [nouveaux] du code de l’environnement)
Création de l’Agence française pour la biodiversité ............................................................ 71
• Article 11 ter Rattachement de l’établissement public de l’État à caractère
administratif pour la gestion de l’eau et de la biodiversité du marais poitevin à
l’Agence française pour la biodiversité ................................................................................. 76
• Article 14 Dispositions transitoires pour la représentation des personnels au
conseil d’administration de l’Agence française pour la biodiversité ................................. 77
• Article 15 bis (articles L. 213-8-1, L. 213-9-2, L. 213-9-3 et L. 213-10 du code de
l’environnement) Extension du périmètre d’intervention des agences de l’eau ............... 78
• Article 16 (articles L. 132-1, L.172-1, L. 213-2 à L. 213-6, L. 131-12-1, L. 131-12-2,
L. 213-9-1, L. 213-9-2, L. 213-10-8, L. 331-29, L. 334-1, L. 334-2, L. 334-4, L. 334-5,
L. 334-7, L. 414-10, et L. 437-1 du code de l’environnement) Intégration des
établissements existants dans la nouvelle Agence française pour la biodiversité ........... 79
• Article 17 Entrée en vigueur du titre III et conseil d’administration transitoire
de l’Agence française pour la biodiversité ............................................................................ 80
• TITRE III BIS GOUVERNANCE DE LA POLITIQUE DE L’EAU ............................... 81
• Article 17 ter (article L. 213-8 du code de l’environnement) Modification de la
composition des comités de bassin ........................................................................................ 81
• Article 17 quater (article L. 213-8-1 du code de l’environnement) Représentation
des usagers non économiques dans les conseils d’administration des agences de
l’eau ........................................................................................................................................... 83
• Article 17 quinquies (articles L. 213-8-3 et L. 213-8-4 (nouveaux) du code de
l’environnement) Création d’une commission des aides au sein des agences de
l’eau et d’un régime d’incompatibilités de fonctions pour les membres des conseils
d’administration ....................................................................................................................... 84
• TITRE IV ACCES AUX RESSOURCES GENETIQUES ET PARTAGE JUSTE ET
EQUITABLE DES AVANTAGES ........................................................................................... 86
• Article 18 (articles L. 412-2-1, L. 412-3, L. 412-4, L. 412-4-1, L. 412-5, L. 412-6, L.
412-7, L. 412-8, L. 412-9, L. 412-10, L.412-11, L. 412-12, L. 412-12-1, L. 412-13, L. 412-14,
L. 412-15, L. 412-16, L. 412-17 et L. 412-18 [nouveaux] du code de l’environnement)
Réglementation de l’accès aux ressources génétiques et aux connaissances
traditionnelles associées, partage des avantages en découlant, traçabilité et contrôle
de leur utilisation ..................................................................................................................... 86
• TITRE V ESPACES NATURELS ET PROTECTION DES ESPÈCES........................... 92
• Article 27 A (intitulé de la section III du chapitre I
er
bis du titre III de la deuxième
partie du livre I
er
du code général des impôts, article 1609 unvicies [nouveau] du code
général des impôts, articles L. 731-2 et L. 732-58 du code rural et de la pêche
maritime) Contribution additionnelle sur les huiles de palme, de palmiste et de
coprah ........................................................................................................................................ 92
• C HAPITRE I
ER
Institutions locales en faveur de la biodiversité ...................................... 95
• Section 1 Parcs naturels régionaux .................................................................................. 95
• Article 27 (article L. 331-1 du code de l’environnement) Procédure de classement
en parc naturel régional ........................................................................................................... 95
• Article 28 (article L. 333-3 du code de l’environnement) Rôle du syndicat mixte
d’aménagement et de gestion des parcs naturels régionaux ................................................ 96
• Article 28 bis (article L. 333-4 [nouveau] du code de l’environnement) Fédération
des parcs naturels régionaux de France ................................................................................. 97
• Article 29 (article L. 581-14 du code de l’environnement) Publicité dans les parcs
naturels régionaux ................................................................................................................... 98
•
Article 31 Dispositions spécifiques pour les parcs déjà classés ................................... 99
• Section 2 Établissements publics de coopération environnementale .......................... 99