Plateforme de génétique moléculaire des cancers PGMC

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Plateforme de génétique
moléculaire des cancers
PGMC
Pr. JP Merlio et Pr FX Mahon , Centre Hospitalier Universitaire, Bordeaux
Dr. I Soubeyran et Dr F Durrieu, Institut Bergonié, CLCC Bordeaux
Journée régionale du Réseau de Cancérologie d’Aquitaine
29 Novembre 2013
1
28 PGMC régionales : + de 50 laboratoires
• Lille
Caen •
• Rouen
28 PGMC retenues lors
des appels à projets
INCa
• Amiens
• Reims
• Nancy
Brest
•
Rennes •
• Angers
• Tours
• Nantes
• Dijon
• Strasbourg/
Mulhouse/
Colmar
• Besan çon
• Poitiers
• Limoges
• Clermont • Lyon
Ferrand • St Etienne
• Grenoble
Bordeaux •
Toulouse •
• Nice
Montpellier/
Nîmes •
• Marseille
St Cloud/
• Paris (2) : AP -HP, Curie
Versailles •
•
Villejuif
2
Périmètre régional
La PGMC Aquitaine
Coordonnateur Pr JP Merlio pour le RCA - www.canceraquitaine.org
2 établissements et plateaux techniques:
- CHU Bordeaux
Service de Biologie des Tumeurs (Pr JP Merlio)
Service d’Hématologie (Pr FX Mahon)
- Département de Biopathologie Institut Bergonié
Unité Pathologie Moléculaire (Dr I Soubeyran)
3 services associés à la PGMC (fournisseur, validation)
Demande analyse
- CHU Bordeaux
par le clinicien et/ou
le pathologiste
Service de Pathologie (Pr A Vital) et Hématologie (Pr Mahon)
- Département de Pathologie I. Bergonié
Service de Pathologie (Dr G Mac Grogan)
Fournisseurs directs
- CHU Bordeaux et I. Bergonié
- Externes: CHU Réunion, CHR Région, GAPA pathologistes privés
3
Mission PGMC
Tests moléculaires et/ou cytogénétiques
pour la détection d’anomalies acquises
ou somatiques ( non héréditaires) utiles au :
• Diagnostic
– Mutation ou translocation « spécifique » (hémopathies, sarcomes)
• Pronostic
– Identification d’un groupe de patients nécessitant une intensification
thérapeutique
• Theranostic ou prédictif
– Identification d’une mutation cible thérapeutique
– Identification d’un mécanisme de résistance
• Suivi de maladie résiduelle ou de cellules ou ADN
circulant
Nota bene : Un même marqueur peut avoir plusieurs intérêts: BCR-ABL, HER2
4
Les obligations des plateformes INCa
• Couverture régionale
- Analyses non facturées
- Dédommagement des pathologistes libéraux pour le désarchivage
des blocs : KRAS colon / EGFR poumon / Ckit mélanomes / MSI colon
28 euros organisée / N Brazzalotto RCA/ dotation INCa
• Méthodes
- Evaluation des techniques
- Contrôle de qualité
- Rapport détaillé semestriel (biomarqueurs émergents) et annuel
à l’INCa : gènes étudiés, nombre de cas, taux +/- NI, origine des
prescriptions
5
Les obligations des PGMC
• Conseil de la PGMC
- Charte INCa
- CHU Bordeaux, Institut Bergonié
- N Brazzalotto RCA
- Hématologistes, biologistes
- GAPA, …
• Méthodes
- Nouvelles dotations sur AO / INca
- Rapport annuel pour dotation n+1
- Dotation pour préanalytique
(Pathologistes, désarchivage, sélection, )
- Suivi des dotations théoriques et
réelles: discordance 25 à 30 %
6
Dotations PGMC 2012
Analyses
% analyses
Montant 2012
attribué INCa
Montant
réellement
reçu 2012
Différentiel non
perçu
CHU
IB
KRAS
27%
73%
140 000 €
140 000 €
0
EGFR
77%
23%
235 000 €
200 000 €
35 000 €
BCR-ABL
100%
177 500 €
150 000 €
27 500 €
JAK2-V617F
100%
64 000 €
64 000 €
0
0
MSI
100%
32 000 €
32 000 €
GIST
100%
103 000 €
0€
103 000 €
Sarcomes
100%
120 000 €
0€
120 000 €
Lymphomes
88%
12%
142 000 €
142 000 €
0
Pré-analytique
61%
39%
150 000 €
150 000 €
0
Biomarqueurs émergents
78%
22%
200 000 €
200 000 €
0
ALK
76%
24%
99 000 €
0€
99 000 €
BRAF mélanomes
93%
7%
29 500 €
0€
29 500 €
HER2 estomac
22%
78%
3 500 €
0€
3 500 €
210 000 €
210 000 €
Structuration plateforme
Projet AcSé
Total
50%
50%
84 000 €
1 789 500 €
84 000 €
1 372 000 €
0€
0€
417 500
7 €
Le circuit de la demande
1) Prescription clinique: à dater
- Tumeur primitive ou métastase
- Justification
2) Pathologiste:
- Envoyer Lame colorée (+/- sélection en entourant et
% cellules tumorales)
- Envoyer Bloc +/- sélection de zone tumorale
- Remplir fiche pour le clinicien (RCP..)
3) Fiche de prescription suivant le prélèvement : la
demande d’analyse permet de tracer les étapes
8
www.canceraquitaine.org,
rubrique professionnels
Possibilité de prescription par le
pathologiste initial de la PGMC
Délai analyse KRAS :
15 j (2008) à 8 j (2010)
Délai de retour des résultats
non maitrisé
Dossier unique ?
9
Evaluation des délais KRAS :
publication Annales de Pathologie Mars 2012
10
www.canceraquitaine.org,
rubrique professionnels
1) Prescripteur : nom,
adresse, fax, date
demande
2) Patient
- Nom, prénom, date
naissance, adresse
- Référence et date du prél.
- Nature du Fixateur (Formol =
standard INCa)
- Cas particulier : Prélèvement
congelé
- Date d’envoi à la PGMC
3) Plateforme
- Date réception,
enregistrement
- Sélection par pathologiste
associé
11
2 modes de sélection de la zone tumorale
1) Le grattage de la lame
-
Délimitation sur coupe colorée
Possibilité d’envoi coupe (anapath vers PGMC)
Elimination zone péritumorale
Grattage
Moins d’ADN, Contamination ?
Intérêt pour CQ
2) Le tirage /forage du bloc: CHU et IB
- Délimitation sur le bloc miroir de lame colorée
- Carottage
- Broyage et extraction
- Permet de quantifier et valider qualité
- Emporte zone tumorale
- Difficile pour CQ
12
macrodissection
13
Les étapes avant
l’extraction d’ADN
14
Les étapes techniques / 24 h
1) Réception et sélection du matériel J1
2) Extraction ADN et Amplification par PCR J2
3) Vérification des matrices obtenues sur gel et
Purification sur colonne
4) Réaction de séquençage Sanger puis
purification par billes
5) Injection sur séquenceur
Analyse des séquences
Compte-rendu
Temps miminal 4 jours en débutant lundi ou mercredi
Délais allongés par transmissions, courriers
En pratique 7 jours (surtout si reanalyse)
15
Contrôle des matrices après PCR et
avant séquençage
Eléctrophorèse et coloration par BET de 4 cas
100 pb
Exon
18
Exon
19
Exon
20
Exon
21
Cas 1 et 2 = séquences de bonne qualité
Cas 3= bruit de fond refaire +/Cas 4 =pas d’amplification exon 18 et 21 refaire PCR
16
Détection des différentes mutations par HRM
Analyse des
températures de fusion
(Tm)
Courbe de fusion
d’un ADN normal
Profil témoin
muté
Profil ADN
sauvage
Profil
patient
17
Seuls les profils muté sont séquençés par Sanger
Produits de PCR
A-T-G-A-T-C-C-A-T-G-A-T-A-G-C
T- A-C- T-A- G-G-T-A- C-T- A-T- C-G**
A-T-G-A-T-C-C-A-T-G-A-T–A
T- A-C- T-A- G-G-T-A- C-T- A-T**
A-T-G-A-T-C-C-A-T–G
T- A-C- T-A- G-G-T-A- C**
A-T-G-A-T-C-C-A-T-G-A–T
T- A-C- T-A- G-G-T-A- C- T- A**
c.1799T>A p.V600E
18
Recherche Mutations Somatiques dans les Exons 18 à 21 du Gène EGFR
___________________________________________________________________
Patient :
NOM Prénom – N° dossier
Prélèvement :
-Référence Bloc extrait : …..ou Congélation
-Référence ADN extrait : …..
Technique utilisée :
-Séquençage
-Référence analyse : n° .. du ../../….
Résultats :
Exon 18
Absence de mutation
Exon 19
Délétion : ggaattaagagaagc
ELREA 746-750del
+ Mutation silencieuse K745K
Exon 20
Absence de mutation
Exon 21
Absence de mutation
Conclusions:
Mutation xxxx d’EGFR (conférant une sensibilité aux ITK)
Mutation xxxx d’EGFR (de moindre sensibilité aux ITK, exon 20)
Mutation xxx d’EGFR de résistance au ITK (T790M)
EGFR sauvage
Non interprétable car non amplifié (fixation inappropriée ?)
Non contributif (aspect sauvage mais paucicellulaire ou <10%)
19
Modes de validation du CR
• Signature pathologiste:
•
•
Pour la partie préanalytique (sélection et %)
Analyses morphologiques (IHC, FISH HER2…)
• Signature séparée de l’analyse moléculaire mais
dans le même logiciel au CHU et IB et sous même numéro:
- Interprétation FISH par cytogénéticien double lecture
- Chacun signe ce qu’il fait
- Accréditation COFRAC génétique somatique en cours 2013-2020
• Problème du retour du compte-rendu et de l’absence de
partage de données entre les 2 établissements de la PGMC
sauf pour réseau image
20
Importance de connaître le % de cellules tumorales
prélèvements < 10 % cellules tumorales = perte de chance pour le patient
Statut mutationnel EGFR en fonction du pourcentage de cellules tumorales
100%
93%
90%
86%
90%
79%
78%
80%
avec mutation
70%
sans mutation
60%
NI
50%
40%
30%
17%
20%
16%
10%
10%
9%
4%
4%
5%
5%
5%
0%
paucicellulaire
< 10 %
entre 10 et 50 %
≥ 50 %
ND
% cellules tumorales
2ème activité nationale (source INCa) 87 % adénocarcinomes
Provenance EGFR 2012 : 29 % CHU et IB – 27 % des centres hospitaliers aquitains
– 42 % du secteur privé aquitain – 2 % hors région
Délai moyen de rendu des résultats (entre l’arrivée du prélèvement et l’envoi du
compte-rendu) : 7,5 j
21
Taux mutés et non interprétables (échec)
• liés au laboratoire de pathologie ayant fixé et adressé le bloc à la PGMC
 meilleur résultat quand le fixateur utilisé est le formol
 mesures correctives : élimination des décalcifiants (EDTA) et de l’acide acétique
• importance des étapes pré-analytiques dont le pathologiste est responsable mais il
est soumis à des pressions et contrôles (sécurité, dispositifs sous vide…)
60%
Analyses EGFR : taux de non interprétables et de mutations cumulés de 2010 à 2012 par laboratoire
50%
48%
40%
Cumul NI 2010-2012
Cumul mutés 2010-2012
30%
nb total de demandes =
4469
25%
29 24%
20%
19%
20%
19%
18%
17%
17%
16%
14%
14%
13%
12%
12%
11%
11%
6%
13%
12%
12%
8%
6%
5%
12%
10%
10%
9%
12%
9%
10%
14%
8%
7%
6%
3%
6%
5%
5%
4%
4%
4%
3%
1%
0,5%
0%
A1
A2
A3
B1
B2
B3
B4
B5
B6
B7
B8
C1
C2
C3
D1
D2
D3
D4
E1
E2
E3
E4
E5
E6
F1
F2
22
F3
Analyses* effectuées au CHU et à l’Institut
Bergonié : 2009 -2012
1600
CHU
1369
1400
1200
1040
KRAS - cancer
colorectal
924
1000
800
EGFR - adenok
pulmonaire
600
335
400
336
323
319
225
344
327
ckit-BRAF mélanome
200
0
2009
Institut Bergonié
2010
2011
2012
1200
1000
962
883
826
600
461
363
400
200
KRAS - cancer
colorectal
757
800
411
305
MSI - cancer
colorectal
53
25
0
2009
*indemnisées
EGFR - adenok
pulmonaire
531
2010
2011
ckit-BRAF mélanome
2012
23
Nombre de patients par type d’analyses
moléculaires réalisées en 2012
1362
Tumeurs pulmonaires
400
0
Tumeurs conjonctives
1490
355
Tumeurs digestives
1078
CHU
1047
Lymphomes
138
Institut Bergonié
0
Tumeurs mammaires
554
313
Mélanomes
24
213
Tumeurs cérébrales
0
0
200
400
600
800
1000
1200
1400
1600
 Plus de 4000 analyses hématologiques
 30% des analyses demandées par le CHU et Institut Bergonié
 13% des demandes faites par les CH Aquitains \ 28% par privés Aquitains
\ 29% hors region
24
Répartition globale des activités
CHU de Bordeaux .
Institut Bergonié
Dept. Biopathologie.
Unité Pathologie Moléculaire
Dr I Soubeyran
Dept. Biologie des Tumeurs et
Hematologie .
Prs JP Merlio and FX Mahon
-
Myeloïde and Lymphoïde.
Mélanome
Tumeurs Cérébrales
Cancer du Poumon (70%)
Cancer Colorectal r (30%)
Thyroïde,…
-
Cancer du sein
Sarcomes
GIST
Cancer du Poumon (30%)
Colorectal cancer (70%)
Thyroïde, Ovaire, …
La logique de répartition par type tumoral va être remise en question
- Mêmes cibles dans différents types tumoraux Acsé
- Techniques de NGS
- Accès aux données interétablissement
25
Le programme AcSé:
Des essais académiques de phase II
Adapté de F. Nowak
Institut National du Cancer
26
Le programme Acsé: Accès sécurisé aux
Thérapies Ciblées

Une thérapie ciblée ayant une AMM pour un groupe de patients avec une altération
moléculaire spécifique dans un type tumoral (crizotinib et CBNPC ALK+) :

Le même type d’anomalie moléculaire a été observé dans d’autres types tumoraux
⇒ Donner accès à tous les patients avec un cancer localement avancé inopérable
ou métastatique et sans alternative thérapeutique par des essais de phase II
académiques.
• Un essai clinique pour une thérapie ciblée sélectionnée et des cohortes définies par
altérations moléculaires/ type tumoral
• Arrêt si une toxicité élevée ou un manque d’efficacité est constaté dans un nombre
prédéfini de patients du même type tumoral
• Priorité à l’inclusion des patients dans des essais cliniques existants
• Criblage moléculaire effectué par les plateformes de génétique moléculaire préalable
27
Le programme AcSé Crizotinib
2 niveaux: le screening moléculaire puis l’inclusion
AcSé Moléculaire
ALK, MET,
ROS
10000 à 18000 patients
14000 à 25000 tests
AcSé
Crizotinib
Essai
470 patients
promoteur
28 plateformes de
génétique moléculaire
Jusqu’à 250
centres investigateurs
AcSé crizotinib est ouvert aux inclusions depuis juillet 2013:
3ème niveau: être centre Acsé ouvert avec critères de sélection et suivi
28
Quels patients? Sont ils éligibles ?
RCP moléculaire et centre ouvert ACSé
1. ALCL
2. Sein
3. CholangioK
4. Colorectal
5. Estomac
6. Ovaire
7. Glioblastome
Clinicien
8. NSCLC
9. Neuroblastome
10. TMI
11. Rhabdomyosarcome
12. Rein
13. Thyroide
14. Hepatocarcinome
Autres
OU
Single test
Amplification, translocation ou mutation
(FISH, séquençage ponctuel, QPCR…)
Portrait Moléculaire
Pangénomique
CGHarray, NGS
Inclusion des patients dans AcSé
29
Le programme AcSé Moléculaire
pour crizotinib
AcSé Moléculaire pour crizotinib
Anomalies
chromosomiques
Mutations
 Translocation d’ALK
 ALK Ex. 23 à 25 (sauf
 Amplification d’ALK
 Translocation de ROS1
 Amplification de MET
mutations de résistance)
 MET Ex. 14 et 16-19
y compris les mutations rares
30
Le programme AcSé Moléculaire
Type de cancer
Cancer colorectal
CBNPC
Cancer du sein
Transloc.
ALK
Amp. ALK
Amp. MET
x
x
AMM
x
x
x
x
x
x
Cancer du foie
x
x
X*
x
x
Glioblastome
x
x
Neuroblastome
Cancer gastrique
Tumeur myofibroblastique
inflammatoire (TMI)
Rhabdomyosarcome
Lymphomes anaplasiques
à grande cellules
Mut.
MET
x
Cancer de l'ovaire
Cancer de la thyroïde
Mut.
ALK
x
Cholangiocarcinome
Cancer du rein
Transloc.
ROS1
x
x
x
x
x
x
31
A venir
• Développement du NGS pour l’établissement d’une carte
d’identité de la tumeur “Tumorogramme” (ou analyses haut débit)
• Détection de cellules ou ADN circulant dans les tumeurs solides
(NGS)
- Mécanismes de résistance
- Suivi de la maladie résiduelle
• Regroupement en plateau multidisciplinaire pour les filières
solides et liquides
32
L’extension du domaine de la lutte contre le cancer
ie du nombre de cibles à étudier
- Cancer colorectal
- Poumon
- Le programme Acsé: Essai de phase 2
33
Cancer colorectal métastatique KRAS wt
Étude FIRE 3 : analyse des mutations KRAS/NRAS et BRAF (1)
Rappel du schéma de l’étude FIRE 3 (AIO KRK-0306)
FOLFIRI + cétuximab
CCRm
non prétraités (n = 735)
KRAS wt
(n = 592)
400 puis 250 mg/m²
R
FOLFIRI + bévacizumab
5 mg/kg
•
•
Objectif principal : taux de réponse objective en ITT (RECIST 1.0)
Objectifs secondaires : SSP, SG, intensité de la réponse
➜ Taux de réponse et SSP comparables chez les patients KRAS wt
➜ Bénéfice en termes de SG : 3,7 mois chez les patients traités
par FOLFIRI + cétuximab
34
ESMO 2013 - D’après Heinemann V et al., abstr. LBA17, actualisé
Tested Mutations
KRAS exon 2 wild-type subset
KRAS
NRAS
BRAF
EXON 1
EXON 1
EXON 11
EXON 2
EXON 3
12 13
61
wt
4.3%
EXON 2
EXON 3
12 13
59 61
3.8%
2%
EXON 4
146
4.9%
EXON 4
117 146
0%
EXON 15
600
0%
10%
35
Cibles thérapeutiques dans les
adénocarcinomes bronchiques
1999
Sélumétinib
Tramétinib ?
KRAS
RET
Inconnu
35 %
Vandétanib ?
L184 ?
Sunitinib ?
Inconnu
75 %
KRAS
ROS1
EGFR
Crizotinib
2004
MEK
Sélumétinib ?
KRAS
Inconnu
60 %
EGFR
HER2
Afatinib ?
Dacomitinib ?
MET
MetMAb ?
ARQ197 ?
ALK
PIK3CA
MK2206 ?
BKM120 ?
Crizotinib
LDK378
CH5424802
Géfitinib
Erlotinib
Afatinib
Dacomitinib
CO1686 ?
BRAF
Vémurafénib ?
GDC0879 ?
Régorafénib ?
Inhibiteurs de MEK ?
36
MSTO/IASCLC 2012 − D’après Kris M et al., Targeted therapies actualisé
Principales techniques utilisées dans les plateformes de
génétique somatique des tumeurs
 Séquençage Sanger
 Pyroséquençage
 Taqman, discrimination allélique
 HRM
 SNaPshot, et analyse fragment
 Etc…
Aujourd’hui
Prélèvements souvent de petite taille (biopsies bronchiques)
et peu riches en cellules tumorales !!!
Demain: les techniques à haut débit

Les stratégies moléculaires ciblées ont permis jusqu’à
aujourd’hui de proposer une médecine personnalisée aux
patients

Mais elles ont atteint leurs limites avec de petites quantités de
tissu et un grand nombre de gènes à étudier

Nous savons que le nombre de biomarqueurs va continuer à
augmenter +++
 Les algorithmes d’analyses
hierarchisées ne sont pas justifiés
La révolution technologique
Le séquençage de nouvelle génération
(NGS) :

3
1 Préparation d’une banque
d’ADN :
séquençage massif, en parallèle
de millions de fragments d’ADN.
 Amplification sur lame
de verre
 Hybridation de chaque
fragment d’ADN
 PCR en pont
 Ainsi, chaque fragment va
former un cluster de 1000
molécules
 Clivage des brins anti-sens
La capture permet la « sélection » et
2 l’enrichissement des cibles à séquencer
pour séquençage
4
 Séquençage massif, en parallèle, utilisant des terminateurs
réversibles couplés à un fluorochrome spécifique de chaque base
Les images utilisées
proviennent
de la société Illumina®.
NGS : le coût
 Aujourd’hui environ de 1200 €/patient pour un exome
 Mais décroissance rapide +++
Sequencers
454 GS FLX
HiSeq 2000
SOLiDv4
3730xl
Instrument $500 000,
$7 000 per run
Instrument $690 000,
$6 000/ (30x) human
genome
Instrument $495 000,
$15 000/100 Gb
Instrument $95 000,
about $4
per 800 bp reaction
2* Intel Xeon X5675
2* Intel Xeon X5560
8* processor 2.0 GHz
Pentium IV 3.0 GHz
Memory
48 GB
48 GB
16 GB
1 GB
Hard disk
1.1 TB
3 TB
10 TB
280 GB
Automation in library
preparation
Yes
Yes
Yes
No
Other required device
REM e system
cBot system
EZ beads system
No
$10
$0.07
$0.13
$2 400
Instrument price
CPU
Cost/million bases
Jeffrey S. Ross & Maureen Cronin, Journal of Biomedicine and Biotechnology 2012; doi:10.1155/2012/251364
NGS : durée de l’analyse
Compatible avec une pratique clinique
Avantages du NGS
Comparison of Sanger and NGS for the Cancer Cell Genome
Parameter
Traditional
NGS
Advantage
High
Low to moderate, 300-500
High, 3 000-5 000
Moderate
Low
Moderate to high, 800-2 000 (estimated)
Moderate, 800-2 000
High
NGS
Traditional
NGS
Traditional
Moderate
High
Traditional
Can be performed using FFPE samples
Yes
Yes
_
Challenged by small samples, necrotic tumor, tumor
heterogeneity and low percentage of tumor sample DNA
Yes
Yes
_
Generally restricted to 1 gene at 1 time
Yes
No
NGS
Can easily sequence hundreds of cancer-related
genes in 1 sample
No
Yes
NGS
Generally restricted to hot-spot analysis
Yes
No
NGS
Can detect deletions
No
Yes
NGS
Can detect translocations
No
Yes
NGS
Can detect gene copy number alterations
No
Yes
NGS
Sensitivity
Low
High
NGS
Accuracy
High
High
_
« Gold standard »
Pending
Traditional
Shorter
Longer
Longer
Longer
Traditional
_
Cost
per base
per Single clinical « test » ($)
per 10-gene multiplex multigene test ($)
Equipment
Expertise required for sequencing and data analysis
Regulatory status
Turnaround time
Single gene
per multiplex multigene test
FFPE: Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded; NGS: Next-Generation Sequencing
Jeffrey S. Ross & Maureen Cronin, Journal of Biomedicine and Biotechnology 2012; doi:10.1155/2012/251364
Utilisation du NGS en pathologie :
apport au diagnostic
Vers une nouvelle classification des tumeurs

Le phénotype d’une tumeur est le reflet des
altérations génétiques présentes dans les cellules
tumorales qui la composent !
Séquençage complet de tumeurs :
 Comprehensive genomic
characterization defines human
glioblastoma genes and core
pathways.
 The Cancer Genome Atlas Research
Network Nature. 2008
Création de consortium de séquençage, ex du Cancer Genome Atlas (TCGA)
 Integrated genomic analyses of ovarian carcinoma. Nature. 2011.
 Comprehensive genomic characterization of squamous cell lung cancers Nature. 2012.
 Comprehensive molecular characterization of human colon and rectal cancer. Nature.2012.
 Comprehensive molecular portraits of human breast tumors. Nature. 2012.
Utilisation théranostique du NGS
Cancer Panel genes :
menu liste pré-établie…
marquage CE
Développement de tests « maison », à la carte !
Ion AmpliSeq™ Cancer Panel
(Ion Torrent™)
Relevant Content

This cancer panel was designed
to detect 739 COSMIC mutations
in 604 loci from 46 oncogenes
and tumor suppressor genes with
emphasis on the deep coverage
of KRAS, BRAF, and EGFR genes
for the detection of somatic
mutations in archived cancer
samples
Appel à projets 2013
Structuration du séquençage
de nouvelle génération à visée
diagnostique en cancérologie
Développement de la bioinformatique pour filtrer, analyser et stocker les données
47
VERS UNE PLATEFORME REGIONALE DE PATHOLOGIE,
GENETIQUE SOMATIQUE DES CANCERS ET HEMATOLOGIE
CELLULAIRE ?
Techniques
CHU Bordeaux
Biologie
des tumeurs
Pathologie
Pellegrin
Autopsie
Microscopie standard ou spéciale
Immuno-Histochimie
Scanner de lames
Tissue microarray
Imagerie en fluorescence
Cytométrie
Cytologie hématologique
Cytogénétique conventionnelle
Cytogénétique moléculaire (FISH, aCGH)
Biologie moléculaire
Séquenceur haut débit
Bio-informatique
CRB Tumorothèque
+
+
+
+
Institut Bergonié
Hématologie
biologique
Pathologie
Sud
+
+
+
+
+
+
+
Pathologie
moléculaire
+
+
+
+
+
HL
P - HL - SA
HL
Hématologie
biologique
+
+
+
+
+
+
+
PGMC HL
CRB HL
Mutualisé
+
P Pellegrin
HL Haut-Lévêque
SA Saint André
PGMC Plateforme Génétique Moléculaire des Cancers
CRB HL Centre de Ressources Biologiques Tumorothèque
48
VERS UNE PLATEFORME REGIONALE DE PATHOLOGIE,
GENETIQUE SOMATIQUE DES CANCERS ET HEMATOLOGIE
CELLULAIRE ?
Thématiques
CHU Bordeaux
Pathologie
Pellegrin
Foetopathologie-Placenta
Neuropathologie
Urologie
ORL
Thyroïde
Poumon
Digestif
Foie - Voies biliaires-Pancréas
Gynécologie
Lymphomes, leucémies
Os - Tissus mous
Peau
Sud
+
+
+
+
+
+
+ (enfants)
+
Institut Bergonié
Biologie Hématologie
Pathologie Hématologie
Pathologie
des tumeurs biologique
moléculaire biologique
+
+
+
+
+
+
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+
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+
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+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ (lymphoïde)
+
+ (lymphoïde)
49
Remerciements: N Brazzalotto, RCA
Pr JC Sabourin, Service de Pathologie
PGMC de Rouen Dias sur NGS
Madame F Nowak
Mission PGMC et Pathologie INCa
50
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