Plan de cours

PLAN DE COURS
18.06.2015 1
BIODIVERSITY
Professeur(s) : Pierre-Henri Gouyon
Année universitaire 2015/2016 : Semestre d’automne
PLAN DE COURS – COURSE OUTLINE
Séance 1. Le concept de Biodiversité. La préhistoire de la biologie. L'espèce comme classe de forme. La
métamorphose. La génération spontanée. Les débuts de la biologie au XVIIIème siècle. Buffon, Rousseau et
la Nature. Linné et la systématique. Le fixisme, l'espèce comme entité généalogique et comme type idéal et
éternel issu de la création. L'individu comme simple représentant du type. Cuvier, les extinctions et les
catastrophes. Le discontinu dans l'histoire de la terre Lamarck et le transformisme. Balbutiements de la
biologie. Geoffroy et l'homologie.
Séance 2 : La révolution darwinienne. Le voyage du Beagle et la découverte du foisonnement et de la
limitation. Malthus. La sélection naturelle. Valeur explicative de la théorie face au créationnisme. La
divergence et le diagramme de « l'origine des espèces ». La biodiversité dans ce cadre. La notion d'espèce
comme frein épistémologique. L'origine de la vie. La phylogénie. De LUCA aux êtres vivants actuels. Les
grands clades. Surprises de la systématique phylogénétique. Algues, champignons, poissons. L'Homme
comme grand singe. La biodiversité comme continuum. L'origine de la biodiversité à l'échelle génétique.
Séance 3 : La diversité entre individus. Galton, le génie, la statistique et la régression. Weissman et l'idée
moderne de transmission héréditaire. Soma et germen. L'embryologie et la différenciation des cellules.
Naissance de la génétique, Mendel, De Vries, Correns, Tschermak. La mutation. Mutationnisme contre
Darwinisme. Johanssen, l'inné et l'acquis. Débats politiques sur ce point. Exemple du débat Sarkozy/Onfray.
La diversité comme coproduite par les gènes et l'environnement.
Séance 4 : La synthèse néodarwinienne. La part des gènes et de l'environnement dans l'hérédité.
L'épigénétique. Génétique des populations. Mutation, sélection, dérive migration. Une application sociale,
l'eugénisme. La politisation de la biologie ou la biologisation du politique.
Séance 5 : Systèmes de reproduction. Notion de hasard. La consanguinité. Ses effets, dépression de
consanguinité. Le cryptopolymorphisme et les maladies génétiques. Le polymorphisme. Stabilité versus
dynamique. La différenciation des populations, l’isolement reproducteur.
Séance 6 : Génétique écologique. Polymorphisme en milieu constant. Polymorphisme en milieu variable
dans l'espace. Variations temporelles. Migration, métapopulations, la diversité comme résultant d’un
équilibre entre isolement et échanges.

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Séance 7 : La diversité au niveau du génome. Théorie neutraliste. L'horloge moléculaire. La reconstruction
phylogénétique et la systématique moderne. La structure de la biodiversité. Contingence, hasard et
nécessité.
Séance 8 : L'évolution des organismes et de l'information. Notion d’information, rapports entre l’information
et les entités matérielles. Vision panglossienne. Les contraintes historiques, fonctionnelles et structurales.
Approche adaptationniste versus structuraliste.
Séance 9 : La reine rouge. Compétition, Prédation, Parasitisme. Approche théorique des interactions entre
espèces : Lotka-Volterra, De Wit. L’exclusion compétitive, stabilité, cycle et chaos dans la dynamique des
communautés. L'extinction des lignées évolutives (variétés, espèces, genres…). Dynamiques stationnaires
versus crises. Continuité versus catastrophes.
Séance 10 : La diversité des comportements. Comment comprendre l’évolution des comportements.
Sélection de parentèle. Niveaux de sélection. Théorie des jeux : concept de stabilité d’un jeu, la stratégie
évolutivement stable. Application à l’étude de comportements sociaux et de la migration.
Séance 11 : La coévolution. La symbiose et le mutualisme. Mitochondries. Fixation d'azote. Figuiers et
pollinisateurs. Les écosystèmes. La symbiose comme entraide, comme exploitation réciproque. Diversité et
interactions entre espèces.
Séance 12 : La biodiversité face au progrès. Enjeux des technologies. De Prométhée à Dédale. Biodiversité
et Médecine. Biodiversité et Agriculture. Biodiversité et Éthique.
BIOGRAPHICAL INFORMATION
Pierre-Henri Gouyon est né le 25 décembre 1953. Admis à l’Agro (Institut National Agronomique Paris-
Grignon, aujourd’hui AgroParisTech) en 1972 il devient ingénieur agronome en 1975, obtient un doctorat de
troisième cycle en écologie à l’Université de Montpellier en 1976 puis passe une thèse de Docteur Ingénieur
en génétique à l’Agro en 1978, une thèse de Doctorat d’état ès Sciences à l’Université de Montpellier en
1982 et un DEA en Philosophie à l’Université des Lettres de Montpellier en 1984.
Recruté comme enseignant à l’Agro en 1976, il a été professeur à l’Université de Paris-Sud (Orsay) de1988
à 2005 et à l’École Polytechnique de 1994 à 2008 (vice-président du département de biologie 2001-2006).
Il a assuré diverses responsabilités au sein du conseil de département des sciences de la vie du CNRS
(directeur scientifique adjoint en 2000-2001). Il a fait partie du comité opérationnel d’éthique dans les
sciences de la vie du CNRS, du Conseil National des Universités, du Comité National de la Recherche
Scientifique et du comité "Écosystèmes et développement durable" de l’ANR. Il est membre du Conseil
Scientifique des Conférences Jacques Monod du CNRS depuis2004.

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Il a été "Managing editor" du "Journal of Evolutionary Biology" (1992-1996), journal de la Société
Européenne de Biologie Évolutive, co-responsable du Master "Développement Agricole Durable", directeur
du laboratoire UPS-CNRS-ENGREF d’"Écologie, Systématique et Évolution" (1997-2005) et responsable de
l’équipe de botanique au sein de l’UMR CNRS-MNHN OSEB (2006-2011).
Il est actuellement professeur au Muséum National d’Histoire Naturelle (depuis 2005), à l’AgroParisTech
(depuis 1988), à Sciences Po (depuis 2009) et réalise ses recherches au sein de l’équipe de botanique dans
l’UMR MNHN-CNRS OSEB (7205). Il a été élu en 2008 à l’Academia Europaea (Londres).
Il donne de nombreuses conférences sur les questions ayant trait à l’évolution, à la génétique, à l’écologie, à
la biodiversité et à la bioéthique. Il est largement impliqué dans les débats concernant les relations science-
société en général. Plus particulièrement, il se préoccupe d’une part des conséquences sociales de la
théorie néodarwinienne de l’évolution sur notre perception du vivant et d’autre part de la culture de plantes
transgéniques (Grenelle en 2007, Conférence de citoyens en 1998, Conseil économique et social en 2002,
débats avec des parlementaires -français et européens- et des experts, Commissariat général au plan,
Conseil d’analyse économique, Conférences dans divers lieux en France et ailleurs –Italie, Ukraine,
Roumanie, Tunisie, Danemark, Canada, USA, Japon, Équateur, Bolivie...-, interviews…). Il appartient ou a
appartenu à divers comités nationaux en lien avec les questions de Science dans la Société (CNL,
Biovigilance, Commission du Génie Biomoléculaire, Développement durable, Grenelle de l’Environnement,
Haute autorité sur les OGM, Conseil Scientifique du CRIIGEN, comité d’éthique de l’INSERM, Vice-président
de Vivagora…) et a été le rapporteur du groupe 1 (Recherche & Société) aux assises nationales de la
recherche de 2004. Il préside le Conseil Scientifique du Think-Tank de la Fondation Nicolas Hulot
Il est chevalier de la Légion d’Honneur et des Palmes Académiques.