Bourgogne Franche Comte reseau Sagir 2012

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RÉSEAU SAGIR
OBJECTIFS
Le réseau SAGIR est un réseau de surveillance épidémiologique des oiseaux et des
mammifères sauvages terrestres en France. Sa mission est de surveiller les maladies de la
faune sauvage pour mieux agir. Cette surveillance est fondée sur un partenariat entre
l’ONCFS, la FNC, les FDC et l’ANSES* depuis 1986.
Trois objectifs principaux pour ce réseau :
- détecter précocement l’arrivée de nouvelles maladies pour la faune sauvage,
- surveiller les effets aigus non intentionnels de l’utilisation agricole de produits
phytopharmaceutiques sur les oiseaux et mammifères sauvages,
- caractériser dans le temps et l’espace les maladies des oiseaux et mammifères
sauvages à enjeu, pour la santé des populations d'animaux sauvages, ainsi que
certaines maladies importantes pour l'homme ou les animaux domestiques.
© Dominique GEST – FNC

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LE FONCTIONNEMENT DU RÉSEAU
Au niveau national, le coût du réseau SAGIR est réparti entre les partenaires ONCFS et FDC
(collecte des animaux, temps de travail, coût des analyses). En Franche-Comté, ces coûts
d’analyses sont pour la plupart financés par les FDC avec le soutien des Conseils Généraux.
Récolte des
données
Observateurs de
terrain ONCFS -
FDC
Analyses
laboratoires
vétérinaires
départementaux
Restitution des
résultats
ONCFS/ FNC-FDC
Analyse et
interprétation des
données
ONCFS / Anses
Centralisation des
données
Anses Nancy
- L’ONCFS anime le réseau
au niveau national
- Les ITD FDC et ONCFS
sont les animateurs à
l’échelle départementale
Laboratoires spécialisés :
- Toxicologie :
Vetagro Sup
- Parasitologie :
Uni Reims
- Histologie :
Vetdiagnostics
- Bactériologie :
Anses,
Institut Pasteur

52
0
100
200
300
400
500
600
700
1993
1994
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2004
2005
2006
2007
2008
2009
2010
2011
Nombre d'animaux analysés
Ongulés
Lièvre et lapin
Carnivores
Oiseaux
Divers
LES ENQUÊTES DU RÉSEAU
Les analyses en région Franche-Comté : quelques résultats
Depuis 1993, en moyenne 240 animaux sont récoltés par année puis analysés par le réseau
SAGIR en Franche-Comté. Parmi les différentes catégories d’animaux analysés, on distingue
celle des ongulés qui comprend le cerf, le chevreuil, le chamois, le daim et le sanglier. Ces
espèces représentent en moyenne près de 50% des analyses opérées par année sur la
région.
On retrouve ensuite les oiseaux avec deux pics d’analyses. L’un en 1998 s’expliquant par une
surveillance renforcée dans le cadre du suivi des effets non intentionnels de la
bromadiolone* sur la faune sauvage non ciblée (notamment les rapaces) et l’autre en 2006
avec la collecte plus importante de spécimens d'oiseaux dans le cadre du protocole de
surveillance de l’influenza aviaire.
Cette évolution des tendances permet également de rappeler que dans un contexte
d'utilisation agricole, la problématique des anticoagulants reste entière et d'intérêt en
Franche-Comté. En 1998, dans un contexte de surveillance renforcée, le nombre de cas
suspect d'intoxication frôlait les 400. Depuis un traitement à basse densité pour les rongeurs
a été mis en place.
Concernant les tendances du nombre d’animaux analysés au niveau national et en Franche-
Comté, le graphique ci-après montre des tendances similaires (pic en 1998 et en 2006).
Cependant, on observe un décrochage entre la courbe nationale et celle de la Franche-
Comté en 2004, année d’épizootie d’EBHS pour le lièvre, qui est une espèce prépondérante
dans beaucoup de départements français, mais pas en Franche-Comté. De plus, le pic de
1998 au niveau national est essentiellement dû à l’étude sur la bromadiolone menée dans la
région.
Evolution annuelle des animaux sauvages de la région Franche-Comté
analysés depuis 1993
Source : Données issues du Réseau National d’observation ONCFS/FNC/FDC « SAGIR » - Suivi épidémiologique 1993-2011.

53
68,3%
26,2%
4,9%
0,5%
0,1%
Chevreuil
Sanglier
Chamois
Cerf élaphe
Daim
0
200
400
600
800
0
2000
4000
6000
8000
Nombre d'animaux analysés
Nb animaux collectés en France
Nb animaux collectés en Franche-Comté
Répartition par espèce des animaux sauvages analysés en Franche-Comté
Dans la catégorie des ongulés, on observe que le chevreuil est représenté majoritairement
avec près de 70% des échantillons analysés, suivis du sanglier avec un peu plus de 25%.
Ces résultats sont en partie expliqués par un programme étudiant la mortalité dite
anormale du chevreuil (MAC) ainsi que la difficulté à transporter un grand cervidé comme
le cerf.
Source : Données issues du Réseau National d’observation ONCFS/FNC/FDC « SAGIR » - Suivi épidémiologique 1993-2011.
Évolution du nombre d'animaux collectés en France et Franche-Comté
Grand gibier (2087 analyses)
Source : Données issues du Réseau National d’observation ONCFS/FNC/FDC « SAGIR » - Suivi épidémiologique 1993-2011.

54
51,7%
14,6%
6,7%
6,5%
4,7%
4,2%
3,8%
3,4%
2,5%
1,9%
Rapaces
Oiseaux d'eau
Cygnes
Passereaux
Divers (Cigogne, Tétraonidés,…)
Hérons
Pigeons/Tourterelle
Etourneau
Faisans/Perdrix
Corvidés
77,8%
10,8%
5,2%
3,6%
1,6%
0,7%
0,3%
Renard
Lynx
Blaireau
Fouine
Chat forestier
Martre
Putois
Dans certains départements de Franche-Comté, le réseau s’est ouvert aux espèces protégées
notamment pour tout ce qui concerne le suivi des effets non intentionnels des pesticides.
C’est pourquoi la moitié des analyses en Franche-Comté pour les oiseaux est composée de
rapaces (principalement des buses variables). Ceci s’expliquant par le pic de 1998 et l’étude
sur les intoxications aux anticoagulants. La lutte non raisonnée contre les campagnols en
1998, basée uniquement sur l’utilisation de bromadiolone, a engendré une mortalité
importante de la faune non-cible notamment des prédateurs, tels que les rapaces.
Aujourd’hui cette lutte est mise en place dans un cadre précis encadré par un Arrêté
Préfectoral avec des contraintes d’utilisation limitant les intoxications non intentionnelles.
Pour les carnivores, le renard est bien présent avec près de 80% des analyses s’expliquant en
partie par la plus grande facilité à trouver et transporter cet animal. Le Lynx observable dans
la région représente environ 11% des analyses dont la totalité provient des départements du
Doubs et du Jura (analyses menées conjointement avec le réseau Lynx).
Source : Données issues du Réseau National d’observation ONCFS/FNC/FDC « SAGIR » - Suivi épidémiologique 1993-2011.
Source : Données issues du Réseau National d’observation ONCFS/FNC/FDC « SAGIR » - Suivi épidémiologique 1993-2011.
Oiseaux (1085 analyses)
Carnivores (613 analyses)