Bourgogne Franche Comte reseau Sagir 2012

© Dominique GEST – FNC
RÉSEAU SAGIR
OBJECTIFS
Le réseau SAGIR est un réseau de surveillance épidémiologique des oiseaux et des
mammifères sauvages terrestres en France. Sa mission est de surveiller les maladies de la
faune sauvage pour mieux agir. Cette surveillance est fondée sur un partenariat entre
l’ONCFS, la FNC, les FDC et l’ANSES* depuis 1986.
Trois objectifs principaux pour ce réseau :
-
détecter précocement l’arrivée de nouvelles maladies pour la faune sauvage,
surveiller les effets aigus non intentionnels de l’utilisation agricole de produits
phytopharmaceutiques sur les oiseaux et mammifères sauvages,
caractériser dans le temps et l’espace les maladies des oiseaux et mammifères
sauvages à enjeu, pour la santé des populations d'animaux sauvages, ainsi que
certaines maladies importantes pour l'homme ou les animaux domestiques.
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LE FONCTIONNEMENT DU RÉSEAU
Récolte des
données
-
Observateurs de
terrain ONCFS FDC
-
L’ONCFS anime le réseau
au niveau national
Les ITD FDC et ONCFS
sont les animateurs à
l’échelle départementale
Laboratoires spécialisés :
-
Toxicologie :
Vetagro Sup
Parasitologie :
Uni Reims
Histologie :
Vetdiagnostics
Bactériologie :
Anses,
Institut Pasteur
Analyses
laboratoires
vétérinaires
départementaux
Centralisation des
données
Anses Nancy
Analyse et
interprétation des
données
ONCFS / Anses
Restitution des
résultats
ONCFS/ FNC-FDC
Au niveau national, le coût du réseau SAGIR est réparti entre les partenaires ONCFS et FDC
(collecte des animaux, temps de travail, coût des analyses). En Franche-Comté, ces coûts
d’analyses sont pour la plupart financés par les FDC avec le soutien des Conseils Généraux.
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LES ENQUÊTES DU RÉSEAU
Les analyses en région Franche-Comté : quelques résultats
Depuis 1993, en moyenne 240 animaux sont récoltés par année puis analysés par le réseau
SAGIR en Franche-Comté. Parmi les différentes catégories d’animaux analysés, on distingue
celle des ongulés qui comprend le cerf, le chevreuil, le chamois, le daim et le sanglier. Ces
espèces représentent en moyenne près de 50% des analyses opérées par année sur la
région.
On retrouve ensuite les oiseaux avec deux pics d’analyses. L’un en 1998 s’expliquant par une
surveillance renforcée dans le cadre du suivi des effets non intentionnels de la
bromadiolone* sur la faune sauvage non ciblée (notamment les rapaces) et l’autre en 2006
avec la collecte plus importante de spécimens d'oiseaux dans le cadre du protocole de
surveillance de l’influenza aviaire.
Evolution annuelle des animaux sauvages de la région Franche-Comté
analysés depuis 1993
600
500
400
300
200
100
Ongulés
Lièvre et lapin
Carnivores
Oiseaux
2011
2010
2009
2008
2007
2006
2005
2004
2003
2002
2001
2000
1999
1998
1997
1996
1995
1994
0
1993
Nombre d'animaux analysés
700
Divers
Source : Données issues du Réseau National d’observation ONCFS/FNC/FDC « SAGIR » - Suivi épidémiologique 1993-2011.
Cette évolution des tendances permet également de rappeler que dans un contexte
d'utilisation agricole, la problématique des anticoagulants reste entière et d'intérêt en
Franche-Comté. En 1998, dans un contexte de surveillance renforcée, le nombre de cas
suspect d'intoxication frôlait les 400. Depuis un traitement à basse densité pour les rongeurs
a été mis en place.
Concernant les tendances du nombre d’animaux analysés au niveau national et en FrancheComté, le graphique ci-après montre des tendances similaires (pic en 1998 et en 2006).
Cependant, on observe un décrochage entre la courbe nationale et celle de la FrancheComté en 2004, année d’épizootie d’EBHS pour le lièvre, qui est une espèce prépondérante
dans beaucoup de départements français, mais pas en Franche-Comté. De plus, le pic de
1998 au niveau national est essentiellement dû à l’étude sur la bromadiolone menée dans la
région.
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Nombre d'animaux analysés
Évolution du nombre d'animaux collectés en France et Franche-Comté
8000
800
6000
600
4000
400
2000
200
0
0
Nb animaux collectés en France
Nb animaux collectés en Franche-Comté
Source : Données issues du Réseau National d’observation ONCFS/FNC/FDC « SAGIR » - Suivi épidémiologique 1993-2011.
Répartition par espèce des animaux sauvages analysés en Franche-Comté
Grand gibier (2087 analyses)
26,2%
68,3%
4,9%
0,1%
Chevreuil
Sanglier
Chamois
0,5%
Cerf élaphe
Daim
Source : Données issues du Réseau National d’observation ONCFS/FNC/FDC « SAGIR » - Suivi épidémiologique 1993-2011.
Dans la catégorie des ongulés, on observe que le chevreuil est représenté majoritairement
avec près de 70% des échantillons analysés, suivis du sanglier avec un peu plus de 25%.
Ces résultats sont en partie expliqués par un programme étudiant la mortalité dite
anormale du chevreuil (MAC) ainsi que la difficulté à transporter un grand cervidé comme
le cerf.
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Oiseaux (1085 analyses)
4,2%
4,7%
3,8%
3,4%
2,5%
1,9%
6,5%
6,7%
51,7%
14,6%
Rapaces
Passereaux
Pigeons/Tourterelle
Corvidés
Oiseaux d'eau
Divers (Cigogne, Tétraonidés,…)
Etourneau
Cygnes
Hérons
Faisans/Perdrix
Source : Données issues du Réseau National d’observation ONCFS/FNC/FDC « SAGIR » - Suivi épidémiologique 1993-2011.
Dans certains départements de Franche-Comté, le réseau s’est ouvert aux espèces protégées
notamment pour tout ce qui concerne le suivi des effets non intentionnels des pesticides.
C’est pourquoi la moitié des analyses en Franche-Comté pour les oiseaux est composée de
rapaces (principalement des buses variables). Ceci s’expliquant par le pic de 1998 et l’étude
sur les intoxications aux anticoagulants. La lutte non raisonnée contre les campagnols en
1998, basée uniquement sur l’utilisation de bromadiolone, a engendré une mortalité
importante de la faune non-cible notamment des prédateurs, tels que les rapaces.
Aujourd’hui cette lutte est mise en place dans un cadre précis encadré par un Arrêté
Préfectoral avec des contraintes d’utilisation limitant les intoxications non intentionnelles.
Carnivores (613 analyses)
5,2%
10,8%
3,6% 1,6% 0,7%
0,3%
77,8%
Renard
Lynx
Blaireau
Fouine
Chat forestier
Martre
Putois
Source : Données issues du Réseau National d’observation ONCFS/FNC/FDC « SAGIR » - Suivi épidémiologique 1993-2011.
Pour les carnivores, le renard est bien présent avec près de 80% des analyses s’expliquant en
partie par la plus grande facilité à trouver et transporter cet animal. Le Lynx observable dans
la région représente environ 11% des analyses dont la totalité provient des départements du
Doubs et du Jura (analyses menées conjointement avec le réseau Lynx).
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Principales causes de mortalité diagnostiquées sur les animaux sauvages
Les causes de mortalité diagnostiquées sur les animaux sauvages en
Franche-Comté
100%
Nombre de cas
75%
50%
25%
0%
DIVERS
CHEVREUIL
LIEVRE
TRAUMATIQUE
BACTERIENNE
SANGLIER
PARASITAIRE
RENARD
BUSE VARIABLE
INDETERMINEE
LAPIN DE
GARENNE
TOXICOLOGIQUE
VIRALE
Source : Données issues du Réseau National d’observation ONCFS/FNC/FDC « SAGIR » - Suivi épidémiologique 1993-2011.
Lorsqu’un animal mort est collecté par le réseau SAGIR, des analyses sont réalisées afin de
connaitre la ou les causes de mortalité. Il est fréquent qu’un animal soit victime de
plusieurs causes de mortalités interagissant entre elles. Par exemple, un animal porteur
d’une maladie infectieuse le rendant moins agile, pourra être plus facilement victime d’une
collision routière.
Les causes de mortalités ou les maladies associées sont variées et ont été regroupées par
catégories. Les causes traumatiques (collisions, prédations…), sont fréquentes mais
probablement sous-estimées car la cause de mortalité peut paraitre évidente et les
animaux ne sont alors pas toujours collectés. La plupart des maladies bactériennes
(pasteurellose, colibacillose, pseudotuberculose…) sont faciles à diagnostiquer et donc bien
représentées. Ce n’est pas le cas des maladies virales, qui demandent des méthodes
d’analyses en laboratoire précises et souvent onéreuses. La majorité des cas concerne les
lièvres et lapins de garenne où il existe des tests pour l’EBHS chez le lièvre et la VHD chez le
lapin. Les causes parasitaires (strongyloses respiratoires ou digestives, oestrose,
coccidiose…) sont souvent des facteurs aggravants plutôt que des causes de mortalité
directes. La catégorie « divers » inclus des causes de mortalité distinctes des autres
catégories (tumeurs, noyade…) ou des causes de mortalité dont la cause n’a pas été
identifiée (par exemple pneumonie de cause indéterminée).
La proportion des causes de mortalité par espèce varie selon l’espèce considérée. Ainsi,
pour la buse variable, la majorité des causes de mortalité constatées (près de 70%) sont
d’origines toxicologiques tandis que pour le lapin de garenne, les principales causes sont
virales (35%) et bactériennes (25%).
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En marge
La Fièvre Catarrhale Ovine (FCO)
Egalement appelée maladie de la langue bleue ou blue tongue en anglais, la fièvre catarrhale
ovine (FCO) est une infection virale touchant principalement les ovins et bovins chez les
animaux domestiques, et les ongulés tels que les cerfs, les chevreuils ou encore les mouflons
chez les animaux sauvages. Cette maladie est transmise par des insectes piqueurs et
entraîne une maladie généralisée qui peut être grave, surtout chez le mouton, avec des
hémorragies et des congestions des muqueuses (d’où la langue bleue violacée).
En 2008, alerté par l’émergence d’un nouveau sous-type de ce virus (le BTV8) et d’épisodes
de mortalité chez les ruminants domestiques, le réseau SAGIR a participé à une campagne
d’analyse de FCO sur les ongulés sauvages pour évaluer l’impact éventuel de la maladie dans
les populations sauvages. Cette étude a été menée conjointement entre l’ONCFS, certaines
Fédérations Départementales des Chasseurs, le laboratoire MERIAL, l’Agence Nationale de
Sécurité Sanitaire de l’alimentation, de l’Environnement et du travail, les Laboratoires
Vétérinaires Départementaux ainsi que l’Office National des Forêts.
Sur la période 2008-2010, 267 ruminants sauvages ont ainsi pu être testés pour la FCO.
Parmi les différentes espèces testées à savoir, Bouquetin, Cerf élaphe, Cerf sika, Chamois,
Chevreuil, Daim et Mouflon, seuls 6 Cerfs élaphe se sont avérés positifs à la FCO. Cependant
les signes cliniques n’étaient pas des plus évocateurs.
La faune sauvage semble donc avoir été peu touchée par ce virus. Les épisodes de mortalité
observés chez le Cerf élaphe durant l’hiver 2009-2010 seraient quant à eux la conséquence
d’une combinaison entre la forte densité des populations et une faible disponibilité des
ressources alimentaires.
© Service Départemental 21 ONCFS
L’influenza aviaire
La grippe aviaire ou l’Influenza aviaire est une
maladie très contagieuse des oiseaux
domestiques et sauvages due à des virus de la
famille des Orthomyxoviridae* qui peuvent
toucher d’autres espèces animales, l’Homme y
compris. Ces virus sont soumis à des mutations
et des réassortiments très fréquents.
Dès 2003, le virus H5N1 hautement pathogène a
fait l’objet d’une surveillance active afin de
prévenir de son apparition depuis les pays
étrangers par l’analyse d’écouvillons prélevés sur des oiseaux d’eaux (Anatidés*, Limicoles*,
Laridés) capturés ou abattus à la chasse dans plusieurs zones humides françaises. Mais ce
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n’est que lors de la « crise de l’influenza aviaire » en 2006 que le virus H5N1 HP a pu être
détecté dans les Dombes. Ainsi, sur 3426 oiseaux morts analysés, 66 se sont avérés positifs
dont 63 en provenance des Dombes.
L’espèce principalement touchée fut le cygne tuberculé (80% des cas). L’hypothèse
avancée ferait état d’une introduction du virus par des fuligules milouins et d’autres
canards migrateurs poussés vers l’Ouest entre Janvier et Février de cette année 2006 par
une vague de froid. Concernant les animaux d’élevages, un élevage a été contaminé dans
les Dombes avec 63 dindes infectées.
Cette épizootie* fut donc à la fois d’une courte durée (2 mois environ) et eut un impact dès
plus modéré sur la faune sauvage en se limitant essentiellement dans la région des
Dombes.
Il faut toutefois rester prudent puisque le virus circule toujours intensément dans les
élevages en Asie ainsi qu’en Egypte avec parfois des cas humains.
Pendant plusieurs années, les départements de Franche-Comté,
comme ailleurs en France, ont déploré des mortalités importantes
chez le chevreuil. Le Réseau SAGIR, mobilisé sur ce phénomène,
n’avait pas permis de dégager une cause pathologique unique,
pouvant expliquer cette « Mortalité Anormale des Chevreuils »
(MAC). Seuls le polyparasitisme et la diarrhée semblaient se
répéter, sans pour autant être constants et sans autres lésions
caractéristiques d’un pathogène particulier. Face à ce tableau peu
évocateur et non systématique, plusieurs hypothèses ont été
émises sur la présence d’un agent immunodépresseur chez le
chevreuil. Ainsi, des maladies comme les pestiviroses et
l’ehrlichiose ont été évoquées.
Des études antérieures sur les pestiviroses (dans le Jura
notamment) n’avaient pas permis de mettre en évidence la
circulation de ce type de virus dans les populations de chevreuils. En revanche, la recherche
des anticorps contre Anaplasma phagocytophilum, l’agent de l’ehrlichiose, dans le sang de
chevreuils malades dans le Doubs, s’était avérée positive.
Une étude a donc été lancée pour savoir si l’ehrlichiose pouvait être en cause dans la MAC.
L'étude consistait à récolter et à comparer 2 types de populations de chevreuils : des
chevreuils « sains », tirés à la chasse et des chevreuils trouvés malades ou morts. Cette
étude a fait l’objet d’une thèse vétérinaire (Portier, 2010), placée sous la direction d’un
Comité de Pilotage multidisciplinaire (ENVL*, ONCFS, LVD* 25, LVD 79, LVD 22, LVD 39, GTV
Franche Comté, AFSSA / Réseau SAGIR), et co-financée par la Fédération Régionale et les
Fédérations Départementales de Franche-Comté ainsi que la Fédération Nationale des
Chasseurs (cf. p. 67 Pour aller plus loin).
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© Dominique GEST – FNC
Suivi erhlichiose du chevreuil
Les résultats et les discussions ont amené à émettre l'hypothèse de conclusion suivante : un
pathogène peu virulent, différent de celui trouvé chez le bovin domestique, qui circule sur
une grande partie des chevreuils mais qui peut, en tant qu’agent immunodépresseur,
concourir sous certaines conditions à leur affaiblissement et leur incapacité à se défendre
face à des agents habituellement peu pathogènes, contre lesquels un animal en bon état est
capable de réagir.
Etude de la Leptospirose chez le ragondin sur la Basse Vallée de L'Ognon
© Dominique GEST – FNC
La leptospirose est une maladie due à
un groupe de bactéries, les leptospires
qui peuvent provoquer une maladie
chez de nombreux mammifères et chez
l’Homme. Les ragondins, comme de
nombreux autres rongeurs, sont en
règle générale des porteurs sains de la
maladie. La Fédération Régionale des
Chasseurs de Franche-Comté s’est
associée à l’Ecole Nationale Vétérinaire
de Lyon pour réaliser une étude sur la
contamination par la leptospirose dans
la Basse Vallée de l’Ognon. Cette étude a pour objectif d’estimer la contamination des
ragondins par les leptospires et d’identifier les facteurs de risques pour les populations
humaines ou animales. Elle a aussi pour but de déterminer de quel(s) type(s) de leptospires
(« sérogroupes ») pourraient être porteurs les ragondins. La connaissance de ces
« sérogroupes » est intéressante pour la définition de nouveaux vaccins (humains et
animaux).
Durant une thèse (Vein, 2011), des prélèvements ont été effectués sur 50 ragondins en 2008
et 25 lors de la session de 2009. Les premiers résultats montrent que 66% des sérums sont
positifs à la leptospirose, ce qui indique le passage de la bactérie mais pas forcément une
contamination actuelle. Les sérogroupes retrouvés sont ceux qui représentent les groupes
les plus pathogènes pour l’Homme et le chien (Australis, Icterohemorrhagiae notamment).
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En Franche-Comté, les départements du
Doubs et du Jura ont une agriculture
locale orientée vers la production
laitière et la fabrication de fromage de
qualité labellisée A.O.C. Les pratiques
actuelles de culture de l’herbe sur les
pâtures et les prairies de fauche
favorisent la présence de campagnols.
Ce rongeur, gros consommateur de
racines et des parties herbacées de
nombreuses
espèces
prairiales,
occasionne des dégâts importants sur
les exploitations agricoles lors des épisodes de pullulation. Outre les dommages financiers
engendrés, le campagnol terrestre est également le principal réservoir de l’échinococcose
alvéolaire.
Pour contrer ce rongeur, une lutte curative, essentiellement chimique, à base d’appâts
empoisonnés à la bromadiolone* a été mise en place dans les années 90. Cependant, cette
lutte a engendré un fort taux de mortalité en 1998 de la faune sauvage non cible,
remettant en cause la méthode curative.
L’aspect sociologique du problème, c’est-à-dire les effets économiques par la destruction
des prairies, et environnementaux (animaux intoxiqués à la bromadiolone), a conduit les
acteurs concernés (agriculteurs, chasseurs) à se mettre autour d’une table.
Aujourd’hui on note une meilleure utilisation de la bromadiolone : lutte à basse densité et
associée à d’autres méthodes de lutte raisonnée (lutte par piégeage, modification des
itinéraires techniques, lutte écologique). Depuis les années 2000, on dénombre moins de
cadavres d’animaux intoxiqués à la bromadiolone en Franche-Comté. Le plan d’actions est
étendu à 581 communes dans les départements du Doubs et du Jura.
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© Charlette CHANDONÉ– FRC - FC
La lutte contre le campagnol terrestre