Cours Microbiologie 2016-2017 Programme - Web

COURS DE
MICROBIOLOGIE
2016-2017
Directeurs du Cours
Françoise NOREL-BOZOUKLIAN
Christophe BELOIN
Chef de Travaux Pratiques
Ingrid GUILVOUT
PROGRAMME
Année universitaire 2016-2017

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Cours de
MICROBIOLOGIE
2016-2017
CENTRE D’ENSEIGNEMENT de l’INSTITUT PASTEUR
Pavillon LOUIS MARTIN (Bât. 09)
28, rue du Docteur Roux
75724 PARIS Cedex 15
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Conférences
(Tronc commun) :
Salle de Cours 3, (Bât. Social 06, Institut Pasteur)
Travaux Pratiques I :
Biodiversité des communautés aquatiques
microbiennes
Salle TP et Salle 1
R.-de-ch du Centre d’Enseignement (PLM, Bât. 09, Institut Pasteur)
Travaux Pratiques II et III :
Mécanismes d’infection de cellules humaines par une bactérie pathogène,
Listeria monocytogenes
Salle TP et Salle 1
R.-de-ch du Centre d’Enseignement (PLM, Bât. 09, Institut Pasteur)

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SOMMAIRE
Présentation du cours …………………………………………………………… 3
Conférences………………………………………………………………………. 4
Travaux pratiques :
Travaux pratiques I ……………………………………………………………… 6
Travaux pratiques II et III………………………………………………………… 8
Modalités des examens ………………………………………………………… 13
Noms et coordonnées des intervenants………………………………………. 15

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PRESENTATION DU COURS
Ce cours théorique et pratique de neuf semaines présente les avancées les plus récentes en microbiologie moléculaire et cellulaire.
Cette formation à la recherche en microbiologie comprend des conférences, des travaux pratiques et des sessions de discussions
organisés en quatre modules.
Cycle de conférences (un module de 2 semaines)
Programme scientifique et encadrement : Françoise Norel et Christophe Beloin (Institut Pasteur)
Cet enseignement en anglais comporte, d'une part, des conférences ayant pour but d'actualiser les connaissances des participants
sur les différents domaines de la microbiologie procaryote et eucaryote et d'autre part, des conférences plus spécialisées sur les
thématiques en plein essor et les nouveaux outils permettant leur développement.
TP. 1. Travaux pratiques sur la biodiversité des communautés aquatiques microbiennes (un module de 2 semaines)
Programme scientifique et encadrement : Jean-François Humbert et Julie Leloup (iEES, Institut de l’Ecologie et des Sciences de
l’Environnement, UPMC Paris)
L'objectif de ces travaux pratiques est de présenter et mettre en oeuvre différentes approches méthodologiques utilisées dans
l'étude comparée de la diversité de communautés microbiennes (cytométrie de flux, bactériologie, biologie moléculaire,
spectrométrie de masse et bio-informatique). Une journée est organisée sur le site de Foljuif près de Nemours, afin d’effectuer des
prélèvements de différents écosystèmes aquatiques qui seront ensuite analysés. Ce site est une base d’enseignement et de
recherche de l’ENS, qui abrite des expérimentations de terrain et des laboratoires en Ecologie (CEREEP-Ecotron Ile De France
ENS/CNRS, http://www.foljuif.ens.fr/index.php).
TP. 2-3. Travaux pratiques sur les mécanismes d’infection de cellules humaines par une bactérie pathogène, Listeria
monocytogenes (5 semaines en 2 modules)
Programme scientifique et encadrement : Edith Gouin, David Ribet, Unité des Interactions Bactéries Cellules dirigée par Pascale
Cossart (Institut Pasteur http://www.pasteur.fr/en/research/cell-biology-infection/units-groups/bacteria-cell-interactions), Mélanie
Hamon (Groupe à 5 ans Chromatine et Infection - Chromatin and Infection)
Ces Travaux Pratiques seront centrés sur l’étude de la bactérie pathogène Listeria monocytogenes. Cette bactérie, de part ses
capacités d’invasion, de survie et de multiplication à l’intérieur des cellules de l’hôte, est un organisme pathogène modèle et un outil
exceptionnel pour la microbiologie cellulaire. Au cours de ces Travaux Pratiques, des approches classiques de microbiologie, ainsi
que des techniques de pointe comme la spectrométrie de masse ou l’ingénierie des génomes par CRISPR seront utilisées pour
décrypter les mécanismes utilisés par Listeria pour manipuler les cellules infectées.
Des techniques expérimentales variées seront abordées: biologie moléculaire (clonage, qRT-PCR, immunoprécipitation, western
blot), biologie cellulaire (culture cellulaire, transfection, siRNA), réalisation de mutants de Listeria, purification de toxines
bactériennes, infection de cellules eucaryotes par Listeria, spectrométrie de masse, ingénierie des génomes eucaryotes (CRISPR),
imagerie et analyse d’images (microscopie à fluorescence, microscopie électronique).
*Légende figure couverture : Observation en microscopie à fluorescence d’une cellule infectée par Listeria. Les bactéries (en rouge)
se multiplient dans la cellule infectée et se déplacent en utilisant un constituant de cette cellule nommé actine (en vert). Le noyau de
la cellule infectée est ici coloré en bleu.
(Crédits : Edith Gouin & Pascale Cossart, Institut Pasteur)

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COURS DE MICROBIOLOGIE 2016-2017
PROGRAMME DES CONFERENCES
- 1ère Semaine -
Jeudi 01 Septembre 2016
9:30 - 10:45 Accueil des Participants - Formalités administratives Secrétariat de la Scolarité
Introduction Françoise NOREL-BOZOUKLIAN
Christophe BELOIN
Ingrid GUILVOUT
Hervé WAXIN
Isabelle LEQUEUTRE
(INSTITUT PASTEUR – 75 PARIS)
11:00 - 12:30 (1 h 30) African trypanosomes: A thousand tricks to escape Philippe BASTIN
the host immune response (INSTITUT PASTEUR – 75 PARIS)
14:00 - 15:30 (1 h 30) Host-pathogen interactions in the context of blood vessels Guillaume DUMENIL
(INSTITUT PASTEUR – 75 PARIS)
15:45 - 17:15 (1 h 30) The peptidoglycan as a signaling molecule in the host during Ivo BONECA
homeostasis, disease, and dysbiosis (INSTITUT PASTEUR – 75 PARIS)
Vendredi 02 Septembre 2016
9:00 - 10:30 (1 h 30) Recherche partenariale et transfert de technologies Karine MIGNON
Propriété intellectuelle Corinne SARRAZIN
Cas d’étude: Société Eligo Bioscience Xavier DUPORTET et David BIKARD
(INSTITUT PASTEUR – 75 PARIS)
10:45 - 12:15 (1 h 30) How a pathogen infects both host and vector and produces a Florent SEBBANE
transmissible infection: the example of Yersinia pestis (INSTITUT PASTEUR LILLE – 59 LILLE)
14:00 - 15:30 (1 h 30) The many roles of horizontal gene transfer in microbial evolution Eduardo ROCHA
(INSTITUT PASTEUR – 75 PARIS)
15:45 - 17:15 (1 h 30) RNA turnover and post-transcriptional regulation in Ciaran CONDON
Gram-positive bacteria (IBPC – 75 PARIS)