THÈSE pour le DIPLÔME D`ÉTAT DE DOCTEUR EN PHARMACIE

UNIVERSITÉ DE NANTES
FACULTÉ DE PHARMACIE
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ANNÉE 2013 N° 047
THÈSE
pour le
DIPLÔME D’ÉTAT
DE DOCTEUR EN PHARMACIE
par
Philippine Bodineau
Présentée et soutenue publiquement le 1 février 2013
Président :
Membres du jury :
Le rôle des oiseaux dans l'émergence du West Nile virus
Mme Berthe-Marie IMBERT, Professeur de virologie
Mme Virginie FERRE, Professeur de virologie
M. Fabrice PAGNIEZ, Enseignant-chercheur de parasitologie

SOMMAIRE
LISTE DES ABREVIATIONS....................................................................................1
LISTE DES TABLEAUX...........................................................................................2
LISTE DES FIGURES................................................................................................3
INTRODUCTION.......................................................................................................6
I) GENERALITES SUR LE WEST NILE VIRUS.....................................................7
A) Histoire du virus ................................................................................................7
B) Présentation du virus..........................................................................................7
1- Classification du virus................................................................................................7
2- Structure du virus.......................................................................................................8
3- Etude phylogénétique du virus.................................................................................10
C) Pathologie chez l'homme..................................................................................11
1- Physiopathologie......................................................................................................11
2- Clinique....................................................................................................................11
3- Facteurs de risque.....................................................................................................12
4- Diagnostic ................................................................................................................13
5- Traitement.................................................................................................................14
6- Prophylaxie...............................................................................................................15
a- Vaccin ..................................................................................................................15
b- Lutte vectorielle...................................................................................................15
D) Cycle de la maladie..........................................................................................16
1- Transmission vectorielle virémique .........................................................................16
a- Généralités...........................................................................................................16
b- Vecteur.................................................................................................................17
c- Hôte......................................................................................................................19
2- Transmission vectorielle non virémique ..................................................................20
3- Transmission non vectorielle ...................................................................................20
4- Transmission humaine .............................................................................................21
5- Conclusion................................................................................................................21
E) Pathologie chez les oiseaux .............................................................................22
1- Physiopathologie......................................................................................................22
2- Clinique....................................................................................................................23
3- Espèces sensibles......................................................................................................23
4- Facteurs de risque.....................................................................................................24
5- Facteurs de protection...............................................................................................25

6- Diagnostic ...............................................................................................................25
a- Ante-mortem........................................................................................................25
b- Post-mortem.........................................................................................................26
7- Traitement.................................................................................................................26
F) Pathologie chez le cheval..................................................................................27
1- Physiopathologie......................................................................................................27
2- Clinique....................................................................................................................27
3- Diagnostic ................................................................................................................28
4- Traitement ................................................................................................................28
II) SITUATION DE LA PANDEMIE AU COURS DE CES 20 DERNIERES
ANNEES...................................................................................................................29
A) Description des différentes zones.....................................................................29
1- Zones endémiques/enzootiques ..............................................................................29
2- Zones épidémiques/épizootiques..............................................................................30
B) Notion d'émergence et de ré-émergence du virus West Nile.............................31
III) EMERGENCE DU WEST NILE VIRUS DANS LE NOUVEAU MONDE ET
ROLE DES OISEAUX.............................................................................................32
A) Evolution de la situation au cours de ces 20 dernières années.........................32
B) Lien entre les différents acteurs du cycle du virus............................................37
1- Cas humains..............................................................................................................37
2- Cas équins.................................................................................................................38
3- Cas aviaires...............................................................................................................39
4- Moustiques positifs...................................................................................................40
5- Conclusion................................................................................................................41
C) Rôle des oiseaux dans l'émergence aux USA...................................................42
1- Rôle dans l'introduction du virus .............................................................................42
2- Rôle dans l'amplification du virus............................................................................44
3- Rôle dans la dissémination du virus ........................................................................47
a- Préalable sur la migration ...................................................................................47
b- Rôle dans la dissémination du virus....................................................................55
IV) EMERGENCE DU WEST NILE VIRUS DANS L'ANCIEN MONDE ET ROLE
DES OISEAUX.........................................................................................................57
A) Evolution de la situation au cours de ces 20 dernières années.........................57
1- Situation dans l'ancien monde .................................................................................57
a- Situation dans l'ancien monde de 1994 à 2009 ...................................................57
b- Situation dans l'ancien monde lors de ces trois dernières années........................60
2- Exemple de la France...............................................................................................64
B) Lien entre les différents acteurs du cycle du virus............................................65
1- En Europe ................................................................................................................65
2- Exemple de la France...............................................................................................66

C) Rôle des oiseaux dans la ré-émergence dans l'ancien monde, exemple de la
France...................................................................................................................70
1- Rôle dans l'introduction du virus..............................................................................70
a- Schéma d'introduction..........................................................................................70
i- Migration depuis l'Afrique...............................................................................70
ii- Migration depuis l'Europe de l'est...................................................................73
b- Identification des espèces potentiellement impliquées dans l'introduction en
Camargue.................................................................................................................75
2- Rôle dans l'amplification du virus............................................................................78
a- Schéma d'amplification........................................................................................78
b- Identification des espèces potentiellement impliquées dans l'amplification en
Camargue.................................................................................................................78
3- Rôle dans la dissémination du virus.........................................................................80
a- Schéma de dissémination.....................................................................................80
b- Identification des espèces potentiellement impliquées dans la dissémination en
Camargue.................................................................................................................80
V) BILAN ENTRE LES DONNES AMERICAINES ET EUROPEENNES
(EXEMPLE DE LA FRANCE) ................................................................................82
A) Comparaison du modèle de transmission américain et européen (exemple de la
France)..................................................................................................................82
1- L'introduction du West Nile virus.............................................................................82
2- L'amplification du West Nile virus...........................................................................83
3- La dissémination du West Nile virus........................................................................86
4- Conclusion................................................................................................................86
B) Comparaison des données épidémiologiques aux Etats Unis et en Europe......86
C) Evolution dans les années à venir.....................................................................87
CONCLUSION.........................................................................................................89
BIBLIOGRAPHIE (OUVRAGES ET REVUES).....................................................90
BIBLIOGRAPHIE (SITES INTERNET)..................................................................93

LISTE DES ABREVIATIONS
ADN: Acide désoxyribonucléique
ARN: Acide ribonucléique
CDC: Centers for disease control and prevention
ELISA: Enzyme linked immunosorbent assay
IFA: Immunofluorescence assay
IgG: Immunoglobuline G
IgM: Immunoglobuline M
IHA: Ihnibition de l'hémmagglutination
MAC-ELISA: IgM antibody capture enzyme linked immunosorbent assay
PCR: Polymerase chain reaction
RT-PCR: Reverse transcriptase-polymerase chain reaction
SNC: Système nerveux central
TNF-alpha: Tumor necrosis factor-alpha
USA: United States of America
WNV: West Nile virus
ZICO: Zones d'importance pour la conservation des oiseaux
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