etude du risque lie au polymorphisme c677t de la methylene

REPUBLIQUE ALGERIENNE DEMOCRATIQUE ET POPULAIRE
MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE
UNIVERSITE D’ORAN
Faculté de Médecine
Département de Médecine
THESE DE DOCTORAT EN SCIENCES MEDICALES
Dr. Benchikh Nasr-eddine Maître - assistant en biochimie
Composition du jury
Pr Griène Lakhdar Président du jury Faculté de médecine d’Alger
Pr Bousahba Abdelkader membre Faculté de médecine d’Oran
Pr Larbaoui Blaha membre Faculté de médecine de Sidi Bel Abbès
Pr Harizi Mohamed membre Faculté de médecine de Sidi Bel Abbès
Directeur de thèse
Pr BOUALGA Omar, Faculté de médecine d’Oran
Co-directeur de thèse
Pr Meflah Khaled, Centre anti-cancer François Baclesse Caen-France
ETUDE DU RISQUE LIE AU POLYMORPHISME C677T DE LA
METHYLENE TETRAHYDROFOLATE REDUCTASE AU COURS DU
CANCER COLORECTAL DANS LA POPULATION ALGERIENNE

Remerciements et dédicaces
À la mémoire de ma mère
À toute ma famille, proche et lointaine, et surtout mon père qui m’a permis avec ma
défunte mère d’être arrivé jusque là, j’espère qu'il trouvera dans ce travail toute ma
reconnaissance et tout mon amour.
À mes enfants : Yacine, Ikaram, F. Z. Intissar, Nesma et Ilyes.
Je tiens à remercier le professeur Omar Boualga, mon directeur de thèse, pour l'aide et
le temps qu'il m’a consacré. Je vous serai toujours reconnaissant de m’avoir accordé
autant de confiance pour mener ce projet à bien.
Je remercie également, le professeur Meflah, directeur général du centre anti-cancer
François Baclesse à Caen, qui m’a accueilli dans son équipe et qui m’a été très utile
par sa grande disponibilité, par son soutien et par nos discussions enrichissantes et
stimulantes.
Je tiens à remercier Le Professeur Griène, chef de service de biochimie hormonale du
centre Pierre et Marie-Curie d’Alger d’avoir accepté de présider ce jury, et de sa
participation active à l’essor de la biochimie à Oran.
J’adresse également tous mes remerciements aux membres de jury :
Le professeur Bousahba, chef de service d’oncologie médicale adulte du centre anti-
cancer Emir Abdelkader d’Oran
Le professeur Larbaoui, chef de service d’oncologie médicale au CHU de SBA;
Le professeur Harizi, chef de service de biochimie au CHU de SBA.
Je remercie également le professeur Beziau, chef de service de génétique moléculaire
au CHU de Nantes, qui ma permis de développer les techniques de génotypage.
Je tiens à remercier le professeur Terki pour ses orientations et ses conseils qui m’ont
été d’une grande aide.
Je remercie mes amis et collègues du service de biochimie de l’EHU d’Oran.
Je remercie du fond de mon cœur, toutes les personnes qui ont participé de près ou de
loin à ce projet.
Enfin, ce travail n’aurait pas pu avoir lieu sans l’aide, l’amour et la compréhension de
mon épouse.

Table des matières
Introduction générale 1
Rappel Epidémiologique 7
1. Variations des taux d’incidence et de mortalité du cancer colorectal 9
1.1. Variations dans le monde 9
2. Variations en Algérie 10
3. Variations selon l’âge et le sexe 12
4. Variations topographiques du cancer colorectal 12
5. Variations des types histologiques 13
6. Détermination des groupes à risque 13
6.1. les sujets à risque moyen 13
6.2. Les sujets à risque élevé 13
6.3. Sujets à risque très élevé 14
Rappel de la littérature 15
1. Bases moléculaires de la cancérogénèse colorectale 17
1.1. Introduction 17
1.2. Mécanismes de la progression tumorale dans le cancer colorectal 17
1.2.1. L’instabilité chromosomique 18
1.2.2. L’instabilité des microsatellites 19
1.2.3. Modifications épigénétiques 22
1.3. Différentes voies de signalisation impliquées dans le cancer colorectal 25
1.3.1. Voie TGFβ/SMAD 25
1.3.2. Voie WNT (APC/β-caténine) 26
1.3.3. Voie RAS/MAPK 29
1.3.4. Voie PI3K/Akt 32
1.3.5. Gène suppresseur de tumeurs TP53 33
2. Formes héréditaires de cancers colorectaux 34
2.1. Polypose adénomateuse familiale 34
2.2. Cancer colorectal héréditaire sans polypose 34
2.3. Polypose associée à MUTYH 34
2.4. Polypose juvénile familiale 35
3. Cancer colorectal sporadique 36
3.1. Gènes de susceptibilité du cancer colorectal sporadique 37
3.2. Facteurs de risque environnementaux et comportementaux 38
3.2.1. Facteurs augmentant le risque de CCR 38
3.2.1.1. Apport calorique 38
3.2.1.2. Obésité et surpoids 39
3.2.1.3. Alcool et tabac 40
3.2.1.4. Lipides 40
3.2.1.5. Viandes 41
3.2.2. Facteurs diminuant le risque de CCR 42
3.2.2.1. Activité physique 42
3.2.2.2. Rôle du lait, de la vitamine D et du calcium 43
3.2.2.3. Influence des légumes et fruits 43

3.2.2.4. Influence des folates 45
3.2.3. Interactions gène-environnement 47
4. Les folates 48
4.1. Structure et définition 48
4.2. Biodisponibilité des folates 50
4.2.1. Sources alimentaires 50
4.2.2. Absorption intestinale 50
4.2.3. Folates sanguins 51
4.2.3.1. Transport et distribution tissulaire 51
4.2.3.2. Catabolisme et excrétion 52
4.3. Fonctions biologiques des folates 52
4.3.1. Biosynthèse des purines 53
4.3.2. Biosynthèse de thymidylates 54
4.3.3. Synthèse de S-adénosyl méthionine 55
4.3.4. Interconversion serine – glycine 56
4.3.5. Catabolisme de l’histidine 57
4.4. Les enzymes du métabolisme des folates 58
5. Méthylène tétrahydrofolate réductase 59
5.1. Protéine MTHFR 59
5.2. ADNc et structure génomique de MTHFR 60
5.3. Cartographie 60
5.4. Polymorphismes du gène MTHFR 61
5.4.1. Le polymorphisme C677T de MTHFR 62
5.4.2. Le polymorphisme A1298C de MTHFR 63
5.5. Conséquences d’un déficit de l’activité de MTHFR 63
5.5.1. Effet du polymorphisme C677T de MTHFR sur le statut des folates 63
5.5.1.1. Effet du polymorphisme C677T de MTHFR sur la
concentration des folates érythrocytaire 63
5.5.1.2. Effet du polymorphisme C677T de MTHFR sur la
concentration des folates dans le plasma ou le sérum 65
5.5.2. Répercussions cliniques du polymorphisme C677T de MTHFR 67
5.5.2.1. Problèmes vasculaires 68
5.5.2.2. Défauts de fermeture du tube neural 68
5.5.2.3. Complications de la grossesse 68
5.5.2.4. Troubles neuropsychiatriques 69
5.5.2.5. Cancers 69
6. Polymorphisme C677T de MTHFR et cancer colorectal 70
Conclusion 76
Présentation de l’étude 77
Matériel et méthodes 81
1. Type d’étude 83
2. Durée et lieu de l’étude 83
3. Population étudiée 83
3.1. Les cas 83
3.1.1. Nombre de cas nécessaires 83
3.1.2. Critères d’inclusion 84

3.1.3. Critères de non inclusion 84
3.2. Les témoins 84
3.2.1. Nombre de témoins 85
3.2.2. Critères d’inclusion 85
3.2.3. Critères de non inclusion 85
4. Techniques et prélèvements 85
4.1. Cas 85
4.2. Témoins 86
5. Le recueil des données 86
6. Enregistrement 87
7. Méthodes d’étude du polymorphisme C677T de MTHFR 87
7.1. Extraction d’ADN 87
7.2. Détermination de la pureté de l’ADN 87
7.3. Détermination de la concentration d’ADN 88
7.4. Conservation de l’ADN extrait 88
7.5. Recherche du polymorphisme C677T du gène de MTHFR 88
7.5.1. Principe de la PCR 88
7.5.2. Principe de l’ARMS-PCR 88
7.5.3. Construction des amorces 89
7.5.3.1. Séquence de l’exon 5 du gène MTHFR 89
7.5.3.2. Séquence des amorces 89
7.5.4. Optimisation de la réaction de PCR 90
7.5.5. Préparation du mélange réactionnel ou mix-PCR 90
7.5.6. Programme du thermocycleur 92
7.5.7. Analyse des produits de PCR 92
8. Méthodes d’étude du statut des folates 94
8.1. Préparation de l’échantillon 94
8.2. Résultats 94
8.3. Valeurs de références 95
9. Analyse de données 95
9.1. Enregistrement 95
9.2. Traitement des données 95
9.3. Les tests statistiques 95
10. Biais 96
10.1. Biais de sélection 96
10.1.1. Recrutement hospitalier 96
10.2. Biais de confusion 96
Résultats 97
1. Variables étudiées 99
2. Données épidémiologiques 99
2.1. Répartition selon le sexe 100
2.2. Répartition selon l’âge 101
3. Caractéristiques de la tumeur de diagnostic 104
3.1. Localisation de la tumeur 104
3.2. Répartition des tumeurs colorectales selon le type histologique 105
3.3. Degré de différenciation de l’adénocarcinome 106