Offre de stage M2 biostatistique Développement d`un modèle

Offre de stage M2 biostatistique
Développement d’un modèle linéaire mixte à classes latentes conjoint pour étudier les trajectoires
d’exposition professionnelle à l’amiante et le risque de survenue du cancer de la plèvre (mésothéliome
pleural).
Encadrant principal : Emilie LEVEQUE (Ingénieure biostatisticienne)
Co-encadrant : Karen LEFFONDRE (Maître de conférences en biostatistique)
Durée et période du stage : 6 mois. Le début du stage pourra s’effectuer entre janvier et avril 2015.
Dans les études épidémiologiques sur le cancer, nous disposons d’informations sur les expositions
des sujets à différents agents cancérogènes au cours de leur vie. Par exemple, afin d’étudier
l’association entre l’exposition professionnelle à l’amiante et le risque de développer un cancer de la
plèvre (mésothéliome pleural, MP), nous disposons de données cas-témoins françaises comportant
de l’information détaillée sur toute l’histoire de l’exposition professionnelle à l’amiante des cas (sujets
ayant développé un MP) et des témoins (sujets n’ayant pas développé de MP). L’association entre
l’exposition professionnelle à l’amiante et le risque de MP est bien connue, mais il reste beaucoup
d’interrogations sur les profils de trajectoires d’exposition les plus à risque de cancer. Il est donc
important de pouvoir identifier les différents profils de trajectoires de l’exposition et d’étudier leur
association avec le risque de survenue du cancer. Le modèle linéaires mixte à classes latentes
conjoint pourrait ainsi être utilisé afin d’identifier les sous-populations de trajectoires différentes et de
déterminer si ces profils ont des risques de cancer différents. Cependant, à notre connaissance, ce
type de modèle n’a encore jamais été utilisé dans ce contexte.
Les objectifs du stage seront de :
- Réaliser une revue de la littérature sur les modèles conjoints à classes latentes et leur utilisation
dans le contexte de l’épidémiologie du cancer ;
- Développer un programme sous R permettant d’estimer un modèle linéaire mixte à classes
latentes conjoint avec un modèle logistique ;
- Appliquer ce modèle aux données cas-témoins françaises sur le MP afin d’identifier les profils
de trajectoires d’exposition à l’amiante et comparer le risque de survenue du MP de ces
différents profils de trajectoires.
Compétences requises :
- Connaissances solides en biostatistique (connaissance du modèle de régression linéaire mixte
classique, et du modèle de régression logistique)
- Bonne base en programmation (des notions en algorithmique, connaissance d’un ou plusieurs
langages de programmation comme le C, Fortran,…).
- Maitrise du logiciel R.
Structure d’accueil:
Centre de Recherche INSERM U897 – Epidémiologie-Biostatistique
Equipe Biostatistique
Université de Bordeaux, ISPED
146, rue Léo-Saignat
33076 Bordeaux Cedex
http://biostat.isped.u-bordeaux2.fr
Gratification de stage: selon les grilles prévues par l'Inserm
Contact : adresser un CV et une lettre de motivation à em[email protected]-bordeaux2.fr
Références :
Cécile Proust-Lima, Luc Letenneur, Hélène Jacqumin-Gadda. A non linear latent class model for joint analysis of multivariate
longitudinal data and a binary outcome. Statist. Med. 2007; 26:2229:2245.
Haiqun Lin, Charles E. McCulloch, Bruce W. Turnbull, Elizabeth H.Slate and Larry C. Clark. A latent class mixed model for
analyzing biomarker trajectories with irregularly scheduled observations. Statist.Med. 2000; 19:1303:1318.
Hein Putter, Tineke Vos, Hanneke de Haes and Hans van Houwelingen. Joint analysis of multiple longitudinal outcomes:
Applications of a latent class model. Statist. Med. 2008; 27: 6228-6249.
Aude Lacourt, Karen Leffondré, Céline Gramond, Stéphane Ducamp, Patrick Rolland et al. Temporal patterns of occupational
asbestos exposure and risk of pleural mesothelioma. Eur Respir J 2012 ;39(6):1304-12.