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ÉCOLE NATIONALE VÉTÉRINAIRE D’ALFORT
Année 2013
LE SÉQUENÇAGE HAUT DÉBIT :
PRINCIPE ET APPLICATIONS EN VIROLOGIE
THÈSE
Pour le
DOCTORAT VÉTÉRINAIRE
Présentée et soutenue publiquement devant
LA FACULTÉ DE MÉDECINE DE CRÉTEIL
le……………
par
Anne-Sophie RAOUS
Née le 21 Décembre 1987 Marseille (Bouches-du-Rhône)
JURY
Président : Pr.
Professeur à la Faculté de Médecine de CRÉTEIL
Membres
Directeur : Dr Sophie LE PODER
Maître de conférences à l’École Nationale Vétérinaire d’Alfort
Assesseur : Pr Nadia HADDAD- HOANG XUAN
Professeur à l’École Nationale Vétérinaire d’Alfort

LISTE DES MEMBRES DU CORPS ENSEIGNANT
Directeur : M. le Professeur GOGNY Marc
Directeurs honoraires : MM. les Professeurs : COTARD Jean-Pierre, MORAILLON Robert, PARODI André-Laurent, PILET Charles, TOMA Bernard
Professeurs honoraires : Mme et MM. : BENET Jean-Jacques, BRUGERE Henri, BRUGERE-PICOUX Jeanne, BUSSIERAS Jean, CERF Olivier, CLERC
Bernard,
CRESPEAU François, DEPUTTE Bertrand, MOUTHON Gilbert, MILHAUD Guy, POUCHELON Jean-Louis, ROZIER Jacques
DEPARTEMENT D’ELEVAGE ET DE PATHOLOGIE DES EQUIDES ET DES CARNIVORES (DEPEC)
Chef du département : M. POLACK Bruno, Maître de conférences - Adjoint : M. BLOT Stéphane, Professeur
UNITE DE CARDIOLOGIE
- Mme CHETBOUL Valérie, Professeur *
- Mme GKOUNI Vassiliki, Praticien hospitalier
UNITE DE CLINIQUE EQUINE
- M. AUDIGIE Fabrice, Professeur
- M. DENOIX Jean-Marie, Professeur
- Mme DUMAS Isabelle, Maître de conférences contractuel
- Mme GIRAUDET Aude, Praticien hospitalier *
- M. LECHARTIER Antoine, Maître de conférences contractuel
- Mme MESPOULHES-RIVIERE Céline, Praticien hospitalier
- Mme TRACHSEL Dagmar, Maître de conférences contractuel
UNITE D’IMAGERIE MEDICALE
- Mme BEDU-LEPERLIER Anne-Sophie, Maître de conférences contractuel
- Mme STAMBOULI Fouzia, Praticien hospitalier
UNITE DE MEDECINE
- Mme BENCHEKROUN Ghita, Maître de conférences contractuel
- M. BLOT Stéphane, Professeur*
- Mme MAUREY-GUENEC Christelle, Maître de conférences
UNITE DE MEDECINE DE L’ELEVAGE ET DU SPORT
- Mme CLERO Delphine, Maître de conférences contractuel
- M. GRANDJEAN Dominique, Professeur *
- Mme YAGUIYAN-COLLIARD Laurence, Maître de conférences contractuel
DISCIPLINE : NUTRITION-ALIMENTATION
- M. PARAGON Bernard, Professeur
DISCIPLINE : OPHTALMOLOGIE
- Mme CHAHORY Sabine, Maître de conférences
UNITE DE PARASITOLOGIE ET MALADIES PARASITAIRES
- M. BENSIGNOR Emmanuel, Professeur contractuel
- M. BLAGA Radu Gheorghe, Maître de conférences (rattaché au DPASP)
- M. CHERMETTE René, Professeur *
- M. GUILLOT Jacques, Professeur
- Mme MARIGNAC Geneviève, Maître de conférences
- M. POLACK Bruno, Maître de conférences
UNITE DE PATHOLOGIE CHIRURGICALE
- M. FAYOLLE Pascal, Professeur
- M. MAILHAC Jean-Marie, Maître de conférences
- M. MOISSONNIER Pierre, Professeur*
- M. NIEBAUER Gert, Professeur contractuel
- Mme RAVARY-PLUMIOEN Bérangère, Maître de conférences (rattachée au
DPASP)
- Mme VIATEAU-DUVAL Véronique, Professeur
- M. ZILBERSTEIN Luca, Maître de conférences
DISCIPLINE : URGENCE SOINS INTENSIFS
- Vacant
DEPARTEMENT DES PRODUCTIONS ANIMALES ET DE LA SANTE PUBLIQUE (DPASP)
Chef du département : M. MILLEMANN Yves, Professeur - Adjoint : Mme DUFOUR Barbara, Professeur
UNITE D’HYGIENE ET INDUSTRIE DES ALIMENTS D’ORIGINE ANIMALE
- M. AUGUSTIN Jean-Christophe, Maître de conférences
- M. BOLNOT François, Maître de conférences *
- M. CARLIER Vincent, Professeur
- Mme COLMIN Catherine, Maître de conférences
UNITE DES MALADIES CONTAGIEUSES
- Mme DUFOUR Barbara, Professeur*
- Mme HADDAD/HOANG-XUAN Nadia, Professeur
- Mme PRAUD Anne, Maître de conférences
- Mme RIVIERE Julie, Maître de conférences contractuel
UNITE DE PATHOLOGIE MEDICALE DU BETAIL ET DES ANIMAUX DE
BASSE-COUR
- M. ADJOU Karim, Maître de conférences *
- M. BELBIS Guillaume, Assistant d’enseignement et de recherche contractuel
- M. HESKIA Bernard, Professeur contractuel
- M. MILLEMANN Yves, Professeur
UNITE DE REPRODUCTION ANIMALE
- Mme CONSTANT Fabienne, Maître de conférences
- M. DESBOIS Christophe, Maître de conférences (rattaché au DEPEC)
- M. FONTBONNE Alain, Maître de conférences (rattaché au DEPEC)
- Mme MASSE-MOREL Gaëlle, Maître de conférences contractuel
- M. MAUFFRE Vincent, Assistant d’enseignement et de recherche contractuel
- M. NUDELMANN Nicolas, Maître de conférences (rattaché au DEPEC)
- M. REMY Dominique, Maître de conférences*
UNITE DE ZOOTECHNIE, ECONOMIE RURALE
- M. ARNE Pascal, Maître de conférences*
- M. BOSSE Philippe, Professeur
- M. COURREAU Jean-François, Professeur
- Mme GRIMARD-BALLIF Bénédicte, Professeur
- Mme LEROY-BARASSIN Isabelle, Maître de conférences
- M. PONTER Andrew, Professeur
DEPARTEMENT DES SCIENCES BIOLOGIQUES ET PHARMACEUTIQUES (DSBP)
Chef du département : Mme COMBRISSON Hélène, Professeur - Adjoint : Mme LE PODER Sophie, Maître de conférences
UNITE D’ANATOMIE DES ANIMAUX DOMESTIQUES
- M. CHATEAU Henry, Maître de conférences*
- Mme CREVIER-DENOIX Nathalie, Professeur
- M. DEGUEURCE Christophe, Professeur
- Mme ROBERT Céline, Maître de conférences
DISCIPLINE : ANGLAIS
- Mme CONAN Muriel, Professeur certifié
UNITE DE BIOCHIMIE
- M. BELLIER Sylvain, Maître de conférences*
- M. MICHAUX Jean-Michel, Maître de conférences
DISCIPLINE : BIOSTATISTIQUES
- M. DESQUILBET Loïc, Maître de conférences
DISCIPLINE : EDUCATION PHYSIQUE ET SPORTIVE
- M. PHILIPS Pascal, Professeur certifié
DISCIPLINE : ETHOLOGIE
- Mme GILBERT Caroline, Maître de conférences
UNITE DE GENETIQUE MEDICALE ET MOLECULAIRE
- Mme ABITBOL Marie, Maître de conférences
- M. PANTHIER Jean-Jacques, Professeur*
UNITE D’HISTOLOGIE, ANATOMIE PATHOLOGIQUE
- Mme CORDONNIER-LEFORT Nathalie, Maître de conférences*
- M. FONTAINE Jean-Jacques, Professeur
- Mme LALOY Eve, Maître de conférences contractuel
- M. REYES GOMEZ Edouard, Assistant d’enseignement et de recherche contractuel
UNITE DE PATHOLOGIE GENERALE MICROBIOLOGIE,
IMMUNOLOGIE
- M. BOULOUIS Henri-Jean, Professeur
- Mme LE ROUX Delphine, Maître de conférences
- Mme QUINTIN-COLONNA Françoise, Professeur*
UNITE DE PHARMACIE ET TOXICOLOGIE
- Mme ENRIQUEZ Brigitte, Professeur
- M. PERROT Sébastien, Maître de conférences
- M. TISSIER Renaud, Maître de conférences*
UNITE DE PHYSIOLOGIE ET THERAPEUTIQUE
- Mme COMBRISSON Hélène, Professeur
- Mme PILOT-STORCK Fanny, Maître de conférences
- M. TIRET Laurent, Maître de conférences*
UNITE DE VIROLOGIE
- M. ELOIT Marc, Professeur
- Mme LE PODER Sophie, Maître de conférences *
* responsable d’unité

REMERCIEMENTS
Au Professeur de la faculté de Médecine de Créteil
Qui m’a fait l’honneur d’accepter la présidence de ce jury de thèse
Remerciements respectueux
A Mme Sophie LE PODER
Maître de conférences à l’Ecole Vétérinaire d’Alfort
Qui a accepté de diriger cette thèse,
Pour son aide et sa disponibilité,
Sincères remerciements
A Mme Nadia HADDAD- HOANG XUAN
Professeur à l’Ecole Nationale Vétérinaire d’Alfort
Qui a accepté d’être l’assesseur de cette thèse,
Pour ses conseils, et l’intérêt qu’elle a porté à mon travail,
Sincères remerciements