Étude de la propriété ligninolytique des bactéries au sein de

Étude de la propriété ligninolytique des bactéries au sein de digesteur anaérobie par
quantification de gènes codant pour des oxydases
Sujet :
La méthanisation à la ferme est une filière de valorisation des déchets qui est
actuellement en plein essor, portée par la demande grandissante d’énergie renouvelable. Elle
consiste à transformer dans un réacteur anaérobie les déchets organiques des fermes et
éventuellement des collectivités locales et des industries agro-alimentaires en un biogaz
destiné à produire de l’énergie électrique et thermique.
Bien qu’ils soient produits en grande quantité et qu’ils aient une forte potentialité de
production de méthane, les résidus de culture sont difficilement biodégradables en raison de
leur composition lignocellulosique. Il est cependant possible d'améliorer leur biodégradabilité
par une approche biologique en utilisant la capacité ligninolytique des micro-organismes.
Cette capacité est souvent marquée par la production des oxydases extracellulaires (laccase,
manganèse peroxydase, lignine peroxydase, etc.). Bien que ces enzymes soient généralement
détectées sous condition aérobie, les études récentes montrent qu’elles sont aussi produites
sous condition anaérobie par les bactéries ligninolytiques, ce qui ouvre une nouvelle
possibilité pour la valorisation les déchets lignocellulosiques.
Le stage proposé a pour objectif de prospecter les gènes codant pour les oxydases clés
qui pourraient participer à la dégradation extracellulaire de lignine dans différentes matrices
comprenant notamment des digestats. Les méthodes de biologie moléculaire telle que la PCR
quantitative et le clonage seront utilisées pour quantifier cette fonction et l’isolement de gènes
éventuellement intéressants.
Profil : Etudiant en master 2, maîtrisant les techniques de microbiologie culturale et les
techniques de bases en biologie moléculaire (extraction d’ADN, qPCR…).
Période : 6 mois à partir de mars 2015.
Encadrement et contacts : JiangHao Tian (jian[email protected]), Anne-Marie Pourcher
([email protected]), Pascal Peu ([email protected])
Lieu : IRSTEA centre de Rennes, 17 avenues de Cucillé, 35004 Rennes
Rémunération : 430€ par mois