Master Ecosciences, Microbiologie PROPOSITION SUJET

Master Ecosciences, Microbiologie Parcours Recherche « Ecologie Microbienne » Bâtiment Dubois – 2ème étage Université Claude Bernard Lyon 1 69622 – VILLEURBANNE CEDEX Tel : 04 72 43 13 77 E‐mail : master2.ecomi@univ‐lyon1.fr http://spiral.univ‐lyon1.fr/Files_m/M5298/WEB/EcologieMicrobienne.htm PROPOSITION SUJET de MASTER 2014‐2015 TITRE : Variabilité génétique virale : évolution depuis l’isolat clinique selon l’hôte. Nom, Prénom du Maitre de Stage : GERLIER Denis Qualité : DR1 CNRS Téléphone : 04 37 28 23 90 E‐mail : [email protected] Laboratoire d’accueil, Responsable et équipe : CIRI INSERM U1111‐CNRS UMR5308 UCBL ENS Lyon Immunobiologie des Infections Virales (B. Horvat) Adresse : 21 Avenue Tony Garnier 69007 Lyon Nom du candidat éventuellement proposé : S'il n'est pas retenu, acceptez‐vous un autre candidat ? Oui ‐ Non Description du sujet au verso  Sujet (objectif, démarche et technique, collaboration(s),...) : A l’exception des coronavirus, les virus à ARN sont dépourvus de mécanismes de réparation de leur génome. Leurs polymérases font des erreurs à des taux relativement élevés correspondant pour un génome de la taille du virus de la rougeole (16 kb) à une mutation par copie de génome ou d’antigénome. Paradoxalement, les séquences de génomes complets d’une espèce de virus à brin négatif d’ARN non segmenté (Mononegavirales) obtenus à partir d’isolats amplifiés en culture cellulaire sont relativement peu divergentes. Or, comme pour d’autres virus, l’histoire du virus de la rougeole, montre que le choix de la lignée cellulaire utilisée pour isoler et amplifier une souche n’est pas neutre. La souche ainsi dérivée in vitro acquiert souvent de nouvelles propriétés associées à des mutations fixées par l’hôte cellulaire. On peut se demander dans quelle mesure la souche correspond à une sélection d’une sous‐
population virale qui serait préexistante au sein de la population virale initiale. L’objectif du projet sera d’analyser par séquençage haut‐débit la diversité de population de virus de la rougeole existant naturellement dans des prélèvements cliniques et celle de virus amplifiés dans des lignées cellulaires ou des explant tissulaires dérivés de tissus qui sont l’hôte naturel de ce virus : cellules lymphoïdes, cellules épithéliales et cellules du système nerveux. En effet, le virus de la rougeole a un triple tropisme cellulaire. Lymphotrope, il induit une profonde immunodépression chez l’homme son hôte naturel. Epithéliotrope, il utilise les épithéliums de surface pour assurer sa propagation interhumaine avec une efficacité redoutable : la rougeole est l’une des maladies les plus contagieuses comme l’a encore récemment montré la résurgence d’une épidémie de plusieurs dizaines de milliers de cas en France entre 2009 et 2013. Neurotrope, il est responsable de pathologie aigues et chroniques redoutables conduisant au décès (PanEncéphalite Sclérosante Subaiguë). L’objectif est d’établir une cartographie des régions variables du génome viral et d’identifier des variants sélectionnés selon le tissu dans lequel le virus a été propagé. La démarche expérimentale comprendra la culture du virus dans différents hôtes cellulaires, la préparation des échantillons pour le séquençage profond (NGS), et l’analyse des séquences obtenues à la recherche de SNPs (single nucleotide polymorphism) et/ou d’INDEL (insertion‐deletion). Nous espérons ainsi comprendre le mécanisme évolutif du virus de la rougeole selon l’hôte qui l’héberge, en particulier en fonction de la pression de sélection exercée par la réponse immunitaire innée intrinsèque dont le médiateur est l’interféron de type 1. Ce projet fait partie d’un contrat ANR mené en collaboration avec deux équipes de l’Institut Pasteur (C Bouchier et H. Bourhy).