Master Ecosciences, Microbiologie PROPOSITION SUJET

MasterEcosciences,Microbiologie
ParcoursRecherche«EcologieMicrobienne»
BâtimentDubois–2èmeétage
UniversitéClaudeBernardLyon1
69622–VILLEURBANNECEDEX
Tel:0472431377
E‐mail:master2.ecomi@univ‐lyon1.fr
http://spiral.univ‐lyon1.fr/Files_m/M5298/WEB/EcologieMicrobienne.htm
PROPOSITIONSUJETdeMASTER2014‐2015
TITRE:Variabilitégénétiquevirale:évolutiondepuisl’isolatcliniqueselonl’hôte.
Nom,PrénomduMaitredeStage: GERLIERDenis
Qualité: DR1CNRS
Téléphone:0437282390   E‐mail: [email protected]
Laboratoired’accueil,Responsableetéquipe:CIRIINSERMU1111‐CNRSUMR5308UCBLENSLyon
ImmunobiologiedesInfectionsVirales(B.Horvat)
Adresse:21AvenueTonyGarnier69007Lyon
Nomducandidatéventuellementproposé:
S'iln'estpasretenu,acceptez‐vousunautrecandidat?   Oui‐Non
Descriptiondusujetauverso

Sujet(objectif,démarcheettechnique,collaboration(s),...):
Al’exceptiondescoronavirus,lesvirusàARNsontdépourvusdemécanismesderéparationdeleur
génome.Leurspolymérasesfontdeserreursàdestauxrelativementélevéscorrespondantpourun
génomedelatailleduvirusdelarougeole(16kb)àunemutationparcopiedegénomeou
d’antigénome.Paradoxalement,lesséquencesdegénomescompletsd’uneespècedevirusàbrinnégatif
d’ARNnonsegmenté(Mononegavirales)obtenusàpartird’isolatsamplifiésenculturecellulairesont
relativementpeudivergentes.Or,commepourd’autresvirus,l’histoireduvirusdelarougeole,montre
quelechoixdelalignéecellulaireutiliséepourisoleretamplifierunesouchen’estpasneutre.Lasouche
ainsidérivéeinvitroacquiertsouventdenouvellespropriétésassociéesàdesmutationsfixéesparl’hôte
cellulaire.Onpeutsedemanderdansquellemesurelasouchecorrespondàunesélectiond’unesous‐
populationviralequiseraitpréexistanteauseindelapopulationviraleinitiale.
L’objectifduprojetserad’analyserparséquençagehaut‐débitladiversitédepopulationdevirusdela
rougeoleexistantnaturellementdansdesprélèvementscliniquesetcelledevirusamplifiésdansdes
lignéescellulairesoudesexplanttissulairesdérivésdetissusquisontl’hôtenatureldecevirus:cellules
lymphoïdes,cellulesépithélialesetcellulesdusystèmenerveux.Eneffet,levirusdelarougeoleaun
tripletropismecellulaire.Lymphotrope,ilinduituneprofondeimmunodépressionchezl’hommeson
hôtenaturel.Epithéliotrope,ilutiliselesépithéliumsdesurfacepourassurersapropagation
interhumaineavecuneefficacitéredoutable:larougeoleestl’unedesmaladieslespluscontagieuses
commel’aencorerécemmentmontrélarésurgenced’uneépidémiedeplusieursdizainesdemilliersde
casenFranceentre2009et2013.Neurotrope,ilestresponsabledepathologieaiguesetchroniques
redoutablesconduisantaudécès(PanEncéphaliteSclérosanteSubaiguë).L’objectifestd’établirune
cartographiedesrégionsvariablesdugénomeviraletd’identifierdesvariantssélectionnésselonletissu
danslequellevirusaétépropagé.Ladémarcheexpérimentalecomprendralacultureduvirusdans
différentshôtescellulaires,lapréparationdeséchantillonspourleséquençageprofond(NGS),et
l’analysedesséquencesobtenuesàlarecherchedeSNPs(singlenucleotidepolymorphism)et/ou
d’INDEL(insertion‐deletion).
Nousespéronsainsicomprendrelemécanismeévolutifduvirusdelarougeoleselonl’hôtequil’héberge,
enparticulierenfonctiondelapressiondesélectionexercéeparlaréponseimmunitaireinnée
intrinsèquedontlemédiateurestl’interférondetype1.Ceprojetfaitpartied’uncontratANRmenéen
collaborationavecdeuxéquipesdel’InstitutPasteur(CBouchieretH.Bourhy).