biologie, épidémiologie, diagnostic, nuisibilité

Bactéries phytopathogènes :
biologie, épidémiologie, diagnostic,
nuisibilité
Symptômes causés par
Ralstonia solanacearum
dans une tige de tomate.
Cette bactérie infecte le
xylème et provoque le
flétrissement de ces tissus
vasculaires.
Source : Bactéries phytopathogènes dans le sol : une étude
complexe - D. Caffier, J-M Expert, 2001, Phytoma-Ldv, n°542, p. 15.
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Source : Jullien J. 2004 - Bactérioses des arbres et
arbustes – PHM-Revue horticole, n°459, p10-18.
Symptômes sous forme de taches foliaires d’aspect huileux
Bactériose à Pseudomonas syringae pv syringae sur Prunus laurocerasus - © J. Jullien
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Symptômes sous forme de taches foliaires nécrotiques
Taches bactériennes à Pseudomonas savastanoi pv nerii sur laurier-rose - © M. Couffin – Terrena GP
Symptômes sous forme de perforations ou criblures foliaires
Bactériose à Pseudomonas syringae pv syringae sur Magnolia sieboldii - © J. Jullien
Symptômes sous forme de brunissement systémique des feuilles
Feu bactérien (Erwinia amylovora) sur Cotoneaster salicifolius - © DGAL-SDQSPV
Symptômes sous forme d’un dépérissement des jeunes pousses
Feu bactérien (Erwinia amylovora) sur Crataegus monogyna - © J. Jullien
Symptômes sous forme de momification des fleurs et fruits
Feu bactérien des Rosacées sur aubépine - © J. Jullien
Feu bactérien (Erwinia amylovora) sur aubépine en période estivale - © J. Jullien
Symptômes sous forme de chancre de rameaux
Nécrose bactérienne de la vigne ou Maladie d’Oléron (Xylophilus ampelinus)
sur Ugni Blanc - © INRA
Symptômes sous forme de chancre de la tige
Bactériose à Pseudomonas savastanoi pv nerii sur laurier-rose – © J. Jullien - DGAL
Symptômes sous forme de chancre du tronc avec exsudat bactérien
Maladies bactériennes les plus importantes
de par leur incidence ou leur gravité en horticulture ornementale
sur les plantes en pot
Nom(s) scientifique(s)
Nom(s) vernaculaire(s)
Bactériose du géranium
Xanthomonas hortorum pv pelargonii
Bactériose du chrysanthème
Erwinia chrysanthemi pv chrysanthemi
Bactériose du bégonia
Xanthomonas axonopodis pv. begoniae
Bactériose du cyclamen
Pectobacterium carotovorum pv cyclaminis
Pourriture brune des Solanacées
Ralstonia solanacearum
Bactériose de la primevère
Pseudomonas primulae/P. cichori
Bactériose du poinsettia
Pectobacterium carotovorum/Erwinia chrysanthemi
Galle bactérienne du collet, crown-gall
Agrobacterium tumefaciens
Galle feuillée
Corynebacterium (= Rhodococcus) fascians
D’après Deogratias J.-M., Verdin E., juin 2004. Bactéries et virus, dossier technique
de l’Astredhor, journées techniques des 13 et 14 janvier 2004, Nantes, pp. 173-186.
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Symptômes sous forme de plages brunes foliaires
Bactériose sur bégonia x elatior (Xanthomonas axonopodis pv. begoniae) - © J. Jullien
Source : Bactéries phytopathogènes dans le sol : une étude complexe - D. Caffier, J18
M Expert, 2001, Phytoma-Ldv, n°542, p. 13.
Symptômes sous forme de galles racinaires
Galles bactériennes des racines et du collet ou Crown-gall (Agrobacterium tumefaciens ) - © USDA
Symptômes sous forme de galles sur les rameaux
Agrobacterium tumefaciens sur rameaux d’Euonymus japonica ‘Microphyllus’ - © J. Jullien
Symptômes foliaires sous forme de plages internervaires livides
Flétrissement bactérien sur tomate (Clavibacter michiganensis subsp michiganensis)
Symptômes sous forme de petites lésions chancreuses sur tige
Flétrissement bactérien sur tomate (Clavibacter michiganensis subsp michiganensis)
Symptômes de brunissement sec de la moelle en bordure des
vaisseaux conducteurs de sève
Flétrissement bactérien sur tomate (Clavibacter michiganensis subsp michiganensis)
Symptômes de taches ocellées « en œil d'oiseau ».
Ces petites lésions, au centre brun pâle, sont d'ordinaire entourées
d'une auréole blanche d'aspect huileux.
Flétrissement bactérien sur tomate (Clavibacter
michiganensis subsp michiganensis)
Symptômes sous forme de pourriture molle
Pourriture molle à bactéries pectinolytiques (Pectobacterium sp.) sur pomme de terre – © J. Jullien
Symptômes sous forme de pourriture molle
Pourriture molle à bactéries pectinolytiques (Pectobacterium sp.) sur pomme de terre – © J. Jullien
Nouvelle génération de produits phytosanitaires
SDN et antagonistes de pathogènes
IODUS 2, VACCIPLANT (laminarine): reconnue par la plante
comme un signal d’attaque, la laminarine déclenche les mécanismes de
défense naturelle (source : recherche collaborative Goëmar / CNRS ) .
Nouvelle génération de produits phytosanitaires
SDN et antagonistes de pathogènes
Nouvelle génération de produits phytosanitaires
INSSIMO, BION 50 WP
SDN et antagonistes de pathogènes
(acibenzolar-s-méthyl) de
Syngenta, copie, amplifie et améliore
ce que fait naturellement la plante. Il
stimule les défenses naturelles.
Produit foliaire systémique, le produit
induit une réaction de défense : analogue
de l'acide salicylique. Il démarre le
processus de défense, aide à l’uniformiser
sur l'ensemble des plantes et les protège
de l'intérieur (synthèses des protéines PR).
Préventif (application avant les périodes de risques), le produit a besoin
d'environ 4 à 5 jours pour activer les mécanismes de défense à l'intérieur de la
plante. Sans risque de résistance. Peut être utilisé plusieurs fois en période de
végétation. Sans classement toxicologique.
Nouvelle génération de produits phytosanitaires
SDN et antagonistes de pathogènes
Bacillus subtilis : bactérie
présente naturellement dans les
sols. Agit en occasionnant une
compétition spatiale, en sécrétant - Poudre mouillable. Traitement
des lipopeptides toxiques et en
préventif en conditions d’hygrométrie
stimulant les défenses naturelles élevée.
de la plante.
Sérénade max (B. subtilis souche QST 713 de Basf) est autorisé contre
certaines maladies bactériennes des plantes : bactérioses du noyer,
de la tomate, des cultures ornementales ; feu bactérien des fruits à
pépins (pommier, poirier, cognassier).
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structure
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05 Décembre 2012 : décision européenne (2012/756:UE) sécurisant
le matériel végétal Actinidia : pollen vivant et végétaux destinés à la
plantation : mise en place du passeport phytosanitaire ou PPE pour la
circulation intra européenne.
2012 : inscription de PSA sur la liste des organismes de quarantaine
(liste A2 )par l’OEPP
15 Décembre 2014 : parution de l’arrêté ministériel relatif au schéma
régional des dangers sanitaires, PSA classé en Annexe II DANGERS
SANITAIRES DE DEUXIÈME CATÉGORIE POUR LES ESPÈCES
VÉGÉTALES
13 Février 2015 : parution de l’arrêté préfectoral dans la Drome,
secteur Nord Valence
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- Bactérie inféodée au kiwi.
- Le vecteur principal est l'eau ; Pseudomonas a besoin d'un
support (les gouttelettes d'eau de l'atmosphère) et de vent
pour se disséminer.
- Au printemps sur bourgeons et jeunes tissus apparaissent des
nécroses foliaires : symptômes primaires.
- La bactérie se vascularise dans les tissus et provoque à la fin
de l'hiver qui suit des exsudats sur les bois : symptômes
secondaires.
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- Plan de surveillance national des vergers en production dès
avril 2011, restitution annuelle, articles scientifiques.
- Création d'un comité scientifique français sur PSA dès 2011 qui
a permis d'établir puis de déposer un projet CASDAR pluri
annuel (2013-2015).
- Partenaires dont le CTIFL de Bergerac (porteur du projet) deux
partenaires de la recherche, laboratoire de bactériologie de
L'ANSES et l'INRA d'Avignon, deux stations
d'expérimentations : SEFRA pour le Sud Est et INVENIO pour le
sud ouest et la FREDON Aquitaine
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structure
- Avec de la prophylaxie en verger : tailler et enlever les bois
malades, retirer le matériel végétal trop sensible bien désinfecter
ses outils de taille...
- Avec l'introduction de matériel végétal sain (plant, greffons et
pollen).
- Avec des stratégies de protection sur les phases sensibles :
entre débourrement et floraison, après récolte, chute des feuilles
et taille.
- Avec la mise en place de brises vents.
- Avec le raisonnement de la fertilisation azotée en particulier.
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structure
Xylella fastidiosa
:
une bactérie nuisible réglementée
très polyphage
Historique, distribution géographique
Années 1980 : bactérie fastidieuse du
xylème, identifiée en Amérique (chlorose
variégée des agrumes, brûlure foliaire du
prunier).
Années 1990 : XF sous-espèce fastidiosa,
agent de la maladie de Pierce, contamine
fortement les vignobles californiens.
Cartographie CABI, invasive species compendium
2013 : XF sous-espèce pauca sévit dans le sud de l’Italie (Pouilles), notamment
dans des vergers d’oliviers.
2012 et 2014 : XF sur cafiers d’ornement originaires d’Amérique (Costa-Rica,
Honduras), interceptés en France lors de contrôles phytosanitaires post-import chez
des grossistes en plantes vertes (Rungis) et dans des jardineries.
2015 : XF sous-espèce multiplex détectée dans le sud de la France (Corse, région
de Nice) sur diverses plantes d’ornement des parcs et jardins.
X. fastidiosa est présente sur le continent américain, en Europe, en Iran, à Taïwan.
Historique, distribution géographique
Situation en Italie
- Superficie de la zone contaminée,
estimée à 8 000 ha fin 2013 (année de
détection) et à plus de 200 000 ha en
2015.
- La souche de XF isolée sur l’olivier en
Italie appartient à la sous-espèce
pauca (souche CoDIRO),
taxonomiquement proche d’une souche
costaricaine présente sur laurier-rose et
caféier.
- La bactérie est également présente et
pathogène, sur amandier, cerisier, ainsi
que sur plusieurs espèces ornementales.
Foyer XF en Italie fin 2013
Diagnostic
Xylella fastidiosa est une bactérie vasculaire du xylème très
polyphage. Responsable de maladies épidémiques, elle est notamment
transmise par des insectes piqueurs et suceurs de sève.
Symptômes les plus représentatifs : « brûlures » foliaires,
rappelant ceux provoqués par un stress hydrique, allant de quelques
dessèchements sur feuilles au dépérissement complet de la plante.
Sur oranger : chlorose des feuilles, taille réduite
des fruits.
Sur caféier : chlorose, plages brunes foliaires,
nécroses de l’apex et pourtour du limbe.
Sur pêcher et sur luzerne : port ramassé.
Sur vigne : défauts de lignification des rameaux
(aoûtement), persistance des pétioles après la chute
des limbes desséchés sont observés.
Diagnostic
sur Acacia saligna
sur caféier
sur cerisier (Prunus cerasus)
sur vigne
sur olivier
sur Polygala
Diagnostic
sur olivier
Attention ! Xylella fastidiosa peut avoir un comportement de type
endophyte, avec pour conséquence l’existence de végétaux
contaminés asymptomatiques qui peuvent passer inaperçu à
l’occasion de contrôles visuels.
 Complique la recherche des sources potentielles d'inoculum et les
possibilités d’éradication.
Biologie
Cellules bactériennes au sein d’un tissu
vasculaire du xylème d’olivier – © NEPPO
Cellule bactérienne montrant la paroi cellulaire
ondulée typique de Xylella fastidiosa – © NEPPO
Epidémiologie
Xylella fastidiosa
Prise dans son ensemble, la bactérie peut infecter plus de 300
espèces végétales appartenant à plus de 60 familles
botaniques (EFSA).
Les sous-espèces et souches (lignées génétiques) ont des spectres
plus réduits et représentent donc des degrés différents de menace
vis-à-vis d’une culture donnée, comme résumé ci-après :
- X. f. subsp. fastidiosa, responsable de la maladie de Pierce sur
vigne, est également présente sur caféiers et de très nombreuses
autres plantes ; 42 familles sont ainsi listées dans le rapport de
l’EFSA (2015).
J. Jullien DGAl-SDQSPV
Epidémiologie
• X. f. subsp. multiplex, présente entre autres sur Prunus sp.,
Quercus sp., olivier, érable, orme, platane, micocoulier, romarin,
polygale à feuilles de myrte, genêt d’Espagne… Avec des lignées
différenciées qui pourraient s’attaquer préférentiellement à certains
hôtes selon certaines études (Nunney et al., 2013), mais pour
lesquelles des travaux supplémentaires sont nécessaires.
• X. f. subsp. sandyi, présente sur laurier-rose et caféiers.
• X. f. subsp. pauca, présente sur Citrus dont oranger, caféiers et
oliviers, avec pour chacun de ces hôtes des souches différenciées.
• X. f. subsp. morus, présente sur mûrier (Morus sp.).
• X. f. subsp. tashke, présente sur Chitalpa tashkentensis.
J. Jullien DGAl-SDQSPV
Epidémiologie
Principales conclusions du rapport
d’expertise officielle d’août 2015
- A ce stade, l’hypothèse d’une
contamination verticale des Polygala
myrtifolia, c’est-à-dire à la source de la
filière de production, est privilégiée.
- Tous les plants infectés sont contaminés
par la sous-espèce multiplex de Xylella
fastidiosa. Les Citrus n’étant pas des
végétaux hôtes de cette sous-espèce, les
conditions de commercialisation des
clémentines telles que pratiquées par les
professionnels peuvent perdurer sans
modifications.
Epidémiologie
Insectes vecteurs de Xylella fastidiosa
• La liste des vecteurs potentiels européens de XF
(insectes piqueurs de xylème de type cercopes,
aphrophores, cicadelles, cigales…) doit être
approfondie. Leur biologie est mal connue (en
particulier leurs plantes d’alimentation et les planteshôtes). Des études biologiques doivent être menées
urgemment.
• L’épidémiologie de la bactériose dans un contexte
méditerranéen n’a jamais été décrite de manière
argumentée : facteurs favorisants, périodes à risques…
A préciser dès que possible.
 Acquérir des données permettant de mieux connaître
les interactions : plantes  Xylella  vecteurs.
J. Jullien DGAl-SDQSPV
Xylella fastidiosa : cycle biologique du vecteur Philaenus spumarius en Italie
Mesures réglementaires
Xylella fastidiosa
- Directive 2000/29/CE modifiée : annexe 1, partie A, chap. 1.
- Arrêté ministériel du 31 juillet 2000 modifié : organisme
nuisible aux végétaux, de lutte obligatoire, de façon permanente
sur tout le territoire français
- Liste d’alerte OEPP : classé en A1.
- Arrêté ministériel du 15 décembre 2014 relatif à la liste des
dangers sanitaires pour les espèces végétales : annexe I, première
catégorie sur le territoire métropolitain. L'autorité administrative
peut donc, dans un but d’intérêt général, mettre en oeuvre des
mesures de prévention, de surveillance, ainsi que de lutte
obligatoire, pour éviter la dissémination de cette bactériose.
Mesures réglementaires
- Analyse de risque phytosanitaire européenne
par l’EFSA, en 2015.
Scientific Opinion on the risk to plant health posed by Xylella
fastidiosa in the EU territory, with the identification and evaluation
of risk reduction options.
- Arrêté préfectoral en Corse le 30 avril 2015.
- Décision d’exécution UE 2015/789 de la Commission Européenne du
18 mai 2015, relative à des mesures visant à éviter l'introduction et la
propagation dans l'Union de Xylella fastidiosa.
- Plan de surveillance spécifique en France publié et diffusé le 13
mai 2015 aux DRAAF, DAAF et DD(CS)PP (destinataires d’exécution),
ainsi qu’à tout public.
- Détection de XF en Corse en juillet 2015 sur Polygala myrtifolia
 mission d’expertise sur place DGAL-ANSES-INRA, rapport d’études
en septembre 2015.
Mesures réglementaires
Plan d’actions officiel mis en œuvre
- Maintenir la surveillance spécifique nationale.
- Identifier précisément les souches présentes, accumuler des
données sur la sensibilité des espèces à ces souches et sur les
vecteurs potentiels ;
- Renforcer la recherche, tant au niveau national qu’européen, en
recherchant la synergie des partenaires autour des thèmes
prioritaires ;
- Agir au niveau européen pour adapter la stratégie
d’éradication à la situation corse, tout en restant extrêmement
vigilant sur la protection du territoire national et européen.
Acidovorax avenae subsp. citrulli
:
une bactériose préoccupante pour les
Cucurbitacées légumières
Taches bactériennes des fruits
Acidovorax avenae
subsp. citrulli : maladie
vasculaire du xylème, sur
Cucurbitacées (melon,
pastèque).
Sur liste d’alerte A1
OEPP depuis 2014, signalé
Israël – 2000/2003, Grèce
– 2005, Italie – 2009.
La vigilance doit être
importante en France,
notamment sur melon.
Photo : APSnet
Sources : OEPP, DGAL
Diagnostic
Sources : OEPP, Université de Delaware, PMN, SDQPV
Diagnostic
- Melon et pastèque : taches à la fois sur les feuilles et les fruits
- Autres Cucurbitacées légumières : concombre et courge,
expriment uniquement des symptômes foliaires.
- Cucurbitacées sauvages : (ex.
Citrullus lanatus var. citroides),
hôtes potentielles de la bactérie,
peuvent constituer un réservoir
d’inoculum.
- Solanacées : des études
d'inoculation artificielle ont
démontré que l’aubergine, le
poivron, le piment ou la tomate
étaient susceptibles de développer
des symptômes foliaires.
En fin d’attaque, l'épiderme du fruit peut
se rompre, laissant s’écouler un exsudat
bactérien – © David B. Langston, University
of Georgia, Bugwood.org
Epidémiologie
A. citrulli est principalement transmis par les semences.
La bactérie peut aussi se propager avec l'eau, notamment
lors de l'irrigation par aspersion.
Les germinations spontanées de graines infectées et
les résidus de culture contaminés, même enterrés, ainsi
que les adventices sensibles, augmentent le risque
parasitaire.
Sur de longues distances, la circulation du matériel
végétal (semences, plants greffés) est probablement la voie
la plus importante de propagation de la maladie.
Mesures réglementaires
Acidovorax avenae subsp. citrulli
- Organisme nuisible non réglementé dans l’Union
européenne.
- Liste d’alerte de l’OEPP : A1, depuis 2014, recommandé
pour entrer dans la réglementation phytosanitaire en tant que
parasite de quarantaine.
- Arrêté ministériel du 15 décembre 2014 relatif à la liste
des dangers sanitaires pour les espèces végétales : annexe II,
deuxième catégorie sur le territoire métropolitain. L'autorité
administrative peut donc, dans un but d’intérêt collectif, mettre
en oeuvre des mesures de prévention, de surveillance, ainsi que
de lutte, pour éviter la dissémination de cette bactériose.
Mesures de gestion
Génétique : variétés de cucurbitacées à peau rayée, et surtout
à peau foncé et épaisse, souvent les plus tolérantes.
Amélioration végétale : pastèques triploïdes, moins sensibles
que les diploïdes.
Prophylaxie : cultiver des lots de semences saines,
sélectionnés et analysés, désinfecter le matériel de greffage,
effectuer une rotation des cultures en parcelles, supprimer les
résidus de cultures, contrôler l’hygrométrie et les températures
sous abri, éviter l’arrosage des feuilles, aérer en journée,
désherber les cucurbitacées sauvages.
Produits bactériostatiques : fongicides cupriques autorisés.
Candidatus Liberibacter solanacearum :
la maladie de la chips zébrée sur pomme
de terre concerne aussi la carotte
Chips zébrée de la pomme de terre
Candidatus Liberibacter solanacearum
- Bactérie pathogène du phloème, infecte
principalement des Solanacées (pomme de terre,
tomate, poivron, piment, aubergine, tabac).
- Peut entraîner de graves pertes
économiques en production (jusqu'à 60% de
diminution de rendement sur pomme de terre) et
en commercialisation agro-industrielle (impact
sur la qualité).
- Détectée dans plusieurs pays européens
(France, Espagne, Scandinavie…) sur carotte et
céleri.
- Couple CLso (haplotypes solanae) et psylle de la
pomme de terre (Bactericera cockerelli) : non
identifié à ce jour en Europe sur Solanacées
cultivées.
Diagnostic
Symptômes du CLso sur pommes de terre, trouble de la croissance sur carottes –©
EPPO Global Database, Joseph E. Munyaneza (USDA, ARS)
Biologie
- Quatre haplotypes décrits au sein de Candidatus
liberibacter solanacearum : CLsoA, CLsoB (identifié à partir
de Solanacées d'Amérique du Nord et de Nouvelle-Zélande)
et CLsoC, CLsoD (identifié à partir de carottes d'Europe).
- Forme la plus nuisible connue sur Solanacées :
pomme de terre, tomate, poivron et piment.
- Détection en Amérique du Nord, Amérique Centrale et
Nouvelle-Zélande sur des plantes asymptomatiques de la
famille des Solanacées (tamarillo [Solanum betaceum],
coqueret du Pérou [Physalis peruviana]).
Epidémiologie
- CLso est principalement disséminé par un psylle (Bactericera
cockerelli), observé sur de nombreuses espèces végétales appartenant
à 20 familles botaniques (Solanacées, Apiacées, Convolvulacées,
Lamiacées…). En Europe, ses plantes hôtes préférées sont la pomme de
terre, la tomate, l’aubergine, le poivron, la carotte et le céleri.
- Autres psylles vecteurs sur
Apiacées (carotte, céleri):
Bactericera trigonica et Trioza
apicalis.
- La bactérie ne serait pas
transmissible par les semences.
- Un pourcentage relativement faible
de tubercules de pomme de terre
infectés peut produire des plantes
symptomatiques.
larve âgée du psylle Bactericera
cockerelli, principal vecteur de CLso
© EPPO Global Database, Joseph E.
Munyaneza (USDA, ARS)
Mesures réglementaires
Candidatus Liberibacter solanacearum (CLso, haplotypes
solanae) et le psylle vecteur Bactericera cockerelli
- Organismes nuisibles non réglementés dans l’Union
européenne.
- Liste d’alerte de l’OEPP : A1, depuis 2012, recommandés pour
entrer dans la réglementation phytosanitaire en tant que parasite
de quarantaine.
- Arrêté ministériel du 15 décembre 2014 relatif à la liste des
dangers sanitaires pour les espèces végétales : annexe I, première
catégorie sur le territoire métropolitain. L'autorité administrative
peut donc, dans un but d’intérêt général, mettre en oeuvre des
mesures de prévention, de surveillance, ainsi que de lutte, pour
éviter la dissémination de cette bactériose.
Mesures de gestion
Traitements insecticides : réalisés contre les psylles vecteurs
potentiels de CLso, réduisent les risques de contamination.