Mention Ecologie, Biodiversité et Evolution

Master spécialité Ecologie, Biodiversité et Evolution (EBE)
Proposition de stage de M2
Année 2005-2006
Titre du stage : Rôle des éléments transposables ‘MITE’ lors de la formation d’un allopolyploïde :
étude de colzas néo-synthétisés.
Laboratoire d’accueil :
Intitulé du laboratoire : UMR de Génétique Végétale, Ferme du Moulon, 91190 Gif-sur-
Yvette (D. de Vienne)
Intitulé de l’équipe : Génétique Evolutive : Adaptation et Redondance (C. Damerval)
Responsable du stage :
Nom : Karine ALIX-JENCZEWSKI, Maître de Conférences INA P-G
Tél : [phone], Fax : [phone], Email : [email protected]
Références dans le domaine :
Albertin W., Balliau T., Brabant P., Chèvre A.-M., Eber F., Malosse C. and Thiellement H.
Numerous and rapid non stochastic modifications of gene products in newly synthesized
Brassica napus allotetraploids. Genetics 173:1101-1113.
Albertin W., Brabant P., Catrice O., Eber F., Jenczewski E., Chèvre A.-M. and Thiellement H.
2005. Autopolyploidy in cabbage (Brassica oleracea L.) does not alter significantly the
proteome of green tissues. Proteomics 5 :2131-2139.
Alix K., and Heslop-Harrison J.S. 2004. The diversity of retroelements in diploid and allotetraploid
Brassica species. Plant Molecular Biology 54: 895-909.
Alix K., Ryder C., Moore J., King G., and Heslop-Harrison J.S. 2005. The genomic organization of
retrotransposons in Brassica oleracea. Plant Molecular Biology 59: 839-851.
Description du stage
La polyploïdie a joué un rôle majeur dans l’évolution des plantes supérieures : quasiment toutes les
angiospermes ont connu, au cours de leur histoire, un ou plusieurs épisodes de polyploïdisation. Des
données récentes montrent que les caractéristiques propres à une forme polyploïde ne résultent pas
de l’addition de celles présentes chez ses progéniteurs : le génome des formes néo-polyploïdes est
souvent instable, dynamique, soumis à des régulations génétiques et épigénétiques. Un des enjeux
majeurs des études menées sur la polyploïdie est de comprendre comment s’opère la stabilisation
d’un génome polyploïde et quels en sont les principaux acteurs génomiques. Nous nous intéressons
en particulier aux éléments transposables (ET) qui sont un constituant majeur du génome végétal où
leur proportion peut atteindre plus de 80 % du génome ; ils peuvent être activés par un stress
(l’allopolyploïdisation est considérée comme un stress génomique important), conférant d’ailleurs à
ces éléments un rôle adaptatif pour l’espèce hôte. Les ‘MITE’ sont une classe particulière d’ET
préférentiellement insérés dans les régions euchromatiques, riches en gènes, suggérant leur rôle
éventuel dans l’évolution des gènes eucaryotes. Notre modèle d’étude est le colza (Brassica napus,
AACC), espèce allotétraploïde issue de l’hybridation naturelle entre les espèces diploïdes que sont
la navette (B. rapa, AA) et le chou (B. oleracea, CC).
L’objectif du stage proposé sera de suivre la dynamique d’insertion d’un ‘MITE’ de Brassica, suite
à un événement récent d’allopolyploïdie, en comparant par S-SAP les profils d’insertion de ce
‘MITE’ pour des colzas néo-synthétisés (AACC) et leurs parents diploïdes chou (CC) et navette
(AA). Les résultats pourront être comparés à ceux déjà obtenus sur une famille d’ET spécifique des
régions hétérochromatiques. Cette étude permettra d’identifier les ET potentiellement impliqués
dans les mécanismes de régulation de l’expression des gènes dupliqués d’un polyploïde.
Pour les stages de M2 Ce stage peut-il se poursuivre par une thèse : OUI, Implication des
éléments transposables dans la stabilisation d’un génome allopolyploïde – approche structurale et
fonctionnelle chez le colza.