Identification de la diversité génétique d`isolats de Mycobacterium

La transmission de Map parmi des
toupeaux de vaches laitières au Canada
avec un méchanisme rapide pour discriminer
entre les souches
Christina Ahlstrom, Jeroen De Buck,
et Herman Barkema
Introduction
 Différentes souches dominantes existent dans
différents pays ou régions
 Les techniques les plus souvent utilisées pour
caractériser les souches ne sont pas les plus
récentes
 Le niveau d’excrétion diffère selon la souche, ce
qui influence la transmission
 Une partie de la variabilité de manifestation de
la maladie est correlée aux différences
génétiques
Génotypage
Transmission
Survie dans
l’environnem
ent
Réponse au
système
immunitaire
Souche
de Map
Virulence
Invasion
La transmission de Map
Le génotypage d’isolats de Map devrait apporter
un nouvel éclairage aux charactéristiques
épidémiologie de la paratuberculose
sur 3 NIVEAUX:
 Inter-troupeaux
• Certaines souches se propagent avec plus de
succès
 Intra-troupeau
• Transmissibilité liée au niveau d’excrétion fécale
 Individuel
• Réponse de Map au système immunitaire de
l’hôte
Hypothèses
 L’épidémiologie de la paratuberculose inter- et
intra- troupeaux de vaches laitières au Canada
est en partie déterminée par la diversité
génétique de Map
 Une compréhension de la diversité
génotypique de Map peut aider au
développement de stratégies de prévention
efficaces
Objectifs
1. Développer et mettre en place une technique
rapide et fiable de génotypage
2. Comprendre la distribution des génotypes de
Map au Canada
3. Augmenter la résolution du génotypage par
l’utilisation de séquençage total du génome
de certaines souches
4. Analyse épidémiologique moléculaire de la
transmission et distribution de Map
1e Objectif: Génotypage
 Séquences courtes répétées (SSR)
G1
G2
GGT
Amonsin et al., 2004
Résultats préliminaires de génotypage
 24 troupeaux laitiers échantillonnés au sud de
l’Alberta
• Échantillons (fumier et lait) de vaches (n=9197)
TROUPEAU
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
#
PRÉVALENCE
D’ISOLATS
ELISA
1
1
4
7
2
12
3
1
2
2
(0/48) 0%
(3/56) 5.3%
(1/35) 2.85%
(1/50) 2%
(6/83) 7.2%
(13/132) 9.8%
(5/69) 7.2%
(1/107) 0.9%
(3/89) 3.37%
(1/102) 1.96%
# de
GÉNOTYPES
1
1
1
2
1
7
1
1
1
1
D’où proviennent les 500-600 isolats?
Collaborateurs et leurs programmes:
 ONTARIO: Dave Kelton (Université de Guelph)
 ATLANTIQUE: Shawn McKenna et Greg Keefe
(UPEI)
 QUÉBEC: Gilles Fecteau (Université de
Montréal) et Olivia Labrecque (Laboratoire
d’épidemiosurveillance du Québec)
 SASKATCHEWAN: Steve Hendrick (Université
de Saskatoon)
 ALBERTA: AJDI et autres projets
 COLOMBIE BRITANNIQUE: Brian Radke
(Ministère de l’agriculture)
2e Objectif: Collection d’isolats de Map
Provinces Canadiennes participantes:
 Alberta
 Saskatchewan
 Ontario
 Québec
 Colombie Britannique
 Nouveau Brunswick
 Nouvelle Écosse
 Île du Prince Édouard
 Terre Neuve & Labrador
Résumé
 L’établissement d’une collection de génotypes
associés à des données épidémiologiques
pertinentes
 Analyse de la diversité génétique par le
séquençage génomique total
 Corrélation des génotypes avec les différents
schéma épidémiologiques de la paratuberculose
• Niveau de prévalence des troupeaux
• Maladie clinique vs. subclinique
 Développement de stratégies de prévention
efficaces
QUESTIONS?