Les clés de la phylogénie pour le primaire

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Les clés de la phylogénie pour le primaire
Classer le vivant a toujours été une préoccupation majeure des hommes.
Aristote, esprit précurseur de la science moderne, a eu un des premiers le très
grand mérite de privilégier l’observation objective en s’affranchissant des
préjugés et des croyances de son époque. Cependant, malgré quelques brillantes
intuitions, sa classification est maintenant en très grande partie infirmée par les
connaissances scientifiques actuelles. La clé qui permet de comprendre et qui a
radicalement changé notre vision du vivant a été proposée par Charles Darwin
sous la forme d’une théorie scientifique révolutionnaire, la théorie de l’évolution,
exposée dans son livre « Origin of species », paru en 1859. Les classifications
modernes reposent sur le concept d’évolution qui a démontré scientifiquement
que les êtres vivants portent par leurs caractéristiques les traces de cette
évolution. Dès lors, une classification des êtres vivants doit reconstituer l’histoire
de leur évolution c’est-à-dire leur phylogénie.
La théorie de l’évolution est un fondement essentiel des sciences du vivant et
l’aborder dès l’école primaire est une double nécessité :
- Il n’est pas admissible d’un point de vue éthique que les élèves
construisent au primaire des connaissances qui seraient invalidées plus
tard dans leur scolarité, tel que le classement dépassé
vertébré/invertébré ;
- Une première approche de la classification du vivant est au programme du
cycle 2 tandis que l’histoire de la vie sur Terre permettant un premier
niveau d’explication est proposée au cycle 3 (BOEN du 14 février 2002).
Il ne s’agit pas de parler de but en blanc d’évolution à des élèves de cycle 2,
mais d’observer des caractères simples partagés par des espèces et de procéder
à des regroupements sur des bases scientifiques objectives. Cela permettra de
faire germer l’idée que les êtres vivants sont apparentés entre eux en raison de
caractères communs transmis par des ancêtres communs. Les relations de
parenté entre espèces ou relations phylogéniques sont le concept qui fonde la
classification scientifique du vivant. C’est ce concept qui sera développé au cycle
3 et tout au cours de la scolarité future des élèves.
L’analyse phylogénique
L’analyse de chaque échantillon d’animaux est basée sur l’observation de
caractères exclusifs permettant de regrouper les espèces.
ON CLASSE LES ORGANISMES SUR :
ON NE CLASSE PAS LES ORGANISMES SUR :
- Ce qu’ils ont (des poils, des
vertèbres, une coquille en 2
parties …)
- Ce qu’ils n’ont pas (absence de
vertèbres)
- Ce qu’ils font (nager, voler, manger
des plantes …)
- L’endroit où ils vivent

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Ces distinctions sont importantes car, dans le passé, leur non-respect a
conduit à des impasses dans le travail des systématiciens et donc dans
l’enseignement de la classification à tout niveau et ce jusqu’à l’université.
En effet, se fonder sur « ce qu’ils ont » revient à utiliser des preuves, des
arguments, c’est-à-dire revenir à la base de toute démarche scientifique. En
revanche, se fonder sur « ce qu’ils n’ont pas » revient à utiliser une absence de
preuve pour justifier d’un raisonnement. Est-ce sérieux ?
C’est ainsi qu’on ne fera pas référence au groupe des invertébrés,
traditionnellement défini par l’absence de vertèbres, pseudo groupe qui réunit
des organismes aussi différents que le lombric, le poulpe et la libellule.
De la même manière, se fonder sur « ce qu’ils font » ou sur «l’endroit où
ils vivent » revient à utiliser des arguments de type écologique qui ne peuvent
pas être utilisés dans une classification. En effet, regrouper des organismes selon
« l’endroit où ils vivent » ou « ce qu’ils font » équivaut à oublier que les
organismes peuvent migrer ou réaliser des fonctions différentes avec des
organes différents. Classeriez-vous ensemble, une fourmi et un moineau au
prétexte que vous les avez rencontrés tous deux sur un bouleau ? Une libellule et
une chauve-souris sous prétexte qu’ils volent ? Pour en rester sur ce dernier
exemple, ces deux organismes volent en effet mais avec des organes de
structure différente, transmis par des ancêtres différents. Ils N’ont donc PAS la
même chose, même si nous appelons cela sous le terme générique « aile », et ne
peuvent donc pas être classés ensemble.
Prenons un exemple simple :
Dans le conte des frères Grimm « Les musiciens de
Brême », 4 animaux unissent leur destin pour survivre. Il y
a l’âne, le chien, le chat et le coq. Nous leur adjoindrons
en forme de clin d’oeil la brème, espèce de nos rivières
bien connue des pêcheurs à la ligne.
Classons les :
• Selon ce qu’ils n’ont pas :
Âne, chien, chat et coq seront placés dans un même groupe au titre qu’ils n’ont
pas de nageoire.
• Selon ce qu’ils font :
Chien et chat seront placés dans un même groupe au titre qu’ils mangent de la
viande. Âne et brème formeront un second groupe au titre qu'ils mangent du
pain. Le coq est omnivore, où doit-on le mettre ?
• Selon l’endroit où ils vivent :
La brème vit dans l’eau, les 4 autres vivent sur terre. Le coq est certes terrestre
mais à la différence des autres il est capable de voler et peut donc se rencontrer
sur la branche d’un arbre. On n’aura aucune chance d’y trouver l’âne et le chien
mais le chat est tout à fait capable de rejoindre le coq.
Au final, on aboutit à des incohérences et des contradictions : aucun
groupe stable ne peut être défini. On obtient au contraire des groupes
rassemblant des animaux aussi différents que l’âne et la brème ou le coq et le
chat. Tous les chiens savent nager. Doit-on regrouper le chien et la brème ? Ils

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nagent tous les deux certes mais avec des organes très différents. Quant à faire
un groupe des animaux n'ayant pas de nageoire … Ce serait un très vaste fourre-
tout avec entre autres le rhinocéros, le grillon et la chauve-souris. C’est
exactement ce qui se passe quand on forme le groupe des invertébrés.
En revanche, si on se fonde sur ce qu’ils ont :
Chien et chat ont des crocs (caractère C1) ;
Âne, chien et chat ont des poils (caractère C2), des oreilles externes ou pavillons
(caractère C3).
Âne, chien, chat et coq ont 4 membres (caractère C4), une tête surmontant un
cou mobile (caractère C5).
Présentons cela dans un tableau :
Chien
Chat
Âne
Coq
Brème
C1
Crocs
X
X
C2
Poils
X
X
X
C3
Pavillons
X
X
X
C4
4 membres
X
X
X
X
C5
Cou mobile
X
X
X
X
Le caractère C1 est exclusif au chien et au chat. Il permet de les regrouper.
Les caractères C2 et C3 sont exclusifs au chien, au chat et à l’âne. Ils permettent
de les regrouper dans un groupe incluant le précédent.
Les caractères C4 et C5 sont exclusifs au chien, au chat, à l’âne et au coq. Ils
permettent de les regrouper dans un groupe incluant le précédent.
Sans faire intervenir aucun caractère interne (présence d’os, de vertèbre, forme
et structure de la mâchoire …), on obtient 3 regroupements emboîtés :
 Les carnivores 1: avec le chien et le chat caractérisés par la présence
de crocs ;
 Les mammifères : avec l’âne, le chien et le chat caractérisés par la
présence de poils et de pavillons ;
 Les vertébrés tétrapodes : avec le coq, l’âne, le chien et le chat
caractérisés par la présence de 4 membres et d’une tête sur cou mobile.
1 Le mot carnivore a 2 sens. En systématique, c’est un ordre de mammifères caractérisé par la présence
de crocs. En écologie, c’est un régime alimentaire à base d’animaux (synonyme « zoophage »). Voir à
ce sujet la fiche complémentaire de l’exercice « Montagne tempérée » : un carnivore végétarien.

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D’un point de vue évolutif, les caractères exclusifs d’un groupe ont été
transmis par un même ancêtre commun. L’arbre des relations de parenté, c’est-
à-dire la phylogénie des espèces de l’échantillon, permet de retrouver non
seulement la parenté et le caractère transmis par l’ancêtre commun mais
également le déroulement historique de l’évolution des espèces. Les points de
rencontre entre les branches représentent les ancêtres communs entre espèces
ainsi que la présence de caractères transmis par ces ancêtres. L’ancêtre commun
au chien et au chat (A1) a transmis la présence de crocs (C1). Il apparaît comme
plus proche - plus récent dans l’histoire de l’évolution - que l’ancêtre commun
partagé avec l’âne (A2 / C2 et C3). Il est en effet très improbable que
l’apparition des poils chez le chien et le chat soit postérieure à celle des crocs
puisque l’âne a des poils mais n’a pas de crocs. De même, l’ancêtre commun A3
qui a transmis 4 membres à ses descendants est encore plus ancien que celui qui
a transmis les poils puisque le coq est un de ses descendants.
Le plus éloigné est l’ancêtre commun A4 qui avait et a transmis à ses
descendants un squelette interne structuré par une colonne vertébrale (caractère
C6). Tous les descendants de A4 forment le groupe des vertébrés.
Cette seconde représentation, arborescente, offre l’énorme avantage de
permettre de construire le concept d’évolution (programme du cycle 3) sur des
données objectives et grâce à un raisonnement rigoureux plutôt que sur un
discours d’autorité venant de l’enseignant.
L’objectif à viser au cycle 3 est, comme au cycle 2, l’utilisation raisonnée
de la méthode de classification basée sur l’observation de caractères qu’ont les
organismes. Il s’y ajoute la compréhension des principes de base du concept

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d'évolution (espèce, parenté, transmission et brassage des caractères par
reproduction sexuée, transformation des espèces ...) qui fondent la classification
scientifique du vivant. L’utilisation de mots dont l'étymologie est souvent
compliquée n’ayant pas d’intérêt, le vocabulaire lié à la classification à l'école
primaire sera limité aux groupes les plus connus : mammifères, oiseaux,
carnivores, ongulés, ruminants ... et aux caractères exclusifs qui les définissent
: poils, plumes, crocs, sabots, cornes .... Une classification simplifiée du vivant
(forcément incomplète à ce niveau) pourra être construite au moyen des
exercices effectués.
Les limites de la méthode
Après avoir classé des organismes en utilisant des caractères observables,
il pourrait être tentant de continuer à utiliser la même méthode avec un
échantillon constitué de différentes races de chiens … Mais, dans ce cas, la
même méthode ne peut être appliquée.
En effet, dans l’exemple présenté ici, les animaux appartiennent à des
espèces différentes : ils ne se reproduisent pas entre eux. Même si la notion
d’espèce est complexe et encore en discussion chez les spécialistes, une
définition simple pourrait en être «ensemble des organismes pouvant se
reproduire entre eux dans des conditions naturelles». Une chienne et un chat, un
coq et une brème ne peuvent pas avoir une descendance commune. Ils
appartiennent clairement à des espèces différentes.
Dans le cas d’une même espèce de la faune sauvage soumise à la
sélection naturelle, il existe des variations d'un individu à l'autre (taille,
coloration, développement de certains organes ...) qui, par transmission sexuée
et sélection naturelle peuvent souvent former des populations constituant des
variétés isolées géographiquement. On distingue par exemple 7 variétés ou sous-
espèces de l’espèce lion, Panthera leo, dont l’une, Panthera leo persica, ne survit
plus que dans la réserve de Gir en Inde. C’est actuellement la seule population
naturelle de lion ne vivant pas en Afrique. Les individus de ces différentes
variétés sont interfertiles : un lion africain et une lionne indienne peuvent se
reproduire entre eux et leur descendance sera fertile. Cependant, si dans le futur
l’évolution séparée de ces deux variétés accroît l’écart génétique à un point tel
que la reproduction entre elles devient impossible, on sera en présence de deux
espèces distinctes dont le lien de parenté sera constitué par l’espèce actuelle,
Panthera leo, qui sera alors leur ancêtre commun.
Dans le cas d’une espèce domestiquée comme le chien, Canis familiaris,
issue du loup, Canis lupus, les caractères décelables chez différentes variétés
(taille , forme des oreilles, coloration du pelage …) peuvent se transmettre, être
sélectionnés ou écartés par l’éleveur. Un mâle et une femelle de deux variétés
différentes peuvent être croisés dans le but de créer une troisième possédant les
caractères recherchés par l’éleveur. Un même caractère, longueur ou coloration
du pelage, a pu ainsi être sélectionné plusieurs fois dans des contextes différents
et ne signe donc pas le déroulement de l’histoire de ces variétés. Ces variétés
sont des races, dans le sens où elles ont été le fruit d’une décision et d’une
sélection contrôlées par l’homme. Leurs caractères ne signifient donc rien en
terme de reconstitution de l’évolution de ces races.
Le déroulement évolutif de l’histoire de ces races peut être décrit à l’aide
de documents (gravures, textes, répertoire de pedigrees …) ou grâce à l’analyse