Sujet stage BGPI - Montpellier SupAgro

STAGE Ingénieur Agronome ou M2
Développement d’un protocole de détection précoce du virus
de la sharka dans des Prunus
Contexte du stage
La virose de la sharka est une grave maladie des espèces fruitières à noyau du genre Prunus
(pêcher, abricotier, prunier notamment) causée par un virus, le Plum pox virus (PPV). La dispersion de
la virose est assurée par les échanges commerciaux de matériel végétal contaminé et, à l’échelle du
verger, par de nombreuses espèces de pucerons ailés. Les principales méthodes de lutte contre le PPV
sont basées sur la production de jeunes plants certifiés indemnes de virus et sur l’arrachage des arbres
contaminés dans les vergers (pour plus d’informations sur la virose, voir Dallot et al., 2012).
En France, les modalités de la lutte contre la virose, et notamment la surveillance visuelle et
l’arrachage des arbres présentant des symptômes, sont définies dans le cadre d’un arrêté national de
lutte. Les actions mises en œuvre au cours des deux dernières décennies ont permis de contenir la
maladie au sein des régions présentant des foyers épidémiques sans toutefois l’éradiquer. La sensibilité
de cette surveillance est probablement l’une des causes de l’efficacité partielle de la lutte.
Afin d’être encore plus efficaces, les méthodes de surveillance devraient idéalement permettre
de détecter les arbres contaminés avant même que ceux-ci ne soient infectieux et puissent ainsi
participer à la dissémination de la virose. En effet, après contamination par un puceron porteur du
virus, un arbre n’est infectieux qu’après une durée de une à plusieurs années (période de latence).
Durant cette période, le virus n’est pas détectable dans les feuilles de l’arbre, cibles les plus fréquentes
des protocoles officiels d’échantillonnage et de diagnostic. Il y a donc un enjeu à développer de
nouvelles procédures d’échantillonnage et de détection ciblant d’autres organes de l’arbre. Or, les
données disponibles pour le PPV mais aussi pour d’autres virus suggèrent notamment que le virus est
présent dans le système racinaire des arbres en période de latence (Quiot et al., 1995) et en période de
dormance hivernale (Adams et al., 1999).
Les enjeux de ce stage sont ainsi de développer et de tester un nouveau protocole de détection
précoce du PPV dans des arbres infectés et encore en période de latence.
Sujet du stage
Le stage comportera plusieurs étapes :
1- Développement d’un protocole de détection du PPV à partir de plantes infectées :
extraction du virus à partir d’échantillons de racines et d’écorce collectés sur de jeunes
pêchers infectés artificiellement par le PPV au laboratoire, puis détection sérologique
(ELISA) et/ou moléculaire (PCR classique ou PCR quantitative).
2- Développement d’un protocole d’échantillonnage des racines et d’écorce sur des pêchers
en verger : à partir d’arbres présentant des symptômes de sharka, définition d’une stratégie
d’échantillonnage du système racinaire et d’écorce maximisant la probabilité de détection
du virus.
3- Réalisation des prélèvements et des tests de détection précoce du virus sur des échantillons
de différents organes (incluant écorce et racines) de pêchers asymptomatiques en vergers.
Compétences recherchées et contraintes
Les compétences pratiques requises pour ce projet correspondent aux techniques
d’expérimentation végétale, de virologie végétale et de biologie moléculaire. L’exploitation des
données générées fera appel à des analyses statistiques classiquement utilisée en biologie.
De plus, le sujet de stage concerne un virus de quarantaine et l’étudiant sera amené à réaliser
des expérimentations biologiques dans un espace de confinement de type NS2 (respect de la
réglementation et rigueur indispensables). Le stage implique aussi des activités de terrain
(échantillonnage des arbres dans des vergers de production) ce qui nécessitera des déplacements dans
la région ainsi que le respect des règles de fonctionnement des équipes en charge de la lutte contre la
maladie (FEDON).
Equipe d’accueil
INRA, UMR BGPI, Equipe Epi2V ‘Epidémiologie végétale et vection’
http://umr-bgpi.cirad.fr/equipes/equipe6.htm
Lieu d’accueil
UMR BGPI, Cirad TA A-54/K, Campus international de Baillarguet, 34398 Montpellier cedex 5
http://umr-bgpi.cirad.fr/acces.htm
Gratification
436 €/mois
Contact et encadrement
Sylvie Dallot, Ingénieur de Recherche INRA
UMR BGPI
Tel : 04 99 62 48 49
Email : [email protected]
Loup Rimbaud, Doctorant
UMR BGPI
Tel : 04 99 62 41 90
Email : [email protected]
Références bibliographiques
Adams A.N., Guise C.M., Crossley (1999) Plum pox virus detection in dormant plum trees by PCR
and ELISA. Plant Pathology 48:240-244.
Mis en forme : Français (France)
Dallot S., Decroocq V., Thébaud G., Candresse T., Borron S., Labonne G. (2012) Sharka, mieux
comprendre pour mieux gérer en verger. Phytoma 654:33-37.
Mis en forme : Anglais (États Unis)
Quiot J.-B., Labonne G., Boeglin M., Adamolle M., Renaud L.Y., Candresse T. (1995) Behavior of
two isolates of Plum pox virus inoculated on peach and apricot trees : First results. Acta Horticulturae
386:290-297.