Diminuer les pertes de veaux grâce au test SNP (BH2)

Diminuer les pertes de veaux grâce au test SNP (BH2)
Franz Seefried, Qualitas SA
Grâce à la sélection génomique, on dispose aujourd’hui d’un système de routine pour les analyses
SNP. Les SNP ne se font non seulement utiliser pour le calcul des valeurs d’élevage génomiques,
mais encore pour d’autres dépouillements. Dans ce contexte, on a développé un test SNP, le dit
test BH2, pour éviter des accouplements de risque. En renonçant aux accouplements de risque,
l’éleveur profite puisque son troupeau souffre de moins de mort-nés et de pertes à l’élevage.
Base génétique
22 SNP se trouvant sur le chromosome 19 sont la base du test. Hermann Schwarzenbacher
(ZuchtData Vienne) a observé qu’une chaîne particulière (un dit haplotype) de ces 22 SNP
n’apparaît jamais de façon homozygote parmi les génotypes d’Allemagne / d’Autriche. Lorsque les
animaux homozygotes sont beaucoup plus rares que prévu, voire qu’ils sont absents, on peut
admettre qu’il y ait une tare héréditaire récessive. En cas d’une tare héréditaire récessive, les
animaux homozygotes au niveau d’une défectuosité SNP n’ont aucune ou peu de chance de
survie, alors que les animaux hétérozygotes ou homozygotes et en bonne santé sont inaperçus et
mènent une vie normale.
Analyse des données de départ
On a analysé la proportion des mort-nés et les données de départ, et l’on a distingué entre les
« veaux issus d’accouplements de risque » et les « veaux issus d’accouplements non risqués ».
Quand il s’agit d’un accouplement de risque, le père du veau comme le père de la mère sont
porteurs du haplotype BH2 (voir tableau 1). Quant aux veaux issus d’accouplements de risque,
leur taux de mort-nés est relevé (7,8 %). A cela s’ajoute, pendant les 30 premiers jours après la
naissance, un taux de départs nettement relevé (14 %). Ces données suisses se font très bien
comparer avec les résultats de Schwarzenbacher.
Etat actuel
Chez les animaux suisses aussi, le haplotype BH2 était extrêmement rare. 2 seuls sujets de
l’ensemble des animaux génotypés étaient homozygotes. Près de 10 % des animaux génotypés
ont été identifiés comme animaux porteurs hétérozygotes. L’un des deux veaux homozygotes était
encore en vie, mais son développement était retardé par rapport à son âge, et il était un véritable
chétif. Ensuite, pour faire d’autres éclaircissements, ce veau a été conduit à l’Université de Vienne
où il a été euthanasié quelques semaines plus tard après avoir souffert de plusieurs infections
(pneumonie, diarrhée).
Cette évolution correspondait aux attentes d’un veau homozygote BH2. Du coup, le patrimoine
génétique de veau a été séquencé à l’Université technique de Munich. Grâce aux données de
séquençage obtenues, on a pu identifier un nouveau SNP prometteur, à l’intérieur de la région du
haplotype, comme origine éventuelle (défectuosité SNP).
On ne connaît pourtant toujours pas les fondements qui conduisent à la mort des veaux
homozygotes BH2. Selon l’état actuel, tout signale une évolution non spécifique de la maladie.
Etant donné que les veaux homozygotes ne survivent pas, on doit admettre une défectuosité
génétique récessive. Ces prochaines semaines, d’autres veaux homozygotes, issus
d’accouplements de risque en cours, seront identifiés pour confirmer le SNP soupçonné. Aussi
longtemps que le SNP soupçonné, nouvellement trouvé, n’est pas validé, le test BH2 est un test
de haplotypes ; partant d’une analyse 50K, il est très précis. Suite à un test BH2 partant d’une
analyse LD, 18 % des sujets sont faussement déclarés comme exempts.
Il est fort probable que le taureau US Rancho Rustic My Design (US 144488.9, né le 24.09.1963)
soit l’origine du BH2. Selon les connaissances actuelles, la race Brune originale est exempte de
BH2.
Tableau 1: Comparaison entre les taux des mort-nés et des départs dans les premiers 30 jours après la
naissance d’accouplements de risque BH2 et d’accouplement non risqués
Etat accouplement
Accouplement de
risque
Accouplement non
risqué
Nombre
naissances
15’636
Taux des départs
dans les 24 heures
après la naissance
7,8 %
Taux des départs entre
le 1er et le 30e jour de
vie
14%
426’407
4,4%
8,1%