Inf7212 - Introduction aux systèmes - (DESS) en bio

Inf7212 - Introduction aux systèmes informatiques
Les fichiers
Alix Boc
UQAM
Automne 2008
Inf7212 Alix Boc

Les fichiers
Un fichier est une structure physique permettant de stocker de l’information.
Un fichier est identifié par son nom et possède des propriétés, telles que les droits
d
’
accès.
d accès.
Princi
p
e d’utilisation des fichiers
p
1. Ouverture du fichier
2. Lecture / écriture dans le fichier Il y a des données dans ce fichier.
Comme une séquence d
’
ADN :
3. Fermeture du fichier
Comme
une
séquence
dADN
:
ACGTGTGCGATCGATCTCCTAGATCT
AGAAAGTGCTAGCTGCTAGGC
Pointeur sur le
fi hi
Ou encore une matrice au format
PHYLIP
4
Al h
0123
Tampon ou autre
fi
c
hi
er
Al
p
h
a
0
1
2
3
Beta 1 0 5 1
Gamma 2 5 0 2
Delta 3 1 2 0
Tampon
ou
autre
structure de
lecture/écriture
Inf7212 2 Alix Boc

Les fichiers : ouverture - lecture - fermeture
La manipulation d’un fichier peut nécessiter de déclarer un objet de type File. Cet objet est un pointeur sur le
fichier dont le nom est passé en paramètre :
File f = new File
(
nomFichier
)
;
()
Voici 3 objets permettant de lire dans un fichier : exceptions envoyées
- FileReader (javadoc)
FileReader fr = new FileReader(nomfichier); java.io.FileNotFoundException
char c = (char) fr.read(); java.io.IOException
fr.close
();
j
ava.ioIOExce
p
tion
();
jp
- BufferedReader (javadoc)
FileReader fr = new FileReader(nomfichier); java.io.FileNotFoundException
BufferedReader br = new BufferedReader(fr);
String ligne br readLine();
java io FileNotFoundException
String
ligne
=
br
.
readLine();
java
.
io
.
FileNotFoundException
br.close(); java.io.FileNotFoundException
fr.close(); java.io.FileNotFoundException
-
Scanner (
javadoc
)
Scanner
(
javadoc
)
File f = new File(nomFichier);
Scanner sc = new Scanner(f); java.util.FileNotFoundException
String chaine = sc.next(); java.util.NoSuchElementException
sc.close()
Inf7212 3 Alix Boc

Les fichiers : exemple avec FileReader
Ce programme affiche le contenu du fichier input.txt, caractère par caractère.
1. public static void exempleFileReader(){
2.
Ce
programme
affiche
le
contenu
du
fichier
input.txt,
caractère
par
caractère.
2.
3. try{
4. FileReader fr = new FileReader("input.txt");
5.
6
t
{
6
.
t
ry
{
7. int c = fr.read();
8. while(c != -1){
9. System.out.print((char)c);
10. c = fr.read();
11. }
12. fr.close();
13
}
13
.
}
14. catch(java.io.IOException e){
15. System.out.println("problème de lecture");
16. }
17
}
17
.
}
18. catch(java.io.FileNotFoundException e){
19. System.out.println("Le fichier n'existe pas");
20. }
21. }
Inf7212 4 Alix Boc

Les fichiers : exemple avec BufferedReader
Ce programme affiche le contenu du fichier input.txt, ligne par ligne.
1. public static void exempleBufferedReader(){
2.
Ce
programme
affiche
le
contenu
du
fichier
input.txt,
ligne
par
ligne.
3. File f = new File ("input.txt");
4. try{
5. FileReader fr = new FileReader (f);
6
Bff dR d b
Bff dR d (f)
6
.
B
u
ff
ere
dR
ea
d
er
b
r = new
B
u
ff
ere
dR
ea
d
er
(f
r
)
;
7.
8. try{
9. String line = br.readLine();
10
while
(line !=
null
){
10
.
while
(line
!=
null
){
11. System.out.println (line);
12. line = br.readLine();
13. }
14.
br.close();
14.
br.close();
15. fr.close();
16. }
17. catch (IOException exception){
18. System.out.println ("Erreur lors de la lecture);
19. }
20. }
21. catch (FileNotFoundException exception){
22. System.out.println ("Le fichier n'a pas été trouvé");
23
}
23
.
}
24. }
Inf7212 5 Alix Boc