! La sélection génomique monde La sélection génomique (SC) est une technologie qui est en train de révolutionner la génétique de : Une la révolution génétique le animale gènes qui contrôlent un caractère) en se basant sur ses performances animale et remettre à plat toute et/ou celles de sesapparentés. Dans le cas des taureaux laitiers, cette l'organisation de la sélection. Elle est déjà engagée chez les bovins sélection repose essentiellement sur le testage qui consiste à: laitiers, et elle va s'étendre à toutes les filières animales. La SC s'appuie sur des technologies de pointe -accoupler les meilleurs mâles avec les meilleures femelles et espérer permettant de lire directement les -entretenir dans une composants de l'ADN d'un animal et de déterminer avec précision son dans obtenir des veaux de qualité ; les jeunes taurillons station de contrôle individuel jusqu'à la puberté ; quantitatif est commandé par un grand nombre de gènes, chacun avec un petit effet additif. Or, il semble 4ue ce modèle n'est pas très correct, car parmi les gènes qui agissent sur un caractère quantitatif certains ont des effets additifs plus importants que ceux des autr9s. Le problème est que ces gènes à grand effet ou « gros gènes» ne peuvent pas être identifiés potentiel génétique. Elle permet de connaître très tôt le potentiel -utiliser la semence des jeunes taureaux sur un support femelle ; directement, on ne peut détecter que la région chrom.osomique où ils sont localisés sans même que génétique des reproducteurs sur de nombreux caractères: production -attendre que leurs filles naissent, l'on sache de manière précise ni la qu'elles qu'elles localisation ni l'étendue de cette laitière, caractères fonctionnels, morphologie. ..La SC est rendue produisent pour calculer les index des taureaux. région. La région chromosomique où le gros gène est localisé .est possible grâce à un certain nombre d'innovations techniques rapides et peu coûteuses. Notre pays sera Par conséquent, la sélection sur appelée QTL (quantitative trait loci). La détection des QTL est descendance est un programme réalisée à partir d'un prélèvement biologique de type sang, poils, sperme ou biopsie. Lobjectif de cet article est d'expliquer ce qu'est la sélection long (6 ans pour avoir l'index d'un tau~eau) et coûteux (en France, le te stage d'un taureau laitier coûte 40000) .Néanmoins, la sélection génomique et ce qu'elle apporte à la sélection animale en général et à la sélection bovine laitière en génétique classique, basée sur des caractères mesurables et sur les liens de parenté, a permis une particulier. amélioration bientôt touché par sesapplications. Sélection vêlent et considérable des marqueurs (portions d'ADN qui n'influencent généralement pas les fonctions biologiques mais qui notion rIe OTL IOuantitatiue Trait Loci] peuvent être observéesnotamment grâce aux outils de biologie La sélection génétique classique consiste à estimer la valeur génétique additive d'un animal (somme des effets additifs des parents aux descendants ~e peut pas être suivie directement, elle ne peut être réalisée qu'à travers le suivi de la transmission de certains performances des animaux. génétique clnssique Puisque les QTL ne peuvent pas être localisés, leur transmission des moléculaire), situés à proximité de L:évaluation génétique classique repose sur le modèle polygénique cesQTL.Cesmarqueursprésentent différents variants (allèles) qui qui permettent considère qu'un caractère de déterminer, entre *Professeur à l'IAV Hassan Il Rabat Eleuage Bouin -numéro 16 -9 deux régions laquelle chromosomiques, a été transmise. la région En effet, chromosomique autour du marqueur plusieurs caractères de production laitière, fonctionnels et de marqueurs couvrant l'intégralité morphologie 54000 située est transmise utilisant 15 à 25 QTL par caractère. Chaque avec celui-ci. Le principe général de la détection d'un QTL consiste à observer dans une famille issue d'un ont été évalués en QTL génome ( exemple: SNP puce Illumina ; Single Polymorphism) du Nucleotide . est généralement suivi par 2 à 4 marqueurs. À la différence de la SAM 1 qui s'intéresse à quelques QTL, la Lindex de l'animal est une valeur génétique globale qui cumule SC prédit la valeur génomique à partir des marqueurs répartis sur les effets des QTL et la valeur polygénique des gènes « mineurs »o tout le génome sans avoir recours une différence de performance moyenne entre les deux groupes de descendants ayant reçu Ml Dans ce cas,l'index génétique inclut ou des apparentés. La seule chose dont la SC a besoin est la présence ou ayant reçu M2 de ce parent. Si cette différence existe, elle plus fiable possible: ascendance, reproducteur hétérozygote M 1/M2 pour un marqueur donné, s'il existe s'explique par la coségrégation des allèles au marqueur Met à un toutes les informations disponibles sur l'animal afin qu'il soit le information génomique grâce aux marqueurs, performances de gène Q affectant le caractère et l'individu ou de ses apparentés proches. Lintégration de toutes ces génétiquement lié à M (Figure 1) . informations permet de maximiser Par la détection de ces marqueurs, on en déduit la présence des QTL. la I MlQI précision de l'estimation d'une performances population du de candidat référence qui est phénotypée (indexée) et génotypée, c'est-à-dire une population constituée de quelques milliers de taureaux dont on connaît les index sur descendance et qui sont génotypés en utilisant la puce Illumina (support, lames de verre ou de silicium, sur lequel sont réparties les sondes spécifiques à génétique. M3QJ x aux chaque marqueur). M3QJ M2Ql La population de référence sert à déterminer la relation qui existe entre l'ensemble Figure I. Principe généralde la détection d'un QTL M est un marqueur génétique et Q un gèneinfluençant le caractèreconsidéré Sële(tion assistëe marQueur La sélection détection sélection par Selection La qui s'appuie des QTL sur la est appelée assistée par marqueurs ou SAM ou SAM I. En France, génomique appelée SAM 2 en France) méthode d'évaluation des animaux utilisant population de référence. La qualité de l'équation de prédiction ainsi obtenue est vérifiée sur l'autre partie de la population de référence. Une fois que l'équation de prédiction (aussi est la valeurs génomiques : génotypage, génétique grâce à leur ADN un nombre SNP et les index sur desceQdance des taureaux d'une partie de la est fiable et suffisamment précise, elle est appliquée aux candidats à la sélection pour calculer leurs gênomiQue Sélection des marqueurs en très élevé de détermination portent et des SNP qu'ils combinaison des effets estimés de ces SNP pour Eleul1ge Bouin -numéro 16 -10 chaque caractère avec l'évaluation de génomique. Le choix des taureaux de la population de référence est apparentés proches est réalisée dès la naissance, ce qui réduit (fertilité, cellules, etc.) et à celle de la sélection sur ascendance. également primordial pour s'assurer que la précision des évaluations , ., ., genomlques n est pas sureshmee. l'intervalle de génération. Chez les taureaux d'IA, l'intervalle de -La précision de l'estimation est la même chez les mâles et les génération est ainsi réduit de 2 à 2,5 ans. femelles, alors qu'avec la sélection Dans certains pays, entre 1000 et 3000 taureaux génotypés et phénotypés constituent la l'animal ou des animaux fonctionnels à faible héritabilité classique celle des femelles est généralement faible. -La SC offre de population de référence. C'est ce -~intensité de sélection est élevée. En effet, on peut génotyper type d'approche qui a été retenue par un grand nombre de pays plusieurs taureaux pour n'en choisir que quelques-uns ( 1 sur comme les Etats-Unis, le Canada, les Pays-Bas,le Danemark 50). Ceci est facilité par le prix génétique, par la revalorisation de certaines familles. Ce qui réduit la consanguinité au sein de la faible population. du génotypage (200 f!) nouvelles possibilités en termes de diversité taureau). -La est Les avantages génomique .Sur la prédiction valeur : : directe de en fonction génomique du génotype sélection sont nombreux le progrès génétique -La se de aux marqueurs préoccuper des la sans phénotypes précision de l'estimation augmentée. Les taureaux Au final, le taux de progrès génétique issu de la SC peut ainsi augmenter de 40 à 80%. Leffet est sélectionnés sur index génomique bénéficient d'un coefficient de détermination de 0,60 sur particulièrement important pour les caractères à héritabilité faible l'ensemble des caractères, soit une fiabilité proche de celle du tels que la longévité, la fertilité... De même, le coût technique testage. En outre, la SC a même une précision supérieure à celle du testage pour les caractères (achat des veaux, génotypage, transfert embryonnaire. ..) de la SC est réduit de moitié. Eleuage Bouin -numéro 16 -Il humains, financiers, logistiques et organisationnels, la SC semble connaît déjà les effets des SNP avec La sélection génomique change profondément les schémas de à la portée de tous dès lors qu'un laboratoire de génomique bien peuvent changer sous l'influence de la sélection. Il faudra donc les sélection classiques..En effet : équipé est disponible. réestimer régulièrement -Le testage des taureaux n'a plus Les éleveurs peuvent ainsi faire de raison d'être puisque les valeurs génétiques sont déterminées à typer leurs bovins laitiers (mâles et Les responsables de la femelles) et faire calculer des index animale génomiques. Actuellement, le coût du génotypage pour les éleveurs en invités à prendre en considération cette nouvelle tendance I.ors de semence des taureaux sélectionnés peut être diffusée sans même Europe avoisine les 500 /animal. l'établissement des programmes de développement futurs des attendre les résultats de testage. Actuellem<;:nt, la semence des Quel que soit le succès de la filières animales. .Sur les schémas de sélection une bonne précision, car ces effets à partir des données phénotypiques. partir de l'ADN des taureaux dès leur naissance. Dès la puberté, la taureaux génotypés et non testés sur descendance est en vente dans génomique, le secteur de l'élevage devra continuer à collecter des données phénotypiques. En effet, certains pays. on ne peut pas faire de génomique sans données phénotypiques. Par -Le contrôle laitier ne sera plus nécessaire pour l'indexation conséquent, des animaux puisque la valeur génomique est estimée à partir de l'ADN. Cependant, il reste obligatoire pour créer la population de référence, augmenter sa taille et la renouveler. .. le contrôle laitier reste encore utile, surtout dans notre pays, pour la constitution et le renouvellement de la population dans notre filière pays sont Pour que le Maroc ne rate pas le train de la SG, il est nécessaire qu'il investisse dans la recherche et la formation en génétique et en génomique, et aussi dans la construction et l'équipement des laboratoires de génétique. de référence. Il devra continuer même pour les caractères où l'on I Opportunitës offertes pour le mnroc La SC a facilité la tâche des pays émergents pour l'accès à une génétique de qualité. En effet si dans le passé,le testage des taureaux était limité à certains paysriches et détenteurs de moyens Bleunge Bouin -numéro 16- 12 r