Etude des facteurs viraux et cellulaires impliqués dans l

UNIVERSITÉ DE STRASBOURG
ÉCOLE DOCTORALE 414
UMR_S 1110 Interactions virus-hôte et maladies hépatiques
Thèse présentée par
Catherine FAUVELLE
Soutenue le : 02 décembre 2013
Pour obtenir le grade de : Docteur de l’Université de Strasbourg
Discipline: Sciences de la Vie et de la Santé
Aspects Moléculaire et Cellulaire de la Biologie
Etude des facteurs viraux et cellulaires impliqués
dans l'échappement du virus de l’hépatite C au
cours de la transplantation hépatique
THÈSE dirigée par :
Pr. BAUMERT Thomas F. PU-PH, Directeur de l’unité Inserm U1110,
Université de Strasbourg
Pr. FAFI-KREMER Samira PU-PH, Inserm U1110, Université de Strasbourg
RAPPORTEURS :
Pr. ASSELAH Tarik PU-PH, Inserm U773, Clichy
Dr. PECHEUR Eve-Isabelle CR, PhD, UMR Inserm 1052, CNRS 5286, Lyon
AUTRES MEMBRES DU JURY :
Pr. RICCI Roméo PU-PH, IGMBC, Strasbourg
Dr. DUONG François CR, PhD, Département de Biomédecine, Hôpital
Universitaire de Bâle

Remerciements
C’est avec plaisir et émotion que je m’apprête à remercier ceux sans qui ce manuscrit n’aurait
pas vu le jour. Cette thèse a été un investissement personnel, en temps et en énergie, mais
également et surtout l’aboutissement d’un travail en équipe de trois ans et d’un soutien familial
sans faille.
Je remercie tout d’abord le Pr Thomas Baumert pour m’avoir accueillie dans le laboratoire
prestigieux qu’est l’unité Inserm 1110, où j’ai pu acquérir des compétences scientifiques diverses
et solides.
Je remercie également chaleureusement tous les membres de mon jury de thèse pour avoir
accepté de me consacrer de leur temps afin d’évaluer mon travail.
Ces trois ans n’auraient jamais été les mêmes sans l’énorme soutien que j’ai pu trouver auprès
du Pr. Samira Fafi-Kremer. Je la remercie de tout cœur pour m’avoir fait partager ses
expériences, pour m’avoir accordé de son temps (et toujours avec le sourire !) même quand son
téléphone sonnait en continu ! Je la remercie surtout pour m’avoir fait confiance et m’avoir
soutenue continuellement au fil de ces années.
Je remercie particulièrement Laura Heydmann pour avoir été là du début à la fin, pour avoir su
me bousculer quand il le fallait et me consoler dans les moments difficiles. J’ai découvert chez
Laura une formidable personnalité, avec beaucoup de courage, de volonté mais aussi de
sensibilité. Je la remercie pour son efficacité et lui souhaite (bien que j’en sois d’ores et déjà
certaine) une brillante réussite.
Je remercie Daniel Felmlee (et oui Dan il faut parfois te rappeler que tu as un vrai prénom), pour
le travail que nous avons effectué ensemble et sa profonde gentillesse. J’ai pu à ses côtés
grandement apprendre et m’améliorer en anglais. Je le remercie pour avoir partagé ensemble le
calvaire de la TCID50 ! Je n’oublierai pas les 600 plaques 96 puits que nous avons lues
ensemble ! Je le remercie sincèrement pour son amitié et lui souhaite tout l’épanouissement
possible!
Je remercie les personnes de l’unité qui ont été une incroyable source de réconfort, de soutien
mais également de rires et de partage ! Merci à Sarah, Laetitia, Charlotte, Emilie, Alizé,
Christine ! Vous êtes formidables et gagnez toutes à être connues. Merci à Mathieu, Rajiv, Eloi,
Lamine ! Bien que certaines conversations aient parfois été étranges vous êtes adorables !
Je suis très reconnaissante aux personnes qui s’occupent du bon fonctionnement de l’unité. Je
remercie Dominique, Patricia, et Sigis qui ont toujours été disponibles. Je remercie également
tout particulièrement Catherine C pour sa douceur et son aide précieuse.
Je remercie tous les autres membres de l’unité qui créent au quotidien une atmosphère de travail
agréable et avec qui il a été un plaisir de travailler ou simplement de discuter.
Enfin, je ne serais jamais parvenue à accomplir tout ce travail sans le soutien ma famille.
Merci à mes parents pour leur tendresse et leur amour, pour m’avoir toujours soutenue au fil de
mes études. Merci pour toutes vos petites marques d’attention et votre générosité. Désolée pour

le stress que j’ai pu vous causer et pour les nombreux déménagements ! Je suis très fière de
vous et de notre famille. Merci de tout mon cœur.
Merci à Annie et Jean, Lydie et Didier pour m’avoir donné tant d’affection lorsque j’en avais
besoin. Merci à vous pour avoir toujours cru en moi, avoir toujours su trouver les mots
réconfortants et motivants. Merci Annie pour avoir comblé par ton amour le vide laissé par son
départ. Il n’y aura jamais assez de mots pour vous exprimer ma reconnaissance.
Merci à Yahi pour avoir toujours cru en sa petite sœur. Merci pour avoir finalement accepté avec
triste résignation que je doive travailler certains week-ends et jours fériés ! Merci pour tous ces
petits « Je t’aime ma sœur » que tu sèmes régulièrement et qui sont si adorables.
Je remercie mon conjoint pour avoir été là ces cinq dernières années et pour son
impressionnante patience. Merci Quentin d’être si compréhensif, de m’épauler chaque jour et de
me soutenir dans les « petits coups de mou ». Désolée pour les moments difficiles que nous
avons connus durant lesquels mon stress et mon angoisse ont été trop présents à la maison.
Merci pour la patience dont tu feras encore preuve dans les années à venir !
Un énorme merci à Gilles et Sabine pour être toujours là dans les rires et dans le besoin. Merci à
Mélanie et Laurent que j’adore !
Merci aux vieux amis et aux nouveaux. Un merci tout particulier à Luc, tu es formidable ! Merci à
Céline (ma petite molécule), Caroline, Nico et Tiphaine.
Enfin je remercie ceux qui sont partis trop tôt. A ma Simone, Marc et Elie je leur envoie
simplement tout mon amour.

Table des Matières
Introduction .............................................................................................................................. - 5 -
Généralités ......................................................................................................................... - 5 -
I.Historique et épidémiologie du HCV ........................................................................ - 5 -
II.Mode de transmission virale .................................................................................... - 6 -
III.Histoire naturelle de l’infection par le HCV .............................................................. - 7 -
IV.Les traitements contre l’infection par le HCV ........................................................... - 8 -
V.Les candidats vaccins ............................................................................................ - 11 -
VI.HCV et transplantation hépatique .......................................................................... - 12 -
Le virus de l’hépatite C ................................................................................................... - 16 -
I.Structure et génome du HCV ................................................................................. - 16 -
II.Les protéines du HCV ............................................................................................ - 16 -
III.Hétérogénéité du HCV ........................................................................................... - 22 -
Les modèles d’étude en laboratoire .............................................................................. - 24 -
I.Les modèles in vitro ............................................................................................... - 24 -
II.Les modèles in vivo ............................................................................................... - 27 -
Interactions HCV-cellule hôte : les acteurs d’une histoire complexe ........................ - 30 -
I.Le cycle viral .......................................................................................................... - 30 -
II.Rôle majeur des lipides pour le HCV ..................................................................... - 38 -
III.HCV et réponses immunitaires : l’échappement du HCV ...................................... - 44 -
Contexte et objectifs de la thèse .......................................................................................... - 50 -
Résultats et discussion ......................................................................................................... - 52 -
Partie 1 : Des mutations de l’enveloppe virale permettent de moduler simultanément
l’utilisation du récepteur cellulaire CD81 et la neutralisation par les anticorps. ...... - 52 -
I.Résultats ................................................................................................................ - 53 -
II.Discussion ............................................................................................................. - 60 -
Partie 2 : L’apolipoprotéine E joue un rôle majeur dans l’échappement du HCV à la
réponse humorale. .......................................................................................................... - 63 -
I.Résultats ................................................................................................................ - 64 -
II.Discussion ............................................................................................................. - 69 -
Conclusion générale et perspectives ................................................................................... - 71 -
Références .............................................................................................................................. - 73 -
Annexes ................................................................................................................................ - 109 -

- 2 -
Abréviations
apoA Apolipoprotéine A
apoB Apolipoprotéine B
apoC Apolipoprotéine C
apoE Apolipoprotéine E
CLDN1 Claudine 1
CM Chylomicrons
DAA Agent antiviral à action directe
DC Cellule dendritique
RE Réticulum endoplasmique
FBS Sérum de veau fétal
GFP Green fluorescent protein
GPs Glycoprotéines d’enveloppe
HAV Virus de l’hépatite A
HBV Virus de l’hépatite B
HCC Carcinome hépatocellulaire
HCV Virus de l’hépatite C
HCVcc Virus de l’hépatite C produit en culture cellulaire
HCV-LP Hépatite C like - particles
HCVpp Pseudoparticule virale de l’hépatite C
HDL Lipoprotéines de haute densité
HIV Virus de l’immunodéficience humaine
HS Héparanes sulfates
HSPG Protéoglycanes à héparanes sulfates
HVR Région hypervariable
IFN Interféron
IRES Site interne de liaison au ribosome