Study of the resumption of transcription after DNA repair Contact: Ambra Mari ([email protected]) Genome integrity is continuously challenged by a variety of genotoxic agents inducing DNA lesions, which are eliminated by the Nucleotide excision repair (NER) process. The biological significance of NER is highlighted by severe clinical consequences associated with inherited NER-deficiencies: the cancer-prone xeroderma pigmentosum (XP), the progeroid disorders Cockayne syndrome (CS) and trichothiodistrophy (TTD) (1). TFIIH is a 10 subunit protein complex essential for NER and RNA polymerase II (RNA PolII) transcription initiation (2, 3). Mutations in TFIIH cause variable phenotypes ranging from the cancer-prone XP to premature ageing CS and TTD. Transcription Coupled Repair pathway (TCR) is the NER subpathway where the elongating RNA PolII will mark damage on the transcribed strand of active genes (4) that needs to be removed for transcription resumption. Deficient TCR is illustrated in Cockayne syndrome (CS) patients, a rare inherited syndrome characterized by multi-system clinical malfunctions, growth and neurological abnormalities and premature ageing due to increased apoptosis. At the cellular level, a hallmark of CS is the inability to resume RNA synthesis after exposure to UV-light. This indicates the importance of transcriptional resumption after removal of damaged lesion and repair by TCR. During TCR we can distinguish two phases: 1) the repair of the damaged strand and 2) the resumption of transcription after repair (RTR). Although the TCR repair process has been extensively described, the RTR mechanism and the specific proteins involved are still elusive. Dr. Giglia Mari’s group identified an RNA PolII Elongation Factor (ELL: eleven-nineteen lysine-rich leukemia), known to increase the catalytic rate of RNA Pol II transcription (5), as a new partner of TFIIH (Mourgues et al., under revision). A possible model is suggested where ELL is an indirect TCR-repair factor, which plays a more specific role during RTR via recruitment of other elongation factors in order to facilitate resumption of transcription upon DNA repair (6). Research objective The scientific key objective of this project is to disclose the molecular mechanism that explains how transcription is resumed after repair of the damaged lesion. To gain more insights into the mechanistic role of ELL, we will aim to isolate and functionally characterize the ELL-containing protein complexes, formed during RTR. Moreover it has been reported in vitro that ELL and the positive elongation factor P-TEFb exist in complexes with multiple MLL translocation partners, called Super Elongation Complexes (SECs) (6). Phosphorylation of factors is known to influence their activity. It is possible that the Cdk9 subunit of P-TEFb phosphorylates ELL and/or its associated factors and in this way influences its/their function during RTR. Etude du redémarrage de la transcription après réparation de l’ADN. Contact: Ambra Mari ([email protected]) L'intégrité du génome est constamment mise en danger par une variété d'agents toxiques qui induisent des lésions sur la molécule d'ADN. La cellule a mis en place des systèmes de réparation de l’ADN qui vont détecter les lésions et vont rétablir la séquence d’ADN correcte. Parmi les systèmes de réparation que la cellule utilise pour se défendre, la réparation par excision de nucléotides (NER) a était mise en place pour éliminer les lésions qui déforment l’hélice d’ADN. Le NER est un mécanisme en plusieurs étapes qui fait appel a plus d’une trentaines de protéines qui vont détecter la lésion, puis ouvrir l’hélice d’ADN et couper le brin d’ADN qui porte la lésion. Quand une des protéines du système NER est mutée, le système est défaillant et ceci cause des maladies génétiques graves. Les patients qui présentent une déficience dans le système NER peuvent être prédisposé au cancer (Syndrome du Xeroderma Pigmentosum, les enfants de la lune) ou bien peuvent présenter des problèmes neurologiques, de développement et de vieillissement précoce (syndrome de Cockayne et trichothiodystrophie). Dans le système NER, les lésions sont réparées de façon différente selon qu’elles soient situées sur les gènes transcrits ou pas. Dans le cas ou les lésions se trouvent sur un gène transcrit, la réparation se fera en combinaison avec la transcription. En effet, l’enzyme qui produit les ARNs messagers, l’ARN Polymérase II, va buter contre une lésion et la transcription va s’arrêter. Cet arrêt va entrainer le mécanisme de réparation. Une fois que la séquence d’ADN réparée a été rétablie la transcription doit reprendre. Bien que le mécanisme de réparation est connu en détail, comment la transcription reprend après la réparation de l’ADN reste encore une question ouverte. Le but de ce projet est celui de découvrir et d’étudier en détail comment la transcription redémarre après l’arrêt temporaire, nécessaire à la réparation de l’ADN. RESUME DE LA RECHERCHE Le but de ce projet est d’établir les mécanismes qui gouvernent la reprise de la transcription après réparation de l’ADN. En effet, selon certains scientifiques, l’ARN polymérase se détache du brin d’ADN et ensuite elle est dégradée et d’autres scientifiques proposent que l’ARN polymérase reste sur le brin d’ADN mais elle recule pour permettre à la machinerie de réparation de pouvoir exciser le brin endommagé. L’équipe d’accueil a trouvé récemment une nouvelle protéine qui interagit fortement avec le complexe TFIIH et qui joue un rôle fondamentale et spécifique dans la reprise de la transcription après réparation. Il s’agit de la protéine ELL, qui a été décrite comme une protéine qui stimule la progression de la transcription. ELL est la seule protéine connue, à part l’ARN polymérase II, qui est spécifique de la reprise de la transcription après réparation. Grace à cette découverte on pourra isoler et caractériser les complexes protéiques qui sont associés avec la protéine ELL spécifiquement après avoir traité les cellules avec un agent qui déclenche le système de réparation NER, tel que les irradiations UV et étudier en détail comment la transcription reprend.