Measles virus

Métagénomique urbaine
Banque de données ADN
2
Measles virus
virus
ADN codant pour une protéine du virus
responsable de la rougeole
aaagcgattggccatggcaaaattattgataacgcggaacag
P16628 (Matrix protein)
3
Boletus edulis
(bolet)
spores
Wikipedia commons: Wawnelid
ADN codant pour une protéine qui lie les sucres
aaaggcgaactgattaccgtggcggtgggcgt
F2Z266 (lectin)
4
Olea europaea
(olivier)
pollen
Wikipedia commons: Adrian Michael
ADN codant pour une protéine impliquée dans
la défense de la plante contre des pathogènes.
Cette protéine est allergène.
aactttagcaaaaacctgccgctgctggtgagcctgtgggc
E3SU11 (thaumatin)
5
Candida Albicans
(champignon)
spores
ADN d’un champignon que l’on retrouve sur la
peau humaine et qui peut être responsable de
graves maladies de la peau (mycoses)
aagaaagccagattacctatgatggcctgagcccg
P78595 (CDR2)
6
Brassica Napus
(colza)
pollen
Wikipedia commons: Reedj
ADN codant pour une protéine présente dans le
pollen du colza
accagctggtattaccactggtttactgactacgggttta
Q00650 (Oleosin)
7
Zea mays
(maïs)
pollen
pixabay.com
ADN codant pour une protéine impliquée
dans la fertilisation
acccggccccaacatcaccaccaactacaacggcaagtgg
P58738 (Expansin-B1)
8
Columba livia
(pigeon)
squames
Wikipedia commons
ADN codant pour une protéine de l’œil, que
l’on retrouve seulement
chez les oiseaux et les reptiles
accctggtggaacgcgctgccatagaagtcgatgtcatcc
Q01592 (ASL)
9
virus
Zika virus
viralzone
ADN codant pour une protéine du virus, présent
surtout dans les régions tropicales
agaagaaatccggaggatccggattgtcaatatgctaaaa
Q32ZE1, genome polyprotein
10
Pinus pinea
(pin)
pollen
Wikipedia commons
ADN codant pour la protéine rubisco, impliquée
dans la photosynthèse et la fixation du CO2
agcccgaaaaccgaaaccaaagcgagcgtgggctttaaagc
P24678 (rbcl)*
11
Saccharomyces cerevisiae
(levure)
spores
Source: http://www.microbiologyonline.org.uk/themed/sgm/img/slideshows/3.1.4_fungi_2.png)
ADN codant pour une protéine qui ‘fait des
bulles’, impliquée dans la production de CO2
pendant la fermentation du pain.
agcgaaattaccctgggcaaatatctgtttgaacgcctgaa
P06169 (PDC1) 12
Agaricus bisporus
(champignon de Paris)
spores
Wikipedia commons
ADN codant pour une protéine impliquée dans
la fabrication des pigments bruns
qui colorent le chapeau du champignon
agcgataaaaaaagcctgatgccgctggtgggcattccggg
C7FF04 (PPO3)
13
Cocos nucifera
(cocotier)
pollen
Wikipedia commons
ADN codant pour une protéine impliquée dans
la défense contre les bactéries
agcgtggcgggccgcgcgcagggcatgtaa
P86705 (Antimicrobial peptide 1)*
14
Citrus limon
(citronnier)
pollen
pixabay.com
ADN codant pour une protéine impliquée dans
l’acidification du fruit
agctcaggatgatttggtcagtaatatgatggaggcagca
Q9SWE7 (ATPase subunit E )* 15
Theobroma cacao
(cacaoyer)
pollen
Wikipedia commons
ADN codant pour une protéine impliquée dans
la protection de la plante
contre certains champignons
agctttcgcgcgctgagcgtgtttagcctgtttctgagcta
Q41596 (CHIA1)
16
Quercus robur
(chêne)
pollen
Wikipedia commons: Bruger:Haabet
ADN codant pour une protéine du chêne
aggaaaagttcccacatttaaattattcggcggatatact
Q8M920 (MatK)*
17
Amanita phalloides
(amanite phalloïde)
spores
Wikipedia commons
ADN codant pour une des principales toxines
du champignon
atctggggaatcggatgcaaccct
P85421 (amatoxin)*
18
Ambrosia artemisiifolia
(ambroisie)
pollen
Wikipedia commons:
Krzysztof Ziarnek
ADN codant pour une protéine allergène
atggggatcaaacattgttgttacatcttg
P28744 (pectate lyase 3)
19
Glycine max
(soja)
pollen
Wikipedia commons
ADN codant pour une protéine impliquée dans
la défense de la plante contre les champignons
attctgctgattacctataccggcaccaccgatgcgcaga
Q03773 (E13A)
20
Betula pendula
(bouleau)
pollen
Wikipedia commons: R. Prat
ADN codant pour une protéine allergène,
présente dans le pollen du bouleau
attgaaggaaatggagggcctggaaccattaagaagatca
P15494 (Major pollen allergen Bet)*
21
Rhizopus microsporus
(moisissures)
spores
Wikipedia commons: Moon Jin Kim
ADN d’un champignon qui infecte le maïs, les tournesols et le
riz. Ce champignon vit en symbiose avec une bactérie qui
fabrique le rhizoxin, un médicament utilisé pour le traitement
contre le cancer.
attgatgtgccggcgggcaaaaacctgattggcgcg
Pas d’entrée dans Swiss-Prot, A0A0C7BTH9*22
23
Bos taurus
(boeuf)
squames
Wikipedia commons: I. Avvincent
ADN codant pour une protéine qui joue un rôle
important dans le développement du muscle
cagaaactgcagattagcgtgtatatttatctgtttatgct
O18836 (MSTN)*
24
Equus caballus
(cheval)
squames
Wikipedia commons
ADN codant pour une protéine qui joue un rôle
important dans le développement du muscle
cagaaactgcagattagcgtgtatatttatctgtttgtgct
Q9GM97 (MSTN)
25
Ovis aries
(mouton)
squames
Pixabay.com
ADN codant pour une protéine qui joue un rôle
important dans le développement du muscle
cagaaactgcagatttttgtgtatatttatctgtttatgct
O18830 (MSTN) *
26
Gallus gallus
(poule)
squames
Pixabay.com
ADN codant pour une protéine qui joue un rôle
important dans le développement du muscle
cagaaactggcggtgtatgtgtatatttatctgtttatgca
O42220 (MSTN)
27
Dermatophagoides pteronyssinus
(acarien)
acarien
Wikipedia commons
ADN codant pour une protéine allergène
retrouvée dans la poussière
cagccggcggcggaagcggaagcgccgtttcagattagcctgatg
P49277 (Mite allergen)
28
Prunus avium
(cerisier)
pollen
Wikipedia commons: C. Thomas
ADN codant pour une protéine impliquée dans
l’allergie aux cerises
catgtgcaacggtaacggtgccattccaccggcaacttta
P50694 (glucosidase)
29
Varicella-zoster virus
virus
Wikipedia commons: CDC
Dr. Erskine Palmer/B.G. Partin
ViralZone
ADN codant pour une protéine du virus
responsable de la varicelle
ccacaaaaacacccgactcgaaataccagatcccgacgaa
Q4JR05 (Envelope glycoprotein B ) 30
bactérie
Bordetella pertussis
(bactérie)
Wikiherb.info
ADN codant pour une protéine de la bactérie
responsable de la coqueluche
ccaggtcggcagcagcaacagcgctttcgtctccaccagc
P04977 (Pertussis toxin )
31
Corylus avellana
(noisetier)
pollen
Wikipedia commons: Lecheminlu
ADN codant pour une protéine allergène
contenue dans la noisette
ccgagcgtgattccggcggcgcgcctgtttaaaagctatgt
Q08407 (allergen cora1)
32
Brassica oleracea
(chou)
pollen
Wikipedia commons: S. Speed
ADN codant pour une protéine impliquée dans
la protection contre l’oxydation
ccgcattttaacccggatggcaaaacccatggcgcgccggaagat
P09678 (Superoxide dismutase)
33
Pseudomonas aeruginosa
(bactérie)
bactéries
Wikipedia commons: CDC
ADN codant pour une protéine jouant un rôle dans la virulence
de cette bactérie, de plus en plus souvent responsable
d'infections nosocomiales. Cette bactérie est très présente dans
l’environnement
cgccagtatgaaagcggcaaagcgctggtgccgca
Q9HXE3 (dauA)
34
Klebsiella pneumoniae
(bactérie)
bactéries
www.public-domain-image.com
ADN codant pour une protéine de cette bactérie qui
est responsable des pneumonies
cggagggcggctttgccctgcacggtaactcgaaagtgtt
Q9AGA6 (aglB) 35
Aedes aegypti
(moustique)
squames
Wikipedia commons: PHIL
ADN codant pour une protéine avec des
propriétés anticoagulantes
cgtgcaacactgggagggttatcctgtgttcatcgaccaca
P50635 (Apyrase)
36
bactéries
Staphylococcus epidermidis
(bactérie)
Wikipedia commons: Janice Carr (CDC)
ADN de cette bactérie que l’on retrouve dans l’air surtout
en été. Cette bactérie fait partie de la microflore de notre
peau…qui est moins couverte en été
ctcttttaaatcatatcaatattgtagaaaatcatgaata
P30197 (epiD)
37
Malassezia globosa
(champignon)
spores
Wikipedia commons: Janice Carr (CDC)
ADN d’un champignon que l’on retrouve sur la
peau humaine et responsable de la production
des pellicules sur le cuir chevelu (mycoses)
ctgcatagcgatgatacccaggtgatgatgcaggcgctg
A8QCB2 (MGL_3989)
38
Megoura viciae
(puceron)
squames
Pixabay.com
ADN codant pour une protéine avec des
propriétés anti-bactériennes
ctgctgtgcattggcaacggccaggtgttttaa
P83417 (Megourin-1)
39
Capra hircus
(chèvre)
squames
Wikipedia commons: Petruss
ADN codant pour une protéine présente
dans le lait
ctggcgctggcgtgcggcattcaggcgattattgtgaccca
P02756 (lactoglobulin)
40
Streptococcus pyogenes
bactérie
(bactérie)
Wikipedia commons: CDC #2110.
ADN codant pour une protéine de la bactérie
responsable de la scarlatine (angine)
ctgggctatagcaccagcggcagctttgatgcgaacggcaaagaa
P0C0J0 (Streptopain)
41
42
Solanum tuberosum
(pommes de terre)
pollen
Wikipedia commons
ADN codant pour une protéine impliquée dans
la fertilisation
gaaaagtttgatcttttgacaactctcagaacccatggaa
Q01796 (Ribonuclease S-2)
43
Allium cepa
(oignon)
pollen
Wikipedia commons
ADN codant pour une protéine ‘lacrymogène’.
gaactgaacccgggcgcgccggcggtggtggcggatagcgc
P59082 (LFS)
44
Lavandula angustifolia
(lavande)
pollen
Wikipedia commons: François Philipp
ADN codant pour une protéine impliquée dans
la fabrication des essences de lavande (odeur)
gagaatttgccaccaaatccctacaaagaaaacttgatga
Q2XSC5 (R-linalool synthase)
45
Reston Ebola virus
virus
ADN codant pour une protéine du virus qui
provoque des fièvres souvent hémorragiques
gagactccagagacactatcattcctaatagtgcaattga
Q91DE1 (Nucleoprotein)
46
Virus Variola
virus
ADN codant pour une protéine du virus
responsable de la variole. Ce virus a été
éradiqué de la planète grâce à la vaccination
gatattccagctatcagattatgcggtccagagggagataggtatt
P33804 (Pro-variola growth factor)
47
Helix pomatia
(escargot)
squames
Wikipedia commons: Simon Koopmann
ADN codant pour une protéine qui se trouve
dans l’hémolymphe des mollusques
gatattcataccaccgcggtggcgggcgtgggcgtgcgcaa
P56823 (Hemocyanin)
48
Musa acuminata
(bananier)
pollen
Wikipedia commons
ADN codant pour une protéine impliquée dans
le métabolisme du sucre
gatcatgaagcggaagcgcatcgcaccgatctgatgaccat
Q9XF47 (FBPban1)
49
Pyrenophora tritici-repentis
(moisissures)
spores
Wikipedia commons
ADN d’un champignon qui infecte de
nombreuses plantes
gatccgatggcgggcctgggcggcatgggcagcatgatgc
B2VVF0 (get3)
50
Vitis vinifera
(vignes)
pollen
Wikipedia commons
ADN codant pour une protéine impliquée dans
la fabrication des pigments du vin rouge
gcattcaaggccgtgaagacgagctgctcaatttc
P51094 (UFGT)
51
Xenopus laevis
(grenouille)
squames
Wikipedia commons
ADN codant pour une protéine universelle
impliquée dans la fabrication d’énergie
gcgattacccgctggctgtttagcaccaaccataaagatat
P00398 (cytochrome c)
52
Escherichia coli
(bactérie)
bactérie
www.public-domain-image.com
Cette bactérie se trouve
dans les matières fécales.
ADN codant pour une protéine du flagelle
gcgcaggtgattaacaccaacagcctgagcctgattaccca
P04949 (flagellin)
53
Papilio polyxenes
(papillon)
squames
Wikipedia commons: D. Gordon
ADN codant pour une protéine permettant au
papillon de se nourrir de certaines plantes
toxiques
gctgcctctgatgtcgcaagtcggcgacaagtttataaat
CYP6B3 (Q27756)
54
Penicillium chrysogenum
(moisissures)
spores
Wikipedia commons: D. Gordon
ADN codant pour une protéine impliquée dans
la fabrication de la pénicilline
ggagcaaggcggaatggccgccagcgcttttatcatggtg
P15802 (penDE)
55
Larix decidua
(mélèze)
pollen
Wikipedia commons: Antony.sorrento
ADN codant pour une protéine impliquée dans
la photosynthèse
ggccagaaaaaaaaaaaccaggaaaacctgctgggctttac
Q695L6 (chlL)*
56
Prunus armeniaca
(abricotier)
pollen
Wikipedia commons
ADN codant pour une protéine impliquée dans
la fabrication des pigments oranges
ggcctggttgatggggtttctggtacttggtatgtcaagt
O81360 (Zeaxanthin epoxidase)
57
Alternaria alternata
(moisissures)
spores
Wikipedia commons
ADN codant pour une protéine importante pour
la reproduction du champignon
ggcgatcccacgatctcccatgatggctcttccaggtctg
O94160 (Mating-type protein-1)
58
Drosophila Melanogaster
(mouche)
squames
Wikipedia commons
ADN codant pour une protéine universelle
impliquée dans la fabrication d’énergie
ggcgtgccggcgggcgatgtggaaaaaggcaaaaaactgtt
P84029 (cytochrome c)*
59
bactéries
Bacillus subtilis
(bactérie)
ADN codant pour une protéine de cette bactérie
retrouvée dans l’air surtout au printemps
ggtcatcaactcagtcaggccgtatcacccggaaacggaa
P35149 (spoIVA)
60
Homo sapiens
(homme)
squames
Wikipedia commons
ADN codant pour une protéine impliquée dans
la différenciation sexuelle
gtattcaacagcgatgattacagtccagctgtgcaagaga
Q05066 (SRY)
61
Methanobrevibacter smithii
bactérie
(archée)
Cette archée se trouve
dans les matières fécales
ADN codant pour une protéine impliquée dans
la fabrication du méthane (odeur des pets)
gtgagcgtgaacctggaagcgaaaaaaaccgtggatgtgat
A5UP00 (MCH)
62
bactéries
Bacillus thuringiensis
(bactérie)
ADN d’une bactérie utilisée comme insecticide
dans l’agriculture.
gttaaataaacgataacatttggaactggcatatcttgtg
Pas d’entrée dans Swiss-Prot
63
64
Canis lupus familiaris
(chien)
squames
Wikipedia commons:
ADN codant pour une protéine impliquée dans
la digestion des graisses
tagaagcaagtttccagggcactcctgaagaggttcgact
P06857 (lipase-related protein 1)
65
Vulpes Vulpes
(renard)
squames
Pixabay.com
ADN codant pour une protéine impliquée dans
la régulation de l’humeur
tccataaactgatacgctttaagtgcgcaagttgacttgt
Q6XXX8 (5-hydroxytryptamine receptor)
66
virus
Poliovirus
ADN codant pour une protéine du virus
responsable de la polio
tcccttctgatacagtgcaaaccagacatgttgtacaaca
P03300 (Polyprotein)
67
Pseudomonas phage F10
virus
(virus infectant la bactérie Pseudomonas)
ADN du phage F10 qui a été retrouvé en grande
quantité dans la ville de Washington DC aux
Etats-Unis en 2009
tctacagccgcctgcgcattgatgtgcccatcccgtggca
pas d’entrée dans UniProt
68
Citrus sinensis
(oranger)
pollen
ADN codant pour une protéine impliquée dans
la fabrication d’un pigment rouge
tgagtatgataagccaagaaaccatggataccaaattgct
Q9SEA0 (Capsanthin/capsorubin synthase)
69
Triticum aestivum
(blé)
pollen
ADN codant pour une des protéines qui sert de
‘réservoir de nourriture’ dans les graines.
Cette protéine est responsable des allergies
dites ‘au gluten’
tgcaccattgctccatttggcatcttcggtactaactgaga
P04722 (gliadin)
70
Cedrus deodara
(cèdre)
pollen
ADN codant pour une protéine impliquée
dans la photosynthèse
ttaccgcaaatactagtttggctcattattgccgagacaa
P26959 (rbcL)*71
Capra ibex
(bouquetin)
squames
Wikipedia commons
ADN codant pour une protéine impliquée dans
la défense contre les infections bactériennes
ttagcaataacaatctcgattcattttctttgattttgcc
B2LT62 (TLR2)*
72
Felis catus
(chat)
squames
Wikipedia commons: Roland zh
ADN codant pour une protéine responsable des
allergies aux chats
ttggacttgtccctcacaaaagtcaatgctactgaaccag
P30440 (Major allergen)
73
Influenza A virus
virus
ADN codant pour une protéine du virus
responsable de la grippe
ttgggtgacgagagaaccttatgtgtcatgcgatcctggc
Q67344 (Neuraminidase)
74
Solanum lycopersicum
(tomate)
pollen
ADN codant pour une protéine impliquée dans
la fabrication des pigments du fruit
tttaaaaccaacaacgtgaccgcgcgcctgtttgaacgcca
Q9ZNU6 (DET1)
75
bactéries
Legionella pneumophila
(bactérie)
Wikipedia commons: CDC #11150
ADN codant pour une protéine favorisant la
virulence de cette bactérie responsable de la
légionellose
tttagtaggtataatgcaattcataaaagatgtagcagac
Q29ST3 (drrA)
76
Aspergillus flavus
(moisissures)
spores
www.apsnet.org
Courtesy of B. Horn
ADN codant pour une protéine responsable
des allergies dues aux moisissures
tttgataaaaaccagccgtggggcgtgattcgcgatctg
P82258 (Allergen Asp fl 2) 77
Malus domestica
(pommier)
pollen
www.Pixabay.com
ADN codant pour une protéine impliquée dans
le processus de maturation de la pomme
tttggagctaaagggaatggtgctgatgacacacaggcat
P48978 (Polygalacturonase)
78