Microbiologie
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Microbiologie BACTERIOLOGIE En quelques chiffres ..... Nous connaissons moins de 5 % des espèces microbiennes Dans le corps humain ✏ ✏ Les Unités ✏ Définition d’un organisme vivant Cellule = unité de base de la vie présence d’une cellule, c’est-à-dire d’une membrane plasmique autour d’un génome transmissible à la descendance ayant une certaine autonomie métabolique, une capacité d’évolution , et une durée de vie limitée. ✏ Définition d’un micro-organisme Les microorganismes sont des organismes, le plus souvent invisibles à l’œil nu, unicellulaires ou multicellulaires (par exemple, mycélium) dénuées de différenciation tissulaire. Les cellules sont équivalentes et ne présentent pas, le plus souvent, de spécialisation fonctionnelle. ✏ Micro-Organismes ✏ Ecologie Bactérienne ✏ Définition d’un organisme procaryote « pro » = primitif, avant « karyote » = noyau Ces organismes n’ont pas de véritable noyau, leur matériel génétique est organisé sous la forme d’un nucléoïde. Ils se divisent par fission binaire. Ils partagent d’autres caractéristiques structurales, génétiques et biologiques. ✏ Mitochondrie Ribosome Anatomie Bactérienne ✏ Cellule Procaryote ✏ ✏ Coloration ✏ GRAM Développée par le médecin danois Christian Gram en 1884 Coloration au cristal violet (colorant basique) Env. 30’’ Lavage (eau) Augmentation des interactions colorantcellule à l’aide d’un mordant (iode/lugol) env. 1’ Lavage à l’eau Env. 2’’ Contrecoloration (safran / fuschine) env. 30-60’’ Lavage à l’eau Séchage Décoloration (éthanol) env. 10-30’’ Lavage à l’eau Gram + Gram - La SPORE ✏ Nutrition Bactérienne Relation hôte bactérie ✏ ✏ Bonne santé , ✏ ✏ LA FLORE BUCCALE Les différentes espèces bactériennes sont associées à des sites spécifiques dans la cavité buccale. On les retrouve au niveau du sillon gingivo-dentaire, des replis muqueux au niveau des joues, du palais, du plancher buccal, des gencives, dans les puits et fissures au niveau de l'émail. Dans les conditions physiologiques normales, les différentes colonies bactériennes sont en équilibre, ce qui se traduit par un état cliniquement sain. Par contre toute altération de l'état général ou local entraînera un déséquilibre de cette flore bactérienne et aboutira à des problèmes inflammatoires et/ou infectieux. ✏ BACTERIES CARIOGÈNES ✏ C'est une flore abondante : 1010 - 10 11 bactéries/ml de salive Hétérogène : - Gram+ & Gram - aérobie anaérobie facultatif (environ 1/3) - anaérobies stricts (environ 2/3) - microaérophiles (quelques-unes) Polymorphe: - cocci - bacilles - fusobactéries - bactéries mobiles Flore des poches parodontales -parodontopathies Dans les poches supra osseuses, on trouve 50% d'aérobies et 50 % d'anaérobies. Dans les poches profondes on trouve 20 % d'aérobies et 80 % d'anaérobies ✏ ✏ ✏ ✏ ✏ ✏ ✏ ✏ ✏ ✏ Plaque Dentaire = Biofilm Bactérien Caries & Parodontopathies ✏ Métabolisme des sucres Biofilm multi-espèces Courbe de Croissance L A T E N C E A C C É L É R A T I O N E X P O N E N T I E L L E R A L E N T I S S E M E N T S T A T I O N N A I R E D É C L I N ✏ ✏ PÉRIODES DE LA MALADIE INFECTIEUSE Période d'incubation,obligatoirement silencieuse cliniquement où le foyer infectieux est encore de trop faibles volume.(latence) Période d'invasion où apparaissent rapidement les différents signes de la maladie. La bactérie ne rencontre que peu d'opposition de la part de l'hôte. (accélération) Période d'état où les signes cliniques sont à leurs maximum. L'infection se heurte aux moyens de défense qui empêchent sa progression.(exponentielle) Période de terminaison qui peut être soit la mort de l'hôte,soit sa guérison. (déclin) Microbiologie VIROLOGIE 1 µm = 1 / 1000 mm Rapport Bactérie / Virus ✏ 1 nm = 1 / 1000 µm Taille : ~ 20 nm à 100 nm 3000 nm Il faudrait regrouper plus de 20 milliards de virus pour obtenir un petit point visible à l’œil nu. ✏ Définition d’un Virus (1992) Les virus sont des objets biologiques particulaires,infectieux,subcellulaires, se multipliant par réplication et doués d’une grande capacité évolutive. Ils dépendent de cellules vivantes pour être répliqués. Ils sont capables de perturber profondément et / ou durablement l’information génétique cellulaire. LES PRINCIPAUX VIRUS HUMAINS ✏ Virus de la Grippe ✏ ✏ Symétrie Hélicoïdale Hexons et Pentons ✏ ✏ ICOSAÊDRE Chaque face est un triangle équilatéral Vue par une face (20 faces) Vue par une arête (30 arêtes) Vue par un sommet (12 sommets) ✏ Classification Virale On retient principalement 4 caractères objectifs : * la nature de l'acide nucléique, permettant de distinguer les virus à ADN (D) des virus à ARN (R) * la symétrie de la nucléocapside, hélicoïdale (H) ou cubique (C) * la présence d'une enveloppe, les virus qui en possèdent une étant dits enveloppés (E) et les autres nus (N) * Un chiffre correspondant soit au nombre des capsomères dans le cas des virus icosaédriques, soit au diamètre de la nucléocapside si elle est hélicoïdale. ✏ Taxonomie Virale Une classification des virus en famille (...viridae), en sous-familles (...virinae), dans certains cas, en genres (...virus) et en espèces. Bien qu'imparfaite, encore incomplète et mouvante, cette classification est universellement adoptée à l'heure actuelle. Remarque: ARBOVIRUS = ARthropod BOrne VIRUS ( arthropodes = moustiques, tiques) ✏ Pathogenèse •Pour provoquer une maladie, un virus doit atteindre la porte d'entrée de l'organisme, trouver les récepteurs appropriés à la surface des cellules, pénétrer dans celles-ci et s'y multiplier. •Le virus se multiplie dans les cellules sensibles, en sort et infecte d'autres cellules, jusqu'à altérer par destruction cellulaire tout un tissu ou un organe. L'extension de l'infection est généralement limitée par les mécanismes de défense de l'hôte et les conséquences de l'infection dépendent du nombre de cellules détruites et de la possibilité qu'a l'organisme de les remplacer. Période d’incubation ✏ C'est la période entre l'exposition (= le contage), c'est-à-dire l'entrée dans l'organisme du premier virion, et les premiers signes cliniques. Elle est courte (1 à 5 jours) pour les maladies localisées (infections respiratoires), Elle est longue (10 à 20 jours) quand le virus doit se disséminer avant d'atteindre son tissu cible (virus de la rougeole, de la varicelle, de la rubéole, etc.). Il existe des exceptions: les verrues, infections localisées à incubation longue, les arboviroses, infections généralisées à incubation courte. Cette période est importante à connaître, car le malade est souvent le plus contagieux à la fin de l'incubation juste avant le début des signes cliniques . ✏ Techniques de diagnostic Virologique • * Isolement viral • * Réaction de déviation du complément • * Inhibition de l’hémagglutination • * Hémagglutination passive • * ELISA (Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay) • * immunofluorescence indirecte • * Radio-immunologie • * IAHA (Immune adhérence hemagglutination) • * Réaction de neutralisation • * Western Blot (immunoblot) • * Recherche des Anticorps dans les fractions d'immunoglobulines IgG et IgM ✏ ✏ Protéines de l'enveloppe pouvant se lier à des protéines spécifiques de la cellule parasitée. Seules les cellules possédant les protéines auxquelles les protéines du virus peuvent se lier peuvent être infectées par le virus. Exemple hépatite ✏ Test d'Agglutination ✏ ELISA Positif Negatif Principe du Western Blot Western Blot Chimiluminescence 1 3 2 ✏ ✏ ✏ ✏ ✏ VIRUS & THÉRAPIE GÉNIQUE Destinée des cellules infectées ✏ ✏ ✏ Microbiologie AGENTS TRANSMISSIBLES NON CONVENTIONNELS ATNC Principe d’une maladie à PRION PRoteinaceous Infectious ONly particle (particule protéique infectieuse) PRION = Prpsc = PrPres ✏ ✏ Passage PrPc - PrPres PrPres PrPc PrPres x2 PrPC Protéine constitutionnelle & ✏ PrPres Protéine résistante Hélice alpha Feuillet Bêta La modification de la forme de la protéine (augmentation des feuillets bêta) expliquerait la résistance inhabituelle, la forte insolubilité, le caractère amyloïde, la pathogénicité et les propriétés infectieuses de la nouvelle molécule. ✏ Localisation de la PrPc PrPc Hélices alpha Feuillets bêta Pathologie F A B R I C A T I O N PrPc Pas d'étape 3 si PrPres PrPc ✏ D E S T R U C T I O N
