Automatisation de PyMOL

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Automatisation de PyMOL
Jérôme Pansanel
Toulouse, 18 et 19 janvier 2016

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Automatisation de PyMOL / J. Pansanel18 et 19 janvier 2015
Sommaire
●Le langage de script de PyMOL
●Le script pymolrc
●Le mode batch
●Python dans PyMOL
●PyMOL dans Python
●Les plugins

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Automatisation de PyMOL / J. Pansanel18 et 19 janvier 2015
L'ensemble des actions PyMOL peut être réaliser à l'aide de la ligne de
commande en utilisant le langage PyMOL en utilisant l'invite de commande.
Le langage PyMOL
Invite de commande

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Automatisation de PyMOL / J. Pansanel18 et 19 janvier 2015
Documentation
Quelques ressources documentaires :
●http://www.pymolwiki.org/index.php/Main_Page
●http://www.pymolwiki.org/index.php/CheatSheet
●http://pymol.sourceforge.net/newman/user/S0210start_cmds.html
●Log…
●help

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Automatisation de PyMOL / J. Pansanel18 et 19 janvier 2015
Le lancement de PyMOL peut être modifié avec le fichier pymolrc.
L'emplacement de ce fichier est :
●${HOME}/.pymolrc sous Linux et Mac OS X
●notepad %HOMEDRIVE%%HOMEPATH%\pymolrc.pml sous MS Windows
en utilisant le menu Démarrer → Exécuter…
Ce fichier contient des éléments du langage de script PyMOL.
Il est possible également d'utiliser le langage Python pour automatiser certaines
tâches à l'ouverture de la session. Dans ce cas, le code est stocké dans le
fichier pymolrc.py.
Le fichier pymolrc