SOMMAIRE 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 Taxonomie bactérienne ........................................................................................................................................... François Renaud et Dominique Aubel Métabolisme des micro-organismes d'intérêt médical ....................................................................................... Alain Rimbault et François Renaud Diagnostic phénotypique Alain Marmonier Identification conventionnelle ................................................................................................................................ François Renaud, Thierry Borrel et Alain Marmonier Milieux chromogènes en microbiologie clinique ................................................................................................. Anne-Marie Freydière et Jean Freney Tests rapides en bactériologie ................................................................................................................................ Anne Doléans-Jordheim, Bénédicte Guillot, Youssouf Issabré et Jean Freney Systèmes automatiques d'identification bactérienne ......................................................................................... Jacques Croizé Identification antigénique et anticorps monoclonaux ........................................................................................ Henri de Montclos et Emmanuel Drouet Sérologie bactérienne .............................................................................................................................................. Andreas Stein Techniques de chimie analytique appliquées à la bactériologie ........................................................................ Daniel Deruaz et François Renaud Diagnostic moléculaire en bactériologie ............................................................................................................... Hélène Meugnier, Anne Davin-Régli, Alexis de Rougemont, Olivier Dauwalder et Jean Freney Génétique des populations et phylogénie bactérienne ....................................................................................... Ludovic Lemée et Jean-Louis Pons Marqueurs épidémiologiques ................................................................................................................................. Ariane Deplano, Marc Struelens et François Renaud Lysotypie, bactériocinotypie, ribotypie ................................................................................................................. Francine Grimont, Hélène Meugnier et Françoise Forey Électrophorèse des protéines bactériennes ........................................................................................................... Bertrand Picard Électrophorèse en champ pulsé ............................................................................................................................. Florence Grattard Amplification génique appliquée au marquage épidémiologique ..................................................................... Anne Régli Mécanismes de pathogénicité bactérienne ........................................................................................................... Dominique Aubel et Martin Fussenegger Toxines bactériennes ............................................................................................................................................... Yves Piemont et Olivier Joubert Mécanismes d'échappement des bactéries pathogènes à la réponse immunitaire .......................................... Christian Capo et Jean-Louis Mege Une stratégie bactérienne : la gestion de la perméabilité membranaire .......................................................... Jean-Marie Pagès Bactériologie buccale .............................................................................................................................................. Odile Barsotti et Jean-Jacques Morrier Flore microbienne de la peau saine ....................................................................................................................... Anne Doléans-Jordheim et Jean Freney Flore vaginale .......................................................................................................................................................... Jean-Pierre Lepargneur Écologie microbienne du tube digestif .................................................................................................................. Élisabeth Chachaty et Antoine Andremont Étude de quelques bactéries pathogènes pour le cheval et/ou les carnivores domestiques ........................... Jean-Paul Euzéby et Véronique Guérin-Faublée Biofilms bactériens .................................................................................................................................................. Catherine Campanac, Jean-Claude Block, Mathieu Bergé et Christine Roques PRÉCIS DE BACTÉRIOLOGIE CLINIQUE 10 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 Sécurité au laboratoire de bactériologie clinique ......................................................................... ........ Dominique Trepo, Françoise Tissot Guerraz, Marie-Élisabeth Reverdy, Olivier Robert et François Renaud Risque microbiologique environnemental .................................................................................. ........ Claude Bosi Infections bactériennes nosocomiales en réanimation : le point de vue du clinicien ..................................... Bernard Allaouchiche et Alain Geissler L'assurance qualité au laboratoire de bactériologie ..................................................................... ........ Jean-Claude Ghnassia, Gilles Antoniotti et Anne Davin-Régli Rôle du laboratoire de microbiologie en cas de risque bioterroriste ................................................. ........ René Courcol et David Briffaut L'antibiogramme en pratique courante .............................................................................................. Michèle Weber Pharmacocinétique/pharmacodynamie clinique des antibiotiques ................................................... ........ Laurent Bourguignon, Sylvain Goutelle, Nathalie Bertrand, Michel Ducher, Gérard Carret, Jean-Pierre Flandrois Monique Manchon, Marc Guillaumont, Sabine Cohen, Xavier Barbaut, Roger W. Jelliffe et Pascal Maire Antiseptique et antisepsie ................................................................................................................ Andrée Crémieux et Anne Davin-Régli Biocides : principes actifs, caractéristiques générales ............................................................................ Jean-Yves Dusseau Résistances bactériennes et biocides .................................................................................................. Jean-Yves Dusseau Textiles antibactériens .................................................................................................................... François Renaud et Jean Freney Conservation des bactéries ..................................................................................................... ........ François Bimet Collections de souches bactériennes .......................................................................................... ........ Chantal Bizet et Louis Gardan Prélèvements en bactériologie clinique ...................................................................................... ........ Marie-Élisabeth Reverdy, Pascale Girardo et Corina Berchiche Fiches techniques de bactériologie pratique ............................................................................... ........ Corina Berchiche, Marie-Élisabeth Reverdy et Pascale Girardo Staphylococcus .................................................................................................................................................................................................... Yvonne Brun, Michèle Bes et François Vandenesch Rothia mucilaginosa ......................................................................................................................................................................................... Monique Chomarat Streptococcaceae : Streptococcus, Abiotrophia, Granulicatella, Enterococcus et autres genres apparentés .... ........ Anne Bouvet, Laurent Schlegel et Julien Loubinoux Streptococcus pneumoniae ............................................................................................................................................................................. Jacques Thierry, Jean-David Perrier-Gros-Claude, Thierry Masseron et Alain Ros Arthrobacter ............................................................................................................................................................................................ Véronique Apaire-Marchais et Jane Cottin Leuconostoc, Pediococcus et apparentés ..................................................................................... Willy Hansen t et Philippe Riegel Neisseria gonorrhoeae et Neisseria meningitidis ..................................................................................................................... Muhammed-Kheir Taha et Jean-Michel Alonso Moraxella (Branhamella) catarrhalis ........................................................................................................................................... Hubert Chardon Moraxella ................................................................................................................................................................................................ ............. Angeli Kodjo Acinetobacter .......................................................................................................................................................................................... Philippe J.-M. Bouvet et Marie-Laure Joly-Guillou Enterobacteriaceae – généralités ............................................................................................... Jean Freney et Muriel Croze Escherichia coli et autres Escherichia, Shigella ..................................................................................................................... Valérie Livrelli, Richard Bonnet, Bernard Joly et Arlette Darfeuille-Michaud Klebsiella ............................................................................................................................................................................................................. Michel Drancourt SOMMAIRE 56 Enterobacter ............................................................................................................................................................................................ 57 Serratia ................................................................................................................................................................................................................. Jean Freney, Dominique Monnet et Muriel Croze Proteeae .................................................................................................................................................................................................... ........... Jean Freney, Muriel Croze et Dominique Monnet Salmonella ............................................................................................................................................................................................... ........... Patrick A. D. Grimont et François-Xavier Weill Citrobacter ........................................................................................................................................................................................................... Muriel Croze, Dominique Monnet et Jean Freney Yersinia pestis ......................................................................................................................................................................................... ........... Michel Simonet 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 Autres entérobactéries .............................................................................................................................. ........ Muriel Croze, Dominique Monnet et Jean Freney Pseudomonas-Burkholderia-Ralstonia-Pandoraea ............................................................................................................................. Marie-Odile Husson, Colette Harf-Monteil et Henri Monteil Les bacilles à gram négatif non-fermentants autres que les Pseudomonas .......................................................................... Henri Monteil et Colette Harf-Monteil Aeromonas ............................................................................................................................................................................................... ........... Colette Harf-Monteil et Henri Monteil Plesiomonas shigelloides ................................................................................................................................................................... ........... Colette Harf-Monteil et Henri Monteil Vibrio .................................................................................................................................................................................................................... Géraldine Durand et Willy Hansen t Caulobacter ............................................................................................................................................................................................. ........... Martine Kiredjian Listeria et listériose ........................................................................................................................................... Christine Jacquet, Jocelyne Rocourt et Paul Martin Erysipelothrix ......................................................................................................................................................................................... ........... François Renaud, Jacques Bille et Willy Hansen t Corynebacterium et bactéries apparentes .......................................................................................................... Philippe Riegel 72 Mycobactéries tuberculeuses .................................................................................................................... ........ 73 Les mycobactéries non tuberculeuses ....................................................................................................... ........ Gilles Panteix 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 Gilles Panteix Mycobacterium leprae ........................................................................................................................................................................ ........... Pierre Saint-André et Claude Bollet t Nocardia et actinomycètes aérobies apparentés ................................................................................................. Frédéric Laurent, Veronica Rédriguez-Nava, Jean Freney, José Antonio Serrano et Patrick Boiron Streptomyces ....................................................................................................................................................................................................... Nadia Hidri, Veronica Rôdriguez-Nava et Patrick Boiron Bactéries aérobies sporulées ..................................................................................................................... ........ Niall A. Logan, Tanja Popovic et Alex Hoffmaster Lactobacillus ........................................................................................................................................................................................... Jean-Pierre Lepargneur Helicobacter pylori ................................................................................................................................................................... Francis Mégraud Campylobacter ........................................................................................................................................................................................ ........... Francis Mégraud Bordetella ............................................................................................................................................................................................................ Nicole Guiso Brucella ................................................................................................................................................................................................................ Max Maurin Francisella ........................................................................................................................................................................................................... Max Maurin 11 PRÉCIS DE BACTÉRIOLOG 12 84 85 86 87 Pasteurella .................................................................................................................................................................... Pierre-Yves Donnio Haemophilus ................................................................................................................................................................ Roland Quentin, François Renaud et Jean Freney Gardnerella vaginalis ................................................................................................................................................. Jean Freney, Pascale Girardo et Willy Hansen t Kingella sp. et Suttonella indologenes ..................................................................................................................................... Michel Vergnaud 88 Bacilles à Gram négatif inhabituels ....................................................................................................... 89 Michel Vergnaud Legionella et légionellose ....................................................................................................................... Sophie Jarraud, Monique Reyrolke et Jérôme Étienne 90 Légionelles et désinfectants .................................................................................................................... Maud Mandy, Monique Reyrolle, Jérôme Etienne, Michel Perraud et Jean Freney 91 Bactéries intracellulaires d'amibes ........................................................................................................ Gilbert Greub et Bernard La Scola 92 93 94 95 96 97 98 99 Tréponèmes pathogènes pour l'homme ................................................................................................. Janine André et Bernard Alacoque Leptospira ..................................................................................................................................................................... Guy Baranton, Danièle Postic et Olivier Dauwalder Borrelia ......................................................................................................................................................................... Danièle Postic et Guy Baranton Bartonella ..................................................................................................................................................................... Jean-Marc Rolain et Didier Raoult Afipia ............................................................................................................................................................................ Max Maurin Streptobacillus moniliformis ..................................................................................................................................... Claude Bollet t et Marie-Jo Denizot Tropheryma whipplei, agent de la maladie de Whipple ........................................................................... Florence Fenollar et Didier Raoult Rickettsia ...................................................................................................................................................................... Pierre-Edouard Fournier et Didier Raoult 100 Ehrlichioses et anaplasmoses humaines ............................................................................................... 101 Mycoplasmes ........................................................................................................................................ Stanislas Rebaudet et Philippe Brouqui 102 103 104 Christiane Bébéar, Bertille de Barbeyrac, Sabine Pereyre et Cécile-Marie Bébéar Chlamydia ................................................................................................................................................................... Bertille de Barbeyrac, Cécile-Marie Bébéar et Christiane Bébéar Coxiella burnetii ........................................................................................................................................................ Andreas Stein Généralités sur les bactéries anaérobies ............................................................................................... Alain Sédallian et Luc Dubreuil 105 Anaérobies à Gram positif non sporulés .............................................................................................. Françoise Gavini, Alain Sédallian et Luc Dubreuil 106 107 108 109 Cocci anaérobies à Gram positif (GPAC) ............................................................................................ Alain Sédallian, Françoise Gavini et Luc Dubreuil Clostridium difficile .................................................................................................................................................. Michel Delmée Clostridium autres que C. difficile ........................................................................................................................ Stéphane Bland, Alain Sédallian et Luc Dubreuil Bacilles anaérobies à Gram négatif ..................................................................................................... Luc Dubreuil et Alain Sédallian 110 Les cocci à Gram négatif anaérobies .................................................................................................. Hélène Marchandin Index, p. 1739 Liste des auteurs, p. 1757 Illustrations, p. 1765