RECHERCHE Départements de recherche

Institut Pasteur
PAST RA05-0 couv_v9
27/06/06
15:50
Page 2
rapport annuel
2005
Sommaire
Édito du Président
2
Édito de la Directrice générale
4
Organisation générale de l’Institut Pasteur
6
Conseil d’administration
7
Comité de direction
8
Conseil scientifique
9
Bilan d’activité
10
Recherche
12
Départements de recherche
12
Génopole – Imagopole
60
Applications de la recherche
64
Recherche médicale et santé publique
66
Rapport annuel 2005
Centres nationaux de référence
et Centres collaborateurs de l’OMS
68
Liste des unités de l’Institut Pasteur
74
Enseignement
80
International
84
Bilan des moyens
88
Ressources humaines
90
Communication
94
Dons et legs
98
Finances
102
Institut Pasteur
PAST RA05-0 couv_v9
27/06/06
15:50
Page 2
rapport annuel
2005
Sommaire
Édito du Président
2
Édito de la Directrice générale
4
Organisation générale de l’Institut Pasteur
6
Conseil d’administration
7
Comité de direction
8
Conseil scientifique
9
Bilan d’activité
10
Recherche
12
Départements de recherche
12
Génopole – Imagopole
60
Applications de la recherche
64
Recherche médicale et santé publique
66
Rapport annuel 2005
Centres nationaux de référence
et Centres collaborateurs de l’OMS
68
Liste des unités de l’Institut Pasteur
74
Enseignement
80
International
84
Bilan des moyens
88
Ressources humaines
90
Communication
94
Dons et legs
98
Finances
102
PROFIL
Profil
Recherche, santé publique et enseignement : l’Institut Pasteur exerce ses
trois missions d’intérêt public depuis sa création, voici plus d’un siècle. Toujours
à l’avant-garde de la science, l’Institut Pasteur a été à la source de plusieurs disciplines : berceau de la
microbiologie, il a aussi contribué à poser les bases de l’immunologie et de la biologie moléculaire.
Original de par son statut de fondation privée, il l’est aussi par son implantation mondiale : le Réseau
International des Instituts Pasteur, situé sur les 5 continents, fait de cette institution une structure
unique au monde.
C’est donc non seulement en France mais aussi dans plus d’une vingtaine de pays que l’Institut Pasteur
mène son principal combat : la lutte contre les maladies infectieuses. Plus de la moitié des
laboratoires de recherche du campus parisien se consacrent à la recherche sur ces maladies. Leur
objectif est de décrypter le fonctionnement des micro-organismes et des infections qu’ils provoquent
et de développer de nouveaux diagnostics, des traitements et des vaccins. La recherche est également
au service de la santé publique : plusieurs laboratoires experts ont aussi pour mission la surveillance
des maladies infectieuses.
Au-delà
les recherches concernent aussi certaines
maladies génétiques et des maladies neuro-dégénératives. Parallèlement, de
nombreux laboratoires de l’Institut Pasteur participent à une meilleure connaissance du vivant,
des maladies infectieuses,
en étudiant le développement embryonnaire, le système immunitaire, la structure des molécules ou
encore certaines fonctions du cerveau.
« Le savoir est le patrimoine de l’humanité ». Cette phrase de Louis Pasteur illustre sa volonté de partage
des connaissances devenue une mission primordiale pour l’Institut qu’il a créé. Chaque année,
des stagiaires de haut niveau, français et étrangers se forment dans les laboratoires de l'Institut et des
cours de niveau deuxième cycle universitaire sont dispensés dans son centre d’enseignement.
Aujourd’hui, la haute-technologie est associée à une recherche de pointe : les micro-organismes sont
étudiés à l’échelle de leurs gènes; les plate-formes technologiques de très haut niveau se développent
pour l’étude des mécanismes moléculaires du vivant.
C’est parce qu’il a toujours su prendre les grands virages technologiques, anticiper l’avenir,
allier tradition et modernisme, s’ouvrir vers l’extérieur, que l’Institut Pasteur reste
aujourd’hui parmi les centres de recherche les plus performants au monde.
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 1
EDITO
François Ailleret, Président
Le début de l’année 2005 à l’Institut Pasteur a
été marqué par la démission collective du
Conseil d’administration le 12 janvier. Cette
décision, très exceptionnelle et courageuse,
avait pour but de tenter de mettre un terme
à la crise grave traversée par l’Institut depuis
plusieurs mois, avec en particulier la non
approbation du rapport annuel 2003 par
l’Assemblée en juin 2004.
Avant de se séparer, le Conseil a convoqué
une Assemblée pour le 15 mars et demandé à
4 anciens présidents, le Professeur François Jacob, MM.
Marcel Boiteux, Bernard Esambert et Philippe Rouvillois de
proposer comme nouveaux administrateurs une liste de
personnalités à soumettre à l’approbation de l’Assemblée.
Après l’élection conformément aux statuts de 6 administrateurs par les collèges pasteuriens, la désignation des
4 membres de droit et l’approbation par l’Assemblée de la
liste de 10 personnalités proposée, le Conseil a pu se réunir
le 23 mars. Il m’a fait l’honneur de me nommer à sa présidence et a élu le Bureau qui est composé, avec le président,
de deux vice-présidents, MM. Jean-Pierre Jouyet et Alain
Fischer, du trésorier, M. Charles Lantieri et de la secrétaire
Mme Agnès Labigne.
Le nouveau Conseil, dont la composition est à mes yeux
diverse et équilibrée, s’est réuni à 7 reprises en 2005 et a
accompli, dans une relation de confiance et de compréhension entre ses membres, avec l’appui très efficace du
Bureau et des Comités, un travail important dont les
grands traits sont décrits ci-après, l’activité scientifique,
de santé publique et d’enseignement de l’Institut étant
présentée par la directrice générale, Mme Alice Dautry :
Organisation, gouvernance
En termes d’organisation et de gouvernance, outre
les délégations classiques au Bureau et au directeur général ainsi que des modalités pratiques de fonctionnement,
le Conseil a décidé la création de deux Comités d’administrateurs, afin d’éclairer ses décisions :
– le Comité financier et d’audit, présidé par M. Bruno
Remond, conseiller maître à la Cour des Comptes. Ce dernier a été invité à assister à toutes les réunions du Bureau.
2 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
– Le Comité des nominations et rémunérations, présidé
par Mme Rose-Marie Van Lerberghe, directrice générale
de l’Assistance Publique des Hôpitaux de Paris.
Nomination de la directrice générale
et de l’équipe de direction
Dès sa séance du mois d’avril, le Conseil a décidé la mise
en place d’un Comité de sélection, présidé par M. JeanClaude Lehmann, président sortant de l’Académie des
Technologies et composé de scientifiques, pasteuriens ou
non, français et étrangers. Sa mission – qui a été menée de
façon remarquable – était de susciter, recueillir et examiner des candidatures au poste de directeur général de
l’Institut et d’en proposer une liste restreinte au Conseil
d’administration. Ce dernier, après avoir procédé en
Bureau élargi à des auditions suivies de nombreuses
rencontres entre administrateurs et candidats, a porté
son choix sur Mme Alice Dautry, personnalité scientifique
pasteurienne à la notoriété internationale reconnue. Elle a
pris ses fonctions le 1er octobre 2005 succédant ainsi à
M. Philippe Kourilsky qui avait demandé à quitter son poste
de directeur général le 31 juillet 2005.
L’équipe de Direction a été progressivement constituée,
sur proposition de la directrice générale. Le poste de directeur général adjoint chargé des Ressources a été confié à
M. Marc Mortureux, Ingénieur en Chef des Mines dont la
capacité de management s’est forgée par des responsabilités successives dans l’Administration, l’industrie et un
grand laboratoire public de métrologie. M. Bernard Dujon,
Professeur d’Université, membre de l’Académie des
Sciences, qui est un chercheur très réputé en biologie,
a été nommé directeur général adjoint chargé de la
Direction Scientifique.
L’année 2005 a vu le départ en retraite de M. Jean Castex,
directeur général adjoint Administration et Finances ;
durant près de 30 ans, il a donné le meilleur de lui-même
à l’Institut Pasteur qui lui en est profondément reconnaissant.
Situation immobilière
La situation immobilière de l’Institut Pasteur, dont tous les
moyens sont localisés rue du Docteur Roux, est contrai-
EDITO
gnante et délicate à gérer – le projet avorté de transfert
de certaines activités à Fresnes l’illustre bien. La densité
d’occupation des surfaces est forte, rendant difficile l’implantation de nouvelles unités de recherche. Les bâtiments,
historiques pour certains, sont assez disparates et nécessitent certaines adaptations au regard des textes en vigueur.
Des décisions urgentes s’imposaient pour répondre aux
demandes réitérées de l’Inspection du Travail de mise en
conformité des laboratoires. Un programme pluriannuel
de rénovation de grande ampleur a été arrêté, préparé
dans la concertation, durant le premier semestre 2005, par
un groupe de travail ad hoc présidé par Mme Alice Dautry.
Par ailleurs, un projet de construction par étapes, d’un nouveau bâtiment de grande dimension sur l’emplacement
d’installations à détruire, a reçu un permis de construire.
Des études techniques, architecturales et financières restent à mener avant la décision d’engagement de ce projet.
Arrêté des comptes 2004 et budget 2005
Les comptes de l’exercice 2004 ont été présentés
à l’Assemblée lors de sa réunion du 29 juin 2005.
Le budget 2005 a été approuvé par le Conseil d’administration en avril 2005 ainsi que les comptes de l’exercice clos,
qui sont joints à ce document, en avril 2006.
L’exercice 2005 se caractérise notamment par un
excédent de 8,2 M€ contre 3,6 M€ pour 2004. Hors opérations non reconductibles, il aurait été proche de l’équilibre.
Le résultat net s’élève à 106,6 M€ contre 51,7 M€ en 2004,
intégrant un résultat exceptionnel de 98,2 M€. Ces
résultats sont très positifs et permettent de poursuivre
la constitution d’un patrimoine financier générant des
produits financiers nécessaires à l’équilibre d’exploitation
de l’Institut et permettant de couvrir les lourds investissements immobiliers à venir.
L’essentiel de ces résultats étant dû à des éléments non
récurrents, la vigilance s’impose sur l’évolution des charges
et la consolidation des recettes.
Avant approbation par le Conseil d’administration, les
comptes 2005 ont été examinés par le Comité financier
et d’audit et par le Bureau et ont été audités par les
Commissaires aux Comptes qui les ont certifiés réguliers
et sincères.
Débats sur des orientations générales
Plusieurs dossiers stratégiques ont fait l’objet de
présentation et débat au Conseil d’administration. On peut
citer la valorisation de la recherche dont l’importance
– illustrée par l’action de Louis Pasteur lui-même – a été
réaffirmée, aussi bien pour permettre au plus grand
nombre de bénéficier dès que possible des avancées de
la science que pour contribuer significativement au
financement de la recherche.
La nécessité d’une coopération internationale efficace, en
particulier par le réseau des Instituts Pasteur dans le
monde, est de plus en plus impérative compte tenu de l’accroissement des mouvements de personnes et de produits,
des risques de pandémies… Tout en réaffirmant la vocation
internationale de l’Institut Pasteur, l’accent a été porté sur
l’exigence de qualité des moyens, de la production et de
l’organisation des Instituts existants ainsi que sur les
garanties à obtenir avant toute extension du réseau.
Enfin, la directrice générale a présenté au Conseil qui les a
approuvés les grands axes de l’action qu’elle entend mener
à la tête de l’Institut.
L’année 2005 aura été marquée par un retour à la sérénité
sur le campus. C’était absolument indispensable et tous
ceux qui y ont contribué doivent être chaleureusement
remerciés. Avec une nouvelle équipe de Direction, les
conditions sont réunies pour que l’Institut Pasteur aborde
avec détermination et confiance les grands enjeux, scientifiques, de santé publique, de valorisation de la recherche,
d’enseignement supérieur et de coopération internationale, qui sont devant lui. Le succès exigera de tous de l’intelligence et de l’imagination. Mais aussi – et surtout –
du courage et de la volonté pour accepter et réussir
les changements qui s’imposent et enfin une forte cohésion interne et un esprit d’équipe partagé pour que les
efforts de chacun contribuent au mieux au projet commun
et ambitieux de l’Institut Pasteur de demeurer l’un des
meilleurs au monde dans sa spécialité.
François Ailleret
Président du Conseil d’administration
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 3
EDITO
Alice Dautry, Directrice générale
L’édition traditionnelle d’un rapport
annuel porte sur une année civile et
cette année 2005 a été marquée par un
changement de direction. J’ai pris mes
fonctions de directrice générale le
1 er octobre dernier. Je tiens à remercier à
travers ce premier rapport annuel le
Conseil d’administration de m’avoir
accordé sa confiance pour diriger notre
célèbre et exceptionnelle institution
connue dans le monde entier. Au cours du dernier
trimestre de l’année, j’ai structuré la nouvelle
équipe de direction. Les deux directeurs généraux
adjoints, Bernard Dujon et Marc Mortureux, ont
pris leurs fonctions en décembre 2005 et ont
ensuite organisé leurs équipes. Je veillerai que la
Direction forme une équipe compétente et solidaire, ayant des relations de confiance avec les
scientifiques, les personnels techniques et administratifs, qui, ensemble, font la richesse et la force de
l’Institut. Lors de ce dernier trimestre nous avons
également posé les bases du plan d’actions 2006
validé par le Conseil d’administration. Mon objectif
est de mettre la science au cœur de tous nos choix
stratégiques. Étude, prévention et lutte contre les
maladies infectieuses sont constitutives de notre
Institut aux côtés de la recherche dans le domaine
du Vivant de façon générale. Je veillerai à maintenir
un équilibre harmonieux entre ces axes et à encourager la synergie entre les différentes thématiques.
À ce titre, le rôle des départements et de la direction scientifique sera déterminant. L’essor de la
microbiologie et de la parasitologie, qui ont connu
un développement important et ont été bouleversées par la révolution génomique, doit être poursuivi sur notre Campus.
Concernant la virologie, notre tâche est immense,
l’actualité quotidienne le démontre, et nous sommes actifs et présents sur de nombreux fronts.
La prévention, le diagnostic et le traitement des
maladies virales restent un enjeu de santé publique
4 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
majeur. Les résultats des recherches sur le SIDA
sont importants et à poursuivre. Il nous faut également développer davantage nos recherches sur les
autres virus.
Pour les activités de l’Institut Pasteur, le premier
critère de choix de nos activités scientifiques sera
la qualité évaluée suivant les critères internationaux en nous appuyant sur le Conseil scientifique.
Les autres critères s’appuieront sur une veille scientifique et technologique indispensable pour nous
maintenir au plus haut niveau.
Dans un autre registre, les recherches médicales
et activités de santé publique à l’Institut Pasteur
doivent être renforcées. Un Conseil de direction
médicale a été créé à cette fin au sein de la
Direction. Il a, d’une part, la responsabilité des activités médicales et de santé publique de l’Institut.
Il doit, d’autre part, faire des propositions stratégiques pour développer ces activités, aussi bien
dans le domaine vaccinal, diagnostique, que dans
celui de la santé publique.
Une des grandes originalités de l’Institut Pasteur
est son Réseau International d’Instituts répartis sur
les cinq continents. Fin 2005, nous avons été
confrontés au risque de développement d’une
pandémie de grippe aviaire. Dans ce contexte, les
sept instituts du réseau situés en Asie se trouvent
en première ligne pour ce qui concerne le risque
d’émergence de la grippe aviaire et d’autres virus,
en particulier respiratoires. Devant cette situation,
nous avons bénéficié, en décembre 2005, d’un
soutien exceptionnel du ministère de la Santé et
des Solidarités pour construire un laboratoire de
sécurité P3 au Cambodge, et recruter et former
des personnels scientifiques et techniques dans
les Instituts de la région Asie. L’objectif est de
renforcer de façon importante le réseau de veille
et de surveillance, les capacités de diagnostic et
les efforts de recherche concernant la grippe
aviaire.
EDITO
À Paris, nos collègues travaillant sur la grippe
aviaire sont partie prenante très active dans ces
projets. Ils ont également été sollicités de façon
très importante pour effectuer des diagnostics du
virus H5N1 et des formations, tout en menant leurs
recherches sur ce virus. Tout autant à Paris que
dans le Réseau International, les Pasteuriens se
sont mobilisés et ont fait face à un surcroît important de demandes et d’activité. Je souhaite ici les
remercier.
Au plan national et international, la reconnaissance de l’Institut Pasteur est grande et l’attente
considérable. C’est particulièrement clair en cas de
crise, comme c’est le cas pour ce qui concerne la
grippe aviaire, mais c’est aussi le cas en période
normale. Les découvertes successives de l’Institut
Pasteur dans différents aspects de la biologie sont
l’élément déterminant pour maintenir et développer sa réputation internationale dans le monde
scientifique et médical, mais aussi pour entretenir
et développer les niveaux d’expertise nécessaires
pour être capable de répondre aux situations de crises. Dans tous les cas, l’Institut Pasteur doit relever
les défis et aller de l’avant avec détermination et
sérénité.
En ce qui concerne les bâtiments du campus, le
grand chantier des remises en conformité a débuté.
Il s’agit d’un plan sur plusieurs années, qui va
d’abord concerner les bâtiments Duclaux et Guérin,
et dans lequel toutes les équipes support sont
fortement impliquées.
Pour mener à bien notre plan d’actions, nous avons
adapté l’organisation et les moyens appropriés en
cette fin d’année 2005. Après des moments difficiles, l’Institut Pasteur, fidèle à ses missions, est
reparti de l’avant. C’est avec enthousiasme, sens du
dialogue et de la concertation que nous abordons
les prochaines années.
Qualité et originalité de la recherche, des activités
de santé publique et de formation en France, et
dans les instituts du Réseau, valorisation de nos
recherches pour les rendre applicables dès que
possible, tels sont nos enjeux. Ce sont autant de
défis qu’ensemble, les Pasteuriens doivent relever.
Alice Dautry
Directrice générale
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 5
STRUCTURES
Organisation générale de l’Institut Pasteur
Avril 2006
Assemblée
Conseil d’administration
Comités du Conseil d’administration
– Bureau du Conseil d’administration
– Comité d’audit et financier
– Comité de nominations et de rémunérations
Conseil scientifique
Directrice générale
Comité de direction
Recherche scientifique
Recherche médicale et
services de santé publique
International
Enseignement
10 départements
de recherche
Centre Médical
Réseau international
des Instituts Pasteur
et Instituts associés
Centre d’Enseignement
150 unités et groupes
à 5 ans
Actions internationales
hors réseau
Centres Nationaux de Référence, Centres Collaborateurs de l’OMS,
Centre de Recherche Vaccinale et Biomédicale, Centre d’essai vaccinaux
Équipements et plateaux technologiques
Enseignement International
Programmes transversaux de recherche
Affaires
Systèmes
Administration
Communication
internationales
d’information
Finances
6 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
Juridique
Qualité
Ressources
humaines
Valorisation
ORGANISATION
Conseil d’administration
31 décembre 2005
Président
François Ailleret
Directeur général honoraire d’EDF
Membre du Conseil Économique et Social
Vice-Président
Jean-Pierre Jouyet
Chef de l’Inspection Générale des Finances du
ministère de l’Économie, des Finances et de l’Industrie
Vice-Président
Alain Fischer
Unité d’Immunologie et d’Hématologie pédiatriques,
Hôpital Necker, Inserm
Trésorier
Charles Lantieri
Sous-directeur à la direction du Budget du ministère
de l’Économie, des Finances et de l’Industrie
Secrétaire
Agnès Labigne
Chef de l’Unité de Pathogénie Bactérienne des
Muqueuses, Institut Pasteur
Le Conseil d’administration règle, par ses délibérations,
les affaires de l’Institut Pasteur.
w Il vote les budgets, approuve les comptes et fixe
l’effectif budgétaire.
w Il fixe le statut et la rémunération des différentes
catégories de personnel.
w Il autorise les actions en justice.
w Il nomme le directeur général de l’Institut Pasteur,
après consultation de chacun des membres du
Conseil scientifique, des chefs de Départements et
de toute personne compétente.
w Il nomme, sur proposition du directeur général, les
autres membres de la direction, ainsi que les personnels aux autres grades et emplois supérieurs.
w Il nomme chaque année un ou plusieurs commissaires aux comptes chargé(s) de lui présenter un
rapport annuel sur les comptes, la situation financière des laboratoires, archives, biens, meubles et
immeubles de l’Institut Pasteur.
Le Conseil d’administration se réunit au moins quatre
fois par an. Ses membres assistent aux délibérations
de l’Assemblée, sans toutefois prendre part aux votes.
Christian Bréchot
Directeur général de l’Institut National de la Santé et
de la Recherche Médicale
Renaud Denoix de Saint Marc
Vice-Président du Conseil d’État
Christine Petit
Chef de l’Unité de Génétique des déficits sensoriels,
Institut Pasteur
Jean-Yves Fleurance
Service du Matériel Scientifique, Institut Pasteur
Bruno Remond
Conseiller Maître à la Cour des Comptes
Antoine Gessain
Chef de l’Unité d’Épidémiologie et Physiopathologie
des Virus Oncogènes, Institut Pasteur
Jean-Christophe Rufin
Président d’Action contre la Faim
Elisabeth Giacobino
Directrice de la Recherche
Ministère de la Recherche
Benoît Lesaffre
Conseiller auprès du ministre de la Santé
Daniel Louvard
Directeur de la Section de Recherche, Institut Curie
Bernard Meunier
Président du CNRS
Didier Sicard
Chef du service de médecine interne, Hôpital Cochin
Marc Tessier
Directeur général de Netgem - Média Service
Patricia Tortevoye
Unité d’Épidémiologie et Physiopathologie des Virus
Oncogènes, Institut Pasteur
Rose-Marie Van Lerberghe
Directrice générale de l’Assistance Publique –
Hôpitaux de Paris
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 7
STRUCTURES
Comité de direction (CODIR)
Avril 2006
Directrice générale
Alice Dautry
Directeur de l’Évaluation Scientifique
Alain Israël
Directeur général adjoint Scientifique
Bernard Dujon
Directeur Enseignements
Isabelle Saint-Girons
Directeur général adjoint Ressources
Marc Mortureux
Directeur des Ressources Humaines
Armelle Delécluse
Directeur des Affaires Internationales
Michèle Boccoz
Directeur Juridique
Marie Glomet
Directeur des Applications de la Recherche et des
Relations Industrielles
François Gendre
Directeur Financier
Dominique Blossier
8 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
ORGANISATION
Conseil scientifique
Avril 2006
Le Conseil scientifique prend en charge l’évaluation scientifique des structures de recherche. Il donne
son avis au directeur général de l’Institut Pasteur et, éventuellement, au Conseil d’administration, sur
tous les problèmes de politique scientifique, d’organisation et de programme de la recherche et de
l’enseignement. Il est consulté sur les créations, suppressions et regroupements de services de
recherche et d’enseignement. Il se réunit au moins deux fois par semestre.
Membres Pasteuriens
Membres extérieurs
Élus
Nommés
Pascale Cossart
Professeur à l’Institut Pasteur
Chef de l’unité des Interactions Bactéries-Cellules
Norma W. Andrews
Section of Microbial Pathogenesis
Yale University School of Medicine
Boyer Center for Molecular Medicine (États-Unis)
Antoine Danchin
Professeur à l’Institut Pasteur
Directeur de recherche au CNRS
Chef de l’unité de Génétique des Génomes bactériens
Paul Lazarow
Professeur, Département de Biologie cellulaire et
Anatomie
Mount Sinai School of Medicine, New York
Claude Leclerc
Professeur à l’Institut Pasteur
Chef de l’unité de Régulation Immunitaire et
Vaccinologie
Paola Ricciardi-Castagnoli
Department of Biotechnology and Bioscience
University of Milano-Bicocca (Italie)
Anthony Pugsley
Professeur à l’Institut Pasteur
Chef de l’unité de Génétique moléculaire
Robin A. Weiss
Professor of Viral Oncology
Wohl Virion Centre (Royaume-Uni)
Nommés
Invités
Arnaud Fontanet
Chef de laboratoire à l’Institut Pasteur
Chef de l’unité de Recherche et d’Expertise
Épidémiologie des Maladies émergentes
Stephen Cusack
Directeur de l’EMBL, Grenoble
Jean-Michel Heard
Chef de laboratoire à l’Institut Pasteur
Directeur de recherche à l’INSERM
Chef de l’unité des Rétrovirus & Transfert génétique
Jean-François Nicolas
Professeur à l’Institut Pasteur
Chef de l’unité de Biologie Moléculaire du
Développement
Ulf Goebel
Universitätklinikum Charité
Institut für Mikrobiologie und Hygiene (Allemagne)
Stephen Lory
Department of Microbiology and Molecular Genetics
Harvard Medical School (États-Unis)
Cesare Montecucco
Dipartimento di Scienze Biomediche (Italie)
Simon Wain-Hobson
Professeur à l’Institut Pasteur
Chef de l’unité de Rétrovirologie moléculaire
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 9
Bilan d’activité
RECHERCHE
12
– Départements de recherche
– Génopole, Imagopole
– Applications de la recherche
– Recherche médicale et santé
publique
– Centres nationaux de référence et
Centres collaborateurs de l’OMS
ENSEIGNEMENT
80
– Cours 2e cycle universitaire
– École Pasteurienne d’Infectiologie
– Conventions avec les universités
INTERNATIONAL
84
– Le Réseau International
des Instituts Pasteur
– Les partenariats internationaux
10 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
p
CHIFFRES CLÉS 2005
12 départements scientifiques
132 unités et laboratoires de recherche
16 plates-formes technologiques
23 centres nationaux de référence
8 centres collaborateurs de l’OMS
26 582 consultations
86 867 vaccinations
454 brevets prioritaires
13 jeunes entreprises de biotechnologie
353 élèves au Centre d’enseignement
(45 nationalités)
707 stagiaires (56 nationalités)
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 11
RECHERCHE
Départements de recherche
Biologie structurale et chimie
Le département étudie principalement la structure et les propriétés de molécules d’intérêt
biologique, notamment dans le contexte de leur rôle en pathologie humaine.
La bioinformatique, la cristallographie, la RMN, la biochimie des protéines et la pharmacochimie sont associées à la synthèse chimique de glyco-conjugués, de peptides,
de nucléotides modifiés et divers hétérocycles pour comprendre les relations entre structure
et fonction des protéines et envisager de nouvelles stratégies thérapeutiques.
Structure tri-dimensionnelle des
protéines et processus pathologiques
La cristallographie et la diffraction des rayons X sont
des méthodes toujours plus puissantes pour déterminer la structure tridimensionnelle des protéines et
étudier leur fonction au niveau moléculaire et atomique. La structure de plusieurs protéines impliquées
dans des maladies a été déterminée, comme celles
de la trans-sialidase et de la proline racémase de
Trypanosoma cruzi, l’agent de la maladie de Chagas, et
celle de la région ectoplasmique de la protéine AMA1
qui joue un rôle clé dans l’invasion de la cellule hôte
par Plasmodium falciparum, l’agent du paludisme. Par
ailleurs, un effort important a continué de porter sur
les protéines de Mycobacterium tuberculosis, notamment des protéines kinases et des phosphatases. Un
substrat d’une protéine kinase a été identifié et son
interaction avec la kinase caractérisée. La structure très
complexe de l’intégrase “sites spécifiques” de type 4
de Vibrio cholerae associée à l’ADN ouvre des perspectives pour la résistance aux antibiotiques. La structure
de la 6-phosphogluconolactonase de Trypanosoma
brucei a été affinée et la polymérase mu a été modélisée d’après la structure d’une autre enzyme.
La Résonance magnétique nucléaire permet aussi
d’accéder à la structure de molécules en solution et à
leurs interactions avec d’autres partenaires, protéine,
DNA ou ligand. Cette approche est complémentaire
de la cristallographie puisqu’elle permet d’étudier à
12 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
La région ectoplasmique
de l’antigène de
membrane AMA1,
candidat vaccin contre
le paludisme : les trois
couleurs correspondent
aux trois domaines
de la protéine.
l’échelle atomique des complexes de faible affinité.
Cette approche, en collaboration avec de nombreuses
équipes du campus, porte notamment sur des protéines bactériennes impliquées dans l’acquisition de
l’hème, sur des déterminants antigéniques reconnus
par un anticorps monoclonal protecteur dans le cadre
d’un vaccin contre la shigellose, sur une enzyme
de réparation de l’ADN exprimée par le parasite
Toxoplasma gondii responsable de la toxoplasmose
et sur des facteurs de transcription issus de virus
d’archéobactéries hyperthermophiles.
La structure de complexes entre protéines et ligands
ou entre macromolécules peut être aussi étudiée par la
modélisation qui permet de prédire les interactions
entre les composants. Un ensemble de programmes
en bioinformatique a été développé permettant
d’aborder ce problème avec une efficacité nouvelle.
Ils sont utilisés pour étudier les interactions entre des
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
protéines et leurs ligands et, notamment, pour identifier des complexes entre différentes protéines de
M. tuberculosis. D’autres méthodes originales de calcul
ont été élaborées. Ainsi le programme ARIA permet
l’attribution automatisée des spectres RMN, et de nouveaux algorithmes ont été construits pour la prédiction
de la structure de l’ADN à grande échelle, et pour la
recherche d’agents thérapeutiques potentiels par criblage virtuel. Des études théoriques ont également été
conduites sur l’utilisation des modes normaux pour la
résolution des structures cristallographiques et pour
la modélisation des interactions protéines-solvant.
Mécanismes moléculaires
et processus pathologiques
Le mécanisme d’action d’un des facteurs de virulence de Bordetella pertussis, l’agent de la coqueluche, est l’adényl cyclase. L’entrée de la toxine dans
les cellules cibles et son interaction avec divers effecteurs cellulaires servent à plusieurs applications en
biotechnologie et notamment en thérapeutique
anti-cancéreuse. La caractérisation des protéines
membranaires impliquées dans la division cellulaire
chez Escherichia coli est abordée par un système de
“double hybride” fondé sur la complémentation
fonctionnelle de deux fragments du domaine catalytique de la cyclase. Par ailleurs, une protéine
mutante de l’enveloppe bactérienne incapable de se
replier normalement, est utilisée comme modèle
pour comprendre les mécanismes de “contrôle de
qualité” du repliement dans l’espace périplasmique
bactérien.
La sialorphine, un inhibiteur de l’activité ectoenképhalinase de certaines métallo-peptidases, a
été découverte chez les mammifères et notamment
chez l’homme par une combinaison d’approches de
pharmaco-chimie, de post-génomique et de biochimie. Caractérisée à l’échelle moléculaire et fonctionnelle, la sialorphine est un puissant analgésique et
exerce une activité psycho-stimulante sur la réponse
comportementale aux stimulations socio-sexuelles
et environnementales chez le rat. À ce titre, elle se
révèle être une molécule base de mimétiques d’intérêt thérapeutique potentiel chez l’homme.
La protéine NEMO joue un rôle central dans la régulation de la voie de signalisation NF-kB en contrôlant
le complexe des protéines kinases IKK. Son activité
biologique est liée à sa capacité de former des
complexes via un domaine d’oligomérisation qui fait
l’objet d’une étude structurale et fonctionnelle. Son
activité est inhibée spécifiquement par des peptides
qui empêchent la formation de structures trimériques. Les effets d’une mutation dans ce domaine,
présente dans une maladie génétique humaine, ont
été caractérisés in vitro sur la protéine recombinante
portant cette mutation.
Enfin, l’étude du mécanisme de la recombinaison
chez le virus HIV effectuée sur un système original
de cellules en culture, montre que la structure secondaire de l’ARN matrice joue un rôle important dans
les sauts de brins effectués par la transcriptase
reverse.
Synthèse chimique de composés
à potentiel thérapeutique
L’accès à des molécules de synthèse et la caractérisation de leur structure et interactions sont l’objet de
plusieurs projets pouvant conduire à de nouvelles
approches thérapeutiques.
Structure 3D de l’alkylhydroperoxide reductase AhpC de
Mycobacterium
tuberculosis,
une enzyme
impliquée dans
les mécanismes
de résistance à
l’isoniazide.
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 13
Biologie structurale et chimie
Glyco-conjugués
Des oligosides complexes permettant d’envisager une
réponse vaccinale pour plusieurs pathogènes importants ont été synthétisés, notamment dans le cas de
Shigella flexneri, l’agent de la dysentérie bacillaire, de
Vibrio cholerae, ainsi que du champignon Cryptococcus
neoformans. Ces synthèses très complexes d’haptènes
saccharidiques correspondant à des antigènes précédemment identifiés, ont conduit dans le cas de
S. flexneri à des glycoconjugués induisant chez la souris des titres en anticorps supérieurs élevés. La
phosphorylcholine glycosylée a été utilisée comme
synthon pour préparer plusieurs composés vaccinaux
synthétiques destinés à plusieurs maladies du tractus
respiratoire et le développement clinique d’un vaccin
synthétique à effet thérapeutique potentiel anticancer est envisagé.
Peptides
La synthèse chimique de petites protéines est parfois
préférable à leur production biologique. L’expertise en
synthèse de peptides longs a permis d’obtenir à l’état
de très grande pureté plusieurs petites protéines
et notamment des chimiokines, des fragments de
ß-caténine phosphorylés, une mini-protéine membranaire (PMP1), des peptides antimicrobiens et le
domaine d’oligomérisation de la protéine NEMO. Par
ailleurs, des peptides interférant avec différentes sousunités de protéines phosphatases, conçus à partir
de deux protéines d’adénovirus canin, sont en cours
d’étude pour leur effet inducteur de l’apoptose.
Modélisation du
domaine de
trimérisation de la
protéine NEMO selon
une structure
semblable à celle de
la protéine virale
gp41.
Microcalorimètre de titration
isotherme utilisé pour
la détermination des paramètres
thermodynamiques des interactions
moléculaires.
Analogues de nucléosides à propriétés
antibactériennes et antivirales
Les analogues de nucléosides modifiés utilisés en thérapie antivirale, généralement modifiés sur le ribose,
sont propices à l’apparition de résistances. Une série
d’analogues synthétisés avec comme nucléobase des
hétérocycles capables de s’apparier à plusieurs des
bases canoniques pourraient éliciter moins de résistances. Des kinases spécifiques assurent la phosphorylation des différents nucléosides monophosphates en
dérivés diphosphates. Elles ont des caractéristiques
particulières chez le bacille de la tuberculose et sont
ainsi des cibles de nouveaux antituberculeux. Une
première famille originale d’inhibiteurs actifs sur des
cultures bactériennes a été mise en évidence en se
basant sur la structure de la Thymidine monophosphate kinase de M. tuberculosis.
Évolution dirigée d’enzymes
L’évolution dirigée permet dans certains cas d’obtenir
des enzymes dotées de fonctions améliorées ou nouvelles. Ainsi, des ADN-polymérases ADN-dépendantes
thermostables dotées d’activité catalytique de type
transcriptase inverse thermostable ont-elles été sélectionnées in vitro par une nouvelle méthode qui permet
d’analyser simultanément l’activité catalytique d’un
très grand nombre de protéines. Cette stratégie d’ingénierie d’enzymes est aussi appliquée à l’isolement
de glycosyltransférases pour faciliter la synthèse de
glycoconjugués vaccinaux.
Les plates-formes technologiques
Le Département comporte 7 plates-formes technologiques (PF) dont plusieurs sont également affiliées
14 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
à la Génopole. La PF de production de protéines et
d’anticorps monoclonaux, peut effectuer des cultures
de volumes très variables, allant du micro-fermenteur
à des cultures en masse. Des anticorps monoclonaux
sont utilisés comme outils de diagnostic contre la
peste et le choléra, ou comme outils de recherche dans
plusieurs unités du campus. La PF de cristallogénèse et
diffraction des rayons X possède deux robots pour la
cristallogénèse à haut débit qui ont notamment
conduit à la résolution d’une quinzaine de structures
de protéines de M. tuberculosis. La PF de Protéomique,
possède des équipements de spectrométrie de masse
de pointe dont un spectromètre couplé à la chromatographie liquide à haute pression. La PF de cryomicroscopie moléculaire a pour vocation d’analyser de gros
complexes macromoléculaires grâce à un cryomicroscope à très haute résolution. La PF d’Analyse et de
Microséquençage des Protéines dispose de séquenceurs chimiques pour l’obtention de séquences en
acides aminés et de la technologie des “ProteinChip
Arrays®” (de la société Ciphergen), associée à la spectrométrie de masse (SELDI-TOF-MS) pour l’analyse des
protéines. La PF de synthèse d’oligonucléotides longs à
haut débit produit des oligonucléotides pour les puces
à ADN et des oligonucléotides modifiés. Enfin la PF de
Biophysique regroupe un ensemble important de
technologies pour l’étude des macromolécules et de
leurs interactions, comme la résonance plasmonique
de surface (Biacore), la micro-calorimétrie, le dichroïsme
circulaire ou l’ultracentrifugation analytique.
Structure moléculaire de l’interface entre les sites de
recombinaison (ADN orange) et les intégrases (molécules
actives en vert et inactives en violet). La tyrosine d’un des
sites actifs est
représentée en
rouge. Les bases non
appariées impliquées
dans la voie de
reconnaissance
apparaissent
en noir, stabilisées
par les résidus
de l’intégrase,
en rouge.
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 15
RECHERCHE
Départements de recherche
Structure et dynamique des génomes
Le département regroupe un ensemble de laboratoires de nature assez diverse mais
fortement complémentaires, tous intéressés par la génomique des microorganismes
(bactéries et champignons). Ces équipes s’intéressent aux patrimoines génétiques complets
de ces organismes non seulement comme moyens d’étude de phénomènes biologiques
mais surtout comme objets d’étude en eux-mêmes.
Informatique et Génomique
La nécessité d’analyser et de comparer des génomes
entiers impose une contribution déterminante de
l’informatique. C’est pourquoi le département a mis
un accent particulier sur le recrutement de groupes
d’informatique pure (Biologie Systémique – juin 2004
et Génétique in silico – novembre 2005). Par ailleurs,
plusieurs équipes, sans avoir une étiquette “informatique” spécifique, voient en réalité une part croissante
de leur activité dédiée à la bio-informatique.
Une activité importante en génomique est l’annotation des génomes. C’est un travail souvent ingrat,
peu valorisé et pourtant absolument indispensable
puisqu’un génome non annoté est pour ainsi dire
inutilisable. La plateforme “Intégration et Analyse
Génomiques” est dédiée à la mise en œuvre des
méthodologies et outils informatiques permettant
l’analyse et à la gestion des données informatiques.
Elle s’attache notamment à l’annotation et la réannotation de génomes microbiens, par le développement d’un logiciel dédié et des collaborations avec
d’autres unités.
L’informatique est indispensable à la gestion des
masses de données générées par la génomique fonctionnelle, comme les puces à ADN. Le groupe “Logiciels
et Banques de Données” est responsable de l’installation et de la maintenance d’interfaces de logiciels
biologiques ainsi que la maintenance et la mise à
disposition d’un choix de banques internationales de
données biologiques. Ce groupe assure une mission
16 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
très importante de formation à la bioinformatique
dans le cadre de la formation continue et dans celui
d’un cours réputé : le cours d’Informatique en Biologie
de l’Institut Pasteur.
Infections bactériennes et fongiques
L’une des missions de l’Institut Pasteur est l’étude
des maladies infectieuses. Plusieurs laboratoires du
département y contribuent en étudiant des microorganismes pathogènes. Ces études sont rattachées
aux intérêts plus fondamentaux du département pour
la structure, la dynamique, l’évolution et l’expression
des génomes microbiens.
Par exemple, le groupe “Plasticité du génome bactérien” étudie comment la dynamique des génomes
contribue à l’acquisition et à la dissémination des
résistances aux antibiotiques, notamment dans le
genre Vibrio. Ce groupe a disséqué les mécanismes
responsables du transfert horizontal (et donc de la
dissémination) de gènes rassemblés dans des îlots
mobiles responsables de résistances multiples aux
antibiotiques.
L’unité de Génomique des Micro-organismes
Pathogènes étudie l’évolution et l’adaptation de trois
bactéries pathogènes opportunistes, Listeria monocytogenes, Streptococcus agalactiae et Legionella
pneumophila, pour comprendre les interactions entre
ces bactéries, leurs hôtes et leurs environnements, en
combinant, en collaboration avec la plate-forme puces
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
Collection
de l’Institut Pasteur
La Collection de l’Institut Pasteur (CIP) a pour
mission d’assurer la maintenance et l’enrichissement de la collection des bactéries de l’Institut
Pasteur, la production d’un catalogue, la diffusion d’informations concernant les souches distribuées, le développement d’une recherche sur
l’identification, la taxonomie, la conservation
des bactéries, la participation aux enseignements de l’Institut Pasteur. La Collection a été
certifiée selon le référentiel ISO 9001 version
2000 en juin 2001. Partie intégrante du Centre
de Ressources Biologiques de l’Institut Pasteur,
elle participe à plusieurs projets internationaux
et nationaux pour la mise en place de Centres
de Ressources.
à ADN, la génomique comparative, l’analyse du
transcriptome, la physiologie bactérienne et la génétique. L’unité a publié les séquences de six génomes
bactériens, dont deux Listeria, deux Legionella et un
streptocoque.
Afin de comprendre la diversité, les flux de gènes et
le lien entre type génomique et virulence au sein
des genres Listeria, streptocoque et Legionella, des
collections de souches rassemblées selon des critères
épidémiologiques et écologiques, sont analysées en
combinant des méthodes ciblées et des méthodes
génomiques. Par ailleurs, des puces à ADN ont permis
de caractériser les cibles de régulateurs de la virulence.
Les infections fongiques sont également un réel
problème de santé publique, en particulier pour les
malades immuno-compromis. Plusieurs équipes
(l’unité des Aspergillus, l’unité de Génétique Molé
culaire des Levures, l’unité de Biologie et Pathogénicité
Fongiques ainsi que la Plate-forme génomique de
Pasteur Génopole Île-de-France) sont impliquées dans
l’étude des pathogènes fongiques les plus importants.
Le département a ainsi contribué à l’analyse des génomes de trois espèces d’Aspergillus, participé à un effort
international d’annotation du génome de Candida
albicans et joué un rôle majeur dans la détermination
et l’annotation de celui de C. glabrata.
La nature de la paroi cellulaire des champignons joue
un rôle essentiel dans la pathogénicité des souches
virulentes. L’unité des Aspergillus mène depuis plusieurs années un travail de recherche fondamentale
sur la biosynthèse de la paroi cellulaire d’Aspergillus
fumigatus, un champignon filamenteux saprophyte
dont les conidies sont présentes en permanence
dans l’atmosphère. Parallèlement, l’unité de Biologie
et Pathogénicité Fongiques s’intéresse aux modifications de la paroi, aux adaptations physiologiques et
aux mécanismes de diversification génétiques qui
donnent aux levures C. albicans et C. glabrata leur
caractère pathogène, notamment par la capacité à former des biofilms au sein desquelles les cellules sont
particulièrement peu sensibles aux antifongiques.
Ces travaux devraient permettre le développement de
nouvelles classes d’antifongiques qui font cruellement
défaut.
Génomique fonctionnelle
La connaissance des génomes complets d’organismes
modèles a révolutionné les recherches sur le fonctionnement des cellules et leurs modes d’adaptation aux
changements du milieu extérieur. L’une des grandes
surprises résultant de l’analyse des premières séquences génomiques a probablement été la découverte que
la majorité des gènes de ces organismes n’avaient pas
été identifiés par les méthodes classiques, même chez
des organismes étudiés depuis des dizaines d’années.
Par ailleurs, la connaissance du répertoire complet des
gènes d’un organisme rendait pour la première fois
envisageable l’étude du fonctionnement intégré
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 17
Structure et dynamique des génomes
des différentes machineries cellulaires. Pour cela, des
techniques entièrement nouvelles ont été inventées.
Elles sont très perfectibles et d’autres restent simplement à inventer.
L’analyse globale des transcrits d’une cellule (transcriptome) grâce aux puces à ADN est l’une des techniques
emblématiques de la génomique fonctionnelle : elle
permet d’avoir une vue d’ensemble de l’expression des
gènes. La plate-forme “puces à ADN” a pour vocation
le développement et l’utilisation de cette technologie
en partenariat avec des laboratoires du campus ou de
l’extérieur.
L’association d’analyses génétiques et biochimiques
à l’analyse transcriptomique a permis à l’unité de
Génétique des Interactions Macromoléculaires de
montrer que chez la levure, il existe un taux basal
élevé de transcription dans les régions du génome
dépourvues de gènes. Les transcrits de ces régions sont
normalement invisibles car dégradés extrêmement
rapidement dans le noyau. De manière étonnante ces
transcrits sont spécifiquement marqués pour la dégradation par ajout d’une séquence terminale de A.
Pourtant, ce même type de séquence poly(A) stabilise
les transcrits lorsqu’ils sont transportés dans le cytoplasme. Un phénomène similaire de ciblage des transcrits pour la dégradation par une séquence poly(A) a
Biofilm de Candida albicans formé sur un support
plastique. Les cellules formant le biofilm sont incluses dans
une matrice extracellulaire
18 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
été décrit chez les bactéries. Ce mécanisme apparaît
donc comme ancestral.
Les effets globaux sur l’expression génique sont également étudiés dans l’unité de Génétique Moléculaire
des Levures qui a montré que la désorganisation du
positionnement de l’extrémité des chromosomes chez
la levure Saccharomyces cerevisiae est importante pour
la transcription de ce domaine de la chromatine et la
réparation des dommages à l’ADN qui y ont lieu.
Structure des génomes, génomique
comparative et évolution
La disponibilité de génomes complets d’organismes
ayant des distances évolutives variées et vivant dans
des milieux très divers permet l’analyse des mécanismes d’évolution et d’adaptation. On peut donc aborder
un grand nombre de questions fondamentales
jusqu’alors inaccessibles.
L’unité de Génétique Moléculaire des Levures est
depuis plusieurs années fortement impliquée dans la
génomique comparative et est un membre actif du
consortium international “Genolevure” qui utilise les
champignons comme modèles de l’évolution des
génomes. Les champignons sont en effet particulièrement adaptés à l’étude des mécanismes génomiques
à l’œuvre dans l’évolution des eucaryotes puisque leurs
génomes sont compacts (ce qui rend possible la
détermination d’un nombre significatif de génomes
complets) et leurs niches écologiques variées. Des
duplications de segments du génome, voire du
génome entier, paraissent jouer une rôle clé dans les
mécanismes évolutifs. L’existence d’un nombre élevé
de gènes dits “orphelins”, c’est-à-dire spécifiques à une
espèce donnée ou un groupe d’espèces très proches,
est également l’une des nombreuses surprises apportées par ce type d’analyses.
L’unité de Génétique des Génomes Bactériens recherche des “universaux” dans les contraintes évolutives
au niveau des génomes. Ce groupe a découvert que le
biais ubiquiste périodique (tous les 10-11,5 nucléotides)
du texte génomique résulte de la présence universelle
de motifs “souples” largement conservés au cours de
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
l’évolution. Pour explorer les contraintes physiques qui
s’exercent sur la construction des génomes, le groupe
a participé à la détermination de la séquence et à
l’étude du génome d’une bactérie de l’Antarctique
Pseudoalteromonas haloplanktis. Cela a permis de
découvrir une stratégie de cet organisme pour éviter la
formation de dérivés réactifs de l’oxygène par élimination concertée d’un pan entier du métabolisme, renforçant l’hypothèse que le métabolisme du soufre, atome
réactif mais composant obligé des cellules, serait une
cible privilégiée des processus intégratifs chez les
Puce à ADN utilisée lors d’un crible génétique chez la
levure. La couleur de chaque paire de points dépend
de la quantité relative d’une souche mutante cultivée au
sein d’une population de plusieurs milliers de mutants
soumis à une pression de sélection donnée.
bactéries. L’analyse de la composition des protéines a
montré un rôle universel des acides aminés aromatiques dans les protéomes. Les protéines “orphelines”
sont enrichies en ces acides aminés. On peut imaginer
que ce sont des “gluons” stabilisateurs de complexes
multiprotéiques, et qu’elles étiquettent ainsi le “soi”
de l’espèce. Le protéome de P. haloplanktis manifeste
un biais dans l’usage des acides aminés spécifique
des organismes psychrophiles, montrant un enrichissement relatif en asparagine, acide aminé qui tend à
“vieillir” facilement. Les génomes ne sont ainsi pas des
collections de gènes mais des ensembles organisés.
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 19
RECHERCHE
Départements de recherche
Pathogenèse microbienne
Les pathogènes bactériens étudiés dans le département sont associés à des maladies
infectieuses d’impact majeur en santé publique : tuberculose, lèpre, ulcère et cancers
gastriques, infections diarrhéiques, leptospirose, maladie de Lyme, charbon, peste, gangrène
et botulisme. Des outils pour diagnostiquer rapidement la présence de ces bactéries, repérer
les plus virulentes, les plus épidémiques ou les plus résistantes, sont mis au point, ainsi que
de nouvelles stratégies thérapeutiques ou prophylactiques.
Bactéries du genre Mycobacterium et
tuberculose, lèpre et ulcère de Buruli
Tuberculose
L’étude comparée des génomes de M. tuberculosis, l’agent de la tuberculose, et de M. bovis BCG, la souche
vaccinale, a permis d’identifier un système de sécrétion
de protéines impliqué dans la pathogénicité des
souches virulentes et l’immunogénicité. Il pourrait être
la cible de nouveaux agents anti-tuberculeux et de
souches de BCG plus performantes. Une souche de
M. tuberculosis atténuée par inactivation d’un régulateur de l’expression de gènes de virulence est un
candidat-vaccin conférant une protection supérieure au
BCG lors d’études pré-cliniques. La réponse vaccinale
au BCG est étudiée : les polynucléaires neutrophiles
sont les cellules-hôte principales du bacille très tôt
après la vaccination et les transportent vers le ganglion
où la réponse immunitaire se met en place. Le dialogue
entre ces cellules et les cellules dendritiques est étudié.
La virulence et la multiplication du bacille de la tuberculose est liée à des lipides complexes comme le lipoarabino-mannane (LAM) et à des transporteurs dont
l’un a été acquis par transfert horizontal. L’étude des
enzymes de synthèse des lipides suggère de nouvelles
classes d’antibiotiques. Les interactions de ces lipides
avec les récepteurs des cellules de l’hôte sont étudiées.
L’un d’eux reconnaît le LAM et est induit au cours de
l’infection pulmonaire ce qui augmente le processus
Dans les macrophages,
M. tuberculosis (ici en vert car
exprimant la GFP) réside dans un
phagosome immature qui
permet sa multiplication. Des
mycobactéries préalablement
tuées par la chaleur sont
adressées dans un phagolysosome, caractérisé par des
marqueurs lysosomaux, tels
CD63 (ici en rouge).
20 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
infectieux. Il existe plusieurs allèles de ce récepteur
dont l’un est associé à une résistance accrue à la tuberculose. D’autres variations conduisent à l’émergence
de bacilles plus adaptés à certaines populations
humaines et à risque plus élevé d’acquérir des résistances multiples aux antibiotiques. Les mécanismes à
l’origine de la diversité des souches bactériennes sont
en cours d’étude.
Lèpre
Les études génomiques de plusieurs isolats de
M. leprae montrent l’extraordinaire stabilité du
génome de ce pathogène. L’étude de rares mutations
ponctuelles et de leur polymorphisme permet de retracer la dissémination de la lèpre à travers le monde.
L’origine humaine de la maladie se trouverait soit en
Afrique de l’Est soit au Proche-Orient . La lèpre se serait
répandue lors des migrations de populations. Son
contrôle ne sera possible qu’après l’identification de
tous les cas infectieux. Dans cette optique, l’immunogénicité de protéines spécifiques de M. leprae est
utilisée pour mettre au point un test sensible et fiable.
Ces tests sont réalisés chez des patients de pays où la
lèpre est endémique, Mali et Bangladesh.
Ulcère de Buruli
L’ulcère de Buruli, troisième grande maladie à mycobactéries après la tuberculose et la lèpre, se répand de
façon alarmante en Afrique de l’Ouest depuis 1980.
Pour mieux combattre cette maladie émergente, le
génome de son agent causal, M. ulcerans, a été
séquencé. Cela a conduit à l’identification d’un
plasmide porteur des gènes du principal facteur de
virulence, une toxine lipidique appelée mycolactone.
Depuis lors, des recherches sont activement menées
pour déterminer par quels mécanismes cette molécule
contribue à l’infection et engendre chez l’homme une
pathologie nécrotique et immunosuppressive.
Clostridies toxinogènes et botulisme
Le pouvoir pathogène des clostridies repose sur la
production de puissantes exotoxines. La transcription
des gènes des toxines est sous le contrôle de facteurs
sigma alternatifs spécifiques. La caractérisation et
l’interchangeabilité fonctionnelle de chacun d’eux a
permis de montrer qu’ils appartenaient au même sous
groupe de la famille des s70 d’Escherichia coli. Chez
Clostridium difficile trois facteurs de régulation sont
étudiés ainsi que leurs liens avec des systèmes homologues dans d’autres bactéries. Quatre protéines membranaires de C. perfringens affines pour la choline, et
certaines protéines holin-like impliquées dans la sécrétion des toxines de C. difficile, sont les cibles potentielles pour l’élaboration d’inhibiteurs. C. botulinum
produit la plus puissante toxine connue et est à l’origine d’une maladie grave, le botulisme. La synthèse de
la neurotoxine botulique ainsi que des protéines associées est régulée par un autre facteur sigma alternatif,
BotR. L’expression des gènes de la neurotoxine botulique survient en fin de croissance exponentielle de la
bactérie. La toxinogénèse chez C. tetani est sous le
contrôle d’un facteur apparenté à BotR. Le passage de
la neurotoxine botulique à travers la barrière intestinale ainsi qu’une stratégie thérapeutique originale
sont également étudiés. La toxine de C. sordellii est
responsable de maladies graves chez l’homme et les
animaux. Cette toxine altère l’intégrité des barrières
épithéliales par dépolymérisation de l’actine et déstabilisation de certaines jonctions intercellulaires. Par
ailleurs, de nouvelles bactéries anaérobies ont été
caractérisées.
Helicobacter pylori, et les maladies
inflammatoires gastro-duodénales
La virulence de H. pylori est liée à sa capacité à survivre
dans l’acidité de l’environnement gastrique et à y
persister toute la vie de l’individu en induisant une
forte réponse inflammatoire. La colonisation de la
muqueuse est rendue possible par la production
d’importantes quantités d’ammoniac par la bactérie.
D’autres facteurs, ubiquitaires ou souches spécifiques,
impliqués dans la résistance à l’acidité, la colonisation,
la persistance puis la genèse des lésions sont analysés
par différentes approches de génétique, de génomique
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 21
Pathogénèse microbienne
comparative et fonctionnelle. Le métabolisme du
nickel, essentiel à la survie de H. pylori dans la muqueuse,
celui du peptidoglycane impliqué dans la réponse
immune innée et le contrôle de la réplication, font
l’objet d’études ciblées. Les systèmes de réparation de
l’ADN de H. pylori sont étudiés pour évaluer leur fonctionnalité et leur impact sur la biodiversité exemplifiée
lors des études épidémiologiques. Les effets génotoxiques à l’origine de la cancérogenèse induite au
cours des infections chroniques et la réponse de l’hôte
sont analysés dans un modèle murin.
Les Escherichia coli pathogènes
Les E. coli pathogènes sont chez l’homme à l’origine de
nombreuses infections intestinales (diarrhées) et
extra-intestinales (infections urinaires, méningites
néonatales, septicémies). Parmi les facteurs de pathogénicité, les adhésines et les invasines jouent un rôle
essentiel dans la relation bactéries-hôte. Les études
menées visent à caractériser les mécanismes utilisés
par les bactéries pour coloniser les cellules épithéliales
et en particulier celles des tubules collecteurs rénaux,
et à élucider le rôle des facteurs métaboliques bactériens dans la colonisation. L’analyse comparative du
génome d’un isolat clinique de E. coli appartenant au
pathovar reconnu comme une cause émergente de
diarrhée chez les enfants et les adultes partout dans le
monde est menée dans le cadre du consortium national Coliscope.
Les spirochètes, borrélioses
et leptospirose
Les spirochètes sont responsables de borrélioses
comme la maladie de Lyme transmise par les tiques, et
d’une zoonose, la leptospirose. L’analyse génétique de
ces bactéries a été difficile jusqu’à ce qu’on sache inactiver des gènes chez ces bactéries, développement lié à
la caractérisation d’un bactériophage et à la détermination de ses fonctions. Le typage des leptospires par
amplification de certaines régions du génome est en
cours d’application au Cnr des Leptospires, pour identifier les sérovars des bactéries pathogènes pour
l’homme. L’activation cellulaire et l’utilisation des
récepteurs “Toll-like” par le lipide A du lipopolysaccha-
Observation in vitro par microscopie à balayage de l’interaction d’une souche de Escherichia coli responsable de
pyélonéphrite avec des cellules rénales. Observation réalisée dans le cadre du programme transversal de recherche 165.
22 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
ride, non endotoxique, des leptospires, a été entreprise. La densité de la tique vectrice de la maladie de
Lyme (Ixodes ricinus) et son taux d’infection par les
Borrélies pathogènes, sont étudiés ainsi que l’incidence de la maladie chez l’homme. D’autres méthodes
plus accessibles et plus performantes que la méthode
actuelle ont été mises au point pour définir de nouvelles espèces de Borrélies.
Yersinia et la peste
Le genre Yersinia comprend trois espèces pathogènes :
les bactéries entéropathogènes Y. pseudotuberculosis
et Y. enterocolitica, et l’agent de la peste, Y. pestis. Alors
que Y. pestis et Y. pseudotuberculosis sont génétiquement quasi-identiques, elles ont un cycle épidémiologique et un pouvoir pathogène très différents. La
comparaison du génome de Y. pseudotuberculosis avec
celui de Y. pestis montre que l’émergence du bacille de
la peste s’est accompagnée d’une perte massive de
fonctions avec une acquisition très limitée de matériel
génétique nouveau. D’autres approches comparatives
permettent d’identifier les bases du pouvoir pathogène exceptionnel du bacille de la peste. On s’intéresse
aussi aux transferts horizontaux de matériel génétique
en particulier à celui d’un îlot de haute pathogénicité
essentiel à la dissémination des Yersinia pathogènes
dans l’organisme. Une thématique portant sur la
réponse immunitaire et le développement d’un vaccin
contre la peste a été récemment lancée. Enfin, l’Unité
des Yersinia a une activité de santé publique au travers
du Cnr et du Centre Collaborateur de l’OMS pour la
peste et autres yersinioses.
Bacillus anthracis et la maladie
du charbon
l’infection, celui des structures de surface de la spore et
de la bactérie dans l’interaction avec l’hôte, la mise au
point de nouvelles approches thérapeutiques et vaccinales. La spore est à la fois la forme de persistance de
la bactérie et la forme infectante. Plusieurs protéines
de la surface de la spore, impliquées dans l’interaction
précoce avec l’hôte, ont été caractérisées. La forme
végétative possède à sa surface la capsule ancrée de
manière covalente au peptidoglycane. De nombreuses
protéines, également ancrées au peptidoglycane, sont
en cours de caractérisation. L’une d’entre elles est le
récepteur d’un phage spécifique de B. anthracis. Les
mécanismes de l’immunité innée dans le contrôle de
l’infection par B. anthracis sont étudiés chez la souris.
L’analyse de la réponse protectrice induite est menée
afin d’améliorer l’efficacité des vaccins à usage humain
et vétérinaire actuellement disponibles. Une composition vaccinale à usage humain efficace, a été mise au
point.
Laboratoire d’Anatomo-pathologie
L’expertise anatomo-pathologique est menée aux
échelons histologique et cytologique. L’interface hôteagent infectieux est étudiée dans les infections à
mycobacteries, à Helicobacter, Listeria, HIV, HTLV-I,
Herpes VIII et lors d’infections parasitaires (Leishmania,
Histoplasma capsulatum) ou à Aspergillus. Des
animaux génétiquement modifiés (souris TLR 2/4 -/-)
ont permis d’analyser la réponse inflammatoire due
aux gènes de virulence de pathogènes comme
Pseudomonas ou de préciser les mécanismes de l’oncogénèse induite par des agents infectieux (Helicobacter,
Herpes virus VIII, HTLV-I). Enfin, les techniques
d’autoradiographie quantitative sur coupes d’animaux
ou de tissus ont été appliquées à plusieurs modèles
expérimentaux.
Bacillus anthracis est l’agent de la maladie du charbon.
Sa virulence pour l’homme et l’animal exige la
synthèse de toxines et la formation d’une capsule
anti-phagocytaire d’acide poly-g-D-glutamique. Les
recherches portent sur le rôle des toxines pendant
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 23
RECHERCHE
Départements de recherche
Microbiologie fondamentale et médicale
Les chercheurs de ce département utilisent des microorganismes, bactéries et archées,
comme modèles d’étude de grandes fonctions biologiques, de vecteurs de maladies
infectieuses, ou encore de producteurs de toxines ou d’antibiotiques. On étudie également
comment les microorganismes interagissent avec leur environnement et l’on explore
la biodiversité microbienne de quelques grands groupes.
Mécanismes d’expression génétique,
virulence et réponse à l’environnement
L’unité Régulation transcriptionnelle s’attache à comprendre la formation et la structure du complexe entre
l’ARN polymérase d’Escherichia coli et les promoteurs,
tandis que des chercheurs de l’unité Génétique moléculaire étudient le mécanisme d’action d’une protéine
régulatrice complexe, l’activateur transcriptionnel
MalT du régulon maltose d’E. coli. Cette protéine qui
permet l’utilisation du maltose chez certaines bactéries, est le prototype d’une grande famille de régulateurs conservés des bactéries à l’homme. Ces protéines
intègrent des signaux régulateurs et, en réponse renvoient un signal ou exécutent une fonction. Les objectifs sont de déterminer les mécanismes par lesquels
MalT répond à des signaux positifs et négatifs, ainsi
que le rôle de l’activité ATPase dans son fonctionnement. Ces dernières années, d’autres travaux sur la
régulation de la transcription se sont de plus en plus
orientés vers des approches globales. Ainsi, l’unité
Régulation transcriptionnelle s’intéresse aux mécanismes qui régulent la réponse de l’ARN polymérase bactérienne aux carences et aux stress. Ils mettent en jeu
des facteurs protéiques appelés sigma, qui déterminent les gènes qui vont être transcrits. L’unité étudie
surtout un facteur appelé ss qui permet la transcription de centaines de gènes impliqués dans la survie en
phase stationnaire, la résistance au stress et le développement de biofilms. Ce facteur est également
essentiel à la virulence et à la persistance in vivo de
24 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
Salmonella enterica sérotype Typhimurium, une bactérie pathogène intracellulaire. De nouveaux facteurs
identifiés modulent l’expression ou l’activité de ss.
L’unité a également participé avec l’unité des Agents
antibactériens à l’étude de gènes impliqués dans la
résistance aux antibiotiques.
Dans l’unité Biologie des bactéries pathogènes à
Gram-positif on analyse les bases de la virulence de
ces bactéries en étudiant l’expression des gènes de
virulence en relation avec la réponse au stress et aux
modifications de l’environnement. Ils ont choisi
Morphotypes de Salmonella ATCC14028 et de ses
mutants : (1) souche sauvage, (2) ATCCcrl, (3) ATCCrpoS,
(4) ATCCcrlcsgB et (5) ATCCcrlbcsA après 5 jours
de croissance à 28°C sur milieu riche de faible osmolarité
contenant du rouge Congo. ATCC14028 présente le
morphotype “rdar” (red, dry and rough), alors que
ATCCrpoS présente le morphotype “saw” (smooth and
white). Le mutant crl présente un morphotype atypique
(rdarcrl), qui est affecté par l’absence de curli dans
le double mutant crl csgB et par l’absence de production
de cellulose dans le double mutant crl bcsA.
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
Staphylococcus aureus et Streptococcus agalactiae
comme modèles de bactéries pathogènes humaines
extracellulaires, et Listeria monocytogenes comme
modèle de pathogène intracellulaire. S. agalactiae peut
développer un métabolisme respiratoire qui facilite sa
dissémination dans le sang humain et contribue à sa
virulence. Par ailleurs, chez Bacillus subtilis (bactérie
Gram-positif modèle), la quantité du facteur antisigmaD est contrôlée par une protéase ATP-dépendante de type Clp. La perte de l’activité de sigma D
bloque la motilité, la chimiotaxie et la ségrégation
des cellules. La connaissance approfondie de tels mécanismes est particulièrement importante si l’on veut
développer de nouvelles thérapeutiques et outils
diagnostiques innovants.
L’équipe Génétique bactérienne et différenciation
étudie la régulation de l’expression génétique chez
Streptomyces. Ces bactéries filamenteuses vivent dans
le sol et produisent la majorité des antibiotiques
actuels. Leur cycle complexe comporte la formation de
mycélium basal puis de mycélium aérien qui se différencie pour donner des spores. L’équipe étudie le cycle
des Streptomyces en se concentrant sur le rôle des
protéases du type Clp dans ce processus.
Modèle du complexe promoteur-activateur-holoenzyme
Es54 (Huo et al., Mol. Microbiol., 2006, 59:168-180).
L’activateur oligomèrique est représenté sous forme
d’un anneau gris. Les différentes sous-unités de l’ARN
polymérase sont indiquées
par des couleurs différentes :
b en bleu, b’ en vert, a
en rouge, Ã en jaune et
s en violet. La structure du
complexe promoteur-Es54
a été modélisée d’après
la structure cristalline
du complexe promoteurholoenzyme EsA de Thermus
aquaticus (PDB code 1L9Z).
ils sont fréquemment nuisibles car source potentielle
d’infections nosocomiales. Le groupe Génétique des
biofilms explore les bases génétiques de leur formation. En étudiant essentiellement E. coli, l’objectif est
d’identifier les facteurs cellulaires essentiels pour la
formation du biofilm et de mettre en évidence
Formation de biofilms chez E. coli et S. enteritidis.
des fonctions caractéristiques de ce mode de vie,
échanges génétiques, adhésion et communication
inter-bactériennes. Au cours des deux dernières
années, on a identifié et étudié les conditions d’expression d’adhésines de surfaces qui contribuent à la
formation de biofilms bactériens en permettant les
interactions bactéries/bactéries. Une nouvelle voie
de régulation de la production de cellulose, polysaccharide de la matrice du biofilm, a été caractérisée
chez E. coli et Salmonella. Enfin, l’équipe a mis au point
des modèles expérimentaux permettant l’analyse des
interactions bactéries pathogènes/bactéries commensales au sein de communautés mixtes dans le but
de chercher à prévenir ou contrôler la formation de
biofilms pathogènes. De son côté, l’unité Régulation
transcriptionnelle a montré que le facteur ss permet
la transcription de gènes impliqués dans la formation
des biofilms, et l’unité des pathogènes Gram-positif
a montré que le régulateur transcriptionnel DegU de
L. monocytogenes est nécessaire pour la formation de
biofilms dans cette espèce.
Structure des membranes
et transport intramembranaire
Formation des biofilms
Dans la nature, les populations de microorganismes
existent surtout sous forme de biofilms sur les surfaces
minérales ou vivantes. Dans l’environnement médical,
L’unité des Membranes bactériennes étudie l’import
de l’hème, molécule essentielle aux processus énergétiques et source importante de fer chez les bactéries. Il
vient d’être montré que E. coli possédait une perméase
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 25
Microbiologie fondamentale et médicale
Photographie au microscope électronique
d’Acidianus convivator et différentes morphologies
du virus ATV (Acidianus Two-tailed Virus).
tion vitale pour les bactéries, les connaissances acquises pourraient également déboucher sur la définition
de cibles originales de nouveaux antibiotiques.
Biodiversité et évolution
des microorganismes
à hème constituée de 2 protéines périplasmiques
qui fixent l’hème avec une forte affinité, et d’un
transporteur ABC situé dans la membrane interne. On
a aussi identifié et caractérisé de petites protéines
extra-cellulaires ou hémophores, qui captent l’hème
des hémoprotéines et l’adressent à des récepteurs
spécifiques de la membrane externe. Le mécanisme
de sécrétion de l’hémophore hors de la cellule par un
transporteur complexe est également étudié. L’unité
de Génétique moléculaire porte l’essentiel de son
effort sur le trafic transmembranaire des protéines
chez les bactéries à Gram-négatif. Ses chercheurs
étudient les mécanismes d’assemblage de protéines
dans la membrane externe et le transport de protéines
à travers cette membrane par le système de sécrétion
de type II. L’unité étudie également la biogenèse et
la localisation de lipoprotéines de l’enveloppe et la
sécrétion de protéines chez les Actinomycétales
(Gram-positif). Les chercheurs de l’unité des pathogènes à Gram-positif étudient les structures des surfaces
bactériennes, acides lipotéichoïques et protéines de
surface, impliquées dans les interactions avec l’hôte
infecté. S. agalactiae est ainsi capable de polymériser
des protéines à sa surface pour former des appendices
de type pili.
Si l’objectif est d’obtenir une meilleure compréhension
de la machinerie complexe impliquée dans une fonc-
26 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
L’écologie microbiennne est une discipline en plein
essor qu’il faudrait renforcer en particulier pour étudier la flore humaine. Cette approche est actuellement
limitée aux cyanobactéries et archées hyperthermophiles. Les cyanobactéries jouent un rôle important
dans le maintien de l’équilibre entre le CO 2 et
l’oxygène dans l’atmosphère. Elles colonisent la
plupart des écosystèmes aquatiques et terrestres. Au
cours des dernières décennies, les efflorescences de
cyanobactéries se sont multipliées dans les écosystèStructure de la sécrétine PulD, seule protéine de
la membrane externe du système de sécrétion de type II,
par cryomicroscopie électronique et modélisation.
mes aquatiques continentaux du fait des activités
humaines. Ces proliférations peuvent être dangereuses en raison du grand nombre de toxines, notamment
des hépatotoxines et des neurotoxines, produites par
certaines espèces.
L’unité des Cyanobactéries étudie leur biodiversité et
leurs capacités adaptatives à travers l’étude de leur
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
génome et de leur physiologie, voies de biosynthèse
et rôle fonctionnel des toxines. Ces études s’appuient
sur des échantillons collectés dans l’environnement
et sur une collection de souches unique au monde,
la PCC (Pasteur Cyanobacteria Collection). L’unité
s’investit également, en partenariat avec des industriels, dans la mise au point d’outils pour la détection
et l’identification des cyanobactéries toxiques dans
l’environnement.
L’unité Biologie moléculaire du gène chez les extrêmophiles étudie les virus des Archées collectées dans des
sources chaudes terrestres. La diversité de ces virus est
beaucoup plus grande que celle des bactériophages.
Certains possèdent des capsides tout à fait extraordinaires. Ainsi le virus ATV (Acidianus tailed virus)
présente une forme de développement extracellulaire
observée pour la première fois chez un virus. Les
chercheurs poursuivent la caractérisation de ces virus
Analyse par microscopie optique de cellules d’E. coli
après plasmolyse pour séparer les membranes interne
et externe par la formation de baies de plasmolyse
(coloration artificielle).
et de leurs protéines en collaboration avec plusieurs
groupes de génomique structurale. L’un des objectifs
est de découvrir de nouvelles enzymes thermostables
d’intérêt biotechnologique et des outils pour les
nanotechnologies. Par ailleurs, des chercheurs de cette
unité étudient les relations de parenté entre microorganismes en combinant les méthodes de la phylogénie moléculaire et de la génomique comparative.
Colonies de cyanobactéries observées en microscopie
optique (à gauche : contraste de phase ; à droite :
autofluorescence).
Lutte contre les bactéries pathogènes
Les antibiotiques restent notre arme principale contre
les infections bactériennes. Une situation inquiétante
s’est toutefois développée ces vingt dernières années :
les résistances aux antibiotiques se sont multipliées,
et le nombre de nouveaux antibiotiques mis sur le
marché s’est réduit. Les chercheurs de l’unité des
Agents antibactériens étudient les différents types de
mécanismes de résistance aux antibiotiques en particulier chez des bactéries responsables d’infections
nosocomiales. Ils analysent l’évolution, le coût biologique et la dissémination de la résistance chez les
bactéries pathogènes pour l’homme. Ces dernières
années, ils se sont particulièrement intéressés à la
résistance aux glycopeptides et aminosides chez
les entérocoques pathogènes et à la résistance aux
ß-lactamines, aux aminosides et aux quinolones chez
les bacilles à Gram-négatif. L’utilisation de bactériophages pourrait être complémentaire aux antibiotiques dans le traitement des maladies infectieuses.
Un chercheur vient de démarrer dans l’unité Biologie
moléculaire du gène chez les extrêmophiles un projet
de traitement par les bactériophages, renouant ainsi
avec le travail initié par Félix d’Hérelle à l’Institut
Pasteur dans les années 1920, une approche thérapeutique actuellement en renouveau.
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 27
RECHERCHE
Départements de recherche
Biologie cellulaire et infection
Le département applique la biologie cellulaire à l’étude des processus physiopathologiques
liés à des infections : interactions micro-organismes-cellules, réponse immunitaire et
biologie des cellules impliquées. Un effort particulier porte sur les techniques de l’imagerie
cellulaire et tissulaire.
Infections intestinales
Les infections entériques sont un problème majeur de
santé pédiatrique dans les pays pauvres. Un plasmide
porte les gènes nécessaires à l’entrée et la dissémination dans l’épithélium intestinal, de Shigella, l’agent
de la dysenterie bacillaire. Ils spécifient un appareil
de sécrétion activé lors du contact bactérie-cellule
et des protéines effectrices stockées puis sécrétées.
Des remaniements du cytosquelette sont responsables
de l’entrée des Shigella et des connexines sont essentielles au passage entre cellules. Les effecteurs de la
protection contre Shigella sont étudiés. L’interféron g
contribue à l’extinction de la primo-infection.
La réponse en anticorps contre la partie saccharidique
du LPS protège en excluant les bactéries de la surface
de l’épithélium et en neutralisant le LPS. Des essais cliniques de phase I et II de vaccination sont poursuivis,
contre S. flexneri au Bangladesh et aux USA et bientôt
en Europe pour S. dysenteriae. La réaction inflammatoire à Shigella est déclenchée par les protéines Nod.
Nod1, senseur cytoplasmique du peptidoglycane (PGN)
bactérien reconnaît celui des bactéries à Gram négatif
et participe d’un système de perception des pathogènes des cellules épithéliales et déclenche la production d’IL-8. Nod2 associé aux macrophages, reconnaît
tous les PGN. Ces données peuvent amener à la
compréhension des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin. Les entérocytes humains se transforment en cellules M et livrent intacts particules,
bactéries et virus, aux cellules présentatrices de la
muqueuse. Le transport des bactéries par ces cellules
est actif : l’invasine bactérienne de Yersinia entero-
28 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
colitica se lie à des intégrines du pôle baso-latéral des
entérocytes qui, en présence des lymphocytes des
plaques de Peyer, relocalisent l’intégrine dans les
membranes basolatérales et apicales.
Les déplacements des amibes
Entamoeba histolytica est l’agent de l’amibiase,
responsable de 50 millions de cas cliniques et 100 000
décès par an. Ce parasite envahit, détruit l’épithélium
intestinal et crée des abcès du foie. Lors de leur formation, l’afflux de macrophages est associé à la sécrétion
du facteur de nécrose tumorale (TNF) et à des foyers
inflammatoires liés à l’adhérence du parasite aux
cellules cibles. Le TNF joue un rôle dans la réaction
inflammatoire et la migration du parasite. Il induit la
surexpression de protéines du cytosquelette et ribosomales et d’un facteur de transcription. Des biopuces
ont permis de comparer les profils d’expression
d’amibes pathogènes aux non-pathogènes, menant à
l’identification d’une nouvelle famille de protéines liée
à la maladie. Le parasite a adapté son cytosquelette
pour tuer et phagocyter des cellules humaines. Les
phagosomes contiennent des molécules de signalisation et des composants du cytosquelette qui jouent un
rôle possible dans la dynamique de ces organites et la
croissance des amibes.
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
Listeria et listériose
Listeria monocytogenes, responsable d’infections
alimentaires mortelles dans 30 % des cas, peut franchir les barrières intestinale et hémato-encéphalique.
Elle pénètre de nombreux types de cellules, s’y multiplie et passe de cellule en cellule en polymérisant
l’actine cellulaire. Deux protéines bactériennes sont
impliquées. L’internaline interagit avec son récepteur,
la E-cadhérine ce qui permet le passage de la barrière
intestinale et le tropisme placentaire. Une nouvelle
protéine des jonctions adhérentes a été découverte.
Elle est requise pour le recrutement de l’a-caténine
aux jonctions et l’entrée de Listeria. La protéine InlB,
associée de façon labile à la bactérie, utilise le récepteur Met chez la souris, les récepteurs de l’HGF et du
complément. Elle reconnaît aussi les glycosaminoglycanes et active la cascade de signalisation menant
aux réarrangements du cytosquelette. La clathrine et
les microdomaines lipidiques (rafts) membranaires
participent aussi à l’internalisation des Listeria. Les
microdomaines sont critiques pour la voie internaline
et les réarrangements du cytosquelette, mais pas pour
la voie InlB-Met. La plupart des gènes de virulence sont
sous le contrôle d’une protéine régulée par un ARN
dont la structure dépend de la température. De nouveaux facteurs de virulence de L. monocytogenes ont
été identifiés dont une proteine liant la fibronectine et
un système à deux composants qui régule la structure
des acides lipotechoiques. La comparaison des génomes de L. monocytogenes et de L. innocua, non pathogène, a permis d’identifier d’autres proteines de
virulence dont une hydrolase de sels biliaires qui permet la persistance de la bactérie dans l’intestin, une
autolysine qui participe à l’entrée des bactéries dans
les cellules, une phosphatase, ainsi qu’une nouvelle
internaline.
Rickettsia conorii, bactérie intracellulaire stricte, se
déplace à l’intérieur des cellules en polymérisant
l’actine cellulaire. Une protéine indispensable à ce
phénomène a été identifée. Le récepteur des rickettsies
à la membrane des cellules est d’origine nucléaire.
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 29
Biologie cellulaire et infection
Infections par les Chlamydia
Les Chlamydia sont des bactéries intracellulaires
causes d’infections à séquelles graves, cécité, stérilité,
grossesses extra-utérines. L’infection par C. caviae
induit une activation rapide et transitoire de GTPases
qui orchestrent les remaniements du cytosquelette
d’actine nécessaire à l’entrée. Le cycle intracellulaire a
lieu dans une vacuole intracellulaire. Les bactéries
utilisent un appareil de sécrétion particulier pour injecter des protéines dans le cytosol de l’hôte. Vingt-quatre
d’entre elles ont été identifiées. Elles jouent un rôle
dans la pathogénicité. Une d’elles interagit avec la
machinerie de fusion membranaire de l’hôte. C. pneumoniae pourrait être impliquée dans l’athérosclérose,
il existe une corrélation entre gravité de la maladie et
présence de C. pneumoniae dans les plaques d’athérome et l’ADN de C. pneumoniae a été trouvé dans les
plaques de 40 % des patients atteints d’athérosclérose.
Dynamique des récepteurs
et trafic intracellulaire
L’IL2 est le premier ligand physiologique internalisé par
une voie d’endocytose indépendante de la clathrine.
Cette voie d’entrée très mal connue met en jeu la dynamine, et, parmi les partenaires de celle-ci, la cortactine.
Après endocytose, les récepteurs sont orientés vers les
lysosomes où ils sont dégradés. Ce phénomène dépend
de l’ubiquitine et en retour, le couple ubiquitineligase/ubiquitine-hydrolase peut réguler l’expression
du récepteur.
Contrôle de la synthèse des protéines
eucaryotes
Les régions non-codantes des ARN interviennent dans
la synthèse des protéines. L’initiation de la traduction
exige l’interaction entre la coiffe en 5’ et la queue
poly(A) en 3’. La traduction eucaryote est modulée par
les virus à ARN dont la traduction s’opère grâce à une
IRES. Chez les picornavirus, une interaction analogue
30 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
existe entre l’IRES et la queue poly(A). L’ARN du virus de
l’hépatite C (HCV) porte en 3’ une séquence dite région
X et pas de queue poly(A). La traduction de cet ARNm
est stimulée par la région X. La diversité des IRES des
quasi-espèces du HCV isolées d’un même individu est
faible, comme si elles étaient soumises à de fortes
contraintes. La région X de l’ARN du HCV module
fortement l’activité des IRES variants. Ces effets ne
sont pas spécifiques des IRES d’un génotype donné. Les
différences fonctionnelles sont liées à des différences
structurales. Les IRES des picornavirus sont structurées
en domaines, dont l’un est important pour la neurovirulence du poliovirus.
Origine de la polarité cellulaire
Les études sur l’origine de la polarité cellulaire portent
sur l’adressage apical des protéines à GPI et sur le rôle
des rafts au cours du transfert au travers de l’appareil
de Golgi. L’association des protéines aux rafts n’est pas
suffisante pour assurer l’adressage apical de protéines.
Seules les protéines GPI “à destin apical” s’associent
aux rafts dans l’appareil de Golgi. Cette étape apparaît
cruciale. Enfin les proteines GPI-apicales sont adressées directement à la membrane apicale ce qui résout
un long débat sur ce sujet.
La protéine prion normale PrPC s’associe aux rafts à un
stade précoce de l’exocytose, dans le réticulum. La
déplétion en cholestérol perturbe cette association et
entraîne un mauvais repliement de la protéine qui
peut éclairer sur la génèse des maladies associées. Les
effets de l’association aux rafts sur le repliement de
mutants PrP ont été testés. Le mutant A182T est fortement associé dans le réticulum endoplasmique. Il présente un problème de conformation et est dégradé
partiellement par le protéasome, mais ce dernier n’est
pas impliqué dans la dégradation de la forme mutante
responsable de la scrapie, qui s’accumule lorsque
son association aux rafts est perturbée. Les rafts pourraient donc avoir un effet protecteur dans la génèse
des maladies à prions.
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
Voies de signalisation et modifications
post-traductionnelles
Plusieurs voies de signalisation utilisent des protéolyses aboutissant à la translocation nucléaire de facteurs
transcriptionnels. Un des exemples les plus connus est
représenté par la voie NF-kB, qui joue un rôle critique
dans de nombreuses réponses. Une étude de l’activation de cette voie dans des cellules T stimulées par
l’antigène a mis en évidence des boucles de régulation
permettant un contrôle très fin de l’intensité et de la
durée de la réponse. La mise au point d’un modèle
d’activation constitutive de la voie par ciblage à la
membrane de la molécule NEMO a permis d’analyser
les étapes cytoplasmiques communes à ces voies.
L’introduction dans le cerveau d’un inhibiteur de NF-kB
a montré que cette voie contrôle la mémoire spatiale
et la plasticité synaptique.
L’activation du récepteur Notch exige trois étapes de
maturation protéolytique. L’étape finale, une coupure
dans la membrane plasmique par une g-secrétase,
aboutit à la libération de la région intracellulaire
du récepteur, transportée dans le noyau. Un crible
génétique permettant d’identifier les gènes impliqués
dans l’activité g-secrétase ou son contrôle a été validé.
Parallèlement, Delta1, l’un des ligands de Notch,
recrute la protéine d’échafaudage Dlg1 aux contacts
cellule-cellule et contrôle ainsi la migration cellulaire.
Relations structure/fonction
au sein du noyau
Pour la première fois, on a pu déterminer l’organisation structurale d’un compartiment nucléaire de
répression transcriptionnelle. La séquestration dans
un tel espace restreint des facteurs impliqués dans ce
phénomène est une source d’information pour la
cellule : le positionnement d’un gène sert à contrôler
son expression. Afin d’approfondir les mécanismes
en jeu, des outils biologiques et informatiques ont
été développés avec l’unité d’Analyse d’Images
Quantitative (AIQ). Ils permettent de suivre la localisation – par microscopie confocale ou épifluorescence –
Cellules infectées par Chlamydia. Les bactéries (vert) se
multiplient exclusivement dans une cellule hôte (noyau
marqué en bleu). Certaines protéines bactériennes sont
sécrétées dans le cytosol de la cellule hôte (rouge).
de loci ou de régions chromosomiques, au cours du
temps et en fonction de leur activité transcriptionnelle.
Ainsi, le rôle de la machinerie de transcription dans
le recrutement à la périphérie du noyau et aux pores
nucléaires a pu être démontré. La régulation positionnelle s’applique aux gènes de choc thermique.
Enfin, l’étude de cette régulation a été initiée chez
Caenorhabditis elegans.
Des techniques d’imagerie microscopique
sophistiquées
L’unité AIQ étudie des méthodes de traitement d’informations visuelles produites en microscopie par la mise
au point d’algorithmes pour quantifier de façon automatique les images produites et faciliter la compréhension des informations biologiques. La plate-forme
de microscopie électronique propose l’analyse d’ultrastructures après immuno-marquage à l’or colloïdal et
cryofixation. Des activités de services, de contrôle et
d’enseignement complètent ses activités. La plateforme forme les personnels pour utiliser le matériel.
Le centre d’imagerie dynamique se concentre sur celle
de cellules et tissus vivants. Les nombreux projets
incluent l’analyse spatio-temporelle de la dynamique
de protéines, de complexes ou d’organelles. Cette
année a vu la mise en place d’un microscope bi-photonique. De nombreux systèmes innovants sont testés.
Le centre a une forte composante de formation et
facilite les collaborations au travers de réseaux comme
l’ “European Light Microscopy initiative”.
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 31
RECHERCHE
Départements de recherche
Virologie
Les virus étudiés dans le département concernent des maladies importantes en santé
publique. Les recherches portent sur les premières étapes du cycle viral, les réponses
de la cellule hôte, l’immunité antivirale, les stratégies d’échappement aux défenses
antivirales et les facteurs génétiques de sensibilité aux infections. Un objectif est d’identifier
des molécules antivirales et de définir des approches vaccinales. Des recherches épidémiologiques sont menées par les Centres nationaux de référence et Centres collaborateurs
de l’OMS essentiels à la veille et l’intervention dans le domaine des maladies émergentes.
Fièvres hémorragiques
L’unité de Biologie des Infections Virales Émergentes
étudie la réponse humaine à l’infection par le virus
Lassa, un pathogène de niveau 4 de sécurité, et par un
virus très proche mais inoffensif, Mopeia. Les cellules
dendritiques et les macrophages humains sont des
Le filament nucléaire formé de la protéine NSs dans une
cellule Vero infectée par le virus de la fièvre de la vallée
du Rift observée en microscopie électronique.
En bas à droite, agrandissement de la région de l’appareil
du Golgi d’où bourgeonnent les particules virales.
32 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
cibles privilégiées du virus Lassa. Leur activation et les
IFN de type I pourraient jouer un rôle crucial dans la
pathogénicité différente des deux virus. L’étude chez le
hamster de molécules antivirales actives sur le virus
Nipah a montré que contrairement aux résultats d’essais cliniques humains non randomisés, la ribavirine ne
prévient pas la mort des animaux. On recherche enfin
des henipavirus chez les chauve-souris frugivores à
Madagascar, au Cambodge et au Vietnam, en lien avec
les Instituts Pasteur de ces pays. Le Cnr des Fièvres
hémorragiques virales a confirmé au début de 2005
une épidémie importante de fièvre à syndrome rénal
avec 253 cas confirmés. Le Cnr des Arbovirus a identifié
la circulation du virus Chikungunya à La Réunion début
avril 2005 ainsi qu’à Mayotte et aux Seychelles. L’unité
de Génétique Moléculaire des Bunyaviridae étudie le
virus de la fièvre de la vallée du Rift, chez les mammifères chez lesquels il est pathogène et chez les hôtes
invertébrés chez lesquels il est asymptomatique. La
compréhension des mécanismes impliqués pourrait
permettre de produire un vaccin ou des molécules
thérapeutiques. L’unité produit également des antigènes utilisés par les laboratoires de référence et les
Instituts Pasteur du Réseau International pour le diagnostic de virus hautement pathogènes ou difficiles à
produire. L’unité postulante Interactions Moléculaires
Flavivirus-Hôte étudie l’origine du pouvoir pathogène
des flavivirus responsables de la dengue, de la fièvre
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
jaune et de la fièvre du Nil occidental. Un polymorphisme génétique en position -336 du promoteur du
gène DC-SIGN contrôle le risque de dengue chez les
individus infectés. Une molécule de la voie interféron
de type-I bloque la réplication du virus du Nil occidental en prévenant l’accumulation des ARN viraux. Enfin,
l’immunisation par le virus de la rougeole ou un
vecteur lentiviral recombinés pour la forme sécrétée
de la glycoprotéine E du virus du Nil occidental induit
une réponse immunitaire rapide et protectrice au long
terme contre cette encéphalite virale.
Virus respiratoires
Les activités de l’unité Génétique Moléculaire des
Virus Respiratoires portent sur les virus grippaux et
en particulier sur les mécanismes de la réplication
des génomes viraux et leur emploi comme vecteurs
d’expression. Ces recherches ont conduit à caractériser
des signaux nécessaires à l’emballage de segments
génomiques. L’identification des facteurs cellulaires
interagissant avec la polymérase, et celle des détermi-
Le VHC associé aux VLDL (1) se lie, par ces lipoprotéines
à SR-BI/Cla1 (2). Des anticorps anti-SR-BI (3), anti-VLDL (4)
et anti-b lipoprotéines (5) inhibent l'interaction du VHC
avec SR-BI/Cla1, tandis que des anticorps anti-E2 ou
anti-HVR1 ne l’inhibent pas (6).
(From Faseb J., Février 2006).
nants viraux susceptibles de contribuer à la spécificité
d’hôte des virus grippaux, sont en cours. La sensibilité
aux anti-neuraminidases de la neuraminidase du virus
de grippe aviaire H5N1 est examinée. Les études sur
le coronavirus associé au SRAS, ont permis de définir
les conditions d’expression des protéines structurales,
notamment de la spicule, et d’évaluer le pouvoir
protecteur de candidats vaccins chez la souris et le
hamster. L’unité héberge le CNR Région-Nord (grippe)
et le Centre collaborateur de l’OMS de référence et
de recherche sur les virus grippaux et autres virus
respiratoires. Dans le cadre de la grippe aviaire H5N1, le
Centre a eu pour rôle de confirmer des diagnostics en
collaboration avec l’Institut Pasteur du Cambodge, et
contribuer au suivi de l’évolution génétique des virus.
Il a poursuivi l’évaluation et le développement de techniques de détection du virus H5N1 et fourni un appui
technique à de nombreux pays.
Hépatite C
Un groupe de l’unité s’intéresse au virus GBV-B comme
modèle du virus de l’hépatite C (VHC). Ses travaux ont
permis l’identification de ressemblances supplémentaires entre ces virus, infection persistante et organisation génomique, renforçant l’intérêt de l’infection de
petits primates du Nouveau Monde par le GBV-B
comme modèle du VHC. Un virus chimérique GBVB/VHC infectieux contenant la séquence d’entrée
interne des ribosomes du VHC a été obtenu. Une des
applications concerne l’étude de molécules à potentiel
thérapeutique. L’interaction de la nucléocapside du
VHC avec sa cellule-cible et les lipoprotéines de l’hôte
permet de définir le rôle de ces interactions dans la
physiopathologie de l’infection : on étudie les formes
virales circulantes chez les sujets infectés, le rôle des
lipoprotéines dans l’entrée du virus dans la cellule et
la reconnaissance de récepteurs hépatiques. Une stratégie de purification de cellules infectées ex vivo par
le VHC permet d’étudier la permissivité des cellules.
Enfin, on étudie les mécanismes d’interférence du VHC
avec l’induction de l’IFN, composant majeur de la
réponse immune de l’hôte.
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 33
Virologie
Infections virales persistantes
du système nerveux central
tants au sida, ou au niveau de tissus impliqués dans la
transmission du virus in utero (placenta).
L’unité des Virus lents étudie l’origine de deux
maladies neurologiques dues à des infections virales
persistantes du système nerveux central. Une maladie
de la souris est due au virus de Theiler. Le trafic du virus
dans le système nerveux, des neurones aux oligodendrocytes et aux macrophages, est étudié in vivo ainsi
qu’in vitro à l’aide de cultures mixtes myélinisantes.
Des gènes de sensibilité à la maladie démyélinisante
ont été identifiés et le rôle dans la sclérose en plaques
de leurs équivalents humains, est recherché. La
deuxième maladie étudiée est due au Bornavirus.
Ce virus entraîne des troubles du comportement chez
les mammifères et pourrait être impliqué dans des
maladies psychiatriques. Un effet de l’infection des
neurones sur l’activité synaptique a été décrit.
L’unité de Physiopathologie des Infections Lentivirales
étudie le macaque infecté par un SIV pathogène
(SIV-mac) comme modèle de l’infection par le VIH. On
étudie : le contrôle de la réplication virale durant la
primo-infection et, en particulier, le rôle de l’apoptose
dans la suppression de la réponse immunitaire ; le
renouvellement lymphocytaire au cours de l’infection ;
les mécanismes physiopathologiques des encéphalopathies induites par le virus, un modèle du neuro-SIDA.
L’un des objectifs de l’unité de Rétrovirologie
Moléculaire est de définir des stratégies vaccinales
fondées sur l’usage de souches très atténuées de SIV
capables de protéger contre l’infection par un virus
pathogène. Une approche originale repose sur la substitution de la région promotrice du SIV par un autre
promoteur viral, ce qui a permis d’obtenir une souche
protégeant contre SIVmac. La construction de SIV
chimères permet d’étudier l’effet de la compartimentalisation de la réplication virale sur la pathogénicité
du SIV. Un autre objectif est de comprendre le rôle
que jouent des infections virales multiples des lymphocytes et les phénomènes de recombinaison, dans la
variabilité du VIH in vivo. Le groupe Virus et Immunité
s’intéresse aux défenses intracellulaires contre les
infections virales. Les protéines cellulaires de la famille
APOBEC protégent la cellule contre les infections par
le VIH “exogène”, et contre les rétrovirus endogènes.
Ces rétrovirus endogènes sont présents à des milliers
de copies dans le génome cellulaire, mais la grande
majorité n’est pas fonctionnelle. Les protéines APOBEC
empêchent le “mouvement” de ces rétrovirus dans
le génome protégeant la cellule contre les virus endogènes et exogènes.
Sida
Une équipe de l’unité des Virus lents étudie un vaccin
anti-VIH utilisant comme vecteur une souche vaccinale
du virus de la rougeole, un vaccin vivant très efficace,
sûr et peu coûteux. Des virus recombinants exprimant
diverses protéines du VIH ou du SIVmac ont été
construits et testés chez la souris et le macaque. Des
réponses neutralisant le VIH ont été obtenues. Un test
de protection du macaque contre le SIV est en cours de
réalisation. Une équipe de l’unité des Virus lents étudie
les mécanismes de contrôle de la pathogenèse du sida.
Il s’agit de la restriction de la réplication du VIH-1
dans les cellules permissives (lymphocytes T CD4+
d’individus résistants à l’infection et de macrophages
activés par des complexes immuns) et non permissives
(trophoblaste placentaire). Un second axe est celui
de la régulation de l’infection et de l’activation lymphocytaire T délétère induite chez l’hôte. L’impact de
l’infection sur des constituants essentiels au renouvellement ou à l’activation des cellules T est étudié chez
des individus résistants et/ou capables de contrôler
l’infection, des patients sous anti-rétroviraux en échec
immunologique et des primates sensibles ou résis-
34 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
Virus et cancers
Les travaux de l’unité Oncogenèse et Virologie
Moléculaire portent sur le cancer du foie humain associé aux virus des hépatites B et C. Parmi les facteurs
viraux, on étudie l’activité de transactivateur transcrip-
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
Principe de la recherche de protéines cellulaires
interagissant avec la protéine E6 du PVH5 par la
technique du double hybride par croisement chez la
levure.
de signalisation du TGF-b1 qui joue un rôle important
dans la régulation négative du cycle cellulaire : la levée
de ce blocage pourrait favoriser la réplication de l’ADN
viral et conduire à la transformation des cellules
infectées.
Virus Entériques
tionnel de la protéine HBx du virus de l’hépatite B,
son interaction avec les histone acétyltransférases, et
les gènes du foie dont l’expression est modulée par
HBx. Le rôle de la ß-caténine dans le développement du
cancer est étudié avec l’identification d’un nouveau
coactivateur de la ß-caténine dont on recherche le
rôle dans des modèles murins de carcinogenèse hépatique et intestinale. De nouveaux gènes cibles de la
ß-caténine dans le contexte hépatique ont été identifiés. Un groupe étudie le transcriptome et les altérations génétiques et épigénétiques d’une tumeur
embryonnaire, l’hépatoblastome.
La caractérisation de gènes de prédisposition à l’infection par les papillomavirus humains (PVH) cause de
cancers chez l’homme, est un enjeu majeur. Les gènes
EVER1 et EVER2 de sensibilité au PVH5 oncogène ont été
identifiés. On cherche à comprendre la fonction des
protéines EVER dans une cellule normale et une cellule
infectée et on analyse la stratégie développée par
les PVH oncogènes pour se multiplier et transformer
les cellules infectées. Les protéines EVER forment un
complexe avec une protéine transporteuse de zinc.
Ce complexe inhibe la voie de signalisation des MAP
kinases responsable de la synthèse de facteurs de
transcription nécessaires à l’expression du génome
viral. Une mutation dans les gènes EVER supprime
cette inhibition. La protéine E6 du PVH5 bloque la voie
Le laboratoire des Stratégies Antivirales étudie les
entérovirus, en particulier le poliovirus, agent de la
poliomyélite paralytique, et les rotavirus, cause d’un
tiers des gastroentérites graves des jeunes enfants.
Il s’intéresse aux entérovirus recombinants, impliqués
dans de récentes épidémies de poliomyélite à
Madagascar, en collaboration avec l’Institut Pasteur
de Madagascar. Parmi les stratégies antivirales de
petits ARN homologues du génome viral peuvent
guérir des populations cellulaires infectées de manière
persistante depuis plusieurs mois par le virus de la
poliomyélite. On étudie aussi les aspects de la réponse
cellulaire à l’infection qui sont impliqués dans les
pathologies dues à ces virus humains entérotropes.
La même unité cherche à développer des molécules à
large spectre inhibant la réplication des Rhabdoviridae
(virus de la rage, VSV) et des Paramyxoviridae (virus de
la rougeole, virus respiratoire syncytial) en ciblant les
éléments du complexe de réplication. Deux approches
complémentaires sont poursuivies en parallèle. Une
étude des relations structure/fonction et des interactions des éléments du complexe entre eux et avec
certains facteurs de l’hôte ; une approche à haut débit
permettant d’isoler des molécules capables d’interférer avec la réplication. Des peptides montrant une
haute affinité pour le complexe de réplication sont
évalués pour leur capacité inhibitrice sur la réplication
virale.
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 35
RECHERCHE
Départements de recherche
Parasitologie
Les infections par des protozoaires parasites sont un problème majeur de santé publique
surtout dans les pays en développement. Le paludisme en est la plus répandue et
dévastatrice. D’autres maladies parasitaires, leishmaniose, trypanosomiase africaine et
toxoplasmose par exemple, sont aussi responsables d’une morbidité et d’une mortalité
significatives dans les régions où elles sont endémiques. Une caractéristique remarquable
commune à la majorité des parasites étudiés à l’Institut Pasteur est que leur survie dépend
de leur capacité d’adaptation à deux hôtes distincts : l’insecte vecteur et les mammifères
reservoirs, dont l’homme. La lutte contre ces maladies s’appuye donc sur des interventions
au niveau des parasites, de l’hôte ou des insectes vecteurs.
Trypanosome, Leishmanie et Toxoplasme
Un nouveau groupe s’intéresse à la biologie des trypanosomes, agents de la maladie du sommeil en Afrique.
L’analyse fonctionelle par ARN interférence (ARNi) a
été développée. L’implication de ce processus dans la
mitose et le contrôle de l’abondance des ARN issus des
transposomes a été démontrée ainsi que l’activité
ARNi dans le contrôle de pseudogènes. Il a été démontré que le flagelle est essentiel à la morphogénèse du
Trypanosome et à sa mobilité. Plus de 50 gènes codant
des protéines flagellaires ont été identifiés et leurs
fonctions définies. De plus, le trypanosome est devenu
un excellent modèle pour l’étude de maladies humaines liées à des défauts des cils et flagelles, puisque
le parasite utilise un système semblable à celui des
autres eucaryotes pour la construction de son flagelle.
Les leishmanies sont responsables de pathologies très
diverses, les “leishmanioses”. Dans le tube digestif
des insectes vecteurs, les leishmanies sont extracellulaires (promastigote). Mais elles sont intracellulaires (amastigote) chez le mammifère et localisées
dans une vacuole des macrophages. Un modèle reposant sur l’inoculation de promastigotes de Leishmania
major ou L. amazonensis dans le derme de l’oreille de
36 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
Trypanosomes sauvages ou de la lignée TbAGO1-/-, les
chromosomes (jaunes) ne sont pas répartis également à
la mitose. L’ADN est représenté en bleu.
souris a été développé. Ce modèle d’infection, associé
à l’usage de souris transgéniques dont les leucocytes
phagocytaires sont aisément décelables et de leishmanies exprimant des protéines repérables par fluorescence, permet la caractérisation des processus par
lesquels les leishmanies s’établissent et persistent
dans le derme des mammifères. On a ainsi pu caractériser la séquence d’évènements au site d’inoculation
et dans le ganglion lymphatique drainant, y suivre le
devenir des parasites et tester de nouvelles thérapeutiques locales. La re-programmation de leucocytes dendritiques induite par le développement intracellulaire
de L. amazonensis est aussi en cours d’étude.
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
Trypanosomes dont l’assemblage du flagelle (vert) a été
perturbé. L’ADN est représenté en bleu, les corps basaux
et le filament d’adhésion en rouge.
l’immunité innée participent au développement d’une
réponse Th1 chez les souris résistantes.
Les souris C57BL/6 développent, après infection orale
par Toxoplasma gondii, une iléite résultant d’une forte
réponse Th1. Le rôle clé des cellules NKT de l’intestin
et de l’IL-15 produite par les cellules épithéliales a été
récemment mis en évidence. Rapidement après l’infection, les souris développent une importante activité
cytotoxique qui dépend de l’IL-15. Des composants de
l’immunité innée et en particulier TLR9 semblent
importants pour la maturation d’une réponse Th1 dans
ce modèle d’inflammation intestinale.
Plasmodium
Comment les leishmanies adaptent-elles leur virulence
aux signaux de l’hôte mammifère ? Le but est ici de
cibler ces voies de signalisation pour développer de
nouvelles thérapies. Une approche génétique vise à
élucider le rôle des protéines kinases ERK/MAPK dans
la virulence du parasite. Des lignées de L. major et
L. donovani exprimant des MPK couplées à une protéine fluorescente ont été construites et l’importance
de deux de ces kinases dans le développement intracellulaire du parasite a été montrée. Des études visent
à déterminer la localisation cellulaire de ces kinases,
leurs interactions et leurs substrats. Les cellules NKT du
foie sont activées lors de l’infection par L. donovani.
Cette réponse participant à la réponse inflammatoire
précoce, est spécifique du lipophosphoglycane de forte
affinité pour la molécule présentatrice CD1d.
Les réponses T à l’infection par des parasites intracellulaires diffèrent selon les caractéristiques génétiques de
l’hôte. L’induction de la réponse aberrante Th2, cause
de la sensibilité des souris BALB/c à L. major, et la
réponse Th1 chez les souris résistantes à l’infection,
sont étudiés. Des facteurs intrinsèques aux cellules T
jouent un rôle dans la maturation d’une réponse Th2
chez les souris sensibles et des composants de
Les aspects de la biologie du Plasmodium pendant
les phases de son cycle qui sont cibles de stratégie
vaccinale sont particulièrement étudiés. Le passage du
parasite à travers la barrière intestinale du moustique
est étudiée. Les gènes de carboxypeptidases intestinales ont été caractérisés. Certaines de ces enzymes sont
impliquées dans le développement de P. falciparum
chez le moustique et pourraient être la cible d’un vaccin destiné à bloquer la transmission du parasite. Des
gènes dont l’expression dans les glandes salivaires des
moustiques dépend de la présence de parasites, ont
été identifiés. Des travaux récents visant à comprendre
la biologie du sporozoïte chez son hôte mammifère
utilisent P. berghei fluorescent et des techniques
d’imagerie in vivo. Ils ont révélé de nombreuses interactions hôte-parasite inattendues ainsi que l’importance de la mobilité du parasite chez l’anophèle et le
mammifère. La pénétration rapide du sporozoïte dans
les hépatocytes repose sur son cytosquelette et sur des
ligands parasitaires mal connus. La mise au point d’une
technique de mutagenèse conditionnelle permettant
d’inactiver spécifiquement au stade sporozoïte tout
gène d’intérêt, devrait faciliter notre perception de la
fonction des protéines de surface du parasite dans l’invasion cellulaire. En outre, les formes intra-hépatiques
du parasite pouvent induire une immunité contre une
infection ultérieure. Il est donc important de caractériser les interactions entre hépatocyte et parasite
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 37
Parasitologie
nécessaires au développement de ce dernier, donc les
protéines que le parasite exprime à ce stade.
Les facteurs de virulence des stades sanguins de
P. falciparum impliqués dans le paludisme grave
(paludisme gestationnel et anémie) et les stratégies
d’échappement immunitaire, constituent d’autres axes
de recherche importants. L’adhérence des globules
rouges parasités (GRP) à la chondroïtine sulfate A (CSA)
du placenta joue un grand rôle dans le paludisme gesta-
tionnel. Le produit de l’un des gènes var est responsable
de la liaison des GRP à CSA et les domaines impliqués
sont identifiés. Ils sont en cours de validation en tant
que candidats vaccins pour la prévention du paludisme
gestationnel. La caractérisation de la cytoadhérence
des anneaux a permis de mettre en évidence le rôle de
la “Ring surface Protein 2” (RSP 2) dans ce phénomène.
Après invasion des globules rouges par Plasmodium,
cette protéine se retrouve dans un complexe protéique
Moustique Anopheles gambiae principal vecteur du paludisme.
Le CEPIA, CEntre de Production et d’Infection des Anophèles, est une plate-forme qui produit pour divers programmes et
équipes de recherche des moustiques du genre Anopheles agent du paludisme.
38 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
à la surface d’hématies parasitées mais aussi d’hématies non parasitées. Il joue peut-être un rôle dans
l’anémie sévère paludéenne. En ce qui concerne le
transport intracellulaire de protéines parasitaires
vers la membrane du GR infecté, la caractérisation des
voies de sécrétion spécifiques à P. falciparum, devrait
permettre d’identifier de nouvelles cibles dans l’adhérence des GRP aux cellules endothéliales de l’hôte.
Des progrès spectaculaires concernant les mécanismes
moléculaires de la variation antigénique de P. falciparum, la stratégie qu’il utilise pour contourner les mécanismes de défense de l’hôte ont été réalisés en 2005.
Des constituants salivaires de l’anophèle augmentent
le caractère infectieux des Plasmodium transmis par
piqûre. Le rôle de la salive du moustique dans l’activation des mastocytes cutanés et son implication dans la
réponse immune anti-plasmodium sont étudiés. Non
seulement des cytokines immunosuppressives sont
induites par la piqûre mais l’histamine produite par les
mastocytes favorise le développement de l’infection.
La connaissance de ce qui détermine l’issue d’une
infection par P. falciparum est cruciale en ce qui
concerne la mortalité et la morbidité palustres. La
résistance aux médicaments est actuellement un
grave problème pour le contrôle du paludisme :
l’analyse de cibles de médicaments a révélé pour la
première fois une résistance in vitro aux dérivés de
l’artésémisine. Le Ring Erythrocyte Surface Antigen
(RESA), inséré dans la membrane et le cytosquelette
du GR au moment de l’infection, représente un
nouveau facteur de virulence puisque son association
au cytosquelette du GRP protège ce dernier de la
déstabilisation par la fièvre. La capacité des GRP à
former des rosettes (“rosetting”) avec des GR sains, et
l’absence d’anticorps dissociant ces rosettes, sont les
deux seuls facteurs associés au paludisme grave de
l’enfant. Un modèle de ce phénotype a été crée avec un
variant varO, ce qui a permis de montrer la contribution du “rosetting” à la virulence. La mise en évidence
de réponses précoces communes à la plupart des
“stress” infligés aux parasites ouvre clairement de
nouvelles perspectives. Un système expérimental de
rate humaine perfusée devrait permettre de comprendre le rôle de cet organe dans l’élimination du parasite
et la modulation du phénotype parasitaire. Ce système
a permis de visualiser la disparition rapide de GRP
traités par l’artésunate dans la pulpe rouge selon deux
mécanismes différents. La mise en évidence de profils
d’activation distincts des lymphocytes T dans l’anémie
grave et le neuro-paludisme, indique qu’il s’agit de
deux syndromes différents.
Les recherches sur le développement d’un vaccin antipaludique se sont poursuivies. Le stade hépatique de
P. falciparum représente une cible prometteuse pour
les approches vaccinales. Chez le singe, LSA3 s’est révélée être la seule molécule capable d’induire une protection contre P. falciparum indépendamment de la
souche de parasite. L’injection à des volontaires d’un
long peptide de MSP3 combiné à des adjuvants, base
d’un vaccin visant à interrompre la phase érythrocytaire, s’est révélée capable d’induire des réponses
remarquables. Les anticorps produits inhibent la
croissance érythrocytaire de P. falciparum in vitro en
présence de monocytes. En outre, ils provoquent une
très forte inhibition de la parasitémie chez des souris
humanisées infectées par P. falciparum. Ces résultats
montrent pour la première fois l’activité anti-parasitaire, in vitro et in vivo, d’anticorps produits chez
l’homme par un candidat vaccin. D’autres candidats
vaccins fondés sur des protéines recombinantes de
la surface du mérozoïte, produites dans le système
baculovirus, sont en cours d’évaluation.
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 39
RECHERCHE
Départements de recherche
Biologie du développement
Comment un organisme multicellulaire peut-il se former à partir d’un seul œuf fertilisé ?
Des progrès spectaculaires ont été réalisés dans la compréhension du comportement
cellulaire et des mécanismes moléculaires qui sous-tendent ce processus. Cette
compréhension s’applique également à l’adulte ; la régénération des tissus endommagés,
par exemple, implique des stratégies similaires à celles employées par les embryons. La
plupart des mutations réalisées sur les organismes modèles afin d’étudier leur
développement constituent désormais des modèles animaux pour les maladies humaines.
La biologie du développement concerne à la fois l’embryon et l’adulte. Les recherches
menées au sein du département de Biologie du développement reflètent cette évolution.
La drosophile permet de combiner approches génétiques et moléculaires pour étudier les mécanismes
transcriptionnel et post-transcriptionnel de régulation
des gènes. Le groupe Génétique et épigénétique de la
drosophile étudie l’histone-acétyltransférase dGcn5
qui intervient dans plusieurs processus essentiels du
développement, notamment aux débuts de l’oogenèse
et de la métamorphose. L’équipe a mis en évidence
le rôle de dGcn5 dans l’acétylation des histones H3 et
sa participation à deux complexes multiprotéiques. Le
second projet porte sur le nouveau domaine des microARN. Une méthode permettant de déclencher l’interférence par l’ARN dans un système transgénique in vivo
été mise au point, de sorte à provoquer l’inactivation
d’un gène dans un tissu particulier ou à un stade donné
du développement chez la drosophile. Des outils
permettant de rechercher les micro-ARN au début de la
métamorphose ou lors d’infections virales sont également recherchés.
L’unité Expression génétique et maladies étudie les
mécanismes qui régulent l’expression génétique dans
différents contextes biologiques. Le facteur de transcription nucléaire hépatocytaire HNF1b est essentiel à
la formation de la voie biliaire et de l’artère hépatique.
Son absence dans le rein conduit à une polykystose
rénale. Dans les tissus malades, la croissance orientée
40 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
des cellules des tubules se perd au cours de la maturation du néphron. Le facteur de transcription AP-1, un
dimère jun/fos, régule le cycle cellulaire et la réponse
au stress. JunD intervient dans la protection des cellules contre le stress oxydatif et l’angiogénèse tumorale.
La suppression de junD chez la souris provoque un
vieillissement prématuré et des cancers, une condition
exacerbée par la délétion du gène c-Jun. Les complexes
À gauche. Étalement de chromosomes polytènes
provenant de glandes salivaires de larves sauvages ou de
larves mutantes Gcn5 (comme indiqué). Un marquage à
l’aide d'un anticorps spécifique (rouge) révèle que
l’acétylation du résidu K14 de l’histone H3 est
complètement abolie dans le mutant Gcn5.
À droite. Un système transgénique permet de déclencher
spécifiquement l’inactivation de Gcn5 par ARN
interférence dans le compartiment postérieur de ce
disque imaginal d’aile (partie droite). Un marquage avec
le même anticorps spécifique révèle la disparition de
l’acétylation du résidu H3-K14 dans ce compartiment.
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
de remodelage de la chromatine (SWI/SNF) jouent
également un rôle dans la régulation de l’épissage des
ARN, établissant ainsi un lien entre régulation transcriptionnelle et traitement du transcrit. On étudie
également les effets de l’état de la chromatine sur l’intégration du VIH et les régulateurs transcriptionnels
produits par le génome des papillomavirus, associés à
l’apparition du cancer du col.
L’unité Génétique de la différenciation étudie le rôle
des gènes de la différenciation des cellules du foie, en
concentrant ses efforts sur le récepteur nucléaire
HNF4a. Les isoformes de HNF4 interagissent différemment avec d’autres facteurs de transcription. La manipulation des isoformes in vivo permet de mieux
comprendre leur fonction. L’unité a isolé des lignées
hépatiques à partir de foies embryonnaires de souris :
cultivées dans les conditions adaptées, ces lignées se
différencient en hépatocytes et en cellules biliaires.
Récemment, des lignées similaires ont été isolées du
foie adulte.Introduites dans des foies malades ces
cellules se différencient en cellules hépatiques et
biliaires ; elles ont donc capacité à participer à la
régénération du foie. En collaboration avec des parasitologues, les changements dans la régulation des
hépatocytes infectés par le Plasmodium berghei sont
étudiés.
L’unité de Génétique moléculaire murine étudie l’inactivation du chromosome X qui conduit à la présence
d’un seul chromosome X actif. L’inactivation dépend
de la région Xic, en interaction avec le gène Xist qui
produit un ARN responsable de l’initiation de l’inactivation. Au cours de ce processus, l’importance de la
régulation du métabolisme de l’ARN et du contrôle épigénétique de la structure de la chromatine à travers la
modification des histones a été mise en évidence. Des
mutations du gène Nap1/2, lié au chromosome X, sont
impliquées dans le Spina bifida et la surprolifération
des neurones, Nap1/2 modifie la chromatine des gènes
cibles. L’équipe a enfin identifié chez la souris un locus
de contrôle de la sensibilité au diabète de type 1
(insulinodépendant) et étudie actuellement des gènes
candidats.
L’unité de Génétique des mammifères utilise la souris
comme modèle pour étudier la sensibilité et la résistance aux infections virales et bactériennes. Des
souches recombinantes congéniques issues de Mus
musculus et mus spretus se sont révélées particulièrement utiles dans l’analyse des caractères génétiques
quantitatifs. Le gène Oas1b est candidat à la sensibilité
à l’infection par l’arbovirus West Nile. On étudie également la sensibilité au virus responsable de la fièvre
de la vallée du Rift chez la souris. Dans une autre collaboration, il a été montré que l’issue clinique d’une
infection par Yersinia pestis varie selon le génotype des
souris inoculées, démontrant ainsi l’existence de facteurs génétiques dans la sensibilité à la peste. D’autres
projets portent sur l’étude des gènes modificateurs de
la protoporphyrie érythropoïétique. Le clonage positionnel des gènes impliqués dans les phénotypes de
souris présentant des anomalies des motoneurones et
de la digitation a été réalisé.
Le déterminisme sexuel et les mécanismes génétiques
des évènements précoces conduisant à la différenciation des gonades sont étudiés par l’unité Reproduction, fertilité et populations. Dans la recherche de
facteurs génétiques impliqués dans des troubles du
développement des gonades chez l’homme, l’équipe a
utilisé des biopuces à ADN et identifié des séquences
candidates chez les patients atteints de tels troubles.
L’étude porte également sur le développement des cellules germinales. De nouvelles délétions susceptibles
d’influencer l’infertilité masculine ont été identifiées.
Des données récentes suggèrent que l’origine génétique du chromosome Y peut avoir un effet sur la fertilité. L’équipe a identifié en outre une délétion sur le
chromosome Y impliquant une nouvelle protéine de
choc thermique chez un patient atteint d’azoospermie
totale.
La myogenèse et la cardiogénèse sont étudiées par
l’unité de Génétique moléculaire du développement.
Les travaux menés sur les muscles du squelette portent sur les gènes qui contrôlent l’entrée des cellules
dans ce programme de différenciation. L’équipe a
identifié une population de cellules progénitrices
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 41
Biologie du développement
La contribution des cellules de réserve, Pax3 et Pax7
positive, à la croissance musculaire est démontrée par
immunohistochimie sur coupes de muscles fœtaux à
partir de souris génétiquement marquées, Pax3GFP/+ et
Pax7LacZ/+. Les panneaux à gauche montrent la coexpression de Pax3 et
Pax7 (flèches blanches).
Les cellules
additionnelles
continuent à être
marquées par le
rapporteur GFP (Pax3)
qui est très stable (têtes
de flèches). Les panneaux
à droite montrent que le
marquage GFP (vert)
persiste dans les cellules
myogéniques et des
fibres (orange) marquées
par desmine, tout en
étant présentes dans les
cellules de réserve où
Pax3 est transcrit.
Pax3/Pax7 positives, dans le développement des
masses musculaires. En l’absence de Pax3 et Pax7, ces
cellules n’activent pas les gènes de différenciation
myogénique, induisant ainsi une déficience importante du muscle du squelette. Les cellules progénitrices
du muscle chez l’adulte ont été identifiées et jouent
un rôle efficace dans la régénération des muscles du
squelette. Pax7 joue un rôle essentiel dans la protection de ces cellules adultes contre la mort cellulaire, un
rôle exercé par Pax3 dans l’embryon. Ainsi, Pax3 et Pax7
assurent la survie de la cellule progénitrice ainsi que le
destin du tissu. Les récents travaux sur le cœur se sont
concentrés sur le pôle artériel, dérivé exclusivement de
cellules progénitrices du deuxième champ cardiaque.
L’équipe a mis en évidence une rotation du myocarde
du pôle artériel du cœur, avec lequel une interférence
induit des malformations de type conotroncal.
Le groupe Cellules souches et développement étudie le
comportement des cellules souches qui participent à la
formation et la réparation du muscle du squelette. En
créant de nouveaux allèles du gène régulateur de la
myogenèse, Myf5, ils ont exploré son rôle en relation
avec le gène Mrf4 et montré que ce rôle dépend du stade
de développement. L’analyse des gènes Pax et des gènes
42 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
Anomalies des embryons déficients pour Omcg1 et Nle.
A) Indice mitotique anormalement élevé dans un
blastocyste mutant pour Omcg1. La photo montre le
double marquage des cellules en phase S (rouge) et en
mitose (vert). B) Mort des cellules de la masse cellulaire
interne dans un blastocyste mutant pour Nle. Les flèches
blanches indiquent la présence de noyaux fragmentés.
Les noyaux de l’embryon apparaissent en violet et rose.
régulateurs de la myogenèse vient étayer la notion que
la localisation anatomique et le stade du développement influencent le contrôle génétique myogénique.
Une sous-population de cellules qui ségrègent les deux
brins parentaux d’ADN vers une seule cellule fille, caractéristique de la ségrégation de l’ADN « immortel » d’une
cellule souche a été identifiée. L’équipe a également
observé la division asymétrique des cellules myogéniques adultes selon un phénomène qui caractérise les
descendants des cellules souches.
L’unité Génétique moléculaire de la morphogenèse étudie le fonctionnement des gènes à homéoboîte Msx1 et
Msx2. L’inactivation de ces deux gènes montre leur rôle
Le double mutant
Msx1:Msx2 à l'état
homozygote présente
une troncation des
éléments antérieurs
(radius, tibia, pouce). Ceci
conduit généralement à
une oligodactylie (en
haut), mais une
surcroissance antérieure
secondaire peut entraîner
la formation de doigts
surnuméraires d'identité
postérieure (en bas). Au
centre, un membre
normal au même stade.
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
dans la transduction des signaux d’induction embryonnaire. Les doubles mutants présentent de graves déficiences des membres qui reflètent des problèmes dans la
polarisation dorso-ventrale. Cette situation dépend de la
voie de signalisation BMP. La croissance du membre est
altérée et différentes malformations apparaissent
ensuite du fait de défauts de la polarisation antéro/
postérieure. Chez le mutant Msx1, les anomalies de
l’encéphale antérieur sont dues à l’interruption de la
signalisation par WNT, et chez le double mutant, les
anomalies observées sur la ligne médiane dorsale s’étendent au mésencéphale. Les gènes Msx maintiennent la
plasticité cellulaire caractéristique des cellules souches.
Dans ce contexte, l’Unité s’intéresse à leur expression
dans certaines cellules chez l’adulte, notamment dans les
vaisseaux sanguins.
Une approche génétique fonctionnelle est utilisée par
l’unité de Biologie du développement pour étudier les
facteurs déterminants et les voies de signalisation
impliqués dans le développement précoce de la souris.
Deux nouveaux gènes, Omcg1 et Notchless, ont été
identifiés par clonage des gènes impliqués dans le
mutant Ovum. Les mutations de ces deux gènes entraînent la mort embryonnaire précoce. En l’absence de
Omcg1, le cycle cellulaire embryonnaire précoce est
perturbé, tandis que Notchless est indispensable à la
survie des cellules embryonnaires pluripotentes. Cette
observation peut indiquer une anomalie de la voie de
signalisation Notch. L’équipe a montré que les principaux gènes de la famille Notch sont exprimés dans les
oocytes et les embryons préimplantés. L’étude, chez la
souris, d’une mutation dans le gène Trapa, a permis de
démontrer, in vivo, que TRAP participait à la sécrétion
de certaines protéines et était impliquée dans le développement cardiaque des mammifères.
L’unité de Biologie moléculaire du développement
s’intéresse au mouvement des cellules dans le
contexte de stratégies générales du développement
chez des embryons de souris, de poulet, de poisson
zèbre et d’un prochordé, l’amphioxus, afin de comprendre l’évolution du développement. L’approche
génétique a été étendue à la méthode d’analyse
clonale rétrospective de l’expression non ciblée du
Comportement des cellules dans l'ectoderme de surface. Ce
marquage clonal révèle que les cellules de cette structure
passent d'abord par une phase de dispersion (intercalation)
qui les dispose tout le long de l'axe AP de l'embryon puis,
plus tardivement, par une phase de croissance orientée
locale (par exemple, médio-latéralement dans le tronc).
Embryon à E14,5, marquage LacZ.
rapporteur LaacZ et à l’expression inductible au cours
du développement. L’analyse clonale a permis d’étudier le comportement des cellules de l’ectoderme de
surface durant la phase d’élongation de l’embryon et
le renouvellement des cellules du follicule pileux. Les
chercheurs ont démontré la manière dont le comportement et les lignages cellulaires affectent l’organisation
des cellules souches et entraînent la formation du
follicule pileux. L’unité s’intéresse également au
comportement des cellules dans le tube neural et a
montré l’importance de la division orientée des cellules
dans le contrôle du destin cellulaire.
L’unité Macrophages et développement de l’immunité
étudie les premiers types de cellules qui confèrent une
immunité innée au poisson zèbre. Comme chez tous les
vertébrés, ce sont des macrophages primitifs qui envahissent rapidement les tissus, cerveau ou rétine, lorsqu’ils
ne sont pas encore vascularisés. La pénétration de ces tissus dépend de l’expression d’une métalloprotéase spécifique. En l’espace d’une journée, une autre catégorie de
leucocytes, les polynucléaires neutrophiles, s’est déplacée dans le mésenchyme et dans l’épiderme. L’Unité a
participé au criblage de nouveaux mutants affectant ces
types de cellules et collabore avec d’autres groupes dans
l’étude des interactions hôtes-pathogènes.
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 43
RECHERCHE
Départements de recherche
Neuroscience
Les recherches du département de Neuroscience portent sur le système nerveux central,
de la molécule aux fonctions supérieures du cerveau : perception sensorielle, apprentissage
et mémoire, organisation de la pensée, conscience. Deux grands thèmes complémentaires
et d’égale importance sont développés. D’une part, la compréhension de l’organisation
fonctionnelle et du développement du système nerveux, et tout particulièrement
des systèmes sensoriels. D’autre part, la mise à profit de ces connaissances fondamentales
pour comprendre, prévenir et traiter plusieurs maladies du système nerveux, qu’il s’agisse
de maladies ou handicaps héréditaires, de maladies neuro-dégénératives d’origine
génétique ou auto-immune, de la dépendance à la nicotine et du vieillissement ou encore
de maladies infectieuses.
Génétique du système nerveux :
maladies et handicaps héréditaires
L’un des objectifs est d’identifier les gènes responsables de certains handicaps sensoriels et tout particulièrement ceux qui sont à l’origine de surdités, isolées ou
associées à des troubles visuels. Cent à 200 millions
d’individus en sont affectés dans le monde. Sont
également recherchés les gènes dont l’atteinte est à
l’origine de troubles psychiatriques touchant la
communication interindividuelle comme l’autisme, ou
la perception identitaire comme la schizophrénie.
L’étiologie et la physiopathologie de ces différentes
atteintes peuvent être efficacement éclairées par le
recours à des modèles animaux de ces maladies ou
handicaps humains.
L’identification des gènes responsables de handicaps
sensoriels héréditaires a été poursuivie. Un ensemble
de résultats ont été obtenus sur la fonction des protéines codées par ces gènes, ce qui permet d’aborder les
bases moléculaires du développement et du fonctionnement de l’organe récepteur de l’audition. La plupart
de ces protéines interviennent dans l’un des quatre
processus suivants : (1) la structure de la membrane
acellulaire qui couvre l’épithélium sensoriel auditif et
44 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
Image par microscopie à balayage montrant deux
cellules sensorielles externes dans la cochlée de souris. Les
micro-villosités de chaque cellule, dites stéréocils,
composent la
touffe ciliaire,
structure
réceptrice du
son qui abrite la
machinerie de
transduction
mécanoélectrique.
qui participe à la transmission de l’énergie de l’onde
sonore à la touffe ciliaire des cellules sensorielles, (2) le
développement de la touffe ciliaire, réceptrice du son
composée d’un ensemble de microvillosités rigides et
qui abrite la machinerie de transduction mécano-électrique, (3) le fonctionnement de la synapse des cellules
sensorielles (synapse à “rubans”), et (4) la communication entre cellules par les jonctions communicantes.
Alors que la touffe ciliaire échappait à toute caractérisation moléculaire par les méthodes classiques,
l’approche génétique associée à la recherche des
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
partenaires des protéines codées par les gènes défectueux dans les surdités a permis d’identifier une vingtaine de molécules différentes dans ce compartiment
cellulaire où la stimulation acoustique est convertie en
signal électrique.
Un autre aspect très important est l’identification des
gènes impliqués dans l’élaboration des fonctions
cognitives chez l’homme. Ainsi a été découvert un
gène dont les mutations sont associées à l’autisme. Ce
gène code la neuroligine 4 (NLGN4), un nouveau membre d’une famille de molécules d’adhésion intercellulaire spécifiquement localisées dans la région
postsynaptique des synapses excitatrices et dont l’activité paraît déterminante pour la formation de ces
synapses. Ce travail pionnier est élargi à la recherche
d’autres bases génétiques des retards de langage dont
souffrent environ 8 à 10 % des enfants d’âge scolaire.
Un effort particulier porte sur le “recrutement” de
familles atteintes, sur l’analyse de liaison génétique,
l’étude de réarrangements chromosomiques, qui dirigent ensuite la recherche de mutations dans certains
gènes candidats.
Le nématode Caenorhabditis elegans, est utilisé dans
l’étude de la génétique des présénilines. Les présénilines sont essentielles au développement normal de ces
animaux et, chez l’homme, sont responsables de certaines formes héréditaires de la maladie d’Alzheimer.
Afin de mieux comprendre leur rôle, on cherche à
identifier des facteurs qui peuvent modifier l’effet de
mutations dans les gènes de préséniline. Les criblages
génétiques ont permis l’identification de cinq gènes
suppresseurs de préséniline. Leurs homologues
humains sont eux aussi impliqués dans la répression
de nombreux gènes spécifiques des neurones. Leurs
fonctions biologiques et biochimiques sont en cours
d’étude pour mieux comprendre le rôle de ces protéines dans le destin des neurones et les maladies.
Epigénétique du système nerveux
et formation des circuits neuronaux
La spécification, la stabilisation sélective ou l’élimination de connections synaptiques tout au long de la vie
sont analysées. Un aspect clé de ce programme est le
développement d’outils génétiques pour l’imagerie
dynamique in vivo de l’activité et de la connectivité de
réseaux de neurones durant leur formation initiale,
leur maturation, ainsi que pendant des protocoles
d’apprentissage.
Cette approche d’imagerie non invasive est réalisable
et plusieurs lignées de souris transgéniques sont en
cours d’analyse. En combinant plusieurs approches on
a aussi cherché à préciser comment l’acquisition et la
rétention de traces mnésiques prennent place dans un
système dynamique soumis à une réorganisation permanente. Pour cela, le système olfactif est un modèle
de choix puisque tant l’organe sensoriel que le premier
relais cérébral intègrent continuellement de nouveaux
neurones. Pour la première fois chez l’animal vivant, on
a pu à l’aide de fibres optiques enregistrer la migration
des neuroblastes rendus fluorescents vers le bulbe
olfactif. Afin de chercher une éventuelle relation entre
neurogenèse et apprentissage, une lignée de souris
dont une seule famille de neurones sensoriels est fluorescente est utilisée. Ces neurones sensoriels répondent sélectivement à une odeur bien définie et on
cherche à évaluer l’impact de l’apprentissage de cette
odeur sur la neurogenèse.
L’effort mené vers l’identification des bases anatomiques et moléculaires de circuits neuronaux a un
Monitorage de l’activité neuronale in vivo.
L’injection d’acide kainique induit l’augmentation
de bioluminescence chez une souris transgénique qui
exprime le gène rapporteur GFP-aequorine, un
indicateur de la concentration de calcium ciblé dans le
compartiment cellulaire mitochondrial. Cette approche
innovante
permet de
mesurer par
imagerie
dynamique et
non-invasive
l’activité
neuronale
dépendante des
changements de
la concentration
de calcium.
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 45
Neuroscience
Injection stéréotaxique d’un vecteur lentiviral dans le
cortex préfrontal chez la souris. La GFP est exprimée sous
contrôle d’un promoteur neurone-spécifique, remplissant
toute la cellule. La ré-expression ciblée de la sous unité
b2 du récepteur nicotinique par injection stéréotaxique
d’un vecteur lentiviral dans l’aire tegmentale ventrale
d’une souris dépourvue de cette sous-unité a permis
la restauration d’un comportement cognitif et d’autoadministration de la nicotine.
impact direct sur un des problèmes majeurs de santé
publique : le tabagisme. Chez la souris, il a été montré
que la dépendance à la nicotine est liée à l’expression
d’une molécule spécifique, la sous-unité b2 du récepteur à la nicotine dans une région très précise du
cerveau, l’aire tegmentale ventrale. Le rôle crucial de ce
récepteur dans la dépendance tabagique est appuyé
par d’autres travaux qui ont montré que la nicotine
peut réguler par elle-même la formation de récepteurs nicotiniques à très haute affinité. Or, leur surexpression à la surface des cellules est à l’origine de la
sensibilité accrue à la nicotine. La nicotine est connue
pour augmenter les performances cognitives. Il devrait
être possible de déterminer la structure des récepteurs
spécifiquement impliqués dans la dépendance à la
nicotine et rechercher des agents pharmacologiques
nouveaux permettant d’inhiber spécifiquement la
dépendance sans altérer le rôle de ces mêmes récepteurs sur les capacités cognitives.
46 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
Régénération, protection
et réparation du système nerveux
La caractérisation des facteurs qui contrôlent la production et la survie de différentes classes de neurones
a des implications dans la réparation du cerveau après
lésions. L’apoptose est une forme définie d’autodestruction de la cellule. L’étude des souris mutantes
pour les molécules effectrices de l’apoptose a révélé
l’importance d’une apoptose précoce qui touche des
cellules en phase proliférative et plus particulièrement
les précurseurs du système nerveux central. Un gène
à homéoboîte très fortement conservé chez les métazoaires, barhl2, est un régulateur transcriptionnel de la
survie des précurseurs neuraux.
Une possible stratégie thérapeutique consiste à augmenter le potentiel de régénération et à reprogrammer les cellules souches neurales présentes chez
l’adulte. À l’aide de vecteurs viraux introduits dans les
cellules souches, on a montré que la seule présence
d’un facteur de transcription (Pax6) conduisait à
produire des néo-neurones dopaminergiques. En
caractérisant les déterminants moléculaires qui fixent
le destin des précurseurs cellulaires, ces travaux
permettent d’envisager d’utiliser la neurogenèse
A) Les transcripts du gène
barhl2 sont exprimés dans la
future région du diencéphale.
Hybridation in situ
d’embryons utilisant des
ARNs antisens de barhl2
marqués à la digoxigenine
comme sonde. Embryons de
Xénope au stade 15 vue
dorsale.
B) La surexpression de
barhl2 dans des embryons
de Xénope induit de
l’apoptose. Marquage TUNEL
d’un embryon représentatif
de ceux injectés avec les
ARNs codant pour barhl2.
L’embryon est montré en
vue antérieure, région
dorsale.
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
endogène pour compenser les pertes neuronales de
l’adulte. C’est un nouvel espoir pour les traitements
des maladies neurologiques quelle que soit leur
origine.
Un greffon (en rouge) secrétant la ténascine (en bleu)
dans le striatum, la zone cérébrale responsable de
l’émergence du cadre clinique de la maladie de Parkinson.
Les nouveaux neurones (en vert) sont détournés vers la
source de ténascine. Contrôler et orienter le destin de
nouveaux
neurones pourrait
permettre de
remplacer les
neurones qui sont
endommagés
dans des
maladies neurodégénératives.
La plupart des infections virales induisent la destruction des cellules infectées, éliminées par le système
immunitaire. Cependant, certains virus neurotropes
favorisent la survie des neurones et paralysent la
réponse immunitaire. La recherche des gènes cellulaires que les neurones humains sur-expriment lorsqu’ils
sont infectés par le virus de la rage ou par HSV-1 a été
réalisée à l’aide des biopuces. L’analyse comparative de
neurones humains non infectés ou infectés par le virus
de la rage a mis en évidence que les neurones ont la
capacité de déclencher une réponse immune innée.
L’étude des mécanismes mis en jeu et l’identification
de facteurs viraux neuroprotecteurs, devraient permettre de développer des stratégies thérapeutiques
protectrices des cellules nerveuses.
Les maladies de surcharge lysosomale (une naissance
sur 5 000 en France) sont des erreurs innées du métabolisme caractérisées par des manifestations neurologiques souvent gravissimes et précoces dans l’enfance.
Les liens entre l’accumulation de ces composés, l’activation microgliale et la neurodégénérescence sont en
cours d’étude. En parallèle, sont développées des stratégies pour réparer les lésions neurologiques que l’on
ne peut pas corriger par l’injection de l’enzyme manquante car elle ne traverse pas la barrière hématoméningée. Des études de thérapie génique dans des
modèles animaux montrent que l’on peut produire
l’enzyme manquante directement dans le cerveau, par
injection in situ d’un vecteur qui contient le gène de
cette enzyme. Un essai thérapeutique est en cours de
préparation dans les maladies de Sanfilippo et de Hurler.
Modélisation théorique
Le but est de mettre en correspondance causale les
données anatomiques et physiologiques d’une part, et
divers modes de comportement d’autre part, à travers
une modélisation formelle de l’activité de réseaux
neuronaux impliqués dans des fonctions cognitives
bien précises. Pour comprendre comment l’activité
cérébrale spontanée interagit avec les fonctions cognitives plus élevées, des simulations sur ordinateur des
propriétés dynamiques du cerveau ont permis de proposer un modèle du rôle de l’activité spontanée dans le
contrôle de l’accès à la conscience et un modèle neuronal de la cécité inattentionnelle. Le résultat de ces
simulations est en accord avec les données expérimentales physiologiques et psychologiques. La définition
d’un modèle neurocomputationnel de la dépendance à
la nicotine permet la mise à l’épreuve expérimentale et
l’application éventuelle à l’espèce humaine et à ses
pathologies. Ces études ouvrent la voie à une ample
réflexion sur les réseaux neuronaux artificiels (neuroinformatique) et les interactions du cerveau avec l’environnement social et culturel (éducation) pendant ce
qu’on appelle la période critique.
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 47
RECHERCHE
Départements de recherche
Immunologie
Les laboratoires du département étudient principalement l’origine et l’évolution des
populations de cellules qui constituent le système immunitaire avec un intérêt particulier
porté à la physiologie des lymphocytes T. Divers aspects fondamentaux et appliqués
des stratégies vaccinales sont envisagés, ainsi que l’évolution et le contrôle de processus
pathologiques.
L’unité Développement des Lymphocytes étudie
l’ontogénie du système hématopoïétique. Elle a visualisé les cellules souches à leur site d’apparition et dans
le mésenchyme sous-endothélial. L’interleukine 7 joue
un rôle important dans la détermination des précurseurs communs aux lymphocytes Tgd et B dans la
moelle osseuse mais pas dans le foie fœtal. Au cours de
leur évolution, les cellules B expriment des récepteurs
Toll-like dont le rôle dans leur biologie est étudié.
L’étude de l’ontogénie des cellules T régulatrices
CD25+CD4+ (Treg) à la périphérie montre que la rate
de souris de 3 jours en possède déjà un nombre
important, et elles se développent en l’absence
d’apport thymique.
L’unité Cytokines et Développement Lymphoïde
étudie les rôles des cytokines dans la physiologie du
système immunitaire par une approche génétique. Ces
facteurs solubles favorisent la différenciation et
l’homéostasie des cellules lymphoïdes grâce à une
signalisation commune. Les facteurs de transcription
et les voies de signalisation nécessaires au développement des cellules “Natural Killer” (NK) ont été
identifiés. De nouveaux modèles murins de xénotransplantation de tissus humains sont mis au point,
ainsi que, grâce à la Bill and Melinda Gates Foundation,
des souris sensibles à l’infection par le virus de l’hépatite C, tous deux utiles pour l’étude de processus
pathologiques chez l’homme.
La dynamique des populations lymphocytaires est le
thème de recherche de l’unité Biologie des Populations
48 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
Lymphocytaires. La sélection des cellules B à la périphérie suit la règle du “premier arrivé, premier servi” et
les cellules sécrétrices d’IgM sont issues d’un compartiment indépendant, stable, de cellules B activées. La
permanence des lymphocytes T CD8+ est influencée
par le nombre de cellules exprimant des molécules de
classe I et la promiscuité des récepteurs des cellules T
(TCR). L’homéostasie des cellules T reg est liée au
nombre de cellules T CD4+ productrices d’IL-2, tandis
que leur développement dépendrait des voies Stat6.
Les réponses immunitaires adaptatives apparaissent
dans des amas organisés de lymphocytes et de cellules
présentatrices d’antigènes, les tissus lymphoïdes (TLs)
secondaires et tertiaires. Le développement pro-
Cryptoplaques (CPs) et follicules lymphoïdes isolés (FLIs)
de l’intestin de souris adultes. Des cellules de CPs et de
FLIs, similaires aux cellules
fœtales inductrices de
tissus lymphoïdes, sont
marquées avec un
anticorps anti-EGFP (vert)
dans des sections congelées
d’intestin de souris
transgéniques Rorc(gt)egfpTG. Les cellules
dendritiques sont marquées
avec un anti-CD11c (rouge),
et les lymphocytes B avec
un anti-CD45/B220 (bleu).
À gauche, un CP de
l’intestin grêle (400x),
et à droite, un FLI de colon
(100x).
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
grammé des TLs secondaires, ganglions lymphatiques
et plaques de Peyer, débute dans l’environnement
stérile du fœtus. Des cellules inductrices initient une
cascade d’évènements récapitulant la réaction inflammatoire qui aboutit à la formation de TLs. La formation
des TLs tertiaires suit une voie semblable après la naissance, induite par des microbes ou des blessures.
L’inflammation chronique mène également à la formation de TLs tertiaires, et donc à une boucle d’activation
des lymphocytes. Le groupe Développement des Tissus
Lymphoïdes cherche à comprendre ces mécanismes et
à développer des moyens de contrôler des maladies
chroniques inflammatoires (maladie de Crohn, arthrite
rhumatoïde…) ou au contraire, d’induire des TLs locales
pour augmenter l’immunité lors d’infections ou de
cancers.
étude clinique sur le rôle des DC dans l’infection par le
virus de l’hépatite C et la contribution de la présentation croisée et de la sécrétion d’interférons de type I à
la réponse immunitaire acquise.
L’unité Biologie Cellulaire des Lymphocytes étudie la
polarisation cellulaire déclenchée dans les lymphocytes T par la reconnaissance de l’antigéne, et qui conduit
à la formation de la synapse immune en impliquant le
cytosquelette et le trafic intracellulaire. La manière
dont les rétrovirus qui infectent les lymphocytes T, VIH
et HTLV-1 détournent la polarisation et le trafic intracellulaire pour moduler la réponse immune et se propager d’une cellule à une autre est également étudiée.
Co-localisation (orange) de la protéine Jamip (en vert)
et de microtubules-btubuline (en rouge)
L’activation des cellules T se développe à la suite d’une
succession d’évènements qui se déroulent au sein
du ganglion lymphatique. L’unité Dynamiques des
Réponses Immunes associe des études fonctionnelles
à des approches d’imagerie dynamique in vivo, pour
comprendre l’orchestration de l’activation et son
contrôle par les interactions mettant en jeu les
lymphocytes T CD4 et CD8, les cellules dendritiques
(DC) et des lymphocytes T reg, dans le ganglion
lymphatique.
Le groupe Immunobiologie des Cellules Dendritiques
s’intéresse aux mécanismes de présentation de
l’antigène médiés par les DC. Les DC ingèrent les cellules apoptotiques et produisent les complexes peptides/CMH à partir du matériel internalisé. Cette voie
indirecte de présentation de molécules exogènes est
appelée “présentation croisée de l’antigène”. Elle semblerait critique pour l’activation de cellules T CD8+
anti-tumorales, anti-virales ou encore lors de la tolérisation des cellules T auto réactives. L’équipe se concentre sur les mécanismes de la “présentation croisée de
l’antigène” et la comparaison à la “tolérisation croisée”
des lymphocytes T CD8+ cytotoxiques. Par ailleurs, elle
cherche à identifier les facteurs provenant d’organismes intracellulaires ou des inhibiteurs qui peuvent
affecter ces mécanismes. Récemment a débuté une
L’unité a montré que l’ezrine, qui lie la membrane au
cytosquelette d’actine, est impliquée dans le contrôle
des voies de signalisation intracellulaires déclenchées
par le récepteur T, et que le trafic endosomal polarisé
est essentiel pour le transport de vésicules vers la
synapse immune. L’infection par VIH-1 perturbe fortement le trafic intracellulaire et conduit à la formation
de synapses immunes anormales, et à une inhibition
de l’activation des lymphocytes T. Ces données apportent des éclairages nouveaux sur les relations entre
VIH et lymphocytes T.
L’unité Signalisation des Cytokines étudie les circuits
de signalisation mis en jeu par les interférons IFN-a/b,
une famille de cytokines à activité antivirale. Une sin-
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 49
Immunologie
gularité de ces molécules est l’existence de nombreux
sous-types reconnaissant tous un même récepteur ce
qui peut expliquer les caractéristiques des réponses
biologiques. Le suivi du devenir intracellulaire des
chaînes R1 et R2 du récepteur de l’IFN-a/b permet de
comprendre comment sont façonnées ces réponses.
L’internalisation et la dégradation du complexe récepteur/IFN contrôle négativement l’action des interférons. La fixation de l’IFN-a induit l’internalisation de R1
via sa phosphorylation et le recrutement d’une ligase.
L’internalisation de R1 ne nécessite pas l’activité kinase
de Tyk2, mais cette dernière contribue à l’acheminement de R1 vers les lysosomes. Le niveau d’expression
de R2 varie d’un type cellulaire à un autre et on examine sa dynamique en réponse à aux IFN-a2 et b. De
nouvelles protéines associées aux kinases sont identifiées : Jamip1 interagit avec Tyk2 et est exprimée dans
les neurones et les lymphocytes. L’association de ces
protéines aux microtubules suggère un rôle dans la
formation des synapses immunes et le relargage pola-
50 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
risé des lymphokines et des granules cytolytiques qui
suivent l’engagement du TCR.
Le groupe Immunorégulation étudie les mécanismes
qui contrôlent la différenciation des cellules T naïves
CD4+ en cellules de type Th1 ou Th2. Le groupe a étudié
le rôle des signaux transmis par le TCR et les récepteurs
des cytokines dans la réalisation du programme d’expression des gènes spécifiques aux cellules Th1 et a
montré l’importance des interactions entre les facteurs
de transcriptions et les complexes de remodelage de la
chromatine qui surviennent lors des changements épigénétiques, et la transcription de gènes liés au développement des cellules Th1. Avec d’autres laboratoires,
on poursuit la caractérisation d’une nouvelle souspopulation de lymphocytes T CD4+ induite par la thérapie IL2 chez des patients infectés par le VIH. Il s’agit
de caractériser les lymphocytes T reg induits par l’IL-2
chez les patients infectés et les comparer aux lymphocytes T reg “naturels” des sujets négatifs.
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
L’unité Régulation Immunitaire et Vaccinologie étudie
les réponses lymphocytaires T et de nouvelles méthodes vaccinales. Des stratégies d’activation et des
glycopeptides synthétiques inducteurs de réponses
anti-tumorales ont été mis au point. Un candidat
vaccin contre le cancer du col de l’utérus, bientôt en
essai clinique, est mis au point avec la société BT
Pharma. Un candidat vaccin contre HIV-1 est efficace
chez le singe. Les travaux portent aussi sur les cellules
dendritiques de l’adulte et du nouveau-né. Chez ce
dernier, les cellules B contrôlent l’induction par les
cellules dendritiques (CD) des réponses Th1, peut-être
importantes pour son immunité. Les CD plasmacytoïdes
(CDp) se différencient en cellules présentatrices
d’antigènes et induisent des réponses T cytotoxiques
anti-virales. Enfin, le rôle des interactions hôte–
mycobactéries dans l’immunité contre ces dernières et
des antigènes mycobactériens, sont étudiés dans le
cadre de nouvelles stratégies vaccinales.
L’activation des cellules impliquées dans l’allergie
est contrôlée par des récepteurs membranaires qui
délivrent des signaux régulateurs. Pour l’unité
d’Allergologie Moléculaire et Cellulaire les allergies
résultent de défaut(s) des régulations négatives. Les
mécanismes en jeu, leurs défauts éventuels et leur
contribution aux allergies sont étudiés pour les utiliser
dans une approche thérapeutique. Les récepteurs
RFcgIIB pour la portion Fc des IgG sont des inhibiteurs
de l’activation à l’origine des réactions allergiques dues
aux récepteurs pour les IgE. Le travail porte actuellement sur la régulation négative exercée par RFcgIIB,
une étude in vivo des interactions entre RFc humains
régulateurs chez des souris “humanisées” et une
exploration ex vivo de la régulation négative chez des
patients allergiques.
La recherche sur l’apoptose ou mort cellulaire programmée (MCP), s’est concentrée d’abord sur la voie
dépendante des caspases. Il existe dans le système
immunitaire une voie alterne, mal connue, indépendante des caspases, sur laquelle travaille le groupe
Apoptose et Système Immunitaire. Ce type de MCP est
induit dans la leucémie lymphoïde chronique B (LLC-B)
par l’engagement du récepteur CD47. Cette modalité
reste fonctionnelle alors que les cellules ont été rendues résistantes à l’apoptose classique par les chimiothérapies. On cherche donc à élucider les mécanismes
et acteurs de la MCP indépendante des caspases pour
en moduler les effets. Ces résultats ouvrent des
perspectives pour des stratégies thérapeutiques. La stimulation de la réponse anti-tumorale chez les patients
atteints de LLC-B pourrait être obtenue en renforçant
l’aptitude des cellules présentatrices d’antigène à
phagocyter les cellules leucémiques tuées par l’engagement de CD47. Le fonctionnement de la protéine
La construction de souris dépourvues des molécules de
leur complexe majeur d’histocompatibilité (CMH), ou
dotées de molécules du CMH humain, permet à l’unité
Immunité Cellulaire Antivirale d’étudier la physiologie
de divers types de cellules T et des cellules NK. Ces
mêmes animaux modèles permettent d’évaluer les
réponses immunitaires à une formulation vaccinale.
Ainsi le potentiel vaccinal de peptides des virus VIH 1 et
de l’hépatite B a-t-il été évalué chez des souris transgéniques exprimant les molécules présentatrices du
CMH humain les plus courantes. Ces recherches seront
étendues à d’autres molécules du CMH humain. Le
laboratoire étudie si, grâce à la molécule Hfe du CMH
le système immunitaire participe au contrôle du
métabolisme du fer. Enfin des récepteurs peut-être
impliqués dans la maturation des cellules NK ont
été identifiés. L’un d’eux est un récepteur membranaire dont l’absence induit un fort déficit de leur
maturation.
mitochondriale AIF, principal médiateur connu de la
MCP caspase-indépendante est en cours d’étude.
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 51
RECHERCHE
Départements de recherche
Médecine moléculaire
La mission du département de Médecine moléculaire a été de coordonner les activités
scientifiques des laboratoires qui s’y sont affectés afin de donner une dimension médicale
à leurs recherches fondamentales. À travers des séminaires thématiques transversaux,
des réunions départementales cliniques (printemps) et fondamentales (automne),
l’animation scientifique a permis de créer une communauté scientifique originale
et motivée et une interface avec des hôpitaux.
Animation scientifique
Ce qui a réuni les équipes de ce département, virologistes, bactériologistes, immunologistes et généticiens, était une façon d’orienter ses recherches, et non
pas une discipline biologique particulière. Comme pour
les années précédentes, le travail d’animation scientifique a cherché à créer une communauté de chercheurs ayant vocation à explorer, directement chez les
patients chaque fois que possible, des maladies humaines. Pour ce faire, il était important de mettre en place
une interface entre biologistes “fondamentaux” et
cliniciens hospitaliers. Il a donc été créé des réunions
clinico-biologiques appropriées à ces échanges. Les
présentations portaient sur des investigations
cliniques, et chaque fois que possible un “discutant”,
habituellement un des médecins responsables de cet
essai ou investigation clinique, venait apporter un
éclairage de médecin praticien à une discussion générale de la cohorte de malades étudiée et la pathogénie
de la maladie. Ces rencontres apportaient aux étudiants pasteuriens, souvent purs scientifiques, des
notions qu’ils ne soupçonnaient pas sur la maladie
qu’ils étudiaient à la paillasse. Inversement, les médecins invités convenaient que de telles rencontres
étaient rarement organisées dans leurs hôpitaux.
L’autre aspect de l’animation scientifique répondait au
besoin d’échanger des concepts et des résultats de la
recherche basique, d’écouter les présentations d’étudiants du département, en leur enseignant l’impor-
52 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
tance de discussions nourries et non désinhibées. Ceci
a pu être réalisé à travers deux journées départementales, à l’extérieur de l’Institut, faites de session transversales : une thématique commune réunit ainsi, par
exemple, des présentations de virologie, de bactériologie et d’immunologie dans la même session. Dans l’intervalle de ces réunions, des séminaires thématiques
contribuaient à la transversalité du département.
Production scientifique
Étude génétique de la prédisposition aux
maladies infectieuses : dengue et paludisme
Une dimension médicale et fondamentale est donnée
aux études génétiques du département. Ce type de travail est également un exemple de “fertilisation” intradépartementale des thèmes de recherche. L’équipe
d’Immunologie Virale avait rapporté en 2003 que le
récepteur lectine DC-SIGN reconnaît les mannose sur
la protéine d’enveloppe du virus de la dengue, et que
DC-SIGN se comporte comme un récepteur majeur
du virus de la dengue. Ce dernier est endémique dans
plusieurs pays tropicaux, et en particulier en Asie du
Sud-Est, où il est responsable dans 1-2 % des cas de
formes graves pouvant entraîner la mort. Un projet est
d’identifier des gènes de prédisposition à ces formes
graves par une approche de type “gènes candidats”
dans des populations cas/contrôles. Une autre équipe,
celle de Génétique des maladies infectieuses et auto-
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
immunes, a montré cette année en étudiant une
cohorte de plus de 600 cas et 600 contrôles, recrutés
en Thaïlande en collaboration avec Mahidol University,
l’implication d’un variant génétique du gène DC-SIGN
dans certaines formes graves de la dengue. Une association avec des équipes du Réseau des Instituts
Pasteur (Sénégal) permet à cette même équipe de
révéler l’implication de facteurs génétiques d’intérêt
dans des familles vivant en zones d’endémie palustre.
Pathogénie des maladies infectieuses
Au cours des infections, les cellules de l’hôte sont activées par les produits bactériens (LPS : lipopolysaccharide ; PGN : peptidoglycane ; ADNs) via des récepteurs
spécifiques (TLR : Toll-like receptors ; PGRP : peptidoglycan recognition proteins ; Nod : nucleotide-binding
oligomerisation domain). Cette activation aboutit à la
production de nombreux médiateurs de l’immunité
innée et de l’inflammation (TNF : tumor necrosis
factor ; IL-1 : interleukin-1 ; NO : monoxyde d’azote).
D’autres évènements, également activés par les produits bactériens (activation du complément, activation
de la coagulation), amplifient le processus inflammatoire. La production exacerbée des médiateurs
inflammatoires contribue à la défaillance organique et
éventuellement au décès. De façon concomitante,
l’inflammation est régulée par la production de médiateurs anti-inflammatoires (IL-10 ; IL-1Ra : interleukin-1
receptor antagonist ; sTNFR : soluble TNF receptors),
des protéines de la phase aiguë de l’inflammation
(LBP : LPS binding protein ; sCD14 : soluble CD14), des
neuromédiateurs et des hormones.
Altérations du système immunitaire
par les infections
Les phases précoces de l’immunité innée et les mécanismes d’induction des cytokines pro-inflammatoires
par les bactéries et leurs produits dérivés sont étudiées
par le laboratoire Cytokines et Inflammation. Cette
étape est indispensable pour la mise en place de la
De la bactérie à la maladie. (Annane et al. The Lancet, 2005, 365, 63)
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 53
Médecine moléculaire
réponse anti-infectieuse, mais son exacerbation peut
entrainer des effets délétères rencontrés lors des septicémies ou durant des pathologies inflammatoires
sévères (traumatologie, arrêt cardiaque réanimé, chirurgie lourde, mucoviscidose). Par ailleurs, la réponse
anti-inflammatoire naturelle, entraîne une altération
du statut immunologique qui pourrait contribuer à la
susceptibilité accrue aux infections des patients en
soins intensifs. La production de cytokines et les modifications de la signalisation intracellulaire sont étudiées chez l’homme sain et malade, et aussi à l’aide de
modèles murins. La caractérisation des bases moléculaires sous-tendant l’altération du statut immunologique dans ces pathologies inflammatoires permet de
mieux cerner la pathogénie et la thérapeutique des
états infectieux.
L’étude de la réactivité des lymphocytes CD4 et CD8 de
patients infectés par le VIH révèle des anomalies fonctionnelles importantes apparaissant rapidement après
l’infection. Afin de caractériser ces anomalies, l’unité
d’Immunogénetique Cellulaire a étudié l’expression et
le fonctionnement des récepteurs de l’IL-2 et de l’IL-7
chez des patients infectés par le VIH. Les résultats
montrent un dysfonctionnement de plusieurs systèmes cytokiniques et de leurs voies de signalisation au
cours de l’infection. Au niveau moléculaire, les mécanismes susceptibles d’expliquer ces effets font l’objet
de nombreuses études. La glycoprotéine d’enveloppe
du VIH retrouvée chez les patients séropositifs pourrait
jouer un rôle dans ces altérations. L’activation anormale et prolongée du système immunitaire des
patients pourrait aussi conduire à une désorganisation
de leurs voies de signalisation lymphocytaire. Ces
enquêtes justifient et guident les essais cliniques auxquels collabore cette équipe, basés sur le traitement
par l’IL2 et sans doute plus tard l’IL7, de patients infectés par le VIH.
Approches de Médecine Moléculaire
de la relation hôte-agent pathogène
Bactéries
Malgré les progrès dans l’identification des séquences
génomiques, la recherche de nouveaux antigènes
protecteurs contre les infections méningococciques
invasives se heurte souvent à la grande variabilité
génétique des immunogènes bactériens. Les études de
l’unité des Neisseria sur les protéines de liaison à la
pénicilline ont montré que la PBP2 possédait des
Le département
de médecine
moléculaire
54 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
domaines N terminaux conservés chez les souches sensibles comme résistantes. La PBP2 est immunogène
chez les malades. Il a pu être démontré que des anticorps reconnaissant les PBP2 de souches de Neisseria
meningitidis de différents sérogroupes et phénotypes
de sensibilité à la pénicilline étaient protecteurs contre
l’infection invasive expérimentale de souris et que la
vaccination par une PBP2 recombinante protégeait
significativement contre la bactériémie.
Virus
Les recherches en virologie sont allées du fondamental
au clinique. L’étude des étapes précoces de la réplication des lentivirus, en particulier les mécanismes
d’import nucléaire du génome de VIH-1, guide la mise
au point de vecteurs lentiviraux pour un transfert de
gène efficaces. Ces vecteurs ouvrent de nombreuses
applications en thérapie génique. Leur capacité
d’induire l’expression de gènes dans les cellules
dendritiques en font également de puissants outils
vaccinaux, en ce qui concerne le SIDA lui-même mais
aussi d’autres virus (SRAS, influenza, virus West Nile ou
de la vallée du Rift) et certaines tumeurs. Dans le cadre
d’une étude au long cours effectuée en collaboration
avec l’hôpital Necker-Enfants Malades, l’analyse des
réponses lymphocytaires T chez des enfants infectés
par le VIH a permis de mieux cerner le moment opportun pour initier une chimiothérapie antivirale. Les
savoir-faire accumulés dans l’analyse des réponses
cellulaires T a permis de mieux caractériser les régions
protéiniques reconnues au niveau du core du virus de
l’hépatite C. Il a été possible de caractériser certains
aspects de la réponse adaptative immunitaire chez
l’homme induite lors d’infections virales diverses (virus
de la rougeole, VIH, VHB, VHC), dans le contexte de
pathologies cancéreuses, en particulier le mélanome,
et de pathologies auto-immunes (sclérose en plaques,
cirrhose biliaire hépatique…).
nitaires de patients enrôlés dans des essais cliniques
(immunothérapies, chimiothérapies), ou de volontaires sains enrôlés dans des essais vaccinaux dans
le cadre du développement de candidats vaccins à
l’Institut Pasteur. Ainsi a pu être analysé un essai
vaccinal de phase II contre la Shigellose, en termes de
tolérance et d’immunogénicité. Une étude immunochimique de l’allergie au pollen de frêne permet de
mieux cerner le caractère prédictif de certains tests sur
l’évolution de la maladie.
L’étude de dysfonctionnements des mécanismes de
l’immunité innée dans des maladies expérimentales
murines avec lésions pulmonaires, a permis de
montrer dans le cas de l’infection par la bactérie
Pseudomonas, le rôle pathogène de la stimulation
des récepteurs Toll (TLR). Dans l’infection expérimentale par le virus influenza, l’inactivation du récepteur
TLR3 aboutit à une résistance accrue des souris,
suggérant que les réponses inflammatoires excessives
dépendantes de ce récepteur sont délétères pour
l’hôte infecté. Dans le modèle de l’infection par
l’anthrax, il a pu être montré que l’enzyme PLA2
participe aux défenses innées de l’hôte, mais que
la toxine de l’anthrax contourne cette défense en
inhibant la synthèse de l’enzyme (unité Défense Innée
et Inflammation).
Les connaissances acquises depuis des années sur les
chimiokines et leur récepteurs ont permis à l’unité
d’Immunologie virale d’élucider les bases moléculaires
d’un syndrome de désordre immuno-hématologique
génétique : le syndrome de WHIM, caractérisé par une
profonde neutropénie périphérique contrastant avec
une moelle osseuse riche en précurseurs myéloïdes.
Une réponse excessive du récepteur CXCR4 à son
ligand, la chimiokine SDF-1, aboutit à une séquestration des précurseurs médullaires : le syndrome se
caractérise par un défaut de désensibilisation de
CXCR4, qui rend compte de la rétention myéloïde
dans la moelle osseuse et donc de la neutropénie
périphérique.
Approches en Médecine Moléculaire
Il a été mis en place en 2005 au sein du département,
un laboratoire dédié à l’évaluation des réponses immu-
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 55
RECHERCHE
Départements de recherche
Écosystèmes et épidémiologie
des maladies infectieuses
Le Département s’intéresse aux quatre grands groupes de microorganismes pathogènes,
virus, bactéries, champignons, parasites. Son objectif premier est d’analyser la diversité
de ces pathogènes et leurs interactions avec leurs hôtes et avec leurs vecteurs éventuels.
Ce travail comprend des activités visant à proposer de nouvelles stratégies de prévention
et de traitement des maladies infectieuses, des activités relevant de la santé publique
au sens large et des activités d’enseignement. Les interactions avec le Réseau International
des Instituts Pasteur sont privilégiées.
Interactions pathogènes-hôtes-vecteurs
et génétique des populations
L’unité d’Épidémiologie et Physiopathologie des Virus
Oncogènes a en 2005 découvert un nouveau rétrovirus
humain au Cameroun, nommé HTLV-3. Elle a développé un modèle in vitro pour étudier les interactions
entre des cultures primaires de muscle humain et des
lignées lymphocytaires infectées par l’HTLV-1. Elle a
également montré que des protéines virales n’ont pas
la même localisation intracellulaire dans les cellules
infectées ou transfectées. Les études d’épidémiologie
de l’infection par HHV-8 dans les zones de fortes endémies et la clonalité virale des tumeurs associées à ce
virus ont été poursuivies.
L’unité de Dynamique des Lyssavirus et Adaptation à
l’Hôte a poursuivi l’étude des lyssavirus responsables
de la rage. L’unité a ainsi analysé mécanismes épidémiologiques et moléculaires impliqués dans le franchissement de la barrière d’espèce et l’adaptation du
virus à son hôte animal.
L’Unité de Biodiversité des Bactéries Pathogènes Émergentes étudie le concept d’espèce et la phylogénie des
bactéries par séquençage de plusieurs gènes. De ce
point de vue, le gène le plus utile pour différencier les
espèces de Pseudomonas et de Proteus a été défini.
L’étude d’un autre gène a révélé la diversité évolutive
des Klebsiella et celle de plusieurs gènes pris ensemble
56 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
a permis d’étudier la structure clonale de l’espèce
K. pneumoniae. La même méthode a permis l’analyse
de l’évolution des agents de la tuberculose sur
3 millions d’années et d’individualiser plusieurs
espèces nouvelles.
L’unité du Choléra et des Vibrions contribue à la lutte
contre le choléra qui reste un problème majeur de
santé publique à l’échelle mondiale. Elle a poursuivi
l’épidémiologie moléculaire du choléra et le développement d’un test de diagnostic rapide du choléra,
maintenant commercialisé. Un nouveau vaccin conjugué chimiquement défini est en cours de réalisation et
l’étude de facteurs de pathogénicité de vibrions non
cholériques isolés chez l’homme et dans les produits de
la mer se poursuit.
Le Laboratoire des Listeria, participe à la surveillance
épidémiologique de la listériose en France. Il travaille
activement au développement de nouvelles techniques de typage (groupage par PCR multiplex, puces à
ADN) et à de nouvelles stratégies thérapeutiques et
diagnostiques. L’analyse phylogénétique de la collection de souches du laboratoire a permis de préciser les
mécanismes d’évolution des Listeria et contribue à
l’optimisation de la maîtrise du risque dans l’industrie
agro-alimentaire.
L’unité de Mycologie Moléculaire aborde la physiopathologie des infections dues à Cryptococcus
neoformans, une levure responsable de méningo-
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
encéphalites disséminées en cas d’immunodépression.
Les voies de biosynthèse de la capsule polyosidique,
facteur de virulence majeur, ont été étudiées. Les
mécanismes génétiques de la variabilité de sa structure, ceux du franchissement de la barrière méningée
par la levure et enfin l’implication de NF-kB sont en
cours d’étude. Les gènes impliqués dans la formation
de biofilms par Candida glabrata ont aussi été étudiés.
Un serveur de déclaration en ligne des mycoses
invasives a été mis en place ainsi que des techniques
d’identification moléculaire de certaines espèces de
champignons filamenteux.
Partie intégrante du Centre de Ressources Biologiques
de l’Institut Pasteur, la Collection des Champignons
entretient plus de 2 500 souches de champignons ou
d’Actinomycètes, isolées pour la plupart de lésions
humaines. L’année a été marquée par l’obtention de la
certification ISO 9001 version 2000. Les études sur les
Entomophthorales pathogènes d’insectes sont poursuivies notamment après la découverte d’un matériel
original sur coléoptères.
L’unité de Biochimie et Biologie Moléculaire des
Insectes a trois thèmes de recherche tous liés aux
glandes salivaires du moustique Anopheles gambiae :
annotation du génome d’A. gambiae, détermination
du transcriptome et protéome de la glande salivaire et
leur variation en présence des parasites et enfin effets
de la salive dans la transmission de Plasmodium à
l’hôte animal.
L’unité Insectes et Maladies Infectieuses étudie de
nouvelles méthodes de contrôle d’Aedes aegypti,
le vecteur de la dengue, de la fièvre jaune et du
Chikungunya, l’écologie et la dynamique du virus West
Nile et enfin la transmission des virus de la dengue et
le virus West Nile. L’unité est aussi impliquée dans
le débat sur les conséquences des changements
climatiques sur les maladies infectieuses.
L’unité de Prévention et Thérapies Moléculaires des
Maladies Humaines étudie les conséquences de la
vaccination systématique sur le microbe ciblé par le
vaccin, l’écosystème et les populations humaines.
L’évolution de l’agent de la coqueluche, a été étudié
Analyse
des isolats
de B. pertussis
isolés en 2005
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 57
Écosystèmes et épidémiologie des maladies infectieuses
grâce au développement de puces à ADN. L’analyse
de la plasticité génétique du virus de la poliomyélite,
les mécanismes de reconnaissance d’une protéine du
virus de la dengue par un anticorps qui pourrait servir
d’outil thérapeutique sont en cours. L’analyse des
forces démographiques, sélectives et génomiques sur
les gènes humains impliqués dans l’immunité innée,
dont les produits sont en contact avec les agents de la
tuberculose et de la dengue, est poursuivie.
L’unité d’Épidémiologie des Maladies Émergentes a
entrepris des études épidémiologiques sur les
maladies infectieuses en milieu tropical : transmission
du virus de l’hépatite C en Égypte et traitement, traitement de l’hépatite B au Sénégal, recherche clinique sur
la dengue en Asie et en Amérique Latine. La prévention
de la ré-émergence du SRAS en Chine, le traitement
du SIDA au Cambodge et la modélisation de l’épidémie
de SIDA dans le sud de l’Afrique ont été réalisées.
Le Centre de Ressources en Biostatistiques, Épidémio-
Centre Pasteur de Yaoundé, Cameroun.
58 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
logie et Pharmacoépidémiologie appliquées au risque
infectieux étudie l’interaction entre exposition
médicamenteuse et risque infectieux. Son approche
combine le recueil et l’analyse des données de
pharmaco-épidémiologie à la modélisation des dynamiques du risque infectieux. Dans le cadre du soutien
au développement de la recherche épidémiologique, le
centre a tenté de répondre aux besoins des Centres
nationaux de référence en développant des systèmes
d’information et en les reliant avec les autres sources
de données sanitaires françaises et en adaptant
certains outils méthodologiques.
Les observatoires microbiologiques,
l’enseignement et la formation
Les 8 Centres nationaux de référence du Département
(Rage, Coqueluche et autres bordetelloses, Choléra et
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
Vibrions, Salmonella, Escherichia coli et Shigella,
Diphtérie, Listeria, Mycologie et Antifongiques) ont été
re-créés pour la période 2006-2010. Cinq entités du
Département coordonnent aussi les activités de
Centres collaborateurs de l’OMS (Rage, Enterovirus,
Choléra, Listeria, Salmonella). Des technologies nouvelles de typage ou de diagnostic ont été introduites.
La plate-forme Santé Publique et la Cellule d’Intervention Biologique d’Urgence (CIBU) ont été créées
pour donner une réponse urgente à des épidémies
(SARS, risque infectieux après le tsunami, grippe
aviaire), en lien avec l’Institut national de veille sanitaire, la Direction générale de la santé et l’OMS.
Neuf des 21 cours de l’Institut sont coordonnés par des
chercheurs du Département. Les cours d’Entomologie
médicale et de Mycologie médicale ont été remodelés.
Quatre cours ont été créés (Recherche Clinique, Risque
Infectieux et Biostatistiques). Par ailleurs, le Département s’implique dans des formations spécifiques
pour le Campus (traitement statistiques des données
générées par les puces à ADN, apprentissage de logiciels
de gestion et analyse de bases de données de typage –
phylogénie) et dans le RIIP (Épidémiologie, Entomologie,
Rage, Salubrité alimentaire, Maladies à prévention
vaccinale). Ils sont également sollicités dans des formations diplômantes de l’enseignement supérieur et
des cours internationaux. Le Département a accueilli
de nombreux stagiaires français et étrangers et
45 scientifiques du RIIP lui ont été scientifiquement
rattachés. Il participe à la diffusion de la recherche
pasteurienne vers le grand public (accueil de classes,
exposés dans les établissements scolaires, articles de
vulgarisation) ou vers la communauté médicale et
scientifique internationale. Une animation scientifique
mensuelle a été mise en place pour les non scientifiques du département.
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 59
RECHERCHE
Plates-formes technologiques
Pasteur Genopole Ile-de-France
La biomédecine contemporaine et la recherche fondamentale exigent des outils complexes,
coûteux et donc collectifs. Pour faire face aux besoins de la recherche et du secteur de la
santé en matière de diagnostic, prévention et traitement des maladies infectieuses,
l’Institut Pasteur a mis en place huit plates-formes technologiques, Pasteur Genopole Ile-deFrance. Le travail de la Génopole, située sur le campus de l’Institut Pasteur, qui comprend de
nombreuses collaborations européennes et nationales, est assuré par environ 60 personnes
de toutes les compétences nécessaires. Le financement vient de l’Institut Pasteur et du
Réseau National des Génopoles (RNG). Les plates-formes reflètent une cohérence qui va du
séquençage des génomes à l’exploitation de ces derniers et des protéines qui en dérivent,
cibles d’approches médicamenteuses et vaccinales modernes.
La plate-forme Génomique séquence les ADN de génomes complets ou partiels de microorganismes, mais
réalise également le typage moléculaire des souches
bactériennes du Centre de Ressources Biologiques. Au
sein d’Intégration et Analyse Génomiques, on met en
œuvre les méthodes informatiques de l’analyse et de la
gestion des séquences génomiques qui deviennent
alors exploitables à partir d’interfaces avec des bases
de données spécialisées. De nouvelles méthodes
d’analyse phylogénétique sont développées. Une plateforme développe des Puces à ADN sur divers supports,
pour l’étude comparative et physiologique des micro-
Miniaturisation des fermenteurs
Prototype de plateforme automatisée de cultures
en microfermenteurs
organismes et des réponses de l’hôte à une infection.
Cette activité est permise par la plate-forme Synthèse
d’Oligonucléotides Longs à Haut Débit qui peut produire 570 sondes ADN longues par semaine ainsi que
des sondes modifiées indisponibles dans le commerce.
Les outils mathématiques nécessaires à l’interprétation des données acquises, la gestion et le stockage des
résultats sont mis en œuvre avec Intégration et Analyse
Génomiques.
La plate-forme d’Analyse et de Microséquençage des
Protéines détermine la séquence en acides aminés
des protéines grâce à des microséquenceurs et
des ProteinChip Arrays (Ciphergen) couplés à la
spectrométrie de masse (Seldi-Tof). La plate-forme
60 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
Appareillage de diffraction des Rayons X
Protéomique associe la séparation des protéines
(électrophorèse bidimensionnelle et chromatographie
liquide multidimensionnelle) à la spectrométrie de
masse (electrospray et Maldi) pour des études de protéomique comparative et fonctionnelle. La plate-forme
Production de Protéines Recombinantes et Anticorps
produit des anticorps monoclonaux et des protéines
recombinantes exprimées dans des bactéries ou des
cellules d’insectes. La plate-forme Cristallogenèse et
Diffraction des Rayons X assure la cristallisation
robotisée de protéines puis la détermination de leur
structure dans l’espace. Grâce au RNG et à des contrats
européens, la génomique structurale des mycobactéries responsables de la lèpre et de la tuberculose a
été entreprise : une quinzaine de structures de leurs
protéines a déjà été déterminée.
La plate-forme Génotypage des Pathogènes et Santé
Publique assure un soutien aux laboratoires de veille
microbiologique locaux et nationaux, pour le typage
des organismes pathogènes, leur génomique comparative, leur génétique populationnelle et évolution. Elle
renforce les capacités de réponse rapide de l’Institut
Pasteur en cas d’épidémie, actuellement chikungunya
et grippe aviaire.
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 61
RECHERCHE
Plates-formes technologiques
Imagopole
Ces dernières années, les plateformes technologiques de l’Institut Pasteur ont connu une
croissance importante en nombre et en taille qui reflète un besoin croissant de technologies
avancées parmi les groupes de recherche du campus. Pour répondre à ces évolutions,
cinq plateformes techniques ont été regroupées depuis janvier 2005 au sein d’une même
structure opérationnelle sur le campus de l’Institut Pasteur : l’Imagopole. Elles ont en effet
comme mission commune de produire des représentations visuelles de macromolécules
ou de structures d’ordre de complexité supérieure.
L’Imagopole est constituée des plateformes suivantes :
◗ Biophysique des Macromolécules ;
◗ Microscopie Électronique ;
◗ Cryo-microscope Moléculaire ;
◗ Cytométrie en Flux ;
◗ Imagerie Dynamique.
L’Imagopole regroupe 25 personnes qui sont majoritairement des ingénieurs ou des personnels formés à la
recherche. Leurs expertises incluent des analyses ultrastructurales, moléculaires, biophysiques et biotechnologiques qui sont nécessaires aux chercheurs pour
mieux comprendre les fonctions biologiques impliquées dans la dynamique cellulaire, moléculaire et les
mécanismes infectieux. En tant que tel, l’Imagopole
assure un ensemble de services communs de haute
62 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
qualité technique et peut être consultée au jour le jour
grâce à son implantation au centre du campus.
L’Imagopole est engagée dans un développement actif
et continu au meilleur coût ainsi que dans l’acquisition
de nouvelles technologies. Cela implique un travail
étroit avec les groupes de recherche pasteuriens en
s’appuyant sur leurs projets pour développer une
synergie et une pertinence dans les collaborations, afin
qu’elles bénéficient à la communauté. En 2005, la qualité de ce travail de développement a été largement
reconnue par exemple par la remise du prix français
très convoité des “Ingénieurs de l’année” ; et également par le support du programme NEST (“New and
Emerging Science & Technologies”) de la communauté
européenne.
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
Le coût annuel de fonctionnement des plateformes
et de la structure “Imagopole”, hors salaires, s’élève à
1 600 000 € ; le coût d’installation depuis 2001 est
d’environ 9 000 000 €.
En 2005, les plateformes de l’Imagopole sont affiliées
aux départements suivants :
◗ Biophysique des Macromolécules :
Département Biologie Structurale et Chimie ;
◗ Cryo-microscope Moléculaire :
Département Biologie Structurale et Chimie ;
◗ Cytométrie en Flux : Département Immunologie ;
◗ Imagerie Dynamique : Département Biologie
Cellulaire et Infection ;
◗ Microscopie Électronique : Département Biologie
Cellulaire et Infection.
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 63
RECHERCHE
Applications de la recherche
Applications de la recherche
“Il y a la science et les applications de la science, liées entre elles comme le fruit à
l’arbre qui l’a porté.” Louis Pasteur.
C’est donc à Louis Pasteur que remonte la tradition
de transformer la science réalisée à l’Institut en application, à la fois pour que cette science soit utile et que
les retombées financières reviennent à l’Institut pour
en assurer l’indépendance et l’excellence.
La relation entre la recherche fondamentale et l’industrie qui est capable de transformer cette recherche en
produits qui vont par exemple :
w permettre la détection précoce de nouvelles
maladies infectieuses ;
w aider à suivre l’effet de trithérapie ;
w mettre sur le marché de nouveaux vaccins ;
est essentielle pour l’Institut Pasteur. Ces partenariats
garantissent que demain de nouveaux produits seront
à la disposition des cliniciens pour mieux détecter et
soigner les maladies infectieuses.
La mise en évidence de la recherche applicable dans
l’Institut est une mission passionnante réalisée avec
l’appui des correspondants de valorisation, répartis au
sein des départements de recherche de l’Institut. Ils
évaluent l’applicabilité de la recherche produite au sein
des unités et enclenchent un processus qui passe par la
protection intellectuelle puis la prise de licences par
des sociétés intéressées à valoriser la recherche pasteurienne. Pour permettre de renforcer la propriété
industrielle 12 projets ont été financés en 2005 notamment dans les domaines des hépatites B et C, du paludisme, des antibactériens, des vaccins, des cancers et
des maladies neurologiques.
Dans le cadre de l’appel d’offres “Émergence et maturation de projets de biotechnologie à fort potentiel de
valorisation”, la Direction des Applications de la
Recherche a obtenu le financement de 4 projets pour
un montant de 612 000 €.
Dans le cadre du Pôle de compétitivité Méditech
Santé : obtention du financement d’un programme de
64 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
recherche d’agents anti-infectieux (4 à 5 acteurs). Sur
les 7 projets retenus sur 22 présentés, l’Institut Pasteur
est présent dans 3 en collaboration avec des start-up
de Pasteur Biotop, l’incubateur d’entreprises de
l’Institut Pasteur (Anaconda, Ariana, Genomic Vision).
Une cinquantaine de contrats de recherche ont été
conclus entre des partenaires extérieurs et l’Institut et
ceci pour une valeur globale de 3,2 M€. De plus, une
trentaine de contrats de conseils démontre l’intérêt de
nos partenaires industriels à bénéficier des connaissances des pasteuriens pour améliorer l’efficacité de
leurs projets de recherche et développement. Enfin,
11 nouveaux contrats de licence ont été négociés et
de nombreuses négociations étaient encore en cours
à la fin de l’année 2005.
Les revenus issus des contrats de licence représentent
43,3 M€ en 2005, soit une légère baisse par rapport à
2004 (fin de vie de brevet HIV1) et sont répartis selon
les domaines définis ci-dessous :
w diagnostic : 21,2 M€, soit 49 % ;
w vaccin : 9,7 M€, soit 22,5 % ;
w thérapeutique : 11,3 M€, soit 26 % ;
w autres domaines : 1,1 M€, soit 2,5 %.
Revenus de l’Institut Pasteur en M€
Thérapeutique
11,3 M€ (26 %)
Vaccin
9,7 M€ (22%)
Autres 1,1 M€ (3 %)
Diagnostic
21,2 M€ (49 %)
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
Depuis plusieurs années l’Institut Pasteur a encouragé
la création de start-up issues de la science pasteurienne. Malgré un contexte difficile ces dernières
années, il est à noter que les sociétés incubées par
l’Institut sont toujours actives et considérées par tous
comme porteuses d’innovation. Deux d’entre elles,
Cellectis et Diatos ont eu des succès reconnus par l’ensemble de la communauté des biotechnologies cette
année et devraient en 2006 voir leur développement
se confirmer. L’Institut continuera d’ailleurs la politique d’émergence de nouvelles start-up considérant
que c’est l’un des modèles actuels de valorisation de sa
recherche.
Comme chaque année depuis 6 ans, la journée de
l’entrepreneur en Biotechnologie a connu un très vif
succès, et a permis à tous de partager leur vision et
les grands défis que nous devons tous surmonter pour
maintenir l’impact de la France dans ce domaine
capital pour le futur de la santé humaine.
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 65
RECHERCHE
Recherche médicale et santé publique
Recherche médicale et santé publique
Prolongement de la recherche fondamentale, la recherche médicale prépare la mise à
disposition du public et des autorités de Santé, des moyens de diagnostic, d’alerte par la
surveillance épidémiologique, de prévention par les vaccins et de traitement des maladies.
L’Institut Pasteur assure également des services de santé publique allant des analyses
biomédicales aux consultations médicales spécialisées et aux vaccinations.
Le Centre médical
de l’Institut Pasteur (CMIP)
Au cours de cette année 2005, le fait le plus marquant
concernant le Centre Médical est la signature d’une
convention avec l’hôpital Necker. Cette convention
permet la création du centre d’infectiologie NeckerPasteur dont le but est de rassembler au sein du CMIP
la quasi totalité de la consultation des maladies infectieuses du groupement hospitalo-universitaire de
l’ouest de Paris.
66 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
D’autre part, au cours de l’année écoulée, le CMIP a
du s’adapter aux nouveaux impératifs imposés par la
nouvelle loi sur la sécurité sociale imposant un parcours de soins. Il a poursuivi ses activités de santé
publique, 86 867 vaccinations et 26 582 consultations
spécialisées essentiellement en pathologie infectieuse
ont été réalisées. 12 316 passages ont eu lieu au laboratoire de biologie médicale. L’amélioration du service
rendu aux usagers se poursuit, un serveur vocal interactif (0890 710 811) a été mis en place, permettant de
donner aux voyageurs des conseils adaptés précisément à leur destination.
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
Le Centre Médical a par ailleurs poursuivi son aide à la
réalisation de projets menés par des chercheurs du
campus et a été investigateur dans des protocoles de
recherche clinique portant sur le paludisme (3 études),
la médecine des voyages (1 étude), la vaccinologie
(1 étude), l’épidémiologie (1 étude), et la dermatoallergologie (3 études).
réalisation des essais cliniques. Durant l’année 2005
des essais cliniques de phase II visant à évaluer l’efficacité du vaccin contre la shigellose ont été entrepris.
Les recherches biomédicales
Le but poursuivi est de stimuler une certaine orientation du campus vers les grandes pathologies, y compris
en recherche d’amont. Des réflexions concernant les
infections acquises en milieu hospitalier ont pu aboutir. En effet, ces infections constituent une préoccupation grave de santé publique. Ces infections, d’origine
bactérienne, virale ou fongique, sont très largement
favorisées par l’état précaire des patients qui peuvent
s’infecter avec des germes de l’environnement ou de
leur flore commensale. Actuellement, la gestion de ces
infections repose surtout sur des mesures d’hygiène et
une rationalisation de la prescription d’antibiotiques.
Cependant, ces procédures ont leurs limites et une
meilleure connaissance des mécanismes pathogéniques et des populations bactériennes et mycotiques
en cause permettra d’améliorer ces procédures et donc
la prévention de ces infections. L’Institut Pasteur, grâce
à ses plates-formes technologiques, à son Centre de
Ressources en Épidémiologie et aux supports des différents laboratoires de recherche et Centre nationaux de
référence, a tous les atouts pour participer à l’élaboration de solutions aux problèmes posés par ces infections. Afin de permettre aux chercheurs pasteuriens
de s’engager dans cette voie, un partenariat a été
établi avec l’Assistance Publique - Hôpitaux de Paris.
L’objectif de ce partenariat est de favoriser l’émergence de projets de recherche impliquant des réseaux
formés par des hospitaliers (infectiologues, microbiologistes) et un ou plusieurs chercheur(s) pasteurien(s).
Ce programme vise à favoriser une recherche touchant
tous les aspects des infections nosocomiales : génétique des populations, épidémiologie, résistance aux
agents anti-infectieux…
La pratique de la recherche clinique exige le respect
de nombreux règlements qui sont en constante évolution. Pour répondre à ce besoin, l’Institut dispose
maintenant d’une cellule réglementaire : le Comité de
Recherche Biomédicale. Depuis son instauration en
2003, ce Comité a examiné 117 demandes émanant
de l’Institut Pasteur à Paris et d’instituts du Réseau
international et a accepté pour un tiers d’entre elles le
promotorat de l’Institut Pasteur.
En 2005, au vue de la réglementation, les modalités de
démarrage d’une recherche clinique sur le campus ont
été précisées et les règles standardisées pour en faciliter l’accès aux chercheurs en toute légalité. Deux structures, le Centre de recherche vaccinale et biomédicale
(CRVBm) et le Centre d’investigation clinique et
d’appui à la recherche (ICARe) sont à la disposition des
chercheurs pour les aider à monter leur projet de
recherche clinique et jouer si besoin le rôle d’investigateur et /ou de promoteur.
La recherche vaccinale
Un certain nombre de vaccins issus directement de la
recherche pasteurienne sont développés au sein de
l’Institut Pasteur. Il s’agit essentiellement de vaccins
contre les maladies dites négligées à savoir la dysenterie bacillaire (shigellose), le paludisme, la dengue mais
aussi l’infection par le virus du SIDA. Pour assurer le
développement de ces vaccins, l’Institut Pasteur a
développé un partenariat avec l’hôpital Cochin qui a
abouti à la création du Centre de vaccinologie CochinPasteur. Situé à l’hôpital Cochin, ce centre permet la
Favoriser l’implication de certaines
équipes de l’Institut dans des projets
à orientation médicale
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 67
RECHERCHE
Centres nationaux de référence et Centres collaborateurs OMS
Centres nationaux de référence
et Centres collaborateurs OMS
Les Centres nationaux de référence (CNR) contribuent aux missions de santé publique
de l’Institut Pasteur. Ce sont des unités de recherche désignées pour quatre ans par
arrêté du ministère de la Santé comme observatoires microbiologiques des maladies
transmissibles. Des Centres collaborateurs de l’Organisation Mondiale de la Santé
(CCOMS) exercent un rôle similaire pour l’OMS au sein d’un réseau international de
laboratoires experts.
L’activité de référence et d’expertise des CNR et
CCOMS s’appuie directement sur les avancées de la
recherche en matière de diagnostic moléculaire et d’interprétation pathogénique, grâce à l’environnement
multidisciplinaire de l’Institut Pasteur. Ces recherches,
en constante évolution, contribuent à l’amélioration
des performances dans le diagnostic rapide et fiable et
l’alerte sur tout phénomène pathologique inhabituel
ou nouveau.
En réponse aux demandes du Global Alert and
Response Network (GOARN) de l’OMS en 2005, le
CCOMS a participé activement sur le terrain à la
réponse internationale pour les épidémies de Fièvre
jaune au Mali et au Sud-Kordofan (Soudan) en novembre-décembre 2005.
Le CNR a également achevé le séquençage du génome
complet des virus de dengue isolés à La Réunion en
2004.
Quelques faits marquants
de l’année 2005
CNR du Virus influenzae (Région-Nord)
et CCOMS pour la Référence et la Recherche
sur la Grippe
CNR et CCOMS des Arbovirus
Dès le printemps 2005, le diagnostic sérologique
d’infection due au virus Chikungunya a été porté sur
436 échantillons parmi les 1 300 en provenance de
La Réunion. Les techniques de sérodiagnostic ont été
transférées aux grands laboratoires privés ainsi qu’aux
deux laboratoires hospitaliers de La Réunion. Cette
action a permis au CNR d’apporter un appui diagnostic
au niveau régional (Réunion, Seychelles, Maurice,
Comores, Madagascar) dans le cadre de ses activités de
CCOMS pour les Arbovirus. Une collection de plus
d’une vingtaine de souches couvrant différentes formes cliniques de l’épisode réunionnais depuis avril
2005 ont été isolées. Le séquençage a montré que le
virus appartient au génotype Est africain.
68 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
L’année 2005 a été marquée par la progression de la
grippe aviaire à virus H5N1. Dans ce cadre, le Centre a
eu en charge la recherche du virus H5N1 chez des
patients français de retour des pays touchés par l’épizootie à virus H5N1. De plus, en tant que laboratoire
de référence de l’OMS pour les virus H5, le Centre
a confirmé la détection de cas humains d’infection par
le virus H5N1 au Cambodge et contribué à l’analyse
génétique de ces virus. Enfin, le Centre a poursuivi
l’évaluation et le développement de techniques de
détection du virus H5N1 et fourni un appui technique à
de nombreux pays partout dans le monde par la diffusion des protocoles de détection par RT-PCR.
Au cours de l’année 2005, le CNR des Arbovirus et
virus influenzae dans la région Antilles-Guyane
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
a détecté les quatre sérotypes de la dengue dans le
département guyanais. Pour la première fois, des cas
de dengue ont été confirmés dans des communes du
fleuve Maroni habituellement exemptes du vecteur de
la dengue (Stegomyia aegypti) et présentant une incidence élevée de paludisme.
Après dix ans d’absence dans les départements français d’Amérique, le sérotype DEN-4 a été détecté aux
Antilles et en Guyane. L’émergence de ce dernier a provoqué une épidémie en Guadeloupe et en Martinique
entre juillet 2005 et janvier 2006. Le CNR a participé
activement à la mise en évidence de la circulation de
différents sérotypes dans ces deux départements en
collaboration étroite avec la CIRE Antilles Guyane, les
CHU de Fort-de France et de Pointe-à-Pitre, ainsi que
les Cellules de Veille Sanitaire de Martinique et de
Guadeloupe.
CCOMS pour la Recherche sur les Entérovirus et
sur les Vaccins Viraux
Au cours de l’année 2005, le CNR de la Rage a traité
1 536 demandes de diagnostic de rage (augmentation
de l’activité habituelle à la suite d’un cas de rage chez
un chien importé du Maroc en août 2004). Parmi ces
1 536 échantillons, trois ont été diagnostiqués positifs
pour la rage mais provenaient de chauves-souris.
L’activité des Centres de traitement antirabique en
2005 s’est poursuivie sur un rythme soutenu, comparable à l’année 2004. Il semble que la médiatisation
des épisodes concernant les animaux illégalement
introduits en France ait sensibilisé la population, surtout les voyageurs, à la rage.
CNR Mycologie et Antifongiques
En 2005 le CCOMS a poursuivi ses études sur l’évolution et la circulation des souches du vaccin antipoliomyélitique oral (OPV) en collaboration avec des
laboratoires des Instituts du Réseau International des
Instituts Pasteur (RIIP) et avec d’autres laboratoires
étrangers (CDC, NIBSC). Il a notamment étudié la
dérive génétique (mutation et recombinaison génétique) des souches du vaccin polio oral isolées dans
les différents laboratoires impliqués. Ces études ont
amené ainsi à mettre en évidence des souches vaccinales fortement modifiées, ou même pathogènes, en
Russie, en Roumanie ou à Madagascar. Le CCOMS
a étudié plus particulièrement des souches recombinantes entre poliovirus vaccinaux et ENPV circulant à
Madagascar.
Le serveur RESOMYC est mis en place depuis début
2005 pour faciliter les déclarations et permettre au
CNR de mieux remplir ses missions de surveillance.
Dans le cadre de la surveillance des infections nosocomiales, l’Observatoire des Levures a été mis en place
pour analyser les données épidémiologiques et mycologiques sur toutes les fongémies à levures survenant
dans tous les services hospitaliers de 27 hôpitaux de la
Quelques espèces de champignons isolées chez des
patients atteints de lésions pulmonaires ou cutanées.
CNR des Fièvres Hémorragiques Virales
En 2005, la France a connu une épidémie de Fièvre
Hémorragique à Syndrome Rénal d’une ampleur
inégalée depuis le début de la surveillance de cette
infection : 253 cas ont été confirmés dans les régions de
circulation habituelle du virus Puumala dont le réservoir est le campagnol roussâtre. Une pré-alerte a été
donnée dès avril 2005. En juin, le nombre de cas a
dépassé celui enregistré pour toute l’année 2004, avec
98 cas dans le département des Ardennes et 32 dans
le Jura. Une situation similaire a été rencontrée en
Belgique et en Allemagne aboutissant à une alerte
commune au niveau européen.
Aspergillus flavus
Fusarium verticilliodes
Scedosporium prolificans
Dreschlera poae
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 69
Centre nationaux de référence et Centres collaborateurs OMS
région parisienne, dont tous les hôpitaux de l’AP-HP
s’occupant de pathologies aiguës, et la surveillance des
aspergilloses invasives a débuté dans 4 régions avec la
collaboration de l’InVS. Parmi les travaux entrepris,
une technique d’identification moléculaire des agents
de mucormycose a été mise au point qui devrait, à
terme faciliter le diagnostic de ces infections foudroyantes.
Au cours de l’année 2005, le CNR des Mycobactéries
a pu collecter différents isolats de bactéries à l’origine
de tuberculoses pulmonaires typiques mais dont
l’aspect des colonies en culture est différent de celui
des colonies de M. tuberculosis. Une analyse génétique
portant sur des “horloges” moléculaires différentes
de celles habituellement utilisées lui a permis de
démontrer que ces isolats ont une origine et une
évolution très anciennes, bien antérieures à celles
M. tuberculosis. Alors que M. tuberculosis “homogène”
au niveau mondial, est considéré comme ayant évolué
depuis 40 à 50 000 ans, ces isolats montrent une évolution sur une période de 3 millions d’années. Cette
démonstration ouvre beaucoup de voies nouvelles
pour la biologie des mycobactéries mais aussi pour la
compréhension des interactions entre l’homme, les
primates en général et les bacilles de la tuberculose.
CNR des Leptospires et CCOMS pour
l’épidémiologie des leptospiroses
Au plan épidémiologique, l’année 2005 en métropole
est caractérisée par une endémie leptospirienne très
voisine de ce qu’elle était en 2004 soit l’incidence
la plus faible depuis 15 ans. Concernant les DOM-TOM,
70 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
on constate une inhabituelle stabilité (hormis une
recrudescence en Martinique) par rapport à l’année
précédente.
Sur le plan recherche appliquée, le CNR a notamment
publié en 2005 en collaboration avec l’Institut Pasteur
de Nouvelle Calédonie, une adaptation à la leptospirose de la méthode PCR en temps réel qui permet un
diagnostic performant avec quantification et identification de l’espèce infectante dans une seule journée.
CNR des Escherichia coli-Shigella
Une épidémie d’infections à E. coli O157 :H7 (syndrome
hémolytique et urémique) est survenue dans le SudOuest de la France. Tous les patients avaient
consommé de la viande hâchée surgelée du même lot.
Des isolats de E . coli O157:H7 portant les gènes codant
les shigatoxines 1 et 2, l’entérohémolysine et l’intimine
ont été retrouvés dans les selles de 18/66 patients et
dans la viande. Le retrait des lots a permis de stopper
l’épidémie.
CNR des Listeria et CCOMS pour la listeriose
d’origine alimentaire
En 2005, la méthode de typage par PCR multiplex
a remplacé la sérotypie classique, en raison de sa
reproductibilité, sa facilité de mise en œuvre et son
faible coût, après avoir été validée par une étude multicentrique coordonnée par le CNR. Cette méthode
a été mise au point par le Laboratoire des Listeria
en collaboration avec l’Unité de Génomique des
Microorganismes Pathogènes à partir de l’analyse
des résultats obtenus pour plus de 100 souches caractérisées par la technique des puces à ADN.
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
Centres nationaux de référence
Institut Pasteur à Paris
Leptospirose
Bactéries anaérobies et Botulisme
Laboratoire des Spirochètes
Guy Baranton, Danièle Postic
Unité des bactéries anaérobies et toxines
Michel Robert Popoff, Jean-Philippe Carlier
Listeria
Résistance aux antibiotiques
Laboratoire des Listeria
Alban Le Monnier, Christine Jacquet
Unité des agents antibactériens
Patrice Courvalin
Méningocoques
Bordetella (coqueluche)
Unité des Neisseria
Jean-Michel Alonso, Muhamed-Kheir Taha
Unité des Bordetella
Nicole Guiso-Maclouf, Valérie Caro
Mycobactéries
Borrelia
Laboratoire des Mycobactéries
Véronique Vincent, Gilles Marchal
Unité de bactériologie moléculaire et médicale
Danièle Postic, Elisabeth Ferquel
Laboratoires associé : Institut de bactériologie,
Université Louis-Pasteur de Strasbourg
Mycologie et antifongiques
Unité de Mycologie moléculaire
Françoise Dromer, Olivier Lortholary
Charbon
Peste et autres yersinioses
Unité des toxines et pathogénie bactérienne
Michèle Mock, Patricia Sylvestre
Laboratoire associé : AFSSA/LERPAZ, Maisons-Alfort
Unité de bactériologie moléculaire et médicale
Elisabeth Carniel, Françoise Guinet
Rage
Corynebacterium diphtheriae
Unité biodiversité des bactéries pathogènes
émergentes
Patrick Grimont, Anne Le Flèche
Unité de recherche et d’expertise Dynamique des
Lyssavirus et Adaptation à l’hôte
Hervé Bourhy, Yolande Rotivel, Laurent Dacheux
Salmonella
Escherichia coli et Shigella
Unité biodiversité des bactéries pathogènes
émergentes
Patrick Grimont, Francine Grimont
Laboratoire associé : Service de microbiologie, hôpital
Robert-Debré, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris
Unité biodiversité des bactéries pathogènes
émergentes
Patrick Grimont, François-Xavier Weill
Vibrions et choléra
Unité du choléra et des vibrions
Jean-Michel Fournier, Marie-Laure Quilici
Virus influenzae (Grippe) région Nord
Unité de Génétique moléculaire des virus respiratoires
Sylvie van der Werf, Jean-Thierry Aubin
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 71
Centre nationaux de référence et Centres collaborateurs OMS
Centre de Recherche Mérieux Pasteur
à Lyon
Arbovirus
Unité de Biologie des infections virales émergentes
Hervé Zeller, Isabelle Shuffenecker
Laboratoire associé : Institut de médecine tropicale, Le
Pharo-Marseille Armées, service de santé des armées
CNR associé : CNR des virus des hépatites B et C
pour la surveillance en transfusion sanguine,
Institut national de la transfusion sanguine
Laboratoire associé : Laboratoire de bactériologie
virologie hygiène, hôpital Avicenne, Assistance
Publique-Hôpitaux de Paris.
Institut Pasteur de la Guyane
Fièvres hémorragiques virales
Unité de Biologie des infections virales émergentes
Hervé Zeller, Marie-Claude Georges-Courbot
Chimiorésistance du paludisme dans la région
Antilles-Guyane
Laboratoire de parasitologie
Philippe Esterre, Eric Legrand
CNR associé à l’Institut Pasteur
Virus des hépatites B et C
Laboratoire mixte Necker-Institut Pasteur de
carcinogénèse hépatique
Faculté de Médecine Necker-Enfants Malades
Valérie Thiers, Stanislas Pol
Conseiller scientifique Christian Bréchot
72 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
Arbovirus (dengue, fièvre jaune) et virus
influenzae dans la région Antilles-Guyane
Laboratoire de virologie
Jacques Morvan, Philippe Dussart
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
Centres collaborateurs de l’OMS
CCOMS pour les arbovirus et les fièvres
hémorragiques virales
CCOMS de référence et de recherche pour
la rage
Unité de Biologie des infections virales émergentes
Hervé Zeller
Unité de recherche et d’expertise Dynamique des
Lyssavirus et Adaptation à l’hôte
Hervé Bourhy
CCOMS de référence et de recherche sur les virus
de la grippe et d’autres virus respiratoires
Unité de Génétique moléculaire des virus respiratoires
Sylvie van der Werf
Centre collaborateur FAO/OMS pour
l’épidémiologie de la leptospirose
Laboratoire des Spirochètes
Guy Baranton
CCOMS de référence pour les Salmonella
Unité de Biodiversité des bactéries pathogènes
émergentes
Patrick Grimont, François-Xavier Weill
CCOMS de référence et de recherche pour
les Yersinia
Unité des Yersinia
Elisabeth Carniel
CCOMS pour la listériose d’origine alimentaire
Laboratoire des Listeria
Christine Jacquet
CCOMS de référence et de recherche sur
les entérovirus et les vaccins viraux
Unité de Prévention et Thérapie moléculaires des
maladies humaines
Francis Delpeyroux, Sophie Guillot
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 73
RECHERCHE
Départements, unités, laboratoires, groupes
Départements, unités, laboratoires, groupes
Avril 2006
Biologie cellulaire
et infection
01
Directeur du département : Pascale Cossart
UP
U
U
U
U
U
U
U
U
G
UP
U
UP
Analyse d’Images quantitative
Biologie cellulaire du Noyau
Biologie cellulaire du Parasitisme
Biologie des Interactions cellulaires
Imagerie Dynamique (plate-forme)
Interactions Bactéries-Cellules
Microscopie électronique (plate-forme)
Organisation nucléaire et Oncogenèse
Pathogénie microbienne moléculaire
Polarité et Migration cellulaires
Régulation de la Traduction eucaryote et virale
Signalisation moléculaire et Activation cellulaire
Trafic membranaire et Pathogenèse
CNRS URA 2582
CNRS URA 2582
CNRS URA 2582
INSERM U 604
INSERM U 579
INSERM U 786
CNRS URA 2582
Différentiation cellulaire, cellules souches et prions
Jean-Christophe Olivo-Marin
Vincent Galy (p.i.)
Nancy Guillen
Alice Dautry
Spencer Shorte
Pascale Cossart
Marie-Christine Prévost
Anne Dejean-Assémat
Philippe Sansonetti
Sandrine Etienne-Manneville
Katherine Kean
Alain Israël
Chiara Zurzolo
Odile Kellerman
Biologie du
développement
U
Unité de
recherche
URE Unité de
Recherche et
d’Expertise
L
Laboratoire
UP
Unité Postulante
UPRE Unité Postulante
de Recherche et
d’Expertise
G
02
Directeur du département : Philip Avner
U
G
U
U
U
G
UP
Biologie moléculaire du Développement
Cellules souches et Développement
Centre d’Ingénierie Génétique Murine (CIGM)
(plate-forme)
Expression génétique et Maladies
Génétique de la Différenciation
Génétique et épigénétique de la Drosophile
Génétique fonctionnelle de la Souris
Groupe à 5 ans
74 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
CNRS URA 2578
CNRS URA 2578
Jean-François Nicolas
Shahragim Tajbakhsh
CNRS URA 2578
CNRS URA 2578
Francina Langa Vives
Margaret Buckingham (p.i.)
Mary Weiss
Christophe Antoniewski
Jean-Jacques Panthier
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
Biologie du développement (suite)
U
U
U
UP
UP
UP
Génétique moléculaire du Développement
Génétique moléculaire de la Morphogenèse
Génétique moléculaire murine
Macrophages et Développement de l’Immunité
Régulation épigénétique
Reproduction, Fertilité et Populations
CNRS URA 2578
CNRS URA 2578
CNRS URA 2578
CNRS URA 2578
CNRS FRE 2850
Animalerie centrale
Margaret Buckingham
Benoît Robert
Philip Avner
Philippe Herbommel
Christian Muchardt
Ken McElreavey
Xavier Montagutelli
Biologie structurale
et chimie
03
Directeur du département : Michael Nilges
U
G
UP
U
U
U
U
U
U
U
U
L
U
U
U
U
U
Analyse et Microséquençage des Protéines
(plate-forme)
Biochimie et Biophysique des Macromolécules
Biochimie des Interactions macromoléculaires
Biochimie structurale
Bioinformatique structurale
Biophysique des Macromolécules et de leurs
interactions (plate-forme)
Chimie organique
Cristallogenèse et Diffraction des rayons X
(plate-forme/PF6)
Cryomicroscopie moléculaire (plate-forme)
Dynamique structurale des Macromolécules
Immunologie structurale
Pharmacologie des Régulations
neuro-endocrines (LRD)
Production de Protéines recombinantes
(plate-forme/PF5)
Protéomique (plate-forme/PF3)
Régulation enzymatique des Activités cellulaires
Résonance Magnétique Nucléaire des Biomolécules
Synthèse d’Oligonucléotides longs à haut débit
(plate-forme/PF7)
CNRS URA 2185
CNRS URA 2185
CNRS URA 2185
Jacques d’Alayer
Deshmukh Gopaul
Daniel Ladant
Pedro Alzari
Michael Nilges
CNRS URA 2128
Patrick England
Pierre-Etienne Bost
CNRS URA 2185
CNRS URA 2185
Ahmed Haouz
Gérard Pehau-Arnaudet
Marc Delarue
Graham Bentley
Catherine Rougeot
CNRS URA 2185
CNRS URA 2185
Pierre Beguin
Abdelkader Namane
Michel Véron
Muriel Delepierre
Catherine Gouyette
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 75
Départements, unités, laboratoires, groupes
Génomes et
génétique
04
Directeur du département : Antoine Danchin
UP
UP
U
U
U
UP
UP
U
U
U
U
U
U
UP
U
UP
U
Biologie et Pathogénicité fongiques
Biologie systémique
Dynamique du Génome
Génétique des Génomes bactériens
Génétique des Interactions macromoléculaires
Génétique des Maladies infectieuses
et autoimmunes
Génétique in silico
Génétique moléculaire bactérienne
Génétique moléculaire des Levures
Génétique mycobactérienne
Génomique (plate-forme/PF1)
Génomique des Micro-organismes pathogènes
Intégration et Analyse génomique
(plate-forme/PF4)
Plasticité du Génome bactérien
Puces à ADN (plate-forme/PF2)
Stabilité des Génomes
Logiciels et Banques de données Pôle informatique
CNRS URA 2171
CNRS URA 2171
CNRS URA 2171
INSERM U 730
CNRS URA 2171
CNRS URA 2171
CNRS URA 2171
CNRS URA 2171
Immunologie
Christophe d’Enfert
Benno Schwikowski
Benoît Arcangioli
Antoine Danchin
Alain Jacquier
Cécile Julier
Massimo Vergassola
Stewart Cole
Bernard Dujon
Brigitte Gicquel
Christiane Bouchier
Frank Kunst
Ivan Moszer
Didier Mazel
Jean-Yves Coppée
Aaron Bensimon
Bernard Caudron
05
Directeur du département : Marc Daëron
U
Unité de
recherche
URE Unité de
Recherche et
d’Expertise
L
Laboratoire
UP
Unité Postulante
UPRE Unité Postulante
de Recherche et
d’Expertise
G
U
G
UP
U
G
U
U
U
G
U
Allergologie moléculaire et cellulaire
Apoptose et Système immunitaire
Biologie cellulaire des Lymphocytes
Biologie des Populations lymphocytaires
Développement des Tissus lymphoïdes
Cytokines et Développement lymphoïde
Cytométrie (plate-forme)
Développement des Lymphocytes
Dynamiques des Réponses immunes
Génétique et Biochimie du Développement
Groupe à 5 ans
76 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
INSERM U 760
CNRS URA 1961
CNRS URA 2582
CNRS URA 1961
INSERM U 668
INSERM U 668
CNRS URA 2581
Marc Däeron
Santos Susin
Andrès Alcover
Antonio Freitas
Gérard Eberl
James di Santo
Anne-Marie Balazuc
Ana Simoes de Bivar Cumano
Philippe Bousso
François Rougeon
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
Immunologie (suite)
U
G
U
U
G
U
UP
Immunité cellulaire antivirale
Immunobiologie des Cellules dendritiques
Immunologie moléculaire
Immunophysiopathologie infectieuse
Immunorégulation
Régulation immunitaire et Vaccinologie
Signalisation des Cytokines
CNRS URA 1961
INSERM E 352
CNRS URA 1961
François Lemonnier
Matthew Albert
Oreste Acuto
Pierre-André Cazenave
Lars Rogge
Claude Leclerc
Sandra Pellegrini
Infection et
épidémiologie
06
Directeur du département : Jean-Marc Cavaillon
U
U
U
U
U
U
UPRE
URE
URE
URE
U
L
U
L
U
U
U
U
Biodiversité des Bactéries pathogènes émergentes
Centre de Ressources en Biostatistiques,
Épidémiologie et Pharmaco-épidémiologie
appliquées aux Maladies Infectieuses (CeRBEP)
Choléra et Vibrions
CIBU (Cellule d’Intervention Biologique d’Urgence)
Cytokines et Inflammation
Défense innée et Inflammation
Dynamique des Lyssavirus et Adaptation à l’hôte
Épidémiologie des Maladies émergentes
Histotechnologie et Pathologie
Immunité anti-virale, Biothérapie et Vaccins
Immunogénétique cellulaire
Immunothérapie
Insectes et Maladies Infectieuses
Listeria
Mycologie moléculaire
Neisseria
Prévention et Thérapie moléculaires
des Maladies humaines
Santé Publique (plate-forme/PF8)
Centre de Recherche vaccinale et biomédicale
Centre Médical
Investigation clinique et Aide à la Recherche
Patrick Grimont
CNRS UMR 657
INSERM E 336
CNRS FRE 2849
CNRS FRE 2849
CNRS FRE 2849
Didier Guillemot
Jean-Michel Fournier
Jean-Claude Manuguerra
Jean-Marc Cavaillon
Michel Chignard
Hervé Bourhy
Arnaud Fontanet
Michel Huerre
Marie-Lise Gougeon
Jacques Thèze
Gilles Marchal
Paul Reiter
Alban Le Monnier
Françoise Dromer
Jean-Michel Alonso
Nicole Guiso
Sylvain Brisse
Christine Sadorge
Paul-Henri Consigny
Marie-Noelle Ungeheuer
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 77
Départements, unités, laboratoires, groupes
Microbiologie
07
Directeur du département : Patrick Forterre
U
UPRE
U
U
U
U
U
UP
G
U
U
U
UP
L
U
U
Agents antibactériens
Bactéries anaérobies et Toxines
Biologie des Bactéries pathogènes à Gram-positif
Biologie moléculaire du Gène chez les
Extrêmophiles (BMGE)
Collection de l’Institut Pasteur
Collection des Champignons
Cyanobactéries
Génétique bactérienne et Différenciation
Génétique des Biofilms
Génétique moléculaire
Membranes bactériennes
Pathogénie bactérienne des Muqueuses
Régulations transcriptionnelles
Spirochètes
Toxines et Pathogénie bactérienne
Yersinia
CNRS URA 2172
CNRS URA 2172
CNRS URA 2172
CNRS URA 2172
CNRS URA 2172
CNRS URA 2172
CNRS URA 2172
CNRS URA 2172
Patrice Courvalin
Michel Robert Popoff
Patrick Trieu-Cuot
Patrick Forterre
Chantal Bizet
Bernard Papierok
Nicole Tandeau de Marsac
Philippe Mazodier
Jean-Marc Ghigo
Anthony Pugsley
Cécile Wandersman
Agnès Labigne
Annie Kolb
Isabelle Saint Girons
Michèle Mock
Élisabeth Carniel
Neuroscience
08
Directeur du département : Christine Petit
U
Unité de
recherche
URE Unité de
Recherche et
d’Expertise
L
Laboratoire
UP
Unité Postulante
U
U
G
G
U
U
U
Embryologie moléculaire
Génétique des Déficits sensoriels
Génétique humaine et Fonctions cognitives
Génétique des Nématodes
Perception et Mémoire
Récepteurs et Cognition
Rétrovirus et Transfert génétique
UPRE Unité Postulante
de Recherche et
d’Expertise
G
Groupe à 5 ans
78 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
INSERM U 587
CNRS URA 2182
CNRS URA 2182
INSERM U 622
Philippe Brûlet
Christine Petit
Thomas Bourgeron
Bernard Lakowski
Pierre-Marie Lledo
Jean-Pierre Changeux
Jean-Michel Heard
RECHERCHE BILAN D’ACTIVITÉ
Parasitologie et
mycologie
09
Directeur du département : Jacques Louis
U
U
UP
U
UP
U
U
U
U
U
L
G
Aspergillus
Biochimie et Biologie moléculaire des Insectes
Biologie cellulaire des Trypanosomes
Biologie des Interactions Hôte-Parasite
Biologie et Génétique du Paludisme
CEPIA (Centre de Production et Infection des
Anophèles) (plate-forme)
Immunologie moléculaire des Parasites
Immunophysiologie et Parasitisme intracellulaire
Parasitologie biomédicale
Réponses précoces aux Parasites
et Immunopathologie
Vaccinologie Parasitaire
Virulence parasitaire
CNRS FRE 2849
CNRS URA 2581
CNRS URA 2581
Jean-Paul Latgé
Charles Roth (p.i.)
Philippe Bastin
Artur Scherf
Robert Ménard
Catherine Bourgouin
Odile Puijalon
Geneviève Milon
Pierre Druilhe
Jacques Louis
Shirley Longacre-Andre
Gerald Spaeth
Virologie
10
Directeur du département : Félix Rey
U
U
Biologie des Infections virales émergentes
Épidémiologie et Physiopathologie des Virus
oncogènes
UP Génétique moléculaire des Bunyaviridés
U
Génétique moléculaire des Virus respiratoires
UP Génétique, Papillomavirus et Cancer humain
UP Génomique virale et vaccination
UP Hépacivirus
UP Immunopathologie virale
UP Intéractions moléculaires Flavivirus-hôtes
UP Neuro-Immunologie virale
U
Oncogenèse et Virologie moléculaire
UP Pathogénie virale moléculaire
URE Physiopathologie des Infections lentivirales
U
Régulations des Infections rétrovirales
U
Rétrovirologie moléculaire
UP Stratégies Antivirales
G
Virologie moléculaire et Vectorologie
U
Virologie structurale
G
Virus et Immunité
L
Virus entérotropes et Stratégies antivirales
U
Virus lents
Fabian Wild (p.i.)
CNRS URA 1930
CNRS URA 1966
CNRS URA 1930
CNRS URA 1930
INSERM U 579
CNRS URA 1930
CNRS URA 1930
CNRS URA 1930
CNRS URA 1930
CNRS URA 1930
Antoine Gessain
Michèle Bouloy
Sylvie van der Werf
Michel Favre
Frédéric Tangy
Éliane Meurs
Yves Rivière
Philippe Desprès
Monique Lafon
Marie-Annick Buendia
Fernando Arenzana-Seisdedos
Jérôme Estaquier (p.i.)
Françoise Barré-Sinoussi
Simon Wain-Hobson
Noël Tordo
Pierre Charneau
Félix Rey
Olivier Schwartz
Florence Colbère-Garapin
Michel Brahic
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 79
ENSEIGNEMENT
Centre d’enseignement
Dès sa création, l’une des missions de l’Institut Pasteur a consisté à former, enseigner et
partager les connaissances. L’évolution de l’enseignement est en relation avec la
progression de la recherche. Il s’effectue par les cours dispensés sur le campus parisien et
par l’accueil de stagiaires. À cela s’ajoutent des enseignements au niveau international.
En 2005, 353 élèves de 45 nationalités ont suivi les cours du Centre d’enseignement et 707
stagiaires de 56 nationalités ont été accueillis au sein des laboratoires de l’Institut Pasteur.
Il existe aujourd’hui 21 cours, dont la majorité est organisée autour de thèmes choisis en fonction de leur
importance en santé publique ou des avancées conceptuelles et technologiques d’une discipline donnée.
Les cours sont destinés aux diplômés des grandes
écoles, des Universités et des Centres Hospitaliers
Universitaires ainsi qu’aux étudiants étrangers de
niveau équivalent. L’enseignement est dispensé par
des spécialistes de chaque discipline et leur originalité
réside dans l’association de conférences de haut
niveau avec un enseignement pratique qui fait appel
aux méthodologies les plus récentes.
Cours de niveau deuxième cycle
universitaire
Tous les cours, à plein temps, comprennent à la fois un
enseignement théorique et pratique dans la tradition
pasteurienne. Les noms des scientifiques du monde
entier participant aux cycles de conférences sont
disponibles sur la page web “Enseignement” de
l’Institut Pasteur (www.pasteur.fr). La partie théorique
inclut aussi des séminaires effectués par les étudiants
eux-mêmes sous la responsabilité de chercheurs de
l’Institut Pasteur. Les techniques enseignées et les
équipements utilisés pour les travaux pratiques sont
ceux que les chercheurs utilisent dans leur laboratoire
pour leurs projets en cours, ce qui permet de proposer
aux étudiants une fenêtre d’observation privilégiée
dans différents domaines de la recherche scientifique.
En conséquence, les diplômés des cours de l’Institut
Pasteur ont la possibilité de mettre en pratique immédiatement les connaissances ainsi acquises, soit en
continuant leur formation par la préparation d’une
80 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
thèse de doctorat, soit dans l’exercice de leurs fonctions, s’ils sont déjà entrés dans la vie active. La durée
des cours varie de 15 jours à deux mois pour 8 à 32 élèves sélectionnés par les membres des comités du cours.
Enrichissement de l’École Pasteurienne
d’Infectiologie
Un enseignement multidisciplinaire d’infectiologie,
axé sur la santé publique est offert par l’Institut Pasteur,
sous forme d’une École Pasteurienne d’Infectiologie (EPI),
créée en 2003. Arnaud Fontanet, Directeur actuel de
l’EPI a développé cette École grâce à la participation de
microbiologistes, épidémiologistes, cliniciens et généticiens des maladies infectieuses. Le cours de “Pharmaco
Epidémiologie et risques infectieux” a été créé en 2005
pour compléter le programme qui comprenait des
cours de : “Épidémiologie et Biostatistiques”, “Essais
cliniques et maladies infectieuses et tropicales” et
“Circulation des agents infectieux et maîtrise du
risque”. Cette formation offre de nouvelles opportunités pour les Instituts du Réseau international et également pour les Centres nationaux de référence en
renforçant la culture de santé publique et les compétences en épidémiologie de l’Institut Pasteur.
Conventions avec les universités pour
l’obtention d’un Diplôme
Partie de MASTER
La réforme Licence-Master-Doctorat, mise en place en
septembre 2004, modifie substantiellement l’enseignement supérieur en France avec un deuxième cycle en 4
ENSEIGNEMENT BILAN D’ACTIVITÉ
RÉPARTITION DES ÉLÈVES PAR NATIONALITÉ
ANNÉE 2005
353 élèves de 45 nationalités
Pays
Élèves
CONGO
3
MAROC
8
4
CORÉE DU SUD
1
MEXIQUE
4
4
CÔTE D’IVOIRE
7
NIGER
1
1
DANEMARK
1
PARAGUAY
1
BELGIQUE
2
ÉGYPTE (R.A.E.)
1
PORTUGAL
7
BIÉLORUSSIE
1
ESPAGNE
4
RÉPUBLIQUE TCHÈQUE
1
BOLIVIE
2
ÉTATS-UNIS
2
ROUMANIE
1
BRÉSIL
4
FRANCE
BULGARIE
1
INDE
2
BURKINA FASO
2
IRAN
3
CAMBODGE
1
ISRAEL
1
CAMEROUN
5
ITALIE
7
CANADA
3
LIBAN
4
CHILI
3
LUXEMBOURG
1
CHINE
1
MADAGASCAR
1
COLOMBIE
2
MALI
1
ALGÉRIE
ARGENTINE
BANGLADESH
semestres, le Master, qui prend effet après la Licence,
en 4e année d’université. Les formations sont découpées
en crédits (ECTS) qui sont transférables d’une université
à l’autre et d’un pays à l’autre en Europe. Il existe donc
une reconnaissance des diplômes au sein de l’espace
européen, ce qui favorise la mobilité des étudiants.
Onze sur 21 des cours de l’Institut Pasteur (y compris
ceux de l’École Pasteurienne d’Infectiologie) participent
à l’enseignement de 2e année du “Master Recherche”
de différentes universités de la région parisienne , ce qui
représente environ 194 élèves sur 353 (de 45 nationalités
différentes). De nouvelles conventions liant l’Institut
Pasteur aux universités Pierre et Marie Curie (Paris 6),
Denis Diderot (Paris 7), Paris Sud-11 et Versailles Saint
Quentin, signées en 2005, ont défini les conditions
d’accueil des étudiants préparant un Master ou une
thèse à l’Institut Pasteur. Chaque année, plus de
60 étudiants de 2e année de Master effectuent leur stage
pratique dans les unités de recherche de l’Institut
Pasteur. La majeure partie d’entre eux continue en
doctorat sous la responsabilité d’un chercheur ayant
l’habilitation à diriger des thèses. L’Institut Pasteur
accueille une moyenne de 250 thésards pour une durée
de 3 ans au minimum. Un système de tutorat permet
d’aider les doctorants au cours de leur thèse.
Diplôme Universitaire (DU)
Depuis la signature, en 2005, des conventions liant
l’Institut Pasteur aux universités Pierre et Marie Curie
(Paris 6) et Denis Diderot (Paris 7) dans les domaines de
229
SÉNÉGAL
10
SYRIE
1
TUNISIE
8
TURQUIE
2
UKRAINE
1
URUGUAY
3
VENEZUELA
1
Total
353
l’enseignement, les étudiants ayant réussi les examens
ou contrôles continus tels que prévus par les comités
des cours de l’Institut Pasteur peuvent recevoir un
Diplôme Universitaire (DU) délivré par l’Université où
l’étudiant est inscrit.
Validation des cours de l’Institut Pasteur comme
modules d’école doctorale
Certains cours de l’Institut Pasteur sont divisés en
modules d’enseignement d’une semaine, proposables
aux doctorants. Les thésards des écoles doctorales d’Ile
de France peuvent ainsi obtenir des crédits (ECTS) en
suivant ces cycles de conférences. Cette modularité
des cours permet non seulement une plus grande
flexibilité de fonctionnement mais répond aussi à la
demande des participants et attire ainsi une nouvelle
clientèle (101 doctorants provenant de 7 écoles doctorales).
Partenariats avec des Instituts
de Recherche
Le cours de Biologie moléculaire de la Cellule est organisé conjointement avec l’Institut Curie. Celui de
Développement et Plasticité du Système Nerveux
est proposé en association avec l’École Normale
Supérieure. Celui de Génétique de la Souris est organisé conjointement avec l’École Nationale Vétérinaire
de Maisons-Alfort.
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 81
Centre d’enseignement
Perspectives
La réforme de l’enseignement supérieur, la mobilité
accrue des étudiants en Europe, ainsi que la mise en
place à travers la Communauté Européenne de programmes de doctorat Marie Curie (“Early-Stage
Research Training”) nous amènent à évaluer de nouveaux projets pour renforcer la visibilité de l’enseignement pasteurien :
◗ Un nouveau programme de doctorat financé par la
Communauté Européenne, INTRAPATH (“Early Stage
Training in Infectious Diseases Involving Intracellular
Pathogens”), sera lancé en 2006 et coordonné par
Andres Alcover. L’accent est mis sur une approche
interdisciplinaire de l’étude de maladies infectieuses
d’origine bactérienne ou virale.
◗ Une des priorités consiste à établir des liens avec des
universités étrangères. Un partenariat a déjà été
défini entre l’université Milano-Bicocca (Italie) et
l’Institut Pasteur via une chaire Marie Curie attribuée
à Paola Ricciardi-Castagnoli, Professeur d’Immunologie à la Faculté de Science de l’université de MilanoBicocca.
◗ Des réflexions sont en cours pour que le Centre
d’Enseignement puisse accueillir des cours d’été
internationaux. Le plateau technique du Centre
d’Enseignement est parfaitement adapté à de telles
opérations.
◗ Il est prévu que le Centre d’enseignement emménage dans l’ancien hôpital avant la rentrée universitaire 2007-2008. Dans un premier temps, seul le
pavillon Louis Martin sera rénové, ce qui comporte
une réduction de surfaces dans l’attente de l’aménagement du pavillon Émile Roux.
MODULES
MODULE d’école doctorale
COURS Institut Pasteur
VIRUS ONCOGÈNES À ADN
MODULE 1
VIROLOGIE FONDAMENTALE
RÉTROVIRUS
MODULE 2
VIROLOGIE FONDAMENTALE
NEUROANATOMIE, SYNAPTOGÉNÈSE ET CONNECTIVITÉ
MODULE 1
DÉVELOPPEMENT ET PLASTICITÉ DU SYSTÈME NERVEUX
DÉVELOPPEMENT DU SYSTÈME NERVEUX
MODULE 2
DÉVELOPPEMENT ET PLASTICITÉ DU SYSTÈME NERVEUX
PATHOLOGIES DU SYSTÈME NERVEUX
MODULE 3
DÉVELOPPEMENT ET PLASTICITÉ DU SYSTÈME NERVEUX
PRINCIPES ET MÉTHODES DE L’ANALYSE GÉNOMIQUE
ANALYSE DES GÉNOMES
IMMUNOPATHOLOGIE
MODULE 1
IMMUNOLOGIE APPROFONDIE
IMMUNITÉ INNÉE IMMUNOLOGIE APPROFONDIE
MODULE 2
MÉCANISMES DE TRANSPORT INTRACELLULAIRE
MODULE 1
BIOLOGIE MOLÉCULAIRE DE LA CELLULE
SIGNALISATION ET PATHOGÉNICITÉ BACTÉRIENNE
MODULE 2
BIOLOGIE MOLÉCULAIRE DE LA CELLULE
DYNAMIQUE DU NOYAU ET DIVISION CELLULAIRE
MODULE 3
BIOLOGIE MOLÉCULAIRE DE LA CELLULE
PROLIFÉRATION ET MORT CELLULAIRE PROGRAMMÉE
MODULE 4
BIOLOGIE MOLÉCULAIRE DE LA CELLULE
MODÉLISATION MATHÉMATIQUE
PHARMACO ÉPIDÉMIOLOGIE ET RISQUE INFECTIEUX
MODULE SANTÉ PUBLIQUE
PHARMACO ÉPIDÉMIOLOGIE ET RISQUE INFECTIEUX
82 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
ENSEIGNEMENT BILAN D’ACTIVITÉ
COURS DE L’INSTITUT PASTEUR
Cours
Responsables
Analyse des Génomes
Directeur
Directeur-Adjoint
Chef de travaux
B. Dujon
O. Kalogeropoulos
/
Bactériologie Médicale*
Directeurs
Chef de travaux
P. Trieu-Cuot, A. Philippon
M. Kiredjian
Biochimie des Protéines
Directeurs
Chef de travaux
A. Chaffotte, J.-M. Betton
T. Rose
Biologie Moléculaire de la Cellule
Directeurs
Chef de travaux
A. Dautry-Varsat, D. Louvard
R. Bruzzone
(EPI)
Circulation des Agents Infectieux
et Maîtrise du Risque
Directeurs
Chef de travaux
A. Gessain, R. Houin
/
Développement et Plasticité
du Système Nerveux
Directeurs
Chef de travaux
P.-M. Lledo, A. Trembleau
S. Harroch
(EPI)
Épidémiologie et Biostastistiques
Directeur
Chefs de travaux
A. Fontanet
L. Chartier, S. Bechet
(EPI)
Essais Cliniques et Maladies Infectieuses
et Tropicales
Directeur
Directeur adjoint
Chef de travaux
A. Fontanet
M. Vray
/
Génétique Cellulaire et Moléculaire
Directeurs
Chef de travaux
B. Arcangioli, T. Bourgeron
C. Fairhead
Génétique de la Souris
Directeur
Directeur adjoint
Chef de travaux
J.-J. Panthier
X. Montagutelli
/
Immunologie Approfondie
Directeurs
Chef de travaux
D. Rueff-Juy, A. Freitas
F. Huetz
Informatique en Biologie
Directeurs
Chefs de travaux
C. Letondal, K. Schuerer
E. Deveaud, C. Maufrais
Microbiologie Générale
Directeurs
Chef de travaux
C. Le Bouguenec, J.-M. Clément
/
Mycologie Médicale
Directeurs
Chef de travaux
F. Dromer, O. Lortholary
D. Garcia Hermoso-Kaiser
Outils Moléculaires et Épidémiologie
de la Tuberculose
Directeur
Chef de travaux
V. Vincent
M.-C. Gutierrez-Perez
Directeurs
Chef de travaux
D. Guillemot, P.-Y. Boelle
/
Virologie Fondamentale
Directeur
Directeur adjoint
Chef de travaux
N. Tordo
S. Ozden
/
Virologie Systématique*
Directeurs
Chef de travaux
J.-C. Manuguerra, A. Gessain
R. Mahieux
* dispensé un an sur deux
(EPI)
Pharmaco-épidémiologie et Risque Infectieux
* dispensé un an sur deux
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 83
INTERNATIONAL
International
La politique internationale de l’Institut Pasteur et du Réseau International des Instituts
Pasteur est articulée autour des trois missions pasteuriennes : recherche, santé publique
et enseignement. Elle implique une quatrième mission de pilotage, de coordination
et de coopération qui fait appel à des considérations géo scientifiques, économiques
et juridiques au plan international. L’année 2005 est marquée par un développement
stratégique du Réseau International sur une base régionale, le lancement de projets
régionaux, le renforcement des liens avec les partenaires internationaux et l’expansion
de l’enseignement international.
Développement stratégique du Réseau
International des Instituts Pasteur
Le Réseau International des Instituts Pasteur compte
29 Instituts répartis sur les cinq continents, regroupant
9 500 personnes. Unis par la même vocation, la même
culture et les mêmes valeurs, les Instituts du Réseau
mettent leurs compétences et leurs moyens au service
des besoins de santé de leur pays.
Sans que cela ne préjuge la décision finale, des études
et investigations ont été engagées, à la demande des
pays concernés, sur la création d’un institut ou d’une
première concrétisation de la coopération, au Laos et
au Qatar.
Le Réseau International des Instituts Pasteur a bénéficié du développement des financements des grands
partenaires publics : ministères (Santé, Recherche,
Affaires étrangères), département de la Santé américain, Agence Française de Développement, Banque
Inter Américaine de Développement mais également
privés : Fondation Li Ka Shing en Chine, groupe AREVA.
Les grandes actions prioritaires et les grands
programmes fédérateurs, initiés grâce à des fonds
propres, sous forme d’Actions Coordonnées Incitatives
Pasteuriennes (ACIP) et/ou de Programmes
Transversaux de Recherche ou encore, pour certains
pays, par le Fonds de Solidarité Prioritaire, ont joué un
rôle fédérateur dans le Réseau. La structuration régio-
84 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
nale qui n’empêche cependant pas une certaine vie
propre de chaque institut, a permis le lancement de
grands programmes régionaux, couvrant des domaines d’intérêt particulier pour la région concernée.
Cette dimension scientifique renforcée du Réseau
devrait déboucher sur des programmes coordonnés,
ambitieux, intégrés sur le plan international, comme
sur le plan des politiques de santé nationales et qui
contribueront à faire de ces Instituts des pôles d’excellence dans leur région d’implantation.
Grands projets régionaux
Région Asie-Pacifique
Première initiative du pôle régional Asie-Pacifique
du Réseau international des Instituts Pasteur, le programme RESPARI (Research driven Response to Acute
Respiratory Infections) est dédié aux recherches sur les
maladies respiratoires aiguës.
RESPARI s’articule autour du diagnostic et de la surveillance de ces maladies, de leur épidémiologie, de
leur pathogenèse et de leur réponse immunitaire. Ces
recherches basées sur des programmes innovants
contribuent au développement d’outils de diagnostic
rapide, de nouvelles stratégies vaccinales et de molécules antivirales. Ce programme est clairement orienté
vers des recherches à long terme sur les maladies respiratoires aiguës, notamment des projets de développement d’antiviraux ou de vaccins. RESPARI s’adapte
INTERNATIONAL BILAN D’ACTIVITÉ
actuellement pour répondre de manière appliquée à
l’urgence que constitue le risque de pandémie de
grippe aviaire.
Région Afrique
Les arboviroses sont des thématiques couvertes
dans plusieurs instituts, notamment dans le grand
programme régional pour l’Afrique, mais également
avec des Instituts d’Asie et d’Amérique latine. Un programme sur les fièvres hémorragiques virales (FHV)
démarre avec pour objectif principal la mise en place
d’une plate-forme en réseau de diagnostic et d’investigation des FHV en Afrique avec 5 instituts du Réseau
(Bangui, Cameroun, Côte d’Ivoire, Dakar, Madagascar)
en collaboration avec l’Institut Pasteur à Paris et l’AMP.
Les objectifs spécifiques de ce projet sont de renforcer,
pour les FHV en Afrique, les capacités de diagnostic,
d’investigation et d’intervention des laboratoires et
instituts du RIIP lors des épidémies de fièvres hémorragiques, et de promouvoir des projets de recherche multicentriques pour les virus de FHV.
Des études épidémiologiques importantes sur les
méningites ont eu lieu en Afrique pour l’identification
des bactéries responsables, la détermination des facteurs conditionnant l’émergence de nouveaux variants
et pour guider les pratiques vaccinales. L’étude sur
l’émergence du sérogroupe W 135 au Sahel a eu un
impact majeur en termes de santé publique. Une
deuxième phase de travaux doit maintenant démarrer,
basée sur une coopération régionale.
Autres Régions
Les actions menées avec le réseau Amsud-Pasteur
sont le suivi de programmes en surveillance microbiologique et en recherche clinique et la continuité de
4 projets de recherche en réseau, impliquant 34 partenaires, autour de maladies vectorielles (Aedes, Virus
Hémorragiques, Maladie de Chagas et Tuberculose).
La première réunion des instituts de la région Europe
à Athènes en mai 2005, a permis l’émergence d’un
programme régional, Survac-net, dédié à la recherche
et à la surveillance épidémiologique et microbiologique des maladies infectieuses à prévention vaccinale
(poliovirus et entérovirus non polio, rougeole et coque-
luche) avec comme thématiques principales le renforcement des laboratoires, les études épidémiologiques
et la participation à l’évaluation des programmes de
vaccination.
Pour la région Maghreb-Iran, les thèmes d’intérêt
stratégique sont la rage, les venins et toxines et les
leishmanioses.
Les grands programmes horizontaux
de recherche dans le RIIP
De grands programmes de recherche biomédicale, centrés sur les pathologies qui constituent des problèmes
majeurs de santé publique dans les pays où sont
implantés des instituts du Réseau, ont démarré et se
doivent d’être poursuivis, voire développés. Certains
d’entre eux prennent une extension forte et suscitent
des attentes importantes dans les pays et régions
concernées. Il s’agit notamment des programmes sur
le Paludisme, la Tuberculose et autres mycobactéries,
la dengue et la sécurité alimentaire, l’hygiène de
l’environnement et l’hygiène des eaux.
Renforcement des liens avec
les partenaires internationaux
L’Institut Pasteur a renforcé ses liens avec de
nombreux partenaires internationaux. La signature
d’accords internationaux, permettant notamment
de multiplier les financements de programmes
scientifiques, de cours, de forums, d’accueil de postdoctorants étrangers à Paris, etc., avec des organismes
privés ou publics prestigieux sont autant de marques
du positionnement de l’Institut Pasteur comme acteur
incontournable et proactif face aux défis et enjeux
stratégiques mondiaux en recherche et santé
publique.
L’Institut Pasteur renforce le partenariat avec les partenaires institutionnels à l’étranger : Inserm, CNRS, IRD, etc.
Les rapports sans cesse plus étroits et confiants
avec l’Organisation Mondiale de la Santé ont fait de
l’Institut Pasteur l’un des quatre partenaires mondiaux
majeurs de l’OMS dans le domaine des maladies
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 85
International
infectieuses. L’Institut Pasteur abrite 8 Centres collaborateurs OMS à Paris, ainsi qu’une dizaine dans le
Réseau International des Instituts Pasteur. L’Institut
Pasteur est très impliqué dans le pôle OMS, créé en
2001 à Lyon, de surveillance et d’alerte des maladies
transmissibles. Ces structures ont un rôle dans la surveillance, la prévention, l’alerte et le traitement des
épidémies (grippe à Madagascar, fièvres hémorragiques au Gabon). La Cellule d’Analyse et de Réponse
aux Epidémies mise en place en 2002 avec le Réseau
International des Instituts Pasteur pour répondre aux
situations épidémiques au niveau international, a joué
un rôle particulièrement important et actif en 2005 et
est intervenue à plusieurs reprises dans des situations
d’urgence (épidémie de SRAS au Vietnam et en Chine,
tsunami au Sri-Lanka).
Pasteur est associé à 55 projets de recherche collaboratifs, dont 11 au titre de coordinateur, et à 23 projets de formation Marie Curie (bourses individuelles
ou collectives de type pré- et post-docs). Le montant
global de la contribution financière de l’UE pour la
réalisation des ces activités dépasse les 23 millions
d’euros. Thématiquement, la plupart de ces participations concernent des projets s’intéressant aux
maladies infectieuses. L’Institut Pasteur est également étroitement impliqué dans le programme
EDCTP, la plate-forme européenne d’essais cliniques
à destination des pays en développement.
◗ Préparation du 7e PCRDT : l’Institut Pasteur est acteur
dans la préparation du 7e PCRD et s’implique notamment dans divers groupes de réflexions nationaux
ou européens mis en place.
L’Institut Pasteur joue un rôle actif dans une nouvelle
Fondation internationale, Drugs for Neglected
Diseases initiative (DNDi) dont il est l’un des
7 membres fondateurs aux côtés de Médecins Sans
Frontières, la Fondation Oswaldo Cruz (Brésil), le
Conseil indien pour la Recherche médicale, l’Institut de
Recherche médicale du Kenya, le ministère de la Santé
de Malaisie et le Programme spécial de recherche et de
formation sur les maladies tropicales de l’Organisation
Mondiale de la Santé.
Des enseignements internationaux en expansion
Tous les instituts participent à hauteur de 0,2 % de leur
propre budget à un budget commun, qui est géré par
un bureau exécutif du réseau et qui permet entre autre
de financer les enseignements internationaux.
Des étudiants du Réseau international des Instituts
Pasteur viennent régulièrement compléter leur formation en suivant des cours ou en effectuant un stage à
Paris. Des enseignements spécifiques sont organisés
dans le Réseau international. Cette activité s’est particulièrement développée. En réponse aux deux appels
à proposition lancés en 2005, 34 projets de cours ont
été présentés. Des thèmes très variés en virologie,
immunologie, bactériologie, parasitologie, microbiologie fondamentale, bioinformatique, génomique,
démarche qualité et biosécurité sont abordés pendant
ces cours. Certains cours régionaux comme l’atelier
Paludisme à l’Institut Pasteur de Madagascar, le cours
de virologie du Centre de recherche Hong Kong
Université-Pasteur et les cours sur la Surveillance des
Salmonelloses co-organisés avec l’OMS au Cameroun
et à Saint-Pétersbourg ont lieu chaque année. Outre le
rôle purement pédagogique, ces cours jouent aussi un
rôle important de lieu d’échange d’informations scientifiques. Ils conduisent souvent à la mise en place de
nouvelles collaborations et parfois à la création de
groupes de travail.
Le Consortium Surveillance Spatiale des Épidémies
(S2E) qui associe le Centre National d’Études Spatiales
et ses filiales, l’Institut National de Recherche
Agronomique, l’École Nationale Vétérinaire de Lyon,
l’Institut Pasteur et un certain nombre d’équipes scientifiques et industrielles selon les projets, développent
les applications des satellites à la santé pour promouvoir une approche intégrée et transversale de l’étude
des grandes épidémies, afin de permettre une prédiction et une gestion du risque sanitaire. De nombreux
projets sont en cours avec les Instituts Pasteur du
Réseau (choléra dans le Bassin Méditerranéen, grippe
aviaire en Chine, etc.).
Les actions européennes
◗ Participation aux actions du 6e PCRD : l’Institut
86 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
INTERNATIONAL BILAN D’ACTIVITÉ
Les principaux événements concernant
le Réseau International des
Instituts Pasteur en 2005
Développement d’un test de diagnostic rapide des méningites sur bandelettes mis au point dans les
Instituts de Madagascar et de Paris en cours d’évaluation au Niger.
1er Forum du Pôle Amériques, 15-17 avril 2005, Rio de Janeiro
1re Réunion d’animation de la Région Europe, 9-11 mai 2005, Athènes
1re Réunion du Pôle Afrique, 8-9 octobre 2005, Yaoundé
4e Réunion du Pôle Asie-Pacifique, 17 novembre 2005, Alger.
Signature de l’accord avec la province de Gyeonggi le 10 juin 2005 pour la construction des nouveaux
bâtiments de l’Institut Pasteur de Corée.
Mise en évidence d’une hausse de la résistance aux antipaludiques qui indique le besoin d’une vigilance
accrue et un déploiement coordonné et rapide de combinaisons de drogues.
Source : Resistance of Plasmodium falciparum field isolates to in-vitro artemether and point mutations of the SERCA-type
PfATPase6, Ronan Jambou, *Eric Legrand, Makhtar Niang, Nimol Khim, Pharath Lim, Béatrice Volney, Marie Thérèse Ekala,
Christiane Bouchier, Philippe Esterre, Thierry Fandeur, Odile Mercereau-Puijalon, Lancet 2005; 366: 1960–63.
European and Developing Countries Clinical Trials Partnership (EDCTP) FORUM 2005 HIV/AIDS,
tuberculosis and malaria, Durban, 3-5 octobre 2005.
Le laboratoire d’hygiène et d’environnement (LHE) de l’Institut Pasteur de la Guyane devient laboratoire
de référence de l’Agence Spatiale Européenne. L’Institut Pasteur la Guyane française a reçu le 14 octobre
2005 la qualification pour les analyses chimiques et microbiologiques de l’eau de la Station Spatiale
Internationale (ISS) qui sera transférée par l’Automated Transfer Vehicule (ATV) lancé par Ariane 5.
Médaille Institut Pasteur/Unesco décernée en 2005 au Professeur Mireille Dosso, Directrice de l’Institut
Pasteur de Côte d’Ivoire.
Colloque “Les défis dans la ceinture africaine de la méningite, De la Génomique aux Stratégies de
Surveillance, de Lutte et de Prévention”, Niamey, Niger, 26-29 Novembre 200.5
XXXVIe
Conseil des Directeurs des Instituts Pasteur du Réseau International à Alger.
Colloque scientifique sur trois grands thèmes : Agents infectieux et cancers, Rage et Venins.
Signature le 30 décembre 2005 d’une convention avec le ministère de la Santé et des Solidarités pour
financer, à hauteur de 2 600 000 euros sur 2 ans (2006 – 2007), un programme de recherches sur la
grippe aviaire avec les Instituts Pasteur du Réseau en Asie. Les pays concernés sont la Chine, le Vietnam,
le Cambodge et le Laos.
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 87
International
Saint Petersbourg
Lille
Paris
Montréal
New York
Laval
Bruxelles
Bucarest
Rome
Tanger
Casablanca
Alger
Sofia
Athènes
Tunis
Téhéran
Pointe-à-Pitre
Dakar
Niamey
Abidjan
Cayenne
Bangui
Yaoundé
Brésil
Antananarivo
Paraguay
Chili
Uruguay
Montevideo
Argentine
88 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
INTERNATIONAL BILAN D’ACTIVITÉ
t
Réseau international
des Instituts Pasteur
t
Coopération
Amsud-Pasteur
t
Fondations
ou associations d’Amis
de l’Institut Pasteur
Séoul
Japon
Shanghai
Hong Kong
Phnom Penn
Hanoï
Nha Trang
Ho Chi Minh Ville
Nouméa
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 89
Bilan des moyens
RESSOURCES
HUMAINES 92
COMMUNICATION
DONS ET LEGS
FINANCES
90 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
102
98
94
p
CHIFFRES CLÉS 2005
2 643 personnes dont :
- 1 991 personnes secteur recherche,
- 456 personnes supports technique et
administratif,
- 196 personnes enseignement, santé et
international.
162 recrutements dont 46 CDI
300 sessions de formation permanente
(1 250 participants)
Budget : 215,5 millions d’€
activités propres : 34,6 %
mécénat et produits du patrimoine : 34,7 %
subventions et contrats de l’État : 30,7 %
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 91
RESSOURCES HUMAINES
Ressources humaines
L’année 2005 a été principalement marquée par le développement d’une politique axée sur
la formation :
w pour l’ensemble des collaborateurs pasteuriens, avec la mise en œuvre de la nouvelle loi
sur la formation,
w en faveur des jeunes, avec notamment l’accueil d’apprentis et l’organisation de
formations à destination des stagiaires.
Recrutement et mobilité
Pour la première fois en 2005, et en réponse à une forte
demande des unités et services, l’Institut Pasteur a
mis en œuvre des contrats d’apprentissage. Dans ce
cadre, 6 apprentis ont été recrutés afin de préparer des
diplômes allant du BTS au Master Pro, en bioexpérimentation, microbiologie, bioinformatique ou technologie statistique. Un bilan sera fait à l’issue de ces
premières formations, afin de renouveler ou non cette
expérience qui nécessite un encadrement très important des unités d’accueil.
En 2005, 46 recrutements ont été effectués sous
contrat à durée indéterminée. Par ailleurs, 116 chercheurs contractuels ont été embauchés.
S’agissant de la mobilité, 120 salariés ont contacté la
DRH pour s’inscrire dans le processus, ou obtenir des
renseignements sur la démarche. Au total, 56 personnes ont effectué une mobilité :
– 33 à leur demande, dont 6 se sont traduites par un
changement de métier,
– 26 à la suite d’un “reclassement” lié à la fermeture
ou la restructuration d’une entité.
Formation
L’année 2005 a été marquée par la mise en application
de la loi du 4 mai 2004 relative à la “formation professionnelle tout au long de la vie et au dialogue social”,
qui introduit, entre autre, un droit individuel à la
formation (DIF). Le DIF permet notamment à l’ensem-
92 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
ble des salariés sous CDI justifiant d’au moins un an
d’ancienneté de bénéficier chaque année d’un droit à
formation d’une durée de 20 heures, cumulable sur
6 ans (soit au total 120 h). En 2005, 14 collaborateurs
ont fait valoir leur droit au DIF.
Dans le cadre du Plan de formation, une analyse de
fond des besoins a été réalisée. Cela a conduit à orga-
Effectif travaillant sur le campus :
2 643 personnes
au 31 décembre 2005
456 personnes
Supports technique
et administratif
1 991
personnes
Secteur
Recherche
196 personnes
Enseignement,
Santé et
International
L’effectif comprend :
w 1 811 salariés de l’Institut Pasteur,
w 298 salariés d’organismes extérieurs de
recherche, principalement sous contrat avec
le CNRS ou l’INSERM,
w 534 stagiaires*.
* Équivalent temps plein des 1 109 présents dans l’année.
RESSOURCES HUMAINES BILAN DES MOYENS
Hommes/Femmes
à l’Institut Pasteur
Les 1 811 salariés de l’Institut Pasteur se répartissent globalement en 1 103 femmes (60,9 %) et
708 hommes (39,1 %).
Les femmes salariées représentent 51 % des
emplois cadres dont :
w 44,3 % des emplois de scientifique,
w 53,3 % des emplois de cadre administratif
et technique/médecin,
w 69,8 % des emplois d’ingénieur.
En 1990, 14 femmes étaient responsables d’entités de recherche pour 83 hommes. En 2005,
elles sont 50 pour 104 hommes. En 15 ans, cette
proportion est ainsi passée de 14 % à 32 %.
niser des formations plus courtes et plus ciblées. Ainsi,
au titre du Plan 2005, 15 500 heures de formation ont
été dispensées, réparties en 300 sessions et impliquant
1 250 participants.
Le développement d’un pôle “formation individuelle”
au sein du service formation a contribué à l’augmentation, par rapport à 2004, du nombre de demandes de
congés individuels de formation (16), bilans de compétences (9) et congés pour validation des acquis de
l’expérience (18).
Par ailleurs, avec la collaboration de la Médiathèque,
un centre de ressources a pu être mis en place afin de
satisfaire certains besoins de formation ou compléter
les apports d’une formation traditionnelle.
Relations sociales
La négociation annuelle 2005 a permis la conclusion de
plusieurs accords importants associant une large
majorité d’organisations syndicales.
Rémunération
En matière d’augmentation salariale et en complément de l’enveloppe budgétaire destinée aux augmentations individuelles (2 % de la masse indiciaire), une
augmentation générale de 2 % a été appliquée (1,5 %
au 1er juillet 2005 suivi de 0,5 % au 1er septembre 2005).
L’accord signé a rassemblé 5 organisations sur les 7
représentées à l’Institut Pasteur.
Cette augmentation générale complétait la majoration indiciaire intervenue le 1er janvier 2005 (de
+ 5 points à +2 points selon l’indice) qui avait concerné
82 % des salariés.
Formation tout au long de la vie professionnelle
L’accord relatif à la mise en œuvre du DIF a recueilli
l’adhésion de l’ensemble des organisations syndicales.
L’accord “Pasteur” améliore les dispositions légales en
prévoyant notamment pour les salariés dont le temps
de travail est au moins égal à 80 %, des droits identiques à ceux des salariés à temps plein. Il prévoit
également la réalisation des actions de formation
prioritairement sur le temps de travail.
Une prévoyance responsable
Stagiaires
En 2005, 707 nouveaux stagiaires de 56 nationalités
ont commencé un stage à l’Institut, dont 578 (81 %)
avec un niveau supérieur ou égal à Bac +4.
Les stagiaires sont essentiellement accueillis dans les
laboratoires de recherche. Cependant, certains ont
également été formés dans les services administratifs
et de soutien à la recherche (juridique, valorisation de
la recherche, financier, …) ainsi qu’au Centre Médical
(élèves infirmières).
Enfin, pour la première fois, une enveloppe budgétaire
a été dégagée afin de réaliser des actions de formation
à destination des stagiaires. Les principales demandes
ont concerné l’anglais, le français pour étranger et la
gestion de projet.
Dans le cadre de la réforme de l’assurance maladie,
les partenaires sociaux ont convenu que l’accord
“Prévoyance” de l’Institut Pasteur devait appliquer, à
compter de 2006, la nouvelle législation sur les
contrats “responsables”.
Par ailleurs, dans le cadre des relations sociales, de
nouveaux moyens ont été accordés aux représentants
du personnel pour l’exercice de leurs missions. À titre
d’exemple, on peut citer pour les élus suppléants
du Comité d’Entreprise l’attribution d’un crédit de
4 heures de délégation par mois ou encore, un accès au
congé de formation économique dans les mêmes
conditions que les élus titulaires, c’est-à-dire avec
maintien de leur rémunération. De même, le crédit
d’heures de l’élu assurant la fonction de Secrétaire du
Comité d’Entreprise a été majoré de 5 heures.
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 93
COMMUNICATION
Communication
L’Institut Pasteur accorde une attention toute particulière au partage des
connaissances acquises par les chercheurs avec la communauté scientifique
internationale, les lycées et collèges, les médias et le grand public.
Conférences, colloques et congrès
scientifiques
Les chercheurs de l’Institut Pasteur participent régulièrement à des congrès et organisent sur le campus
parisien des colloques réunissant des spécialistes du
monde entier. Certaines manifestations sont organisées par l’Institut Pasteur seul, d’autres en partenariat
avec un organisme extérieur : ministère, société
savante, institut de recherche, industriel...
Ainsi, en 2005 :
Quatre Euroconférences, ont réuni scientifiques et
Conférence dans l’auditorium du CIS.
94 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
industriels sur les thèmes suivants : “Thérapie génique
et cellulaire” (en partenariat avec l’Inserm), “Maîtrise
des agents anti-infectieux”, “Nutrition, fonctions
immunitaires et santé”, “Réparation cellulaire et
cicatrisation”.
Le 2e symposium du Consortium International
sur les Thérapies Anti-Virales a été organisé en
partenariat par le ministère de la Santé, le ministère de
la Recherche et l’Institut Pasteur. Créé en 2003, ce
consortium a pour objectifs d’apporter une réponse
mieux coordonnée à de futures émergences virales
COMMUNICATION BILAN DES MOYENS
Le 7e Congrès International sur le transport, le
Conférences du conseil
scientifique en 2005
• Using C. elegans genetics to understand chromatin modification and genomic stability.
• The two faces of type I interferons: from HCV
pathogenesis to the modulation of dendritic
cell immunobiology.
• Les stratégies de lutte contre la dengue :
approches et perspectives à l’Institut Pasteur.
• Role of lipid microdomains in protein sorting
and Prion folding.
• Going where the pathogen takes you: new
insights on lysosomes from the study of cell
invasion.
• Le rôle des integrases d’integrons dans
l’acquisition de la résistance aux antibiotiques
chez les bactéries. Études structurales et biochimiques.
• Régulation de l’activation cellulaire par les
récepteurs pour la portion Fc des anticorps (RFc)
dans l’allergie.
• Aspergillus fumigatus : du compost à
l’homme.
et d’établir des collaborations pour développer de nouvelles molécules antivirales.
stockage et le métabolisme du fer chez les microorganismes a fait le point sur les mécanismes moléculaires permettant d’équilibrer les besoins en fer tels
que le transport, le stockage et le métabolisme du fer
ainsi que leurs effets sur la pathogénicité.
Enfin, en 2005, on dénombre pas moins de 300 séminaires organisés par les unités de recherche, intégrant
notamment les journées consacrées aux départements
de recherche.
Publications
Le service des publications scientifiques assure la
publication des deux journaux de l’Institut Pasteur,
Research in Microbiology et Microbes and Infection. Ces
deux journaux, diffusés par Elsevier et accessibles par
le portail Science-Direct, sont entièrement en anglais
et leurs comités éditoriaux sont internationaux.
Research in Microbiology est le descendant direct des
Annales de l’Institut Pasteur, journal fondé par Émile
Duclaux en 1887. Dans ce journal de microbiologie
générale 416 articles ont été soumis en 2005. Son
facteur d’impact, en progrès significatif, est 2,30.
Microbes and Infection est un journal spécialisé dans
la relation de l’hôte avec les agents pathogènes.
570 articles ont été soumis en 2005. Le facteur
Fête de la science
La 6e Journée de l’entrepreneur en Biotechnologies a accueilli plus de 350 participants. Elle
s’adresse aux porteurs de projets potentiels ainsi
qu’aux entrepreneurs en biotechnologies et réunit
également tous les acteurs du processus de la création
et du développement d’entreprise.
Un atelier Les maladies parasitaires au Brésil :
naissance d’une nosographie (1880-1935) s’est
tenu sur la naissance et la définition de la notion de
maladie parasitaire au Brésil.
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 95
Communication
d’impact du journal est 3,75 et il a été classé comme le
journal de cette spécialité à avoir connu la plus forte
progression du taux de citation parmi les journaux de
ce domaine.
Mosaïque de la crypte illustrant les travaux
de Louis Pasteur sur le choléra des poules (Musée Pasteur).
Conférences grand public
Au cours de l’année 2005, 8 conférences “Mystères de
la science biomédicale” proposées au grand public
dans l’idée de lui rendre accessible les avancées de
la recherche actuelle ont réuni 1 500 personnes grâce
à un partenariat avec la BNP Paribas, la Mairie de Paris,
la RATP et le Groupe France Mutuelle. Du 4 au 8 avril,
les 5 conférences de la “semaine des maladies infectieuses” ont accueilli 900 personnes. Six chercheurs
pasteuriens sont allés en province pour présenter des
conférences dans des Universités du Temps Libre où
900 personnes sont venues les écouter.
Actions auprès des scolaires
Trois conférences pédagogiques sur les thèmes du
cortex cérébral, du virus du sida et de l’allergie ont
réuni près de 2 000 lycéens et étudiants. Des exposés
et animations scientifiques ont également été proposés : 83 sur le campus et 64 hors campus, notamment
à l’occasion de la Fête de la science.
Médiathèque scientifique
La médiathèque permet d’accéder à des périodiques
scientifiques en texte intégral. Elle développe également l’accès en ligne à des ouvrages tels que les
Current Protocols, les Methods in Molecular Biology ou
à des encyclopédies thématiques.
La fréquentation du site internet de la Médiathèque
ne cesse d’augmenter et enregistre en moyenne
10 261 connexions par jour.
Le portail d’information scientifique “BioLib”, donne
accès par un moteur de recherche unique à de
nombreuses sources, bases et sites web internes et
96 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
externes. Il permet un accès personnalisé aux ressources de la médiathèque pour réserver des ouvrages
et commander des articles non disponibles. Depuis
septembre 2005, la médiathèque est dépositaire du
centre de ressources du Service Formation et organise
le prêt aux pasteuriens.
Musées
Le Musée Pasteur de Paris et le Musée des applications
de la recherche de Marnes-la-Coquette ont accueilli
10 792 visiteurs, un tiers de scolaires, 60 % venant de
l’étranger.
39 conférences thématiques “Du côté de chez M.
Pasteur” ont été organisées, 27 expositions itinérantes
et prêts de collections ont permis de faire mieux
connaître l’Institut Pasteur et son histoire dans différentes régions ou pays, 313 demandes de documentation historiques on été satisfaites et 1 051 photos
historiques prêtées.
Le patrimoine pasteurien s’est notamment enrichi
d’un buste de Roux par Znoba offert par l’Ukraine et de
2 lettres manuscrites de Pasteur. L’année 2005 a été
marquée par la restauration de la Salle des Actes. Le
Musée a participé à la réalisation de l’émission de
France 2 “Le plus grand Français de tous les temps” où
Louis Pasteur a terminé second.
COMMUNICATION BILAN DES MOYENS
Centre de recherches historiques
de l’Institut Pasteur
disposition des collaborateurs afin de présenter les
données de manière harmonieuse et homogène.
Créé en 2004, il mène des recherches en histoire des
sciences biologiques et médicales en exploitant les
fonds d’archives de l’Institut Pasteur.
La naissance puis la définition de la notion de maladie
parasitaire au Brésil constitue une part importante des
recherches du Crh. La période retenue se situe entre
1880 (découverte de l’agent du paludisme) et 1935
(résolution du conflit ouvert à propos de la nosographie de la maladie de Chagas).
L’origine et l’évolution de l’entomologie médicale, ses
méthodes d’investigation sur le terrain, son rôle dans
l’application d’une prophylaxie, sa place dans les
institutions de recherche et d’enseignement dans la
première moitié du XXe siècle ont fait l’objet d’études
et d’ateliers.
L’histoire architecturale et industrielle du site de
Marnes est étudiée en collaboration avec des architectes et des historiens de l’architecture.
Le cycle de conférences du Crh en 2005 était consacré à
l’infectieux, en particulier aux points de vue historique
et épistémologique, présenté par des universitaires
extérieurs à l’Institut Pasteur.
BIP-hebdo : chaque vendredi, l’ensemble du personnel reçoit par email une synthèse d’information sous
forme de brèves.
Communication interne et multimedia
Le service de communication interne est en charge de
l’information des pasteuriens et de la création ou de
l’amélioration des supports de communication interne :
Intranet : plus convivial, avec une actualité renou-
CAMPUS, journal interne trimestriel de l’Institut
Pasteur : propose des articles sur les différentes activités et fonctions à l’Institut Pasteur, qu’elles soient
scientifiques, techniques ou administratives.
Accueil des nouveaux entrants : 12 réunions par an
pour les stagiaires et les nouveaux embauchés présentent les missions, l’organisation, l’histoire de l’Institut
Pasteur.
Livret d’accueil : un livret d’accueil destiné aux nouveaux entrants, permet d’avoir une vision globale des
différents aspects pratiques et des informations utiles.
Internet : le site web de l’Institut Pasteur est en
constante évolution. Prochainement un système plus
convivial permettra notamment aux unités de gérer
les contenus de leur site de manière simple tout en
respectant un cadre de présentation homogène. Le site
a reçu près de 4 millions de visites en 2005 représentant plus de 27 millions de pages vues.
Newsletter : 3 500 abonnés volontaires reçoivent la
lettre d’information mensuelle par email.
Mosaïque de la crypte illustrant les travaux
de Louis Pasteur sur la rage (Musée Pasteur).
velée quotidiennement en page d’accueil, il évoluera
prochainement vers un système de gestion de documents plus faciles d’accès.
Agenda partagé : 700 utilisateurs sur le campus
bénéficient de cette solution pour organiser des réunions sans perte de temps.
Charte graphique : des supports de présentations
informatiques (diapositives, lettres, notes…) sont à la
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 97
DONS ET LEGS
Dons et legs
C’est grâce au soutien de ses donateurs et testateurs que l’Institut Pasteur, fondation privée
à but non lucratif, préserve son autonomie et peut réagir avec souplesse et efficacité aux
besoins de santé publique. En 2005 le total des dons et des legs s’est élevé à 95,4 M€.
Dons
En 2005, le montant des dons collectés auprès des
personnes physiques et morales s’est élevé à
11,4 M€, (hors donation immobilière), contre 5,2 M€,
en 2004. Cette augmentation significative des résultats s’explique d’une part par les efforts poursuivis
par l’Institut Pasteur pour sensibiliser de nouveaux
donateurs particuliers à sa cause en faisant notamment appel aux techniques du marketing téléphonique et, dans le cadre du mécénat d’entreprise, par
la signature de deux accords de partenariats avec
Sanofi Aventis et Total.
En 2005, 6,1 M€ ont été collectés, auprès des personnes physiques (contre 4,5 M€ en 2004), avec 47 710
nouveaux donateurs, et 5,3 M€ auprès des personnes
morales.
Actions de soutien à la recherche
Comme chaque année, de nombreuses actions de
soutien ont été mises en œuvre en faveur de l’Institut
Pasteur : des manifestations sportives, culturelles,
organisées par des particuliers, associations, Clubs
service, établissements scolaires etc.
Un partenariat est mené avec BNP Paribas, via l’opération “Même les centimes comptent” lancée par la
banque auprès de ses clients pour leur proposer de
donner chaque mois les centimes du solde de leur
compte à une des huit associations ou fondations,
dont l’Institut Pasteur fait partie.
Un dîner de gala s’est tenu en octobre 2005 à
l’Institut, présidé par Madame Carven, grande dame
de la haute couture et amie de longue date de
l’Institut Pasteur, pour soutenir les recherches sur les
méningites.
98 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
Un partenariat mené avec BNP Paribas
DONS ET LEGS BILAN DES MOYENS
COMPTES MÉCÉNAT 2005
(millions d’euros)
Affectations
2005
Dons
Parrainages entreprise
Legs (y compris donations immobilières)
Sous-total
Dons et legs
comptabilisés
en 2005
Fonctionnement
courant
6,1
5,3
84,0
6,1
4,8
27,4
0,5
95,4
38,3
0,5
1
Subventions couvrant les amortissements
Autres subventions2
Taxe d’apprentissage
Équipements
Opérations
exceptionnelles
puis fonds de
dotation
56,6
56,6
4,3
3,8
1,0
Total ressources du mécénat du compte de résultat courant3
47,4
Le coût total de la collecte de fonds en 2005 est de 3,3 M€, soit 3,5 % des recettes correspondantes
(25 % pour les dons et 0,5 % pour les legs).
(1) Annuité d’amortissement pour les équipements financés sur des subventions d’équipement.
(2) Les autres subventions sont des fonds attribués à l’Institut Pasteur par des organismes faisant appel eux-mêmes au mécénat.
(3) Soit 23,3 % des ressources courantes de l’Institut Pasteur.
Toutes les sommes qui ont été collectées grâce à ces
manifestations ou partenariats sont comptabilisées
dans les chiffres mentionnés ci-dessus.
Taxe d’apprentissage
1,03 M€, (pour 1,12 M€ en 2004) ont été collectés
en 2005 au titre de la taxe d’apprentissage versée
par les entreprises pour financer la formation de
scientifiques de haut niveau dispensée par le Centre
d’Enseignement pasteurien.
Éthique et transparence
L'Institut Pasteur est un des membres fondateurs du
Comité de la Charte, un organisme de contrôle des
associations et fondations faisant appel à la généro-
sité du public. Sa vocation est de promouvoir la
transparence et la rigueur de la gestion pour permettre le “don en confiance”. L'Institut Pasteur se soumet
volontairement au contrôle de cet organisme qui
donne lieu chaque année à un rapport. L’Institut
Pasteur bénéficie de l’agrément du comité de la
Charte.
Les comptes de l’Institut Pasteur sont contrôlés par
les Commissaires aux comptes et soumis à l’approbation du Conseil d’administration.
Les donateurs et testateurs sont régulièrement informés des actions menées par l’Institut Pasteur par la
revue trimestrielle “La Lettre de l’Institut Pasteur” et
le site Internet actualisé en permanence.
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 99
Dons et legs
Monsieur Cino et Madame Simone del Duca.
(droits réservés)
Les legs
Le montant des legs et donations s’est élevé à 84 M€,
contre 64,8 M€ en 2004.
En application des statuts, la part unitaire des legs
et donations inférieure à 300 000 €, ainsi qu’une
fraction du montant qui excède ce seuil, fixée par le
Conseil d’administration, (5 M€ en 2005) sont portés
en ressource d’exploitation. Le complément est porté
en résultat exceptionnel, soit 56,6 M€ en 2005.
Le Conseil d’administration a accepté cette année 97
nouveaux legs qui se réaliseront dans les années à
venir.
Parmi les faits marquants en 2005 : Madame Simone
del Duca a légué à l’Institut Pasteur un immeuble à
Paris et de magnifiques bijoux dont la vente aux
enchères publiques a été réalisée par Maître Olivier
Coutau-Begarie, commissaire priseur à Paris.
29 août 2005 à Hong Kong, remise d’un chèque par Hermés, suite à la vente d’un carré “au gré du vent”
de gauche à droite : Christain Blanckaert Vice Président Hermés international ; James Kung Président du Hong Kong Pasteur
Research Center ; Marie-Hélène Marchand secrétaire général honoraire de l’Institut Pasteur ; Bertrand Michaud Directeur
d’Hermés Asie Pacifique.
100 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
DONS ET LEGS BILAN DES MOYENS
Bijoux de la vente Simone del Duca.
Mécénat international
Si les fonds recueillis à l’étranger par l’intermédiaire
d’associations d’amis de l’Institut Pasteur ou de fondations n’entrent pas tous directement dans le budget de
l’Institut Pasteur à Paris, ils n’en jouent pas moins un
rôle important dans le financement des bourses de
chercheurs post-doctoraux, et permettent des actions
locales comme à Hong Kong. Au total, c’est l’équivalent de plus d’un million d’euros qui ont été collectés.
À signaler en 2005 le brillant gala organisé à New York
par la Pasteur Foundation. L’hôte d’honneur en était le
Président Clinton qui se préoccupe de mobiliser les
industries pharmaceutiques et les pouvoirs publics en
faveur des malades du SIDA dans les pays du Tiers
Monde. Le gala, auquel ont assisté 450 personnalités
françaises et américaines a permis de récolter près de
800 000 $ pour financer des bourses de chercheurs
américains. Une quinzaine de bourses destinées à des
chercheurs post-doctoraux ont ainsi été financées.
Un programme d’accueil pour de jeunes étudiants
américains a également permis à de jeunes “undergraduates” de s’initier à la recherche dans des laboratoires
pasteuriens.
Au Japon, l’Association Pasteur Japon a été officiellement créée le 1er avril 2005 et se propose de récolter
des fonds pour l’envoi de chercheurs japonais à
l’Institut Pasteur à Paris. Trois chercheurs japonais sont
d’ailleurs venus en 2005 passer une année grâce au
soutien de la Fondation franco-japonaise Sasakawa qui
finance leurs bourses.
À Hong Kong, la maison Hermès a réalisé un carré
spécialement imprimé et vendu au bénéfice de l’association Friends of the Institut Pasteur Hong Kong Ltd.
Un chèque de 43 000 € environ a été remis à MarieHélène Marchand, secrétaire général honoraire de
l’Institut Pasteur pour financer l’achat d’un appareil
pour le Hong Kong University-Pasteur Research Centre.
Par ailleurs, un mécène étranger a soutenu une nouvelle fois l’Institut Pasteur en finançant pour un montant de 70 000 €, deux programmes sur les maladies
nosocomiales et le diagnostic des virus émergents.
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 101
FINANCES
Finances
En 2005, les ressources du compte de résultat courant s’élèvent à 215,5 M€ (+ 6,3 % par
rapport à 2004) et les dépenses courantes atteignent 207,3 M€, en progression de 4,2 %.
Le résultat courant ressort à + 8,2 M€, contre + 3,6 M€ en 2004.
Il convient cependant de noter que le compte de résultat courant pour 2005 comporte un certain nombre
d’éléments non récurrents, aussi bien en produit qu’en
charge. La non prise en compte de ces éléments
conduirait à un résultat courant proche de l’équilibre.
Le résultat exceptionnel pour 2005 atteint 98,1 M€.
Il correspond d’une part, aux legs comptabilisés dans
l’année, dont plusieurs pour des montants importants
et d’autre part, aux résultats de la gestion du patrimoine mobilier qui ont bénéficié de la bonne tenue des
marchés financiers en 2005.
Au total, le résultat net pour 2005 ressort à 106,3 M€
contre 51,8 M€ en 2004.
Les ressources courantes
Les ressources financières courantes de l’Institut Pasteur
sont regroupées selon trois grandes catégories :
w les revenus des activités propres ;
w Le mécénat et les produits du patrimoine ;
w Les apports de l’État.
Les deux premières constituent les ressources propres.
Les revenus des activités propres
Ils s’élèvent en 2005 à 70,6 M€ et représentent 34,6 %
des ressources courantes de l’Institut Pasteur. Ils sont
constitués pour plus de 60 % des redevances industrielles.
Les redevances industrielles (43,4 M€ et 21,3 % des ressources), constituent un enjeu essentiel pour l’Institut
Pasteur. Elles résultent directement des travaux de
recherche menés sur le campus. Elle se situent aujourd’hui à un niveau particulièrement élevé grâce, pour
102 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
une grande part, à un nombre réduit de produits et des
contrats de licence déjà anciens. Il convient également
de noter qu’une part significative de ce montant
correspond à des redevances non récurrentes correspondant à des indemnités reçues suite à la résolution de litiges.
Les ventes et services (27,2 M€) comprennent des activités liées à la valorisation (expertises, contrats de
recherche et conseils pour industriels…) des activités de
santé publique menées au sein du centre médical, des
activités de services rendus notamment aux Instituts
du réseau, des contrats de recherche avec des organismes étrangers et des organisations internationales,
notamment la commission européenne. L’Institut
Pasteur participe largement au VIe programme-cadre
européen, il est impliqué dans 75 programmes dont 12
en tant que coordinateur.
Structure de financement 2005 1
Mécénat et produits
du patrimoine 34,7 %
Mécénat 23,3 %
Ventes et services
13,3 %
Revenus des activités
propres 34,6 %
Apports de l’État
30,7 %
Produits du
patrimoine 11,4 %
Subvention
Recherche 23,0 %
Autres fonds
publics 7,7 %
Redevances
industrielles 21,3 %
(1) Ressources courantes hors reprises de provisions et report des ressources
non utilisées des années antérieures.
FINANCES BILAN DES MOYENS
Le mécénat et les produits du patrimoine
Les apports de l’État
Ils représentent en 2005, 34,7 % des ressources courantes de l’Institut Pasteur et s’élevent à 70,7 M€.
Ils sont constitués pour l’essentiel par la subvention du
ministère chargé de la Recherche. Elle s’élève en 2005 à
46,8 M€ en progression de 5,7 % par rapport à 2004.
Ils comprennent également la subvention annuelle du
ministère de la Santé, gérée dorénavant par l’Institut
de Veille Sanitaire (InVS), qui couvre une partie du coût
des activités des centres nationaux de référence de
l’Institut Pasteur (5,8 M€).
L’Institut Pasteur a bénéficié en 2005 d’une dotation
de l’État de 4 M€ financée sur le compte d’affectation
spéciale, destinée à soutenir les programmes de
recherche sur les maladies parasitaires. Ce financement sera renouvelé jusqu’en 2008.
S’ajoutent à ces aides publiques les contrats et conventions de recherche sur programmes attribués par les
ministères et organismes publics (ANR, ANRS, INSERM,
DGA…).
Les produits du patrimoine (23,3 M€) représentent
11,4 % des ressources courantes. Il regroupent les produits financiers courants, les loyers et les produits agricoles de propriétés inscrits au patrimoine de l’Institut.
Le mécénat qui recouvre l’ensemble des dons et legs
représente en 2005, 23,3 % des ressources courantes
avec 47,4 M€. Ce poste est en forte progression
par rapport à l’année précédente (+ 17,3 %) du fait
notamment :
w de l’accroissement du nombre des donateurs suite
aux campagnes de collecte de fonds engagées ;
w de l’attribution par la société Sanofi-Aventis d’une
dotation de 4 M€ (qui sera renouvelée jusqu’en
2008) en faveur des recherches sur les maladies
parasitaires ;
w de la poursuite de la mise en place du traitement des
legs “par lots” qui permet de comptabiliser plus
rapidement les ressources correspondantes ;
w de l’application de l’article 19 des statuts (transfert
des ressources exceptionnelles vers les ressources
d’exploitation) pour un montant de 5 M€ contre
2,5 M€ en 2004.
Les charges courantes
En 2005, les dépenses courantes s’élèvent à 207,3 M€
en augmentation de 4,2 % par rapport à 2004. Les frais
de personnel représentent près de la moitié du total
des charges et s’élèvent à 103,3 M€. Les dépenses de
fonctionnement, qui comprennent les achats, les charges externes, les impôts et taxes atteignent 78,4 M€
soit 37,8 % des charges courantes.
Les charges courantes
Ecosystèmes et épidémiologie 7,9 %
Neuroscience 6,5 %
Biologie du développement 7,3 %
Biologie structurale et chimie 9,6 %
Structure et dynamique des génomes 7,4 %
Biologie cellulaire et infection 8,1 %
Microbiologie fondamentale 6,6 %
Pathogenèse microbienne 9,6 %
Virologie 11,0 %
Parasitologie 8,1 %
Immunologie 10,2 %
Médecine moléculaire 7,7 %
INSTITUT PASTEUR / RAPPORT ANNUEL 2005 103
Finances
Les dotations aux amortissements et provisions sont
de 17,0 M€ (8,2 % des charges). Les amortissements
apparaissent en réduction sensible par rapport à 2004
du fait de la mise en place de la nouvelle réglementation sur les actifs qui se traduit pour l’Institut Pasteur
notamment par un allongement des durées d’amortissement des immeubles.
Ces dépenses couvrent pour la plus grande part les
activités de recherche de l’Institut, puisque ces dernières
représentent 85 % des dépenses totales après répartition des charges indirectes. La répartition par département des dépenses de recherche met en évidence la
part prépondérante qui revient aux travaux sur les
maladies infectieuses et leur mode de transmission.
Les opérations exceptionnelles
Elles se soldent en 2005 par un excédent de 98,1 M€.
Les deux principales composantes qui concourent à ce
résultat sont les libéralités, d’une part et la gestion des
titres de placement, d’autre part.
La part de chaque libéralité (don ou legs) inférieure
à 300 000 euros est comptabilisée en ressource courante. La part qui excède ce montant est portée en ressource exceptionnelle (hormis le montant transféré en
exploitation en application de l’article 19 des statuts).
En 2005, le montant ainsi comptabilisé en produits exceptionnels s’élève à 56,6 M€, traduisant le fait que des
dossiers de legs de montants élevés (ou de lots constituant ces legs) ont pu être clos au cours de l’exercice.
104 RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
Au total, les libéralités comptabilisées en 2005, en
ressources courantes et en ressources exceptionnelles
atteignent 95,3 M€ contre 67,0 M€ en 2004.
La gestion du patrimoine mobilier a bénéficié en 2005
de la bonne tenue des marchés financiers. Le rendement des placements atteint 13,6 % au 31 décembre
2005.
Les fonds patrimoniaux de l’Institut Pasteur sont gérés
par plusieurs établissements financiers spécialisés,
dans le cadre de mandats de dépôt. L’allocation d’actifs
retenue, dans une perspective à long terme, correspond à un équilibre entre les actions et les obligations. Par ailleurs, le solde des plus-values dégagées
doit toujours être supérieur aux moins values réalisées.
Ces bons résultats ont permis de reprendre une part
importante des moins values potentielles constatées
les années précédentes et donc de faire apparaître un
résultat comptable largement positif.
En 2005, l’Institut Pasteur a bénéficié de circonstances
favorables en interne (résolution de litige de valorisation, volume important des legs…) qui, ajoutées à une
bonne tenue des marchés financiers, conduisent à des
résultats comptables très positifs. Il convient cependant de souligner la fragilité de l’équilibre budgétaire
de l’Institut dont une part significative des ressources
n’est pas récurrente. Elles dépendent directement de la
générosité des donateurs et testateurs et également
de la capacité de valoriser les résultats des travaux de
recherches menés sur le campus.
27/06/06
15:50
Page 1
Crédit photos :
Couverture, Service photographique/Institut Pasteur
p. 2-4, 17, 50, 54, 73, 90-91, 94-95-96-97, 100 bas,
Service photographique/Institut Pasteur
p. 8, Jacques Grison/Agence Rapho
p. 10 et 11, Service photographique/Institut Pasteur
p. 12-14, département Biologie structurale et chimie
p. 13, unité Biochimie structurale –
Deshmukh Gopaul, Institut Pasteur
p. 18, Adeline Mallet et Marie-Christine Prevost,
Plate-forme microscopie électronique
p. 19, Laurence Decourty, unité Génétique
des interactions macromoléculaires
p. 20, unité Génétique mycobactérienne
p. 22, Le Bougénec/Unité de Pathogénie
bactérienne des muqueuses
p. 24-25-26-27 (gauche), département Microbiologie
fondamentale et médicale
p. 27, (droite), R. Rippka-Herdman
p. 29, Jacques Grison/Agence Rapho
p. 31, département Biologie cellulaire et infection
p. 32, unité Génétique moléculaire des bunyaviridae
p. 35, Michel Favre, Institut Pasteur
p. 36-37, département Parasitologie
p. 38, Catherine Bourgouin, CEPIA
p. 40-42-43 département Biologie du développement
p. 44-45-46-47, département Neuroscience
p. 48-49, département Immunologie
p. 53, schéma The Lancet, 2005,
reproduit avec l’autorisation d’Elsevier
p. 57, unité Prévention et thérapies moléculaires
des maladies humaines
p. 60-61, Pasteur Génopole Ile-de-France
p. 62 (gauche), Fabien Cottier et
Emmanuelle Perres, Institut Pasteur
p. 65, Jacques Grison/Agence Rapho –
Service photographique/Institut Pasteur
p. 66, Getty Images/Photodisc
p. 69, CNR mycologie et antifongiques
p. 85, Institut Pasteur Cameroun – Institut Pasteur Niger –
J.-C. Manugurerra/Institut Pasteur
p. 89, Patricia Tortevoye/Institut Pasteur
p. 98, BNP Paribas/Getty images
p. 101, Étude Coutot-Bégarie
Autres photos, Institut Pasteur, droits réservés, X.
Conception-réalisation
25-28 rue du Docteur Roux - 75724 PARIS CEDEX 15
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Institut Pasteur
PAST RA05-0 couv_v9
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des interactions macromoléculaires
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fondamentale et médicale
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