RECHERCHE Départements de recherche

rapport annuel
2005
Édito du Président 2
Édito de la Directrice générale 4
Organisation générale de l’Institut Pasteur 6
Conseil d’administration 7
Comité de direction 8
Conseil scientifique 9
Bilan d’activité 10
Recherche 12
Départements de recherche 12
Génopole – Imagopole 60
Applications de la recherche 64
Recherche médicale et santé publique 66
Centres nationaux de référence
et Centres collaborateurs de l’OMS 68
Liste des unités de l’Institut Pasteur 74
Enseignement 80
International 84
Bilan des moyens 88
Ressources humaines 90
Communication 94
Dons et legs 98
Finances 102
Sommaire
Rapport annuel 2005 Institut Pasteur
PAST RA05-0 couv_v9 27/06/06 15:50 Page 2

rapport annuel
2005
Édito du Président 2
Édito de la Directrice générale 4
Organisation générale de l’Institut Pasteur 6
Conseil d’administration 7
Comité de direction 8
Conseil scientifique 9
Bilan d’activité 10
Recherche 12
Départements de recherche 12
Génopole – Imagopole 60
Applications de la recherche 64
Recherche médicale et santé publique 66
Centres nationaux de référence
et Centres collaborateurs de l’OMS 68
Liste des unités de l’Institut Pasteur 74
Enseignement 80
International 84
Bilan des moyens 88
Ressources humaines 90
Communication 94
Dons et legs 98
Finances 102
Sommaire
Rapport annuel 2005 Institut Pasteur
PAST RA05-0 couv_v9 27/06/06 15:50 Page 2

Recherche, santé publique et enseignement : l’Institut Pasteur exerce ses
trois missions d’intérêt public depuis sa création, voici plus d’un siècle.Toujours
àl’avant-garde de la science, l’Institut Pasteur a été à la source de plusieurs disciplines : berceau de la
microbiologie, il a aussi contribué à poser les bases de l’immunologie et de la biologie moléculaire.
Original de par son statut de fondation privée, il l’est aussi par son implantation mondiale : le Réseau
International des Instituts Pasteur, situé sur les 5 continents, fait de cette institution une structure
unique au monde.
C’est donc non seulement en France mais aussi dans plus d’une vingtaine de pays que l’Institut Pasteur
mène son principal combat : la lutte contre les maladies infectieuses.Plus de la moitié des
laboratoires de recherche du campus parisien se consacrent à la recherche sur ces maladies. Leur
objectif est de décrypter le fonctionnement des micro-organismes et des infections qu’ils provoquent
et de développer de nouveaux diagnostics, des traitements et des vaccins. La recherche est également
au service de la santé publique : plusieurs laboratoires experts ont aussi pour mission la surveillance
des maladies infectieuses.
Au-delà des maladies infectieuses, les recherches concernent aussi certaines
maladies génétiques et des maladies neuro-dégénératives.Parallèlement, de
nombreux laboratoires de l’Institut Pasteur participent à une meilleure connaissance du vivant,
en étudiant le développement embryonnaire, le système immunitaire, la structure des molécules ou
encore certaines fonctions du cerveau.
«Lesavoir est le patrimoine de l’humanité ». Cette phrase de Louis Pasteur illustre sa volonté de partage
des connaissances devenue une mission primordiale pour l’Institut qu’il a créé. Chaque année,
des stagiaires de haut niveau, français et étrangers se forment dans les laboratoires de l'Institut et des
cours de niveau deuxième cycle universitaire sont dispensés dans son centre d’enseignement.
Aujourd’hui, la haute-technologie est associée à une recherche de pointe : les micro-organismes sont
étudiés à l’échelle de leurs gènes; les plate-formes technologiques de très haut niveau se développent
pour l’étude des mécanismes moléculaires du vivant.
C’est parce qu’il a toujours su prendre les grands virages technologiques, anticiper l’avenir,
allier tradition et modernisme, s’ouvrir vers l’extérieur,que l’Institut Pasteur reste
aujourd’hui parmi les centres de recherche les plus performants au monde.
Profil
PROFIL
INSTITUT PASTEUR /RAPPORT ANNUEL 2005 1

2RAPPORT ANNUEL 2005 / INSTITUT PASTEUR
Ledébut de l’année 2005 à l’Institut Pasteur a
été marqué par la démission collective du
Conseil d’administration le 12 janvier. Cette
décision, très exceptionnelle et courageuse,
avait pour but de tenter de mettre un terme
àla crise grave traversée par l’Institut depuis
plusieurs mois, avec en particulier la non
approbation du rapport annuel 2003 par
l’Assemblée en juin 2004.
Avant de se séparer, le Conseil a convoqué
une Assemblée pour le 15 mars et demandé à
4anciens présidents, le Professeur François Jacob, MM.
Marcel Boiteux, Bernard Esambert et Philippe Rouvillois de
proposer comme nouveaux administrateurs une liste de
personnalités à soumettre à l’approbation de l’Assemblée.
Après l’élection conformément aux statuts de 6 adminis-
trateurs par les collèges pasteuriens, la désignation des
4membres de droit et l’approbation par l’Assemblée de la
liste de 10 personnalités proposée, le Conseil a pu se réunir
le 23 mars. Il m’a fait l’honneur de me nommer à sa prési-
dence et a élu le Bureau qui est composé, avec le président,
de deux vice-présidents, MM. Jean-Pierre Jouyet et Alain
Fischer, du trésorier, M. Charles Lantieri et de la secrétaire
Mme Agnès Labigne.
Le nouveau Conseil, dont la composition est à mes yeux
diverse et équilibrée, s’est réuni à 7 reprises en 2005 et a
accompli, dans une relation de confiance et de compréhen-
sion entre ses membres, avec l’appui très efficace du
Bureau et des Comités, un travail important dont les
grands traits sont décrits ci-après, l’activité scientifique,
de santé publique et d’enseignement de l’Institut étant
présentée par la directrice générale, Mme Alice Dautry :
Organisation, gouvernance
En termes d’organisation et de gouvernance, outre
les délégations classiques au Bureau et au directeur géné-
ral ainsi que des modalités pratiques de fonctionnement,
le Conseil a décidé la création de deux Comités d’adminis-
trateurs, afin d’éclairer ses décisions :
– le Comité financier et d’audit, présidé par M. Bruno
Remond, conseiller maître à la Cour des Comptes. Ce der-
nier a été invité à assister à toutes les réunions du Bureau.
– Le Comité des nominations et rémunérations, présidé
par Mme Rose-Marie Van Lerberghe, directrice générale
de l’Assistance Publique des Hôpitaux de Paris.
Nomination de la directrice générale
et de l’équipe de direction
Dès sa séance du mois d’avril, le Conseil a décidé la mise
en place d’un Comité de sélection, présidé par M. Jean-
Claude Lehmann, président sortant de l’Académie des
Technologies et composé de scientifiques, pasteuriens ou
non, français et étrangers. Sa mission – qui a été menée de
façon remarquable –était de susciter, recueillir et exami-
ner des candidatures au poste de directeur général de
l’Institut et d’en proposer une liste restreinte au Conseil
d’administration. Ce dernier, après avoir procédé en
Bureau élargi à des auditions suivies de nombreuses
rencontres entre administrateurs et candidats, a porté
son choix sur MmeAlice Dautry, personnalité scientifique
pasteurienne à la notoriété internationale reconnue. Elle a
pris ses fonctions le 1eroctobre 2005 succédant ainsi à
M. Philippe Kourilsky qui avait demandé à quitter son poste
de directeur général le 31 juillet 2005.
L’équipe de Direction a été progressivement constituée,
sur proposition de la directrice générale. Le poste de direc-
teur général adjoint chargé des Ressources a été confié à
M. Marc Mortureux, Ingénieur en Chef des Mines dont la
capacité de management s’est forgée par des responsabi-
lités successives dans l’Administration, l’industrie et un
grand laboratoire public de métrologie. M. Bernard Dujon,
Professeur d’Université, membre de l’Académie des
Sciences, qui est un chercheur très réputé en biologie,
aété nommé directeur général adjoint chargé de la
Direction Scientifique.
L’année 2005 a vu le départ en retraite de M. Jean Castex,
directeur général adjoint Administration et Finances ;
durant près de 30 ans, il a donné le meilleur de lui-même
àl’Institut Pasteur qui lui en est profondément recon-
naissant.
Situation immobilière
La situation immobilière de l’Institut Pasteur, dont tous les
moyens sont localisés rue du Docteur Roux, est contrai-
EDITO
François Ailleret, Président

INSTITUT PASTEUR /RAPPORT ANNUEL 2005 3
gnante et délicate à gérer – le projet avorté de transfert
de certaines activités à Fresnes l’illustre bien. La densité
d’occupation des surfaces est forte, rendant difficile l’im-
plantation de nouvelles unités de recherche. Les bâtiments,
historiques pour certains, sont assez disparates et nécessi-
tent certaines adaptations au regard des textes en vigueur.
Des décisions urgentes s’imposaient pour répondre aux
demandes réitérées de l’Inspection du Travail de mise en
conformité des laboratoires. Un programme pluriannuel
de rénovation de grande ampleur a été arrêté, préparé
dans la concertation, durant le premier semestre 2005, par
un groupe de travail ad hoc présidé par MmeAlice Dautry.
Par ailleurs, un projet de construction par étapes, d’un nou-
veau bâtiment de grande dimension sur l’emplacement
d’installations à détruire, a reçu un permis de construire.
Des études techniques, architecturales et financières res-
tent à mener avant la décision d’engagement de ce projet.
Arrêté des comptes 2004 et budget 2005
Les comptes de l’exercice 2004 ont été présentés
àl’Assemblée lors de sa réunion du 29 juin 2005.
Le budget 2005 a été approuvé par le Conseil d’administra-
tion en avril 2005 ainsi que les comptes de l’exercice clos,
qui sont joints à ce document, en avril 2006.
L’exercice 2005 se caractérise notamment par un
excédent de 8,2 M€contre 3,6 M€pour 2004. Hors opéra-
tions non reconductibles, il aurait été proche de l’équilibre.
Le résultat net s’élève à 106,6 M€contre 51,7 M€en 2004,
intégrant un résultat exceptionnel de 98,2 M€.Ces
résultats sont très positifs et permettent de poursuivre
la constitution d’un patrimoine financier générant des
produits financiers nécessaires à l’équilibre d’exploitation
de l’Institut et permettant de couvrir les lourds investis-
sements immobiliers à venir.
L’essentiel de ces résultats étant dû à des éléments non
récurrents, la vigilance s’impose sur l’évolution des charges
et la consolidation des recettes.
Avant approbation par le Conseil d’administration, les
comptes 2005 ont été examinés par le Comité financier
et d’audit et par le Bureau et ont été audités par les
Commissaires aux Comptes qui les ont certifiés réguliers
et sincères.
Débats sur des orientations générales
Plusieurs dossiers stratégiques ont fait l’objet de
présentation et débat au Conseil d’administration. On peut
citer la valorisation de la recherche dont l’importance
– illustrée par l’action de Louis Pasteur lui-même – a été
réaffirmée, aussi bien pour permettre au plus grand
nombre de bénéficier dès que possible des avancées de
la science que pour contribuer significativement au
financement de la recherche.
La nécessité d’une coopération internationale efficace, en
particulier par le réseau des Instituts Pasteur dans le
monde, est de plus en plus impérative compte tenu de l’ac-
croissement des mouvements de personnes et de produits,
des risques de pandémies… Tout en réaffirmant la vocation
internationale de l’Institut Pasteur, l’accent a été porté sur
l’exigence de qualité des moyens, de la production et de
l’organisation des Instituts existants ainsi que sur les
garanties à obtenir avant toute extension du réseau.
Enfin, la directrice générale a présenté au Conseil qui les a
approuvés les grands axes de l’action qu’elle entend mener
àla tête de l’Institut.
L’année 2005 aura été marquée par un retour à la sérénité
sur le campus. C’était absolument indispensable et tous
ceux qui y ont contribué doivent être chaleureusement
remerciés. Avec une nouvelle équipe de Direction, les
conditions sont réunies pour que l’Institut Pasteur aborde
avec détermination et confiance les grands enjeux, scienti-
fiques, de santé publique, de valorisation de la recherche,
d’enseignement supérieur et de coopération internatio-
nale, qui sont devant lui. Le succès exigera de tous de l’in-
telligence et de l’imagination. Mais aussi – et surtout –
du courage et de la volonté pour accepter et réussir
les changements qui s’imposent et enfin une forte cohé-
sion interne et un esprit d’équipe partagé pour que les
efforts de chacun contribuent au mieux au projet commun
et ambitieux de l’Institut Pasteur de demeurer l’un des
meilleurs au monde dans sa spécialité.
François Ailleret
Président du Conseil d’administration
EDITO