Louise-Amélie Schmitt – Doctorante

Louise-Amélie Schmitt
Doctorante
Compétences clé
OS GNU/Linux (Fedora, CentOS, Ubuntu), Mac, Windows
Langages Python, JavaScript, Java, C, C++, Perl, D, PHP, R
Autres SQL, script shell, HTML, CSS, Ajax, LATEX
Expériences
2012 Doctorante contractuelle, Laboratoire Bordelais de Recherche Informatique (LaBRI) (Actuel) Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB), Bordeaux.
Développement de modèles spécifiques aux séquences génomiques virales
{ Analyse de données métagénomiques en partenariat avec l’Institut National de Recherche
Agronomique
{ Création de signatures spécifiques aux génomes viraux
{ Développement d’outils permettant la classification des séquences virales sans alignement de
séquences
2012 Monitrice de Travaux Dirigés, Institut Universitaire de Technologie Bordeaux 1, départe(Actuel) ment Informatique, Bordeaux.
{ Chargée de TD pour l’initiation des étudiants aux systèmes de type UNIX et au shell scripting
{ Encadrement de projet prévu au semestre 2
2012 Genome Biology Computational Support, EMBL, Heidelberg.
(6 mois) { Support et formation sur le gestionnaire de workflows Galaxy,
{ Développement et mise en œuvre du GeneCore Bridge, pipeline de chargement des données
NGS vers Galaxy et BioArray Software Environment (BASE),
{ Déploiement de Galaxy sur cluster de calcul (PBS Pro)
2012 Consulting, Sophia Genetics, Lausanne.
(2 mois) SNP calling et optimisation du pipeline d’analyse de données cliniques en cancérologie
2011 Stage au Functional Genomics Center, EMBL, Heidelberg.
(6 mois) { Installation en production de Galaxy et optimisation des ressources matérielles,
{ Développement de nouveaux plug-ins pour Galaxy (qualité, alignement de séquences, etc.),
{ Développement d’un prototype de pipeline de chargement des données NGS vers Galaxy
2010 Stage: Création d’une interface web en JEE au logiciel ACoM, LaBRI, Bordeaux.
(3 mois) Développement en équipe (5) d’une interface graphique pour l’outil d’analyse de modes élémentaires
ACoM: automatisation de la conversion des données d’entrée, analyses statistiques et représentation
graphique des résultats par graphes intéractifs et histogrammes.
2009 Stage: Création d’un espace de stockage en ligne d’enregistrements électrophys(2 mois) iologiques, UMR5227, Bordeaux.
Mise en œuvre d’une interface web + base de données avec accès sécurisé depuis Internet
LaBRI - 351, cours de la Libération F-33405 Talence cedex
CBiB - 146 rue Léo Saignat 33076 Bordeaux cedex
H 06 73 34 14 36 • B [email protected] • 30 ans, permis B
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Diplômes et Études
2011 Master Bioinformatique, Université Bordeaux 1, Mention bien, Major de promo M2 pro.
Option: Programmation Orientée Objet (C++, Java)
2008 Licence Biologie Cellulaire et Physiologie, Université Bordeaux 2, Mention assez bien.
Options: Informatique (Python, PHP, MySQL) et Neurosciences (neurophysiologie et comportement)
2005 Licence Langues Étrangères Appliquées, FLASH, La Rochelle, Mention assez bien.
Cursus orienté Amériques (Anglais, Espagnol, Portugais) dont un semestre en Espagne
Langues
Anglais Courant (parlé quotidiennement durant 1 an)
Espagnol Courant (5 mois en Espagne)
Portugais Lu
Mes "+"
{ Rédactrice et illustratrice sur le blog bioinfo-fr.net
{ Responsable (création/webmastering) du site bioinfo.labri.fr
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