Louise-Amélie Schmitt
Doctorante
Compétences clé
OS GNU/Linux (Fedora, CentOS, Ubuntu), Mac, Windows
Langages Python, JavaScript, Java, C, C++, Perl, D, PHP, R
Autres SQL, script shell, HTML, CSS, Ajax, L
A
T
EX
Expériences
2012
(Actuel)
Doctorante contractuelle
,Laboratoire Bordelais de Recherche Informatique (LaBRI) -
Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB), Bordeaux.
Développement de modèles spécifiques aux séquences génomiques virales
{
Analyse de données métagénomiques en partenariat avec l’
Institut National de Recherche
Agronomique
{Création de signatures spécifiques aux génomes viraux
{
Développement d’outils permettant la classification des séquences virales sans alignement de
séquences
2012
(Actuel)
Monitrice de Travaux Dirigés
,Institut Universitaire de Technologie Bordeaux 1, départe-
ment Informatique, Bordeaux.
{
Chargée de TD pour l’initiation des étudiants aux systèmes de type UNIX et au
shell scripting
{Encadrement de projet prévu au semestre 2
2012
(6 mois)
Genome Biology Computational Support,EMBL, Heidelberg.
{Support et formation sur le gestionnaire de workflows Galaxy,
{
Développement et mise en œuvre du
GeneCore Bridge
, pipeline de chargement des données
NGS vers Galaxy et BioArray Software Environment (BASE),
{Déploiement de Galaxy sur cluster de calcul (PBS Pro)
2012
(2 mois)
Consulting,Sophia Genetics, Lausanne.
SNP calling et optimisation du pipeline d’analyse de données cliniques en cancérologie
2011
(6 mois)
Stage au Functional Genomics Center,EMBL, Heidelberg.
{Installation en production de Galaxy et optimisation des ressources matérielles,
{Développement de nouveaux plug-ins pour Galaxy (qualité, alignement de séquences, etc.),
{Développement d’un prototype de pipeline de chargement des données NGS vers Galaxy
2010
(3 mois)
Stage: Création d’une interface web en JEE au logiciel ACoM,LaBRI, Bordeaux.
Développement en équipe (5) d’une interface graphique pour l’outil d’analyse de modes élémentaires
ACoM: automatisation de la conversion des données d’entrée, analyses statistiques et représentation
graphique des résultats par graphes intéractifs et histogrammes.
2009
(2 mois)
Stage: Création d’un espace de stockage en ligne d’enregistrements électrophys-
iologiques,UMR5227, Bordeaux.
Mise en œuvre d’une interface web + base de données avec accès sécurisé depuis Internet
LaBRI - 351, cours de la Libération F-33405 Talence cedex
CBiB - 146 rue Léo Saignat 33076 Bordeaux cedex
H06 73 34 14 36 •Blschmitt@labri.fr •30 ans, permis B
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